2009年河南肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的了解河南省2009年肠道病毒71型（EV71）流行株VP1基因特征。方法采用RT-PCR方法从手足口病患者粪便、咽拭子样品中扩增VP1区全长基因和序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建序列遗传发育树。结果 262份样品中,VP1基因RT-PCR扩增鉴定结果显示111份样品阳性,选取其中20份样品进行VP1基因全序列测定,结果显示其与C4亚型代表株核苷酸同源性为90.8%～93.6%,氨基酸同源性为94.0%～99.3%。结论河南省手足口病患者感染EV71病毒的流行株属C基因型的C4亚型。     

2009年龙岩市人肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的 分析2009年龙岩市流行的人肠道病毒71(EV 71)分离株的分子生物学特征.方法 从手足口病例的153份咽拭标本中分离EV 71病毒株,选取其中3株,用RT-PCR扩增VPl基因片段,并进行测序和病毒种系进化等分析.结果 3株EV 71均为C4基因亚型,与其他省份C4亚型分离株的同源性为94.8%-99.0%;...     

肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的了解2009—2010年山东省临沂市肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征,初步探讨VPl区核苷酸或氨基酸变异与不同临床类型的关系。方法从手足口病(HFMD)病例、重症病例和死亡病例的粪便标本中分离获得23株EV71病毒株,RT-PCR扩增VP1区,并进行序列测定和分析。结果23株分离株与A、B基因型同源性较低;与C4亚型的C4a群代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别达到92.8%～93.5%和98.3%～99.3%,明显高于其他亚型代表株的同源性;各分离株间的氨基酸序列比对显示无特征性改变。结论2009—2010年临沂地区流行的EV71是C4亚型的C4a群,HFMD病例、重症病例和死亡病例分离株VP1区核苷酸序列和氨基酸序列无特征性差异。     

大连市肠道病毒71型VP1区段基因特征分析

目的:了解大连市手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征。方法:从手足口患者粪便标本中分离EV71病毒,经RT-PCR扩增VP1全长,并进行核苷酸序列分析。结果:4株EV71分离株与C4亚型代表株具有较高的核苷酸和氨基酸序列同源性。在系统进化树上,4株EV71分离株与C4亚型代表株处于同一分支。结论:大连市手足口病患者中分离的EV71属C4亚型。     

2008年余姚市肠道病毒71型检测与VP1基因特征分析

目的研究2008年余姚手足口病主要病原肠道病毒71型(EV71)毒株的分子生物学特征。方法收集手足口病患者粪便样品,用荧光逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测EV71,选择5个代表性样品进行VP1基因的扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用DNAstar软件进行比对分析。结果 52例手足口病患者大便样品中检测到EV71阳性,阳性率为69.3%。5个代表株与A、B和C基因型标准株VP1基因核苷酸同源性分别为81.9%~82.2%、83.7%~84.3%和94.9%~95.3%,5个毒株之间的核苷酸同源性波动于96.2%~99.9%。在基因系统发生树上,这5个毒株均属于C基因型。结论本研究表明引起2008年余姚手足口病的主要病原是EV71毒株,它属于C基因型。     

北京市西城区手足口病患儿肠道病毒71型VP1区基因进化分析

目的了解北京市西城区2015年手足口病（HFMD）患儿肠道病毒71型（EV 71）分离株VP1区基因特征,分析其变异情况。方法收集北京市西城区2015年HFMD病原学检测分型鉴定为EV 71的阳性标本,对部分标本进行病毒分离、培养,并通过实时荧光PCR鉴定阳性培养物。EV 71阳性培养物提取病毒核酸,对其VP1区全长序列进行PCR扩增和测序。从Genbank中选取EV 71不同基因型别参考序列,利用生物信息学软件进行同源性和系统进化分析。结果共分离到6株EV 71（Genbank登录号为KU376383-KU376388）,其VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.00%~99.00%和98.00%~100.00%,与参考序列VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.00%~97.00%和93.00%~100.00%。进化分析显示,6株EV 71均为C4a基因亚型。结论 2015年北京市西城区EV 71流行株属于C4a亚型,未出现明显变异。     

2010 - 2016年昆明市肠道病毒71型流行特征及VP1基因特征分析

目的 分析昆明市2010 - 2016年肠道病毒71型（Enterovirus A71,EV - A71）的流行特征和VP1编码区基因特征。方法 采用描述流行病学方法,对本市手足口病（Hand,Foot,and Mouth Disease,HFMD）资料进行统计分析;对EV - A71阳性株的VP1编码区进行逆转录 - 聚合酶链反应,并对扩增产物进行核苷酸序列测定,使用Mega6.0软件分析VP1区基因亲缘关系。结果 2010 - 2016年昆明市每年均有EV - A71报告,发病有明显季节特征,高峰期在4 - 6月,5月达最高峰。全市各区县均有EV - A71病例报告,主城区发病数远高于郊县。0～5岁儿童是感染EV - A71的高危人群,发病高峰为0～3岁。EV - A71感染病例中男性远多于女性。58株EV - A71均为C4基因型的C4a亚型,分为2个传播链,传播链2包含了7年间绝大多数毒株。结论 昆明市2010 - 2016年HFMD主要病原是EV - A71,其亦是引起HFMD重症的主要原因。昆明市EV - A71毒株全部是C4a亚型,可针对二季度、0～3岁男性儿童及主城区等关键要素合理配置防控资源,做好EV - A71防控工作。     

2013年杭州地区肠道病毒71型分离株VP1基因特征分析

目的 了解2013年杭州地区重症手足口病患儿感染的肠道病毒71型(EV71)分离株VP1区的基因特征.方法 采集2013年杭州市儿童医院收治的重症手足口病确诊病例粪便样本,用EV71特异性引物进行RT-PCR鉴定,选取EV71检测阳性的15例样本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并测序,结合EV71各基因型及亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析.结果 2013年该院分离的15株EV71分离株与A、B基因型参考株的核苷酸同源性分别为77.5％～79.8％、77.7％～83.1％,氨基酸同源性分别为92.8％～96.6％、92.8％～97.9％,与C基因型的核苷酸同源性为83.4％～97.3％,氨基酸同源性为93.4％～99.7％,其中与2008年安徽省阜阳市的EV71流行株[C4a (Fuyang-0508)]的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为95.0％～97.3％及96.2％～99.7％.系统进化树显示所有分离株与C4a亚型的代表株处于同一分支.15株EV71分离株与不同基因型代表株进行比对发现,在297个氨基酸位点中主要突变位点有11个.结论 2013年杭州地区重症手足口病患儿中流行的EV71均为C4a基因型,其VP1基因保守性好.     

长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010年长沙市手足口病（hand-foot-mouth disease,HFMD）重症和普通病例肠道病毒71型（human Enterovirus 71,EV71）VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株（3254-TAI-98）的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性（分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%）;12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性：同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性（92.6%-93.3%和91.8%-92.7%）。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。     

2013年克拉玛依市手足口病EV71型VP1基因特征分析

目的掌握2013年克拉玛依市手足口病EV71 VP1基因特征。方法 real-time PCR方法筛选手足口病患者中EV71阳性病例,RT-PCR方法扩增VP1基因片段,结合已知亚型利用Mega软件分析测序结果。结果 59例样本中由肠道病毒引起53例,阳性率为89.8%,其中EV71 36例(67.9%)、CA16 10例(18.9%)、非EV71非CA16的其他肠道病毒7例(13.2%)。男性、女性中各病原阳性率差异无统计学意义(χ2=3.1504,P=0.207)。12株测序毒株全部为C4亚型,与C4亚型相比较基因距离为0.031~0.046,部分氨基酸序列存在变异,12例EV71至少可以划分为2个传播链,lineage 2较lineage 1序列差异较大。结论各病原对于不同性别人群侵袭力无差异,2013年克拉玛依市手足口病主要病原为EV71。克拉玛依市EV71全部是C4亚型,属于中国大陆广泛流行的基因亚型;lineage 1为2013年克拉玛依市流行的优势分支,分支内同源性较大。lineage 1将来是否继续成为克拉玛依市流行分支,需要对EV71进行连续性监测。     

2016-2017年盐城地区手足口病病原谱构成及EV71型肠道病毒VP1基因特征

目的 了解2016-2017年盐城地区手足口病肠道病毒病原谱分布情况,并对鉴定为EV71型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法 通过实时荧光RT-PCR方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病咽肛拭子标本进行肠道病毒阳性标本的筛选,对非EV71非CVA16其他肠道病毒进行分子分型,RT-PCR扩增EV71型肠道病毒VP1基因片段并测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016-2017年盐城市手足口病原主要以其他肠道病毒为主,EV71和CVA16仍占有一定比例。共有12个基因型肠道病毒的流行,分别为EV71、CVA16、CVA2、CVA4 、CVA6、CVA8、CVA9、CVA10、ECHO3、ECH09、ECHO13、CVB4。其中,CVA6型为绝对优势流行株。遗传进化树显示,盐城地区EV71型代表株属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,盐城代表株在C4a基因亚群进化谱中进化为两个主流分支。其中,盐城地区2016年8株代表株和2017年26株共34株处于较强传播链中。重症病例EV71型代表株在进化树呈散在性分布,没有单独聚集成簇。结论 2016-2017年盐城市手足病病原有多种基因型的肠道病毒同时流行,CVA6是优势病原体,EV71型属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,EV71型肠道病毒仍是引起重症的主要型别。     

我国部分省市手足口病EV71 VP1基因特征分析

摘要:目的　分析我国部分省市手足口病EV71 VP1基因特征。方法　对从NCBI 上获得我国部分省市和本实验室来源的VP1 基因序列99株进行分析,采用MEGA软件构建系统进化树,计算相同或不同基因型及基因亚型毒株的核苷酸与氨基酸的相似性。结果　研究序列中C4亚型占96.0%,A亚型（3.0%）和B5亚型（1.0%）较少;A亚型毒株氨基酸变异为非同义突变;部分毒株发生氨基酸突变位点与病毒致病力相关;南方株相对北方株基因序列变异较大,东部株相对中部和西部株基因序列变异较大。结论　我国EV71以C4亚型为主;南方株较北方株、东部株较中西部株基因序列变异较大可能与我国气候、交通和人口流动有关;我国A亚型毒株非同义突变及2011年分离自浙江的KF358275突变位点增多是否会引起新的流行需加强后续监测。     

2010年济南地区人肠道病毒71型VP1区基因特征的分析

[目的]研究济南地区肠道病毒71型（EV71）的基因特征。[方法]对2010年济南地区手足口病病人的粪便、咽拭子等标本,通过RT—PCR扩增EV71VP1基因片段;选取EV71阳性的18株进行VP1全基因序列测定,用DNAS—TAR、Mega．4．0软件进行同源性分析,并构建系统进化树。[结果]与EV71A型和B型代表株亲缘性较远,核苷酸（氨基酸）同源性分别为81．8％～82．7％（83．7％～85．ooA）和94．3％～94．9％（97．3％～97．6％）;与C型代表株亲缘性较近,核苷酸（氨基酸）同源性为87．5％～99．1％（98．3％～100．0％）;18株EV71之间在VP1区核苷酸和氨基酸水平上有一定差异,同源性分别为97．1％～100．0％和99．3％～100．0％。构建系统进化树表明,18株EV71与C4亚型处于同一簇,属EV71型C4基因亚型。[结论]20LO年济南地区流行的EV71属肠道病毒71型属C4基因亚型。     

肠道病毒71疫苗候选株H3-TY的遗传稳定性研究

了解肠道病毒71(EV71)疫苗候选株H3-TY的遗传稳定性。方法选取EV71疫苗候选株H3-TY种子库中的6个子代病毒,提取RNA,对其VP1基因进行RT-PCR扩增、克隆、序列测定,然后对所获基因序列进行同源性分析并计算同源率。结果H3-TY的6个子代病毒VP1基因之间核苷酸同源性介于99.6％ ～99.8％,氨基...     

2009年镇江市肠道病毒71型的分子流行病学研究

目的:扩增2009年镇江市肠道病毒71型(EV71)vp1基因的核苷酸序列,同相关毒株序列进行同源性比对和进化分析,以了解2009年镇江市肠道病毒71型的基因组序列特征及可能的传播来源。方法:采集临床手足口病(HFMD)患者咽拭子标本,抽提病毒RNA,通过巢式PCR扩增肠道病毒71型vp1基因的核苷酸序列。利用Clustal X和MEGA5.0分析软件,进行同源性分析和构建系统发生树。结果:序列进化分析表明,测序获得的11株病毒基因与C基因型代表株比较接近,尤其与C4基因亚型最为相近,并且可进一步划分为C4a进化枝。说明本文的11株病毒皆属于EV71病毒C基因型、C4a亚型。结论:2009年镇江市的EV71病毒株可能与阜阳分离的EV71病毒有相同的起源,均属于C4a亚型,并且C4a亚型的EV71病毒在中国大陆有较广泛的分布和传播。