浙江地区汉族人群caspase-3基因三个位点的单倍型研究

目的分析汉族人群caspase-3基因的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)位点及其构成的单倍型,为研究caspase-3基因对凋亡调节机制的个体差异提供线索。方法用变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-3基因的调控区、第2～7外显子及部分侧翼序列的多态性位点;分析位点间的连锁不平衡关系,估算它们构成的单倍型。结果共检出3个SNP位点(C829A、A17532C、C20541T),分别位于caspase-3基因的5′端调控区、第4内含子和3′调控区;3个位点间存在强连锁不平衡,其中位点A17532C与C20541T呈完全连锁不平衡;54.3%的C-829/A-17532/C-20541是汉族人群的主要单倍型。结论浙江地区汉族人群caspase-3基因上的3个SNP位点间存在强连锁不平衡,它们构成的主要单倍型不同于北美人群。     

中国北方汉族人群中载脂蛋白M基因多态性分布特征及连锁不平衡分析

目的研究中国北方汉族人群中载脂蛋白M基因（apolipoprotein M,APOM）多态性分布特征及其连锁不平衡关系。方法采用PCR扩增基因组DNA直接测序法结合PCR-限制性片段长度多态方法对330名中国北方汉族健康人群的APOM基因单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）进行分析。结果中国北方汉族人APOM基因存在1号内含子rs805264位点、5号内含子rs707922位点及rs707921位点3个多态位点,不同种族及地区APOM基因SNP差异有统计学意义。APOM基因rs805264位点、rs707922位点及rs707921位点SNP在中国北方汉族人群中呈现明显的连锁不平衡,主要有G-G-C、A-T-A两种单体型。结论APOM基因SNP在中国北方汉族人群中存在显著连锁不平衡。     

韩国人calpain-10基因单核苷酸多态性及其组合型的分析

目的分析发现于墨西哥裔美国人群中的2型糖尿病易感基因calpain-10单核苷酸多态性（single nucletide polymorphism。SNP）及其组合型在韩国人群中的分布。方法采用聚合酶链式反应．限制性片段长度多态性技术，分析312名健康韩国人calpain-10基因UCSNP-43、-19、-63位点的基因型及其组合型，计算基因型、等位基因和组合型频率。结果UCSNP-43位点基因型频率为1／1型的是86．2％、1／2型的是13．5％、2／2型的是0．3％，等位基因频率为G的是0．930、A0．070。UCSNP-19位点基因型频率为1／1型的是9．9％、1／2型的是44．6％、2／2型的是45．5％，等位基因频率为D的是0．322、I的是0．678。UCSNP-63位点基因型频率为1／1型的是57．4％、1／2型的是35．9％、2／2型的是6．7％，等位基因频率为C的是0．754、T的是0．246。各基因型分布匀符合Hardy-Weinberg平衡定律。韩国人中上述3个单核苷酸多态性基因型组合类型共见12种，75．6％由3种基因型组合构成。按UCSNP-43，-19，-63排列，分别为GG-DI-CC（单倍型组合111／121）、GG-DI-CT（112／121）、GC-II-CC（121／121），其频率分别为10．6％、28．8％、36．2％。结论韩国人calpain-10基因SNP分布与白人、美籍墨西哥人及美籍Pima印第安人等种族间存在较大差异，与中国和日本人群较为相近，其112／121单倍型组合频率显著高于美籍墨西哥人。     

ESR1基因单核苷酸多态性及单倍型与精神分裂症的关联研究

目的 探索雌激素受体1 (estrogen receptor 1,ESR1)基因rs2234693、rs9340799和rs3798759位点单核苷酸多念性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)及其单倍型与精神分裂症(schizophrenia,SZ)发病之间的相关性.方法 应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术对333例SZ患者和315名正常对照rs2234693、rs9340799和rs3798759位点进行基因分型,应用x2检验对SZ组和对照组等位基因、基因型和单倍型频率进行分析.结果 rs2234693、rs9340799位点两组间基因型频率及等位基因分布差异均无统计学意义(P＞0.05).SZ组rs3798759位点GG基因型频率及G等位基因频率均高于健康对照组(P＜0.01).性别分层分析提示,女性SZ患者rs3798759位点TG、GG基因型频率及G等位基因频率均高于健康女性(P＜0.05).单倍型C-A-G和C-G-G在SZ组的分布频率高于对照组(P＜0.05).结论 rs3798759位点突变可能为女性精神分裂症发生的风险因子,C-A-G和C-G-G单倍型可能为精神分裂症的遗传风险单倍型.     

广东汉族人群HLA Ⅰ、Ⅱ基因多态性及单倍型分析

目的 检测广东汉族人群HLA-A、B、Cw、DRB1基因频率，分析该人群HLAⅠ、Ⅱ等位基因多态性及其单倍型特点。方法 骨髓移植供者160人，抗凝血提取DNA，半量全自动聚合酶链反应-单链构象多态分型检测HLA-A、B、Cw、DRB1基因型。结果 在低分辨水平分别检出HLA-A、B、Cw及DRB1等位基因12、23、11、13个。统计分析呈现显著连锁不平衡的HLA-A-B单倍型9个，B-Cw单倍型20个，A-Cw单倍型7个，HLA-A-DRB1单倍型8个，B-DRB1单倍型9个，Cw-DRB1单倍型10个。结论 广东汉族群体HLA-基因具有较为丰富的多态性，其双座位连锁不平衡单倍型具有地区性遗传特征。     

海南汉族人群中α和β纤维蛋白原基因核苷酸多态性及其单倍型与缺血性脑卒中的关联分析

目的研究α纤维蛋白原基因的Taq Ⅰ多态性和β纤维蛋白原基因-455G／A、-249C／T、-148 C／T、＋1689T／G、βBsmA ⅠG／C、448G／A、Be／ⅠG／A、Hinf Ⅰ A／C单核苷酸多态性及其单倍型与缺血性脑卒中的关系。方法用比浊法测定160例海南籍缺血性脑卒中和130名海南籍对照个体的血浆纤维蛋白原浓度，用PCR-限制性片段长度多态法确定基因型。用EH＋程序分析核苷酸多态性的连锁不平衡关系及单倍型，用卡方检验分析病例组和对照组的等位基因频率、基因型频率及单倍型频率的差异。结果-455G／A、-148C／T、448G／A多态性的基因型频率、等位基因频率在病例组和对照组之间的差异有统计学意义（P〈0．01），其余6个核苷酸多态性的基因型频率、等位基因频率在病例和对照组间的差异无统计学意义（P〉0．05），A^-455、T^-148、A^448携带者患缺血性脑卒中的相对危险度比非携带者分别大2．46倍、2．30倍和2．08倍。连锁不平衡分析未发现所分析的区域内存在单倍型板块。9个位点构建的单倍型在病例组和对照组之间的差异无统计学意义，以4个位点构建的单倍型中，某些单倍型在病例组和对照组之间的差异有统计学意义，对照组中某些携带G^-455、C^148、G^448位点的单倍型的频率高于病例组，而病例组中某些携带A^-455、T^-148、A^448位点的单倍型的频率高于对照组。结论多个位点和单倍型分析的结果提示8纤维白原455G／A、-148C／T、448G／A可能是海南汉族人群中与缺血性脑卒中关联的危险因素。     

重庆人群IL-1β启动子区-31、-511、-1470单核苷酸多态性位点间的连锁不平衡分析

目的　调查IL 1β启动子区 -3 1、-5 11、-14 70 3个单核苷酸多态性 (singlenucleotidepoly morphisms ,SNPs)的发生频率及是否存在连锁不平衡 (linkagedisequilibrium ,LD )关系。 方法　采用限制性片段长度多态性方法对重庆地区 112名健康个体IL 1β -3 1、-5 11、-14 70SNPs位点进行基因分型 ,应用软件TransposerV1 0对 3个SNPs位点进行LD分析及Pearsonχ2 检验 ,应用软件Arlequine计算单倍型频率及单倍型组成。结果　 10 7名重庆地区正常个体IL 1βC -3 1T、T -5 11C、G -14 70C 3个SNPs的发生频率分别是 45 .3 3 %、5 0 0 0 %及 41.67%。IL 1β启动子区 3个SNPs主要组成 3种单倍型 :T C G( 4 4 1% )、C T C( 4 0 3 % )和C T G( 8 8% )。通过对这 3个SNPs位点两两间进行LD分析 ,发现所有的LD参数 (Δ值 )都不为 0 ( χ2 检验 ,P <0 .0 0 5 )。结论　重庆地区人群IL 1β启动子区 -3 1、-5 11、-14 70 3个SNPs位点呈紧密的连锁不平衡。本研究结果为寻找与炎症等疾病相关单倍型奠定了基础。     

中国四川汉族人群Y染色体单核苷酸多态性分析

目的 评估Y染色体单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)遗传标记的法医学应用价值.方法 用等位基因特异性PCR,限制性酶切和直接扩增法检测了161名中国四川汉族人Y染色体上10个SNPs位点M9,M15,M45,M89,M95,M122,M134,M145,M173和P25的多态性.结果 有8个位点发现遗传多态性,多态性频率0.988/0.012～0.752/0.248.个人识别能力0.094～0.373,累积个人识别能力为0.8308,M122和M134在中国四川汉族人群中的多态性最高.按照国际Y染色体学会的命名原则,10个位点命名了9种单倍组型,单倍组型频率1.2%～52.2%,其中75.2%的中国四川汉族人主要是K*(XO2a,O3,P),O3*(XO3e)和O3e 3种单倍组型.结论 该研究获得了中国四川汉族人群Y染色体的10个SNPs位点的多态性频率分布及其构建的9种单倍组型,为Y-SNPs做为法医遗传学个人识别和亲子鉴定的遗传标记奠定了基础.     

基于标签单核苷酸多态性单倍型和单倍域的构建及其在关联研究中的应用

人类基因组中单倍型(haplotype)和单倍域(haplotype block)的结构提供了人类进化的宝贵信息,并成为发现人类复杂疾病易感基因的有效策略。一个单倍域可分割成多个具有有限单倍型多样性的离散的区域,代表每个区域结构特征的少量标签单核苷酸多态性(tag single nucleotide polymorphism,tSNP)可使绝大部分单倍型相互区分开来。因此,标签SNP在单倍型和单倍域的构建和关联研究中具有重要地位。构建单倍型和单倍域的方法分为两类,分别是基于大家系中基因分型数据和基于统计学的算法。通过系统回顾几种单倍型和单倍域的构建方法,了解它们在不同的疾病模型或根据不同的分割标准,进行关联研究的检验效能,客观评价每种方法的优、缺点、应用前景及其在关联研究中的应用。随着国际人类基因组单倍型图的完成和单倍型构建统计学运算规则的完善,融合数学、物理学、计算机科学等学科的单倍型构建方法将对人类遗传学、复杂疾病易感基因的定位和克隆鉴定等生命科学的相关领域产生深远的影响。     

基因组多态性、单核苷酸多态性和“国际人类基因组单倍型图谱计划”

随着人类基因组测序计划的完成 ,人们进一步利用基因组测序的研究成果 ,深入地了解生命的基因现象 其中人类疾病基因组研究是一重要课题 ,并已取得了成果 复杂性疾病是多个微效基因作用累加 ,个体对疾病的易感性并在特定的环境因素下诱发发病 这些基因的SNPs及其特定组合是研究疾病基因组的重要内容 个体基因组差别称为基因组多态性 (genepolymorphism)在阐明人体对疾病、毒物的易感染与耐受性、疾病发生发展及临床表征的多样性 (Clinicalphenotypediversity)在个体对药物治疗的反应及预后上起着重要作用 所以对疾病基因多态性研究可…     

汉族人群caspase10基因中存在一个新的微卫星位点

目的检测汉族人群caspase10基因（CASP10）编码区外显子及剪接区域的多态性位点，研究CASP10基因与多基因复杂疾病的关联性。方法采用聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）、变性高效液相色谱技术（denaturing high-performance liquid chromatographv，DHPLC）、直接测序及克隆测序技术检测CASP10基因第9外显子及其部分侧翼序列。结果CASP10基因第9外显子在本人群70例血样本中未检测列存在于其他人群中已知的单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism，SNP），但初步发现在第8内含子中靠近第9外显子处存在连续重复的单核苷酸T，且T的数目在不同的个体中存在差异。测序分析显示该处为一单核苷酸重复序列，提示该位点为一单核苷酸重复微卫星位点。经比较现存的基因组数据库，先前未有类似报道。进一步采用高保真酶扩增及测序都证实同样结果。用DHPLC法检测了70例浙江汉族人群血样本，结果均呈杂合状态，暂命名为IVS8-13（T）n。结论我们的结果提示汉族人群中该位点为一杂合度较高的单核苷酸重复的微卫星位点。这一结果与NCBI的dbSNP数据库中公布的该位点为一缺失型的SNP不同，提示这一位点的遗传差异可能与种族相关。汉族人群CASP10基因中存在的这个微卫星的意义还有待于深入研究。     

单核苷酸多态性与连锁不平衡研究进展

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是人类基因组中最广泛的多态性现象,也是造成个体差异的最主要的遗传原因,发现和研究SNP的工作在目前人类基因组研究中倍受关注。连锁不平衡是不同遗传标记问存在着的非随机组合现象,SNP作为极具优势的遗传标记为深入研究连锁不平衡、以及利用连锁不平衡进行群体遗传学的参数估计、基因精细定位、关联分析等提供了良好的先决条件。最近,在SNP研究及连锁不平衡的度量和连锁不平衡性质的研究方面取得的一系列进展为遗传学在将来发展奠定了基础。     

血管紧张素原基因的六种单核苷酸多态与原发性高血压的相关性

目的　研究血管紧张素原 (angiotensinogen,AGT)基因 6个位点的单核苷酸多态及其构成的单倍型与中国汉族人原发性高血压的相关性。方法　采用多重SNa Pshot反应 ,在 185例原发性高血压患者和185名健康对照者中 ,对 AGT基因启动子区域的 G- 2 17A、G- 15 2 A、A- 2 0 C、G- 6 A及第 2外显子的T174 M和 M2 35 T多态进行基因分型。结果　 6种单核苷酸多态的基因型分布及其等位基因频率在原发性高血压组和对照组中差异无显著性 (P>0 .0 5 )。单倍型分析提示由 - 15 2 A,- 2 0 C,- 6 A和 2 35 T等位基因构成的 H4单倍型在原发性高血压组中明显增加 ,与对照组相比差异有显著性 (P<0 .0 5 )。结论　AGT基因G- 15 2 A,A- 2 0 C,G- 6 A和 M2 35 T多态可能对中国汉族人原发性高血压的发病起了重要作用。     

纤维蛋白原Bβ基因启动区单核苷酸多态性及连锁不平衡分析

目的　探讨纤维蛋白原 B(fibrinogen,FGB)基因启动区 - 14 8C/ T、- 4 5 5 G/ A、- 85 4 G/ A3个位点单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism,SNP)在中国南方汉族人群的分布特征及连锁不平衡关系。方法　应用聚合酶链反应 -限制性片段长度多态性技术结合 DNA测序分析检测 377名中国南方汉族人 FGBβ基因型和等位基因的分布频率 ,群体数理遗传学方法分析 FGBβ 3个基因位点 SNP的遗传平衡吻合度和相互间连锁不平衡关系。结果　 3个 FGBβ SNP位点等位基因频率分布符合 Hardy-Weinberg平衡。检出了 FGBβ3个位点 SNP的共 9种基因型 ,- 14 8CC、CT、TT基因型频率分别为0 .5 97、0 .35 8和 0 .0 4 5 ;- 4 5 5 G/ A SNP各基因型频率与 - 14 8C/ T SNP相同 ;- 85 4 GG、GA、AA基因型频率分别为 0 .82 0、0 .178和 0 .0 0 2。各 SNP位点的少见型等位基因频率分别是 0 .2 2 4 (- 14 8T)、0 .2 2 4 (-4 5 5 A)、0 .0 92 (- 85 4 A) ;常见型等位基因频率分别为 0 .776 (- 14 8C)、0 .776 (- 4 5 5 G)、0 .90 8(- 85 4 G)。男女性别间各基因型和等位基因分布频率差异无显著性 (P>0 .0 5 )。经连锁不平衡检验 ,- 14 8C与 - 4 5 5 GSNP为完全一致型 ,- 85 4 G/ A与 - 14 8C/ T、- 4 5 5 G/ A为随机分布。结     

湖北汉族变应性哮喘患者GPR154基因单倍型分析

目的探讨G蛋白偶联受体154(Gprotein-coupled receptor154,GPR154)基因多态性与湖北汉族变应性哮喘易感性间的关系。方法用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性对145例变应性哮喘患者和120名健康人群GPR154基因的SNP563704和SNP522363位点的多态性进行分析。结果(1)变应性哮喘患者SNP563704 CC、CT和TT基因型频率是0.324、0.524和0.152;与对照组相比差异无统计学意义(χ2=1·880,P>0.05);变应性哮喘组不同基因型间血清总IgE水平差异无统计学意义(F=0.714,P>0.05)。(2)变应性哮喘患者SNP522363CC、CG和GG基因型频率是0.289、0.521和0.190;与对照组相比差异无统计学意义(χ2=0.700,P>0.05);变应性哮喘组不同基因型间血清总IgE水平差异无统计学意义(F=0·083,P>0.05)。(3)对SNP522363和SNP563704进行单倍型分析,4种频率大于0.03的单倍型在哮喘组和对照组间差异有统计学意义(χ2=16.50,P<0.01)。哮喘组CT和GT单倍型频率显著高于对照组,差异有统计学意义(P=0.015;P=0.002)。结论湖北汉族变应性哮喘易感性与单个的单核甘酸多态性无关,但与SNP522363和SNP563704组成的单倍型显著相关。     

组织型激肽释放酶基因多态性与长沙地区汉族人群脑出血的关联研究

目的 分析长沙地区汉族人群脑出血与组织型激肽释放酶(kallikrein 1,KLK1)基因多态性的关系.方法 收集273例散发性脑出血患者和140名正常对照者的外周血标本.采用多重单碱基延伸单核苷酸多态分型技术和DNA测序法检测KLK1基因rs5516及rs5517多态性位点在两组人群中的分布.结果 (1)脑出血组及对照组KLK1基因rs5516多态和等位基因频率分布差异无统计学意义(P>0.05);脑出血组组织型KLK1基因rs5517多态A等位基因频率显著高于对照组(P<0.05).(2)对照组rs5517多态AA及GA基因型携带者舒张压水平显著高于GG基因型携带者(P<0.05);而rs5516位点各基因型亚组间血压水平差异无统计学意义(P>0.05).结论 组织型激肽释放酶基因rs5516多态性与脑出血无关,而组织型激肽释放酶基因rs5517多态性与脑出血存在关联,可能通过影响血压水平而参与脑出血的发生发展.