PCR及Real-time PCR评价细菌DNA提取方法

目的:比较几种不同的细菌DNA提取方法,建立一种适于PCR和Real-time PCR的细菌DNA提取方法.方法:分别用蛋白酶K法、碱裂解法、Chelex-100 NP40、Chelex-100 TritonX-100法和水煮法提取同种浓度大肠杆菌DNA,测定OD260/280;用不同方法提取不同浓度的大肠杆菌DNA,进行PCR和实时荧光定量PCR扩增,比较灵敏度.结果:5种方法提取细菌DNA,其中Chelex-100 NP40 法纯度(OD260/280=1.79±0.03)最高,此方法所提取的DNA产物进行PCR及Real-time PCR扩增未见假阳性及假阴性,其灵敏度为10个/ml细菌浓度.结论:Chelex-100 NP40的细菌DNA提取方法纯度及灵敏度高,且适应于PCR及Real-time PCR.     

4种提取口腔产黑色素细菌DNA方法的比较

目的 比较4种提取口腔产黑色素细菌中间普氏菌DNA的方法,即酚-氯仿法、溴化十六烷基三甲铵(CTAB)提取法、Chelex-100提取法及试剂盒.方法 分别记录OD260、OD230、OD280及OD340值;聚合酶链反应(PCR)电泳,检测提取DNA的浓度、纯度及对PCR反映体系的影响.结果 试剂盒及CTAB法去除黑色素比较差异无统计学意义(P＞0.05),两者与酚-氯仿及Chelex-100法比较差异有统计学意义(P＜0.05);CTAB法提取DNA的浓度及纯度的效果要优于试剂盒,差异有统计学意义(P＜0.05),PCR电泳条带清晰,无拖带.结论 CTAB法可有效去除黑色素及其他杂质,同时获得较高浓度的DNA样品;黑色素并不溶于氯仿/异戊醇混合液,对PCR反应体系有很大影响.     

四种腺病毒核酸提取方法的比较

目的通过蛋白酶K法、苯酚法、病毒DNA/RNA提取试剂盒、腺病毒荧光PCR检测试剂盒等四种腺病毒核酸提取方法的比较,为进一步研究腺病毒的分子生物学特性选择合适的方法提供参考。方法以腺病毒感染的A549细胞为样品,分别以蛋白酶K法、苯酚法、病毒DNA/RNA提取试剂盒、腺病毒荧光PCR检测试剂盒等四种方法提取核酸,核酸经紫外分光光度计检测A260/A280的比值后,用荧光定量PCR方法检测核酸中腺病毒拷贝数浓度,并记录四种腺病毒核酸提取方法所需的操作时间。结果蛋白酶K法、苯酚法、病毒DNA/RNA提取试剂盒、腺病毒荧光PCR检测试剂盒等四种方法提取核酸的A260/A280的比值依次为1.85532、1.7377、1.81474和1.43934,核酸中腺病毒拷贝数浓度依次为4.9×105copies/mL、3.94×103copies/mL、2.66×106copies/mL和6.15×106copies/mL,提取核酸所需的时间分别为1.5、15、0.5和0.5h。结论四种腺病毒核酸提取方法中,蛋白酶K法简单快捷、成本低廉,适合一般实验室使用;苯酚法适合用于提取细胞培养上清中病毒的核酸;病毒DNA/RNA试剂盒...     

金黄色葡萄球菌rep-PCR指纹图谱分型技术反应条件的优化

[目的]优化金黄色葡萄球菌细菌基因组重复序列PCR(rep-PCR)指纹图谱的分型方法,为构建金黄色葡萄球菌同源性追踪体系提供依据。[方法]以金黄色葡萄球菌ATCC25923基因组DNA作为模板,对参考文献提供的PCR引物,反应体系的引物浓度以及退火温度进行优化,以期得到最佳的指纹图谱。[结果]对于金黄色葡萄球菌进行指纹图谱的构建,引物rep为最佳引物,PCR反应体系引物浓度为1.0 pmol/μL,退火温度为45℃时,指纹图谱条带最清晰,明亮。[结论]优化了金黄色葡萄球菌rep-PCR分子分型技术。     

适于Panhandle PCR模板的贵阳腐霉基因组DNA的提取方法

目的：探索适合作为锅柄聚合酶链反应（Panhandle PCR）模板的贵阳腐霉基因组DNA的提取方法。方法：采用氯化苄法、微波法、改良的SDS法提取贵阳腐霉基因组DNA,利用核酸蛋白检测仪及琼脂糖凝胶电泳法测定其纯度和浓度,并比较其作为Panhandle PCR模版的扩增效果。结果：氯化苄法、微波法、改良的SDS法均能提取到贵阳腐霉基因组DNA,氯化苄法提取的基因组DNA纯度及含量较高。而且氯化苄法提取的基因组DNA扩增的条带专一,特异性强。结论：氯化苄法提取的贵阳腐霉基因组DNA最适合作为Panhandle PCR的模板。     

四种提取诺如病毒和副溶血性弧菌总RNA方法的比较

目的比较四种联合提取诺如病毒和副溶血性弧菌总RNA的方法。方法使用Trizol法、磁珠法、Qiagen~(TM) RNA Mini Kit和柱式RNA抽提试剂盒分别提取诺如病毒和副溶血性弧菌的总RNA,经核酸测定仪检测RNA的质量,并用RT-PCR法对四种提取方法进行比较。结果 Qiagen~(TM) RNA Mini Kit的提取效率最佳,对PCR的反应影响最小。磁珠法其次,但是磁珠法提取出的总RNA纯度也较高。Trizol法和柱式法总RNA抽提试剂盒所获得的总RNA比上述两者低,且存在不同程度的污染。经随机区组方差分析显示,四种提取方法之间存在显著性差异,F浓度=11.313;F(A_(260)/A_(280))=15.093;F(A_(260)/A_(280))=11.155,P均0.05。结论四种试剂的实际提取效率存在差异,应根据不同的样本情况选择合适的试剂。     

不同产地连翘新鲜果实DNA提取方法和质量评价研究

目的建立连翘新鲜果实中高质量DNA的提取方法,为从分子水平研究和评价连翘药材质量奠定基础。方法采用改良的CTAB法提取连翘的总DNA,应用琼脂糖凝胶电泳法、分光光度法与PCR法对连翘DNA产率和质量进行检测评价。结果 14批连翘药材核酸蛋白仪测定值A260/A280均在1.7~1.9之间,改良CTAB法提取的连翘总DNA浓度较大,干扰较小,较高质量的DNA可进行PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳之后用紫外成像仪观察结果正常。结论改良CTAB法适合连翘新鲜果实中DNA的提取,方法简单可靠。     

改良碱裂解法和煮沸法提取金黄色葡萄球菌DNA效果的比较

目的: 建立一种简便经济的金黄色葡萄球菌基因组DNA提取方法。方法: 选取10株耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌,预先以终浓度2 mg/mL溶菌酶处理6 h,再以改良碱裂解法提取细菌基因组DNA。同时以常规煮沸法制备上述细菌基因组DNA。采用PCR法扩增两种模板中金黄色葡萄球菌spa基因、mecA基因和femB基因,比较两种方法提取DNA的效果。结果： 以改良碱裂解法制备DNA为模板,所有10株标本均可扩增出spa基因和mecA基因,4个标本扩增出femB基因;以直接煮沸法制备DNA为模板,仅1个标本扩增出spa基因,2个标本扩增出mecA基因,所有标本未扩增出femB基因。 结论： 改良碱裂解法提取基因组DNA效果优于直接煮沸法,所提取基因组DNA可以满足PCR扩增的要求。     

玄参总DNA提取方法的比较研究

目的探讨药材玄参总DNA的最佳提取方法。方法分别采用SDS法和CTAB法提取药材玄参总DNA,并对其进行核酸含量测定和电泳检测。结果采用SDS法提取的总DNA其OD260/OD280=1.83,而采用CTAB法提取的总DNA其OD260/OD280=1.64;DNA电泳检测显示采用SDS法提取的总DNA条带清晰,而采用CTAB法提取的总DNA出现严重的拖尾现象。结论用SDS法提取药材玄参总DNA优于CTAB法。     

经典酚/氯仿抽提法和纯化试剂盒法提取全血基因组DNA的比较

目的 比较经典酚/氯仿法和纯化试剂盒法抽提全血基因组DNA的差异.方法 分别对两种方法抽提的全血DNA产物进行紫外分光光度仪、琼脂糖凝胶电泳和体外聚合酶链锁反应（PCR）扩增.结果 两种方法DNA的提取效率相似,TaKaBa试剂盒法提取的纯度[光密度（OD）260nm/280nm]较常规酚/氯仿法明显提高.结论 TaKaBa试剂盒法较传统酚/氯仿提取基因组DNA法快速、简便、经济,可用于PCR模板DNA的制备.     

金黄色葡萄球菌DNA提取方法的研究

目的:建立一种简易的金黄色葡萄球菌DNA提取方法。方法:用4种不同的细菌DNA提取方法提取金黄色葡萄球菌DNA,用琼脂糖凝胶电泳及PCR检测提取物并比较结果。结果和结论:溶菌酶能有效的降解金黄色葡萄球菌细胞壁,且用溶菌酶破壁后提取的DNA适于PCR实验,本研究成功的得到一种简易的、改良的金黄色葡萄球菌DNA的提取方法。     

人非抗凝血块中基因组DNA提取不同方法的比较

目的:比较三种不同方法提取人非抗凝血块基因组DNA的效果差异。方法:分别采用酚/氯仿法,天根试剂盒,Invitrigen purelinkTM试剂盒提取冻存时间较长的非抗凝血块基因组DNA,测定浓度、OD260/280值,琼脂糖凝胶电泳检测提取的DNA浓度和纯度,测定PCR产物灰度值。结果:三种方法都可以提取出基因组DNA,测定DNA浓度分别为:(35.56±15.27)ng/μL,(45.13±16.54)ng/μL,(57.93±14.5)ng/μL,组间存在统计学差异(P<0.01),A260/A280值分别为:1.46±0.19,1.49±0.16,1.519±0.23,三组间比较差异无统计学意义(P>0.05);三种方法提取的基因组DNA都能通过PCR扩增出目的条带,PCR产物电泳灰度值结果分别为:75.421±3.435,149.32±6.875和229.52±19.55,组间比较差异有统计学意义(P<0.01)。结论:三种不同方法都能提取出冻存时间较长的非抗凝血块基因组DNA,但Invitrigen purelinkTM试剂盒法效果最好。     

药用植物珠子参新鲜块根DNA提取方法研究

目的为获取珠子参高质量、高产量的总DNA,满足SSR-PCR标记实验。方法采用经典CTAB法、改良CTAB法、高盐低PH法和SDS法对珠子参总DNA提取方法进行比较研究,用紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。结果 4种方法中产量最高的为经典CTAB法,产率为149.533ng/g,纯度最高的为改良CTAB法,OD260/OD280为1.796。结论 4种方法提取的DNA质量均满足SSR-PCR标记实验,扩增效果改良CTAB法和SDS法效果最佳。     

运用Identifiler试剂盒对硅珠法提取石蜡包埋组织DNA质量的评估

目的:运用硅珠法从石蜡包埋的组织中提出DNA,Identifiler试剂盒评估DNA质量?方法:南京医科大学第一附属医院病理科2009~2011年石蜡包块49例,运用硅珠法提取石蜡包埋组织DNA,通过紫外分光光度计测定DNA纯度和Identifiler试剂盒PCR后3130型毛细管电泳仪分析提取DNA片段的完整性?结果:经紫外分光光度计测定胃癌组织D(260 nm)/D(280 nm)均值为1.84 ± 0.02,肺癌组织为1.85 ± 0.02,甲状腺癌组织为1.82 ± 0.02,3组间比较P > 0.05,因此硅珠法提取石蜡包埋组织DNA不会因组织差异而影响提取效果;Identifiler试剂盒PCR后毛细管电泳显示其提取效果,46例(93%)得出完整的16个基因座STR峰型?结论:硅珠法可应用于多种组织的DNA提取,并保证提取DNA样品的纯度和完整度?     

爪蟾抗菌肽的人工合成及对菌膜作用的实验研究

目的探讨爪蟾抗菌肽（magainin）的人工合成及对金黄色葡萄球菌细胞膜的作用。方法利用氨基酸固相合成的方法合成爪蟾抗菌肽,高效液相色谱法进行纯化,质谱鉴定后,得到的爪蟾抗菌肽纯度在99％以上。将爪蟾抗菌肽作用于引起感染性心内膜炎的金黄色葡萄球菌ATCC25923,以PBS缓冲液作为阴性对照,TritonX．100作为阳性对照。结果爪蟾抗菌肽作用于引起心内膜炎的金黄色葡萄球菌后,ATCC25923的A630nm值从0．166下降到0．138,负染后透射电镜观察,发现细菌表面存在破损成小孔的地方,细胞膜界限模糊不清,甚至细胞膜完全溶解。爪蟾抗菌肽通过破坏细菌细胞膜而导致细菌的死亡。结论爪蟾抗菌肽能够提高细菌细胞膜的通透性。     

金银花药材脱氧核糖核酸(DNA)提取方法的研究

目的:研究金银花药材总脱氧核糖核酸(DNA)的提取方法。方法:对经典的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法进行了改良,采用改良的CTAB法提取金银花药材的总DNA,通过紫外吸收、琼脂糖凝胶电泳检测其纯度和浓度。结果:用改良的CTAB法提取的总DNA的OD260/OD280比值在1.76-1.85之间,干药材提取率为89.8-325.4μg/g。结论:用改良CTAB法提取的基因组DNA纯度高,符合分子生物学的要求。     

大鼠肠内容物细菌基因组DNA提取方法的比较

目的 比较两种肠内容物前处理和两种提取方法对清洁级SD大鼠肠内容物细菌基因组DNA提取效率.方法 分别选用PBS多次离心漂洗、液氮破细胞两种前处理方法和酚/氯仿抽提、试剂盒过柱法两种提取方法进行组合分析,对4份肠内容物和16份含金黄色葡萄球菌肠内容物进行随机提取.结果 大鼠肠内容物细菌基因组DNA含量和纯度测定结果显示,与PBS反复离心相比,液氮研磨前处理能显著提高大鼠肠内容物基因组DNA.荧光定量PCR表明,液氮研磨前处理较PBS反复离心能更好地收集细菌基因组DNA,其Ct值最低.结论 研究结果表明,采用液氮研磨试剂盒法在大鼠肠内容物DNA提取中是较为优良的方法,该方法为建立实验动物中微生物的定量PCR检测方法打下了基础.     

磁珠法半自动提取全血基因组DNA条件的优化

目的:探讨磁珠法提取基因组DNA的影响因素,建立快速、高效、批量提取全血基因组DNA的优化方案。方法:使用磁珠法核酸自动提取系统从全血中提取基因组DNA,紫外分光光度计测定DNA浓度和纯度。采用正交试验设计分析裂解时间、全血量、磁珠量和乙醇浓度4个因素的主效应和全血量与裂解时间、磁珠量,裂解时间与磁珠量的二阶交互作用对所提取DNA浓度和纯度的影响。结果:裂解时间、全血量、磁珠量和乙醇浓度4个主效应对DNA浓度的影响均存在统计学差异(P<0.05),当裂解时间为15 min,全血量为100μl,磁珠量为80μl,乙醇浓度为80%时,DNA平均浓度最高。磁珠量、裂解时间和全血量的交互作用对DNA OD260/OD280的比值有影响(P=0.008和P=0.013)。当磁珠量为40μl,裂解时间为15 min,全血量为100μl时,OD260/OD280的比值较好。磁珠量和乙醇浓度影响DNA OD260/OD230的比值(P=0.017和P<0.05),磁珠量为40μl,乙醇浓度为80%时,OD260/OD230的比值更好。结论:当DNA得率优先考虑时,可以选择裂解时间15 min、全血量100μl、磁珠量80μl、乙醇浓度80%的提取条件;而对DNA纯度要求较高时,可以将磁珠量改为40μl,以获得最优DNA提取效果。     

提取陈旧血液标本中DNA的三种方法比较

目的寻找适合从陈旧全血中提取基因组DNA建立基因组库的方法。方法分别用改良的酚-氯仿法、SDS法、试剂盒法从陈旧全血中提取基因组DNA,采用聚合酶链反应（PCR）对提取的基因组DNA进行评估。结果提取的基因组DNA经统计学分析,3种提取基因组DNA的方法之间差异有统计学意义（P〈0.01）,以改良的酚-氯仿法提取的基因组DNA效率最高,试剂盒法次之,SDS法较差。结论建基因组库推荐改良的酚-氯仿法。     

石蜡组织存放时间对提取DNA质量的影响

目的探讨储存时间对石蜡包埋组织提取DNA质量的影响。方法采用试剂盒方法,分别提取10例保存1~3a的石蜡组织样品DNA,NanoDrop-2000分光光度仪检测DNA浓度和OD260/OD280比值,质量分数2%琼脂糖进行电泳检测,采用单因素方差分析比较DNA质量。结果琼脂糖凝胶电泳显示:石蜡包埋组织提取DNA降解明显。储存1~3a的石蜡包埋组织提取DNA的浓度有明显差异(P=0.04),储存时间越长,DNA浓度越低,但提取DNA的纯度无明显差异(P>0.05)。结论石蜡包埋组织储存时间越长,提取DNA浓度越低,但纯度无明显差异。