银染单链构象多态性技术检测结核杆菌rpoB基因突变

目的 探讨分子生物学方法在临床标本结核分枝杆菌利福平（ＲＦＰ）耐药性评估中的应用价值。方法 设计针对ｒｐｏＢ基因１８３ｂｐ扩增引物,运用聚合酶链反应－单链橡象多态性分析（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）银染色方法,检测了４５株结核杆菌临床分离株,并对其中部分菌株进一步做了ＤＮＡ序列分析。结果 以药敏试验结果对照,有１６株ＲＦＰ敏感株为２６株ＲＦＰ耐药株经ＳＳＣＰ方法得到检测,阳性占９３．３％,特异性００％。对部     

耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变

利福平（ＲＦＰ）耐药性的产生系由于结核分枝杆菌（结核菌）编码ＲＮＡ聚合酶β亚基（ｒｐｏＢ）的基因突变所致［１］。目前检测ｒｐｏＢ基因突变的聚合酶链反应（ＰＣＲ）方法，所用引物大多对结核菌特异性较差，其他分枝杆菌也能获得扩增。我们结合国外研究资料，采用...     

结核分枝杆菌利福平耐药基因的检测

以药物敏感试验为标准，应用聚合酶链反应－单链构象多态性分析方法对６８例利福平耐药菌株和２０例利福平敏感菌株进行测定，结果８８例结核分枝杆菌均扩增出目标ＤＮＡ条带，１０例非结核分枝杆菌和８例非分枝杆菌未出现目标ＤＮＡ条带，所用引物扩增ｒｐｏＢ基因２１５ｂｐ片段为结核分枝杆菌复合群异性的。     

实时荧光PCR分子信标检测耐利福平结核分枝杆菌印rpoB基因

目的 应用实时荧光PCR分子信标技术,建立快速检测临床标本中结核分枝杆菌利福平rpoB相关耐药突变点方法,探讨其缩短耐药实验报告时间的临床应用价值.方法 以分枝杆菌药物敏感性实验绝对浓度法为标准,12株非结核分枝杆菌、4株非分枝杆菌作对照,对174例结核患者临床分离株应用实时荧光PCR分子信标方法,检测利福平rpoB核心区域的耐药突变点并将结果与直接测序进行比较.结果 (1)实时荧光PCR分子信标方法:82例结核分枝杆菌利福平敏感菌株中,3例发生rpoB基因突变,特异度为96.3%;92例结核分枝杆菌利福平耐药菌株中,82例检出耐药突变,敏感度为89.1%;准确性为92.5%.(2)DNA直接测序分析:82例结核分枝杆菌利福平敏感株中,1例发生rpoB基因突变,特异度为98.8%;92例结核分枝杆菌利福平耐药菌株中,83例发生:rpoB基因突变,敏感度为90.2%;准确性为94.2%.检测174株结核分枝杆菌临床分离菌株,与实时荧光PCR分子信标方法检测一致性为98.3%(171/174).结论 实时荧光PCR分子信标方法检测耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变点可作为结核患者快速耐药检测的初筛方法之一.     

聚合酶链反应单链构象多态性和银染技术筛查胰岛素受体基因突变

目的建立聚合酶链反应单链构象多态性（ＲＣＲＳＳＣＰ）和银染技术筛查胰岛素受体基因突变方法。方法选择８９例非胰岛素依赖型糖尿病患者,ＰＣＲ扩增编码胰岛素受体酪氨酸激酶域的外显子（外显子１７～２１）,进行ＳＳＣＰ电泳,银染色后,对突变样品进行序列分析。结果发现１１例外显子１７和１例外显子２０的异常电泳条带,外显子１７的突变经顺序分析,为ＣＡＣ１０５８→ＣＡＴ１０５８的杂合和纯合多态性突变。结论ＰＣＲＳＳＣＰ结合银染技术是一种操作简便、经济、灵敏度高、适合于临床大样本基因突变筛查的方法。     

结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药基因突变快速检测方法的建立

目的建立结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药基因突变的快速检测方法。方法根据结核分枝杆菌标准株H37Rv序列，自行设计覆盖rpoB、katG、inhA基因突变区的系列寡核苷酸探针，并检测临床样品中结核分枝杆菌的基因突变情况，以此来判断耐药结果。结果在56个利福平耐药菌株中，有50个菌株都在rpoB基因上榆出有突变，利福平耐药突变检出率为89．3％（50／56）；有30个利福平敏感菌株rpoB基因上都未检出突变。有58个异烟肼培养的耐药菌株中有47个在katG或inhA基因上检出有突变，异烟肼耐药突变检出率为81．0％（47／58）；有30个异烟肼敏感菌株katG或inhA基因上未检出突变。结论用膜芯片检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性，具有较高的特异性和敏感性，可用于临床结核分枝杆菌耐药性的检测。     

广东地区结核分枝杆菌吡嗪酰胺耐药的pncA、rpsA、panD基因分型特征研究

目的探讨广东地区结核分枝杆菌吡嗪酰胺耐药与相关基因pncA、rpsA和panD的突变特征。方法收集2015年12月至2018年2月在该院就诊的327例结核病患者的痰液标本。采用结核分枝杆菌核酸检测法检测痰液中结核杆菌阳性率,采用MGIT960仪器检测吡嗪酰胺的敏感性,采用PCR DNA测序技术对pncA、rpsA和panD的基因序列进行分析。结果经结核分枝杆菌核酸检测,327份结核患者痰液标本中有317份痰液标本为阳性,阳性率为96.94%。根据吡嗪酰胺耐药结果,327株分离株中吡嗪酰胺耐药102株,吡嗪酰胺敏感225株,耐药率为31.19%。225株吡嗪酰胺敏感株中未发现pncA突变,102株吡嗪酰胺耐药株中有67株发现pncA基因突变,突变率为65.69%。102株吡嗪酰胺耐药株中检测出5株rpsA突变,突变率为4.90%;225株吡嗪酰胺敏感株中检测出1株rpsA突变,突变率为0.44%。吡嗪酰胺耐药菌株的rpsA突变率显著高于吡嗪酰胺敏感菌株(χ~2=7.476,P=0.006)。105株吡嗪酰胺耐药株中检测到1株panD突变,为G419→A突变,突变率为0.95%。吡嗪酰胺敏感株中未检测到panD突变。结论在中国广东地区,结核分枝杆菌吡嗪酰胺耐药率较高,其中pncA基因突变较多,突变位点较为分散;而吡嗪酰胺耐药结核分枝杆菌中rpsA和panD基因突变均值得进一步关注。     

分子生物学方法检测结核杆菌对利福平耐药性研究进展

近年对结核杆菌耐药机制的研究表明，ｒｐｏＢ基因是利福平耐药相关基因，耐药株通常发生特定位点基因突变，因此可以通过突变有无而评估其利福平耐药性，本文对这方面做简要综述。     

PCR直接测序法分析结核分枝杆菌katG基因突变

为了了解我国结核分枝杆菌耐异烟肼（ＩＮＨ）分离株ｋａｔＧ基因突变情况，研究其临床意义。本研究通过聚合酶链反应（ＰＣＲ）、ＰＣＲ－单链构象多态性（ＳＳＣＰ）和ＰＣＲ直测序法分析９２株结核分枝杆菌临床分离株的ｋａｔＧ基因。以Ｈ３７Ｒｖ标准株为对照，２３株药物敏感体中，２１株ｋａｔＧ基因ＳＳＣＰ分析正常，２株异常。３６株耐非ＩＮＨ药物的分离株中，２０株ｋａｔＧ基因ＳＳＣ正常，１６株异常。３３株耐ＩＮＨ分     

聚合酶链反应-微孔板杂交技术用于结核分枝杆菌的检测

目的建立结核分枝杆菌的ＰＣＲ酶联免疫吸附测定（ＥＬＩＳＡ）方法，使ＰＣＲ结果判定更加客观。方法我们使用玻璃粉吸附提纯模板ＤＮＡ，将ＰＣＲ引物５′端标记生物素，用ＰＣＲ产物与微孔板中预先包被的克隆靶基因杂交，然后用酶标链霉亲和素与杂交体中的生物素结合，最后用酶底物与所标记酶进行显色反应，通过测定其吸光度来判断结果。结果所建立的ＰＣＲＥＬＩＳＡ检测法可提高检测的灵敏度和特异性。对５０份来自结核病人高度怀疑有结核分枝杆菌的标本检测表明，ＰＣＲＥＬＩＳＡ检出２２份阳性，比抗酸染色法（７／５０）、培养法（１３／５０）和ＰＣＲ电泳法（１８／５０）检出率高，而２０份证实无结核分枝杆菌的标本，几种方法检查均为阴性。结论该法可敏感、特异和客观地检测临床标本中的结核分枝杆菌。     

武汉地区耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变分析

摘要：目的：探讨武汉地区结核分枝杆菌（MTB）利福平耐药株rpoB基因的突变特征。 方法：对76例MTB临床分离株包括rpoB核心区域81 bp碱基在内的428 bp碱基进行PCR测定,并进行DNA序列分析。 结果：76例临床分离MTB中利福平耐药株56例,敏感株20例。耐药株中92.9%（52/56）存在突变,共涉及10个密码子的18种突变类型。 531、526为常见突变位点,其突变率分别为57.7%(30/52)、19.2%(10/52);联合突变率为13.5%（7/52）;同时发现了509位（AGC→AGA）新的突变类型和国内少见的517位CAG缺失类型。 结论：rpoB基因突变在武汉地区利福平耐药MTB中广泛存在,并存在新的突变位点。     

耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因序列研究

目的 研究杭州地区结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）对利福平（RFP）的耐受与rpoB基因突变的关系。方法 随机挑选了90例结核杆菌感染的病例。选择了利福平作为主要的药物进行药敏实验，PCR扩增39株耐RFP结核分支杆菌的rpoB基因片段（580bp）；测定扩增片段的序列。并与美国国立生物信息中心（www．ncbi．nlm．nih．gov／nucleotide）检索获得结核杆菌野生株（利福平敏感株）序列（登陆号：AJ749948）作对比分析。结果 结果显示PCR结核测序方法得到了39例结核杆菌耐药株。51例敏感株，与药敏实验的方法检测的结果完全一致。测定的11株临床分离的耐药株中，526位或531位有突变，其中526位有突变的有7株，占耐药测定株63．6%，531位突变的有4株。占耐药测定株36．4％。未见两位点同时突变。检测的11株敏感株，未见526位或531位有突变。结论 杭州地区结核分支杆菌耐利福平的发生与rpoB基因的526位或531位突变密切相关，与国外的报告基本相似。但526位突变占耐药测定株高达63．6％。如此高比例目前国内外未见相似报道。PCR扩增和产物测序将是临床检测结核分支杆菌耐利福平和耐多药的一种迅速、准确的方法。     

Characterization of rpoB mutations in rifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from the Middle East

The nature and frequency of mutations in the rpoB gene of rifampin-resistant clinical Mycobacterium tuberculosis isolates vary considerably according to geographical locations. There is no information on the prevalence of specific mutations in clinical M. tuberculosis strains isolated from patients in Middle-Eastern countries. In this study, 13 rifampin-resistant and 6 susceptible clinical M. tuberculosis isolates were tested for identification and characterization of mutations in the rpoB gene by INNO-LiPA Rif. TB kit and DNA sequencing of the PCR amplified target DNA. The kit identified all six susceptible strains as rifampin-sensitive and the DNA sequence of the amplified rpoB gene in the target region matched perfectly with the wild-type sequence. The kit identified 12 resistant isolates as rifampin-resistant with specific detection of mutations in 8 isolates while one of the rifampin-resistant strain was identified as rifampin-susceptible. DNA sequencing confirmed these results and, in addition, led to the specific detection of mutations in 4 rifampin-resistant isolates in which specific base changes within the target region could not be determined by the INNO-LiPA Rif. TB kit. The majority (8 of 13) of resistant isolates involved base changes at codon 531 of the rpoB gene. Mutations at codon position 531 within the rpoB gene have also been reported in majority of rifampin-resistant strains from Greece and St. Petersburg, Russia but not from other geographical locations.     

检测结核分枝杆菌rpoB基因突变的研究

目的：建立聚合酶链反应－单链构象多态性（PCR－SSCP）检测结核分枝杆菌rpoB基因突变的方法，并评价共临床应用的价值。方法：依据结核分枝杆菌rpoB基因的耐利福平决定区设计引物，用PCR从临床分离株和直接从痰标本中扩增rpoB基因片段；对扩得的rpoB基因片段做DNA SSCP分析，并随机测定rpoB片段的序列。结果：PCR从所有212株结核分枝杆菌中均扩得230bp片段135份抗酸染色阳性的痰标本中，有113份扩得阳性片段（83．7％），在SSCP分析中，140份经L－J药敏试验检测为利福平耐受的结核分枝杆菌，有130份有rpoB基因突变（符合率为92．9％），72份经L－J药敏试验检测为利福平敏感的菌，有67份的rpoB基因无突变（符合率为93．1％），测序分析发现57份经SSCP检测为突变的rpoB片段均有序列改变，10份经SSCP分析为无突变的有8份无序列改变，SSCP与测序结果的符合率为94．0％，在本研究的菌株中，耐多药结核病（MDR－TB）占76．4％（107／140），有92．5％（99／107）耐多药菌株经SSCP检测有rpoB突变。结论：建立的PCR－SSCP分析方法，是一种较准确和稳定的检测结核分枝杆菌rpoB基因突变的方法，可用于临床快速分析患者结核分枝杆菌对利福平的耐药性，并可作为MDR－TB判断的一个重要指标。     

Characterization of rpoB mutations in rifampin-resistant clinical Mycobacterium tuberculosis isolates from Kuwait and Dubai

Mutations conferring resistance to rifampin in rifampin-resistant clinical Mycobacterium tuberculosis isolates occur mostly in the 81 bp rifampin-resistance-determining region (RRDR) of the rpoB gene. In this study, 29 rifampin-resistant and 12 -susceptible clinical M. tuberculosis isolates were tested for characterization of mutations in the rpoB gene by line probe (INNO-LiPA Rif. TB) assay and the results were confirmed and extended by DNA sequencing of the PCR amplified target DNA. The line probe assay identified all 12 susceptible strains as rifampin-sensitive and the DNA sequence of RRDR in the amplified rpoB gene from two isolates matched perfectly with the wild-type sequence. The line probe assay identified 28 resistant isolates as rifampin-resistant with specific detection of mutation in 22 isolates including one isolate that exhibited hetro-resistance containing both the wild-type pattern as well as a specific mutation within RRDR while one of the rifampin-resistant strain was identified as rifampin-susceptible. DNA sequencing confirmed these results and, in addition, led to the specific detection of mutations in 5 rifampin-resistant isolates in which specific base changes within RRDR could not be determined by the line probe assay. These analyses identified 8 different mutations within RRDR of the rpoB gene including one novel mutation (S522W) that has not been reported so far. The genotyping performed on the isolates carrying similar mutations showed that majority of these isolates were unique as they exhibited varying DNA banding patterns. Correlating the ethnic origin of the infected TB patients with the occurrence of specific mutations at three main codon positions (516, 526 and 531) in the rpoB gene showed that most patients (11 of 15) from South Asian region contained mutations at codon 526 while majority of isolates from patients (6 of 11) of Middle Eastern origin contained mutations at codon 531.     

The rpoB gene of Mycobacterium tuberculosis.

A portion of the Mycobacterium tuberculosis gene encoding the beta subunit of RNA polymerase (rpoB) was amplified by PCR using degenerate oligonucleotides and used as a hybridization probe to isolate plasmid clones carrying the entire rpoB gene of M. tuberculosis H37Rv, a virulent, rifampin-susceptible strain. Sequence analysis of a 5,084-bp SacI genomic DNA fragment revealed a 3,534-bp open reading frame encoding an 1,178-amino-acid protein with 57% identity with the Escherichia coli beta subunit. This SacI fragment also carried a portion of the rpoC gene located 43 bp downstream from the 3' end of the rpoB open reading frame; this organization is similar to that of the rpoBC operon of E. coli. The M. tuberculosis rpoB gene was cloned into the shuttle plasmid pMV261 and electroporated into the LR223 strain of Mycobacterium smegmatis, which is highly resistant to rifampin (MIC > 200 micrograms/ml). The resulting transformants were relatively rifampin susceptible (MIC = 50 micrograms/ml). Using PCR mutagenesis techniques, we introduced a specific rpoB point mutation (associated with clinical strains of rifampin-resistant M. tuberculosis) into the cloned M. tuberculosis rpoB gene and expressed this altered gene in the LR222 strain of M. smegmatis, which is susceptible to rifampin (MIC = 25 micrograms/ml). The resulting transformants were rifampin resistant (MIC = 200 micrograms/ml). The mutagenesis and expression strategy of the cloned M. tuberculosis rpoB gene that we have employed in this study will allow us to determine the rpoB mutations that are responsible for rifampin resistance in M. tuberculosis.     

结核分枝杆菌耐利福平和异烟肼相关基因快速检测的应用研究

目的 利用DNA芯片检测技术直接检测痰标本中结核分枝杆菌耐利福平(RFP)、异烟肼(INH)相关的耐药基因(rpoB、katG/inhA),评价DNA芯片检测技术临床应用的可行性.方法 对586份涂阳痰标本使用L-J培养并用终点法确定其耐药性,同时利用DNA芯片检测技术检测痰标觋本中结核分枝杆菌的rpoB、katG/inhA常见基因突变位点的突变情况,比对两种方法的检测结果,对不符合的菌株测定其相应DNA序列,评估上述试验的准确性.结果 (1)586份涂阳痰标本,其中3(+)163份、2(+)204份、1(+)217份,培养阳性584份.耐药结果显示,对INH、RFP敏感的菌株分别为361株和327株,耐药菌株分别为223株和247株,其中低浓度耐药、高浓度敏感菌株分别为93株和59株,低浓度、高浓度均耐药菌株分别为130株和188株.(2)耐药基因特异性片段扩增阳性标本367份(62.8%)、阴性217份(37.2%).对INH耐药相关基因(katG/inhA)突变检出率是28.4%,突发发生位点集中在katG315位密码子(89.8%);对RFP耐药相关基因(rpoB)突变检出率是55.9%(137/247),突变发生位点主要在rpoB 531和rpoB 526位密码子,发生率分别是68.6%和16.1%.(3)对L-J药敏结果与DNA芯片检测结果不符的菌株进行DNA序列分析,发现有漏检现象.结论 DNA芯片技术直接检测样本中结核分枝杆菌的相关耐药基因存在可行性,如直接应用于临床样本检测,关键要解决样本中DNA的提取效率、PCR的扩增效率和试验的质量控制.     

焦磷酸测序技术快速检测结核分枝杆菌利福平耐药性研究

目的利用焦磷酸测序技术，建立一种高通量结核分枝杆菌利福平耐药性快速基因检测方法。方法应用生物素标记的引物扩增rpoB基因片段，经链亲和素标记的磁珠分离制备单链模板，设计2个测序引物在焦磷酸测序仪上检测rpoB基因耐药突变区的81bp序列突变情况，与H。Rv序列比对后判断耐药结果。结果通过建立的基于焦磷酸测序技术的结核分枝杆菌rpoB基因突变检测平台，32株利福平耐药株均在rpoB基因片段上检测到突变，22株利福平敏感株未检测到突变，检测结果与直接测序符合率达100％。结论本方法可快速、准确、高通量检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变。     

聚合酶链反应-单链构象多态性技术快速筛选结核杆菌的利福平耐药性

目的：探讨利用分子生物学方法直接快速检测结核分枝杆菌利福平（RFP）药物敏感性的可行性。方法：应用聚合酶链反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）技术分别检测了40株RFP药物敏感及耐药的结核分枝杆菌临床分离株。先用PCR扩增rpoB基因，随后用SSCP方法鉴定其扩增产物有无突变，并与药敏试验结果作对照分析。结果：所有临床分离株均观察到rpoB基因PCR扩增产物。40株RFP敏感的临床分离株SSCP带谱与结核分枝杆菌H37RV标准株相同，40株RFP耐药株中37株检测到突变图谱。与Bactec结果对照，用PCR-SSCP技术检测结核分枝杆菌RFP耐药性的敏感性为93％，特异性为100％。结论：结核分枝杆菌耐RFP是其rpoB基因突变所致。PCR-SSCP技术可用于结核分枝杆菌RFP药物敏感性的直接快速检测。