基于网络药理学探讨五苓散治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:采用网络药理学的方法,对五苓散(WLS)治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制进行研究探讨。方法:通过在中药系统药理学数据库(TCMSP)平台对五苓散进行活性成分筛选、在Drag Bank数据库进行靶点预测,应用Cytoscape3. 2. 1软件构建成分-靶点网络;在TTD,Drug Bank及Dis Genet数据库中进行检索,获取疾病靶点;构建韦恩图,得到五苓散治疗RA的作用靶点;并进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;构建五苓散中药-成分-靶点-信号通路网络,使用Network Analyzer进行网络特征分析。结果:研究显示共挖掘到五苓散中52种成分及297个潜在靶点,RA疾病1 845个相关靶点,得到五苓散-疾病共同靶点49个,共同作用靶点主要富集于322个生物过程和31条信号通路上。结论:五苓散可能是通过调节前列素内环氧化物合成酶2(PTGS2),转化生长因子-β1(TGF-β1),半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶-3(Caspase-3),转录因子p65(RELA),孕激素受体(PGR)等靶点,调控癌症相关通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,白细胞介素17(IL-17)信号通路,核转录因子-κB(NF-κB)信号通路,Th17细胞分化等通路,从而抑制炎症反应、调节免疫功能及调控细胞凋亡来治疗类风湿关节炎。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)的作用机制.方法 应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选出黄芪的活性成分及其作用靶点,采用OMIM数据库,Drugbank数据库,TTD数据库,GeneCards数据,检索与DKD相关的靶点基因.利用Ven...     

基于网络药理学探讨芪术颗粒治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:运用网络药理学的方法,探索芪术颗粒治疗糖尿病肾病的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),中医百科全书数据库(ETCM),以口服生物利用度和类药性为限定条件筛选出芪术颗粒中各药的化学成分及其蛋白靶点,并通过UniProt数据库将蛋白靶点规范为相应的基因名称;通过在线《人类孟德尔遗传》数据库(OMIM),疾病-基因数据库(DisGeNET),治疗靶标数据库(TTD),ETCM数据库检索糖尿病肾病的相关基因;两者取交集之后,通过蛋白质相互作用数据库(STRING)构建蛋白互作网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,使用KOBAS 3.0数据库对相关靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从芪术颗粒中共得到化学成分93个,涉及到254个靶点,与糖尿病肾病相关的基因607个,取交集后确定了76个芪术颗粒治疗糖尿病肾病的靶标,包括蛋白激酶B1(Akt1),血管内皮生长因子α(VEGFA),白细胞介素(IL)-6,肿瘤坏死因子(TNF),丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),基质金属蛋白酶(MMP)-9等核心靶点,经过GO分析和KEGG分析,芪术颗粒可以影响细胞对氮化合物的反应、调节活性氧代谢过程等生物过程,调控糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物(AGE)/晚期糖基化终产物受体(RAGE)信号通路,流体剪切应力和动脉粥样硬化,IL-17信号通路,缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路,TNF信号通路等通路。结论:芪术颗粒对糖尿病肾病的治疗作用可能是影响Akt1,VEGFA,IL-6,TNF,MAPK1,MMP-9等靶点,调控糖尿病并发症中的AGE/RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化,IL-17信号通路,HIF-1信号通路,TNF信号通路等通路发挥的,可以为进一步的基础实验研究提供理论参考。     

基于网络药理学探讨肾衰饮治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:根据网络药理学方法对肾衰饮治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行探讨.方法:利用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对肾衰饮中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、TTD、DisGeNET数据库筛选DKD靶点,利用韦恩图在线平台筛选肾衰...     

基于网络药理学芪葵颗粒治疗糖尿病肾病的物质基础及作用机制研究

目的运用网络药理学方法研究芪葵颗粒治疗糖尿病肾病(DN)的多成分、多靶点、多通路作用机制,旨在为其基础研究及临床应用提供依据。方法通过多个数据库检索并筛选芪葵颗粒活性成分和其作用DN相关靶点,并通过Cytoscape软件分别构建药物、靶点、疾病靶点网络图,利用网络拓扑分析芪葵颗粒治疗DN关键靶点,采用ClueGO插件进行GO、KEGG基因富集分析,得到芪葵颗粒治疗DN的潜在作用通路。结果芪葵颗粒中筛选得到67个活性成分,涉及DN作用靶点212个。网络拓扑分析最终筛选出43个关键靶点,ClueGO富集分析关键靶点主要被富集在IL-17信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路等49个显著相关通路,涉及神经递质代谢过程、小分子代谢过程、血压和氧化还原酶活性调节等132个显著相关生物过程。结论芪葵颗粒有效成分可调控DN发病重要通路中多个靶点。     

基于网络药理学的真武汤治疗糖尿病肾病的潜在机制探索

目的:运用网络药理学及生物信息学方法对真武汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用靶点进行研究,探索真武汤多成分-多靶点-多途径-多通路治疗DN的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库(TCMSP)中筛选出真武汤中药物的活性成分,通过STITCH数据库预测作用靶点;同时应用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库筛选DN疾病相关靶点,并对潜在作用靶点进行映射。利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,使用Cytoscape构建蛋白相互作用网络,采用DAVID数据库进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。结果:筛选出真武汤中活性成分59个,预测潜在靶点95个;其中与DN疾病相关靶点54个;信号通路66条。结论:真武汤治疗DN具有多成分、多靶点、多途径、多通路的作用特点;其潜在作用机制极大可能是通过调控DN疾病发生及发展中的肿瘤坏死因子信号通路、结节样受体信号通路、NF-κB信号通路等过程对其进行干预及治疗。     

基于网络药理学和细胞生物学研究黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 运用网络药理学和细胞生物学验证探讨黄芪治疗糖尿病肾病的分子作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出黄芪有效成分;利用Drugbank数据库、GeneCards和OMIM数据库筛选黄芪有效成分和糖尿病肾病的相关靶点;应用String数据库绘制PPI网络;通过Cytoscape软件绘制黄芪-成分-...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制.方法:本研究通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取黄芪中含有的活性成分及成分所对应的靶点,通过GeneCards数据库挖掘糖尿病肾病疾病靶点,结合化合物及疾病靶点,构建成分-靶点网络图,并针对靶点进行基因本体(GO)富集分析及KEGG通路富集分析.结果:黄芪中含有24...     

基于网络药理学探讨青风藤治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:运用网络药理学对青风藤治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制进行研究.方法:通过TC-MSP数据库筛查出青风藤的活性成分以及作用靶点,并在TTD、DrugBank、DisGeNet数据库中共同筛选出DN的基因靶点,通过Venny 2.1.0得出青风藤和DN基因靶点的交集,运用STRING 11.0数据库和Cyto-sc...     

基于网络药理学研究逍遥散治疗经前期综合征的作用机制

目的:运用网络药理学研究方法探讨逍遥散治疗经前期综合征的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中药分子作用机制的生物信息学分析工具中筛选并检索逍遥散中药物核心成分和靶点;并通过相关数据库检索经前期综合征疾病靶点;利用韦恩图得到逍遥散和疾病的共同靶点;借助Cytoscape软件描绘成分-疾病-靶点图;在STRING平台上进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;最后利用DAVID网站将药物及疾病之间交集的靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果:逍遥散八味中药共筛选出162种成分和2 618个预测靶点,经前期综合征靶点768个;韦恩图得到共同靶点21个;得到43条生物过程,涉及信号转导、RNA聚合酶Ⅱ的转录起始、IκB激酶/核因子κB信号的负调控、凋亡过程的负调控等;同时筛选得到17条信号通路,包括HIF-1信号通路等。结论:逍遥散可能通过激素调节,调节下丘脑-垂体-肾上腺轴,抗抑郁,调节神经递质等途径治疗经前期综合征。     

基于网络药理学研究五苓散治疗慢性肾衰竭的潜在机制

目的：基于网络药理学方法,研究五苓散治疗慢性肾衰竭的机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索五苓散活性成分,使用有机小分子生物活性（PubChem）数据库、瑞士生物信息学研究所(SIB)数据库进行靶点排查。根据GeneCards数据库得到疾病相关靶点。并利用Omicshare平台将药物及疾病靶点进行匹配。采用String Version 10.5数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Omicshare软件对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。采用CytoscapeVersion3.8.0对药物-成分-靶点-信号通路进行分析。结果：筛选得到五苓散活性成分532个,治疗靶点112个,五苓散治疗疾病的主要活性成分包括啤酒甾醇（Cerevisterol）,β谷甾醇（β-sitosterol）,泽泻醇（Alisol B）等;治疗疾病的核心靶点包括肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-6（IL-6）等;主要涉及的信号通路包括Toll-like Receptor（TLR）、T Cell Receptor（TCR）等,生物过程主要包括细胞凋亡过程、磷酸盐代谢过程等。结论：本研究以网络药理学方式探究了五苓散治疗慢性肾衰竭的多途径-多靶点的作用机制,推断五苓散主要通过调节TLR／NF-κB、T Cell Receptor等信号通路,抑制TNF-α、IL-6等相关炎症介质活性从而延缓慢性肾衰竭。为进一步的实验提供理论参考。     

真武汤治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的：通过网络药理学方法探讨经方真武汤治疗糖尿病肾病(DKD)的核心作用靶标基因以及潜在通路机制，旨在指导临床用药同时为更深入的实验研究提供依据。方法：通过TCMSP数据库检索真武汤所含药物的有效成分、潜在作用靶点，在Genecards、OMIM、DisGeNET数据库筛选与糖尿病肾病有关的疾病靶点，借助Cytoscape3.7.2绘制并构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化交互网络。利用STRING平台绘制关键靶点PPI网络，在David数据库里针对关键靶点蛋白开展GO基因功能、KEGG信号通路富集分析。结果：检索查筛出真武汤中有效活性成分59个、潜在靶点108个，其中涉及DKD的关键靶点47个，从蛋白互作网络中分析发现TNF、ATK1、JUN、RELA、IL6、MAPK8、CASP8、NOS2可能是真武汤治疗糖尿病肾病的核心靶点。GO富集分析得到180个条目，主要涉及细胞增殖、代谢、凋亡及脂肪细胞因子、葡萄糖稳态等。KEGG信号通路富集分析得到94条信号通路，主要涉及TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等。结论：本研究初步验证真武汤治疗糖尿病肾病的作用机制涉及多成分、多靶点、多信号通路，给予真武汤的临床应用及更深层次对糖尿病肾病的研究以一定理论依据。     

基于网络药理学技术探讨通络地龟汤治疗糖尿病肾病的机制＊

目的 探讨通络地龟汤治疗糖尿病肾病（DKD）的潜在作用机制。方法 GeneCards、DisGeNET、OMIM、Drug Bank数据库收集DKD疾病靶点，TCMSP和BATMAN-TCM数据库分析得到通络地龟汤的有效活性成分及其对应的靶点；STRING数据库构建PPI网络图；Cytoscape软件建立通络地龟汤有效活性成分与DKD关键作用靶点网络图；DAVID数据库对靶点进行GO和KEGG通路富集分析；GEO芯片数据库对上述关键靶点进行验证；使用STZ腹腔注射复制1型糖尿病小鼠模型并采用通络地龟汤干预，Western Blot以及qPCR进行验证。结果 通过数据库进行有效筛选得到128个药物活性成分，共涉及720个作用靶点，得到通络地龟汤与DKD共同靶点588个，共同靶点主要相关的生物学过程有2817种，分子功能有312种，细胞组分有132种，作用在184条信号通路上发挥治疗DKD的作用，其中关键通路为MAPK信号通路。通过GEO数据库下载差异基因数据进行验证，证实ALB和VEGFA为通络地龟汤发挥治疗作用的关键基因，动物实验表明通络地龟汤能够促进ALB和VEGFA的表达，减轻DKD肾损伤。结论 本研究发现通络地龟汤可能通过多靶点、多功能、多通路治疗DKD，ALB和VEGFA可能为其中的关键靶点，MAPK通路为其发挥治疗作用的关键通路。     

基于网络药理学的茵陈五苓散防治肝纤维化机制研究

目的:通过网络药理学方法探索茵陈五苓散防治肝纤维化的作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索茵陈五苓散的主要活性成分;通过检索CTD数据库选肝纤维化的疾病靶点;匹配药物-疾病靶点,应用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;运用STRING软件构建蛋白质互作用(PPI)网络,并将结果可视化;使用DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果:获取茵陈五苓散防治肝纤维化主要活性成分46个,作用靶点84个;网络数据表明,茵陈的活性成分具有最大的总度值;GO功能富集分析和KEGG通路分析获取GO条目35个,信号通路14条。结论:茵陈五苓散可能是通过Fc epsilon RI等信号通路调控IL6、TNF与PTGS2等靶点减轻炎性反应并减少细胞外基质沉积发挥抗肝纤维化作用的,而中药茵陈与活性成分槲皮素可能在这之中发挥主要作用。     

基于网络药理学和分子对接的五苓散治疗肝硬化腹水作用机制探讨

目的：通过网络药理学和分子对接方法探讨五苓散治疗肝硬化腹水的作用机制。方法：使用R软件结合中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、UniProt、GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank数据库收集五苓散治疗肝硬化腹水的活性成分和相关靶点。采用Cytoscape 3.8. 0软件筛选关键活性成分并构建中药-活性成分-靶点网络,结合STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析并筛选出核心靶点,使用R软件进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用AutoDock Vina 1.1. 2对核心靶点和度值排名前3位的关键活性成分进行分子对接。结果：五苓散治疗肝硬化腹水有17个靶点,涉及23个活性成分,Cytoscape 3.8. 0软件筛选出β-谷甾醇、(+)-儿茶素、花旗松素、表儿茶素、常春藤皂苷元、3β-乙酰氧基苍术酮等关键活性成分,以及胱天蛋白酶3 (CASP3)、CASP8、热休克蛋白90α (HSP90AA1)、环氧合酶2 (PTGS2)、过氧化氢酶（CAT）和雌激素受体1 (ESR1)等核心靶点。GO分...     

基于网络药理学和分子对接研究黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法分析黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制。方法：通过化源网数据库、中药与化学成分数据库、PubChem数据库以及文献查阅,搜集黄葵胶囊化学成分,运用Swiss ADME数据库筛选出黄葵胶囊活性成分,依据Swiss Target Prediction数据库预测黄葵胶囊各活性成分靶点;通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索糖尿病肾病疾病相关靶点,利用韦恩图获取黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的关键靶点,通过R3.6.2软件对靶蛋白进行基因本体(GO)生物过程富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Cytoscape 3.7.2软件构建黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的“关键活性成分-重要靶点-通路”网络,最后利用AutoDock进行分子对接,计算最低结合能。结果：黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的核心活性成分为4′,5,7,8-四甲氧基黄酮、槲皮素、没食子酸、原儿茶酸等,核心靶点PIK3R1、PIK3CA、AKT1、SRC、ESR1等,活性成分与关键靶点分子对接的最低结合能均接近-5 kcal/mol。黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制...     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌的作用机制

目的：通过网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌(HCC)的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对玉屏风散中所含药物进行检索,得到玉屏风散活性成分所对应的靶基因,再利用GeneCards数据库筛选肝细胞癌所对应的基因,利用Cytoscape 3.7.2软件绘制“药物-疾病-成分-靶点”网络图。使用STRING数据库将所得数据进行导入,构建玉屏风散治疗肝细胞癌的核心靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,然后将以上所得数据导入至Cytoscape 3.7.2中进行网络拓扑参数分析,并以Degree值大于平均值进行筛选,最终得到玉屏风散治疗HCC的核心靶点的相关信息,将核心靶点在DAVID数据库中进行导入,以进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果：玉屏风散的活性成分对应靶点共92个,其中有效成分包括细胞肿瘤抗原P53、凋亡调节剂Bcl-2、血管内皮生长因子受体2、白细胞介素-6(IL-6)等,在其治疗肝细胞癌中共筛选出IL-6、TP53、TNF、NOS3、ESR1、JUN、PTGS2等26个的核心靶点。结论：玉屏风散治疗...     

基于网络药理学探讨缓衰方对慢性肾脏病心肾保护作用的机制

目的：探讨缓衰方对慢性肾脏病（CKD）心肾保护作用的机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索缓衰方中5味中药的有效活性成分并获得相应的预测靶点;通过GEO数据库、GeneCards数据库和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索与CKD和心血管疾病（CVD）相关的靶点,并对药物靶点和疾病靶点进行映射取交集作为缓衰方对CKD患者心肾保护作用的关键靶点。基于String数据库对关键靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,并通过拓扑分析得到缓衰方对CKD患者心肾保护作用的核心靶点,基于autodock软件对缓衰方的活性成分和核心靶点作分子对接,分析成分和靶点的结合能力。并对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：共得到缓衰方有效活性成分105种,预测靶点135个,得到CKD疾病相关靶点1 436个,CVD疾病相关靶点744个。共得到缓衰方对CKD心肾保护作用的关键靶点53个,拓扑分析得到核心靶点18个,分子对接结果显示缓衰方的11个活性成分和10个核心靶点平均最低结合能为-6.58 kcal/mol,其中豆甾醇、槲皮素与PTGS2靶点蛋白结合能最高。共得到对氧含量的反应、细胞对药物的反应、循环系统中的血管过程等1 275个GO富集结果和低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等76条KEGG信号通路。结论：缓衰方通过多成分、多靶点、多信号通路途径实现对CKD的心肾保护作用。