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相似文献
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1.
目的 采用网络药理学以及分子对接技术分析续断促进骨折愈合的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索续断有效成分,设定口服药物生物利用度(oral drug bioavailability,OB)≥30%和类药性指数(drug like index, DL)≥0.18作为筛选标准,并获得续断有效活性成分的作用基因靶点。在TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库进行搜索,获取骨折的相关基因靶点。将续断作用靶点与骨折相关基因靶点进行匹配,获取交集得到主要靶点基因。通过EVenn将结果可视化。通过DAVID、STRING数据库等对主要靶点基因进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析以及构建蛋白相互作用网络。通过不同算法获得主要靶点基因中的关键基因。最后通过Pymol、Autoduck等软件进行分子对接,并计算最低结合能、结合位点以及确定定活性口袋。结果 通过TCMSP数据库筛选得到续断有效成分8个,作用靶点63个,删除重复靶点,最终得到作用靶点53个。通过TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库查询骨折相关作用靶点,得到5 115个相关靶点。通过匹配以及交集分析,获得续断促进骨折愈合的34个作用基因靶点。通过DAVID数据库,分析得到续断治疗骨折的作用基因靶点参与的生物学过程76个、细胞成分20个、分子功能20个。通过STRING数据库,构建续断治疗骨折的蛋白互作网络,共纳入34个基因,79个连接。平均degree参数为4.65。导入Cytoscape软件,通过计算degree以及betweenness,获取续断治疗骨折的关键基因为PTGS2、HSP90AA1、MAPK14。采用对子对接分析发现续断中生物利用度最优的有效成分(E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid、Gentisin、Sylvestroside Ⅲ_qt与关键基因PTGS2、HSP90AA1、MAPK14最低结合能均小于0,并得到结合位点。结论 通过网络药理学及分子对接技术,阐明续断促进骨折愈合的可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的有效成分以及关键基因。  相似文献   

2.
目的 对非洲地区(马里)及柬埔寨西部(菩萨和拜林)地区恶性疟原虫基因组的拷贝数变异情况进行初步研究。方法 从疟原虫基因组数据库下载西非及柬埔寨西部地区20个恶性疟原虫样本的全基因组测序数据,预处理过滤后得到14个虫株样本测序数据纳入下一步研究(西非地区6个,柬埔寨西部地区8个)。用生物信息学软件检测拷贝数变异情况,并对发生拷贝数变异的基因进行功能注释和功能富集分析。结果 西非地区在14条染色体上共检测到112个拷贝数变异区域,包含230个基因;柬埔寨西部地区在14条染色体上共检测到111个拷贝数变异区域,包含179个基因。GO富集分析显示,西非地区拷贝数变异基因主要与恶性疟原虫微管运动活性过程有关;柬埔寨西部地区主要与恶性疟原虫天冬氨酸肽链内切酶活性及细胞内小泡等相关。对于恶性疟原虫药物抗性相关基因,在西非地区检测到pfmrp-1及pfmrp-2发生了拷贝数增加,柬埔寨西部地区检测到pfmdr-1、pfmrp-1、plasmepsin-2、 plasmepsin-发生拷贝数增加。结论 西非及柬埔寨西部地区恶性疟原虫基因组内存在较多拷贝数变异,且发生拷贝数变异的大部分基因与微管运动活性过程、天冬氨酸肽链内切酶活性及细胞内小泡相关。  相似文献   

3.
目的: 获取肝癌相关基因(hepatoma associated gene,HTA)的mRNA分子全长序列并对其可变剪接进行分析,检测其转录本在各肝癌细胞系中的表达,为进一步研究该基因在肝癌发生、发展中的作用奠定基础。方法: 用3'RACE 和5'RACE方法扩增HTA基因的全长序列并对其序列信息和可变剪接进行扩增和测序分析,用Northern印迹检测该基因转录本在不同肝癌和正常肝细胞系中的表达。结果: HTA基因全长序列为1414 bp,经分析该序列包含3个外显子,2个内含子,其中2号内含子在可变剪接中被作为外显子表达。Northern印迹显示HTA基因1.7 kb转录本和1.4 kb转录本均表达于恶性肝癌细胞系,而不表达于正常细胞系。结论: 成功获得了HTA基因的全长序列并对其可变剪接进行了分析,2个大小不同的转录本均在肝癌细胞系中特异性表达,作为一个肝癌相关基因值得进一步深入研究。  相似文献   

4.
目的 研究双皮质素样激酶1(doublecortin-like kinase 1,DCLK1)的敲除对食管鳞癌细胞迁移和侵袭能力的影响及其潜在的作用机制。方法 使用CRISPR/Cas9基因编辑技术靶向敲除食管鳞癌细胞(Kyse450,Kyse70)的DCLK1基因。通过细胞划痕实验和Transwell实验评估DCLK1敲除对食管鳞癌细胞迁移和侵袭能力的影响。Western blotting法检测DCLK1敲除细胞系中上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)相关转录因子的表达变化。通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atla,TCGA)数据库进一步分析食管鳞癌患者(n=95)中DCLK1表达和EMT相关转录因子之间的相关性。结果 CRISPR/Cas9基因编辑技术能够有效地敲除食管鳞癌细胞系DCLK1基因并影响其表达。DCLK1缺失显著抑制食管鳞癌细胞的体外迁移和侵袭能力(P<0.05),并上调上皮标志物E-cadherin的表达,下调间质标志物如Vimentin、ZEB1、Slug和Snail的表达(P<0.05)。另外TCGA数据库分析显示食管鳞癌患者中DCLK1与EMT相关转录因子存在相关性。结论 DCLK1敲除可通过抑制EMT进程影响食管鳞癌细胞的迁移和侵袭。  相似文献   

5.
人鼻咽癌不同部位组织相关基因表达谱的研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 筛选鼻咽癌癌变发生过程中的重要基因。方法 应用显微切割和荧光标记探针基因芯片杂交技术,检测鼻咽癌、癌周组织、癌旁组织及鼻咽炎症组织的基因差异表达,扫描仪扫描荧光芯片,图象处理软件分析结果。结果 在检测的3组标本中,存在大量差异表达基因,涉及基因包括信号与蛋白传递、癌基因与原癌基因、免疫相关基因、凋亡基因,以及DNA结合转录和转录因子等范围。结论 鼻咽癌癌变过程中有多个多种类基因参与,说明鼻咽癌癌变过程是一个复杂、多通路的过程。  相似文献   

6.
目的 对斯氏按蚊MyD88基因进行生物信息学分析,并研究其在抗约氏疟原虫感染中的作用。方法 首先,通过VectorBase数据库获取斯氏按蚊MyD88基因cDNA序列,并利用VectorNTI、DNAMAN等软件对MyD88基因cDNA序列进行生物信息学分析。然后,根据MyD88的cDNA序列设计Real-time PCR引物,提取斯氏按蚊总RNA,通过反转录合成 cDNA,利用Real-time PCR方法检测MyD88基因在蚊各个生活史阶段转录水平情况及其在约氏疟原虫感染后的转录水平变化。结果 斯氏按蚊MyD88基因位于斯氏按蚊KB664619号染色体155 163~158 066 bp的反义链上,包含两个外显子,其cDNA全长1 383 bp,编码460个氨基酸。系统发育树结果显示,斯氏按蚊与大劣按蚊和冈比亚按蚊系统发育的距离近,其氨基酸序列同源性达79%。对斯氏按蚊各时期MyD88基因转录水平的研究结果显示,吸食正常血和感染血均能够上调MyD88的转录,吸血后3 d和5 d吸感染血组MyD88基因转录水平上调明显,显著高于正常血组和未吸血组。结论 本研究证实了Toll信号通路中的MyD88基因在蚊抗疟原虫感染的天然免疫中发挥了重要作用,在感染后3 d时作用明显。  相似文献   

7.
目的 分析远端肾小管酸中毒(dRTA)(MIM602722)的临床特点、基因型及预后。 方法 回顾分析1例dRTA患儿的临床资料并进行文献复习。 结果 病例为足月剖宫产男婴,出生后34 d体质量不增,血气分析提示阴离子间隙正常的高氯性代谢性酸中毒、低钾血症,碱性尿,肾脏锥体钙化,肾性骨病表现,随访12年,经枸橼酸合剂治疗,体格发育追赶至正常,肾性骨病消失,11岁时出现听力损害、蛋白尿及肾功能损害,基因测序显示患儿ATP6V0A4基因3~5号外显子的纯合缺失,父母亲均存在该基因杂合缺失,此变异为致病性变异,符合常染色体隐性dRTA诊断。 结论 发病年龄小的dRTA,应尽早干预使患儿获得满意的体格发育结局,基因测序是判定遗传性致病因素的重要手段,可预测远期预后,对遗传咨询具有重要意义,并应长期随访。  相似文献   

8.
目的 线粒体基因致病性变异通常可导致不同程度的神经功能障碍,本研究拟了解无家系验证的不明原因脑瘫患儿线粒体基因变异情况。方法 收集来自于海口市社会福利康复中心的102例不明原因脑瘫患儿(孤儿)外周静脉血标本,采用基因捕获技术结合新一代高通量测序技术,对线粒体基因的16 569 bp序列进行富集测序,平均测序深度为250×;借助生物信息学分析手段,通过与人类基因组hg38的线粒体基因序列(NC_012920.1)比对,分析获得线粒体基因的变异信息。结果 在102例不明原因脑瘫患儿中,存在线粒体基因变异者29例,异常率为28.43%,所有变异均属异质性变异,以错义变异为主,其中ND5基因变异13例(变异率98.52%~99.96%),ND1基因变异5例(2例变异率高于99.00%,3例变异率0.57%~0.98%),ND6基因变异3例(变异率99.72%~100.00%),ND4基因变异3例(变异率99.63%~100.00%),ND4L、trnK-tRNA、trnI-tRNA、MT-RNR1、trnS2-tRNA变异者各1例(变异率从0.54%至66.40%不等)。结论 部分脑瘫患儿存在线粒体基因变异,以ND5基因为主,但线粒体基因变异是否真正为脑瘫的致病原因有待于进一步相关蛋白功能/结构及动物实验等研究以明确。  相似文献   

9.
目的 研究X性连锁遗传鱼鳞病(XLI)家系基因突变,探讨基因突变与临床表现的关系,为进一步开展基因诊断和基因治疗奠定基础。方法 抽取不同地区两个家系中患者、正常人及与这些家系无关的50例正常人的外周血,提取外周血基因组DNA。应用PCR方法扩增外周血基因组DNA类固醇硫酸酯酶(STS)基因的第1、2和10外显子。结果 两个家系中的患者STS基因均部分缺失,既仅有第1外显子,而无其他外显子。家系中正常人和与该家系无关的50例正常人未发现这种缺失。结论 该两XLI家系存在STS基因部分缺失,该缺失引发出XLI特有的皮肤病变。  相似文献   

10.
目的 对GBS中可能存在的AI-2数量感应通路进行测定,构建数量感应相关分子LuxS缺失突变株并对其基因型进行确认。方法 培养GBS至不同D(λ)值,利用V.harveyi BB170作为报告菌株,对GBS诱导生物发光的能力进行测定,然后寻找GBS中LuxS同源基因,通过同源重组法在GBS中构建LuxS缺失突变株,Southern杂交分析确证。结果 GBS中的某种分泌成份可在报告菌株中诱导生物发光活性,提示GBS中存在AI-2数量感应通路,在GBS中发现了LuxS同源基因并成功地构建了LuxS缺失突变株。结论 本研究为探索LuxS在GBS中AI-2数量感应通路中的重要性及GBS毒力研究建立了细菌模型。  相似文献   

11.
目的 分析宏基因二代测序(metagenomics next-generation sequencing,mNGS)技术在儿童发热血流感染中的诊断价值,并为临床合理调整治疗方案提供依据.方法 选择2019年1月-2020年3月在海口市人民医院儿科住院治疗的25例临床疑似血流感染的患儿,分别留取标本进行血培养和mNGS病...  相似文献   

12.
目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在恶性血液病并发感染患者中的诊断价值。方法:回顾分析2019年1月—2020年12月就诊于天津市第一中心医院血液科恶性血液病患者190例,对血浆mNGS检测到的致病菌种类、阳性率、检测时间及其与传统检测方法的结果进行分析。应用 SPSS22.0 统计学软件进行数据分析,通过Pearson χ2 检验或McNemar检验对离散变量进行比较分析。结果:血浆mNGS阳性率为77.37%,显著高于血培养( χ2=13.36,P<0.01)。细菌是mNGS检出率最高的病原体(43%),最常见的依次为葡萄球菌属、不动杆菌属和肠球菌属。mNGS所需要的时间少于血培养(t =22.37,P<0.05)。此外,mNGS的敏感性较血培养高(80.25% vs. 8.02%, χ2=10.83,P<0.01),但特异性低(47.06% vs. 100%, χ2=8.21,P<0.01)。根据mNGS结果,75例(46.30%)患者调整抗感染治疗方案后,评价有效率为49.30%。结论:血浆mNGS联合传统的检测方法,能够快速且有效地提高对恶性血液病并发感染患者的病原学诊断能力,因而优化抗感染治疗。  相似文献   

13.
目的 探讨宏基因组测序(Metagenomic Next-generation Sequencing, mNGS)在疑似感染患者无菌部位检测病原体的价值。方法 对2018年1月—2019年11月中山大学附属第五医院收治672例疑似感染性疾病患者同步进行细菌培养及宏基因组测序,分析宏基因组测序检出病原体的阳性率及影响因素(抗生素暴露、标本类型)、病原体分布、科室分布情况。结果 672例患者样本中培养阳性率为8.6%,宏基因组测序阳性率为35.4%,宏基因组测序阳性中细菌、病毒、真菌、立克次体、寄生虫和支原体/衣原体检出率分别为43.7%、21.9%、15.4%、16.1%、1.8%和1.1%;抗生素使用前、后阳性率分别为32.9%和37.9%,差异无统计学意义(P>0.05);血液、脑脊液、组织、关节穿刺液、其他标本中阳性检出率分别为40.5%、24.1%、45.0%、36.8%、30.4%,差异有统计学意义(P<0.05)。送检科室感染科、血液科、神经内科、骨科、呼吸内科、ICU及其他科室阳性检出率分别为42.9%、34.2%、15.7%、36.7%、28.6%、21.1%、39.0%,差异有统计学意义(P<0.05)。 672例患者中有41例mNGS与培养均阳性,其中有31例培养结果与mNGS一致,10例结果不一致;在mNGS阴性的434例样本中有17例培养阳性。结论 宏基因组测序提高感染性疾病病原体的检出率,尤其对病毒、立克次体、寄生虫、结核分枝杆菌及罕见病原体的检出有优势,但检测结果是否为致病菌需结合流行病学和临床特征综合评估。抗生素的使用不影响mNGS用于无菌部位中病原体的检测。  相似文献   

14.
目的:分析宏基因组学二代测序(mNGS)技术在不明原因发热患者病原检测中的应用价值。方法:选择不明原因发热51例患者,留取可疑部位标本送传统细菌培养,同时外送进行病原mNGS检测。比较细菌培养与mNGS病原二代测序结果,统计病原微生物检出敏感性、特异性、诊断效能等。结果:51例患者中传统培养共检出细菌8例(含结核分枝杆菌1例),真菌4例,病原mNGS在30份标本中鉴定出60个病原体,其中细菌22例(含结核分枝杆菌4例)、真菌12例,mNGS检出的病原体数量和种类明显多于传统培养。病原mNGS检测阳性率41.18%(21/51),高于传统培养阳性率23.53%(12/51),差异有统计学意义(P=0.012)。病原mNGS检测细菌、真菌的灵敏度,特异性,阳性预测值,阴性预测值和约登指数分别为91.67%,74.36%、52.38%、96.67%、0.6603,将mNGS检测到的病毒、支原体计算在内,检测阳性率从传统培养的23.53%(12/51)增至60.78%(31/51)。结论:mNGS用于临床病原学检测较传统培养更敏感,有助于不明原因发热患者的诊断和抗菌药物的合理使用。  相似文献   

15.
目的:探讨宏基因组学二代测序(mNGS)技术在免疫功能受损不明原因肺炎患者病原鉴别中的作用。方法:CD4+ T淋巴细胞降低的不明原因肺部感染患者20例留取标本传统细菌培养,于入院当日及24小时后检测两次新冠病毒核酸阴性后外送病原mNGS检测。比较细菌培养与mNGS病原二代测序结果对不明原因肺炎病原诊断的差异。结果:20例患者共送检23份标本检测病原mNGS,其中无菌标本病原mNGS共15例,结果4例血标本未检测到任何病原体,其余11例共报告病原体18例次;非无菌标本病原mNGS检出的病原体数量和种类明显多于无菌标本, 8例患者均有阳性病原体报告21例次。而传统细菌真菌培养仅2例报告了白色念珠菌,未见其他病原体阳性报告。结论:mNGS对免疫功能受损不明原因肺炎病原,尤其是条件致病病原学诊断具有更高敏感性,有助于更早识别病原体和指导治疗用药。  相似文献   

16.
目的:探讨儿童惠普尔养障体(TW)肺炎的临床表现、诊断及治疗,提高儿科医师对该病的认识。方法:回顾性分析2020年8月至2022年1月收治于温州医科大学附属第二医院育英儿童医院儿童呼吸科的3例TW肺炎患儿的临床资料。以“惠普尔养障体”和“肺部感染”或“肺炎”为关键词在中国知网、万方数据库“Tropherywhipplei”和“pneumonia”为关键词在PubMed数据库检索自建库至2022年7月的相关文献。总结TW肺炎的临床特点、辅助检查、诊疗经过及预后。结果:本组3例患儿中,男2例,女1例,平均年龄(7.3±2.3)岁。肺泡灌洗液宏基因组二代测序(BALF mNGS)除例3合并检出流感嗜血杆菌,余2例仅检出TW,3例均应用头孢曲松针抗感染,联合或续用TMP-SMZ,除例2 预后不佳(出现较严重的间质性肺病,运动耐量下降),余2例预后良好。检索符合条件的中文文献3篇,英文文献15篇,共23例,加上本组3例共26例,该病临床特征无特异性,主要表现为咳嗽(14例)、呼吸困难/气促(12例)、胸痛(6例)等。结论:TW肺炎多为慢性肺部感染,临床特征及影像学表现均不典型,临床上极易误诊,早期行BALF mNGS有助于明确病原体,协助诊断,合理抗感染治疗可迅速缓解症状,但易复发,预后大多良好。  相似文献   

17.
目的 探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)宏基因组二代测序(mNGS)在程序性细胞死亡蛋白(PD-1)抑制剂相关免疫性肺炎(CIP)的临床应用价值。 方法 收集使用PD-1抑制剂联合化疗后出现CIP的晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者30例,行BALF mNGS检测、BALF/痰培养和抗酸染色涂片,并于气管镜检查当天行白细胞计数、超敏-C反应蛋白(Hs-CRP)、降钙素原(PCT)、血清1,3-β -D-葡聚糖含量测定(G试验)、半乳甘露聚糖(GM)实验。mNGS阴性患者拟诊“CIP”并予规范激素抗炎治疗;mNGS阳性患者拟诊“CIP合并肺部感染”并予规范激素联合抗感染治疗。 结果 两组患者治疗后病情均改善,mNGS阴性可基本排除肺部感染,对于合并肺部感染的CIP患者,mNGS检出率高于传统病原微生物检测方法,对于检出孢子菌、曲霉菌、结核杆菌等机会性感染的优势明显。 结论 BALF mNGS检测协助确诊CIP有一定临床价值;在CIP合并肺部机会性感染或混合感染的检出率及准确性均高于传统病原微生物检测方法,尤其对合并真菌感染的检测,能早期进行真菌分型和载量分析。  相似文献   

18.
<正>内脏利什曼病(visceral leishmaniasis, VL)又名黑热病(Kala-azar),是由趋内脏的利什曼原虫引起的一种寄生虫病,白蛉为传播媒介[1]。我国内脏利什曼病致病的病原体主要为杜氏利什曼原虫和婴儿利什曼原虫,现主要分布在我国西北部,发病率最高的3个地区为新疆维吾尔自治区、甘肃省和四川省[2]。临床表现包括长期不规则发热、消瘦、肝脾肿大、全血细胞减少、高球蛋白血症等。及时、正确诊断内脏利什曼病,  相似文献   

19.
目的:探讨全髋关节置换(total hip arthroplasty,THA)术后慢性假体周围感染(periprosthetic joint infection,PJI)患者的微生物培养结果对二期翻修术疗效的影响?方法:回顾性分析中国人民解放军北京军区总医院收治的48例行二期翻修术治疗的THA术后慢性PJI(共48髋)患者的临床资料?所有患者一期清创手术时取出假体并置入万古霉素骨水泥占位器;待感染控制后应用骨水泥型假体进行二期翻修,术后应用敏感抗生素治疗?疗效评估指标为控制感染耗时?感染复发率?疼痛评分(visual analog scale,VAS)?Harris髋关节评分以及常规X线检查结果?结果:细菌培养阳性(culture positive,CP)35例,培养性阴性(culture negative,CN)13例?一期清创术后所有患者的感染均得到控制,CN组控制感染耗时较CP组长[(119.3 ± 30.1)d vs.(98.4 ± 25.9)d,P=0.03];二期翻修术后门诊随访9~49个月(平均29.6个月),末次随访时所有患者的髋关节功能和疼痛较术前均有明显改善?但CN组疼痛VAS评分显著高于CP组[(2.8 ± 1.6)分 vs.(1.8 ± 1.2)分,P=0.03]?髋关节Harris评分显著低于CP组[(79.1 ± 9.1)分vs.(85.6 ± 7.1)分,P=0.01],术后优良率也明显较CP组低(53.8% vs. 85.7%,P=0.04)?CN组和CP组各有2例复发,但两组感染复发率差异无统计学意义(15.4% vs. 5.7%,P=0.62)?结论:采用二期翻修术可有效控制THA术后的慢性PJI,但CN患者的翻修术疗效明显较CP患者差?推测提高病原微生物的检出率并针对性应用敏感抗生素可能对改善PJI翻修术疗效有重要意义?  相似文献   

20.
目的 探讨呼吸道病原体核酸环介导恒温扩增芯片法 (Loop-mediated amplification, LAMP) 十三联检在下呼吸道感染常见病原体基因诊断中的价值.方法 收集疑似下呼吸道感染患者的深部痰液或肺泡灌洗液样本122例, 分别采用LAMP技术、病原体分离与培养、实时荧光定量PCR (FQ-PCR) 技术检测病原体, 应用SPSS软件及Kappa检验将检测结果按标本类型、年龄段及检测方法进行比对分析.结果 122例呼吸道感染患者标本中, 痰液病原体阳性率 (55.56%) 高于肺泡灌洗液阳性率 (46.88%) , 病原体种类分别以耐甲氧西林葡萄球菌 (MASA) 和肺炎支原体 (MP) 为主 (P<0.05) ;高年龄段 (≥60岁) 以检出MASA为主, 而低年龄段 (≤20岁) 以检出MP为主 (P<0.01) ;LAMP十三联检阳性检出率 (50.00%) 高于病原体分离培养的阳性检出率 (36.67%) , 2种检测方法对肺炎克雷伯菌 (Kpn) 和鲍曼不动杆菌 (CSAB) 的检出率具有一致性 (Kappa>0.4) , 而其它病原体阳性结果的一致性较低 (Kappa<0.4) ;LAMP与实时FQ-PCR法对MP的检测结果具有较高的一致性 (Kappa>0.7) .结论 呼吸道病原体LAMP十三联检具有快速、灵敏、高效、特异及病原体覆盖面广的优势, 可对临床提供快速可靠的实验室诊断依据.呼吸道标本类型及检验方法不同, 其病原体检验结果也可能有所不同, 各具优缺点, 需要临床医生给予密切关注.  相似文献   

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