差异显示技术对变异链球菌生物膜基因表达差异的分析

目的 对生物膜和浮游状态下的变异链球菌细胞进行比较研究,采用限制性酶切差异显示技术比较分析两者的基因表达谱.方法 分别收集变异链球菌浮游菌细胞与贴壁的生物膜细胞,分离纯化总RNA,对于逆转录获得的cDNA进行限制性酶切差异显示PCR技术（RFDD-PCR）比较分析两者的表达谱,对于获得的差异表达片段通过克隆测序并于BLAST比对获得这些片段的基因信息,进而推断其功能.结果 通过对差异片段的分析,确证其中4条片段分属结构基.fruA、SMU.438c、SMU.751与adhB/C.结论 限制性酶切差异显示技术可用于分析生物膜形成过程中基因表达的差异.     

PCR-限制性酶切片段-单链构象多态合并异源二聚体分析中国人群的Kell血型系统

目的分析中国人群的Keu血型系统的多态性，寻找合适的筛选方法。方法建立聚合酶链反应-限制性酶切片段-单链构象多态性方法（polymerase chain reaction-restriction fragment-single strand conformation polymorphism，PCR-RF-SSCP）合并异源二聚体分析，筛选找出KEL基因第7～9外显子区域中具有不同格局的样品，并对其测序，找出突变位点。结果500份标本中发现两个突变，分别是KEL基因第9外显子上966G〉A和第7内含子的第67位C〉A点突变，但没有涉及氨基酸序列的变化；突变率为4／1000；没有发现PCR-RF-SSCP合并异源二聚体分析有漏检情况。结论PCR-RF-SSCP合并异源二聚体分析可以作为有效的经济简便的筛选方法，适用于基因背景不明了、没有阳性对照品的群体。中国人群的Keu血型系统有自己的特征，多态性有别于其他民族，值得进一步研究。     

mRNA差异显示法克隆小鼠精子发生相关基因p38MAPK基因

目的：克隆1、2、3、4周龄小鼠睾丸之间差异表达的基因。方法：应用改良的mRNA差异显示技术,对1、2、3、4周龄小鼠睾丸进行基因表达的差异显示分析,并对其中1个从2周龄小鼠中高表达的cDNA片段进行了克隆和测序。结果：所克隆的cDNA片段与小鼠大脑、造血干细胞p38MAPK（p38beta mitogen-activated protein knase,p38MAPK-β）基因的同源性分别为91％和85％.Northern dot blot结果显示该基因在小鼠睾丸和脑组织 中表达最高。结论：小鼠p38MAPK基因基因可能与小鼠精子发生相关。     

mRNA差异显示法筛选小鼠精子发生相关基因

目的筛选小鼠精子发生相关基因。方法应用改良的mRNA差异显示技术对1、2、3、4周龄小鼠睾丸进行了基因表达的差异显示分析,并对差异表达的cDNA片段进行了克隆和测序。结果获得了27个在不同周龄小鼠睾丸组织存在明显表达差异的基因片段,其中3个片段分别与Genbank中已知基因LTBP-3、rjs、P38 MAPK基因高度同源,其余基因片段为无同源序列的新基因片段。结论上述结果表明精子发生是一个多基因参与的过程,筛选出的这些基因可能在精子发生的不同阶段调控着精子发生的全过程。     

mRNA差异显示法克隆原发无精症相关基因

目的克隆与原发无精症发病相关的基因。方法运用改进的ｍＲＮＡ差异显示技术,从原发无精症患者和正常成人睾丸组织中获得两者的差异表达片段,即表达序列标志（ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅ－ｔａｇ,ＥＳＴ）,并克隆测序分析。结果正常成人和原发无精症患者的睾丸组织存在明显的基因表达差异。所分析的５个在正常成人睾丸中表达、而在患者组织中不表达的差异片段中,１个与ＧｅｎＢａｎｋ中ｃｏｓｍｉｄＬ２７ｈ９的部分序列１００％同源,该ｃｏｓｍｉｄ插入序列位于４ｐ１６．３的亨廷顿舞蹈病基因区（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ＇ｓｄｉｓｅａｓｅｒｅｇｉｏｎ）,另４个为无同源序列的新基因片段。结论４ｐ１６．３的亨廷顿舞蹈病基因区可能与原发无精症相关,并在睾丸中表达。     

冷血和温血动物血吸虫28S rRNA基因的扩增和酶切片段分析

用特异性引物扩增日本血吸虫 ( Schistosom a japonicum )、龙江血居吸虫 ( Sangunicola lungensis)的成虫和尾蚴和士耳其斯坦东毕吸虫尾蚴 2 8S r RN A基因片段 ,并且用 Taq I和 Hae III两种限制性内切酶对前两者进行酶切 ,凝胶成像分析结果表明日本血吸虫和东毕血吸虫在该基因片段扩增产物大小表现高度一致 ,日本血吸虫和龙江血居吸虫在该基因片段的酶切产物存在明显差异 ,在基因水平证实血吸虫类群中 ,寄生温血动物同属裂体科的日本血吸虫、东毕血吸虫与寄生冷血动物的血居科吸虫相比 ,前两者有着非常相近的亲缘关系。龙江血居吸虫成虫在 PCR扩增过程中 ,除了出现 1条 12 2 7bp的主带外 ,还呈现 1条 962 bp的弱带 ,在尾蚴则并未出现 ,单链构象多态性分析 ( SSCP) ,日本血吸虫成虫和尾蚴带型一致 ,龙江血居吸虫成虫呈现出至少 3条条带 ,而其尾蚴表现出清晰的 2条条带 ,进一步证实在发育过程中 ,龙江血居吸虫虫体间存在有该重复序列的变异。     

应用mRNA差异显示技术克隆人肺腺癌转移相关基因

肿瘤转移是恶性肿瘤最基本的生物学特征。为了探讨恶性肿瘤的侵袭和转移的机理，选择两株具有相同的细胞来源、但具有不同转移能力的人肺腺癌细胞系ＡＧＺＹ８３ａ和Ａｎｉｐ９７３作为研究材料，采用ｍＲＮＡ差异显示（ｍＲＮＡｄｉｆｅｒｅｎｔｉａｌｄｉｓｐｌａｙ）技术，对这两个细胞系的基因表达差异情况进行了分析。结果显示，在这两个细胞系之间存在明显的基因表达差异，说明在低转移的ＡＧＺＹ８３ａ向高转移的Ａｎｉｐ９７３演变过程中涉及多个基因的激活与失活。研究结果还提示，在高转移的Ａｎｉｐ９７３细胞系中，某些基因的表达或高表达与人类逆转录病毒基因ＬＴＲ的整合有关。另一个克隆与人类线粒体基因ＮＤ４具有高度同源性，其高度表达与Ａｎｉｐ９７３的转移表型有关。表明肿瘤的转移是一个多基因参与的过程，由于这些基因的相互作用及细胞内外环境因素的影响，最终决定了肿瘤细胞的转移表型。     

冷血和温血动物血吸虫28S rRNA基因的扩增和酶切片？…

用特异性引物坟增日本血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ ｊａｐｏｎｉｃｕｍ）、龙江血居吸虫（Ｓａｎｇｕｎｉｃｏｌａ ｌｕｎｇｅｎｓｉｓ）的成虫和尾蚴和土耳其斯坦东毕吸虫尾蚴２８Ｓ ｒＲＮＡ基因片段,并且用ＴａｐＩ和ＨａｅⅢ两种限制性内切酶对前两者进行酶切,凝胶成像分析结果表明日本血吸虫和东毕血吸虫在该基因片段扩增产物大小表现高度一致,日本血吸虫和龙江血居吸虫在该基因片段的酶切产物存在明显差异,在基因水     

用mRNA RT-PCR差异显示技术克隆拟除虫菊酯抗性家蝇细胞色素P450基因片段

细胞色素P450单加氧酶系是一类广泛分布在生物有机体中的重要酶系,具有多样的功能。细胞色素P450介导的杀虫剂代谢解毒作用的增强是昆虫对杀虫剂产生抗性的普遍机制。为揭示家蝇对拟除虫菊酯类杀虫剂的分子基础,我们利用mRNA差异显示技术(DDRTPCR)从溴氰菊酯抗性品系家蝇Muscadomestica中分离出2个新的基因片段(M1,M2)。序列比对(BlastP)结果表明,M1与黑腹果蝇Drosophilamelanogaster中的Cyp6A9在氨基酸水平上具有54%的相似性,M2分别与果蝇Drosophilasimulans中的Cyp6g1有65%的相似性。M1和M2包含P450的特征序列,并与细胞色素P450具有最高程度的序列相似性,是为细胞色素P450基因片段。     

肝癌细胞凋亡相关基因APG的克隆、表达及其与肝癌相关性研究

目的 研究和克隆新的肝癌凋亡相关基因,探索肝癌发生机制。方法 采用同源筛选、RT-PCR等克隆肝癌凋亡相关基因APG,分析其在肝癌及癌旁组织中表达,测序比对,研究其与肝癌之间相关性。结果 克隆了一个肝癌凋亡相关基因,cDNA全长为563bp。其在肝癌及癌旁组织中序列存在一定差异。50例肝癌中,16%(8/50)为上调表达,84%(42/50)为下调表达(P<0.01)。AGP表达与性别、AFP大小无关(P>0.05),但与肿瘤大小(P<0.05)、HBsAg(P<0.01)、分化程度(P<0.01)、包膜侵犯(P<0.01)、临床分期(P<0.01)、血管癌栓(P<0.01)、癌旁卫星灶(P<0.01)、Ki-67蛋白表达(P<0.01)、细胞凋亡(P<0.05)、P53蛋白表达(P<0.01)密切相关。结论 APG是肝癌凋亡相关的下调基因,其表达与肝癌的某些临床病理特征有关。     

Identification of genes differentially expressed inMycobacterium tuberculosisby differential display PCR

RNA arbitrarily-primed differential display PCR (RAP-PCR) was used to identify and isolate genes differentially expressed between attenuated (H37Ra) and virulent (H37Rv, Erdman) laboratory strains ofMycobacterium tuberculosis (Mtb). Using this method, cDNA fragments showing homology to three known mycobacterial genes and six putative novel genes in mycobacterial cosmid vectors were identified. Among the putative novelMtbgenes identified, we found: (1) gene MTV041.29, containing multiple tandem repetitive sequences and encoding a putative Gly-, Ala, Asn-rich protein (PPE family); (2) gene MTV004.03, containing the AT10S repetitive gene sequence; (3) gene MTV028.09, encoding a hypothetical protein of unknown function; (4) genes MTCY78.20,21, possibly encoding two hypothetical proteins of unknown function; (5) gene MTCY01A6.09, encoding a putative novel ferrodoxin dependent glutamate synthase; and (6) gene MTCY31.20, encoding a putative cyclohexanone monooxygenase. Using gene specific primers in a second differential display PCR and by RT-PCR amplification, novel genes 1, 2, 3 and 4 were shown to be differentially up-regulated in the attenuatedMtbstrain H37Ra compared to H37Rv and Erdman strain. Overall, we demonstrated that RAP-PCR, as a first step, is a quick and sensitive method for the identification and isolation of novel genes expressed inMtb. Because of limitations inherent to the lack of specificity of arbitrary primers in the RAP-PCR method, a second differential display PCR and RT-PCR amplification with gene-specific primers was necessary in order to confirm differential expression of the identified genes.     

涎腺腺样囊性癌高、低转移细胞系基因表达谱及基质金属蛋白酶表达差异

目的筛选与涎腺腺样囊性癌转移相关的候选基因，并对其中的候选基因进行初步的验证。方法用限制片段差异显示PCR技术（restriction fragments differential display PCR, RFDD-PCR）建立涎腺腺样囊性癌高、低转移细胞株（ACC-M、ACC-2）的表达谱。对两个表达谱的片段进行比较，通过生物信息学的分析，初步筛选出候选基因。用半定量逆转录PCR技术对筛选出的基因进行初步验证。结果RFDD-PCR方法共获得5420个基因片段，其中包含12个基质金属蛋白酶（matrix metalloproteinase，MMP）基因。半定量逆转录PCR方法发现MMP2、MMP7、MMP9、MMP14、MMP15、MMP24在ACC-M和ACC-2中的表达存在明显差异。结论构建了ACC-M和ACC-2细胞株的表达谱，为寻找目的基因奠定了基础。发现MMP2、MMP7、MMP9和MMP15与涎腺腺样囊性癌的发生、发展、转移有关，不同肿瘤细胞的转移能力可能与不同的MMPs家族基因相关。     

限制片段差异显示PCR分析金属基质蛋白酶家族在乳腺癌表达的差异

目的：建立乳腺癌差异表达谱,以筛选乳腺癌相关候选基因;比较金属基质蛋白酶家族(matrix metalloproteinases,MMPs)在乳腺癌中的表达差异。方法：采集乳腺癌组织、转移淋巴结及正常乳腺组织,用限制片段差异显示PCR技术(Restriction fragments differential display PCR,RFDD-PCR)建立表达谱。以电泳和荧光扫描成像对表达谱片段进行分离、显示。筛选分析MMPs及其相关基因的表达差异。结果：共获得5407个基因片段,差异片段占30％以上;共显示13个MMPs基因及其相关基因金属蛋白酶组织抑制因子和转化生长因子β。其中除MMP20外,其余均有量或质的差异。结论：有多个MMPs基因参与了乳腺癌的发生、发展过程,其中MMP2、MMP10、MMP11、MMP14、MMP15、MMP28基因的开启可能为肿瘤进程的早期事件。     

限制片段差异显示聚合酶链反应建立人类疾病表达谱的研究

目的 用限制片段差异显示聚合酶链反应(restriclion fragment differential display-polymerase chain reaction，RFDD-PCR)技术建立基因表达谱，分析比较人类疾病表达谱差异的可行性。方法 采集乳腺癌根治术患者的乳腺癌组织、乳腺癌转移淋巴结及正常乳腺组织，用RFDD-PCR技术平行操作，获得3种组织全部转录物组片段。然后以7％尿素变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行表达差异基因片段的分离、显示，结合http：//www．Qbiogene．com／display／数据库资料，进行生物信息学分析，初步筛选各组织问有表达差异的基因。结果 建立了乳腺癌组织、乳腺癌转移淋巴结及正常乳腺组织的基因表达谱，获得基因片段5407个，其中在癌组织和正常组织问有表达差异的片段为1491个，癌组织与转移淋巴结问的差异片段有1176个，而转移淋巴结与正常组织问的差异片段为1462个，分别占表达数的40．9％，33．9％，39．6％。这些差异片段涉及细胞增殖分化，信号转导，炎性反应，肿瘤转移等多方面功能。结论RFDD-PCR技术可以检测出大量表达基因，并同时比较3种或3种以上样本的表达差异，适用于人类疾病差异表达谱分析，筛选出疾病的候选基因。同时，还有可能找到新基因或新表达序列标签。     

mRNA差异显示法在维吾尔族和哈萨克族2型糖尿病患者白细胞差异基因筛选中的应用

目的选择、研究三代内未和其他民族通婚的维吾尔族2型糖尿病患者与维吾尔族正常人,哈萨克族2型糖尿病患者与哈萨克族正常人之间外周血白细胞mRNA差异表达,寻找致糖尿病基因和抑糖尿病基因。方法应用荧光mRNA差异显示技术分析、鉴定外周血白细胞的差异表达片段,测序后进行同源性分析。结果Z5、Z8、Z15三个差异表达明显的cDNA片段在正常人中高表达,而在2型糖尿病患者中低表达或不表达。其中Z5、Z8与CREG1基因同源,Z15基因未知。结论三个在两个民族正常人高表达,而患者缺乏或低表达的基因,可能与抑糖尿病基因有关,可能是2型糖尿病的病因之一。     

应用银染mRNA差异显示法寻找高温致神经管畸形差异表达基因

目的 :寻找高温致神经管畸形的差异表达基因。方法 :在高温致神经管畸形的动物模型上 ,分别于高温处理后 2 4、48和 72小时 ,提取鼠胚神经管组织总RNA和正常对照组鼠胚相应时间的神经管组织总RNA ,反转录合成cDNA第一链后进行差异显示PCR扩增 ,采用PAGE和银染技术显示差异条带 ,回收差异条带并经PCR二次扩增后 ,用点杂交方法筛除假阳性条带 ,再用Northern印迹杂交进一步鉴定。结果 :在高温致畸的鼠胚神经管组织中筛选到一个特别明显的差示cDNA片段N3 2 ,该片段所在基因在高温致畸的胚胎神经管组织中的表达远低于正常同龄胚的神经管组织。结论 :N3 2片段所在基因的低表达与高温致神经管畸形相关。     

从rds小鼠视网膜克隆视网膜色素变性相关差异片段

目的 从遗传性视网膜色素变性动物模型rds小鼠中克隆视网膜色素变性发病过程中特异表达的基因。方法 应用差异显示技术,分析rds小鼠发病过程中视网膜的mRNA。对特异性表达的mRNA片段进行克隆测序。结果 在视网膜色素变性发病过程中,rds小鼠的视网膜存在着相当明显的基因表达差异。在所测序分析的5个差异显示片段中其中一个与GenBank刚登录的功能未知的、从成年男性睾丸组织中克隆出来的cDNA序列较高同源（同一率为86％）另外4个为低同源序列。25天rds小鼠高表达的一个差异片段,与37天正常鼠表达而rds小鼠不表达的另一个片段,长度相同,177个碱基只相差两个。结论 视网膜色素变性这类慢性病变,存在着多个基因的表达及调控。     

高脂高胆固醇饮食对apoE-/-/LDLR-/-/Leprdb/db小鼠肝组织基因表达差异的影响

目的：研究高脂高胆固醇饮食对三基因突变(apoE-/-/LDLR-/-/Leprdb/db)小鼠肝脏基因表达的影响, 分析这些差异表达基因与血脂代谢紊乱和动脉粥样硬化（AS）的关系。 方法： 利用cDNA表达谱芯片检测普通饮食和高脂高胆固醇饮食喂养的三基因突变小鼠肝脏基因表达差异;分别用COD-PAP,GPO-PAP法测定血浆总胆固醇（TC）和甘油三酯（TG）浓度;并观察了主动脉形态变化。 结果： 在被测的4 000条基因中，高脂高胆固醇饮食组较普通饮食组小鼠上调基因为78条，下调114条，包括脂代谢、糖代谢、细胞骨架蛋白和免疫与炎症等相关基因。高脂高胆固醇饮食组血浆TC和TG水平均高出普通饮食组。5周龄时，两组小鼠均有主动脉内膜损伤，而高脂高胆固醇饮食组重于普通饮食组，并随年龄增长而加重。 结论： 高脂高胆固醇饮食对三基因突变小鼠血脂代谢紊乱乃至AS的发生发展有明显促进作用。