Association of ventricular septal defect with rare variations of the HAND2 gene北大核心CSCD

目的对室间隔缺损(ventricular septal defect,VSD)与HAND2基因启动子区罕见变异的关联性进行分析,并对相关分子机制进行初步探索。方法收集349例VSD组患儿和345例健康对照组儿童血液样本,通过聚合酶链反应扩增目的片段并进行测序,确定HAND2基因启动子区的罕见变异位点。使用双荧光素酶检测进行变异位点功能分析,并通过电泳迁移率变动分析进行分子机制研究,同时使用TRANSFAC和JASPAR数据库预测转录因子。结果通过测序发现3个变异位点(g.173530852A>G、g.173531173A>G和g.173531213C>G)只出现在10例VSD患儿的HAND2基因启动子上,其中4例患儿仅有1个变异位点。双荧光素酶检测显示g.173531213C>G降低了HAND2基因启动子转录活性。电泳迁移率变动分析和转录因子预测提示g.173531213C>G产生了1个转录因子结合位点。结论HAND2基因启动子区的罕见变异g.173531213C>G可能通过影响转录因子的结合,进而参与VSD的发生发展。     

hsa-miR-1908上游启动子区的生物信息学分析

目的利用各种生物信息学工具预测hsa-miR-1908上游启动子功能,以进一步研究其在人脂肪细胞中的转录调控机制。方法应用Ensemble数据库获取hsa-miR-1908上游启动子序列,利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果获取hsa-miR-1908上游启动子序列全长1 458 bp。miR-1908启动子序列中CpG岛位于(438~756)bp、(836~937)bp、(979~1374)bp处,CpG岛的存在会抑制miR-1908启动子的转录。miR-1908有15个转录因子的结合位点。结论 miRNA启动子相关生物信息学的研究,提高对启动子的研究效率,为进一步研究miR-1908的转录调控机制提供了重要的信息。     

发育性髋关节发育不良患儿COL1A1基因启动子区突变筛查

目的 检测发育性髋关节发育不良(developmental dysplasia of the hip,DDH)患儿的COL1A1基因启动子区是否存在突变.方法 对COL1A1基因转录起始点上游1060 bp(-1024～+36 bp)的片段设计4对引物,在109例DDH患儿中分别进行PCR扩增,扩增产物直接测序.有基因变异的患儿,对其父母及100例正常儿的该段启动子也进行PCR扩增、测序,以确定变异位点的性质.结果 在2例DDH患儿的第-106位碱基检测到C→T杂合变异,同时对100例正常人进行测序,未发现相同的变异.经网上基因数据库检索,也未发现该位点有已知多态.证实COL1A1基因转录调控区-106位碱基的C→T杂合变异为DDH核心家系中新发现的突变.结论 在部分DDH患儿中,COL1A1基因启动子区的-106位碱基存在C→T杂合突变,该突变可能与DDH患儿关节囊及圆韧带组织中COL1A1表达降低有关.     

新生儿高苯丙氨酸血症筛查及PAH基因变异和缺失分析

目的 了解石家庄市新生儿高苯丙氨酸血症（HPA）的发病率、临床分型以及相关基因的变异特征。方法选择2017年3月至2021年5月在石家庄市新生儿疾病筛查中心进行HPA筛查的487 380名新生儿，经免疫荧光法检测其足跟血苯丙氨酸浓度，采用基因测序技术对可疑阳性患儿苯丙氨酸羟化酶（PAH）基因进行检测，患儿父母采用Sanger法进行目标基因变异验证，进一步将基因测序结果与正常人比对，找出片段缺失区域并进行分析。结果487 380名新生儿中筛查出阳性儿191例，确诊HPA 104例，均为PAH缺乏症，发病率为1/4686。104例患儿中共检测出62种基因变异，包括错义变异37种、剪接变异10种、无义变异7种、同义变异2种、整码变异1种以及杂合缺失5种。PAH基因常见的变异位点有c. 158 G>A(18.7%)、c. 728 G>A(10.5%)、c. 611 A>G(6.7%)、c. 331 C>T(4.8%)和c.721C>T(4.8%)，并发现未报道基因片段缺失（外显子6杂合缺失）及基因变异（c.630T>G、c.61-1G>A、c.912+...     

扩增片段多态性结合银染法对广西汉族人FⅧ基因内(CA)n的研究

目的研究广西汉族人群在FⅧ基因内含子13（CA）n及内含子22（GT）n（AG）n两位点的基因频率分布,并用于血友病甲的家系分析。方法采用聚合酶链反应（PCR）扩增FⅧ基因内含子13（CA）n及22（GT）n（AG）n的多态性片段,银染色法显示扩增结果;任选一标本,测其扩增片段长度获得其i13（CA）n及i22（GT）n（AG）n的具体重复数,从而推算出所有标本两位点的二核苷酸重复数。结果在91名广西汉族人135条X染色体中,共检出6种i13（CA）n和4种i22（GT）n（AG）n,i13（CA）n位点基因频率在0．0002～0．5408间,多态信息量（polymorphism information content,PXC）为0．5899,实际杂合度为0．6364（28／44）;i22（GT）n（AG）n位点基因频率为0．0444～0．4963,PIC为0．5359,实际杂合度为0．5227（23／44）。13个有阳性家族史的血友病家系,用该方法进行家系分析,9个家系可作出诊断,可诊断率为69％。结论（1）i13（CA）n、i22（GT）n（AG）n在广西汉族人中PIC高,是血友病甲家系分析中的有用位点;（2）相比FⅧ相关的某些单个限制性片段长度多态性位点（restrictive fragment length polymorphism,RFLP）,i22（GT）n（AG）n是一个较为有用的位点。     

儿童噬血细胞性淋巴组织细胞增生症XIAP基因突变筛查

目的 了解X 连锁凋亡抑制因子（XIAP）基因突变和序列变异在儿童噬血细胞性淋巴组织细胞增生症（HLH）中的发生情况。方法 应用聚合酶链反应（PCR）结合直接测序方法,对2009 年1 月至2012年12 月诊断为HLH 的65 例患儿（病例组）及70 例健康儿童（对照组）XIAP 基因外显子（1-1、1-2、2~6）编码区进行序列分析。结果 在HLH 患儿XIAP 基因外显子编码区未发现突变;仅在XIAP 外显子5 发现1 个非同义单核苷酸多态性（SNP）位点rs5956583,但此SNP 位点的基因型和等位基因频率在病例组和对照组之间的分布差异均无统计学意义（均P>0.05）。结论 由XIAP 基因突变导致的儿童HLH 可能比较罕见;XIAP 基因SNP 位点rs5956583 可能与儿童HLH 发病关系不大。     

COL1A1基因启动子区突变(-106C>T)对其表达的影响

目的 探讨COL1A1基因启动子区突变(-106C>T)对其表达的影响.方法 PCR扩增正常人COL1A1基因转录起始点上游-1024～+36 bp的启动子序列,片段长度为1060 bp.经T/A克隆,连接酶切位点,再连接到PGL3一basic载体,得到野生型的PGL3-COL1A1表达载体.再采用定点突变的方法,把-106位碱基的C突变成T,再连接到PGL3-basic载体,构建突变型的PGL3-COL1AI表达载体.用上述两种表达载体及PGL3一basic分别瞬时转染NIH 3T3细胞.细胞培养48hA,测定各组细胞表达的荧光素酶的相对活性.以明确COL1A1启动子区-106位碱基C＞T突变对基因转录调控的影响.结果 经琼脂糖凝胶及基因测序鉴定,证实载体构建成功.荧光素酶活性测定结果显示,在转染野生型PGL3一COL1A1表达载体的细胞组,荧光素酶的相对活性为3.8665,为阴性对照组(PGL3-basic)的4.8倍;转染突变型PGL3-COL1A1表达载体的细胞组.荧光素酶的相对活性为1.3917,为阴性对照组的1.7倍.COL1A1基因动子-106位碱基C>T突变后,其转录活性较野生型降低了64%.结论 COL1A1基因启动子区-106C>T突变可以在转录水平抑制该基因的表达.     

NPHS1基因Fin-minor突变致中国先天性肾病综合征2例报道并文献复习

目的总结2例先天性肾病综合征芬兰型NPHS1基因Fin-minor突变患儿临床资料,提高对该病的认识。方法报道2例先天性肾病综合征患儿的临床特点。对可能致病基因NPHS1、NPHS2、PLCε1、LAMB2、COQ2和LMX1B外显子和WT1基因第8、9外显子,以及外显子相邻附近区域进行直接测序。对该家系相关成员进行NPHS1基因外显子及附近调控区域直接测序,分析突变位点,并文献综述。 结果2例患儿均于出生后1个月内起病,临床表现为肾病综合征。血清病原学检查均为阴性。家系调查未发现家族中有类似疾病的成员。NPHS1、NPHS2、PLCε1、LAMB2、COQ2、LMX1B和WT1基因分析发现,2例患儿存在双NPHS1基因杂合突变,未发现其他基因有致病性突变。1例患儿为NPHS1基因的p.R1109X（c. 3325C>T ,Fin-minor）和IVS26DS-2A>T杂合突变,IVS26DS-2A>T剪切突变为首次报道,其父亲携带IVS26DS-2A>T,其母亲携带p.R1109X。1例患儿为NPHS1基因的p.R1109X （c. 3325C>T ）和p.A1160X （c.3478C>T）杂合突变,其母亲携带p.R1109X突变,未发现p.A1160X突变,其父亲拒绝行NPHS1基因分析。以上发现的突变在100例正常人群中未发现。 结论中国先天性肾病综合征儿童不仅有NPHS1基因突变,而且有经典的Fin-minor突变,为国内首报。本研究新发现的IVS26DS-2A>T剪切突变丰富了NPHS1基因突变谱。     

肾母细胞瘤RASSF1A基因启动子区甲基化研究

目的了解肾母细胞瘤RASSF1A基因启动子区甲基化情况。方法手术获取9例肾母细胞瘤及瘤旁残留肾组织,提取DNA后用亚硫酸氢钠处理,巢式PCR扩增RASSF1A基因启动子区DNA片段,测序,检测启动子区甲基化情况。结果发现1例16个CpG岛位点中有10个存在甲基化(10/16),相应瘤旁残留肾组织无甲基化(0/16);在另1例瘤组织中检测到12个CpG岛位点存在甲基化(12/16),但仅有8个CpG岛位点与上例相同,另外4个位点不同。结论肾母细胞瘤中RASSF1A基因启动子区存在甲基化,与瘤旁残留肾组织甲基化情况有差别。     

ZFPM2基因的低频变异通过影响GATA4转录调控参与圆锥动脉干畸形的发生

摘要 目的：通过Sanger测序,检测圆锥动脉干畸形（CTA）患儿中ZFPM2基因的突变情况,并探讨其致病性及相关分子机制。方法： 对复旦大学附属儿科医院收治的非综合征型CTA患儿的心肌组织标本cDNA进行Sanger测序,检测ZFPM2基因的突变情况。构建ZFPM2、GATA4的表达载体和ANF启动子载体,并将ZFPM2突变型引入表达载体。采用免疫共沉淀（Co-IP）结合Western blotting的方法研究野生型或突变型ZFPM2与GATA4的相互作用。采用荧光素酶报告基因系统研究野生型或突变型ZFPM2对ANF启动子活性的影响。通过mRNA注射研究hZFPM2突变对斑马鱼心脏表型的影响。结果：①对107例非综合征型CTA患儿进行Sanger测序,男64例,年龄1月至14岁（中位年龄8个月）;包括单纯型法洛四联症（TOF）39例,TOF合并卵圆孔未闭（PFO）29例,TOF合并房间隔缺损（ASD）6例,TOF合并PFO和动脉导管未闭（PDA）8例,25例为复杂表型［如房室间隔缺损（AVSD）和左位上腔静脉（LSVC）等］。②在1例TOF合并PFO的患儿中,发现位于ZFPM2基因外显子4的1个杂合错义变异c.397A>Gp.M133V（rs77117583）,它仅出现在东亚人群,突变频率为0.3‰,位于ZFPM2蛋白的N端转录抑制结构域,该结构域对于ZFPM2调控的GATA4依赖性转录是必需的。③HEK293T细胞和HL-1细胞中的Co-IP结果均表明ZFPM2发生M133V突变后与GATA4的结合增强。④荧光素酶报告基因实验：人胚肾细胞株HEK293T和小鼠心肌细胞株HL-1中的结果均表明,ZFPM2发生M133V突变后,其抑制GATA4对ANF的转录激活的作用增强。⑤mRNA注射斑马鱼胚胎后心脏发育畸形情况：未注射的对照组、WT组和M133V突变体组心脏畸形发生率分别为11.3%、15.0%和27.5%,M133V突变体组高于其他两组（P＜0.05）。心脏异常表现为：心脏的环化发生异常,心房和心室与正常心脏呈镜像。结论：在1例CTA患儿中检测到1个ZFPM2低频变异c.397A>G, p.M133V,它可能通过影响ZFPM2与GATA4的结合及GATA4转录调控来参与CTA的发生。     

法洛四联症右心室流出道心肌的超微结构及力学特性

目的 研究法洛四联症（ＴＯＦ）右心室流出道心肌细胞的超微结构变化及心肌组织的生物力学性能。方法 对２４例ＴＯＦ根治术手术前后的右心室及肺动脉的压力变化进行对比研究。对其中７例ＴＯＦ与对照组７例先心病小室缺、小房缺应用透射电镜进行右心室流出道心肌的超微研究。对４例ＴＯＦ与２例非先心病死亡右心室心肌进行多样本量的对比，采用计算机控制的小力学量软组织力学测试症台进行右心室心肌力学的研究。结果 ＴＯＦ右心     

5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶基因启动子区域甲基化状态与先天性心脏病的关系

目的通过比较先天性心脏病(CHD)患儿与无先天性出生缺陷儿童的5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因启动子区域甲基化状态,探讨MTHFR基因启动子甲基化状态与儿童CHD的关系。方法收集53例CHD患儿(病例组)及80例无先天性出生缺陷的儿童(对照组)外周静脉血液标本。二组儿童年龄为10个月～14岁,均为武汉市及周边地区的汉族人。病例组男29例,女24例;对照组男44例,女36例。首先提取血液白细胞DNA,然后对DNA进行亚硫酸氢钠修饰,采用甲基化特异性PCR(MSP)技术通过特异性引物检测MTHFR基因启动子区域甲基化状态。应用SPSS 15.0软件进行χ2检验,分析MTHFR基因启动子区域甲基化状态与CHD的关系。结果 MSP分析显示,病例组和对照组MTHFR基因启动子区域非甲基化分别为36例(67.92%)和69例(86.25%),部分甲基化分别为15例(28.30%)和9例(11.25%),甲基化分别为2例(3.78%)和2例(2.50%),2组间MTHFR基因启动子甲基化状态的差异具有统计学意义(χ2=6.554,P=0.038)。结论 MTHFR基因启动子区域超甲基化可能是导致CHD发病的原因之一。     

DACT1错义突变与先天性心脏病易感性的相关性研究

目的 筛选与先天性心脏病(CHD)相关的DACT1基因的错义突变,并研究其生物学功能。方法 研究对象为中国山东地区汉族人群,病例组为2008年8月至2011年1月散发CHD的连续就诊患儿,排除综合征型和有心脏病家族史患者;对照组为同时期收集的排除CHD以及有心脏病家族史的健康儿童。①提取两组外周静脉血WBC的基因组DNA,靶向DACT1基因的编码区进行测序,将测序结果中的单核苷酸变异(SNV)与数据库dbSNP(version137)和千人基因组比对,病例组与对照组的SNV比对,筛选出病例特异性的新发现或稀有DACT1突变位点,通过Sanger法验证。②构建野生型和各突变型DACT1的表达质粒,在HEK293T细胞中通过蛋白质免疫印迹实验观察DACT1和DVL2蛋白表达水平。③通过双荧光素酶报告基因实验观察突变后DACT1对经典Wnt信号通路和非经典Wnt信号通路(PCP)调控作用的变化。结果 病例组404例,年龄(2.9±2.7)岁;对照组213名,年龄(7.1±3.7)岁。病例组和对照组的男女比例分别为1.2:1和1:1,均为汉族儿童。在3例CHD中筛选到4个DACT1基因编码区的新发现或稀有的错义突变c.1486C>T (p.S441L)、c.1598C>A (p.S478R)、c.1659G>C (p.E499Q)和c.1891T>A (p.M576K),经Sanger测序验证均为杂合突变。DACT1^S478R和DACT1^E499Q在不同物种中保守性很高。DACT1^S441L SIFT评价为有害突变;DACT1^E499Q PolyPhen-2评价为可能有害(0.978),DACT1^S478R和DACT1^M576K SIFT和PolyPhen-2预测为无有害性。4种突变型对DACT1蛋白的表达水平均无明显影响。与野生型DACT1相比较,突变型DACT1^E499Q对DVL2蛋白的下调作用减弱(P<0.05),对经典Wnt信号通路以及PCP信号通路的抑制作用也减弱(P <0.01)。结论 DACT1^E499Q错义突变可能通过减弱对Wnt信号通路活性的抑制来促进CHD的发生。     

激素耐药型肾病综合征单卵孪生姐妹WT1基因突变

目的分析1个汉族激素耐药型肾病综合征(SRNS)家系WT1基因突变及其特点。方法研究对象为1个汉族SRNS家系先证者及其单卵孪生姐姐、父母和大姐;健康对照人群为50例尿检正常的汉族成年人。取所有研究对象外周静脉血3 mL,提取基因组DNA,PCR扩增WT1基因全部10个外显子及其周围的部分内含子序列,对PCR产物直接进行DNA序列测定。结果先证者患儿临床表型为不完全型Denys-Drash综合征,其孪生姐姐临床表型为孤立性SRNS。在该对单卵孪生姐妹中均检测到WT1基因1180C>T(R394W)杂合突变,在先证者父母及其大姐和50例健康对照人群未检测到该突变;此外,还在对该孪生姐妹检测到3个相同的WT1基因多态性——126C>T、903A>G和IVS7-32C>A。结论本研究在1个汉族SRNS家系临床表型不同的单卵孪生姐妹中发现了相同的WT1基因R394W杂合突变。     

糖皮质激素受体基因多态性与肾病综合征患儿激素耐药相关性探讨

目的　筛选人类糖皮质激素受体基因 (NR3C1)的多态性 ,并分析其在激素耐药型、激素敏感型肾病综合征患儿以及参照人群 (随机抽取的脐血标本 )中的分布 ,以研究NR3C1多态性与肾病综合征患儿激素耐药的关系。方法　提取 3 9例激素耐药型、67例激素敏感型肾病综合征患儿以及64例参照人群血基因组DNA ,PCR扩增NR3C1中编码人类糖皮质激素受体全部功能区的第 2～ 9α外显子 ,以变性高效液相色谱 (DHPLC)分析检测PCR产物 ,对洗脱曲线异常者进行DNA测序。结果　在总计 170份基因组DNA样本中 ,DHPLC分析发现 12种多态性 ,均经DNA测序证实。另外 ,有 3组多态性呈紧密连锁的单倍型 ( [198G >A + 2 0 0G >A] ,[13 74A >G +IVSG 68_IVSG 63delAAAAAA +IVSH 9C >G + 2 3 82C >T] ,[1896C >T + 2 166C >T + 2 43 0T >C] )。后 2种单倍型为首次报道 ,它们在激素耐药型肾病综合征组的基因型频率 ( 10 .3 %和 15.4% )明显高于敏感型肾病综合征 ( 1.5%和 7.5% ) ,2种单倍型的OR值分别为 7.54和 2 .2 6。其余多态性在各组中出现频率相对较低。结论　在NR3C1基因中筛选出 12处多态性 ;而且新发现的 2种多位点紧密连锁的单倍型可能与肾病综合征患儿发生糖皮质激素耐药有关     

Changes in epigenetic regulation of CD4+ T lymphocytesin biliary atresia

Biliary atresia (BA) is a virus-induced autoimmune disease associated with abnormal DNA methylation patterns that contribute to disease presentation. This study examined DNA methylation patterns, changes to genes associated with methylation regulation, and changes to the autoimmune-related gene interferon gamma (IFN-γ) in CD4+ T cells from BA patients. We demonstrated that genomic DNA isolated from CD4+ T cells harvested from infants presenting with BA were hypomethylated relative to healthy controls. In addition, DNA methyltransferase (DNMT1) and DNMT3a mRNA levels were significantly lower in BA CD4+ T cells compared with controls and methyl-DNA-binding domain proteins (MBD1) mRNA expression (but not MBD4 detected at higher levels in BA patients), which was significantly lower in CD4+ T cells from BA infants than in controls. DNMT1 expression positively correlated with global DNA methylation in BA CD4+ T cells. IFN-γ mRNA expression levels in BA patients were also significantly increased, and the IFN-γ gene promoter region was hypomethylated in BA CD4+ T cells compared with controls and negatively correlated with DNA methylation. These data suggest that methylation changes in CD4+ cells may contribute to BA disease presentation and progression by affecting the expression of genes associated with autoimmunity.     

Genetic analysis of MMP gene polymorphisms in patients with Kawasaki disease

Kawasaki disease (KD) is an acute febrile disorder characterized by systemic vasculitis primarily occurring in coronary arteries. Matrix metalloproteinases (MMPs) have been considered to play pathophysiologic roles in the development of coronary artery lesions (CALs); therefore, an evaluation of the genetic contributions of the MMP genes to the development of CALs in KD patients would be beneficial for the prediction of CAL formation. We focused on the known functional single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the MMP genes (MMP-2-735C>T, MMP-3-1612 5A/6A, MMP-9-1562C>T, MMP-12-82A>G, and MMP-13-77A>G) and performed the association study between these SNPs and CAL formation in KD. The study population consisted of 44 KD patients with CALs and 92 without CALs and 175 healthy controls. As a result, allele and genotype frequencies of MMP-13-77A>G showed significant differences between KD patients with CALs and without CALs (p = 0.00989 and p = 0.00551, respectively). The estimated frequencies of the G-C haplotype in the MMP-13 gene promoter were significantly lower in KD patients with CALs than in those without CALs. There was no association between other MMP genes and CAL formation. In conclusion, the genetic evaluation by association study demonstrated that the MMP-13 gene, at least in part, contributed to the development of CALs in KD.     

中国南方汉族人3个家族性激素耐药型肾病综合征家系CD2AP和NPHS1基因突变分析

目的 分析中国南方汉族人家族性激素耐药型肾病综合征(SRNS)家系CD2AP和NPHS1基因突变及其特点.方法 研究对象为A、B、C 3个南方汉族SRNS家系先证者及其父母,A、B 2个家系先证者的姐姐和50例尿检正常的南方汉族成年人.取所有研究对象外周静脉血,提取基因组DNA,PCR方法扩增CD2AP基因全部18个外显子和NPHS1基因全部29个外显子及其周围的部分内含子,对PCR产物直接进行DNA序列测定.结果 在3个SRNS家系先证者未检测出CD2AP基因致病突变.在B家系的先证者检测出NPHS1基因2398C＞T(R800C)杂合突变,先证者父亲亦携带此杂合突变,但先证者母亲及姐姐未发现该突变.在50例对照人群中未发现2398C＞T突变.此外,在3个先证者及50例对照人群还检测出9种已报道的CD2AP基因多态性--IVS4-25G＞A、IVS8-95G＞A、IVS10+36C＞A、IVS10-153A＞T、IVS10-110A＞G、IVS11+82T＞C、1204C＞T、IVS16+24G＞A、IVS17-66T＞C和4种已报道的NPHS1基因多态性--349G＞A、IVS24+36C＞T、3315G＞A和IVS27+45C＞T.结论 在1个中国南方汉族SRNS家系先证者检测出NPHS1基因突变--2398C＞T,证实中国南方汉族人家族性SRNS儿童存在NPHS1基因突变,提示对其需进行NPHS1基因突变分析.