基于网络药理学和分子对接的八宝丹治疗病毒性肝炎潜在机制研究

目的:探索八宝丹的活性成分及其治疗病毒性肝炎的潜在作用机制.方法:通过TCMSP、TCM-PTD、SwissTargetPrediction等数据库,收集八宝丹的活性成分与靶标信息,采用Cytoscape 3.8.0软件和String数据库构建八宝丹"成分-靶点"网络,并利用GeneCards数据库搜索病毒性肝炎相关靶...     

基于网络药理学探讨苦黄注射液保肝退黄作用机制

目的 构建苦黄注射液活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能和通路进行分析,探讨苦黄注射液保肝退黄的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php）及相关文献挖掘获取苦黄注射液中苦参、大黄、茵陈、柴胡、大青叶的主要活性成分。利用GeneCard数据库（http://www.genecards.org/）和在线人类孟德尔遗传数据系统（OMIM,http://www.omim.org/）预测和筛选苦黄注射液活性成分对应靶点中与肝炎和黄疸疾病相关靶点。用Cytoscape 3.6.1软件构建活性成分-作用靶点网络,用蛋白质相互作用数据库（STRING,http://string-db.org/）和Cytoscape 3.6.1软件绘制蛋白相互作用网络,用生物学信息注释数据库（DAVID,https://david.ncifcrf.gov/）对靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 筛选得到苦黄注射液活性成分16个,共获得85个作用靶点。网络分析结果表明,苦黄注射液主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激应答的生物过程。靶点通路分析结果显示,苦黄注射液保肝作用的靶点主要涉及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、Toll样受体、p53、神经营养因子等信号通路。结论 苦黄注射液保肝退黄作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节MAPK、Toll样受体、p53、神经营养因子等相关通路发挥作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制

目的:探讨枳实治疗乳腺癌的有效活性成分及其潜在机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)分析枳实中的化合物,筛选其活性成分和潜在靶标,采用Cytoscape 3.7.2软件对枳实化合物-靶点网络进行构建,...     

基于网络药理学和分子对接分析参附汤治疗房颤的作用机制

  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。      

基于网络药理学和分子对接预测大黄治疗胃癌的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨大黄在胃癌中的抗肿瘤机制。方法 通过TCMSP网站收集大黄的活性成分及对应的靶点,利用肿瘤与癌症基因组图谱（TCGA）数据库、GeneCards网站得到胃癌相关基因,两者取交集,利用Cytoscape软件绘制胃癌-大黄-活性成分-靶点的网络图。通过Metascape网站对交集靶点进行功能、同路富集分析以及蛋白-蛋白相互作用网络分析,利用MCODE算法确定关键基因簇,最后利用分子对接方法找到可能的作用靶点。结果 通过筛选得到大黄的主要活性成分16个,共获得46个治疗胃癌的潜在靶点,京都基因和基因组数据库（KEGG）通路、基因本体论（GO）分类富集分析结果显示,大黄治疗胃癌的机制涉及多个生物学过程,包括凋亡、程序性细胞死亡、MAPK通路调节、细胞周期、PI3K-Akt等信号通路。蛋白-蛋白互作后发现关键基因簇包括BCL2、CASP8、AR、IL1B、CASP3、PRKCA、TP53、CDKN1A、PCNA,主要为凋亡相关基因,进一步分子对接验证了其与对应活性成分之间亲合度均较高,其中PKCNA与芦荟大黄素亲合度最高。结论 大黄治疗胃癌通过多成分、多靶点...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连治疗高脂血症的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...     

基于网络药理学和分子对接的三九胃泰颗粒抗炎镇痛作用机制研究

目的:基于网络药理学探讨三九胃泰颗粒抗炎镇痛的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库和相关文献筛选出三九胃泰颗粒的活性成分,并对其活性成分作用靶点进行预测,运用Cytoscape软件构建“三九胃泰颗粒-潜在活性成分-靶点”网络。通过GeneCards数据库收集炎症、疼痛相关靶点并与药物靶点相交集。通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集、基因本体(GO)分析于DAVID数据库中进行。Cytoscape软件构建“三九胃泰颗粒潜在活性成分-炎症疼痛相关靶点-通路”网络。AutoDockTools和PyMOL软件用于三九胃泰颗粒抗炎镇痛核心成分和核心靶点的分子对接。结果:共获取三九胃泰颗粒的潜在活性成分73种,其中核心活性成分15个,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等;三九胃泰颗粒发挥抗炎镇痛作用的核心靶点22个,包括PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等,参与药物的应答、炎症应答、MAPK级联的正调节等生物过程,涉及脂质和动脉粥样硬化、TNF、PI3K-AKT、MAPK等信号通路。核心成分槲皮素、山柰酚、β-...     

基于网络药理学和分子对接研究半夏散治疗慢性咽炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接研究半夏散治疗慢性咽炎的作用机制。方法 用LSP和TCMSP预测半夏散已知有效成分的作用靶点和慢性咽炎疾病靶点,使用Cytoscape3.6.1软件对半夏散进行中药—有效活性成分—靶点网络构建,STRING10.5数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape3.6.1软件进行GO富集分析,KEGG通路注释分析,以及利用AutoDock软件进行分子对接。结果 半夏散中有101个主要有效活性成分,作用于234个靶点蛋白;慢性咽炎有2 289个靶点,得到共同靶点117个。通过KEGG通路分析得到20个有效信号通路,GO富集显示15个生物过程、15个分子功能、15个细胞成分。有3个活性成分与2个关键靶点蛋白有效结合。结论 半夏散治疗慢性咽炎的作用机制是通过对炎症反应进行干预和调节,并对咽部内皮细胞的代谢和功能损伤进行修复。     

基于网络药理学与分子对接探讨紫草素治疗乙型病毒性肝炎的作用机制*

目的: 通过网络药理学方法系统化探究紫草素治疗乙型病毒性肝炎的功效网络,并用分子对接技术进行验证。方法: 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶标分析网站(Pharm Mapper)获取紫草素的有效化合物及作用靶点,利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)、基因疾病关联数据库(DisGeNET)、毒性与基因比较数据库(CTD)获取乙型病毒性肝炎的疾病靶点,经靶点映射获取紫草素与乙肝的共同作用靶点,通过STRING数据库获取靶点之间的关系信息,应用Cytoscape 3.8.2做可视化处理,并通过R语言进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用AutoDockTools完成分子对接。结果: 共获得AKT丝氨酸/苏氨酸激酶 1 (AKT1)、血清白蛋白(ALB)以及非受体酪氨酸激酶(原癌基因SRC),丝裂原活化蛋白激酶1 (MAPK1)、表皮生长因子受体(EGFR)等63个作用靶点,经GO富集分析得到1 779个生物学过程、41个细胞组分、108个分子功能,经KEGG富集分析得到79条相关通路,其中主要与PI3K/Akt通路密切相关。分子对接显示靶蛋白与主要化学成分结合能较强,结合力好。结论: 紫草素以多靶点、多通路的特点实现抗乙肝的作用,为后期实验验证提供依据。     

基于网络药理学与分子对接的蒺藜皂苷D抗肺纤维化的作用机制研究*

目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气活血方治疗糖尿病肾病的作用机制

探讨运用网络药理学与分子对接技术,分析自拟益气活血方治疗糖尿病肾病（DN）的有效成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过多个公共数据库获得益气活血方中活性成分的潜在靶点及DN的疾病靶点,并获得交集靶点,对交集靶点进行GO和KEGG分析,蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析与网络构建;利用Autodock vina软件对重要成分及关键靶点进行分子对接。结果 网络药理学分析获得有效活性成分78个、成分靶点223个、疾病靶点1002个、交集靶点81个、关键靶点15个。富集的 KEGG 通路有胰岛素抵抗、 PI3K-Akt 信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、木樨草酸等成分对大部分靶点具有亲和力。结论 益气活血方可能通过调节炎症与细胞自噬、促进ECM蛋白的降解、调节外周组织对胰岛素的敏感性及胰腺β细胞的增殖和凋亡等作用机制达到治疗DN的作用     

基于网络药理学和分子对接研究喘可治注射液治疗支气管哮喘的机制

目的 应用网络药理学和分子对接,研究喘可治注射液治疗支气管哮喘的活性成分–靶点–通路及作用机制。方法 借助TCMID和TCMSP数据库、ChemicalBook平台及文献检索获取喘可治注射液中淫羊藿和巴戟天的主要活性成分,运用TCMSP、SwissTargetPrediction、PubChem、GeneCards数据库筛选活性成分靶点,从GeneCards、CTD数据库中获得支气管哮喘靶点,在STRING平台构建蛋白–蛋白相互作用网络,使用OmicShare云平台、DAVID数据库、Origin软件对靶点进行KEGG通路和GO生物过程分析,利用Cytoscape软件构建活性成分–靶点–通路网络图,采用AutoDuck Tools软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 从喘可治注射液中筛选出9个活性成分,作用于66个支气管哮喘相关靶点,其中18个关键靶点涉及13条主要信号通路,参与12条主要生物过程。由分子对接可知喘可治注射液中关键活性成分淫羊藿次苷I、蔗果四糖与支气管哮喘关键靶点结合度较高。结论 喘可治注射液可通过多靶点、多通路、多机制治疗支气管哮喘。     

基于网络药理学和分子对接研究颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接的方法探讨颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制。方法：通过检索TCMSP、Symmap数据库获取颐脑解郁方的活性成分,利用 TCMSP、Uniport和Symmap预测活性成分的靶点,并通过GeneCards、OMIM、pharmgkb、TTD、DrugBank数据库检索抑郁症疾病靶点,将其疾病靶点取交集,进而将颐脑解郁方的活性成分靶点与抑郁症的疾病靶点取交集,利用Cytoscape构建药物成分-靶点网络,并使用STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI),进行核心基因的GO和KEGG富集分析,并使用Pymol、AutoDock Tools软件制作分子对接。结果：共获取颐脑解郁方组方中6味植物药的活性成分72个,对应1363个目标靶点;通过CytoNCA筛选出9个关键靶点;GO富集分析得到生物学过程2624条、分子功能243条以及细胞组分116条,主要与炎症反应、以及氧化应激过程相关;KEGG富集分析得出194条显著富集的通路,主要为 IL-17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,其功能主要涉及免疫系统调控、信号传导、内分泌系统、细胞生长与凋亡等。结论：颐脑解郁方可通过多个化合物作用于多个分子靶点发挥其对抑郁症的治疗作用,其分子机制主要涉及抑制炎症反应,减弱氧化应激等方面。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨鹰嘴豆芽素A治疗神经胶质瘤的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接的方法探究鹰嘴豆芽素A治疗神经胶质瘤的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）、TargetNet、Swiss Target Prediction等数据库和分析平台,筛选出鹰嘴豆芽素A对应靶点,利用DisGeNET、GeneCards等数据库获得神经胶质瘤的作用靶点。取药物与疾病的交集靶点,借助STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,利用Cytoscape 3.9.1软件构建潜在靶点网络关系图。对交集靶点通过DAVID数据库进行本体论富集分析（gene ontology,GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。通过DockThor数据库对鹰嘴豆芽素A和关键靶点进行分子对接,Pymol软件进行可视化处理。结果 共筛选出鹰嘴豆芽素A靶点149个,神经胶质瘤相关靶点5654个,药物与疾病交集靶点97个,核心靶点为表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor,EGFR）、雌激素受体（estrogen receptor,ESR1）、热休克蛋白（heat shock protein,HSP）90AA1、基质金属蛋白酶（matrix metalloproteinase,MMP）9、PPARG、PTGS2,靶点参与的功能主要与肿瘤细胞增殖、侵袭、凋亡等过程有关。GO富集分析发现鹰嘴豆芽素A在生物过程、细胞组成、分子功能多方面参与神经胶质瘤的治疗。KEGG通路108条,包括肿瘤、化学致癌作用-受体活性、脂质和动脉粥样硬化、PI3K/Akt等信号通路。分子对接结果显示鹰嘴豆芽素A与关键靶点均有较好的结合活性。结论 鹰嘴豆芽素A可能通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导凋亡、增强化疗敏感性等发挥治疗神经胶质瘤的作用。     

网络药理学和分子对接技术视角下柴胡对肝硬化的作用机制

目的：采用网络药理学方法和分子对接技术探究柴胡治疗肝硬化的活性部位和作用靶点,并推断其作用机制。方法：使用中药系统药理学分析平台筛选柴胡的化学成分和相关靶点,使用GeneCards和DisGeNet数据库筛选肝硬化相关靶点,将获得的靶点导入Venny 2.1.0进行分析,获取柴胡与肝硬化的共同靶点集;使用Cytoscape 3.8.2软件建立“柴胡活性化合物-靶点”网状图,使用STRING数据库生成蛋白互作网络,使用PPI网络拓扑分析筛选出核心靶点;采用R程辑包（tidyr、stringr、ggpubr）对共同靶点进行GO分析,同时采用R程辑包（tidyr、ggplot2）对共同靶点集进行KEGG分析;对核心靶点与柴胡活性成分进行分子对接,验证活性成分与核心靶点的结合性能。结果：筛选出柴胡的活性成分17种,以及肝硬化相关靶点4 754个、共同靶点159个;经PPI网络拓扑分析,结合连通性、紧密度等值均高的前15个靶点,构建核心靶点网络;经GO富集分析,获得细胞表面受体信号通路等生物进程共615条、黏着斑等细胞组分共65条、氧化还原酶活性等分子功能共121条;经KEGG分析得到通路130条,其中高度相关通路包括乙型肝炎、TNF信号通路等。分子对接结果显示乙酸芳樟酯与PTGS2、EGF,山柰酚与CASP3、JUN、TNF,槲皮素与MYC、EGFR、CCND1结合较好。结论：柴胡可通过乙酸芳樟酯、山柰酚、槲皮素影响肝硬化的多个靶点,从而起到治疗肝硬化的作用。本研究可为深入阐明柴胡治疗肝硬化的机制提供理论依据。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨白花蛇舌草治疗鼻咽癌的作用机制

目的基于网络药理学与分子对接技术探讨白花蛇舌草治疗鼻咽癌的作用机制。方法利用TCMSP、GeneCards数据库获取白花蛇舌草化合物、靶点与鼻咽癌靶点。将交集靶点导入STRING数据库构建靶点蛋白互作网络,筛选关键化合物与核心靶点,并进行分子对接。将交集靶点导入DAVID平台进行GO与KEGG富集分析。结果白花蛇舌草有效化合物6个,作用于鼻咽癌靶点49个,关键化合物4个,核心靶点12个。Degree值排前5的核心靶点与4个关键化合物体现较好结合性。白花蛇舌草治疗鼻咽癌主要影响163个生物学过程、63条通路。结论白花蛇舌草可能通过4个关键化合物作用于5个核心靶点影响生物学过程,调节关键通路来发挥治疗鼻咽癌的作用。