GC盒不是人胰岛素基因启动子中关键顺式作用元件

目的 鉴定人胰岛素基因启动子中的GC盒(-348～-338)是否是启动子中的关键顺式作用元件.方法 用PCR克隆人胰岛素基因启动子,构建由人胰岛素基因启动子驱动的分泌型碱性磷酸酶(SEAP)报告质粒,并对报告质粒中人胰岛素基因启动子中的GC盒进行删除和突变.将报告质粒转染到β细胞系βTC3中,测定细胞培养液上清中SEAP的活性强度,进而判定GC盒与人胰岛素基因启动子转录活性的关系.结果 删除和突变人胰岛素启动子中的GC盒不能显著改变胰岛素基因启动子在β细胞中的转录活性.结论 人胰岛素基因启动子中GC盒不是一个关键顺式作用元件.     

一个新的人NFBD1启动子的鉴定与分析

目的：鉴定分析NFBD1启动子,为进一步研究其转录调控奠定基础．方法：综合应用生物信息学分析和异构体特异性的巢式RT—PCR技术鉴定NFBD1转录起始位点和转录变异体;高保真PCR方法扩增NFBD1基因启动子区域并分别定向克隆入pGL3-basic和pGL3-enhancer载体,构建NFBD1启动子荧光素酶报告基因重组体;荧光素酶分析检测启动子活性;生物信息学方法预测转录因子结合位点．结果：鉴定了一个新的NFBD1转录起始位点和转录变异体,构建了2个含有长度分别为2．5和1．2kb的NFBD1启动子序列的荧光素酶报告基因重组体以及2个相应的含有外源增强子的NFBD1启动子荧光素酶报告基因重组体．启动子活性分析表明,该启动子区域具有启动子活性,且能被外源增强子有效驱动,是一个新的人NFBD1启动子．转录因子结合位点预测分析表明,该启动子区域缺乏典型的CCAAT盒和GC盒,但含有TATA盒以及STAT1,MZF1和MAZ等潜在的转录因子结合位点．结论：鉴定了一个新的NFBD1启动子．     

人SAMHD1基因核心启动子区域的初步鉴定和分析

目的 鉴定人不育-α-基序结构域和组氨酸/天冬氨酸残基双联体结构域包涵蛋白1 (SAMHD1)基因的核心启动子区域,研究SAMHD1的转录调控机制.方法 从HepG2细胞中提取基因组DNA,PCR扩增SAMHD1基因翻译起始位点上游937、667、553、399 bp片段.将扩增出的4个片段连入pMD19-T载体,双酶切鉴定后将DNA条带切胶回收,再连入pGL3-Basic载体中,双酶切及DNA测序鉴定.将包含有4个片段的荧光素酶表达载体与pRL-TK共转染HepG2细胞,荧光素酶报告基因活性检测并分析4个片段的启动子活性.5'RACE鉴定SAMHD1在HepG2细胞中的转录起始位点.结果 电泳结果显示已经从HepG细胞中提取出基因组DNA.PCR扩增后电泳结果显示已经扩增出937、667、553、399 bp片段.双酶切后电泳结果显示成功将扩增出的4个片段连入pMD19-T载体.双酶切及DNA测序鉴定已成功构建荧光素酶表达载体pGL3-937、pGL3-667、pGL3-553和pGL3-399.荧光素酶报告基因活性检测显示SAMHD1核心启动子区域位于0～-399区域(ATG前一个碱基为-1).5'RACE结果显示SAMHD1在HepG2细胞中转录起始位点位于-101.结论 SAMHD1的核心启动子位于翻译起始位点上游-101～-399区域,为深入研究肝细胞中SAMHD1转录调控机制奠定了基础.     

人HAS3基因核心启动子区域的初步鉴定与分析

目的对人HAS3基因的核心启动子区域进行初步鉴定和分析,为深入研究HAS3基因的转录调控奠定基础。方法以前期构建的人HAS3基因启动子荧光素酶报告基因重组体P(-761/-305)为模板,采用PCR介导的基因定点突变技术构建4个不同的系列删除体,并对HAS3启动子区域中的Sp1结合位点和核心启动子元件进行定点突变,构建相应的定点突变重组体;采用荧光素酶双报告基因分析技术检测各重组体的启动子活性。结果构建了P(-761/-569)、P(-563/-305)、P(-490/-305)和P(-433/-305)4个系列删除体和5个定点突变体;启动子活性分析结果表明,P(-761/-569)无启动子活性,P(-563/-305)、P(-490/-305)和P(-433/-305)均具有较强的启动子活性,Sp1结合位点和核心启动子元件的定点突变可导致HAS3启动子活性的降低。结论 HAS3基因的核心启动子区域主要位于其转录起始位点上游附近-433～-305 bp内,Sp1可能在HAS3的转录调控中起重要作用。     

hfgl2凝血酶原酶基因5′端调控序列的克隆及生物信息学分析

目的扩增人纤维蛋白原样蛋白2(hfgl2)凝血酶原酶基因5′端调控序列,构建荧光素酶报告基因表达载体,对hfgl2基因5′侧翼启动子序列进行生物信息学分析,预测可能的调控区域及顺式作用元件。方法用聚合酶链反应(PCR)法从人外周血单个核细胞基因组DNA中扩增hfgl2凝血酶原酶基因5′端调控序列,PCR产物酶切后克隆至pGL3-Basic载体,重组质粒行酶切及测序鉴定,使用在线分析软件对5′端调控序列中的转录因子结合位点及启动子序列进行预测。结果扩增了长度为1 567bp的hfgl2凝血酶原酶基因5′端序列,酶切及测序鉴定证实构建的pGL3-hfgl2质粒插入片段正确无误,分析显示该基因序列共含有138个、31种顺式作用元件。结论构建hfgl2基因近端启动子转录调控序列荧光素酶报告基因的表达载体为研究hfgl2的转录调控奠定了基础。     

大鼠谷胱甘肽S-转移酶P1基因顺式调控元件的搜寻

目的搜寻大鼠谷胱甘肽Ｓ－转移酶Ｐ１基因（ｒａｔｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅＳ－ｔｒａｎｓ－ｆｅｒａｓｅＰ１，ｒＧＳＴＰ１）上游３．０ｋｂ区域内顺式调控元件。方法采用高灵敏度的荧光素酶报告基因载体，以外切酶Ⅲ（ＥｘｏⅢ）、Ｓ１核酸酶对上述３．０ｋｂ片段进行删切后造成缺失，将所获得的一系列缺失质粒分别转染ＨｅＬａ细胞，测定转染细胞裂解液荧光素酶活性。结果当删切从－２．９ｋｂ进展至－２．３ｋｂ时，荧光素酶活性降低６７％（Ｐ＜０．０５），－２．５ｋｂ～－２．２ｋｂ区域能以不依赖于位置、方向性的方式增强基因表达强度，从－１．８ｋｂ缺失到－１．３ｋｂ时，荧光素酶活性升高４倍（Ｐ＜０．０５）。结论ｒＧＳＴＰ１基因上游在－２．５ｋｂ～－２．２ｋｂ及－１．８ｋｂ～－１．３ｋｂ区域内分别存在增强子元件和负调控序列。     

人二硫键氧化还原酶类似蛋白基因启动子克隆和上游抑制元件分析

目的 克隆DsbA-L基因启动子,并对其活性进行初步分析。方法 以人基因组DNA为模板,利用PCR技术扩增DsbA-L基因5’端2115bp片段（从翻译起始点ATG上游-2128~-14区域）。将PCR产物插入荧光素酶报告基因载体pGL3-basic。随后,构建5’端系列缺失的报告基因质粒。将构建的一系列质粒转染3T3-L1和HEK 293细胞,检测荧光素酶活性。利用在线软件MAPPER预测转录调控关键序列潜在的转录因子结合位点。通过Real-time PCR比较这些转录因子在肥胖和正常人脂肪组织中的表达。结果 成功构建人DsbA-L启动子报告基因质粒。系列缺失分析表明-2128~-1302区域是影响转录活性的关键序列。MAPPER软件预测此区域可能与一些转录因子结合。比较这些转录因子在肥胖患者和正常人脂肪组织中的表达情况,发现其中NF-κB和FOXO1在肥胖患者中表达显著增加,进一步推测NF-κB和FOXO1可能是人DsbA-L基因启动子上游的调控抑制因子。结论 成功构建人DsbA-L基因启动子系列缺失质粒,初步分析了其上游可能存在的关键调控元件,为进一步的转录调控研究奠定了基础。     

用于筛选顺式反应元件的慢病毒启动子报告载体随机文库的构建

【摘要】 目的 建立含有随机序列与miniCMV融合的启动子,驱动抗生素耐药基因的表达;用于筛选和寻找不同处理条件下的反应性元件。方法 设计针对Puromycin抗性基因,即嘌呤霉素N 乙酰转移酶基因（puromycin N acetyl transferase gene, PAC）的引物,扩增目的条带并通过PacI+Pme1限制性内切酶克隆至目的载体pWPI;然后,设计并合成接头序列+20N随机序列+ miniCMV的融合片段,通过PCR的方法得到双链序列,并进行酶切,通过Cla1+PacI克隆入前述pWPI PAC载体。克隆得到的载体组合即为慢病毒反应元件筛选报告载体文库。在此基础上,我们将报告载体文库转染细胞,并进行超声照射。超声照射剂量为10min,100mW/cm2。每天一次,一共照射3天。每次超声照射后,对细胞进行puromycin处理。4天后,收集超声照射存活细胞,提取DNA,PCR扩增含有20N的序列并进行测序鉴定。结果 我们成功设计了一套文库构建方案,初步构建了20N随机序列+ miniCMV +Puromycin抗性基因的文库。将该文库转染细胞,超声照射后可以增加转染有对超声反应克隆细胞中抗性基因表达;我们通过获取Puromycin处理后的存活细胞,发现了潜在的对超声反应的调控元件。结论 我们构建的20N随机序列+ miniCMV +Puromycin抗性基因文库,可以用于筛选对超声等特定条件有表达调控反应的顺式反应元件;进而为该元件控制基因表达提供依据。     

人FAT1基因启动子的克隆鉴定及其功能浅析

目的：克隆人脂肪非典型钙黏蛋白1（FAT atypical cadherin 1,FAT1）基因启动子,找到核心启动子区域并对其转录调控机制进行初步分析。方法：通过PCR方法获得人FAT1基因5′上游1 163 bp（-1 029~+134 bp）的片段,亚克隆至pGL3?basic载体;通过步移缺失构建不同缺失片段的重组质粒。双荧光素酶报告活性分析检测各重组质粒在A549细胞和HEK293T细胞中的活性,找到核心启动子区域。利用生物信息学方法预测核心区域的转录因子结合位点。结果：经测序、酶切鉴定,成功构建了人FAT1启动子荧光素酶活性报告基因重组质粒。与pGL3?basic质粒相比,人FAT1启动子重组质粒的相对荧光素酶活性增加（P < 0.05）。通过生物信息学软件预测人FAT1启动子区域（-233~-110 bp）可能含有TFAP2C、KLF5等转录因子结合位点。结论：成功构建人FAT1启动子不同缺失片段的荧光素酶报告基因重组质粒。通过荧光素酶活性比较,推测人FAT1的核心启动子区域位于-233~+134 bp区域,其中可能含有若干转录因子结合位点。     

人NaDC1基因启动子序列转录调控元件的初步分析

目的 对hNaDC1基因启动子序列转录调控元件进行初步分析.方法 构建hNaDC1基因5'侧翼序列系列缺失质粒,以双荧光素酶报告基因检测系统检测hNaDC1基因5'侧翼区(-2 232/ 136)的转录调控元件与转录调控蛋白之间的相互作用.结果 pGL3-hNaDC1A质粒的转录活性最高,为(2.98±0.45);pGL3-hNaDC1D的转录活性最低,为(0.45±0.14).以pGL3-hNaDC1A质粒的转录活性为基准(100%),其他4种质粒相应的转录活性分别为:pGL3-hNaDC1B 86.7%,pGL3-hNaDC1C 89.4%,pGL3-hNaDC1D 15.8%,pGL3-hNaDC1E 61.2%.MatInspector 5.0软件预测结果显示hNaDC1基因5'侧翼启动子序列共含有22个14种转录因子结合位点.结论 hNaDC1基因5'侧翼区-1 084/-254和-12/ 136区域可能存在有正性作用转录因子的结合位点.     

人TFAR19的定点突变及其重组蛋白的表达、纯化和功能分析

目的:了解凋亡相关新基因TFAR19编码蛋白分子中潜在的Ser100磷酸化位点与其促凋亡效应的关系.方法:利用重叠延伸PCR定点突变技术构建TFAR19 Ser100→Ala100突变体,用DNA测序技术验证,大肠杆菌表达,离子交换技术纯化重组突变蛋白,将其加入培养的白血病细胞株HL-60,通过PI染色,流式细胞仪分析,观察突变重组蛋白的促凋亡效应.结果:构建成TFAR19 Ala100突变体,并经DNA测序所证实,在大肠杆菌中获得了高水平表达,Western blot表明突变型重组蛋白与野生型具有相同的免疫学活性,流式细胞仪分析发现突变蛋白对撤除血清的HL-60细胞具有与野生蛋白相似的剂量依赖性促凋亡效应. 结论:TFAR19 分子中潜在的Ser100磷酸化位点对其促凋亡效应无影响,提示TFAR19发挥其生物学活性时无需cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶活化.     

CYP3A4基因启动子受AFB1调控位点的鉴定

目的 构建不同长度人CYP3A4基因启动子荧光素酶报告质粒并予鉴定,检测L02细胞中各荧光素酶报告质粒相对荧光素酶活性,并分析AFB1处理对其影响,找出AFB1调控人CYP3A4基因可能的启动子区域.方法 采用PCR技术扩增不同长度人CYP3A4基因启动子片段,将其插入荧光素酶报告质粒pGL3-basic中荧光素酶编码序列之前,构建含不同长度CYP3A4启动子的报告质粒pGL3-basic-CYP3A4-1～7,将报告质粒转染L02细胞,检测其荧光素酶活性来表示CYP3A4对应启动子片段的转录活性.检测各报告质粒在AFB1处理下与DMSO对照相比荧光素酶活性上升的比例,找出AFB1上调CYP3A4启动子转录活性的作用区域.结果 报告质粒测序结果证实,上述荧光素酶报告质粒均构建成功.将报告质粒转染L02细胞,AFB1和DMSO处理后检测结果表明pGL3-basic-CYP3A4-1～6和pGL3-basic-CYP3A4-7相对荧光素酶活性受AFB1上升比率差异有统计学意义(P＜0.05),pGL3-basic-CYP3A4-1至pGL3-basic-CYP3A4-6这6个报告质粒相对荧光素酶活性受AFB1上升比率差异无统计学意义(P＞0.05).结论 成功构建了人CYP3A4基因不同长度启动子片段的荧光素酶报告质粒,并初步确定AFB1可以通过调控CYP3A4启动子-200～0 nt的结合位点来上调CYP3A4的转录活性.     

人HO-1基因启动子区生物信息学分析

目的 分析人血红素加氧酶-1(hHO-1)基因启动子区序列特点,转录因子结合位点种类及CpG岛位置.方法 利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库获取hHO-1基因序列和启动子序列,SoftBer-ry分析hHO-1基因核心启动子位置,PROMO和Gene Regulation分析转录因子结合位点种类,MethP...     

抑制NFBD1的表达对鼻咽癌化疗敏感性的影响

目的:研究抑制NFBD1表达后,对鼻咽癌(Nasopharyngeal carcinoma,NPC)细胞化疗敏感性的影响。方法:将NFBD1 siRNA导入NPC细胞系,采用RT-PCR和蛋白质印记法检测siRNA对NPC细胞NFBD1表达的抑制效果;NFBD1 siRNA转染后,MTT法分析NPC细胞对化疗药物敏感性的影响。结果:NFBD1 siRNA转染NPC细胞后,能高效、特异地在mRNA水平及蛋白质水平抑制NFBD1的表达;MTT结果分析表明,NFBD1 siRNA转染后,能显著提高NPC细胞系对化疗药物的敏感性。结论:NFBD1 siRNA转染后抑制NPC NFBD1表达,可显著提高其对化疗药物顺铂的敏感性。     

细胞自身分化抗原-1启动子区域的克隆及其特性分析

目的：克隆不同长度的细胞自身分化抗原-1（CDA1)启动子区域并测定它们的活性,为进一步研究不同长度细胞自身分化抗原-1启动子（CDA1P）区域的功能打下基础。方法：以小鼠肝脏的全基因序列为模板,用PCR方法获得不同长度的目的片段,连接到pGL3-basic真核表达载体（pGL3-basic-mCDA1P）,纯化pGL3-basic mCDA1P质粒后,瞬时转染到Leuwis肺癌细胞和单核巨噬细胞(RAW264.7),48 h后收集转染细胞,测定萤光素酶活性,明确不同长度的CDA1P的活性。结果：①通过PCR法成功获得不同长度的CDA1P DNA片段,并用酶切法证实;②成功构建携带有CDA1P的pGL3-basic真核表达载体,并通过酶切法及测序证实; ③转染Leuwis肺癌细胞和单核巨噬细胞后测定萤光素酶活性发现不同长度的CDA1P活性不同,相同长度的CDA1P在Leuwis肺癌细胞和单核巨噬细胞中活性亦不相同。结论：CDA1P在不同细胞中活性可能存在差异。     

天花粉蛋白突变体的构建及其在原核系统中的表达

目的：构建天花粉蛋白（TCS）突变体,并将其在原核系统内进行表达及纯化。方法：借助计算机预测TCS可能的抗原决定簇（YFF81-83）并设计出适当的突变引物。以栝楼基因组DNA为模板,利用重组PCR技术扩增TCS突变体全长基因,经BamHⅠ和EcoRⅠ双酶切后与原核表达载体pRSET-A连接,转化感受态E.coli DH5α,提取质粒进行酶切鉴定及测序。将所获阳性重组质粒转化感受态E.coli BL21（DE3）,经IPTG诱导表达后,对表达产物进行Western blot鉴定。最后用Ni-NTA亲和层析柱对所获突变体蛋白进行纯化。结果：成功构建了TCS突变体（TCSYFF81-83ACS）,并获得了突变体蛋白在大肠杆菌内的可溶性高效表达,经Ni-NTA亲和层析柱纯化后,产生出大量均一的TCS突变体蛋白。结论：TCS的定点突变及其在原核系统内的表达,为基因工程方法改造TCS提供了新的途径。     

甲基化抑制剂5-杂氮胞苷对T淋巴细胞株程序性死亡受体-1基因启动子区域甲基化水平及其表达的影响

目的:以T淋巴细胞株Molt-4细胞为模型,探讨甲基化抑制剂5-杂氮胞苷(5-azacytidine,5-Zac)对淋巴细胞表面程序性死亡受体-1(programmed death receptor 1,PD-1)基因启动子的去甲基化作用及其诱导的PD-1基因表达的改变,并进一步研究去甲基化作用与PD-1基因表达之间的...