结合内标的小鼠诺如病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

目的 建立一种快速、特异、敏感的荧光定量RT-PCR检测方法,用于小鼠诺如病毒（Murine Norovirus,MNV）的检测。方法 根据MNV ORF1-ORF2结合区域中保守序列设计一对特异性引物和Taqman探针,同时设计和制备了内标用于监控假阴性,建立含有内标的荧光定量RT-PCR检测体系,通过优化,得到最佳反应体系和反应条件;构建质粒标准品并以之为模板绘制标准曲线;进行特异性、敏感性和重复性试验,最后用建立的方法检测344份小鼠临床样本,验证在临床应用中的效果。结果 该方法特异性强,与小鼠肝炎病毒、小鼠脑脊髓炎病毒、仙台病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒Ⅲ型、出血热病毒和淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒不发生交叉反应。构建的荧光定量标准曲线Ct值与模板浓度呈良好的线性关系相关系数R2＝0.9986,可以检测到10拷贝/μL的质粒标准品,对MNV活病毒检测可检测到1.78?0-2 TCID50/mL的病毒,检测灵敏度比常规RT-PCR高10倍,比病毒分离高100倍。对5份样品进行5次批内和批间重复检测,检测结果变异系数均小于2%。通过对344份临床样品检测,检测到阳性样品103份,阳性率29.94%。有5份样本结果为假阴性。 结论 本研究建立的MNV荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,由于加入了内标, 能有效地监控假阴性的出现,适合用于MNV日常监测、临床诊断和流行病学调查。     

水中诺如病毒富集及定量检测研究

目的 评估MCE-PEG富集法(混合硝酸纤维素膜第一次富集和PEG沉淀第二次富集)对水中诺如病毒的富集效果及检测灵敏度,为水源性诺如病毒胃肠炎疫情暴发的确定提供有效的实验室检测方法.方法 把含有诺如病毒的粪便加入纯净水中,用MCE-PEG方法富集后,荧光PCR绝对定量检测富集前后水的病毒浓度,评估该方法的病毒回收率.同时梯度稀释粪便悬液,分别加入纯净水中,评估该方法的灵敏度.结果 经过混合硝酸纤维素膜第一次富集后待滤水被浓缩100倍,病毒平均回收率为56.12%,灵敏度是待滤水中病毒浓度为10拷贝/μl.PEG沉淀第二次富集后,浓缩倍数为1000倍,病毒平均回收率为42.47%,灵敏度是待滤水中病毒浓度为1拷贝/μl.结论 MCE-PEG富集法操作简单、材料价格实惠、易于购买、病毒回收率及灵敏度较高,可望进一步优化后广泛应用于不同水中病毒富集浓缩检测,为水源性诺如病毒胃肠炎疫情暴发的确定提供了有效的实验室检测方法.     

荧光RT-PCR与RT-LAMP检测GⅡ4型诺如病毒的比较和应用

目的 建立在临床或疾控上可进行简单、快速、灵敏、有效的GⅡ4型诺如病毒检测方法。方法 根据GⅡ4型诺如病毒基因组保守序列建立实时荧光RT-PCR和RT-LAMP检测方法,研究两者的敏感性、特异性和灵敏度,并进行临床应用。结果 建立了GⅡ4型诺如病毒的实时荧光RT-PCR和RT-LAMP检测方法,敏感性和特异性良好,灵敏度相当。结论 实时荧光RT-PCR和RT-LAMP可在临床或疾控应用。     

水中诺如病毒的两种富集方法的效果比较

目的 利用MCE-PEG(混合硝酸纤维素膜富集和聚乙二醇)沉淀法和超滤法富集水中诺如病毒,评估超滤法对水中诺如病毒的富集效果.方法 向1L纯净水中加入一定量的诺如病毒进行稀释后,分别利用MCE-PEG沉淀法和超滤法对诺如病毒进行富集,最后用实时荧光定量PCR技术检测并计算诺如病毒的回收率.结果 MCE-PEG法对稀释度...     

小鼠诺如病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立小鼠诺如病毒(murine norovirus,MNV)实时荧光定量PCR检测方法,为建立MNV规范化检测方法提供依据。方法根据NCBI公布的60个MNV病毒株核酸序列设计特异性引物,构建标准阳性质控品,建立MNV实时荧光定量PCR方法,并进行特异性、灵敏度、重复性及稳定性评价。用该方法对766只送检小鼠的盲肠内容物样品进行检测,初步了解北京地区实验小鼠MNV感染状况。结果成功建立MNV实时荧光定量PCR检测方法,该方法特异性好,与同种属人类诺如病毒(Hu No Vs)、猫杯状病毒(FCV)均无交叉反应,检测灵敏度可达101copies/μL。批内及批间CT值变异系数均小于2%。应用该方法在766份小鼠盲肠内容物样品中检出301份MNV核酸阳性样品,阳性率39.3%。结论建立的MNV实时荧光定量PCR检测方法特异性好,灵敏度高,重复性好,可以用于MNV的快速定量检测。     

荧光定量RT-PCR检测肿瘤微转移

肿瘤微转移的定量检测不仅有助于肿瘤微转移的早期诊断、判断预后,而且为临床指导化疗提供有效的依据。本文主要论述荧光定量RT-PCR技术检测肿瘤微转移的原理、基本程序、提高定量检测准确性的一些手段及其临床意义。     

登革热病毒RNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定登革热病毒(DV)及DV病毒的RNA拷贝数.方法 利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对登革热病毒RNA定量外标准品的定量分析,优化反应体系.检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性.结果 该方法检测灵敏度可达1×103 copies/mL,特异性及重复性良好,对同一样品进行5次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为O.792.结论 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定登革热病毒及DV RNA载量.     

荧光定量RT-PCR检测重楼功能基因表达的差异

目的 检测重楼属植物功能基因表达的差异。方法 通过使用特异性引物和SYBR Green I 结合染料实时荧光定量RT-PCK技术,以管家基因18S rDNA为参照基因,采用相对定量的方法,对重楼属的3个种3部分组织的2个功能基因进行表达差异的研究。结果 两个功能基因包括HMGCoA还原酶基因和鲨烯环氧酶基因在根和茎均高表达于叶,尤以根的表达量最高。结论 成功将KT-PCR技术应用于药用植物的功能基因研究。通过对各种条件的优化探索,建立了准确和简单易行的检测药用植物的功能基因表达的平台。     

札如病毒实时荧光RT-PCR的建立与应用

目的 建立一种可快速、全面、准确检测人感染札如病毒的TaqMan探针荧光实时RT-PCR方法。方法 利用Bioedit2.0、MAGE6.0软件对可感染人的GⅠ、GⅡ、GⅣ、GⅤ基因群札如病毒进行保守序列比对,应用Primer6.0、Primer Express 3.0进行引物和TaqMan探针的设计与评价,分别设计了两套引物及TaqMan探针,克隆相应靶基因并构建阳性标准品,建立及优化一步法实时荧光RT-PCR反应体系,并进行灵敏度、特异度、临床标本验证试验。结果 根据基因序列比对分析,札如病毒ORF1与ORF2连接区具有相对高保守序列,针对GⅠ、GⅡ、GⅣ及GⅤ设计了一条共用的下游引物、以及两套上游引物和TaqMan探针,能覆盖当前GenBank可见的感染人的札如病毒基因型,在同一反应管中建立了同时检测札如病毒四个基因群的实时荧光RT-PCR,并可将GⅤ与GⅠ、GⅡ、GⅣ进行初步分型,对人柯萨奇病毒、诺如病毒、轮状病毒、腺病毒等非靶标病原体无扩增,仅对札如病毒有特异扩增,最低检测下限为10拷贝/反应。结论 本研究建立了札如病毒一步法实时荧光RT-PCR反应体系,可将GⅤ与GⅠ、GⅡ、GⅣ区分开来,为腹泻疫情防控和风险评估提供快速、准确的病原学依据。     

实时荧光定量RT-PCR快速检测四种呼吸道病毒的研究

目的利用实时荧光定量RT-PCR建立快速检测人腺病毒(HADV)、人博卡病毒(HBoV)、人偏肺病毒(HMPV)、人呼吸道合胞病毒(HRSV)等四种呼吸道病毒的方法。方法寻找四种呼吸道病毒的相对保守序列,针对该序列分别设计4对引物对及其相应的Taqman探针,将此保守序列作为目的基因片段,使用一步法RT-PCR试剂盒建立、优化反应体系;采用10倍稀释体外转录RNA,检测建立的体系的灵敏度和重复性并建立反应体系标准曲线;通过临床样本检验体系的特异性。结果 HADV、HBoV、HMPV、HRSV四种病毒的检测灵敏度均为10 copies/μl,标准曲线的决定系数分别为:HADV R2=0.9998,HBoV R2=0.9981,HMPV R2=0.9981,HRSV R2=0.9947和0.9965,扩增效率分别为:HADV 105.08%,HBoV 107.81%,HMPV 102.08%,HRSV FAM荧光106.38%及CY5荧光107.95%。荧光RT-PCR反应体系检测体外转录的RNA的各个拷贝数浓度的变异系数均较低,对临床样本检验的特异性为100%。结论本研究建立的实时荧光定量RT-PCR体系可快速、准确地检测人HADV、HBoV、HMPV、HRSV等四种呼吸道病毒,且重复性较好,特异性高。     

荧光定量RT—PCR快速检测手足口病病原研究

目的建立荧光定量RT—PCR技术用于检测手足口病的肠道病毒。方法利用TaqMan技术，设计一对共引物及探针，建立、优化反应体系后，构建质粒标准品，利用10倍稀释法建立相对定量标准曲线，根据TCID。倍比稀释，建立灵敏度曲线。特异性检验后利用临床标本与传统的RT—PCR法进行比较。结果定量标准曲线的灵敏度为10^5／μl（R^2=0．999），PCR扩增效率为94％。灵敏度曲线显示检测到的最低浓度值为5．0TCID50／ml（R^2=0．99），PCR扩增效率为97．6％。荧光RT—PCR检出率为80．9％，显著高于RT—PCR（检出率为62．92％）。结论研究建立的荧光定量RT—PCR方法检测肠道病毒敏感性高、特异性好、效率高，可以作为肠道病毒的快速检测方法。     

实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片方法分析食管癌组织中基因的表达

目的:采用实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片2种技术分析食管癌细胞基因表达的特征。方法:应用cDNA基因芯片筛选15例食管癌基因表达谱,用实时荧光定量RT-PCR验证其中16个基因的表达变化。结果:实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片技术对16个基因的检测结果一致,不仅变化方向相同,而且表达值非常接近。结论:cDNA基因芯片和实时荧光定量RT-PCR分析基因表达变化都是可信的,基因芯片筛选基因表达谱具有高通量大规模的特点,而实时荧光定量RT-PCR则适合单个基因表达变化的研究,两者互为补充和印证。     

上海地区小鼠诺瓦克病毒的检测分析及病毒分离

[摘要] 目的 了解上海地区实验小鼠自然感染小鼠诺瓦克病毒（Murine Norovirus,MNV）的状况,并分离毒株。方法 抽取委托检测单位送检的SPF小鼠319只,分别采集盲肠内容物及血液样本,应用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法扩增小鼠盲肠内容物样本中MNV的特异性基因片段来检测MNV的感染情况,同时采用酶联免疫吸附试验（Enzyme Linked Immunosorbent Assay,ELISA）与核酸检测方法进行对比。将RT-PCR扩增结果为阳性的盲肠内容物样本稀释并经0.22μm滤膜过滤,接种到RAW264.7细胞,盲传后采用RT-PCR方法鉴定。结果 RT-PCR检测的319份小鼠盲肠内容物样本中,阳性样本95份,阳性率为29.78%。对180份经RT-PCR检测的小鼠血清进行ELISA检测,阳性样本70份,阳性率为38.89%。RAW264.7细胞盲传5代后在72h内出现细胞病变,经RT-PCR鉴定,显示187bp的目的条带。结论 通过核酸检测方法和血清学方法证实上海地区实验小鼠存在MNV自然感染,且感染率较高,应加强实验小鼠的饲养管理。     

实时荧光PCR法快速检测急性上呼吸道感染病原体

【目的】利用实时荧光定量PCR技术,建立一套快速可靠的急性上呼吸道感染病毒/细菌检测方法,对杭州市某学校暴发的一起群体性急性上呼吸道感染进行病原学分析。【方法】用甲、乙型流感病毒核酸联合测定试剂盒、呼吸道合胞病毒核酸测定试剂盒、腺病毒核酸测定试剂盒、B型流感嗜血杆菌核酸测定试剂盒对20例上呼吸道感染疑似患者样品进行实时荧光定量PCR检测。【结果】20例样本中有7例为腺病毒病毒阳性,无其它病毒或细菌阳性。【结论】实时荧光定量PCR法能快速准确地检测急性上呼吸道感染的病原体;本次暴发的急性上呼吸道感染是由腺病毒病毒引起的。     

实时荧光定量RT-PCR检测肝细胞肝癌中B-myb的表达及其临床意义

目的 建立B-myb mRNA表达量检测的实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)系统,检测肝细胞肝癌(HCC)中B-myb的表达并分析其临床意义.方法 用实时荧光定量聚合酶链反应技术检测70例HCC患者癌组织、癌旁肝组织及18例正常肝组织中B-myb mRNA的表达情况.结果 B-myb mRNA在肝癌组织(0.0375±0.0168)及癌旁肝组织(0.0353±0.0128)中的表达水平明显高于在正常肝组织(0.0265±0.0099)中的表达水平(P＜0.05),而在肝癌组织及癌旁肝组织中的表达水平差异无统计学意义(P＞0.05).B-myb在人肝癌组织中的表达与临床分期、肝外转移及术后复发明显有关,而与门静脉癌栓、肿瘤个数、肿瘤直径、血清AFP水平及分化程度无明显关系.结论 该方法克服了传统PCR只能定性检测而不能定量检测的缺点,为研究B-myb在HCC中的表达提供了定量方法.B-myb可能与肝癌的发生、发展有关.     

实时RT-PCR定量检测NGF mRNA表达水平方法的建立

目的:建立一种用SYBR GreenⅠ实时定量逆转录(SYBR GreenⅠQ-RT-PCR)检测大鼠脑组织中神经生长因子(NGF)mRNA基因表达的方法。方法:以Trizol一步法提取大鼠脑组织总RNA,以Oligo(dt)18为引物逆转录产生cDNA,利用SYBRGreenⅠ荧光染料法实时检测NGF mRNA的表达水平。通过熔解曲线分析NGF mRNA检测的特异性,以管家基因β-actin为内参照对NGF进行定量分析。结果:建立的大鼠NGF mRNA SYBR GreenⅠ实时检测方法具有良好的特异性和敏感性。结论:成功建立实时RT-PCR检测NGF mRNA基因表达的方法。     

实时三维超声在胎儿唇裂诊断中的价值

目的探讨应用实时三维超声表面成像技术在胎儿唇腭裂诊断中的临床应用价值。方法65例20~40周胎儿常规二维超声检查怀疑唇裂后应用IU22三维容积探头进行三维超声检查,三维超声重建图像与二维超声图像对比,确定是否可以获得更多的诊断信息。结果65例中应用实时三维超声清晰显示胎儿唇部58例,检查出9例唇裂胎儿,均产后证实。三维显示率为89％（58／65）,诊断唇裂准确率100％。结论实时三维超声重建中图像逼真直观,可以更客观地显示胎儿面部结构,对胎儿唇裂能提供较二维超声更丰富的信息。     

无症状乙型肝炎病毒携带者外周血单个核细胞穿孔素基因表达

目的:检测无症状乙型肝炎病毒携带者(ASCs)与正常对照组消减文库中的差异基因穿孔素(perforin)在相应人群中的表达。方法:分离43例ASCs和41例正常对照者的外周静脉血单个核细胞(PBMC)并提取RNA,做定量RT-PCR检测。结果:穿孔素在HBV携带者中表达水平是正常对照的3.58倍。结论:穿孔素基因在ASCs高表达,对于阐明ASCs的发病机制有重要意义。     

荧光定量PCR与半定量PCR检测猕猴不同器官组织中黄嘌呤脱氢酶/氧化酶基因的mRNA表达差异的比对

目的 分析荧光定量PCR 与半定量PCR 检测猕猴体内肝脏组织、上皮组织、睾丸组织、心肌组织,肾脏组织中黄嘌呤氧化脱氢酶（XDH/XO）的mRNA的相对表达量的差异,其结果具有一定的参考价值。方法 提取健康猕猴新鲜肝脏组织、上皮组织、睾丸组织、心肌组织,肾脏组织中总RNA,使用相同的引物序列及内参基因,分别用荧光定量PCR 与半定量PCR 进行相对定量检测,结果做比对分析。结果 两种检测方法的特异性没有差异,荧光定量PCR较半定量PCR灵敏性高,均显示猕猴不同组织XDH/XO的mRNA表达在肝脏组织中表达水平最高,对于表达量较低的其他组织,荧光定量PCR 与半定量PCR检测结果有一定差异。结论: 荧光实时定量PCR优于半定量PCR 法。     

选择性剪接变异体的RT-PCR检测及结果分析

目的 利用RT-PCR方法检测并分析mRNA选择性剪接变异体.方法 针对糖原合成酶激酶(GSK)3β和B细胞转位基因( BTG)3基因变异体差别设计引物,利用RT-PCR扩增后进行电泳和克隆DNA测序.结果 GSK3β和BTG3的RT-PCR产物电泳均出现3条带,经过电泳和克隆DNA测序发现GSK-3β中上面2条带为同一产物.对BTG3上(位于319 bp)、下(位于70 bp)2条带进一步PCR扩增后测序,结果发现3个条带均为同一产物.结论 RT-PCR法检测选择性剪接产物操作方便,对Western蛋白印迹结果评价具有指导意义,但是产生的非特异条带可能是由于某种特殊原因造成,如选择性剪接部位的特异核酸序列,需DNA测序做进一步确定.