一起肺鼠疫暴发流行的病原学研究及流行病学分析

[目的]研究一起人间肺鼠疫暴发流行的鼠疫菌分离株其生物学特性、基因特征等。拟从分子流行病学的角度分析传染源和传播关系。[方法]对8株于鼠疫患者(尸体)分离的鼠疫菌进行糖醇类酵解试验;检测其毒力、毒力因子、质粒、生物型、基因型;运用分子流行病学方法分析本次流行的传染源。[结果]8株鼠疫菌全部为甘油+、阿胶糖+、脱氮+,生物型为古典型。具备强毒鼠疫菌的4个毒力决定因子,为FraI+、VW+、PstI+、Pgm+;对小白鼠的最小致死量介于50～1000个菌,为强毒株;具备我国多数鼠疫菌所携带的6、45和65Mdal质粒;基因组型全部为10型。[结论]根据分子流行病学和现场流行病学调查结果证实,此次肺鼠疫暴发流行来自同一个传染源。     

甘肃省202株鼠疫耶尔森菌基因型分布及流行特征分析

目的研究甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因分型分布及其流行特征。方法根据鼠疫菌基因组23个差异区段设计引物,采用PCR技术,分析甘肃省202株不同来源的鼠疫菌。结果202株鼠疫菌共分为8个基因型,即1b、5、7、8、13、26、GSl型(新基因型)和GS2型(新基因型)。自20世纪60年代起至今分离到1b、8和GSl基因型,而自1977年后再未分离到7、13、26基因型,在1995年后才分离到GS2、5基因型。结论甘肃省lb、8和GSl基因型鼠疫菌自20世纪60年代起持续流行至今,7、13和26基因型菌已有40余年未分离到,而GS2和5基因型菌自20世纪90年代才开始流行。     

四川省新龙县鼠疫耶尔森菌差异区段分型研究

目的对四川省新龙县分离的鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)开展差异区段(DFR)分型研究,为鼠疫研究提供科学依据。方法选取新龙县和其他5个鼠疫县分离的鼠疫菌16株,按鼠疫菌DFR分型方法,使用23个DFR和pMT1的扩增引物,对被试菌株DNA进行PCR扩增,采用BioNumerics 6.6软件进行分型,确定新龙县鼠疫菌DFR基因型。结果石渠县鼠疫菌菌株聚为第1类,为Genomovar14型;新龙县鼠疫菌DFR基因型与德格、巴塘、理塘、雅江县相同,聚为第2类,均为Genomovar05型。结论新龙县分离到的鼠疫菌基因型为Genomovar05型,新龙县鼠疫自然疫源地属于青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的一部分。     

青海省人间鼠疫病原学研究及菌株溯源分析

目的　对1958--2012年青海省人间鼠疫流行期间自鼠疫患者和尸体中分离的129株鼠疫菌进行病原学研究。方法　采用常规方法和分子生物学技术对鼠疫菌进行病原学研究,同时采用差异区段（DFR）基因分型技术对2004年囊谦县、2009年兴海县人间肺鼠疫暴发疫情进行溯源分析。结果　119株鼠疫菌中,205株属青藏高原型菌株,6株属祁连山型菌株,8株菌具有特殊生化特性;84．03％（100／219）的鼠疫菌具有4个毒力因子（F1⁺、Pst I⁺、VW⁺、Pgm⁺）。测试的74株菌中,72株（97．30％）为强毒菌;携带大质粒52×10⁶、65X 10⁶、92×10⁶的菌株主要分布于海南、海北、海西、玉树、果洛、黄南6个州和湟源县;鼠疫菌DFR基因型以5、8型为主。其中5型占44．54％（53／119）,分布于都兰、湟源、玉树、杂多、治多、称多、曲麻莱、玛多、囊谦、祁连等地区;8型占32．77％（39／119）,分布于祁连山南北麓、青海湖环湖地区。2004年囊谦县肺鼠疫暴发分离株均为10型;2009年兴海县肺鼠疫暴发分离株（来自鼠疫患者、人尸和牧犬体内）的基因型均为8型。结论　本次试验菌株均具备青藏高原鼠疫病原体特性。菌株溯源分析显示,基于DFR的鼠疫菌基因分型与流行病学调查一致,可用于确定传染源。     

云南省鹤庆县2017年分离鼠疫菌分子溯源

目的 了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型,为该地的鼠疫防控提供科学依据。方法 采用差异片段（DFR）、规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPRs）和多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫菌进行分型,并将10株鼠疫菌及邻近疫源地鼠疫菌株93株纳入聚类分析。结果 鹤庆鼠疫菌株与丽江鼠疫疫源地菌株具有相同的DFR型（Genomovar 05型）及CRISPRs型（Ca7簇,22型）,在MLVA聚类分析中,鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫菌株位于同一个簇,两者之间仅有2个位点（N2117,M23）的差异。结论 2017年云南省鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫疫源地菌株具有很高的同源性,鹤庆县疫情可能是丽江鼠疫进一步向南扩散的结果。     

青藏高原鼠疫耶尔森菌基因型分布

目的研究青藏高原鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因组型分布特征.方法对分离到的青藏高原鼠疫菌297株,根据已经证实的22个差异区段设计引物,每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用PCR技术进行验证.结果在喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地中,鼠疫菌基因组型有9种,分别为1、5、6、7、8、10、11、新基因组型和Ype-ancestor型,其中以5、8和10型为主,3种基因组型合计所占比例为80.6%（204/253）,而且不同地区鼠疫菌基因组型的分布也不一致.青藏高原青海田鼠鼠疫疫源地鼠疫菌基因组型全部为14型.结论青藏高原鼠疫菌基因组型分布具有明显的地理特征.根据基因组型的分布状况推测出了鼠疫菌在青藏高原的传播路径.     

中国鼠疫耶尔森菌差异区段分型及其地理分布特征

目的 研究中国鼠疫耶尔森菌差异区段（DFR）分型及地理分布特征。方法 对分离自中国11个疫源地3 044株鼠疫菌,应用23个DFR和质粒验证（PMT1）PCR扩增,进行鼠疫菌DFR基因组分型及地理分布特征分析。结果 3 044株鼠疫菌共包括52个基因组型,其中19个为主要基因组型、33个为次要基因组型。在以往鉴定的31个基因组型基础上又增加了 21个新基因组型。其中增加的3个新基因组型均为主要基因组型,即青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地新增加32型、44型,内蒙古高原长爪沙鼠鼠疫自然疫源地新增加50型。结论 在新增加的 21个新基因组型中有3个为主要基因组型,中国鼠疫菌DFR主要基因组型具有明显的地理分布特征。     

四川省132株鼠疫耶尔森菌差异区段基因分型及地理分布研究

目的 分析四川省鼠疫耶尔森菌（Y. pestis）差异区段分型（DFR）及地理分布,为四川鼠疫研究提供科学依据。方法 对分离自四川省鼠疫疫区的132株鼠疫菌,应用23个DFR和PMT1的扩增引物,对被试菌株DNA进行PCR扩增,并使用Mapinfo软件和Excel进行分型,确定四川省鼠疫耶尔森菌DFR基因型和地理分布特征。结果 四川省鼠疫耶尔森菌DFR分型分为3型,其中石渠县有两型,主要为G14型和G43型,其它疫源地为G05型。结论 四川省鼠疫耶尔森菌的DFR分型具有明显的地理分布特征。     

利用差异区段分型方法对沙鼠型鼠疫菌和鼠疫菌EV76疫苗株进行鉴定

目的利用差异区段(DFR)基因分型方法鉴别沙鼠型鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)和鼠疫菌EV76疫苗株。方法采取水煮法对2015年内蒙古自治区杭锦旗、2013年宁夏回族自治区银川市和2003年河北省康保县分离的6株沙鼠型鼠疫菌和鼠疫菌EV76疫苗株提取DNA,引物选用文献报道中的22个差异区段和pMT1,PCR扩增经琼脂糖凝胶电泳后分析其基因型别。结果沙鼠型鼠疫菌DFR基因型分别为G11、G17和G20。G11缺失位点为DFR01、06、07、13、15、16和17,G17缺失位点较G11增加DFR18,G20缺失位点较G17增加DFR12;鼠疫菌EV76疫苗株的缺失位点则为DFR01、02、04和10。结论利用DFR基因分型方法能快速区分沙鼠型鼠疫菌和鼠疫菌EV76疫苗株,可避免工作中因菌苗污染而造成分离到鼠疫菌的假象,鼠疫菌株基因型别的鉴定可以快速追溯疫情来源。     

青海省2006～2010年鼠疫的流行病学特征分析

目的 探讨青海省2006～2010年间青海省鼠疫流行势态,为今后鼠疫防治提供科学依据.方法 应用Excel 2003软件分析2006～2010年青海省地方病预防控制所人间鼠疫病例数据库、鼠疫监测和鼠疫疫源地调查资料.结果 5年间青海省从各种染疫动物和媒介昆虫体内分离鼠疫菌57株,主要分布在乌兰县、天峻县、格尔木等青藏铁路沿线,共检菌39株,其次为玉树县、治多县、称多县青南地区12株,环湖地区的兴海县6株.5年间累计发生人间鼠疫2起,病例13例,死亡3例,病死率为23.07％.结论 青海省鼠疫疫情仍然严峻,动物鼠疫连年不断,人间鼠疫局部地区暴发流行,应加强重点地区鼠疫监测和预警,落实各项综合防控措施,以减少鼠疫的发生和流行.     

青海高原藏系绵羊鼠疫流行病学和病原学特征分析

目的 分析青海高原藏系绵羊鼠疫流行病学和病原学特征。方法 汇总1975－2009年青海省藏系绵羊鼠疫背景资料,分析其地区、时间和人间分布及感染途径和传播的生态学因素,并对藏系绵羊鼠疫分离的14株菌进行生化试验、毒力测定、毒力因子鉴定、质粒分析、差异片段(DFR)分型等研究。结果 1975－2009年从青海省藏系绵羊体内分离的鼠疫菌共14株。由藏系绵羊作为传染源引起人间鼠疫10起,鼠疫病例25例,死亡13例。首发病例均有剥食鼠疫病死藏羊史,其次为接触鼠疫病例而感染;以腺鼠疫为首发病例,由腺鼠疫继发为肺鼠疫、败血型鼠疫病例多且病死率高。藏系绵羊动物鼠疫及人间鼠疫几乎均发生于甘南生态区,与其独特的生态地理景观密切相关。藏羊动物鼠疫与藏羊引发的人间鼠疫几乎一致,其中11月(旱獭入蛰后)从藏羊体内分离的鼠疫菌株数及藏羊作为传染源引发的人间鼠疫病例数最多,构成了青海高原藏羊鼠疫流行时间明显滞后于旱獭鼠疫的特点。分离的14株鼠疫菌均为青藏高原型,其毒力因子及毒力检测均显示为强毒菌。鼠疫菌基因型DFR分析显示,玉树、治多县分离的菌株均为5型,囊谦县分离的2株菌分别为5型和7型,德令哈市分离的菌株为8型。结论 藏系绵羊可感染鼠疫并作为传染源引发人间鼠疫,分离的菌株均具备青藏高原鼠疫病原体特性,并具有青海鼠疫流行演变新特点。     

青海高原藏系绵羊鼠疫菌系统发育关系和流行特征的研究

  目的  对青海高原藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情流行病学和相关鼠疫菌遗传特征进行研究,为制定出适合青海省藏系绵羊鼠疫防控提供科学依据。  方法  汇总分析青海省1958―2020年藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情资料,描述其时间、地区和人群分布及其他流行病学特征;对38株分离自人、藏系绵羊和喜马拉雅旱獭的鼠疫杆菌进行测序,再结合其他参考菌株的基因序列分析菌株的全基因组单核苷酸多态性特征,构建菌株之间的系统发育关系。  结果  1958―2020年共发生藏羊为疫情传染源的人间鼠疫疫情16起,发病69人,死亡42人,病死率60.86%。与藏系绵羊相关的鼠疫杆菌都位于系统发育树的同一进化分支1.IN2中,并具有明显的地域性特征。同一鼠疫事件中人、藏系绵羊和周边喜马拉雅旱獭分离菌株位于同一簇群,与流行病学调查资料相符。  结论  流行病学结合系统发育关系分析,证实了青海省人间鼠疫来自藏系绵羊,而藏系绵羊鼠疫则起源于旱獭。藏系绵羊是青海高原上重要的家畜,因此不应低估藏系绵羊鼠疫的危害。     

随机扩增多态性DNA技术用于鼠疫耶尔森氏菌基因分型的研究

目的 对来自全国不同疫源地、不同生态型的１０３株鼠疫耶尔森氏菌进行基因分型研究。方法 用随机扩增多态性ＤＮＡ技术（ＲＡＰＤ）。结果 将鼠疫耶尔森氏菌分成两种基因型别：全国大部分菌株为ＲＡＰＤ－１型,青海省境内的大部分菌株为ＲＡＰＤ－２型。结论 不同生态型的鼠疫耶尔森氏菌基因结构存在差异,为鼠疫耶尔森氏菌的基础研究和防治提供依据。     

云南省自然感染鼠疫媒介生物的研究

目的掌握云南省家、野鼠两型鼠疫疫源地自然感染鼠疫媒介生物的地理分布及季节变化。方法整理核实我所1974—2006年有关鼠疫监测和调查资料，并通过SPSS13．0统计软件进行处理和分析。结果家鼠鼠疫疫源地自然感染鼠疫节肢动物有印鼠客蚤、缓慢细蚤、人蚤等8种，其中印鼠客蚤为该疫源地的主要媒介，1982—2006年云南省自印鼠客蚤累计分离鼠疫菌618株，占92．65％；野鼠鼠疫疫源地自然感染鼠疫的动物有特新蚤指名亚种、方叶栉眼蚤等7种，其中特新蚤指名亚种为主要媒介，最近在玉龙县发现其染疫蚤；棕形额蚤为次要媒介，1974—2006年自特新蚤指名亚种和棕形额蚤各分离鼠疫菌14株，各占15．56％。从家鼠鼠疫疫源地媒介生物中检出的鼠疫菌集中在6—8月，最高为8月。野鼠疫源地媒介昆虫季节变化调查和监测结果基本一致，呈双峰，集中于4月和12月。结论两型疫源地有着各自不同的染疫媒介，其地理分布有着明显区别，染疫情况和季节变化也有着相对的独立性。     

青藏铁路沿线青海段2003—2013年鼠疫流行态势分析

目的了解青藏铁路沿线近10年来鼠疫流行态势,为今后鼠疫防治工作提供科学依据。方法收集2003—2013年青藏铁路沿线鼠疫监测结果和人间鼠疫疫情处置资料,应用描述流行病学方法进行分析。结果2003—2013年青藏铁路青海省境内沿线动物鼠疫主要发生在格尔木市唐古拉山乡、天峻、乌兰等地区,共分离鼠疫菌69株;检出鼠疫F1抗体阳性血清86份。发生人间鼠疫疫情7起,发病7例,死亡3例。结论青藏铁路沿线青海段鼠疫防治总体形势较为严峻。在该沿线重点区域每年动物间鼠疫流行仍持续活跃;人间鼠疫时有发生,主要与非法猎捕旱獭有关。     

青海省囊谦县人间肺鼠疫爆发的调查

目的对青海省囊谦县2004年9—10月一起人间肺鼠疫疫情的调查。方法用流行病学调查、临床检查、细菌学和血清学检查及尸体解剖等方法进行分析和诊断。结果发病14例，死亡6例；首发病例为原发性败血型鼠疫继发肺鼠疫；其他为原发性肺鼠疫继发败血型鼠疫4例，原发性肺鼠疫9例。鼠疫疫区经常规处理，疫情被完全控制。结论狗叼食旱獭将染疫蚤带入帐房内叮咬人而传染鼠疫；其余病例经相互接触、空气飞沫或空气尘埃传播；该地区应加强鼠情监测，灭獭灭蚤．防止疫情再次发生。     

中国鼠疫菌核糖体型地理分布

目的 了解鼠疫菌核糖体型在中国的地理分布情况。方法 用限制性内切酶对鼠疫菌染色体进行消化，电泳后，用16s-23s-5s rRNA基因探针进行Southern杂交。结果 把分离自中国不同地区的鼠疫菌共分成了三个核糖体型，每种类型的杂交图谱大概一致，区别仅在于1～2个酶切片段的有无。核糖体A型及B型较常见，分布于中国较大范围的地理区域内，C型最少，只见于某一特殊地区；核糖体型与中国鼠疫自然疫源地之间有一定的对应关系，一种疫源地对应一种核糖体型常见。结论 核糖体型在中国鼠疫自然疫源地内比较稳定，不同核糖体型在中国的分布具有明显的地域性；A、B、C三种核糖体型具有不同的来源，而A型与C型的亲缘关系更近。