新基因FAM92A1-289与增殖细胞核抗原PCNA相互作用的验证

目的 利用免疫共沉淀技术验证未知蛋白FAM92A1-289和PCNA(增殖细胞核抗原)之间的相互作用.方法 构建带有嘌呤霉素抗性的载体CMV-SP6--GFP-FAM92A1-289和真核表达载体PCDNA3.1-PCNA,先将CMV-SP6-GFP-FAM92A1-289载体转染入Hela细胞,通过最合适浓度的嘌呤霉素筛选,得到稳定表达FAM92A1-289的Hela/ FAM92A1-289细胞,再将载体PCDNA3.1-PCNA转染入Hela/ FAM92A1-289细胞,利用免疫共沉淀来验证FAM92A1-289和PCNA之间的相互作用.结果 构建的重组表达载体经双酶切、测序鉴定正确,稳定表达株 Hela/ FAM92A1-289细胞构建成功,PCNA单克隆抗体沉淀蛋白复合物后,用GFP抗体进行Western blot法检测,检测出了GFP-FAM92A1-289蛋白.结论 免疫共沉淀证明了FAM92A1-289和PCNA之间存在相互作用.     

乳腺癌高表达基因FAM83A的生物信息学分析

目的筛选乳腺癌高表达基因,用生物信息学方法预测FAM83A生物学功能。方法使用肿瘤基因组解剖计划数据库的数字基因表达演示工具,在乳腺癌组织和乳腺良性肿瘤组织中筛选差异表达的基因。生物信息学方法预测FAM83A基因及其编码蛋白的序列同源性、理化性质、亚细胞定位、结构和表达谱。RT-PCR方法测定FAM83A在乳腺癌、乳腺纤维瘤和正常乳腺组织中的表达。结果筛选出差异表达基因FAM83A。发现其有3个不同的剪接体,基因进化保守,亚细胞定位于线粒体的可能性大。预测有PK,PKA等磷酸化位点,MAPK作用识别位点,SH2、SH3,RPEL和WH2结合基序。二级结构主要是α螺旋和无规则卷曲。RT-PCR证实FAM83A在乳腺癌组织中高表达,而在乳腺良性肿瘤和正常乳腺组织中均无表达。结论 FAM83A是一个乳腺癌高表达基因,可能作为乳腺癌分子机制研究的靶点。     

基于生物信息学分析FAM110A在乳腺癌中的表达及临床意义

目的 基于多数据库探讨FAM110A在乳腺癌中的表达及临床意义。方法 通过Oncomine数据库和GEPIA网站对FAM110A mRNA表达进行泛癌分析。采用Oncomine数据库和UALCAN数据库对FAM110A在乳腺癌中的表达进行分析。采用GEPIA分析FAM110A表达水平与患者生存预后的关系。基于HPA数据库探讨FAM110A基因在肿瘤组织中的表达情况及定位。采用cBioportal和STRING数据库分析互作蛋白构建共表达分子调控网络。采用DAVID网站对FAM110A的共表达分子进行基因本体论(GO)及京都基因和基因组(KEGG)富集分析。结果 在乳腺癌中FAM110A的表达显著上升(P <0.05),且与临床分期相关(F=2.84,P <0.05)。FAM110A高表达的乳腺癌患者预后不良(P <0.05)。GO和KEGG富集分析结果显示,FAM110A的共表达基因主要参与DNA转录调控和泛素介导的蛋白质水解等通路。结论 FAM110A在乳腺癌中的表达高于正常组织,高表达患者预后不良,FAM110A的表达与乳腺癌肿瘤分化水平有关。     

FAM25A在胰腺癌中临床价值及潜在机制的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法,探究FAM25A对胰腺癌的诊断、预后价值,分析其与免疫浸润相关性,并对该基因在胰腺癌中发生发展的潜在作用机制进行阐述。方法:从TCGA、GTEx和GEO数据库获取胰腺癌数据集,Rstudio用于数据分析和可视化。明确FAM25A的表达差异,采用K-M分析FAM25A的表达与胰腺癌总生存时间的关系,Cox回归分析FAM25A表达与胰腺癌预后因素的相关性,分析FAM25A表达与免疫细胞浸润的相关性。根据WGCNA将与FAM25A和肿瘤纯度最相关的模块基因导入STRING构建PPI网络并获取GO和KEGG,采用GSEA分析FAM25A高低表达的富集通路,利用Cytoscape中MOCDE聚类子网络获取显著相关的节点,综合以上信息分析FAM25A在胰腺癌中的潜在机制。结果:差异分析提示FAM25A在胰腺癌中高表达具有统计学意义(P<0.01);K-M分析结果显示FAM25A高表达患者的生存期明显短于低表达患者;对胰腺癌预后相关因素进行Cox回归分析,结果提示FAM25A为胰腺癌的独立危险因素(HR=2.4, 95%CI=1.614-3.592);免疫细胞浸润相关...     

siRNA-FAM92A1-289对HeLa细胞增殖的影响

目的:研究RNA干扰(RNAi)沉默基因FAM92A1-289对HeLa细胞增殖和凋亡的影响。方法:化学合成法合成小干扰RNA(siRNA),阳离子脂质体转染FAM92A1-289 HeLa细胞;实时定量RT-PCR检测其mRNA表达,MTT法和流式细胞仪检测转染后HeLa细胞增殖、细胞周期和凋亡变化。结果:转染合成FAM92A1-289 siRNA后,HeLa细胞中FAM92A1-289 mRNA表达下降(P<0.01),细胞增殖均明显增强(P<0.01);细胞周期分布改变,S期细胞明显增多,而G2/M期细胞减少,凋亡率无变化。结论:FAM92A1-289基因调节细胞增殖活动。     

人新基因EOLA1生物信息学分析

目的预测人类新基因EOLA1的生物学功能。方法基于EOLA1全长cDNA序列,应用生物信息方法,从序列比对、染色体定位、基因结构分析、编码蛋白理化性质分析、蛋白质位点和序列模式预测等几个方面对EOLA1进行分析。结果EOLA1编码的蛋白EOLA1经网上同源性比对没有发现与之高度同源的人类已知蛋白;EOLA1与鼠111002L19蛋白高度同源,到目前为止,对鼠111002L19蛋白功能也不清楚;应用辐射杂交细胞系（RH）作图系统发现EOLA1定位于Xq27．4;对其二级结构进行预测发现在EOLA1蛋白分子中存在酪氨酸激酶Ⅱ和蛋白激酶C磷酸化位点以及1个螺旋-转角-螺旋（HTH）基序。结论人新基因EOLA1编码蛋白质的一级和二级结构特征赋予EOLA1信号转导能力,有可能作为信号分子在LIDS激活人血管内皮细胞的过程中发挥作用。     

LncRNA FAM83A-AS1调控FAM83A表达对乳腺癌细胞增殖、侵袭与迁移的影响

目的 探讨长链非编码RNA序列相似家族83成员A-反义核糖核酸1(lncRNA FAM83A-AS1)在乳腺癌(breast cancer, BC)中的作用及潜在机制。方法 免疫组织化学(IHC)染色检测BC组织中FAM83A的表达;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测BC组织/细胞中lncRNA FAM83A-AS1、FAM83A mRNA表达水平;Pearson法分析BC组织中lncRNA FAM83A-AS1、FAM83A mRNA表达水平的相关性。细胞转染建立基因过表达和沉默MDA-MB-231细胞模型,qRT-PCR检测MDA-MB-231细胞中lncRNA FAM83A-AS1、FAM83A mRNA表达水平;CCK-8法检测MDA-MB-231细胞增殖活力;Transwell实验检测MDA-MB-231细胞迁移、侵袭能力;Western blot检测MDA-MB-231细胞中FAM83A、ERK1/2及其磷酸化蛋白、Ki-67、E-钙粘蛋白(E-cadherin)、基质金属蛋白酶9(MMP-9)蛋白表达;核质分离实验检测lncRNA FAM83A-AS1的亚细胞分布,...     

胃癌中IRX1基因的表达及生物信息学功能预测

目的研究胃癌中同源盒基因IRX1的表达并分析该基因的结构与功能特征。方法从NCBI基因数据库中提取IRX1基因(NM-024337)编码序列及夕端转录起始点上、下游各3000bp,利用生物信息学程序进行基因结构与蛋白同源性分析;对7株人胃癌体外培养细胞株及57例胃癌采用半定量RT-PCR方法检测IRX1基因mRNA表达。结果IRX1基因转录起始点上游富含CpG岛;基因编码蛋白质含有HOX与IRO两个模序,3端第400～450氨基酸为富含脯氨酸区域;IRX1～IRX6为高度同源性蛋白。7株胃癌细胞株中4株IRX1表达消失,3株表达降低。57例正常胃黏膜有IRX1mRNA表达,但对应的胃癌组织中20例(35.09%)mRNA表达下降,其中肠型胃癌占65%。结论IRX1基因在胃癌中呈不同程度的表达下调,并与胃癌的形态学表型,尤其是肠型胃癌明显相关。IRX1基因转录起始点上游存在高甲基化结构基础。     

前列腺癌相关基因及功能的生物信息学分析

目的: 利用生物信息学方法和体外实验,寻找前列腺癌发生的关键基因。方法: 从GEO 数据库下载基因芯片数据 GSE60502,其中包括48例正常前列腺组织样本和47例前列腺癌组织样本。利用Morpheus(https:∥software.broadinstitute.org／morpheus／)在线工具分析前列腺癌组织和正常前列腺组织的差异表达基因,然后使用GCBI(https:∥www.GCBI.com.cn)在线进行差异表达基因的基因本体富集论(gene ontology,GO)分析、Pathway分析,对同时参与GO分析和Pathway分析的差异基因取交集,构建基因共表达网络和基因相互作用网络。最后通过CCK8实验进行验证。结果： 共筛选出6 903个表达差异的基因,差异最大的前15个基因中,有上调基因9个,下调基因6个,其中表达差异最大的基因为CRISP3。GO分析提示差异基因主要参与的分子生物学过程包括小分子代谢过程、信号转导、DNA依赖的转录过程、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节等。Pathway分析提示差异基因主要参与的通路包括PI3K-Akt信号通路、代谢途径、MAPK信号通路以及Wnt信号通路等。CACNA1A基因位于共表达网络的核心位置,而ADCY5、PIK3CB基因位于基因相互作用网络的核心位置。 体外CCK8实验证实下调CACNA1A表达可明显抑制前列腺癌细胞增殖能力。 结论： CRISP3、CACNA1A、ADCY5、PIK3CB基因可能是影响前列腺癌发生的关键基因。     

基于生物信息学分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达及临床意义

目的 通过生物信息学分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达及其对临床治疗和预后评估的意义。方法 下载癌症基因组图谱（the Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库中多种肿瘤表达资料,采用R语言分析FAM83H-AS1在多种癌症中的表达情况。单独分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达情况,并通过基于基因表达水平值的交互式分析平台（Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA）在线数据库验证表达情况。利用TCGA数据库下载并分析生存资料,明确FAM83H-AS1表达水平与乳腺癌患者预后的关系,并利用GEPIA及Kaplan-Meier Plotter进行双重验证。同时利用TCGA临床信息分析FAM83H-AS1与临床病理分期的关系,运用R语言分析FAM83H-AS1与肿瘤微环境、免疫检测点相关基因及肿瘤突变负荷（tumor mutation burden,TMB）的相关性,并进行基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）。结果 FAM83H-AS1在多种癌症中表达异常,其中在乳腺癌中的表达显著升高,且高表达FAM83H-AS1的乳腺癌患者总生存率显著降低。此外,不同临床分期的乳腺癌患者FAM83H-AS1的表达水平不同。FAM83H-AS1与乳腺癌样本中的基质细胞评分及免疫细胞评分均呈负相关,与一些免疫检测点相关基因表达具有相关性,TMB雷达图结果提示FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达与TMB存在正相关性,GSEA结果提示FAM83H-AS1的表达与错配修复功能呈正相关性。结论 FAM83H-AS1基因在乳腺癌中高表达,与患者的不良预后、临床病理分期、肿瘤微环境及TMB均有相关性。同时FAM83H-AS1与免疫检测点相关的一些基因及错配修复基因存在相关性,以上可能为临床乳腺癌的治疗、预测预后及基因靶向药物的研制提供理论依据。     

人FAM172A基因慢病毒载体的构建及其在巨噬细胞中的表达

目的 构建人FAM172A基因慢病毒载体,并包装慢病毒FAM172A感染人巨噬细胞予以鉴定.方法 以PDC315-FAM172A为模板扩增FAM172A基因全长序列后,与慢病毒载体pLenti6.3/V5-GFP经酶切、连接转化大肠杆菌,挑取阳性克隆,行菌液PCR、酶切及测序鉴定.将鉴定正确的FAM172A基因慢病毒载体和病毒包装质粒共转染FT293细胞包装慢病毒FAM172A,测定病毒效价.Western blot和QPCR验证慢病毒FAM172A感染巨噬细胞效果.结果 菌液PCR、酶切及测序结果显示FAM172A基因成功插入到慢病毒载体中.病毒包装后荧光显微镜观察到FT293细胞中有大量绿色荧光,病毒效价为1.2×108TU/ml.Western blot和QPCR结果显示,慢病毒FAM172A侵染靶细胞后可明显增加目的基因FAM172A的表达.结论 成功构建慢病毒FAM172A,为后续FAM172A基因功能研究奠定了基础.     

FAM60A在细胞功能调控作用中的研究进展

FAM60A最早被认为是一个细胞周期调控蛋白,通常作为SIN3转录调控蛋白家族成员A/组蛋白去乙酰化酶复合体的一个亚基,在细胞周期调控、形态学改变、增殖、分化和转移,胚胎早期发育及组织器官的发育等过程中发挥重要作用。近年研究表明,FAM60A在肿瘤的发生发展中也起到重要作用,包括人骨肉瘤、食管癌、胃癌、肺癌及肝癌等,为肿瘤的诊断治疗和研究提供了一个新方向。本文总结了近年来的研究成果,探讨了FAM60A在各项细胞功能中的作用。     

FAM3A相互作用蛋白的检测

 【目的】 FAM3A (family with sequence similarity 3, member A)为新近发现的细胞因子FAM3的家族成员之一,本研究检测FAM3A的相互作用蛋白? 【方法】 克隆FAM3A并连接到pGB载体,转化酵母Y190宿主菌,加入含主要信号传导细胞因子人cDNA文库,按标准程序进行酵母双杂交,以X-Gal显色评估活性?提取扩增阳性克隆,连接pACT2载体,测序?检索基因库确定阳性克隆基因?克隆阳性基因并与FAM3A质粒共转染酵母进一步确定相互作用? 【结果】 酵母双杂交检测到一个与FAM3A相互作用的阳性克隆,提取扩增后测序分析此相互作用蛋白为一睾丸特异性丝氨酸/苏氨酸激酶 (TSSK4),一种与精子的发育?成熟?及生育功能有关的蛋白质.共转染pGB-FAM3A质粒与pACT2-TSSK4质粒入Y190酵母证实上述相互作用?【结论】 FAM3A可能通过与TSSK4的相互作用参与精子功能与生育能力的调节?     

心脏特异表达人源FAM55A转基因小鼠的建立

目的建立心脏特异表达的人源FAM55A转基因小鼠,为研究该基因在心肌病发病中的作用提供模型。方法 Western blot检测FAM55A在野生型小鼠与cTnTR141W转基因小鼠心脏组织中的表达变化及其在野生小鼠的组织表达谱。克隆人源FAM55A基因入α-MHC启动子下游构建a-MHC-FAM55A表达载体,显微注射法建立FAM55A转基因小鼠。PCR鉴定转基因首建鼠的基因型。Western blot鉴定人源FAM55A在转基因小鼠心脏中的表达,超声检测转基因小鼠心脏的几何构型和功能。HE染色检测转基因小鼠心脏的病理改变。结果 FAM55A在野生型小鼠心脏中有少量表达,在扩张型心肌病小鼠的心脏中表达增加。建立了1个心脏组织特异表达人源FAM55A转基因小鼠品系。与野生型小鼠相比,FAM55A转基因小鼠的心脏收缩期和舒张期左室前壁从1月龄到5月龄持续增厚,3月龄转基因小鼠心脏射血分数和短轴缩短率稍有增强,1月龄和5月龄转基因小鼠心脏功能则与同龄野生型小鼠相比无变化。组织学检测显示,转基因小鼠心脏左室心肌细胞不均匀肥大,但不发生紊乱。结论 FAM55A在扩张型心肌病小鼠的心脏中表达上调,建立了心脏特异表达的人源FAM55A转基因小鼠,为进一步和心肌病小鼠模型杂交,研究该基因在心肌病发病中的作用提供了工具。     

人FAM172A干扰慢病毒载体的构建及在甲状腺乳头状癌细胞中的表达

目的 构建人FAM172A干扰慢病毒表达载体,并包装成FAM172A干扰慢病毒感染甲状腺乳头状癌细胞予以鉴定。方法 根据人FAM172A mRNA序列设计退火Oligo,与慢病毒载体pL/shRNA/F经酶切、连接、转化、测序鉴定。病毒包装后,转染HEK293细胞测定病毒滴度。将重组慢病毒感染甲状腺乳头状癌细胞,利用荧光显微镜和QPCR检测FAM172A的表达。结果 重组慢病毒载体pL/shRNA/F-shFAM172A经PCR扩增及测序鉴定正确,病毒包装后荧光显微镜观察到FT293细胞中有大量绿色荧光,测定病毒滴度为5×10⁶TU/ml。FAM172A干扰慢病毒感染的甲状腺乳头状癌细胞中FAM172A表达被显著减少。结论 成功制备了人重组FAM172A干扰慢病毒,并在甲状腺乳头状癌细胞中高效减少FAM172A的表达,为进行FAM172A的功能和机制奠定了良好的基础。     

乳腺癌外周血标记物FAM83A的检测及临床意义

目的：鉴定一种新的检测乳腺癌循环癌细胞的肿瘤标记物FAM83A。探讨FAM83A在乳腺癌外周血中的表达水平及其与临床病理学特征的关系。方法：通过肿瘤基因组解剖计划（cancergenome anatomy project,CGAP）数据库的数字基因表达演示工具（digital gene expression displayer,DGED）,发现了一种新的乳腺癌外周血标记物FAM83A。采用实时半定量巢式PCR技术,检测了84例乳腺癌和60例正常人外周血中FAM83A的表达水平,并进一步分析了FAM83A表达与乳腺癌临床病理特征的相关性。结果：发现了一个新的外周血肿瘤标记物FAM83A,并证实其在84例乳腺癌外周血中的表达水平明显高于正常组（P〈0.01）。并且,FAM83A在外周血中的表达水平与临床分期、淋巴结转移和ER、PR具有相关性（P〈0.05）。结论：FAM83A是一种新的检测乳腺癌外周血循环癌细胞的肿瘤标记物,并可作为判断乳腺癌转移和预后的评估指标。     

应用酵母双杂交筛选与FAM172A相互作用蛋白的研究

目的 应用酵母双杂交技术（蛋白与蛋白的相互作用）,筛选人胎脑cDNA文库中与FAM172A蛋白相互作用的蛋白,为深入研究新发现的蛋白质FAM172A生物学功能及在疾病中的作用奠定基础.方法 构建pGB-FAM172A诱饵质粒,转化酵母菌株Y190.人胎脑cDNA转化诱饵酵母菌,于营养缺陷型培养基（SD/-Leu/-Trp/-His）上生长,从中筛选到35个单克隆进行β-半乳糖苷酶克隆转移滤纸实验,对蓝色克隆者进行质粒抽提,转入大肠杆菌DH/OB,进行抗性筛选,从中提取质粒,一对一与诱饵质粒pGB-FAM172A共转酵母细胞Y190,进行验证鉴定,提取质粒DNA进行测序并进行BLAST比对分析.结果 成功构建pGB-FAM172A质粒,经严格筛选,共有10个阳性克隆,分别进行测序、序列比对,成功筛选出6个与FAM172A存在相互作用的蛋白：RTCD1、MOCS2、A2M、KCNIP1、BTBD2和TOX2.结论 利用酵母双杂交系统筛选出6个可能与FAM172A相互作用的蛋白,为进一步研究FAM172A蛋白的生物学功能提供了线索.     

抗生素LY－92的分光光度测定法

根据抗生素ＬＹ－９２与显色剂反应呈色,建立了用分光光度法测定其化学效价的方法。以碱性苦味酸钠盐溶液为络合剂与抗生素ＬＹ－９２形成黄色的络合物。紫外光谱证明其在３７７ｎｍ处有最大吸收,测定其吸收度,用标准曲线法计算ＬＹ－９２的浓度。本法简便,测定速度快,产物在５～１２０ｍｉｎ稳定,灵敏度高（表现吸收系数：ε３７７＝１．７５×１０４ｍｏｌ－１·ｃｍ－１·Ｌ）。线性范围０～３７．６μｇ／ｍｌ。用该法测定抗生素ＬＹ－９２的发酵菌丝体原液、洗脱液、吸附液、粗品、精品等样品的化学效价,适合生产过程中的质量控制。