胎儿生长受限的临床研究

胎儿生产受限 (fetalgrowthrestriction ,FGR) ,也称胎儿宫内生长迟缓 (intrauterinegrowthretardation ,IUGR) ,是指胎儿的生长没有达到遗传学上可能达到的水平 ,临床上指胎儿的体重低于同胎龄儿体重的第 10个百分位数 ,是产科重要并发症之一 ,也是围产儿死亡和发病的重要原因 ,其发生率为 3%～ 10 % ,在死胎死产中约占 30 % ,产时宫内缺氧中5 0 %为FGR儿。近年来 ,随着围产医学的发展 ,人们越来越重视对FGR的防治 ,学者们对该病的病因、诊断和治疗进行了探讨 ,现作一综述如下。胎儿宫内生长受限的病因　　 1.胎儿因素　染色体异常约…     

基于加权基因共表达网络的子宫内膜癌关键基因筛选与预后分析

目的 基于加权基因共表达网络筛选影响子宫内膜癌发生发展的关键基因并分析其与预后的关系。方法 从美国国立生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载包含子宫内膜癌组织和正常内膜组织样本数据集(GSE17025)的基因芯片表达数据。使用R 4.2.1软件中的Limma包筛选出差异表达基因,并利用WGCNA包构建基因共表达网络,获得相关模块及其基因集,然后利用Venn包对相关系数最大的模块基因和差异表达基因取交集。对交集基因进行基因本体论(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并构建交集基因的蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件提取出关键基因,分析关键基因与子宫内膜癌预后的关系。结果 共筛选出差异表达基因2 165个,包含5个模块,其中红色模块(包括304个基因)与子宫内膜癌的相关度最高(r=-0.54,P<0.001),取二者交集获得137个基因。交集基因主要涉及细胞器分裂及核分化等生物学过程,且主要富集在同源重组、p53信号通路等信号通路中。PPI网络共筛选出7个关键基因,包括纺锤体样小头畸形相关蛋白基因(ASPM)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(...     

利用加权基因共表达网络挖掘乳腺癌相关疾病靶标

目的 利用公共数据库癌症基因组图谱（TCGA）,通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）挖掘乳腺癌诊断年龄和肿瘤分期相关疾病靶标。方法 利用TCGA得到53例亚洲人种和126例非洲人种乳腺癌基因芯片表达数据及相应的临床指标,然后用R软件的WGCNA包分别构建这2个人群的共表达网络,得到与诊断年龄和肿瘤分期的相关显著性模块,并用在线网站DAVID进行功能富集,用在线网站UALCAN进行生存分析。结果 WGCNA分析得到11个与肿瘤分期和诊断年龄显著相关的模块。将11个模块取交集后得到42个候选基因,利用在线网站DAVID进行基因本体（GO）富集分析,发现这些候选基因主要富集在蛋白质结合功能方面。取42个候选基因中9个由WGCNA识别出的核心基因,输入在线网站UALCAN上行差异分析和生存分析,最终筛选出2个（ERLIN2和ASH2L）候选生物标志物,这2个基因在正常组织和癌组织中的表达差异有统计学意义（P<0.01）,且表达水平影响乳腺癌患者的生存期（P<0.05）。结论 利用数据挖掘寻找生物标志物或疾病靶标是一种高效、经济的研究方式。本研究通过数据挖掘发现ERLIN2和ASH2L为乳腺癌的候选生物标志物,可用于大样本临床验证及机制探讨。     

基于加权基因共表达网络分析挖掘子痫前期的诊断标志物

目的 子痫前期是一种妊娠期高血压疾病,可能导致高血压、蛋白尿、水肿等严重并发症。由于病因尚未完全阐明,且缺乏有效的治疗方法,因此对早期疾病的预测和诊断至关重要。方法 从美国国家生物技术信息中心（NCBI）基因表达汇编（GEO）数据库中检索含有子痫前期患者及健康孕妇胎盘组织样本的RNA-seq数据集,通过结合加权基因共表达网络（WGCNA）与机器学习算法,通过生物信息分析工具完成下载、质控、比对及定量后获得基因表达矩阵。利用DESeq2筛选差异表达基因,确定功能富集通路,通过WGCNA构建共表达网络以及随机森林算法建立机器学习预测模型。结果 通过四个数据集共计156例样本的生物信息学分析显示,共筛选出49个差异基因,这些基因显著富集在细胞外区域、促卵泡激素分泌的正向调节、激素活性以及细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路上。WGCNA分析将这49个差异基因分为七个共表达模块,鉴定出与子痫前期高度相关的关键模块,并从中筛选出六个候选关键基因（FLT1、PAPPA2、PPP1R1C、MYO7B、LINC02009和INHA）。由这六个关键基因所构建的诊断子痫前期的随机森林分类模型表现优秀（Area Under the Curve, AUC = 0.978）。 结论 本研究发现子痫前期可能与激素分泌、免疫反应、血管生成因子、妊娠相关血浆蛋白、抑制素等基因有关,这些基因可作为子痫前期诊断标志物的候选因子。     

通过加权基因共表达网络分析法探索胰腺癌特异表达的关键基因及表达网络

目的通过使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法研究胰腺癌潜在的分子机制,并寻找关键基因。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中获得胰腺癌和对照组的基因表达数据。通过limma包在R中识别差异表达的基因(DEGs)。采用WGCNA构建胰腺癌的基因共表达网络,并识别共表达模块,进行蛋白质相互作用(PPI)分析,及进行关键基因的筛选。结果共鉴定出胰腺癌106个DEGs,通过WGCNA分析,确定了一个关键模块(MEpurple)。进一步筛选出10个关键基因,包括PKP3,EPCAM,RAB25,CBLC,AP1M2,PRP15L,B3GNT3,ESRP1,AGR2,ARHGEF16。结论 WGCNA法可以识别出与胰腺癌相关的模块和基因,为进一步研究胰腺癌发生发展的分子机制以及靶向治疗提供理论依据。     

基于加权基因共表达网络分析方法筛选并鉴定结直肠癌的驱动基因

目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选并鉴定结直肠癌(CRC)的驱动基因,探讨核心驱动基因在CRC发生发展、诊断和治疗中的作用。方法 通过NCBI基因表达综合数据库(GEO)收集CRC相关的数据,数据集为GSE21510,芯片平台为GPL570;使用GEO2R工具对差异基因进行分析,根据P值和基因表达fold-change对差异基因进行排序,选择前2 000个样本进行进一步分析。使用WGCNA算法进行模块构建,分析模块与临床特征的相关性,鉴定出与临床表型高度相关的模块,提取与临床性状相关性最高的模块内基因,将基因导入Cytoscape,分析核心基因,选择核心基因CYTH1进一步研究。基于Oncomine数据库分析CYTH1在结直肠癌组织与对照结直肠组织中的差异表达。取对数生长期LOVO、SW620、HCT116、SW480、RKO、CaCo2和NCM460细胞,应用实时荧光定量-聚合酶链式反应(RT-qPCR)法检测CYTH1在各种细胞中的表达;取对数生长期HCT116和SW480细胞,转染CYTH1基因干扰片段,采用细胞计数试剂盒-8法检测细胞增殖情况,Transwe...     

加权基因共表达网络分析联合免疫浸润分析筛选肝癌关键基因

目的：通过生物信息学方法筛选肝细胞癌中免疫细胞浸润相关的关键基因,为肝癌免疫治疗提供新的思路。方法：从GEO数据库中下载GSE15765肝癌组织的基因表达数据,应用ImmuCellAI数据库对下载的肝癌表达数据进行免疫浸润分析,得到各个肝癌组织中的免疫细胞的浸润评分;在R语言中使用WGCNA包对肝癌表达数据构建加权基因共表达网络,筛选与免疫细胞浸润相关的共表达网络基因模块,挑选相关模块中的枢纽基因(hub gene)。利用Metascape数据库对枢纽基因进行功能富集分析。STRING数据库联合Cytoscape软件用于获取连结度最高的前10个基因,并通过Kaplan-Meier Plotter网站绘制关键基因在肝癌患者中的生存曲线图。结果：R中使用WGCNA分析GEO下载的70例肝细胞癌数据,共得到10个基因模块。分析ImmuCellAI得到的免疫浸润评分与各个基因模块的相关性,并绘制热图;其中,褐色模块和肝癌组织巨噬细胞浸润有着较高的相关性(P<0.001,cor=0.79),筛选模块内免疫相关的枢纽基因共得到72个。功能富集分析显示枢纽基因主要涉及白细胞激活、淋巴细胞激活、...     

基于加权基因共表达网络分析肺癌相关生物标志物及其潜在的分子机制

目的 通过生物信息学分析、鉴定枢纽基因(hub gene),寻找可以作为肺癌的生物标志物或预后标志物并探讨潜在的分子机制。方法 基于癌症基因组图谱(TCGA)的数据,鉴定肺癌肿瘤样本与正常样本之间差异表达的基因;利用R软件包中的“Limma”识别差异表达基因(DEGs),通过GO富集分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)确定相关基因模块及其功能,最终确定hub基因;基于基因表达谱交互分析数据库(GEPIA)和CBio Portal数据库,探讨hub基因表达与肺癌患者总生存期之间的关系,通过检索相关文献分析其潜在的分子机制,并进行其表达量和蛋白表达的验证。结果 根据TCGA共鉴定出5259个差异表达基因(2178个上调,3081个下调),利用WGCNA确定8个与肺癌患者临床特征相关基因模块(包括与癌症发病相关模块),从中筛选出5个hub基因:CCNB1、CKAP2L、HMMR、ANLN、CDCA5,通过生存分析发现其表达水平与预后相关,并确定其与肺癌病理生理学关联。另发现CCNB1与P53有相关调控机制,CCNB1的沉默可激活P53的表达。结论 5个hub基因在肺癌发生发展至关重要,可为肺癌预测、诊断、治疗和预后的生物标志物提供依据,其中CCNB1在肺癌中高表达,CCNB1沉默激活肺癌中P53信号通路抑制细胞增殖,促进细胞衰老。     

基于加权基因共表达网络分析识别抑郁症的差异表达基因模块

目的·采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)探索抑郁症相关的差异基因模块及其枢纽基因,并对差异基因模块进行生物功能注释.方法·在之前对8例抑郁症患者及8名健康对照者(对照组)的外周血mRNA微阵列分析实验的基础上,应用t检验筛选...     

基于加权基因共表达网络分析阿尔茨海默病相关的核心基因

目的 采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）探索阿尔茨海默病（AD）相关的差异基因模块及其枢纽基因,并对差异基因模块进行生物功能注释。方法 从GEO数据库下载转录组测序数据,根据基因的相关性,当关联系数阈值设定为0.85时,参数β=8,以此构建基因共表达网络;采用Pearson相关性检验计算模块基因与临床表型相关性,筛选出与AD显著相关的基因模块,根据模块内的连接性筛选枢纽基因;利用GO功能富集分析和KEGG通路分析对模块进行功能注释。进一步建立β-淀粉样蛋白（Aβ1-42）诱导SH-SY5Y细胞损伤模型,在模型组和对照组中检测枢纽基因的表达水平。结果 根据基因表达的相关性,共构建了10个基因共表达模块,其中brown和turquoise模块与AD组显著相关（brown：r=0.66,P<0.001;turquoise：r=-0.68,P<0.001）;结果显示48个基因在共表达网络中处于核心地位;通过生物注释功能发现,两模块中的基因主要富集在DNA损伤修复通路和代谢相关通路等生物学过程中。基因的差异表达分析显示,DNASE1、TEKT2、MTSS1L等基因在AD组中高表达,ACP2、LANCL2、GMPR2 等基因在 AD 组中低表达;体外实验进一步验证了在 Aβ1-42 诱导的 SH-SY5Y 细胞损伤过程中DNASE1、TEKT2、MTSS1L表达上调（P<0.01）,ACP2、LANCL2、GMPR2表达下调（P<0.01）。结论 brown和turquoise模块与AD高度相关,并从模块中筛选出MTSS1L、GMPR2、ACP2、ACTG1、LANCL2等枢纽基因,可能通过调节DNA损伤和修复参与AD发病机制。     

加权基因共表达网络挖掘并验证调控前列腺癌转移的枢纽基因

目的 通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）挖掘并验证前列腺癌转移的关键枢纽基因。方法 对前列腺癌全基因组芯片GSE6919进行主成分分析（PCA）,通过R语言分析差异表达基因（DEGs）;利用WGCNA构建基因共表达网络并筛选关键基因;在 TCGA 公共数据中分析基因表达量及其与患者预后的关系;设计和验证针对转移相关的关键基因HNRNPA2B1的小分子干扰片段,通过MTT、流式细胞术、克隆形成、Transwell等实验验证其对前列腺癌细胞系生长、凋亡、克隆形成、迁移和侵袭的影响。结果 PCA分析显示癌转移组和原位及癌旁组明显分开聚类,基因表达差异显著。WGCNA分析得到与癌转移组密切相关的模块,与干细胞分化、氨基酸代谢及免疫反应密切相关。进一步筛选得到与前列腺癌发生相关的（BDH1、PAK4、EXTL3）和转移相关的（NKTR、CTBP2、HNRNPA2B1）6个枢纽基因,在TCGA数据库中有表达差异,且与患者的总生存期相关。Western blotting结果显示HNRNPA2B1小分子干扰成功;干扰片段转染PC3及LNCap细胞,MTT实验结果显示沉默HNRNPA2B1可抑制前列腺癌细胞的生长,流式细胞术结果显示沉默HNRNPA2B1可诱导细胞凋亡,克隆形成实验显示沉默HNRNPA2B1可抑制其克隆形成,Transwell实验显示沉默HNRNPA2B1显著抑制前列腺癌细胞的迁移和侵袭（P<0.05）。结论 发现前列腺癌发生相关的BDH1、PAK4、EXTL3和转移相关的NKTR、CTBP2、HNRNPA2B1 6个枢纽基因,为前列腺癌调控机制的研究提供了新思路。     

胎儿生长受限基因相关性研究进展

讫今为止胎儿生长受限(fetal growth restriction,FGR)的病因尚未完全阐明,目前认为它是多种因素作用的结果,其病因学包括环境因素和遗传因素.现更多的研究证实遗传因素是胎儿生长受限发病机制的重要因素之一[1],其中胰岛素生长因子基因及凝血因子Ⅴ、凝血素基因突变;血管紧张素原、11β-羟类固醇脱氢酶、G蛋白连结受体、亚甲基四氢叶酸还原酶及细胞色素p450基因多形性与胎儿生长受限密切相关[2],现综述如下.     

探究胎儿宫内生长受限的产前诊断及分娩结局

目的探讨胎儿宫内生长受限(FGR)的产前诊断及分娩结局,旨在探索合理的产科处理方式.方法 将我院2011年~2012年收治的73例胎儿宫内生长受限孕妇作为研究对象,分析她们的产前诊断符合率、分娩方式及母婴并发症情况,并将其与同期正常组(137例)相关情况进行对比分析.结果 胎儿宫内生长受限的产前诊断符合率不高,并且FGR胎儿的窘迫与新生儿窒息发生率明显高于正常组,差异性显著(P<0.05),具有统计学意义.结论 对于孕产妇而言,应加强孕期保健,提高FGR的产前诊断水平,同时选择适当的分娩时机与方式,对于FGR胎儿窘迫及新生儿窒息的发生能起到一定的减少作用.     

胎儿宫内生长受限的临床分析

目的探讨改善胎儿宫内生长受限（FGR）围产儿预后的方法。方法对我院2000年1月至2006年12月住院的FGR患者50例分娩方式及新生儿预后进行回顾性分析。结果FGR围产儿患病率，死亡率、剖宫产率均明显高于正常围产儿。结论及时发现和处理FGR对提高围产儿质量有重要意义。     

胎儿宫内生长受限相关临床因素的分析

目的探讨胎儿宫内生长受限(FGR)的相关临床因素。方法对134例胎儿宫内生长受限孕妇的临床资料进行回顾性分析。结果与胎儿宫内生长受限相关的临床因素为重度妊娠高血压综合征、心肺疾病、胎盘及脐带异常、双胎、羊水过少等。其发生率明显高于对照组,差异具有统计学意义(P<0.01)。乡村居民及无产前检查组胎儿宫内生长受限率明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.01)。胎儿宫内生长受限、新生儿窒息、死亡和死胎、死产及新生儿发病率亦明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.01)。结论重度妊娠高血压综合征、心肺疾病、胎盘及脐带异常、双胎、羊水过少等是影响胎儿宫内生长受限的主要临床因素。居住环境及产前监测亦是影响胎儿宫内生长受限发生的重要临床因素。胎儿宫内生长受限是围生期新生儿发病率及死亡的重要原因。     

134例生长受限胎儿产前诊断结果分析

目的 分析生长受限胎儿产前诊断结果,明确其染色体异常的检出率及类型。方法 134例生长受限胎儿,通过羊膜腔穿刺、脐静脉穿刺或分娩后留取胎儿组织的方法,应用羊水细胞核型分析及低深度全基因组测序的方法对胎儿染色体核型及基因拷贝数变异进行分析。结果 134例生长受限胎儿中,染色体异常13例,异常检出率9.7%,其中病理性基因拷贝数异常9例,高于核型异常检出;孤立性生长受限胎儿的染色体异常发病率(3/41,7.3%),与综合征性生长受限的染色体异常发病率(10/93,10.8%)相比,差异无统计学意义(P=0.762)。结论 胎儿生长受限病因复杂,染色体异常是其常见病因之一。对于生长受限胎儿的产前诊断,除了常规的核型以外,还需要重视基因拷贝数变异的检测。     

基于加权基因共表达网络分析腹主动脉瘤免疫细胞浸润相关的关键基因

目的：通过加权基因共表达网络分析方法筛选参与腹主动脉瘤(AAA)免疫反应机制的关键基因。方法：从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载人AAA组织基因芯片数据集(GSE7084),其中包含10个正常主动脉样本和9个AAA样本。使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达基因(DEGs)对样本进行分析。鉴定具有临床意义的模块,并与DEGs取交集,利用最大团中心性(MCC)方法从交集基因中筛选出枢纽基因。同时,利用CIBERSORT分析免疫细胞的富集情况。最后,对枢纽基因与免疫细胞进行相关性分析。结果：筛选出300个DEGs和两个最具临床意义的WGCNA模块。基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析表明,这些基因在免疫反应的功能通路中显著富集,包括白细胞细胞黏附、活化、T细胞与白细胞的黏附、单核细胞迁移等。AAA和正常主动脉中浸润免疫细胞的比例不同,特别是M0巨噬细胞、活化的肥大细胞和活化的记忆CD4 T细胞。整合素β2亚基(ITGB2)和跨膜免疫信号转接器(TYROBP)是与AAA相关的前2个枢纽基因。相关分析表明,IT...     

利用加权基因共表达网络分析识别胆道闭锁相关的枢纽基因

目的:通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别胆道闭锁（BA）发病相关的枢纽基因。方法:从基因表达汇编（GEO）数据库下载BA基因芯片数据集GSE46960,利用WGCNA构建基因共表达网络,识别与BA相关的模块与枢纽基因,对关键模块进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果:通过WGCNA分析构建了20个基因共表达模块,确定与BA显著相关的模块为黄色模块（r=0.69,P＜0.05）,将黄色模块中的基因按基因连通性及基因显著性的不同阈值进一步筛选出16个枢纽基因。对黄色模块进行GO及KEGG分析显示,与BA显著相关的基因主要富集在细胞外基质（ECM）、细胞黏附分子、色氨酸代谢、甘油磷脂代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）信号通路。结论:利用WGCNA方法识别出与BA相关的关键模块和16个枢纽基因,其中新发现有12个基因可能与BA发病相关,可能帮助阐明BA发病的机制。     

通过加权基因共表达网络构建结肠癌的预后风险标志物及其临床意义

目的 结肠癌(colon adenocarcinoma, COAD)患者预后较差。因此筛选结肠癌预后相关基因,建立结肠癌新的预后风险评估模型。方法 基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)和基因表达综合(gene expression omnibus, GEO)数据库中结肠癌相关数据,分别作为训练集和验证集。采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)、Cox回归模型结合最小绝对值选择与收缩算子(least absolute selection and shrinkage operator, LASSO)回归分析筛选结肠癌预后相关基因并构建预后模型,受试者工作特征(receiver operating characteristic, ROC)结合生存曲线验证模型的准确性,并建立列线图。根据中位值将患者分为两组,免疫细胞阳性比例分数(immune cell proportion score, IPS)评估两组患者免疫治疗反应。结果 最终筛选出15个特征基因,以此建...     

双胎选择性胎儿生长受限的妊娠结局分析

目的 分析双胎选择性宫内生长受限的妊娠结局.方法 回顾性分析活产分娩的双胎妊娠127例临床资料,以双胎胎儿体重差≥25％为诊断标准,分为研究组及对照组比较两组间孕妇一般情况、妊娠期并发症、新生儿出生体重、新生儿窒息率、围产儿死亡率及入住NICU情况等方面的差异.结果 研究组妊娠期高血压疾病的发生率为26.1％,高于对照组的7.69％ （P＜0.05）.研究组剖宫产分娩18例,占78.3％;对照组剖宫产分娩90例,占对照组总数的86.5％,两组比较差异无统计学意义（P＞0.05）.研究组分娩胎儿46例,其中小于胎龄儿21例,占46.5％;新生儿平均出生体重、新生儿窒息率、围产儿死亡率、新生儿入住NICU比率明显高于对照组,差异有统计学意义（P＜0.05）.结论 选择性宫内生长受限双胎的围生儿患病率和死亡率明显高于发育一致性双胎,及早发现和处理选择性宫内生长受限双胎,是改善胎儿和新生儿预后的关键.