tRNAHis/GUG识别特性的分子力学模拟

本文选用经过实验验证的碱基序列,用简化的方式,构建了被水分子和镁离子修饰的核酸序列的分子模型,应用分子力学模拟方法对序列进行能量优化,对优化后序列的构象参数、成键状况和能量数据等进行了分析。对ｔＲＮＡ＾Ｈｉｓ／ＧＵＧ的识别特性作了初步的探索,得到了和实验结果相近的结论。此外,还从能力学的角度讨论了溶剂－溶质－溶剂相互作用形成的网状氢键网络对核酸结构稳定性的影响,探讨了非Ｃｒｉｃｋ－ＷａｔｓｏｎＧＵ     

肝细胞癌(HCC)门静脉癌栓(PVTT)形成的分子机制研究进展

肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是最常见的恶性肿瘤之一,预后较差。HCC合并门静脉癌栓(portal vein tumor thrombus, PVTT)是影响患者预后的重要危险因素之一,寻找PVTT的有效干预措施对于改善预后具有重要意义。本文从肿瘤细胞自身改变及微环境对肿瘤细胞的影响这两个方面对PVTT形成的分子机制进行综述。     

脂蛋白(a)的分子生物学特性及其与冠心病相关性的研究进展

脂蛋白(a)是与LDL(低密度脂蛋白)相似的一特殊脂蛋白颗粒,大量研究证明,其血浆浓度与冠状动脉粥样硬化性心脏病的发生和发展有密切关系,高脂蛋白(a)血症是冠心病的一个危险因子,作者就脂蛋白(a)的生物化学特性、有关研究进展及可能的致病机制等作一综述。     

超支化聚(酰胺-酯)水溶液的特性粘数

以丁二酸酐和二乙醇胺为原料,合成了一种超支化聚(酰胺-酯),并研究了其水溶液的特性粘数([η])与温度的依赖关系。结果表明:[η]随温度升高有异常变化,在69.1~69.8°C,[η]明显降低,在此区间以外,则几乎不受温度影响。在此温度区间[η]突然降低,可能是由于体系中聚合物间和聚合物与水间因氢键形成的物理交联网络在高温下受到破坏而引起的,即体系发生了体积相变现象;DSC测试显示,用冰醋酸改性超支化端基减少端羟基数后,相变温度也相应从改性前的69.1°C降至53.2°C。实验证实上述现象并非由聚合物在水中的水解所造成的。     

食管鳞状细胞癌(ESCC)中PD-1/PD-L1/PD-L2的表达与临床因素及预后的相关性

 目的 检验程序性细胞死亡分子1（programmed cell death-1,PD-1）/PD配体1（PD ligand-1,PD-L1）/PD配体2（PD-L2）在食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma,ESCC）患者中的表达,并评估其与临床特征及预后的关系。方法 收集2007年1月至12月在复旦大学附属中山医院胸外科接受手术治疗的325例食管肿瘤患者的临床数据,通过免疫组织化学染色分析石蜡包埋的肿瘤样品及部分对应的癌旁组织中PD-1、PD-L1和PD-L2的表达,用免疫反应评分并分析其与临床特征及预后的关系。结果 PD-1、PD-L1、PD-L2三者阳性表达率分别为12.0%、52.6%、32.9%,PD-L（P<0.001）、PD-L1（P<0.001）、PD-L2（P=0.023）在癌旁组织和癌组织中的表达有差别。PD-L1的阳性表达与T分期（P<0.001）、术后分期（P=0.006）相关,PD-L2的阳性表达与T分期（P<0.001）、术后分期（P=0.002）及淋巴结转移（P=0.044）相关,与其他临床因素的相关性无统计学意义。PD-1（P=0.500）、PD-L1（P=0.058）、PD-L2（P=0.096）单阳性与患者生存状况均无明显关联。但三者表达均阴性的患者预后要显著优于仅其中一个因子表达阳性（HR=1.669）或二个以上因子表达阳性的患者（HR=1.606）。结论 PD-L1和PD-L2与ESCC患者的多个临床特征有关。虽然PD-1、PD-L1、PD-L2各自与患者预后之间无统计学意义关联,但表达均阴性的患者预后相对较好。     

肿瘤增殖相关分子(TSPAN-1)和血管内皮生长因子C(VEGF-C)在宫颈鳞癌中的表达及意义

目的 通过检测肿瘤增殖相关分子(TSPAN-1)和血管内皮生长因子C(VEGF-C)在正常宫颈(NCE)组织、宫颈上皮内瘤变(CIN)及宫颈鳞癌(SCC)组织中的表达情况,探讨两者在宫颈鳞癌发生、发展中的作用及意义.方法 采用免疫组织化学SP法检测15例NCE组织,30例高级别CIN组织及45例SCC组织中TSPAN-1和VEGF-C的表达情况,分析两者的表达与宫颈癌患者各临床因素的关系.结果 TSPAN-1和VEGF-C在正常宫颈组织中均不表达;在CINI I+CINI I级、宫颈鳞状细胞癌组织中两者的表达明显升高.TSPAN-1在宫颈鳞癌的阳性表达率与患者年龄、FIGO分期、组织分化程度无关,与淋巴结转移和宫颈浸润深度有关(P<0.05).VEGF-C在宫颈鳞癌组中的阳性表达率与患者年龄、FIGO分期无关,而与宫颈浸润深度、组织分化程度、淋巴结转移有关(P<0.05).宫颈鳞癌组织中TSPAN-1和VEGF-C的表达呈正相关(r=0.851,P<0.05).结论 TSPAN-1和VEGF-C在正常宫颈组织的表达均明显低于宫颈上皮内瘤变组、宫颈鳞癌组中的表达.在宫颈鳞癌组中TSPAN-1的阳性表达率与年龄、FIGO分期、组织分化程度无关,而与间质浸润深度及淋巴结转移相关.VEGF-C在宫颈鳞癌组中的阳性表达率与年龄、FIGO分期无关,而与浸润深度、组织分化程度、淋巴结转移密切相关.TSPAN-1及VEGF-C在宫颈鳞癌中的表达呈正相关,说明两者可能与宫颈鳞癌的发生、发展相关.     

代谢综合征(MS)与前列腺癌:分子机制及治疗方法研究进展

 代谢综合征(metabolic syndrome,MS)及其多种组分(肥胖、糖尿病、高血压、高脂血症等)与前列腺癌相关,两者间的分子生物学机制存在复杂的网络联系。本文就MS与前列腺癌发生与进展的流行病学及基础研究文献进行综述,重点阐述MS影响前列腺癌发生发展的分子生物学机制,包括细胞因子、胰岛素与胰岛素样生长因子(insulin like growth factor,IGF)、性激素、炎症与免疫系统、脂肪酸与氨基酸代谢等方面。随后从加强一级预防、拓展经典药物适应证、研发针对靶点的新型药物等角度对防治方法进行梳理和展望。     

低分子肝素钙治疗短暂性脑缺血发作(TIA)36例临床观察

目的:观察低分子肝素钙治疗短暂性脑缺血发作(TIA)的疗效和安全性。方法:入选36例病例均采用低分子右旋糖酐500mL+丹参20mL作基础治疗,治疗组20例短暂脑缺血发作病例,用低分子肝素钙5000u,腹壁皮下注射,每12h1次,连用7d。结果:结果显示治疗组与对照组在治疗后1W、1个月及6个月TIA及脑梗死的发病率比较差异有显著性(P<0.05)。结论:低分子肝素钙治疗短暂脑缺血发作是安全有效的。     

低分子肝素(LMWH)配合其它措施预防老年人髋部术后深静脉血栓形成

目的:低分子肝素(LMWH)配合其他方法预防老年人髋部术后下肢深静脉血栓形成(DVT,deepveinthrombosis)的作用。方法:采用皮下注射低分子肝素(LMWH),配合股四头肌舒缩、CPM机(肢关节功能恢复器)功能锻炼等机械措施预防髋部术后下肢深静脉血栓形成。结果:本组40例患者髋部术后下肢深静脉血栓的发生率为2.5%。结论:低分子肝素(LMWH)配合其他措施是预防髋部术后下肢深静脉血栓形成的有效方法。     

P_(300)识别电位的研究

本文报告用听觉诱发的P_(300)识别电位检测135例正常人的结果,对实验方法,正常值及其与年龄,性别、文化程度的关系进行了讨论,并对P_(300)的起源及临床意义做了初步探讨。     

5—氨基水杨酸与乙基纤维素溶混性的计算机模拟

使用计算机辅助分子建模（ＣＡＭＭ）、分子力学和蒙特卡罗方法,模拟了５－氨基水杨酸（５－ＡＳＡ,Ｃ７Ｈ７ＮＯ３,美沙拉灵（ｓｐ－５７－６））与乙基纤维素（ＥＣ）的溶混性。模拟结果显示,在２７３Ｋ至３１６Ｋ的温度范围内,５－氨基水杨酸与乙基纤维素能以任何比例混溶。得出Ｅｍｉｘ（Ｔ）＝Ａ＋ＢＴ＋Ｃ／Ｔ模型,Ａ＝０．３６９４Ｅ＋０４,Ｂ＝－０．２６１０Ｅ－０２,ａｎｄＣ＝０．１８１８Ｅ＋０４,以及Ｅｍｉｘ（Ｔ）模型标准方差,Ｓ＝０．２６５４Ｅ－０３ｋｃａｌ／ｍｏｌ。对乙基纤维素及５－氨基水杨酸与乙基纤维素混溶过程的能量和构象分析表明,混溶过程中有乙基纤维素分子内和乙基纤维素与乙基纤维素分子间氢键形成。对两相混溶体系进行了热力学分析。     

亚甲二氧基甲基苯丙胺法庭鉴定的化学模式识别研究

目的:利用化学模式识别方法对摇头丸质谱分析数据进行处理,建立一种合适的分析方法,对不同缴获途径的亚甲二氧基甲基苯丙胺进行法庭鉴定。方法:对2 0 0 3年南京市禁毒处所缴获的摇头丸按照案情进行筛选,确定以4例案件中缴获的摇头丸共4 8粒进行气质联用分析,建立模式与识别模型。结果:利用SIMCA法建立了摇头丸法庭鉴定的方法。结论:本文所应用的方法可作为摇头丸法庭鉴定的一种新手段。     

含有L-对硝基苯丙氨酸的BAFF改构体的分子动力学模拟与分析

建立含有L-对硝基苯丙氨酸(p-nitro-L-phenylalanine,pNO₂Phe)蛋白的分子动力学模拟方法,分析了含有pNO₂Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系,为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学模拟研究提供参考。使用CGenFF-paramchem计算天然氨基酸中不存在的L-对硝基苯丙氨酸的新的成键、键角、二面角信息与能量,将新成键的键长、键角、二面角参数与相应的能量信息写入CHARMM(chemistry at Harvard macromolecular mechanics)力场参数文件中。重新定义L-对硝基苯丙氨酸的CHARMM力场参数后,利用纳米分子动力学(NAMD)成功对含有L-对硝基苯丙氨酸的B淋巴细胞刺激因子(BAFF)进行动力学模拟。统计动力学模拟过程中的每一帧体系的温度,作出的温度分布图符合正态分布,证明了新定义力场参数的稳定性。模拟结果中,蛋白的均方根偏差(RMSD)在趋近于2.5,pNO₂Phe残基的均方根涨落(RMSF)为3.7,显著高于分子的其他部位,表明pNO₂Phe残基运动剧烈,蛋白在该残基附近结构的可变性较大,可能会产生新的构象表位,为含有pNO₂Phe蛋白成为自体疫苗的设计提供了理论上的可行性。     

硫氧还蛋白-(His)6融合的瑞替普酶的表达、纯化和活性检测

目的:构建硫氧还蛋白-(His)6-瑞替普酶融合表达载体,提高瑞替普酶在大肠杆菌中的表达量,简化rPA的分离纯化.方法:将rPA基因克隆于原核表达载体pET32a硫氧还蛋白-(组氨酸)6标签下游,在大肠杆菌BL21(DE3)中用乳糖进行诱导表达.采用一步稀释法对融合蛋白体外复性后,使用Ni2 亲和层析柱,对包涵体复性液进行初步纯化.采用体外溶圈法对复性后和纯化后的融合蛋白进行生物活性的测定.结果:得到分子量约为56 kDa的融合蛋白,表达量达到总蛋白的30%以上.比本实验室构建的非融合表达载体表达量提高了约50%.经过一步Ni2 亲和层析,融合蛋白纯度达到80%以上.体外溶圈法实验表明融合蛋白复性后和纯化后具有溶栓活性.结论:与非融合表达相比,融合表达的表达量明显提高.即使N端额外融合一段融合多肽,rPA仍然具有生物学活性.     

基于网络药理学结合分子对接探讨中药枸骨叶抗肿瘤的作用机制

目的 从网络视角出发,探讨枸骨叶抗肿瘤的的可能作用机制,为其临床使用提供依据.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医百科全书数据库(ETCM)及查阅相关文献,获取枸骨叶的有效成分及潜在靶点.利用人类基因组注释数据库(GeneCards)结果对比,获得枸骨叶与肿瘤重合的潜在靶点基因,并通过Cytos...     

江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析

目的:分析江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)变异情况,分析其遗传进化特征?方法:按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培养及亚型鉴定?选取2013年不同时间段?不同地区具有代表性的14株甲型H1N1(09pdm)阳性毒株,利用特异性引物扩增HA?NA基因,测序并分析其遗传进化特征?结果:14株分离毒株与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~98.4%和96.5%~98.0%?NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.9%和97.0%~98.5%?遗传进化分析表明,14株分离株HA和NA基因分属于不同的进化谱系?分子特征表现为HA氨基酸序列出现D114N?K300E?E516K的变异,NA分子特征表现为N44S位点变异?从2013年左右开始甲型H1N1(09pdm)流感基因多样性增加;通过FEL模型得到一个正向压力选择HA氨基酸位点310,一个正向压力选择NA氨基酸位点4,通过REL模型得到9个正向压力选择HA氨基酸位点179?180?239?301?303?310?311?312?313(含位点310),5个正向压力选择NA氨基酸位点4?23?52?287?374(含位点4)?HA蛋白具有9个潜在糖基化位点,7个位于HA1上,2个位于HA2上;NA蛋白共有9个潜在糖基化位点?14株分离毒株在NA蛋白酶活性中心及周围辅助位点上均未发现变异?结论:2013年江苏省甲型H1N1(09pdm)流感HA?NA基因变异加快,遗传多样性增加,未来的遗传进化值得进一步关注?     

柴胡-黄芩药对防治新型冠状病毒肺炎网络药理学分子机制研究

目的 基于网络药理学研究柴胡-黄芩药对防治新型冠状病毒肺炎的药物成分,预测作用靶点,并探讨其潜在的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)收集柴胡-黄芩药对的药物成分及相应作用靶点;运用STRING数据库与Cytoscape软件构建“药物成分-靶点”网络和蛋白相互作用网络;通过ClueGO对靶点的基因本体...     

O-糖基化HBV Pre-S(2)CTL表位分子模建及免疫学活性研究

目的 研究Ｏ－糖基化（Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ）修饰对ＨＢＶ Ｐｒｅ－Ｓ（２）上ＣＴＬ表位结构及其免疫学活性的影响。方法 选择ＨＢＶ Ｐｒｅ－Ｓ（２）上公认的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位４４～５３（ＳＩＬＳＫＴＧＤＰＶ）,以Ｓｅｒ４４为糖基化位点,进行计算机分子模建,并利用糖肽合成技术,固相合成α－ＧａＩＮＡｃ－糖基化可改变表位形态使之更适宜与ＨＬＡ－Ａ２类分子结合,糖基部分基团可从ＨＬＡ－Ａ２     

海藻酸钠/聚(N-异丙基丙烯酰胺)半互穿网络水凝胶的制备及性能研究

由海藻酸钠(SA)和聚(N-异丙基丙烯酰胺)(PNIPAAm)制得的半互穿网络水凝胶具有温度及pH敏感特性。在酸性(pH=1.3)和弱碱性条件(pH=7．4)下，研究了温度对该凝胶溶胀度的影响，结果表明，该凝胶溶胀度均随着温度的提高而下降，但在pH=1．3时，溶胀度小于PNIPAAm水凝胶的；在pH=7．4时，结果正好相反。在25℃和37℃的条件下，分别考察pH对该凝胶溶胀度的影响，结果表明，在25℃时该凝胶有良好的pH敏感性，而在37℃时，敏感性不明显。同时也发现该凝胶对pH、温度的脉冲刺激有较快的响应性。