2010年-2013年宜春市甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因进化分析

目的掌握宜春市2010年-2013年甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,了解WHO甲3型疫苗推荐株对宜春市甲3亚型流感病毒预防效果。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar 5.0、Bio Edit 7.0、Mega 3.1软件对测序结果进行分析处理。结果对14株毒株进行HA1基因序列测定,分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,2010年、2012年、2013年氨基酸同源性分别为98.6%~98.7%、99.2%~99.3%、98.4%~98.8%;氨基酸平均替换数分别为7.5个、5个、8.25个,2012年和2013年分别有2处和4处变异位于抗原决定簇,2010年未在抗原决定簇区发生氨基酸变异替换;14株所测甲型H3N2亚型流感病毒与当年疫苗推荐株均在同一分支上,亲缘性较近。结论 2010年-2013年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,根据WHO不同年度推荐疫苗株生产的疫苗,对本市的甲型H3N2亚型流感保护效果良好。     

2017年深圳地区A/H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征

  目的  了解深圳市2017年上半年流行的甲型H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征,为预测流感病毒流行和变异提供科学依据。  方法  利用DNAStar、MEGA 7.0等生物信息学软件对研究分离的40株H3N2流感病毒的HA和NA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,构建分子进化树,分析基因特征和变异情况。  结果  深圳分离株的同源性均达到97.8%~100.0%,位于亚洲北美人源分支。与世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的疫苗株A/Switzerland/9715293/2013（H3N2）和A/Hong Kong/4801/2014（H3N2）相比,有较高的序列相似性;与当年疫苗株对比发现,HA发生6个抗原位点和2个受体结合位点的改变,NA出现第151位酶活性位点的改变;HA和NA的潜在N-糖基化位点在数量和位置上也发生变化。  结论  深圳市2017年上半年甲型H3N2亚型流感病毒在流行过程中尚未发生明显变异,目前推荐的疫苗株仍对深圳地区人群有一定保护作用,HA和NA多个氨基酸位点的变异提示仍需加强H3N2亚型流感病毒分子水平的动态监测。     

2012 - 2013 年长春地区甲 3( H3N2) 亚型流感病毒 HA1 基因序列分析

目的了解2012—2013年长春地区流感病毒优势流行甲3（H3N2）亚型流感病毒HA1基因序列的特性。方法采用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒RNA,进行逆转录和聚合酶链式反应（RT—PCR）,扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序,用Mega5．10软件中NeighborJoining方法进行基因种系发生树分析。结果（1）2012—2013年吉林省长春地区流行的H3N2亚型流感毒株核苷酸同源性为95．8％-100．0％,2012年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2011—2012年疫苗株A／perth／16／2009相比有15个氨基酸发生了变异;2013年流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的2012—2013年疫苗株A／Victoria／361／2011相比有13个氨基酸发生了变异。（2）2012年2—3月分离的毒株与2012年11月-2013年3月分离的毒株在进化树上处于两个不同的侧枝上。结论2012—2013年长春地区流行的H3N2亚型流感毒株与WHO推荐的疫苗株A／peah／16／2009、A／Victoria／361／2011相比HA1基因已经发生了一定的变化,不同时间流行的病毒株也有差异。     

铜川市2013-2015年A型流感病毒HA基因特性研究

目的 应用生物信息学数据库和工具,了解2013-2014年铜川市A型H1N1和2013-2015年A型H3N2流感病毒血凝素(HA)基因特性及其抗原变异情况。 方法 收集铜川市哨点医院流感样病例标本,采用MDCK细胞分离流感病毒。用RT-PCR对部分A型H1N1、H3N2流感病毒进行HA基因序列扩增和纯化,序列测定,并用MEGA软件构建种系发生树分析。 结果 2013-2015年铜川市流感核酸检测标本共2 333份,流感阳性476份,阳性率20.40%。4株A型H1N1亚型流感病毒与WHO推荐A/California/07/2009(H1N1)疫苗株氨基酸序列比对,共发生11次氨基酸突变,其中3个氨基酸位点突变发生在抗原决定簇。3株A型H3N2亚型与WHO推荐的北半球2013-2014年A/Victoria/361/2011(H3N2)疫苗株比对共有9个氨基酸位点发生了突变,其中3个氨基酸位点发生在抗原决定簇;与WHO推荐的北半球2014-2015年A/Texas/50/2012(H3N2)疫苗株比对共有10个氨基酸位点发生了突变,有5个氨基酸位点发生在抗原决定簇。 结论 2013-2015年铜川市流行的A型H1N1、H3N2亚型流感病毒氨基酸发生突变导致抗原漂移。     

2007年-2008年珠海地区H3N2亚型流感病毒HA1基因特性研究

目的:了解珠海市2007年-2008年H3N2亚型流感病毒流行情况及血凝素基因变异情况。方法:按照时间顺序,随机选取12株2007年-2008年珠海市分离的H3N2亚型流感病毒株进行血凝素HA1序列测定并推导出其氨基酸序列进行分析。结果:H3N2亚型流感病毒在2007年为优势株,2008年成为弱势株。2007年分离株与该年疫苗株比较多数增加了1个糖基化位点,抗原决定簇有4个氨基酸位点发生了替换,并导致其抗原性发生漂移。2008年分离株氨基酸序列与该年疫苗株比较未发生明显变异。结论:2007年根据WHO疫苗推荐株生产的疫苗对该年我市H3N2亚型流感预防效果不好,以致于H3亚型在我市该年度成为优势株,引起广泛流行。2008年H3N2亚型流感病毒为该年度流感流行的弱势株,其HA1基因序列与该年度疫苗株相比未发生明显变异,对人群的保护效果较好。     

2010-2012年贵州省H3N2亚型流感病毒HA1基因变异分析

目的了解2010-2012年贵州省H3N2亚型流感病毒HA1基因变异特征。方法用MDCK细胞分离流感病毒,采用血凝抑制试验分型鉴定,选取23株H3N2亚型流感毒株进行RNA提取,逆转录扩增获得HA1基因产物,将其进行基因产物测序,测定的序列用相关的生物信息软件进行分析。结果贵州省2010年及2012年H3N2亚型流感病毒流行株与WHO疫苗推荐株A/Perth/16/2009(H3N2)亲缘关系较远,以至于H3亚型在我省成为优势株,引起广泛流行。结论 2010年及2012年H3N2亚型流感病毒流行株与WHO推荐的疫苗株之间的匹配性不完全一致。同时在2010-2012年间贵州省H3N2亚型流感病毒有持续的变异。     

陕西省2011年-2013年H3N2流感流行趋势及HA1基因特征研究

目的了解陕西省2011年-2013年H3N2型流感病毒的流行特征和HA1基因特性。方法收集陕西省全省18家哨点医院流感样病例的监测资料和12家流感网络实验室病原学检测结果。用RT-PCR方法对部分H3N2流感病毒进行HA1基因序列扩增,利用生物软件对序列特征及变化情况进行分析。结果陕西省2011年-2012年H3N2为非流行优势株,占流感病毒阳性的17.38%,流行高峰为2月-3月;2012年-2013年H3N2为陕西省的流行优势株,占流感病毒阳性的56.61%,流行高峰时间为11月-次年2月。通过测序得到的各标本HA1序列为987 bp,编码329个氨基酸(aa),2年间分别有12个氨基酸位点发生变异,其中在4个位点出现变异发生在HA1抗原决定簇,2年共增加了2个潜在的糖基化位点,HA1的受体结合位点和二硫键比较稳定,2年间未发生变化。结论 2012年-2013年陕西省H3N2型流感病毒为流行的优势毒株,相对于国际疫苗株,已经出现了抗原漂移。     

上海2010—2013年H3N2流感病毒流行特征

[目的]了解上海市2010—2013年流行的甲3流感病毒血凝毒（HA）基因突变及其抗原变异情况与流感流行的关系。[方法]用实时荧光聚合酶链反应（real-time PCR）检测2010—2013年因类流感症状（ILI）到流感哨点医院就诊的监测病例,分析甲3亚型流感病毒流行特征。鸡胚传代甲3亚型阳性标本,收获尿囊腔液用作提取病毒的RNA,进行逆转录聚合酶连扩增,扩增产物纯化后进行测序,用MegAlign软件对血凝素（HA）1区域氨基酸位点进行对比分析,用MEGA软件对HA基因进化树进行分析。[结果]2010—2013年间,上海市甲3亚型流感病毒为2010、2012、2013年主要流行株。流行特征具有明显的年度和季节特点,与全国一致。与2011年世界卫生组织推荐的疫苗株相比,上海市甲3亚型流感病毒HA1区域在2010年发生明显抗原改变,共发生35处氨基酸替代,其中23处位点改变较大,6个氨基酸位点涉及HA1的4个抗原决定簇。2011年后的毒株在进化树上也形成一个独立的分支。[结论]上海市2012年较大规模的甲3亚型流感病毒流行与病毒的抗原性漂移有关。     

2008-2012年江西省甲型H3N2流感病毒HA1基因特征及与疫苗株差异分析

目的掌握2008-2012年江西省甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,在分子水平了解WHO甲3型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感病毒预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲3型流感病毒毒株进行核酸的提取,扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定并对HA1基因特性进行分析。结果 2008-2012年共分离到甲3型流感病毒553株,对其中23株毒株进行HA1基因序列测定,各年份的毒株HA1序列分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,结果为2008-2012年氨基酸同源性分别为98.4%~99.1%、96.6%~98.4%、97.2%~98.4%、96.2%~97.2%和96.6%~98.1%;抗原决定簇区氨基酸平均变异数分别为1.3个、3.2个、1.4个、3个和2.5个;其中2009年有3株在2个抗原决定簇区发生了4~5个的氨基酸替换。结论2008-2012年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,疫苗对我省2008年度、2010年度和2012年度的甲型H3N2亚型流感保护效果良好,在2011年度保护效果存在滞后现象,对2009年甲型H3N2亚型流感保护效果较差。     

2014—2016年镇江市甲型H3N2流感病毒HA和NA基因遗传进化研究

目的对2014—2016年镇江市甲型H3N2流感病毒的HA和NA基因进行分子流行病学分析,了解其进化特征。方法收集2014—2016年镇江市流感样病例咽拭子标本,对核酸检测鉴定为阳性的标本进行病毒分离;随机抽取13株经血凝抑制试验(HI)鉴定确认为甲型H3N2亚型毒株,用特异性的引物扩增其HA和NA基因,进行序列分析。对分离株和疫苗株、参比毒株的核苷酸、氨基酸同源性进行分析,对其抗原表位、耐药位点和糖基化位点进行分析。结果 2014—2016年镇江市共采集9 532份流感样标本,流感病毒阳性检出率为11.77%,3年分别为11.23%、13.82%和10.61%,差异有统计学意义(χ~2=16.602,P0.001)。甲型H3N2亚型为最主要的亚型(占43.76%),其次为乙型BY型(占35.65%);除2015年乙型BY亚型为主(占70.13%),2014年、2016年均以甲型H3N2亚型为主(分别占48.30%、54.80%)。与北半球疫苗株A/Texas/50/2012(2013—2015)及A/Switzerland/9715293/2013(2015—2016)比对,选取的13株甲型H3N2镇江分离株的HA和NA基因核苷酸、氨基酸的同源性均≥97.4%,与北半球疫苗株HA和NA基因核苷酸、氨基酸的同源性均≥94.8%。13株镇江分离H3N2毒株主要分为4个进化分支。13株均未出现主要抗原位点氨基酸序列缺失,存在Y94H、A128T、S138A、G142R等散点性突变。与M2、NA蛋白相关的耐药位点未发现变异;3株糖基化位点发生D329N氨基酸替换。结论甲型H3N2亚型流感病毒是镇江市优势流行亚型。主要抗原位点、耐药位点均未发现重要突变,糖基化位点相对保守,仍应继续加强监测。     

贵阳市2012-2015年B型流行性感冒病毒血凝素基因特性分析

目的 了解2012-2015年贵阳市B型流行性感冒（以下简称流感）病毒的变异和流行特点,分析其与WHO推荐的疫苗株和我国的代表株匹配情况。方法 将21份标本进行血凝素基因片段1（haemagglutinin 1,HA1）基因序列测定,通过DNA Star version 7.1等软件对测序产物进行分析。结果 贵阳市B型流感病毒存在BY和BV两种谱系;核苷酸同源性显示,BV系与疫苗株B/Brisbane/60/2008的同源性为97.8%~99.3%;2013-2014年BY系与疫苗株B/Massachusetts/02/2012的同源性为96.2%~96.5%,与既往的疫苗株B/Wisconsin/01/2010同源性为99.0%~99.3%;2015年BY系与疫苗株B/PHUKET/3073/2013同源性为99.2%~99.5%;2012-2015年BV系与我国代表株B/Chongqing-Yuzhong/1384/2010同源性为96.8%~99.0%,BY系与种子疫苗株B/Hubei-Wujiagang/158/2009为98.2%~99.2%。与当年度疫苗株相比,2013-2014年BY系毒株有9个氨基酸位点发生变异,其中A134P位点涉及到抗原决定簇A区,N142K涉及到B区;2015年BY系毒株发生新的L198Q变异,且涉及到D区;BV系氨基酸位点替换多样,但很少涉及到抗原决定簇。结论 2012-2015年贵阳市人群中B型流感病毒在不断地发生改变,除2013-2014年疫苗株与流行株匹配性不佳以外,其余年度的匹配性均较好,能起到保护作用。     

2010-2012年长沙市流感流行情况及B型流感病毒基因特性分析

目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例(ILI)咽拭子样本,狗肾传代细胞(MDCK)进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。     

2014-2016年镇江地区甲型H1N1流感病毒分子进化特征研究

目的 了解镇江地区甲型H1N1流感病毒流行和变异特点。方法 收集2014-2016年镇江地区哨点医院流感样病例标本,进行核酸检测和病毒分离。在病毒流行期按月随机抽取13株甲型H1N1毒株,设计特异性的引物扩增血凝素（hemagglutinin,HA）、神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因,进行测序并分析其遗传进化特征。结果 13株分离株与疫苗株A/California/07/2009的HA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.3%~100.0%和96.6%~100.0%;NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为95.6%~97.5%和93.8%~96.6%。系统进化分析表明,13株病毒HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为12株HA氨基酸序列均发生了抗原位点Sa区K173Q突变,1株同时发生了Sa区K181E突变;3株还发生了Ca1区V183I突变。受体结合位点和糖基化位点的氨基酸序列均未发生变异。结论 2014-2016年镇江地区甲型H1N1流感病毒与疫苗株相比,其HA、NA基因出现了一定程度的变异,但是抗原性并未发生改变,需进一步加强监测。     

浙江省1998--2009年H3N2亚型流感流行株基因组全序列分析

目的 从基因组全序列分析探讨浙江省1998-2009年H3N2亚型流感病毒的基因变异与流感流行的关系.方法 选择浙江省1998-2009年流感流行期间分离到的H3N2亚型流感病毒流行代表株19株,采用RT-PCR方法扩增其8个基因片段后进行序列测定,并与近十余年间使用的疫苗株序列进行比较.结果 H3N2亚型流感流行株HA和NA基因的氨基酸变异率最高,分别为13.98%和10.00%;其他6个内部基因所表达的蛋白中,除NP、M2和NS1(氨基酸变异率分别为6.43%、6.19%和3.48%)外,其他蛋白的氨基酸变异均＜3.00%;在H3N2亚型流感存在较大范围流行的年份,除HA和NA基因外,流感病毒其他6个内部基因也会发生不同程度的变异.此外,在以往一些年份中,WHO推荐的H3N2流感病毒疫苗株与浙江省同期流行株之间,在许多基因上存在着滞后现象.结论 在加强对H3N2亚型流感毒株表面HA与NA基因监测的同时,也应注意到其他内部基因的变异,为新一轮流感流行株的出现提供重要的预警信息.     

2015-2017年盐城市甲型H3N2流感病毒HA1、NA基因分子特征

目的 从分子流行病学角度对盐城市2015-2017年流行的甲型H3N2流感病毒血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因的分子特征进行研究。方法 收集盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感爆发点采集的3 891例流感样病例标本进行核酸检测和病毒分离,从中筛选出20株经血凝抑制试验（hemagglutination inhibition,HI）验证为甲型H3N2亚型的毒株,采用反转录聚合酶链式反应方法扩增其HA1和NA基因并进行测序。结果 2015-2017年流行的20株甲型H3N2毒株HA1和NA基因各自分支的聚类关系基本一致。盐城市A/Jiangsu-YC/1474/2015、A/Jiangsu-YC/1725/2015两株分离株与疫苗株A/Switzerland/9715293/2013和A/Hongkong/4801/2014的进化距离较近,而其余18株分离株与国内部分省市相近年份毒株亲缘关系相近,并与疫苗株A/Switzerland/9715293/2013和A/Hongkong/4801/2014进化距离较远。该20株毒株HA1基因编码区抗原表位、受体结合位点和糖基化位点均发生了一定程度变异。从基因变异角度进行分析,疫苗株A/Switzerland/9715293/2013对盐城地区流感流行的保护效果要弱于疫苗株A/Hongkong/4801/2014。结论 2015-2017年盐城市流行的甲型H3N2毒株HA1和NA基因已逐渐发生变异,可能导致流感病毒发生实质性的抗原性漂移,降低与流感疫苗株的匹配度,减弱流感疫苗的保护作用。     

2012-2018年青岛市A型(H1N1)pdm09流感病毒奥司他韦耐药株基因特征

目的 了解2012-2018年青岛市人群A型(H1N1)pdm09流感病毒奥司他韦耐药株基因特征。方法 收集2012年4月-2018年3月间青岛市A(H1N1)pdm09毒株397份,逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和血凝素(Hemagglutinin,HA)基因全长,序列测定后进行耐药位点和氨基酸变异及进化分析。结果 5株发生了H275Y突变,为奥司他韦耐药株;另有4株S247N突变,可能为奥司他韦耐药株。2012-2018年H275Y突变株检出率依次为2.8 %、2.0 %、0.0 %、1.1 %、0.0 %和0.7 %。NA和HA进化树显示,2012-2013年青岛H275Y突变株与美国耐药株A/Tennessee/03/2013更接近,2013-2014年青岛H275Y突变株与国内株和日本札幌耐药株更接近,这两个年度耐药株的毒株起源可能有所不同。突变株在酶活性位点、抗原决定簇、受体结合位点及其他功能位点(如HA位点D222、Q223和NA位点V241I、N369K和N386K)的转变与野生敏感株一致。结论 青岛市A型(H1N1)pdm09流感病毒奥司他韦耐药株明显增加且流行起源不同,但并未取得比野生株更强的流行能力。奥司他韦仍可作为流感预防和治疗的有效手段。     

宁夏H3N2流感病毒血凝素基因分子特征分析

目的 了解2014—2020年宁夏H3N2流感病毒血凝素( Haemagglutimin,HA)基因变异情况,为宁夏的流感防控提供科学依据。方法 选取2014—2020年宁夏分离的30株H3N2流感毒株,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 与疫苗株A/Texas/50/2012比较,宁夏H3N2流感毒株抗原表位在A区、B区和C区均有氨基酸变异,D区和E区抗原位点相对保守,未监测到变异。所有毒株在A区R142G/K、N145S,B区F159S/Y、P198P/S及C区N278K均发生变异。所有毒株受体结合位点左壁发生N225D变异,2016年和2017年部分毒株前壁发生T131K变异,2019—2020年宁夏流感毒株前壁发生T135K和S137F变异,底壁发生W153F变异,其他位点未发生变异。糖基化位点变异多发生于A区抗原位点和受体结合位点左壁、前壁及底壁。半胱氨酸相关位点均未发现氨基酸替换和插入。与分支带代表株比较,2014年、2015年及2016年部分毒株位于3C.3a分支,2016年部分毒株和2017年毒株位于3C.2a1分支,2019年和2020年毒株位于3C.2alb分支。结论 宁夏H3N2流感病毒HA蛋白重要氨基酸位点的变异表现出遗传多态性,在基因进化上呈现多分枝进化的特点,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化。     

2017-2019年丽水市流感监测和甲型流感病毒HA基因进化分析

目的 对2017-2019年丽水市流行性感冒(简称流感)监测数据和甲型流感病毒HA基因进行分析,以了解丽水市流感的流行情况、病毒亚型构成和基因进化特征.方法 收集2017-2019年丽水市流感监测哨点医院的流感样病例(influenza-like illness,ILI)数据以及流感病毒病原学检测结果,采用描述性流行病...     

2018-2019北京市门头沟区甲型H3N2流感疫情病毒HA基因分析

目的分析2018-2019北京市门头沟区流感疫情中甲型H3N2流感病毒的HA基因特性,了解其与WHO推荐的疫苗株和同时期北京其他地区的毒株匹配情况。方法选取门头沟区2018-11/2019-01多起流感疫情中的13株甲型H3N2流感病毒,进行HA基因扩增和测序,并从全球共享禽流感数据库(GISAID)上下载北京其他地区同时间段H3N2流感病毒HA基因序列,运用MEGA-X软件分析HA的分子特征,并构建系统进化树。结果2018-11/2019-01北京市门头沟区和北京市其他地区的数据显示,H3N2流行株以3C.2a.1b和3C.3a两个亚分支为主。系统进化树分析显示3C.2a.1b亚分支同WHO2018-2019推荐疫苗株3C.2a.1进化距离比较近,但与3C.3a进化距离较远。分子特征显示,没有发现氨基酸序列的丢失与插入。在抗原决定簇区域,3C.2a.1b亚分支和3C.2a.1比对有3处氨基酸位点发生变异;3C.3a亚分支和3C.2a.1比对有10处氨基酸位点发生变异。结论引起流感疫情的毒株3C.2a.1b与2018-2019 WHO推荐疫苗株匹配,3C.3a与2019-2020WHO推荐疫苗株匹配。应加强开展流感分子生物学监测力度。分析病毒基因特性和构建进化树,对流感的防控有重要意义。