胃癌腹膜转移相关基因的动物实验研究

目的利用人胃癌细胞SGC-7901建立裸鼠胃癌腹膜转移模型。通过基因芯片技术筛选出与胃癌腹膜转移相关的所有基因,探讨胃癌腹膜转移的机制。方法体外培养人胃癌细胞株SCG-7901细胞,并以此建立胃癌裸鼠原位移植瘤模型;收集原发灶和转移灶标本,提取RNA,制备探针,进行基因芯片杂交找出差异基因。结果共建立供实验所需的原位移植裸鼠模型15只。胃壁成瘤率为100%(15/15),发生腹膜转移率为40%(6/15)。通过芯片杂交数据分析结果,计算Ratio(Cy3/Cy5,即转移灶/原发灶值)。确定差异基因筛选标准为:Ratio≥2为上调基因,Ratio≤0.5为下调基因。实验发现192个上调基因和139个下调基因。结论利用基因芯片技术筛选出数百个胃癌腹膜转移的差异表达基因。上调基因在胃癌腹膜转移中起到了促进作用,而下调基因在胃癌腹膜转移中起到了抑制作用。实验结果为研究与胃癌腹膜转移的相关基因提供了依据与参考。     

人大肠癌细胞株SW620/SW480转移相关蛋白及机制研究

目的:筛选不同转移潜能人大肠癌细胞株的差异信号通路，探讨大肠癌转移的分子机制。方法:利用Full Moon抗体芯片（Phospho Explorer Array PEX100）对31条信号通路、432个信号蛋白的679个磷酸化位点进行高通量检测，分析来自同一病人的原位和转移大肠癌细胞株SW480和SW620信号通路蛋白磷酸化水平的变化谱。通过生物信息学分析，了解大肠癌转移相关信号通路并进行Western-blot检测。结果:SW480和SW620两个细胞株存在169个差异磷酸化蛋白(31个上调，138个下调)。差异表达的蛋白质中，大部分与基因转录、信号转导、细胞凋亡等通路相关。Western-blot证实PI3K-AKT-mTOR信号通路分子在原位和转移性大肠癌中存在明显差异表达。结论:蛋白质芯片方法有助于鉴定大肠癌转移相关的差异蛋白，PI3K-AKT-mTOR细胞信号通路活性的变化可能与大肠癌转移有关。     

肺癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

目的:应用人类14K cDNA基因表达谱芯片筛选肺癌淋巴结转移相关基因,探讨肺癌淋巴结转移发生过程中相关基因群的表达及初步功能.方法:分别抽取肺癌组织和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录方法,制成cDNA链,并以2种荧光Cy5和Cy3标记做探针,与含有14 784条人类14K cDNA基因表达谱芯片进行杂交.以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上2种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出肺癌淋巴结转移组织中差异表达基因,并用RT-PCR实验对部分差异表达基因进行验证.结果:在14 784条基因中,肺癌组织和淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共40条,有21条基因出现显著表达上调,19条基因出现显著表达下调.经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致.结论:肺癌淋巴结转移发生过程中有多基因的参与,肺癌组织与淋巴结转移组织共同差异表达的40条基因可能与淋巴结转移的发生、发展有关.     

lncRNA-uc003uxs在缺氧诱导胃癌侵袭转移中的作用

目的:探讨长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）-uc003uxs在缺氧诱导胃癌侵袭和转移中的作用。方法:三个胃癌细胞系SGC7901、MKN45、MKN28分别经常氧和缺氧孵育 24 h ,提取3例配对的胃癌细胞总RNA,利用高通量lncRNA芯片比较它们之间的表达谱差异,初步筛选与缺氧诱导胃癌侵袭转移相关的关键分子。RT-PCR法检测 lncRNA-uc003uxs在缺氧诱导的胃癌细胞（相对于常氧诱导的胃癌细胞）以及20对胃癌组织（相对于癌旁组织）中的表达水平。通过慢病毒转染,稳定下调SGC7901和MKN28细胞中lncRNA-uc003uxs的表达。通过Transwell迁移和侵袭实验以及裸鼠尾静脉注射内脏转移实验检测lncRNA-uc003uxs下调后对胃癌细胞侵袭和转移能力的影响。结果:高通量芯片分析结果显示:与常氧诱导的胃癌细胞相比,缺氧诱导的胃癌细胞 SGC7901、MKN45和MKN28中有84个共同上调的lncRNA分子以及70个共同下调的lncRNA分子,而多重筛选策略则提示:lncRNA-uc003uxs可能是缺氧诱导胃癌侵袭转移的关键lncRNA分子之一。RT-PCR结果表明:lncRNA-uc003uxs在缺氧诱导的胃癌细胞SGC7901、MKN45和MKN28中显著上调,其在胃癌组织中的表达水平也显著高于癌旁组织。Transwell实验结果显示:缺氧能够显著增加SGC7901和MKN28细胞的迁移和侵袭能力,而下调lncRNA-uc003uxs的表达后,两种细胞的迁移和侵袭能力明显下降。此外,裸鼠尾静脉内脏转移实验也证实lncRNA-uc003uxs的下调抑制了胃癌细胞SGC7901的体内肝肺转移能力。结论:利用高通量芯片筛选,在胃癌细胞中发现了一系列缺氧相关的lncRNA分子。临床标本分析及功能缺失试验证实:lncRNA-uc003uxs是一个缺氧诱导胃癌侵袭转移的关键lncRNA分子。     

人胃癌腹膜高转移潜能细胞系的基因表达分析

目的:比较人胃癌细胞系与其腹膜高转移潜能细胞系的基因表达谱,寻找与胃癌腹膜转移相关的基因表达改变。方法:采用基因芯片技术,比较遗传背景相同但转移力有明显差异的两个细胞系GC9811和GC9811-P,分析其基因表达谱的差异。选取部分基因行RT-PCR进一步验证基因芯片的准确性。结果:在11901个候选基因中,筛选出248个(2.1%)差异表达基因。GC9811-P与GC9811相比,表达上调的基因有218个,下调的有30个,包括DNA合成和错配修复基因如H3F3A、细胞增生基因、蛋白合成与修饰基因、信号传导基因和离子通道与运输蛋白相关基因等。半定量RT-PCR对PTEN、S100A4和ZNRD1基因检测结果验证了基因芯片数据的可靠性。结论:胃癌腹膜转移是多基因作用的综合结果,筛选的基因对预测胃癌腹膜转移和抗转移干预措施可能有指导意义。     

去势抵抗性前列腺癌差异表达基因的生物信息学分析

目的:基于大数据从分子水平筛选原发性前列腺癌与去势抵抗性前列腺癌的差异表达基因,探寻前列腺癌细胞从雄激素依赖到抵抗状态发展过程中的可能机制,为去势抵抗性前列腺癌的诊疗提供靶点。方法:在NCBI的公共基因芯片数据库（GEO）中下载原发性及去势抵抗性前列腺癌相关芯片数据（GSE74367、GSE66187和GSE126881）,利用limma包进行标准化和基因差异分析,接着采用clusterProfiler包分别进行GO功能和KEGG通路分析。将P＜0.05和|logFC|>2作为筛选标准,使用vennDiagram包合并基因集,找到3个芯片的共同差异基因,并利用clusterProfiler包对共同上调或下调基因进行基因集富集分析。结果:GSE74367和GSE66187中的差异基因主要与RNA分解代谢与剪接功能相关,主要富集于核糖体生物发生通路。GSE126881的差异基因主要与干扰素γ反应功能有关,主要富集表达于化学抗癌、类固醇激素生物合成以及视黄醇、细胞色素P450、抗坏血酸和醛酸的代谢过程。3个芯片的共同上调基因为SLC16A3,共同下调基因为DDX53。GSEA分析发现,SLC16A3上调时,果糖、甘露糖和磷酸戊糖代谢与细胞周期相关基因集显著上调;DDX53下调时,原发性免疫缺陷通路、趋化因子与细胞黏附分子等相关基因集下调,而磷酸戊糖途径、细胞周期和蛋白质外排等过程的相关基因集上调。结论:通过对3个去势抵抗性前列腺癌相关GEO芯片数据的生物信息学分析,我们发现SLC16A3的上调和DDX53的下调可能在原发性前列腺癌发展为去势抵抗性前列腺癌的过程中发挥重要作用。     

MTSS1基因表达异常及杂合性缺失在晚期胃癌发展及转移中的作用

目的:通过检测转移抑制因子1 (metastasis suppressor 1 ,MTSS1)基因在胃癌等组织中的表达,分析该基因在各组织中变化与胃癌预后的关系,并探讨该基因在胃癌发展及转移进程中变化的相关分子机制。方法:分别采用免疫组织化学法和RT-PCR法检测胃癌原发灶组织及其相应癌旁正常黏膜组织,淋巴结或其他转移灶组织中MTSS1的表达,并分析其与胃癌病理学参数的相关性。采用PCR-变性聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法检测MTSS1阴性表达患者MTSS1基因位点上D8S1832、D8S2132、D8S1179和D8S14614等4个微卫星位点杂合性缺失(loss of heterozygosity, LOH)的情况。结果:MTSS1在胃癌原发灶组织中阳性表达率为33.9% (42/124),在胃癌淋巴结及其他转移灶中阳性表达率仅为16.3% (8/49)。MTSS1表达缺失与胃癌肿瘤的分化程度、浸润程度较深、发生淋巴结转移以及疾病分期晚等均明显相关。单因素与多因素分析均提示,MTSS1表达下降或缺失的胃癌患者预后较差。在MTSS1表达阴性的胃癌原发及转移组织中LOH发生率较高,总LOH率分别为46.2%和 69.2%。结论:MTSS1表达下降或缺失在胃癌的发生、发展过程中可能起着重要作用,基因可能与胃癌患者的预后密切相关。     

LncRNA-AK058003在缺氧诱导胃癌侵袭转移中的作用

目的:探讨lncRNA-AK058003在缺氧诱导胃癌侵袭和转移中的作用。方法:SGC7901、MKN45、MKN28三个胃癌细胞系,分别经常氧/缺氧孵育24h后,Trizol法提取3例配对的胃癌细胞总RNA,利用高通量lncRNA芯片比较它们之间的表达谱差异。通过差异倍数、邻近编码基因信息分析、长度特征分析等策略初步筛选与缺氧诱导胃癌侵袭转移相关的关键分子。RT-PCR法检测lncRNA-AK058003在缺氧诱导的胃癌细胞中相对于常氧条件下的表达水平,进一步检测其在20例胃癌临床标本中相对于癌旁组织的表达水平。构建小干扰RNA慢病毒,稳定下调AK058003在SGC7901及MKN45中的表达。Transwell、划痕实验、裸鼠尾静脉注入不同胃癌细胞等体外和体内实验检测抑制AK058003后对常氧和缺氧条件下胃癌侵袭转移的影响。结果:高通量lncRNA 芯片比较发现:缺氧诱导的胃癌细胞SGC7901、MKN45和MKN28与常氧条件下的细胞相比,有84个分子的表达在缺氧诱导的胃癌细胞中显著上调(P<0.05),其中差异倍数在3倍以上的共有5个。多重筛选策略提示AK058003可能是缺氧诱导胃癌侵袭转移的关键lncRNA分子之一。RT-PCR结果显示: AK058003在缺氧诱导的胃癌细胞中显著上调,其分别在SGC7901缺氧16h,MKN45缺氧24h,MKN28缺氧48h时达到峰值。进一步RT-PCR结果发现,AK058003在胃癌组织中的表达水平显著高于癌旁组织。缺氧条件下的Transwell实验结果显示缺氧能够显著增加SGC7901和MKN45的侵袭转移力,而抑制AK058003的表达后,胃癌细胞侵袭转移力明显下降。结论:通过高通量 lncRNA芯片比较,首次发现了一系列胃癌细胞中缺氧相关的lncRNAs 分子。通过临床标本验证以及功能缺失试验证实lnc-AK058003是系列分子中影响缺氧诱导胃癌侵袭转移的关键lncRNAs分子之一。     

应用低密度芯片初步筛选胃癌淋巴转移相关基因的研究

目的:运用低密度cDNA芯片技术初步筛选影响胃癌淋巴结转移的分子标志。方法:运用自制低密度cDNA芯片检测15例胃癌患者原发癌灶和淋巴结转移癌中多个基因mRNA表达,并用RT-PCR方法进行验证,分析其与胃癌侵袭和淋巴结转移的相关性。结果:hTERT在淋巴结转移癌中表达明显高于胃原发癌灶(P= 0．001)。原发癌灶中MMP-7和Heparanase表达在小结节孤立型淋巴结病例中明显高于大结节融合型者(P值分别为0．022和0．002),而CDH1表达明显降低(P= 0．002);淋巴结转移癌灶中CDH1表达在小结节孤立型淋巴结病例中亦明显降低(P=0．046)。按淋巴结转移个数分成轻重两组(≤6个为轻度转移,≥7个为重度转移),原发癌灶中MMP-7和hTERT表达在重组明显高于轻组(P值分别为0．001和0．005);淋巴结转移癌灶中MMP-7、S100A4和hTERT基因表达在重组明显增高(P值分别为0．000 05、0．007和0．016),而nm23H1和CDH1表达明显降低(P值分别为0．013和0．001)。胃原发癌中MMP-7、Heparanase、S100A4过表达和(或)nm23H1、CDH1、KAI-1表达降低或缺失者,胃癌多侵透浆膜,且浆膜受侵面积较大。结论:hTERT、MMP-7、S100A4、Heparanase、CDH1和nm23H1基因表达与胃癌淋巴结转移关系密切,可望成为胃癌淋巴结转移诊断和治疗的分子靶点。     

肺癌高转移和低转移细胞株中差异基因的分析

目的:以人肺癌低转移细胞株SPC-A-1为对照,分析人肺癌高转移细胞株SPC-A-1sci的分子转移机制及其相关的信号通路,寻找肺癌转移的关键基因.方法:应用芯片技术检测人肺癌低转移细胞株SPC-A-1和高转移细胞株SPC-A-1sci的差异基因.采用显著性通路分析和构建信号转导网络等生物信息学分析方法寻找肿瘤转移相关的潜在关键基因和信号通路.结果:与SPC-A-1细胞比较,SPC-A-1sci细胞共有上调表达的差异基因2 892个,下调表达的差异基因3 248个;上调差异基因参与的显著性信号转导通路共有48条,下调差异基因参与的显著性信号转导通路共65条.网络中的关键基因主要是丝裂原活化蛋白激酶1、表皮生长因子受体、AKT1、AKT3、PIK3CD( phosphoinositide-3-kinase,catalytic,delta polypeptide)、PIK 3R1 [phosphoinositide-3-kinase 3,regulatory subunit 1 (alpha)]、PIK 3R3、KRAS和胰岛素样生长因子1受体等.结论:人肺癌高转移细胞株SPC-A-1sci的基因芯片检测和生物信息学分析为肺癌转移的基础研究和临床防治提供了依据.     

基于加权基因共表达网络分析构建胃癌转移预测模型

背景与目的：通过对高通量功能基因组数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）中一组含有转移和非转移性胃癌以及癌旁组织的基因芯片进行加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）,筛选出与胃癌发生和转移显著相关的分子,为胃癌的治疗和生存期延长的研究提供参考。方法：采用WGCNA方法对19例胃癌患者基因表达进行差异分析;结合临床数据,选取与临床信息高度相关的基因模块构建网络。结果：利用WGCNA我们筛选出了Lightsteelblue模块与胃癌转移明确相关,同时对模块中的基因进一步进行分析,筛选出4个基因：C5AR1、AP3M2、TYMP、ANXA2P1作为核心靶基因。通过表达分析和受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线分析验证上述基因与胃癌发生、转移明确相关。同时,通过外部ONCOMINE和Kaplan-Meier plot数据库验证上述基因在胃癌中高表达,高表达这些基因的患者有着更差的预后。并利用GSE14210数据集构建基于这些基因的预测患者预后和疾病进展模型。结果提示我们所筛选的4个基因具有成为潜在胃癌转移和治疗生物标志物的可能。结论：鉴定筛选出与胃癌发生和转移相关的4个基因,可为胃癌发生、转移和治疗的研究提供参考。     

Survivin在胃癌中的表达及其与COX-2相关性的研究

目的 :探究凋亡抑制基因survivin在胃癌组织中的表达与COX 2表达的相关性。方法 :运用S P免疫组化技术 ,检测survivin和COX 2蛋白在 93例胃癌组织、2 0例正常胃黏膜组织以及胃癌细胞株MGC 80 3中的阳性率。结果 :survivin蛋白在 2 0例正常胃黏膜组织中阴性 ,而 93例胃癌组织中有 66例阳性 ,占 71% ,差异有显著性 (P <0 .0 1) ,COX 2蛋白在胃癌组织中的阳性率为 76.3 % ,MGC 80 3细胞中survivin和COX 2蛋白均阳性。Survivin蛋白阳性率与胃癌组织的分化程度、淋巴结转移、TNM分期相关 ,而与浸润程度不相关 ,并与COX 2蛋白阳性呈正相关 (Pearson列联系数 0 .2 2 7P <0 .0 5)。结论 :肿瘤组织中survivin蛋白的特异性阳性在胃癌的发生发展中起重要作用 ;survivin蛋白与胃癌组织中COX 2蛋白的阳性密切相关 ,两者可能存在共同的激活机制 ,构成抑制胃癌细胞凋亡的多种途径     

RT-PCR Array技术筛选膀胱癌癌症相关信号通路基因的表达变化

背景与目的：膀胱癌是泌尿外科最常见肿瘤疾病,其发病机制至今尚未完全明了。本研究旨在观察正常膀胱组织与膀胱癌组织众多肿瘤相关信号通路关键基因的表达情况,为后续进一步深入研究膀胱癌复发与转移提供证据。方法：收集27例膀胱癌患者标本,液氮保存,冰冻切片法分离膀胱癌组织与正常膀胱组织,用德国QIAGEN公司Cancer Pathway Finder PCR Array板筛选与癌症相关信号通路中的84个基因在膀胱癌组织和正常膀胱组织中的表达情况。结果：与正常膀胱组织相比,膀胱癌组织中上调基因8个,下调基因19个。本研究选择影响上皮细胞间质化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)的信号通路作为研究方向,其中GSC、KRT14和DSP上调,SNAI2和SNAI3下调。因此,选定GSC、KRT14、DSP、SNAI2和SNAI3作为兴趣基因,并对其进行多样本荧光定量qRT-PCR验证。结果表明：GSC在膀胱癌组织中上调,但与正常膀胱组织表达相比,差异无统计学意义(P>0.05)。KRT14和DSP在膀胱癌中表达高于正常组织(P<0.05),SNAI2和SNAI3在膀胱癌中表达低于正常膀胱组织(P<0.05),且SNAI3表达差异最为明显。结论：基因KRT14、DSP及SNAI3可能与膀胱癌发生、发展及转移有密切关系,可能成为基因治疗膀胱癌的重要靶点。     

尿嘧啶核苷磷酸化酶基因在胃癌、肺癌和结肠癌组织中的表达水平及其临床意义

目的分析尿嘧啶核苷磷酸化酶基因的表达水平与胃癌、肺癌和结肠癌临床病理因素之间的关系.方法采用RT-PCR法检测了28例胃癌,12例肺癌和20例结肠癌组织中尿嘧啶核苷磷酸化酶基因(UPase)的表达.结果与正常组织相比,UPase基因在胃癌组织中的表达水平增高,而在肺癌和结肠癌组织中的表达无明显差异.胃癌组织中UPase基因表达增高患者的生存率较表达正常或降低患者的生存率稍高,但无统计学意义(P＞0.05);肺癌和结肠癌组织中UPase基因表达增高患者的生存率与表达降低患者的生存率相比无明显差异(P＞0.05).UPase基因表达水平与胃癌、肺癌和结肠癌的临床期别、病理分级、淋巴结转移无相关性.结论UPase基因在胃癌、肺癌、结肠癌中表达水平不同,在胃癌组织中呈高表达状态,其高表达可能与胃癌患者的高生存率有关.     

PTEN抑癌基因在人胃癌组织中的表达及意义

目的探讨抑癌基因PTEN在胃癌组织中的表达水平及与其生物学行为的关系。方法应用免疫组织化学EnVision法检测116例胃癌组织,35例癌旁异型组织,56例癌旁正常黏膜组织中的PTEN蛋白表达情况。结果胃癌组织中PTEN阳性率为53.4 %(62/116),显著低于异型增生、癌旁正常黏膜组织中的阳性率71.4 %(25/35)、100 %(56/56)(P<0.001)。在各组织学类型中,高中分化腺癌PTEN蛋白阳性表达率最高(72.7 %,32/44),显著高于印戒细胞癌(29.2 %,7/24),P<0.001。PTEN蛋白的表达与淋巴结转移、侵袭程度密切相关(P<0.05)。结论PTEN基因的异常改变与胃癌的发生发展密切相关,可能是胃癌进一步恶化的标志之一,可作为胃癌生物学行为的参考指标,为胃癌的基因治疗提供参考依据。     

胃癌组织FRAT1表达与临床病理因素相关性分析

目的:探讨胃癌组织FRAT1的表达及其与胃癌各临床病理因素的关系。方法:采用免疫组化、RT-PCR及蛋白质印迹法检测112例胃癌组织和20例癌旁胃黏膜组织中FRAT1的表达及其在不同病理级别胃癌组织中的表达差异。结果:FRAT1mRNA和蛋白在胃癌组织中的阳性表达率为68.8%,明显高于癌旁胃黏膜组织的阳性表达率0,两者比较差异有统计学意义,χ2=30.23,P=0.000。FRAT1在高、中、低分化的胃癌组织中阳性表达率分别为51.6%、72.1%和78.9%,χ2=6.300,P=0.043。且FRAT1的阳性表达与临床分期(P=0.013)和淋巴结转移(P=0.032)有关,而与患者的年龄和性别无关(P>0.05)。结论:FRAT1蛋白的表达率与胃癌的分化程度、TNM分期、淋巴结转移有关,且随着胃癌组织分化程度的增高而降低,随着TNM分期增高而增高。     

LncRNA TCF7在胃癌中的表达及与临床病理参数和预后的关系

目的:探讨长链非编码RNA TCF7（LncRNA TCF7）在胃癌中的表达及其与患者临床病理参数和预后的关系。方法:选取2015年2月至2016年8月本院收治的86例胃癌患者的癌组织标本为胃癌组，另选取其癌旁组织为正常组。采用实时荧光定量PCR（RT-PCR）检测胃癌组织及癌旁组织中LncRNA TCF7的相对表达量，根据检测结果中位值将其分为高表达组（57例）与低表达组（29例），观察LncRNA TCF7表达与患者临床病理参数的关系。采用Kaplan-Meier法分析LncRNA TCF7表达与患者预后的关系，并将影响胃癌患者预后的相关因素进行单因素分析及COX多因素分析。结果:胃癌组LncRNA TCF7表达水平显著高于正常组（P＜0.05）；LncRNA TCF7表达与淋巴结转移、临床分期、分化程度及浸润深度显著相关（P＜0.05）；Kaplan-Meier法分析显示LncRNA TCF7高表达组患者PFS与OS均显著低于低表达组（P＜0.05）；单因素分析显示淋巴结转移、临床分期、分化程度、浸润深度及LncRNA TCF7表达水平均为影响胃癌患者预后的危险因素；COX多因素分析显示淋巴结转移与LncRNA TCF7表达水平高低均为胃癌患者预后不良的独立危险因素。结论:LncRNA TCF7在胃癌中高表达，并与胃癌发生发展有关，同时可有效预测患者预后情况。     

Survivin基因在胃癌中的表达及临床意义

目的研究凋亡抑制基因survivin在胃癌组织中的表达。方法运用SP免疫组化技术检测survivin基因在50例胃癌组织及相应的癌旁组织中的表达。结果survivin基因在50例癌旁组织中不表达,而在50例胃癌组织中有40例表达阳性,阳性率80％,两者差异有统计学意义（P〈0．05）。survivin基因表达阳性率与胃癌组织的分化程度、淋巴结转移及TNM分期相关,而与浸润程度无相关。结论survivin在胃癌组织中的特异性高表达,说明其表达可以抑制胃癌细胞的自身凋亡过程,其在癌细胞的生长和增殖过程中起着广泛的促进作用。