2018-2020年甘肃省腹泻病毒流行特征及A组轮状病毒全基因组特征

目的 了解2018—2020年甘肃省A组轮状病毒（RVA）流行特征及全基因组特征。方法 选取甘肃省腹泻症候群监测的6家哨点医院采集的腹泻患者粪便2553份,经实时聚合酶链式反应检测A组轮状病毒、诺如病毒、腺病毒、星状病毒、札如病毒核酸,选取部分轮状病毒阳性样本构建DNA测序文库,采用第二代测序,并进行分析。结果 共检出病毒阳性标本853份,检出率33.41%,其中轮状病毒阳性率最高（17.43%）,其次是诺如病毒（12.65%）、腺病毒（6.58%）、星状病毒（4.70%）、札如病毒（1.02%）。对50份轮状病毒阳性标本进行第二代测序,获得31株全序列,其中24株G9P[8]、2株G2P[8]、3株G2P[4]、1株G9P[6]和1株G9P[4]型别。全基因组核苷酸序列分析发现,除VP7片段外,序列差异比较大的有VP3和NSP4两个节段。本研究获得21株G9P[8]型Wa-like株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M 1-A1-N1-T1-E1-H1),3株NSP4节段重配的G9P[8]-E2株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1),在测序的24...     

诺如病毒GⅡ.4亚型新变异株全基因组序列的研究

目的分析诺如病毒GⅡ.4亚型新变异株的全基因组序列,了解其变异特点。方法从264例患者腹泻物中提取RNA并进行cDNA合成,对阳性样本进行PCR鉴定,扩增片段进行测序。对测序结果显示为诺如病毒序列的进行全基因组测序并分析。结果分离到新的悉尼2012GⅡ.4变异株的类似株(荆州2013GⅡ.4株),全基因组序列测定发现新分离株出现了较大的变异,包括VP1基因高变区(P2区)的突变。结论悉尼2012GⅡ.4变异株的类似株已传播到中国,GⅡ.4变异株VP1进化较快。提醒应密切关注诺如病毒在中国的传播和进化情况,以助于疫苗的开发和治疗性单抗的制备。     

一起新生儿病毒性腹泻病原学分析

目的　查明引起新生儿病毒性腹泻疫情的病原并对其进行分子生物学特征分析。方法　采用金标法检测轮状病毒抗原，采用乳胶凝集法 检测腺病毒；通过聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测粪便样品中的轮状病毒核酸；利用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）检测肠道病毒和扩增轮 状病毒VP7基因并测序；利用DNAstar和Blast软件对测序结果进行分析。结果　11份样品中，金标法检测到轮状病毒阳性样品9份，阳性率为81 .82%；腺病毒和肠道病毒检测均为阴性； PAGE法检测到10份轮状病毒阳性样品，电泳带型为4?鄄2?鄄3?鄄2的样品有8份，阳性率为72.73％， 另2份阳性样品的电泳条带特殊；8份带型为4?鄄2?鄄3?鄄2的阳性样品均能通过RT－PCR扩增出VP7基因，选择其中3份样品进行测序，测序结果 经过比对发现这3个毒株的核苷酸的同源性为99.90％，氨基酸的同源性为100％，与G1型标准株Wa的核苷酸同源性分别为91.30%～91.50％，氨 基酸同源性为94.80％；与泰国流行株Thai?鄄2104亲缘关系最近，与中国以前的流行株处于不同的进化分支上。结论　引起此次新生儿病毒性 腹泻疫情的病原是A组轮状病毒，PAGE带型主要为4-2-3-2，其血清型为G1型。     

感染中枢神经系统肠道病毒的分子生物学分型

目的探讨小儿肠道病毒（EV）中枢神经系统感染病毒基因VP1序列的分子分型的临床意义。方法采用逆转录聚合酶链反应（RTPCR）方法．应用通用引物和VP1段分子分型引物检测77例临床诊断为无菌性脑膜炎病儿（其中急性期63例．恢复期14例）脑脊液（CSF）的EVRNA，并对VP1分型引物扩增阳性片段进行克隆、测序及分型研究。结果77例无菌性脑膜炎病儿CSF中，采用通用引物经两次PCR在急性期共获得阳性结果47例（占急性期的74．6％），恢复期3例（占恢复期的21．4％）。将EVRNA阳性的50例标本应用分型引物经两次PCR共获得阳性结果31例（占62．0％）。随机抽取27条阳性片段进行克隆测序，测序结果通过BLAST软件与GenBankEV标准毒株进行同源性对比分析，相关序列同源性均在97％以上。结论采用分型引物扩增VP1部分序列并测序．将EV的VP1部分序列与GenBank中的EV标准毒株进行对比，根据基因序列的同源性可以对EV进行型别鉴定．为EV的分型研究提供了新的方法和思路。     

不同PCR方法检测轮状病毒腹泻患儿血中RV基因

目的：探讨不同聚合酶链反应(PCR)方法检测轮状病毒(RV)腹泻患儿血中RVRNA敏感性以及病毒血症的情况。方法：应用2种逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法．对30例轮状病毒腹泻患儿进行外周血血浆和单个核细胞中的RVRNA检测．阳性标本的PCR产物经琼脂糖电泳及测序证实。结果：30例轮状病毒腹泻患儿，在外周血单个核细胞中检出RVRNA 1例，血浆中RVRNA检测均阴性，2种RT-PCR方法检测结果一致。阳性标本的PCR产物经测序结果证实属于人RV VP7片段序列，与G1型相似性为94％,与G9型相似性为75％。检测出RVRNA阳性的病例有肠道外脏器损伤的表现。结论：不同PCR方法可以检测到轮状病毒腹泻患儿血中RV RNA.RV可能通过外周血单个核细胞向肠道外扩散，引起病毒血症造成肠道外脏器损伤。     

2015－2016年浙江省台州市感染性腹泻轮状病毒分子流行病学研究

目的分析2015 — 2016年浙江省台州市腹泻病例轮状病毒感染的流行病学特征、病毒基因型别及变化特征,为感染性腹泻的预防与控制提供实验室支持。方法收集2015 — 2016年台州市哨点医院感染性腹泻就诊患者信息及粪便标本,采用双重荧光方法检测A/B组轮状病毒,对A组轮状病毒阳性的标本进行G/P基因分型和测序,并对主要型别的VP7基因进行同源性和系统进化分析。结果轮状病毒总检出率为5.10%（81/1 589）,其中A组轮状病毒占98.77%（80/81）,B组轮状病毒占1.23%（1/81）。 流行特征显示年龄、季节、职业等差异有统计学意义,性别和籍贯等差异无统计学意义。 A组轮状病毒基因型别主要包括G9P［8］（53.75%）、G2P［4］（25.00%）、G3P［8］（11.25%）、G1P［8］（2.50%）、G4P［6］（2.50%）。 VP7基因同源性和进化分析显示,G9P［8］型主要是G9-Ⅵ亚型,相同基因型轮状病毒同源性高。结论轮状病毒是台州市感染性腹泻人群中的常见病原体; A组轮状病毒在本地区呈现多样性和稳定性。 建议将G9型引入疫苗株,并对腹泻人群尤其是儿童进行持续性的病原学监测。     

巢式聚合酶链反应检测A组轮状病毒基因型的研究

目的用巢式聚合酶链反应（PCR）对A组轮状病毒常见G、P基因型进行检测。方法根据A组轮状病毒不同型别共有的VP4、VP7基因设计的引物分别用于G、P分型的第1次PCR扩增,然后用可以区分不同G型和P型的A组轮状病毒的引物进行第2次PCR扩增。对不同型别A组轮状病毒标准毒株和68例A组轮状病毒腹泻的粪便标本进行了G、P型别的检测。结果不同型别A组轮状病毒标准毒株分别扩增出不同长度片段的条带。68例被检测的A组轮状病毒腹泻粪便标本中G分型以G3为主,P分型以P8为主,其余型别少见。结论巢式PCR检测A组轮状病毒基因型的分型具有较高的灵敏度,操作简便快速,适用于临床检测。     

巢式聚合酶链反应检测A组轮状病毒基因型的研究

目的用巢式聚合酶链反应(PCR)对A组轮状病毒常见G、P基因型进行检测。方法根据A组轮状病毒不同型别共有的VP4、VP7基因设计的引物分别用于G、P分型的第1次PCR扩增,然后用可以区分不同G型和P型的A组轮状病毒的引物进行第2次PCR扩增。对不同型别A组轮状病毒标准毒株和68例A组轮状病毒腹泻的粪便标本进行了G、P型别的检测。结果不同型别A组轮状病毒标准毒株分别扩增出不同长度片段的条带。68例被检测的A组轮状病毒腹泻粪便标本中G分型以G3为主,P分型以P8为主,其余型别少见。结论巢式PCR检测A组轮状病毒基因型的分型具有较高的灵敏度,操作简便快速,适用于临床检测。     

多重逆转录聚合酶链反应同步检测A组轮状病毒G基因型的研究

目的　为了检测A组轮状病毒VP7的基因型 ,建立一步多重逆转录聚合酶链反应 (RT PCR)同步检测A组轮状病毒G基因型技术。方法　在参照文献并分析A组轮状病毒VP7基因的基础上 ,选取了一个共用的下游引物RVG9和 6个A组轮状病毒G基因型G1、G2、G3、G4、G8和G9的特异性上游引物 ,利用多重RT PCR技术对标准株和样品进行检测。结果　进行一轮RT PCR ,即可至少同时检出 5种不同标准株混合物中的各个基因型。对纯化的A组轮状病毒标准株RNAO2 6 5进行系列稀释后 ,其检测灵敏度可达 1PFU。经对A组轮状病毒阳性的 6 0份样本进行检测 ,其中G3有 5 1例、G2有 4例 ,G1与G3混合感染 3例 ,另外尚有 2例不能分型。　结论　本研究建立的一步多重RT PCR技术对A组轮状病毒基因型研究将为临床诊断和实验研究提供一种快速、灵敏和特异的检测手段。     

肠道病毒71型中国西安分离株全基因组核苷酸序列分析

目的 分析肠道病毒71型西安分离株（XA87-2008）全基因组核苷酸序列特征.方法 参考相关毒株序列,设计7对可重叠扩增全基因组的引物.提取一株2008年分离自西安市儿童医院手足口病病例标本的病毒基因组RNA,合成cDNA,进而扩增出7个目的片段,插入T载体克隆,对阳性克隆测序.利用MegAlign进行同源性分析,MEGA4软件进行进化分析.结果 XA87-2008毒株基因组全序7 414 bp,同源性分析与安徽阜阳2008年毒株高度同源,与其它基因亚型相差较大;进化分析显示其VP1区和全基因组序列均与C4基因亚型在同一进化支.结论 XA87-2008毒株为C4亚型,在进化关系上与近年来中国大陆流行株关系密切.     

2017-2019年新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市5岁以下腹泻住院患儿诺如病毒分子流行病学特征

  目的  了解2017 — 2019年新疆维吾尔自治区（新疆）乌鲁木齐市5岁以下腹泻住院患儿诺如病毒的分子流行病学特征。  方法  收集2017 — 2019年乌鲁木齐市5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和相应临床资料,应用实时荧光反转录聚合酶链式反应（real time RT-PCR）进行诺如病毒核酸检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析,并结合临床资料分析流行病学特征。  结果  腹泻住院患儿粪便标本核酸检测阳性率为25.20%（246/976）,不同年份阳性率差异有统计学意义（χ2＝40.724,P<0.0001）;0.5～1岁年龄组最高（30.61%,101/330）,不同年龄组阳性率差异无统计学意义。 110份样本获得ORF1/ORF2重叠区序列,包括7个基因型,其中GⅡ.4 Sydney［P31］为流行优势株,占59.09%（65/110）,其次是GⅡ.3［P12］（18.18%,20/110）和GⅡ.2［P16］（17.27%,19/110）,其他型别包括GⅡ.6［P7］（2.72%,3/110）、GⅡ.4 Sydney［P16］（0.91%,1/110）、GⅡ.1 ［P16］（0.91%,1/110）和GⅠ.4［P4］（0.91%,1/110）。GⅡ.2［P16］自2017年第二季度出现,在2019年第三季度成为流行优势株。  结论  在新疆地区诺如病毒是引起5岁以下儿童腹泻的主要病原之一,GⅡ.4 Sydney［P31］、GⅡ.3［P12］和GⅡ.2［P16］是该地区流行的主要基因型。     

2018－2020年上海市5岁以下住院儿童病毒性腹泻病原学特征分析

  目的  对2018 — 2020年上海市5岁以下感染性肠胃炎住院患儿进行主要病毒病原学检测,了解目标人群中病毒的分子流行病学迁移变化特征,为病毒性腹泻的防控和疫苗研发及应用提供数据支撑。   方法  采集上海市某儿科医院5岁以下腹泻住院患儿的粪便标本,并收集相关流行病学资料。 采用ELISA、荧光PCR以及巢式PCR方法对轮状病毒、杯状病毒（包括诺如病毒和札如病毒）、星状病毒和肠道腺病毒进行检测和分子分型。   结果  共采集粪便标本805份（男性543份,女性262份）,病毒检出率为47.33%,检出率最高的病毒为杯状病毒（31.18%）,其次为A组轮状病毒（17.64%）;杯状病毒中诺如病毒GⅡ型的占比最高（95.62%）。 轮状病毒以G9P［8］为主要流行型别（占比90.85%）。 诺如病毒GⅡ型以GⅡ.4［P31］和GⅡ.3［P12］为主要流行株（占比分别为32.08% 和19.58%）;但2020年以来,新兴亚型GⅡ.4［P16］和GⅡ.2［P16］检出率明显高于2018和2019年（χ2=17.337,P＜0.001; χ2=11.044,P=0.001）。 此外本地首次从1名4月龄患儿粪便中发现1株乐儿德轮状病毒疫苗株。   结论  杯状病毒检出率高于轮状病毒的趋势加剧,使杯状病毒（主要是诺如病毒）疫苗的研发和上市需求愈发迫切。研究首次揭示了住院儿童中诺如病毒GⅡ型的主要流行和新兴亚型,为多效价的诺如疫苗研发提供了参考依据。轮状病毒G9型别近年检出率升高,需要对轮状病毒型别变化保持警戒、追踪和深究。     

一起高校多基因型诺如病毒感染暴发疫情的病原特征分析

目的 分析2020年一起急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒基因特征,为加强学校诺如病毒感染暴发疫情防控提供依据.方法 收集2020年9月2-10日甘肃省某高校一起诺如病毒感染暴发疫情中有呕吐腹泻症状在校人员的232份粪便标本,初步采用实时荧光PCR法进行初筛和基因组鉴定,随后采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)对诺如病毒...     

2016-2017年乌鲁木齐市5岁以下婴幼儿轮状病毒感染状况及病原学分析

目的调查2016 — 2017年新疆维吾尔自治区（新疆）乌鲁木齐市＜5岁婴幼儿轮状病毒（RV）流行趋势和病原学特征,为婴幼儿RV防控提供依据。方法收集2016年1月1日至2017年12月31日乌鲁木齐市儿童医院因腹泻住院的597例婴幼儿患者的流行病学资料和粪便标本,用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测RV抗原,并用反转录–聚合酶链式反应（RT-PCR）检测RV核酸和基因分型。结果A群RV抗原阳性率为32.5%（194/597）,对阳性病例标本进一步进行基因分型分析,检测出G1～4型、G9型等,以G9型最为常见,阳性检出率为11.6%（69/597）。 检出P［4］型、P［6］型、P［8］型等,以P［8］型最多,阳性检出率为22.7%（44/194）。 G、P基因型组合中G3P［8］（31.4%）、G9P［8］（25.3%）、G2P［4］（18.0%）、G1P［8］（8.8%）检出较多。 13～18月龄组RV阳性率最高（40.0%）、0～6月龄组RV阳性率最低（23.4%）,不同月龄组间RV阳性率差异有统计学意义（χ2＝13.698,P＝0.033）。 2016年和2017年RV阳性率分别为35.8%（108/302）、29.2%（86/295）（χ2＝2.971,P＝0.085）。 城市患儿RV阳性率为32.8%（173/527）,高于农村患儿30.0%（21/70）（χ2＝0.225,P＝0.635）。结论乌鲁木齐市婴幼儿对RV普遍易感,RV毒株基因型呈多样性,以G3P［8］型为主,居住城市、年龄为1～2岁组婴幼儿是接种疫苗防控的重点人群。     

轮状病毒G9P ［8］ -E2基因型重配株在我国的流行趋势分析

  目的  研究我国轮状病毒（RV）流行毒株G9P［8］基因型的全序列分子特征及进化规律。  方法  采用反转录–聚合酶链式反应（RT-PCR）方法,对2018年收集的64份（广东省深圳市和吉林省长春市各32份）G9P［8］基因型RV阳性标本进行扩增。  结果  成功获取54份（深圳市30份, 长春市24份）G9P［8］基因型A组轮状病毒（RVA）标本的全基因组节段。序列分析表明,54份G9P［8］基因型RVA中, 28份为Wa-like G9P［8］-E1株,26份为非结构蛋白NSP4基因节段重配的G9P［8］-E2株,G9P［8］-E2株在深圳和长春市阳性样本中分别占60.0%、33.3%。  结论  2018年深圳和长春市流行的RVA中G9P［8］-E2重配株已经成为优势株,且在深圳市的优势程度大于在长春市的,推测该基因型重配株RVA可能已在我国广泛传播。     

2019年天津市急性胃肠炎人群诺如病毒基因分型分析

目的分析2019年天津市急性胃肠炎人群中诺如病毒的基因特征。方法本研究采集2019年全年天津市各区疾病预防控制中心送检的散发、暴发、聚集性腹泻诺如病毒阳性粪便标本，采用反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）方法将标本进行扩增，对阳性产物进行聚合酶区和衣壳区序列测定，构建系统进化树。结果诺如病毒总体阳性率为6.01%（97/1615），除1月无样本检测外，其他各月份均有诺如病毒的检出。 其中GⅠ组检出率1.11%（18/1615），GⅡ组检出率5.02%（81/1615）。 聚合酶区和衣壳区基因分型结果:2019年的基因型别为GⅡ.2［P16］、GⅡ.4［P31］、GⅡ.17［P17］、GⅠ.3［P13］、GⅡ.6［P7］、GⅠ.5［P4］、GⅡ.3［P12］、GⅠ.5［P12］、GⅠ.1［P1］、GⅠ.2［P2］等。 13起急性胃肠炎暴发或聚集性腹泻病例中占比前3位的基因重组株为GⅡ.2［P16］（30.77%，4/13）、GⅡ.4［P31］（23.08%，3/13）、GⅡ.17［P17］（23.08%，3/13）。结论天津市诺如病毒感染的基因型呈多样性，不同基因型持续共同进化和循环，需进一步加强诺如病毒病原监测及分子分型鉴定工作。     

2018-2019年湖北省5岁及以下腹泻儿童诺如病毒感染特征和病原学分析

目的 了解2018-2019年湖北省≤5岁腹泻儿童诺如病毒感染流行病学及分子特征.方法 收集2018-2019年湖北省病毒性腹泻监测哨点医院≤5岁腹泻儿童粪便标本,共计922份.采用实时荧光反转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)方法进行诺如病毒G Ⅰ和GⅡ组核酸检测.对诺如病毒检测阳性的标本应用rea...     

Relationship among serotype G3P5A rotavirus strains isolated from different host species

The relationship among G3P5A rotavirus strains was analysed by restriction endonuclease assay of the VP4, VP6 and VP7 encoding genes, neutralization assay and phylogenetic analysis. The restriction patterns of the capsid encoding genes were species specific allowing the differentiation among the strains of different origin. The VP7 profiles differentiated human from animal strains more efficiently. The phylogenetic analysis of the VP4 gene demonstrated that HCR3A and K9 are closer related to each other than to other P5A strains. The same occurs to strains Ro1845 and Cat 97. The CU-1 virus appears to be an ancestor of the P5A strains by neutralization and phylogenetic analysis. The results placed the RRV strain definitely in a separate VP4 serotype and genotype from that of P5A strains. Restriction endonuclease assay of the capsid encoding genes seems to be a useful tool to identify the host species of rotavirus strains belonging to the same serotype and/or genotype.