盖尔森基兴奴卡氏菌的生物学特性研究

目的研究盖尔森基兴奴卡氏菌的生物学特征、分子生物学特性及其与感染的关系。方法在CT导引下作肺穿刺取得标本,经培养获得革兰阳性、生长较慢的丝杆状菌,进行形态、培养特征、细胞壁化学成分分析和16S rRNA基因测序。结果经形态学、培养特征、细胞壁化学成分分析和16S rRNA基因测序,鉴定为盖尔森基兴奴卡氏菌。测定的1 429 bp序列与此种菌的模式株的序列100%一致,分离菌株与模式株的生化反应仅有两项不同。结论本文全面报道盖尔森基兴奴卡氏菌的生物学特性。     

大理地区13株疑似非结核分枝杆菌临床分离株的鉴定

目的对云南大理地区13株疑似非结核分枝杆菌(Non-Tuberculous mycobacteria,NTM)进行鉴定,了解其菌种构成。方法大理州疾控中心提供的疑似非结核分枝杆菌13株,经罗氏培养基(L-J)、噻吩-2-羧酸肼(TCH)和对硝基苯甲酸(PNB)鉴别培养基初步鉴别培养确定为NTM后分别通过16S rRNA、hsp65和rpoB基因片段测序进行菌种鉴定。结果 13株疑似NTM临床分离株经16S rRNA、rpoB和hsp65基因DNA测序分析鉴定为NTM 11株(84.62%),束村氏菌1株(7.69%),戈登氏菌1株(7.69%)。11株NTM中鸟分枝杆菌(M.avium)9株,脓肿分支杆菌(M.abcessus)2株。结论经抗酸染色筛查、L-J和PNB/TCH培养基初步鉴定为NTM的临床分离株通过3种不同基因测序分析鉴定为NTM、束村氏菌和戈登氏菌,以NTM中的鸟分枝杆菌占多数。     

某高级中学结核病爆发分离菌株的实验室鉴定

目的鉴定从某中学结核病爆发分离菌株的种属。方法对2006年5—8月,辽宁省某高级中学发生的10例痰检阳性病例中的3份痰标本分离的菌株经表型鉴定方法;传统生化方法;扩增hupB基因、dnaA-dnaN 和NTF-1区;Spoligotyping 以及MIRU基因分型;16S rRNA基因、16S-23S ITS和hsp65基因测序以及hsp65基因限制性酶切分析进行鉴定。结果临床分离株经生化方法初步鉴定1份为结核分枝杆菌复合群和2份为非结核分枝杆菌,随后经表型鉴定和扩增hupB基因、dnaA-dnaN 和NTF-1区;Spoligotyping 以及MIRU基因分型,说明属于结核分枝杆菌复合群的菌株为结核分枝杆菌北京基因型现代株,MIRU基因型为223325173533。经16S rRNA基因、16S-23S ITS和hsp65基因测序以及hsp65基因限制性酶切分析说明属于非结核分枝杆菌的菌株为猪分枝杆菌。结论本次从结核病爆发累及病人的标本中分离出结核分枝杆菌北京基因型现代株和猪分枝杆菌,猪分枝杆菌在暴发流行中的意义尚需进一步研究。     

VITEK MALDI-TOF MS技术在临床分离诺卡菌快速鉴定中的简易流程优化

目的 本研究利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱-VITEK MALDI-TOF MS,对临床分离诺卡菌进行快速、准确、简易的菌种鉴定。方法 对46株临床分离的诺卡菌进行研究,以16S rRNA和gyrB基因测序结果为参考标准,探索VITEK MALDI-TOF MS技术在诺卡菌菌种鉴定程序中的关键步骤,优化鉴定流程。结果 46株诺卡菌共有43(93.5%)株可鉴定至种水平,45(97.8%)株可鉴定至属水平。对分离率最高的盖尔森基兴诺卡菌和鼻疽诺卡菌的鉴定率更是高达100.0%(22/22和7/7株)。结论 实验结果表明,VITEK MALDI-TOF MS技术可以实现对临床分离诺卡菌的快速、准确鉴定,简易鉴定流程为广泛应用于临床微生物实验室提供了重要基础保障。     

1例盖尔森基兴诺卡菌血流感染病原学诊断报告

目的 加强对诺卡菌病的认识,以提升其临床诊疗水平。方法 回顾分析乐山市人民医院肾病内科的1例盖尔森基兴诺卡菌血流感染的临床资料,包括临床表现、实验室检查、影像学检查、诊疗情况等。结果 此病人的临床表现及影像学检查缺乏特异性,检验人员镜检发现其革兰氏染色涂片结果为革兰阳性、分枝状长杆菌,细菌的16S rRNA测序分析证实为盖尔森基兴诺卡菌。结论 诺卡菌病多发生于机体免疫受损及合并慢性基础疾病的人群,临床表现和影像学缺乏特异性,诊断需依赖于病原学检查,合格标本的采集和革兰氏染色对诺卡菌病是早期诊断及正确治疗的重要步骤。     

福建省肺非结核分枝杆菌临床分离株的菌种鉴定

目的 对2005-2011年间,福建省福州市胸科医院分离获得的非结核分枝杆菌临床菌株进行菌种鉴定.方法 分别使用传统鉴别培养基法和多位点PCR、hsp65-PRA与rpoB-PRA,以及hsp65、rpoB、16s rRNA和ITS基因测序等分子生物学方法,对全部菌株进行菌种鉴定.结果 450株被初步鉴定为非结核分枝杆菌的临床分离菌株中,有45株被鉴定为结核分枝杆菌,其余405株被鉴定为23种不同的非结核分枝杆菌和1株支气管戈登菌.结论 在该地区有多种非结核分枝杆菌传播和流行,其中,6种非结核分枝杆菌和支气管戈登菌为在福建省内首次发现.     

四川省46株疑似非结核分枝杆菌临床分离株菌种鉴定结果分析

目的对四川省46株疑似非结核分枝杆菌进行菌种鉴定。方法针对四川省46份临床分离疑似非结核分枝杆菌(Nontuberculous mycobacteria,NTM) 16S rRNA基因和16S-23S rRNA内转录间隔区(ITs)进行基因测序和序列分析。结果 46株菌株中,35株鉴定为NTM (经基因测序,分别为11种菌),10株为戈登氏菌,1株为诺卡氏菌。结论四川省NTM至少有11种,以胞内分枝杆菌、脓肿分枝杆菌和堪萨斯分枝杆菌为主。NTM菌种鉴定对临床鉴别诊断和合理治疗有一定的意义。     

hsp65 and rpoB PCR-RFLP用于龟/脓肿分枝杆菌复合群种的快速鉴定(英文)

目的探讨和评价hsp65and rpoB PCR-RFLP用于龟/脓肿分枝杆菌复合群种的快速鉴定。方法收集经PNB/TCH鉴别培养基表型鉴定和16s rRNA基因测序鉴定为龟/脓肿分枝杆菌复合群的临床分离菌株,用hsp65and rpoBPCR-RFLP进行种/亚种鉴定。结果经表型鉴定为非结核分枝杆菌的27株临床菌株,16s rRNA基因测序分析与龟/脓肿分枝杆菌的同源性达到99.7%。经hsp65PCR-RFLP and rpoBPCR-RFLP鉴定18株为脓肿分枝杆菌(M.abscessus),4株为溃疡分枝杆菌(M.absecces),另5株表现为独特的指纹特征,可能是一个新的亚种。结论能够快速进行龟/脓肿分枝杆菌复合群种/亚种的鉴定。     

福建省肺非结核分枝杆菌临床分离株的菌种鉴定（英文）

目的对2005-2011年间,福建省福州市胸科医院分离获得的非结核分枝杆菌临床菌株进行菌种鉴定。方法分别使用传统鉴别培养基法和多位点PCR、hsp65-PRA与rpoB-PRA,以及hsp65、rpoB、16srRNA和ITS基因测序等分子生物学方法,对全部菌株进行菌种鉴定。结果 450株被初步鉴定为非结核分枝杆菌的临床分离菌株中,有45株被鉴定为结核分枝杆菌,其余405株被鉴定为23种不同的非结核分枝杆菌和1株支气管戈登菌。结论在该地区有多种非结核分枝杆菌传播和流行,其中,6种非结核分枝杆菌和支气管戈登菌为在福建省内首次发现。     

慢性外耳道炎患者分离溶藻弧菌的鉴定及生物学特性分析

目的探讨溶藻弧菌的鉴定方法和生物学特性,为溶藻弧菌感染的诊断提供依据。方法对1例慢性外耳道炎患者耳部脓液标本分离的病原菌通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、API细菌生化反应鉴定卡、Vitek 2 Compact鉴定仪和16S rRNA基因测序进行鉴定,采用抗菌药物敏感性试验检测耐药表型。结果该菌株鉴定为溶藻弧菌,药敏试验显示其对哌拉西林、氨苄西林/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦、头孢他啶、头孢吡肟、亚胺培南、美罗培南、庆大霉素、阿米卡星、左氧氟沙星、环丙沙星和甲氧苄啶/磺胺甲噁唑敏感,对氨苄西林耐药,与患者的临床诊断及疾病预后相符合。结论 MALDI-TOF MS和16S rRNA基因测序对溶藻弧菌的鉴定准确可靠,对溶藻弧菌感染诊断具有重要价值,可供临床参考。     

Cardiobacterium valvarum临床分离株的生物学特性研究及16S rRNA鉴定

目的 采用不同的方-法描述Cardiobacterium valvarum(C. valvarum)临床分离株的生物学特性,利用16S rRNA基因测序技术进行分子鉴定。 方-法 转种阳性血培养标本到血琼脂平板上进行细菌培育,革兰染色涂片镜检,用VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定分析仪对临床分离株进行细菌鉴定,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)对分离株的蛋白质进行高通量测定,E-test法对分离株作药敏试验。提取分离株的DNA,采用16S rRNA基因测序技术对PCR的产物进行测序,在NCBI的BLAST网站上与GenBank数据库上的序列做相似性比较,用MEGA7.0.26软件构建该分离株的系统进化树。结果 经细菌培养发现小而圆、光滑、不透明,灰色的菌落;经革兰染色后镜下见到小、两端圆形、革兰阴性的多形性杆菌;VITEK 2 Compact上机、MALDI-TOF-MS技术均未得到该分离株的鉴定结-果;16S rRNA基因测序技术测得该菌株基因全序列约为1 450 bp,与C. valvarum F0432的16S rRNA同源性为99.59%,鉴定为C. valvarum。结论该菌的形态、生化反应均无代表性,采用16S rRNA基因测序技术可以对C. valvarum进行鉴定,对该疾病的诊断具有重要意义。     

RNA恒温扩增联合熔解曲线分析鉴定胞内分枝杆菌的应用研究

目的建立RNA恒温扩增联合熔解曲线分析技术（RIARD-MCA）鉴定胞内分枝杆菌的方法,评估其应用效果。方法以胞内分枝杆菌的16S rRNA的特异序列为检测靶标设计RNA探针和带有T7启动子的逆转录扩增引物,42℃恒温扩增实时检测后进行熔解曲线分析,对21种分枝杆菌标准株、5种非分枝杆菌和229株分枝杆菌临床分离株进行鉴别检测;同时以16S rRNA及hsp65基因PCR测序结果为金标准对照。结果RIARD-MCA在21种分枝杆菌标准株及5种非分枝杆菌检测中只有胞内分枝杆菌阳性,其他阴性,与测序结果一致;在分枝杆菌临床分离株检测中,鉴定胞内分枝杆菌63株,其余为非胞内分枝杆菌,PCR测序为胞内分枝杆菌63株,其余166株为非胞内分枝杆菌,其灵敏度为100%（63／63）,特异度为100％（166／166）。结论RIARD-MCA鉴定胞内分枝杆菌具有较高的灵敏度、特异度和准确性,且检测快速,有望作为一种新的胞内分枝杆菌临床分离株鉴定方法。     

人工喷泉中一株军团菌的系统遗传学鉴定

目的检测喷泉水中的1株军团菌并进行分子生物学鉴定和系统发育分析。方法采集潍坊市一处人工喷泉水水样,用细菌基因组试剂盒提取水样中的总细菌基因组DNA,使用针对军团菌属16S rRNA基因片段的特异性引物PCR扩增军团菌属16S rRNA基因片段并测序,与从GenBank获得的另外41株军团菌的16S rRNA的基因序列进行对比分析,采用PAUP*4.0b10软件对16S rRNA基因片段序列数据矩阵进行最大简约法分析并绘制基因进化树。结果 PCR扩增喷泉水提取物中军团菌属特异性16S rRNA基因片段,片段碱基数654 bp。测序分析该菌株(命名为WF-B)的16S rRNA基因序列与Legionella beliardensis 16S rRNA基因序列的遗传距离较近,相似度达99.8%,在构建的最大简约进化树中该菌与L.beliardensis以自检值97%聚类为一枝。结论该喷泉水中检出的军团菌WF-B与L.beliardensis的亲缘关系较近,相关部门应加强监管力度,降低其感染风险。     

建立16S rRNA基因聚合酶链反应方法快速检测脑膜炎奈瑟菌

目的建立以16S rRNA基因为靶基因的聚合酶链反应(PCR)方法,用于快速检测脑膜炎奈瑟菌。方法根据GenBank公布的奈瑟菌属16S rRNA基因序列,使用DNAstar软件设计引物,应用PCR方法特异检测脑膜炎奈瑟菌,对部分菌株结合16S rRNA基因测序和APIRNH生化鉴定系统以验证该方法的准确性,同时与文献报道的检测脑膜炎奈瑟菌crgA-PCR方法进行比较。结果 16S rRNA-PCR与crgA-PCR方法检测脑膜炎奈瑟菌阳性预测值皆为100%,阴性预测值分别为100%和46.94%,假阳性率分别为0%和36.73%,假阴性率皆为0%。约登指数分别为1和0.47。对188名健康儿童咽拭子杂菌DNA应用16S rRNA-PCR和crgA-PCR方法检测脑膜炎奈瑟菌,检测阳性率分别为18.62%(35/188)和15.96%(30/188)。两者同时检测到脑膜炎奈瑟菌的标本为7.98%(15/188)。结论 16SrRNA-PCR方法特异、敏感、快速,可用于脑膜炎奈瑟菌的快速检测与鉴定。     

一株致多器官功能衰竭非O1/O139群霍乱弧菌的鉴定

目的对1例不洁饮食致多器官衰竭患者血液中霍乱弧菌进行鉴定。方法取患者静脉血进行细菌的分离培养,观察细菌的形态特征,并进行生化试验、质谱鉴定、血清学检测、16SrRNA分析、毒力基因检测。结果分离菌初步鉴定为非O1/O139群霍乱弧菌。MALDI-TOF MS鉴定该菌为霍乱弧菌,置信度99.9%。16SrRNA扩增产物测序后经blast分析,与数据库中霍乱弧菌相似性为99%。该菌无毒力基因ctx、Tcp,毒力基因lolB、toxR、rtxC、hlyA、Hap、PrtV、ompU均阳性。结论该致病菌为非O1/O139群霍乱弧菌,患者发生急骤性多器官功能衰竭死亡可能与该菌携带lolB、toxR、rtxC、hlyA、Hap、PrtV、ompU等毒力基因密切相关。     

原发性肝癌组织中螺杆菌感染状况分析

目的对原发性肝癌患者肝组织内螺杆菌菌属特异性16S rRNA基因检测,分析螺杆菌感染与原发性肝癌发生、发展的关系。方法对36例原发性肝癌患者的肝组织应用螺杆菌菌属特异性16S rRNA基因的通用引物进行基因扩增及微需氧分离培养。结果 36例原发性肝癌患者的肝癌组织DNA中,有25例发现了螺杆菌菌属特异性16S rRNA基因,而23例正常肝组织仅有3例阳性,两组比较有显著差异(P<0.001)。对两组患者肝组织微需氧分离培养均未发现可疑菌落生长。结论原发性肝癌患者的肝组织中存在螺杆菌感染。螺杆菌在原发性肝癌的发展过程中可能发挥重要作用。     

原发性肝癌组织中螺杆菌属16S rRNA基因的检测及意义

目的探讨原发性肝癌（HCC）组织中螺杆菌感染情况。方法选取经病理诊断的28例HCC患者的肝癌组织为实验组，22例非肝癌肝病患者肝组织和25例胃癌患者胃癌组织作对照组。采用聚合酶链反应（PCR）扩增螺杆菌属16S rRNA基因、幽门螺杆菌相关功能基因空泡毒素基因（vacA）和细胞毒素相关基因（cagA），16S rRNA的扩增产物经Southern杂交确认，并将PCR产物进行测序及同源性比较。结果28例HCC标本中有17例检出螺杆菌属16S rRNA基因，阳性率为60．7％；25例胃癌标本有18例检出螺杆菌16S rRNA，阳性率为72．0％；其他肝病组未扩增出16S rRNA基因。16Sr RNA PCR产物经Southern杂交证实为幽门螺杆菌。序列测定表明，肝癌和胃癌组织中的螺杆菌16S rRNA序列与幽门螺杆菌序列有97．8％的同源性。肝癌组相关功能基因有3例cagA基因阳性，胃癌组有2例cagA基因阳性，均未扩增出VacA基因。提示，幽门螺杆菌菌株的基因型多为Ⅱ型，而少数为Ⅰ型。结论HCC患者肝组织中存在螺杆菌感染且感染率较高。螺杆菌感染与HCC可能存在相关性。     

广西地区壮族正常听力人群线粒体基因12S rRNA的突变研究

目的 研究广西地区壮族正常听力人群线粒体基因12S rRNA的突变携带率以及突变特点,为临床防聋及治聋提供参考。方法 采用晶芯十五项遗传性耳聋基因检测试剂盒(微阵列芯片法)对广西地区150例壮族正常听力的受试者进行线粒体基因12S rRNA的2个突变位点检测,对确诊的阳性结果进行Sanger测序分析。结果 150例受试者中,检出线粒体基因12S rRNA 1555 A>G突变者1例(携带率为0.67%),经Sanger测序证实为1555 A>G突变,未发现1494C>T位点突变。结论 在广西地区壮族人群中开展线粒体基因12S rRNA突变筛查具有重要意义,可以为突变携带者及其母系亲属提供合理的用药指导、遗传咨询,是预防药物性聋的有效措施。     

群发性皮肤奴卡菌病

目的 报告国内首见群体发生性皮肤奴卡菌病23例。方法 回顾性分析23例皮肤奴卡菌病患者的临床与流行病学资料。结果 全部患者同住一个自然村，发病均与臀部肌肉注射有关，每例患者均于肌肉注射治疗后2-10个月内出现臀部（肌肉注射部位）结节、脓肿，部分皮损破溃成溃疡及窦道，病原学检查证实为星形奴卡菌。结论 皮肤奴卡菌病的皮损表现没有特异性，其发病可以表现为群发的形式。     

PCR测序和基因芯片快速鉴定分枝杆菌菌种的应用研究

目的 评价2种分枝杆菌菌种快速鉴定方法的临床应用价值。方法 分别用16S～23S rDNA转录间隔序列（ITS）PCR-直接测序和基于16S rRNA基因的基因芯片检测21株分枝杆菌标准菌株和50株临床分离株。结果 21株分枝杆菌标准株中,ITS PCR测序法将18株准确鉴定到种,结核分枝杆菌、非洲分枝杆菌菌株只能鉴定到结核分枝杆菌复合群,海分枝杆菌无法鉴别是海分枝杆菌还是溃疡分枝杆菌;芯片法正确鉴定16株,1株胃分枝杆菌鉴定为堪萨斯分枝杆菌,3株不在芯片检测范围内。50株临床菌株中, 47株2种方法结果一致,1株不在芯片检测范围内。结论 基因芯片鉴定分枝杆菌快速、特异,准确性高,临床常规开展应用需要进一步研究。