TagMan PCR快速检测食品中空肠弯曲菌

目的:利用荧光定量PCR技术,建立食品中空肠弯曲菌污染的快速检测方法.方法:以空肠弯曲菌的hipO基因为靶序列,设计引物和探针,优化引物、探针浓度比和Mg2+浓度,对反应体系进行评价.并初步应用于样品的检测.结果:所建反应体系特异性、敏感性和稳定性良好.定量检测低限15cfu/ml.结论:建立了适用于食品中空肠弯曲菌污染快速检测的荧光定量PCR方法.     

实时荧光PCR方法快速检测空肠弯曲菌方法的建立

目的建立实时荧光PCR快速检测空肠弯曲菌的方法。方法以空肠弯曲杆菌HipO基因的保守序列为模板设计特异性引物探针,建立一种能快速检测样本中空肠弯曲杆菌的实时荧光PCR方法;对方法的特异性和敏感性进行评价,并以正常人粪便为空白样本,添加一定量空肠弯曲菌标准株菌液进行检测,以对方法的检测效果进行初步评价。结果该实时荧光PCR方法只对空肠弯曲杆菌进行特异扩增,同种属的结肠弯曲菌及其他常见食源性病原菌均不能扩增;整个检测过程只需要80min,对空肠弯曲菌菌悬液可检测至5个细菌,对加标粪便样本可检测至10～100个细菌。结论本研究建立的实时荧光PCR检测空肠弯曲菌方法不仅能实现对空弯菌的快速检测,而且还为空弯菌的快速诊断及其引起的食源性疾病的监控溯源提供有意义的参考。     

实验树鼩空肠弯曲菌、沙门氏菌和志贺菌多重荧光定量PCR方法的建立

目的为实验树鼩微生物检测提供一种快速、简便、灵敏,并且特异性强的空肠弯曲菌、沙门氏菌和志贺菌多重荧光定量PCR检测方法。方法根据空肠弯曲菌的Hip O区域、沙门菌的in V区域和志贺菌的ipa H区域设计特异性引物和探针,并进行单病原定量PCR检测验证;后分析多重PCR的灵敏度和特异性,并使用该多重PCR方法检测实验树鼩样品。结果本研究的PCR要素可用于空肠弯曲菌、沙门氏菌及志贺菌等单种菌的实时荧光定量PCR扩增。多重定量PCR扩增出了空肠弯曲菌、沙门氏菌和志贺氏菌标准扩增曲线;该方法的灵敏度为1×103ng/μL;特异性检测未从其他参考菌株中检出阳性。结论该多重定量PCR方法在实验树鼩微生物检测中具有很好的应用和推广前景。     

CAR菌TaqMan MGB探针法实时荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用研究

目的 建立特异、敏感、快速检测CAR菌的TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法。方法 针对CAR菌16S rRNA基因序列设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性。对2008~2012年期间采集的1344份临床标本中的CAR菌进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照。结果 CAR菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肺炎支原体、侵肺巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希氏菌、肺炎链球菌间无交叉反应,检测灵敏度达2.7拷贝。标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.22,TaqMan MGB探针荧光定量PCR效率为104.432%。对1344份标本进行检测,结果TaqMan MGB探针荧光定量PCR检出510份CAR菌阳性样本。TaqMan MGB探针荧光定量PCR能够直接从标本中检出CAR菌DNA,检测时间仅为40分钟。结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有可靠、特异、敏感的特点,适用于CAR菌的快速检测。     

CAR菌TaqMan MGB探针法实时荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用

目的建立特异、敏感、快速检测CAR菌的TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法。方法针对CAR菌16S rRNA基因序列设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性。对2008～2012年期间采集的1 344份临床标本中的CAR菌进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照。结果 CAR菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肺炎支原体、侵肺巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、肺炎链球菌间无交叉反应,检测灵敏度达2.7拷贝。标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.22,TaqMan MGB探针荧光定量PCR效率为104.432%。对1 344份标本进行检测,结果 TaqMan MGB探针荧光定量PCR检出510份CAR菌阳性样本。TaqMan MGB探针荧光定量PCR能够直接从标本中检出CAR菌DNA,检测时间仅为40 min。结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有可靠、特异、敏感的特点,适用于CAR菌的快速检测。     

荧光定量PCR检测细胞代谢综合征相关基因表达的优化

目的优化MRSG mRNA表达的Taqman荧光定量PCR检测反应体系并进行系统评价。方法设计荧光PCR适用的引物和探针,从模板、引物、探针、镁离子浓度等方面优化荧光定量PCR检测反应体系,评价优化系统的特异性和稳定性。结果确定系统的模板取样量为2μl,引物浓度为0.4μmol/L,探针浓度为0.2μmol/L,Mg~（2＋）浓度为4mM,建立了稳定的MRSG mRNA表达的Taqman荧光PCR检测方法。结论优化后的MRSG mRNA荧光PCR检测方法特异性和稳定性较好。     

多联实时荧光PCR检测几种重要肠道致病菌的实验研究

目的建立一种能同时检测志贺氏菌(Sh)、O139霍乱弧菌(O139VC)和空肠弯曲菌(CJ)的多联实时荧光PCR定量方法。方法根据Sh的ipaH基因序列、O139VC的wbfR基因序列、CJ的c基因序列的开放读码框(orf),分别利用ABI primer experess 2.0和DNAStar中的Primer Select软件设计出数对特异性的引物和探针,筛选出最佳的各组引物和探针组合,对引物、探针的浓度、Mg2 浓度、Taq酶的用量、反应条件等进行优化,从而建立了检测临床标本中Sh、O139VC和CJ的多联荧光PCR反应体系和检测方法。结果实验显示该方法具有特异性强,灵敏度高,均达到100copies/ml。结论多联实时荧光PCR方法可同时定量地检测临床标本中Sh、O139VC、CJ,结果显示快速简便,准确高效,有利于上述病原菌所致疾病的早期诊断和治疗。     

单核细胞增生李斯特菌hlyA基因实时荧光PCR的建立与研究

目的建立单核细胞增生李斯特菌hlyA基因TaqMan探针实时荧光PCR,用于食品卫生检验的快速筛查。方法根据单核细胞增生李斯特菌hlyA基因设计特异的引物与TaqMan探针,建立和优化实时荧光PCR反应体系,评估其特异性、灵敏度、稳定性,并在食品卫生检验中与细菌分离方法同步应用比较。结果建立了单核细胞增生李斯特菌TaqMan探针实时荧光PCR反应体系,经优化其最佳退火/延伸的温度为58°C,25μL反应体系中上、下游引物和探针最佳终浓度配比分别为0.7、0.7、0.4μmol/L;该实时荧光PCR反应体系可在35 min内完成检测,与沙门菌、绵羊李斯特菌、英诺克李斯特菌等16种非目标菌无交叉反应,对阳性克隆质粒的检测下限可达100拷贝/μL的稀释梯度,对同一核酸浓度样本20次检测的Ct值变异系数为0.46%;在对120份食品安全风险监测标本的快速检测应用中,6份标本单核细胞增生李斯特菌实时荧光PCR扩增阳性,从相应样本中分离出6株单核细胞增生李斯特菌,实时荧光PCR与分离培养方法检测结果相一致。结论针对单核细胞增生李斯特菌hlyA基因建立的TaqMan探针实时荧光PCR具有快速、特异、灵敏、稳定等优势,可用于食品卫生检验中单核细胞增生李斯特菌的快速、高效筛查。     

多联实时荧光PCR定量方法检测四种肠道细菌的研究

目的 建立一种能同时检测空肠弯曲菌(CJ)、肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157：H7、副溶血性弧菌(VP)和单核增生李斯特菌(LM)的多联实时荧光PCR定量方法。方法根据CJ的C基因序列、EHEC O157：H7的RFBE基因序列、VP的toxR基因序列和LM的iap基因序列的开放阅读框(ORF)，分别利用ABI primer experess 2．0和DNAStar中的Primer Seleet软件设计出了数对特异性的引物和探针，筛选出最佳的各组引物和探针组合，对引物、探针的浓度、Mg^2 浓度、Taq酶的用量、反应条件等进行优化，从而建立了检测临床标本中CJ、O157：H7、VP和LM的多联荧光PCR反应体系和检测方法。结果实验显示该方法具有特异性强，灵敏度高，均达到100copies／ml。结论多联实时荧光PCR方法可定量检测临床标本中CJ、0157：H7、VP和LM，该法快速简便，准确高效，有利于上述病原菌所致痰病的早期诊断和治疗。     

香港海鸥形菌TaqMan-MGB探针实时荧光PCR的建立与应用

目的建立快速、灵敏、特异的香港海鸥形菌TaqMan-MGB探针实时荧光PCR体系,用于食源性致病菌监测和淡水鱼产品贸易往来的快速检测。方法根据GenBank公布的香港海鸥形菌16SrRNA基因高保守序列,设计特异引物对和TaqMan-MGB探针,建立和优化快速检测体系,评价反应体系的特异性、灵敏度、重复性,并在淡水鱼类、急性胃肠炎腹泻患者标本中临床应用,结合细菌分离方法和序列测定分析进行验证。结果建立的香港海鸥形菌TaqMan-MGB探针实时荧光PCR反应体系检测时限短,仅40min就可出结果,特异性好,与沙门氏菌、志贺氏菌、副溶血弧菌等非目标菌无交叉反应,灵敏度高,检测下限达10拷贝／反应,稳定性好,同一浓度阳性质粒进行16次重复检测的Ct值变异系数0．183％。92份淡水鱼及211份医院急性胃肠炎腹泻标本实时荧光PCR与常规细菌分离结果完全一致,均检出了12株香港海鸥形菌。16SrRNA测序结果显示与HKU1株同源性在99．5％以上,进一步验证了实时荧光PCR的特异性。结论本研究建立的香港海鸥形菌TaqMan—MGB探针实时荧光PCR反应体系快速、特异、灵敏,在防止食源性疾病的传播和加快贸易通关速度方面,具有较强的的应用价值。     

4种感染性腹泻病原菌免疫磁珠-多重PCR快速检测体系的建立

目的基于免疫磁珠分离及多重PCR技术建立出血性大肠埃希菌、福氏志贺菌、空肠弯曲菌、副溶血弧菌的快速检测体系。方法根据出血性大肠埃希菌uidA、福氏志贺菌ipaH、空肠弯曲菌hipo及副溶血弧菌tlh的基因序列设计特异性引物,优化免疫磁珠分离过程及多重PCR扩增中的各个环节,建立上述4种病原菌同步快速扩增体系,并鉴定该体系特异性、敏感性。结果发现Mg2+浓度对该体系影响最大,在Mg2+浓度为4 mmol/L时扩增效率最高;该体系对4种病原菌的敏感性分别为:出血性大肠埃希菌2.7×10 cfu/ml、福氏志贺菌6.4×10 cfu/ml、空肠弯曲菌7.6×10 cfu/ml、副溶血弧菌3.6×10 cfu/ml。结论建立了出血性大肠埃希菌、福氏志贺菌、空肠弯曲菌、副溶血弧菌的免疫磁珠-多重PCR快速检测体系,该体系特异性及敏感性高,检测过程简单,结果稳定,可应用于临床诊断及食品卫生监管中致病菌的快速检测。     

深圳市肉类食品空肠弯曲菌的污染情况调查

目的了解我市常见肉类食品中空肠弯曲菌的污染状况,为控制和预防空肠弯曲菌食物中毒提供科学依据。方法在食品污监测点随机抽检肉类食品样品117份,用传统国标法和荧光PCR法进行检测。结果从117份肉类食品中检出4份空肠弯曲菌,阳性检出率为3.4%。结论深圳市肉类食品中存在空肠弯曲菌的污染,如果加工、销售不当,及监督不严,会对群众健康构成潜在威胁。     

TaqMan 探针荧光定量PCR支原体快速检测方法的建立及应用

目的： 在支原体16SrRNA的种属特异性区域设计一对引物及其相应的Taqman探针,建立荧光定量PCR方法,检测细胞培养物中支原体。方法：选择16srRNA支原体种属特异性区域作为扩增区,设计支原体通用引物,PCR扩增片段的预期大小为288 bp。回收PCR扩增产物,连接pMD-18T载体,转化JM109大肠杆菌,涂布Amp+琼脂平板,挑取阳性克隆进行PCR鉴定后提取质粒。构建荧光定量PCR绝对定量的标准品,设计荧光定量引物、探针,采用矩阵法对反应体系进行优化,建立绝对定量的标准曲线。利用十倍稀释法检验灵敏度并与普通PCR法及培养法进行比较;对支原体及其他5种革兰氏阳性杆菌进行特异性检验;对培养法、普通PCR法及荧光定量PCR法检测样本的灵敏度进行比较。结果：支原体PCR产物大小约为288 bp,质粒质量浓度为13.9 mg/L,A260/Ａ280 (Ratio)为1
.780,质粒溶液浓度为4.25×109拷贝/ μL。10 μmol/L的引物浓度和10 μmol/L-1探针浓度为最佳反应浓度,双温循环及60℃退火温度为最佳的循环条件。检测灵敏度为4.250×101 拷贝。拷贝数与Ct值之间的线性关系表达式：Ct= －2.916×log拷贝数+40.02。特异性检验中5种革兰氏阳性杆菌样本检测均为阴性,支原体样本为阳性,表明特异性好。准确性检测中变异系数小,表明稳定性好。组内及组间相同浓度样本检测具有相同的Ct值,表明重现性好。样本检验中,荧光定量PCR检测出的阳性样本高于普通PCR及培养法。结论：支原体荧光定量PCR法检测细胞样本及临床样本中支原体快速、特异性强、灵敏度高、稳定性好。     

人细小病毒B19实验诊断技术研究

目的建立一种快速、准确、特异和定量检测人细小病毒B19的实验检测方法。方法以B19病毒NS1基因为靶序列,设计并合成引物和Taqman探针,优化引物与探针比例,调整镁离子浓度,建立对细小病毒B19进行荧光定量检测的实验方法。同时利用荧光定量PCR技术检测本院收集的490例孕妇血清。结果引物与Taqman探针比例为1∶4,镁离子浓度为2.5mmol/L时,反应的本底最低,荧光信号最强。该方法的灵敏度为1.0×101拷贝,有较好的特异性和重复性。检测的490例临床孕妇血清标本,人细小病毒B19DNA阳性为44例,感染率为8.9%(44/490)。结论使用Taqman探针技术的荧光定量聚合酶链反应,能够准确快速定量检测血清中的人细小病毒B19。     

沙门菌荧光重组酶介导等温扩增检测方法的应用研究

目的 建立基于重组酶介导等温扩增（recombinase-aided amplification, RAA）快速、灵敏、特异检测沙门菌的方法。方法 针对沙门菌invA基因保守区段设计特异性引物、探针,通过引物、探针筛选以及反应条件优化,建立检测沙门菌的荧光RAA方法,通过优化引物浓度、探针浓度、醋酸镁浓度、上样量来确定最佳反应体系组成。采用细菌纯培养物评估该方法的最低检测限、特异性等性能,通过模拟样品以及19份真实样品检测,同时采用国标法GB 4789.4-2016同步验证复核,评估该检测方法的可靠性。结果 该方法在39 ℃条件下20 min内可完成检测反应。利用该方法能够特异检测沙门菌,不能检出其他肠道致病菌。该方法检测细菌纯培养物的灵敏度为19 cfu/mL,检测模拟样品的灵敏度为190 cfu/mL。采用建立的沙门菌荧光RAA方法对采集的环境样品、食品污染及人体肛拭子样品共计19份进行检测,按照GB 4789.4-2016方法同步检测,4份阳性,其中3份样本荧光RAA检测呈现沙门菌阳性,1份肛拭子样本该方法未能检出。结论 荧光重组酶介导等温扩增法检测沙门菌快速、特异、简便、灵敏,能够在食源性疫情现场调查以及食源性疾病监测中发挥一定的作用。     

空肠弯曲菌套式PCR快速检测方法的建立与初步应用

目的建立套式PCR快速检测实验动物空肠弯曲菌的方法。方法根据GenBank数据库的空肠弯曲菌flaA基因设计2对引物，对空肠弯曲菌抽提DNA作PCR扩增及克隆测序。同时，对其他病原菌抽提核酸扩增，并对120份临床样品进行检测。结果空肠弯曲菌经2对引物分别扩增出1719bp和640bp片段，与预期大小一致。套式PCR检测的最低限度为10CFU。整个检测过程可在8h内完成。而其他病原菌未出现特异性扩增条带。采用套式PCR对121份临床样品进行检测，检出31份阳性，与传统的细菌分离方法完全一致。结论本研究建立的套式PCR方法具有很好的特异性和敏感性，可用于实验动物空肠弯曲菌的快速检测。     

Taqman—MGB荧光定量PCR测定饮用水中大肠菌群

目的建立饮用水中大肠菌群荧光定量PCR定量检测方法。方法以大肠菌群lacZ基因为靶基因,建立Taqman—MGB探针荧光定量PCR定量方法测定饮用水中大肠菌群,并进行方法学评价。结果25山荧光定量PCR反应体系中Mg3＋为5．0mmol／L,dNTPs0．2mmol／L,引物0．2μmol／L,探针0．5μmol／L,TaqDNA聚合酶2．0U,加入样品模板5μl。检测方法的特异性、重复性好,灵敏度高,可检出单个拷贝大肠菌群模板。结论所建立荧光定量PCR方法可快速、灵敏、特异检测饮用水中大肠菌群。     

荧光定量PCR检测食品中副溶血性弧菌方法的建立

目的：建立一种荧光定量PCR方法检测副溶血性弧菌,为食品安全监测、临床诊断提供快速、准确的检测方法。方法：选取副溶血性弧菌不耐热溶血毒素基因作为检测的靶片段设计引物及探针,通过体系优化建立检测副溶血性弧菌的荧光定量PCR检测方法。同时评价其特异性、灵敏度、重复性。并对临床收集的样本进行检测。结果：所建立的荧光定量PCR方法特异性高,可准确、特异的检测副溶血性弧菌,灵敏度为10cfu/mL;20份市售食品样本检测结果显示12例副溶血性弧菌阳性,结果符合常规培养检测结果。结论：所建立的荧光定量PCR方法具有快速、结果可靠、灵敏度高等特点,可用于食物污染物调查、临床检验等多个方面中副溶血性弧菌的检测。     

双重实时荧光PCR检测副溶血性弧菌和创伤弧菌方法的建立

目的建立双重实时荧光PCR检测副溶血性弧菌和创伤弧菌的方法。方法在Gen Bank数据库查找序列并比对后设计tdh和vvh A基因引物和探针。对PCR反应退火温度、引物、探针、Mg2+、Taq DNA聚合酶及d NTPs浓度进行优化,确定反应体系和反应条件,并对新建方法的特异性、灵敏度等方面进行分析,对模拟样品进行检测。结果建立了双重实时荧光PCR检测副溶血性弧菌和创伤弧菌的方法。该方法的特异性较好,检测限为103 CFU/ml。结论建立的双重荧光PCR方法可快速、灵敏、特异地检测副溶血性弧菌和创伤弧菌。     

改良分子信标实时PCR快速检测大肠杆菌O157：H7

目的建立改良分子信标实时PCR快速检测大肠杆菌O157：H7的快速方法。方法根据GenBank公布O157：H7的rfbE保守序列，设计一对引物和改良分子信标探针，用FAM荧光剂标记探针的5’端，建立改良分子信标实时PCR检测O157：H7的反应体系，应用于食物中毒快速诊断和食品微生物检测。结果共检测11种细菌。只有大肠杆菌O157：H7有荧光信号，其余10种全无荧光信号，且与其他细菌无交叉反应，DNA灵敏度为64fg，菌液灵敏度为59cfu／ml或2cfu／PCR反应体系。应用改良分子信标实时PCR反应体系检测10株O157：H7均出现特异的荧光信号，无干扰。对89份食品样品进行检测，5份O157：H7实时PCR阳性，其余样品为阴性，检测仅需2h。5份阳性样本，经传统方法培养，有3份检出大肠杆菌O157：H7。结论改良分子信标实时PCR检测体系快速、灵敏度高，特异性强，可用于大肠杆菌O157：H7食物中毒的快速诊断和食品微生物检测，为食源性疾病的分子流行病学调查提供新的检测手段。