湖北省HIV-1分子流行病学研究

目的了解湖北省HIV-1基因型分布特征。方法对湖北省HIV-1主要流行区域进行流行病学调查，应用巢式聚合酶链反应对其中102例HIV-1感染者的env基因V3～V4区、gag基因P17/P24区和tat基因第一外显子区进行扩增，对各基因区阳性扩增样本进行序列测定，并对各基因区核苷酸进行序列分析。结果所有目标人群中共存在B^＋、C2种亚型以及CRF08-BC和CRF01-AE2种重组毒株，B^＋亚型在人群和地域上分布最广，涉及献血员、受血者以及二者的配偶和性乱人群，主要分布既往有偿献血员集中的地区。CRF08-BC、CRF01-AE重组主要涉及性乱人群，分布于经济发达的城市或地理位置偏南方的地区。C亚型为离散病例，主要涉及静脉毒品注射者。结论湖北省已由既往单一HIv-1 B^＋亚型转变为多种亚型、重组亚型流行的复杂局面，各亚型在省内高危人群和地域分布不平衡，各有特点，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在湖北省有加快流行和进一步复杂化的趋势。     

陕西省HIV-Ⅰ流行毒株亚型分析

目的了解陕西省近年来发现的人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者所携带毒株的基因序列特征、亚型种类和毒株来源以及在各高危人群中的分布,推断其传播来源和流行趋势,为本省艾滋病防治工作提供技术资料。方法对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集HIV感染者抗凝全血,提取前病毒DNA,应用套式聚合酶链式反应（nested-PCR）扩增其膜蛋白基因env,对其C2～V3区及邻区的核苷酸序列进行测定,用GCG软件（Wisconsin公司）进行亚型分析。结果35份样本PCR扩增阳性并得到相应序列。经基因离散率计算和系统树分析,共发现4种HIV-1基因亚型和重组毒株,即HIV-1 B’、C、CRF01-AE和CRF-BC重组型。其中泰国B’亚型为主要流行株,占82.35%（28/34）,主要来源于既往采供血者及其配偶;其次是CRF-BC重组型,占11.77%（4/34）,主要来源于吸毒人群：CRF01-AE和C亚型各1份,分别占2.94%,均来自劳务输出的归国人员。该组样本B’亚型内的基因离散率为5.2%（n=23）;而CRF-BC亚型内的基因离散率为0.9%（n=3）,彼此间显示出较近的传播关系。结论陕西省HIV-1流行株以泰国B’亚型为主,发生在与既往有偿采供血相关的地区和人群,已有6～7年的流行史;首次在当地吸毒人群中发现HIV-1 CRF-BC重组型,并且显示近期高度流行的趋势。加强对既往有偿献血人群和吸毒人群的行为干预,控制HIV病毒在家庭内和吸毒人群中的传播,将是今后本省艾滋病防治工作重点之一。     

广东省HIV-1流行株的基因亚型分析

目的　了解广东省人免疫缺陷病毒 - 1(HIV - 1)感染毒株的亚型分布情况。方法　用巢式聚合酶链反应 (nPCR)技术 ,对 1998年初至 2 0 0 2年 2月间广东省内 13例HIV - 1感染者血标本进行膜蛋白基因 (env)部分片段扩增 ,将扩增产物克隆至T载体上并进行序列分析。结果　在 11例扩增成功的血标本中 ,B亚型 6例 ,其中 3例来自献血人员 ,1例为性乱人员和 2例为吸毒人员 ;E亚型 5例 ,其中 3例为性乱人员 ,1例来自吸毒人员 ,1例来自献血人员。 5例E亚型基因离散率为 ( 6 6± 3 8) % ;6例B亚型基因基因离散率为 ( 7 6± 1 9) % ,与来自泰国和国内的B亚型代表株最接近。结论　广东省至少有HIV - 1B和E亚型毒株流行 ,且分布广泛 ,来源复杂     

陕西省HIV-Ⅰ流行毒株亚型分析

目的 了解陕西省近年来发现的人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者所携带毒株的基因序列特征、亚型种类和毒株来源以及在各高危人群中的分布,推断其传播来源和流行趋势,为本省艾滋病防治工作提供技术资料.方法 对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集HIV感染者抗凝全血,提取前病毒DNA,应用套式聚合酶链式反应(nested-PCR)扩增其膜蛋白基因env,对其C2～V3区及邻区的核苷酸序列进行测定,用GCG软件(Wisconsin 公司)进行亚型分析.结果 35份样本PCR扩增阳性并得到相应序列.经基因离散率计算和系统树分析,共发现4种HIV-1基因亚型和重组毒株,即HIV-1 B'、C、CRF01-AE和CRF-BC重组型.其中泰国B'亚型为主要流行株,占82.35%(28/34),主要来源于既往采供血者及其配偶;其次是CRF-BC重组型,占11.77%(4/34),主要来源于吸毒人群:CRF01-AE和C亚型各1份,分别占2.94%,均来自劳务输出的归国人员.该组样本B'亚型内的基因离散率为5.2%(n=23);而CRF-BC亚型内的基因离散率为0.9%(n=3),彼此间显示出较近的传播关系.结论 陕西省HIV-1流行株以泰国B'亚型为主,发生在与既往有偿采供血相关的地区和人群,已有6～7年的流行史;首次在当地吸毒人群中发现HIV-1 CRF-BC重组型,并且显示近期高度流行的趋势.加强对既往有偿献血人群和吸毒人群的行为干预,控制HIV病毒在家庭内和吸毒人群中的传播,将是今后本省艾滋病防治工作重点之一.     

上海口岸2001—2005年HIV-1病原体变异分子流行病学研究

〔目的〕了解上海口岸2001—2005年艾滋病病毒I型感染者（HIV-1）毒株基因亚型分布、变异情况及流行特征。〔方法〕收集2001—2005年上海口岸51份HIV抗体检测确认阳性的血样标本,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应进行体外扩增,获得核心蛋白（gag）和包膜蛋白（env）区基因的核酸片段,测定其序列和进行亚型分析。〔结果〕37份标本扩增阳性,共检出8个亚型,包括B亚型11份;CRF01-AE10份;CRF02-AG5份;A亚型4份;C亚型4份;G亚型、B’,和CRF07_BC亚型各1份。上海口岸毒株亚型分布于五大洲15个国家和地区,主要流行CRF01-AE和B亚型,从2004年开始出现其它亚型逐渐增多趋势。〔结论〕上海口岸流行的HIV-1毒株复杂多样,出入境人员是我国HIV毒株输入的主要渠道,流行毒株以性接触传播为主,AE重组毒株具有较强的传播优势。     

辽宁省2008-2010年HIV-1基因亚型分布特征及流行病学分析

HIV-1毒株的感染力较强,是目前HIV流行的主要病毒株和重点研究对象[1].HW-1分为M(main)、O(outlier)和N(non-M-non-O)3个组.其中M组又分为A～K亚型.近年又证实了至少16种各种亚型的重组型CRF 01至CRF016.本研究对59例HIV-1感染者血浆样本进行基因扩增和序列分析并收集相关流行病学资料,结果报道如下. 1.材料与方法: (1)样本来源:选取2008-2011年经病毒载量检测,载量＞1000 copy/ml的59例样本进行HIV蛋白酶(PR)和反转录酶(RT)基因区的扩增和测序.     

上海市虹口区HIV-1感染者分子流行病学研究

【目的】分析上海市虹口区新确认未治疗人类免疫缺陷病毒（HIV）-1感染者的HIV-1亚型分布特征,为虹口区建立HIV-1亚型数据库,探索获得性免疫缺陷综合征（AIDS）精准防治策略提供基础数据和思路。【方法】虹口区2016年新确认的HIV-1感染者的血浆样品119份,对HIV-1 RNA pol区基因进行反转录和基因扩增,扩增后进行DNA测序,在Los Alamos2022 HIV-1基因数据库网站上使用HIVBLAST工具进行HIV-1亚型分析,并结合流行病学资料进行分析。【结果】119份样品中,共获得89例pol区基因片段,以CRF07＿BC(38.2%)、CRF01＿AE(36.0%)为主,B亚型占13.5%,并发现新型重组亚型CRF55＿01B和独特重组亚型URF＿0107各2例（2.3%）。【结论】2016年,虹口区HIV-1感染者HIV-1流行亚型以CRF07＿BC和CRF01＿AE为主,新的重组亚型CRF55＿01B和独特重组亚型URF＿0107已在虹口区出现,密切监视其流行趋势十分必要。     

广西HIV-1重组流行株env基因V3-V4区序列变异分析

[Objective] To study the genetic variations of V3-V4 and flanking regions of the env gene from the circulating recombinant form （CRF） of human immunodefieiency virus type 1 （HIV-1） in Guangxi. [Methods] 24 samples were collected from the prevailing area of HIV-1 in Guangxi. Fragments of the HIV-1 env gene were amplified by nest-PCR from proviral-DNA templates of HIV-1 infected individuals. The PCR products were then directly sequenced by using ABI 310 DNA SEQUENCER. The sequencesof V3-V4 region and flanking region of the env gene from CRF were carried out amino acid mutations by CLUSTAL. MEGA and dnatools software. [ Results] Of the 24 samples, 21 samples （ 87.5% ） were infected with CRF01-AE. 3 （12.5%） were infected with CRF08-BC. Phylogenetic tree analysis showed that 21 CRF01-AE strains clustered with 97CNGX2F andTHCM240, while 2 CRF08-BC strains were closely related to CRF08-BC.98CN006 and CRF08-BC. 97CNGX6f, and 1 CRF08-BC clustered with C.95IN21068. Nueleotied sequence analysis showed that DNA distances in V3-V4 regions of the env gene of 24 samples were closely related to the normal strains in Guangxi, and majority of amino acid substitution occurred in C3 and V4 regions rather than V3 region. [Conclusions] Majority of genetric variation in V3-V4 regions of the env gene from recombinant form of CRF01-AE occur in the C3 and V4 regions rather than V3 region.     

湖北省采供血HIV-1感染者分子流行病学分析

目的分析湖北省经采供血感染人类免疫缺陷病毒（HIV-1）流行株的亚型特点和流行规律。方法2005年采集湖北省HIV-1感染者抗凝外周血22份,分离外周血单个核细胞（peripheral blood mononuclear cells,PBM-Cs）,提取前病毒DNA,用巢式PCR方法（nested polymerase chain reaction,nested-PCR）扩增HIV-1病毒gag至pol约3kb的核酸序列,并进行序列测定。应用BioEdit软件对序列排列、比对后,使用Clustal X系统进化树分析,确定亚型,并应用Simplot软件进行重组分析。结果通过巢式PCR扩增以序列测定得到17份样品的序列,根据gag-pol基因序列,与HIV-1亚型国际参考株比较,通过系统进行分析,确定湖北省的17个HIV-1毒株与邻近省份河南省的流行株B′亚型十分接近,均属于泰国B′亚型,并且未发现重组株的存在。结论湖北省经采供血感染的HIV-1流行株属于B′亚型,与河南省有偿献血员流行的HIV-1 B′亚型密切相关。     

四川省HIV- 1 流行毒株的基因序列测定和亚型分析

使用PCR对 9份采集于 1996年中旬的四川省经血液途径感染的HIV - 1阳性感染者外周血单个核细胞 (PBMCs)样品进行扩增 ,获得HIV - 1膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其C2-V3及邻区 350～ 4 50个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明 ,9份样品中存在B和C两种亚型的HIV - 1毒株序列 ,其中B亚型 5份 ,彼此间的基因离散率为 1.4 % ;C亚型 4份 ,在不包括sc3号样品的情况下彼此间的基因离散率为 2 .6% ,而sc3号样品与其它 3份样品在核苷酸序列上的差异却达 11.5%。与A～E参考亚型及部分B和C亚型代表株序列相比较 ,属四川B亚型的 5个毒株与包括泰国、缅甸及中国云南德宏在内的B亚型毒株序列十分接近 ,基因离散率在 3.6%～4 .3%的范围内 ;属四川C亚型的 4个毒株除sc3外则与代表印度毒株的C亚型共享序列及德宏C亚型毒株序列十分相似 ,其基因离散率均为 3.1% ,与非洲C亚型毒株nof的基因离散率为13.1% ,而sc3号序列与印度、中国德宏和非洲C亚型HIV - 1的基因离散率却在 10 .1%～ 17.2 %的范围内。提示 ,HIV - 1在四川的流行时间不长 ,且其B和除sc3之外的C亚型毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型HIV - 1毒株密切相关 ,而由sc3所代表的C亚型毒株则存在目前还尚不了解的其它传入来源。     

山东省HIV-1C亚型毒株的分子流行病学研究

目的 了解HIV—1C亚型毒株在山东省不同人群中的流行传播情况，分析其传染来源和传播规律。方法 采集7份HIV—1感染的外周静脉防凝血，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得包膜蛋白(env)基因的核酸片段，并对其C2—V3及邻区的核苷酸进行测定和分析。结果 7份血样均为HIV—1C亚型感染，系统树和基因距离分析发现，其中5株靠近07—BC重组毒株，2株靠近08—BC重组毒株。结论 山东省C亚型有重组株存在的可能，且人群分布广，传播途径多样，具有广泛传播的潜在危险。     

山东省HIV-1B亚型毒株分子流行病学研究

目的　了解人类免疫缺陷病毒 1型 (HIV -1B)亚型毒株在山东省的流行分布情况和传播规律。方法　采集 17份HIV -1感染者的外周静脉防凝血 ,提取前病毒DNA进行体外扩增 ,获得包膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其C2 -V3及邻区的核苷酸进行测定和分析。结果　系统树和基因离散率分析发现这 17份血样均为HIV -1B亚型感染 ,且感染毒株距离泰国B亚型代表株RL42最近 ,离散率为 9 16± 3 3 4 ,17毒株之间的离散率为 11 69±4 19。氨基酸序列分析发现 ,V3环顶端 4肽基序呈多态性 ,有 6种形式。结论　HIV -1B亚型在山东省地理分布广 ,并涉及 3类人群两种传播途径 ,且毒株出现较大变异 ,具有广泛传播的潜在危险     

2004～2005年广西HIV-1耐药横断面调查

目的 了解广西壮族自治区未接受抗病毒治疗的HIV感染者和已经接受抗病毒治疗一段时间的AIDS病人中的耐药情况.方法 收集我区2004～2005年部分HIV感染者的伞血标本201份,其中未接受抗病毒治疗的56人(27.86%),已接受抗病毒治疗的145人(72.14%),分别对他们进行问卷调查,并采集10毫升的抗凝血,分...     

福建省HIV-1病毒基因亚型分布的研究

目的 了解福建省HIV1各亚型的流行情况,帮助分析其传染来源和判断流行趋势.方法 采集福建省检出的13例HIV1感染者的外周血单核细胞(PBMCs),提取核酸后用套式聚合酶链反应技术进行扩增HIV1膜蛋白(env)基因C2V3区目的核酸片段,应用异源双链泳动分析法(HMA)进行HIV1亚型的分析.结果 13份标本PCR扩增均阳性,亚型分析结果表明福建省存在HIV1B亚型和E亚型.结论 HIV1B亚型和E亚型可能是福建省流行的主要亚型,主要经性途径由境外传入,且经性传播途径在人群中流行.异源双链泳动分析法可作为HIV1分子流行病学分析的筛选技术推广应用.     

广西壮族自治区2008 - 2009年HIV-1流行毒株基因型及其分布

目的了解广西地区目前HIV-1流行毒株的基因型及其分布。方法收集广西地区13个市294名2008-2009年新诊断的HIV感染者血浆标本和背景信息,感染途径主要为异性性传播(86.1%)。采用RT PCR法分别扩增HIV-1 gag,pol全长基因(分别为1584 by和3147 by)及enu:基因的C2V3片段(558 bp),序列编辑后用Genotyping及Mega 5.031具确定病毒的基因型,用Simplot和Recombinant HIV-1 Drawing Tool软件进行病毒基因的重组分析。结果获得全长gag基因序列270条、全长pol基因序列246条、。enu>基因C2V3区序列223条,确定272例标本的基因型。CRFO1_AE占的比例最高(77.6% ),其次为CRF08_BC(10.7%)和CRF07_BC ( 7.4% ),有4例B(B'')亚型,1例G亚型,还有7例未知重组型。性别、民族间病毒基因型分布的差异无统计学意义。7株新型重组毒株有6株以CRF01_AE为母株,嵌人B和/(或)C的片段,还有1株为CRF07_BC和CRF08_BC的二代重组。结论广西地区目前流行的HIV-1毒株以CRFO1_AE为主,并出现以CRFO1_AE为母株嵌人其他毒株基因片段的新型重组毒株,呈现基因组结构复杂化趋势。     

东莞市HIV-1主要毒株基因分型及其对耐药影响的研究

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）感染者流行毒株基因亚型的分布特征及耐药情况。方法 收集2015年10月至2016年2月东莞市疾病预防控制中心未经抗病毒治疗的50例HIV感染者血浆,提取病毒RNA,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行HIV-1基因亚型分析,并将获得的核酸序列提至美国斯坦福大学HIV耐药数据库（http：//hivdb.stanford.edu）进行耐药位点分析。结果 50例样本最终成功扩增得到35份样本的pol基因序列,在这35例研究对象中,88.6%（31/35）为男性,65.7%（23/35）为经性接触感染。35条pol基因序列中,CRF01_AE亚型占37.1%（13/35）,CRF07_BC亚型占37.1%（13/35）,B亚型占14.3%（5/35）,CRF55_01B亚型占11.4%（4/35）。在35条基因序列中检测到11条（占31.4%）含有耐药相关突变,以CRF01_AE和CRF55_01B重组亚型为主,原发性耐药率为11.4%（4/35）。结论 东莞市HIV-1感染者存在着多种基因亚型,以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,基因序列发生原发耐药性,应引起重视。     

1996-2014年中国HIV-1毒株CRF01_AE亚型传播簇和传播网络研究

目的 了解我国HIV-1毒株CRF01_AE亚型在省内和省际的传播规律和风险因素,为实施精准干预提供参考依据。方法 收集我国19个省份1996-2014年已有的2 094条CRF01_AE pol区基因序列,利用PhyML 3.0软件构建系统进化树,确定传播簇,利用Cytoscape 3.6.0软件构建传播网络,结合背景信息分析传播风险。结果 发现82个传播簇,包含255条序列（12.18%,255/2 094）,省内传播簇数量和包含序列数（61个,173条）明显多于跨省传播簇（21个,82条）。传播簇中男男性传播人群的成簇比例随时间上升趋势明显,由1996-2008年的2.41%（2/83）上升为2013-2014年的23.61%（72/305）（χ²=27.800,df=1,P=0.000）。跨省传播簇的男男性传播人群比例明显高于省内传播簇,由1996-2008年的0.67%（2/297）上升为2013-2014年的6.36%（30/472）,具有随时间的上升趋势（χ²=20.276,df=1,P=0.000）。跨省传播簇中男男性传播的比例（86.59%,71/82）明显高于省内传播簇（56.65%,98/173）,差异有统计学意义（χ²=22.792,P=0.000）。含2种及以上传播途径的跨省传播簇的比例（33.33%,7/21）明显高于省内传播簇（13.11%,8/61）,差异有统计学意义（χ²=4.273,P=0.039）。传播网络分析发现,跨省传播簇内高传播风险人群比例（51.22%,42/82）明显高于省内传播簇（26.59%,46/173）,差异有统计学意义（χ²=14.932,P=0.000）。跨省传播簇以男男性传播人群为主。结论 我国HIV-1毒株CRF01_AE亚型存在复杂的传播网络,跨省传播簇快速增长,其中高风险传播者对HIV-1亚型的大范围传播起到重要作用,应深入进行传播网络研究以指导精准干预。     

合肥市HIV/AIDS未治疗人群的耐药基因及亚型分析

目的了解合肥地区HIV/AIDS未治疗人群基因亚型和原发性耐药情况。方法应用巢式RT-PCR扩增HIV-1 pol区聚合酶基因,经DNA测序后进行系统进化树分析和耐药性分析。结果收集79例合肥地区HIV/AIDS未治疗者,经RT-PCR扩增并获得有效基因亚型序列65例,基因分型以CRF01-AE重组亚型最多39例（60.0%）;其次依次是CRF07-BC 21例（32.3%）、B亚型4例（6.2%）和CRF08-BC1例（1.5%）。1例蛋白酶抑制剂（PIs）主要耐药基因突变,2例反转录酶抑制剂（RTIs）耐药基因突变。总耐药突变率为4.6%（3/65）。结论当前合肥市主要的HIV-1流行亚型是CRF01-AE和CRF07-BC,HIV原发性耐药的发生率在国内处于较低水平。     

艾滋病病毒1型流行株分子流行病学调查

目的了解广东省HIV1亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性。方法应用套式聚合酶链反应(PCR)对108例广东省HIV1感染者淋巴细胞富集液的核酸样品进行扩增,并使用ABI377型测序仪对扩增产物测序后,对其外膜蛋白(ENV)基因C2V3段的核酸序列进行比较分析。结果108份血样中,44份为AE重组亚型,与国际参考株01AE.TH.90.CM240最近,基因离散率为(8.644±1.273)%,组内离散率为(7.302±4.639)%;40份为07BC重组亚型,与国际参考株CN.97.C54A最近,基因离散率为(2.163±1.313)%,组内离散率为(3.388±1.686)%;14份为08BC重组亚型,与国际参考株97CNGX9F最近,基因离散率为(2.757±2.027)%,组内离散率为(3.728±1.971)%;10份为B亚型,其中9份为泰国B′,与国际参考株RL42最近,基因离散率为(5.687±2.232)%,组内离散率为(5.879±2.542)%;1份为欧美B,与国际参考株US.86.JRFL最近,基因距离为8.50%。结论广东省HIV1流行株以AE和07BC重组亚型为主,也存在08BC重组亚型、泰国B亚型和欧美B亚型。     

1例输入性HIV-1 G亚型毒株的检出及基因组序列分析

目的　对1例输入性HIV-l G亚型感染者病毒基因组进行序列测定,并进行系统进化分析。方法　采集在本地区艾滋病监测中发现的1例HIV-1 G亚型感染者的血清,提取病毒RNA,利用反转录巢式-PCR技术扩增并测定病毒近似全长基因序列。结果　获得此毒株近似全长基因组序列,长度为8695 bp。重组分析结果显示,此毒株序列中无其他亚型的基因型片段插入,为HIV-1 G亚型毒株;系统进化树显示,此毒株与尼日利亚流行株G.NG.1995.NG1937.AF069937亲缘关系最近,基因离散率为8.95%。此G亚型毒株以趋化性细胞因子受体5作为辅助受体,V3区有1个氨基酸缺失,糖蛋白GP120中有8个位点因多糖空洞而导致糖基化位点缺失。结论　本研究从分子流行病学角度证实该毒株为境外输入性毒株,此毒株序列的测定和分析对于本地区HIV流行趋势和HIV毒株多样性研究均具有重要意义,提示我们需加强艾滋病监测,防止境外毒株与本地毒株发生重组和流行。