河北石家庄2005-2007年甲肝病毒流行株基因分型研究

目的 了解石家庄地区甲型肝炎病毒(HAV)流行株基因型特征,为HAV溯源研究打下基础.方法 收集了2005-2007年石家庄地区部分甲肝患者急性期血清标本,用HAV结构-非结构区VP1-2A基因引物,经核酸提取,RT-PeR,序列测定,对HAV进行基因分型分析.结果 石家庄地区2005-2007年HAV流行株VP1-2A区核苷酸序列同源性为95%～100%,都属于Ⅰ A亚型;该区氨基酸序列几乎相同.结论 石家庄地区存在有多株甲肝病毒流行株,同一株甲肝病毒可以存在不同地区,同一地区可以检测到相同或不相同的HAV毒株.为今后进一步开展甲肝病毒分子流行病学研究及有效控制HAV流行提供了理论和技术支撑.     

中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VPl区基因特点分析

目的分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VPl区基因特点。方法收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构一非结构蛋白VP3-VPl-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点。结果42株HAV病毒株在VPl-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89．1％～100％和97．3％～100％;在全长结构蛋白VP3-VPl区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87．6％～100％和98．8％～100％。VPl-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3．VPl区的核苷酸同源性为98．4％～100％,0～2个氨基酸位点不同。本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异。结论42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型。本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3．VPl区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异。VPl-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VPl区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守。     

中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点分析

目的 分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点.方法 收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构-非结构蛋白VP3-VP1-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点.结果 42株HAV病毒株在VP1-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.1%～100%和97.3%～100%;在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.6%～100%和98.8%～100%.VP1-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸同源性为98.4%～100%,0～2个氨基酸位点不同.本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异.结论 42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型.本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异.VP1-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VP1区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守.     

中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点分析

目的 分析中国部分甲肝病毒流行株结构蛋白VP3-VP1区基因特点.方法 收集42份甲肝患者急性期血清标本,经核酸提取、逆转录及巢氏PCR,测得结构-非结构蛋白VP3-VP1-2A区序列,进行序列同源性比较并分析其基因特点.结果 42株HAV病毒株在VP1-2A连接处核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.1%～100%和97.3%～100%;在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.6%～100%和98.8%～100%.VP1-2A连接处序列相同的病毒株在全长结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸同源性为98.4%～100%,0～2个氨基酸位点不同.本实验所得序列在中和抗原位点处氨基酸序列均未变异.结论 42株病毒株均属于I型,40株是IA亚型,2株IB亚型.本实验所用HAV流行株在结构蛋白VP3-VP1区的核苷酸存在差异但是氨基酸序列高度保守且没有中和抗原位点处的变异.VP1-2A结合处核苷酸序列相同的分离株在全长结构蛋白VP3-VP1区核苷酸序列相同或相近,氨基酸序列保守.     

9株甲型肝炎病毒流行株全基因组特征分析

目的 分析四川南充和新疆和田甲型肝炎病毒(hepatitis A virus, HAV)分离株全基因组序列特征。方法 收集2006年四川南充同1起暴发的3份和2016年新疆和田6份急性期甲肝患者血清标本,通过核酸提取、逆转录、分段巢式PCR、测序和序列拼接获得9条HAV全基因组序列。利用生物信息学软件进行系统进化、抗原中和位点、重组和选择压力分析。结果 VP1-2A连接区基因分型表明9条HAV序列都属于IA亚型,分为4个不同的分支,其中3条南充序列和3条和田序列属于同一分支;全基因组序列表明,3条南充序列核苷酸和氨基酸同源性分别为99.99%～100%和100%,与3条和田序列全基因组核苷酸和氨基酸差异分别为0.50%～0.57%和0.08%～0.17%。9条HAV全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为98.29%～100%和99.62%～100%,与我国hd9和蒙古MNA12-001关系最近(核苷酸和氨基酸同源性分别为：与hd9 98.60%～99.50%和99.75%～99.92%;与MNA12-001 98.45%～99.32%和99.71%～99.87%)。9条HAV序列在已发表的...     

甲肝病毒特异性TaqMan荧光定量PCR法检测甲肝病毒核酸的研究

目的 建立甲肝病毒(HAY)特异性TaqMan荧光定量PCR检测方法,并对血清等样品中的HAV进行检测.方法 根据参考文献,选取HAV基因组保守区5'-NCR区引物和探针,建立特异性强、敏感度高、稳定性好的TaqMan HAV Real-time RT-PCR检测体系并应用于甲肝患者血清等病毒核酸的检测.结果 本研究建立的方法能够特异检测出样品中的甲肝病毒,其灵敏度介于每反应0.1CCID50至0.01CCID50之间.同一样本重复检测3次,批内样本Ct值的变异系数最大2.0％,批间样本Ct值的变异系数最大2.6％.急性期甲型肝炎患者血清中甲肝病毒为5.18×102～4.93×107拷贝/ml.结论 本实验建立的HAV Real-time RT-PCR检测方法具有特异、灵敏、快速等优点,可成功应用于临床样本等甲肝病毒的病原学检测.     

甲型肝炎病毒吕8株基因型的研究

目的：对甲型肝炎病毒吕8株第25代细胞适应株的部分基因序列作基因克隆分析。方法：采用逆转录聚合酶链反应法从细胞培养产物中克隆病毒并进行核苷酸序列分析。结果：吕8株与HM175／7MK－5的核酸／氨基酸同源性最高为98％／96％，基因型属于I B亚型。结论：吕9株与中国地区以前报道的大多数甲肝病毒株有较大差异，进一步证明在中国除了I A亚型外不存在其它基因型的甲肝流行。     

丙型肝炎病毒血清学分型与基因分型研究

为了解某农村单采浆供血员人群所感染丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）的血清型和基因型构成，并对两种分型方法进行比较，本工作以ＨＣＶＣ区型特异性多肽对抗－ＨＣＶ进行血清学分型，对已确定血清型的血清进行５′非编码区（ＮＣＲ）逆转录套式聚合酶链反应（ＲＴ－ｎＰＣＲ）和限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）分析以确定基因型，并对６份扩增产物进行序列测定。结果显示１４０份抗－ＨＣＶ阳性血清中，血清Ⅰ型和Ⅱ型分别为４４份（３１．４３％）和１２份（８．５７％），余８４份未能分型。４４株已知血清型的ＨＣＶ中，１ｂ、２ａ和３ｂ等３种基因型分别为３４株（７７．２７％）、９株（２０．４５％）和１株（２．２７％）。两种分型方法一致率为９３．１８％（４１／４４）。对６株ＨＣＶ５′ＮＣＲ的序列分析证实了ＲＦＬＰ分型的正确性。结论认为该人群ＨＣＶ感染以血清Ⅰ型或基因１ｂ型为主；Ｃ区型特异性多肽血清学分型法与ＲＦＬＰ基因分型法符合率高，具有一定应用价值。     

新疆地区居民乙肝病毒基因型的初步研究

目的 初步确定新疆地区乙肝患者乙肝病毒基因型的基本情况.方法 对在新疆地区采集的2000余份血清中检测得到200份HBsAg阳性的血清,利用巢氏PCR法扩增其S基因并测序,用MEGA3软件将测序结果与GenBank中的HBV标准序列进行分析,构建并绘制系统发生树,分析基因型.结果 在200份样本中.127例(63.5%)成功检出基因型,其中B基因型10例(7.8%),C基因型58例(45.7%),D基因型59例(46.5%).结论 新疆地区HBV基因型以C、D型为主,少量为B型.     

广州地区小儿乙肝无症状携带者及其父母的HBV DNA基因型研究

目的扩增HBV DNA S基因,建立 HBV DNA的分型方法,研究家庭中小儿乙肝无症状携带者与其父母的基因型.方法利用PCR-RFLP基因分型方法,扩增HBV DNA S基因,以限制性内切酶AvaⅡ,MboⅠ酶切分型;结果 12个家庭共27例乙肝无症状携带者血清,其中两个家庭儿童与父母的基因型相同,均为B型;9个家庭儿童与母亲的基因型相同(7个B型,2个C型),父亲HBV DNA阴性;1个家庭儿童与母亲为B型,父亲为C型,结论本文利用的分型方法经济实用,分型率高,广州地区的基因型以B型,HBV DNA的传播具有家庭聚集性特点及母婴传播的特点.     

Molecular epidemiology of hepatitis A virus infections in Catalonia, Spain, 2005–2009: Circulation of newly emerging strains

Background

In spite of annual vaccination campaigns, hepatitis A cases increased in Catalonia (North-East Spain) in the period 2002–2005 calling for the elucidation of the underlying mechanisms associated to the epidemiological shifts.

Objective

The molecular characterization of the circulating strains to trace their origin and the study of the effects of vaccination on the incidence of sporadic and outbreak-associated cases.

Study design

Forty-eight different hepatitis A virus (HAV) strains isolated from sporadic and outbreaks cases during 2005–2009 in Catalonia were molecularly characterized.

Results

Seventeen out of 48 strains were imported from endemic areas through traveling, immigration and food trade, 12 were endemic strains circulating in the men having sex with men (MSM) group and 1 was from a Roman child. The remaining 18 could not be associated to any specific origin and thus were considered autochthonous. Forty-eight percent of the strains belonged to subgenotype IA, 40% to subgenotype IB and 2% to subgenotype IIIA. The remaining 10% belonged to an undetermined subgenotype equidistant from IA and IB.

Conclusions

During the period 2005–2009, the annual attack rates remained around 3.5 and even increased up to 6.5 in the first half of 2009. This increase with respect to the period 1999–2001, in which vaccination campaigns started to be implemented, is explained by an increase in the number of outbreaks. The predominant subgenotypes were IA and IB. However a considerable amount of strains imported from Peru through consumption of contaminated shellfish belonged to an undeterminded subgenotype that may constitute a new candidate subgenotype IC.     

云南省乙型脑炎病毒基因分型研究

目的 对近30年来云南省分离的19株乙脑病毒进行PrM基因核苷酸序列测定,以确定病毒基因分型.方法乙脑病毒接种3日龄乳鼠,取发病濒死的乳鼠脑组织经研磨制成上清液,提取核酸,通过RT-PCR扩增PrM-C基因片段,用病毒PrM-C(456～695)区核苷酸序列与国内外不同年代分离的72株各基因型乙脑病毒相应序列作比较,用Woan-Ru Chen建立的方法进行基因型分析.结果 云南省分离的乙脑病毒均可引起3日龄乳鼠在78 h之内死亡;核酸序列分析结果显示,19株乙脑病毒中,17株属基因Ⅲ型,2株属基因Ⅰ型,其中M28分离自1977年;两株Ⅰ型病毒与17株Ⅲ型病毒问核苷酸序列的差异大于15%.分离自不同地区、不同时间、不同宿主的Ⅲ型乙脑病毒核苷酸间仅存在3.8%～5.2%的差异.结论云南省广泛存在基因Ⅲ型和Ⅰ型乙型脑炎病毒流行,Ⅲ型为主要流行型.     

Hepatitis B virus genotype C prevails among chronic carriers of the virus in Korea

Hepatitis B virus (HBV) is one of the major causative agents of chronic liver diseases in Korea. HBV has been classified into 8 genotypes by a divergence of >8% in the entire genomic sequence, and have distinct geographic distributions. There are limited data on the relevance between HBV genotypes and clinical outcomes in Korea. To investigate the clinical feature relating to HBV genotype in Korea, a total 120 serum samples with HBsAg (65 from Seoul and 55 from the other city in Korea) were obtained from each 30 chronic HBV carriers with asymptomatic carrier (ASC), chronic hepatitis (CH), liver cirrhosis (LC) and hepatocellular carcinoma (HCC). HBV genotype was determined by either enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) using monoclonal antibodies against genotype-specific epitopes in the preS2-region or the direct sequencing of small S gene. HBV genotypes were determined in 105 (87.5%) of 120 samples. HBV genotype C was identified in all HBV carriers with ASC, CH, LC, and HCC. Genotypes A, B, D, E, F and G were not detected in any of them. Genotype C HBV prevails predominantly among chronic carriers of the virus in Korea, irrespective of their clinical stages of liver disease and geographic origin.     

衢州市无偿献血者中隐匿性HBV感染的基因型别及突变类型分析

目的 了解衢州市无偿献血者隐匿性乙肝病毒感染情况及病毒的分子生物学特征.方法 对衢州市中心血站24 178例无偿献血者血液用北京万泰和Sorin公司生产的ELlSA试剂盒进行HBV的初检和复检,对HBsAg阴性标本进行HBV DNA检测,从而检出隐匿性乙肝病毒感染者,再对HBV DNA 阳性标本进行 S 基因片段序列分析和氨基酸突变分析,从而了解本市无偿献血者隐匿性乙肝病毒感染情况和病毒分子生物学特征,探讨隐匿性乙肝病毒感染的可能机制.结果 24 178例无偿献血者标本中,158例HBsAg阳性,24 020例HBsAg阴性标本中,15例HBV DNA阳性,隐匿性HBV感染比例为0.62‰（15/24 020）,其中基因C型9例（60％）,基因B型6例（40％）;S基因“a”表位氨基酸突变分析显示有11例隐匿性HBV感染病毒株在“a”表位发生突变.结论 衢州市无偿献血者中存在一定比例隐匿性乙肝病毒感染,隐匿性乙肝病毒感染与病毒基因突变有相关性.