基于网络药理学预测红花治疗心肌缺血的作用机制

目的基于网络药理学方法预测红花治疗心肌缺血的潜在靶点及信号通路。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选红花中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的活性成分及作用靶点。采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索心肌缺血相关疾病靶点。获取红花中有效成分的靶点和心肌缺血疾病相关靶基因的共同靶基因。针对共同靶基因,通过在线STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件构建可视化的"化合物-靶点-通路"网络,并进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选得到22种潜在的药效成分,218个化合物靶点,531个心肌缺血相关靶基因;后两者取交集后获得39个共同靶点。PPI网络自由度较高的节点为白细胞介素(IL)-6、白蛋白、血管内皮生长因子A、丝裂原激活蛋白激酶8、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3。GO功能富集分析得到48个GO条目,KEGG通路富集分析得到114条信号通路。结论红花可能是通过调节激活转录因子结合、雌激素受体结合、半胱氨酸型内肽酶活性、核激素受体结合、DNA结合转录激活活性等靶点,调控流体切应力...     

基于网络药理学与分子对接探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法 在TCMSP平台筛选出银杏叶的活性成分,在Swiss Target Prediction数据平台和GeneCards数据库收集活性成分对应的靶点,在GeneCards和DisGeNET数据库检索“动脉粥样硬化”的相关靶点,通过Venny平台获得两者间的共同靶点。将共同靶点导入STRING数据库,利用Cytoscape 3.8.0构建蛋白互作网络和核心靶点网络,并获取拓扑参数。利用DAVID进行GO和KEGG通路富集分析,并对结果运用微生信和OmicShare平台进行图像可视化处理。采用Cytoscape 3.8.0软件进行“活性成分-靶点-疾病”网络模型构建与分析,最后使用AutoDock、Pymol软件进行重要成分和核心靶点的分子对接并预测其结合能力。结果 从银杏叶中筛选出27个活性成分,动脉粥样硬化和活性成分的共同靶点有163个,其中核心靶点有7个,主要有关通路有PPAR信号通路、TNF信号通路以及Proteoglycans in cancer信号通路等。分子对接结果显示,所有核心靶点与活性成分的分...     

基于网络药理学探讨人参治疗心力衰竭的作用机制

目的 运用网络药理学方法预测人参治疗心力衰竭(heart failure,HF)可能的作用机制.方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献资料筛选中药人参的有效成分及作用靶点,然后通过GeneCards数据库筛选HF的靶标;使用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用分析网络;再利用Cytos...     

基于网络药理学分析真武汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 通过网络药理学方法,探讨真武汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台,筛选出真武汤中5味中药的有效成分及其靶点,利用UniProt数据库获取靶点对应的基因.通过Cytoscape软件构建有效化学成分-药物靶点基因网络.在GeneCards数据库中检索RA相关的疾病靶点基因.对...     

基于桑黄对肺炎的治疗作用及其机制的网络药理学分析

目的：基于网络药理学筛选中药桑黄治疗肺炎的活性成分,分析桑黄治疗肺炎的有效成分和靶点。方法：利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)软件搜索中药桑黄的成分和作用靶点;通过Uniprot数据库得到基因名称(Gene Name);通过GeneCards找出肺炎对应的靶点,将桑黄和肺炎的靶点进行比对,得到关键靶点。利用Cytoscape 3.9.1软件绘制出桑黄化学成分-肺炎-靶点网络图;通过String平台构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,采用Cytoscape软件中ClueGo插件对桑黄关键基因进行基因本体论(GO)生物功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果：桑黄主要活性成分有21种,(E)-4-(3,4-dihydroxyphenyl) but-3-en-2-one成分所含靶点最多,包括细胞色素P450家族(CYP450)、人表皮生长因子受体(EGFR)和基质金属蛋白酶(MMP)等。筛选出桑黄的化合物靶点358个,其中217个基因为桑黄-肺炎共同靶点,与肺炎有关的关键基因包括含铜胺氧化酶3 (AOC3)、DNA连接酶1 (LIG1)、谷氨酰胺...     

基于网络药理学研究鸡血藤治疗骨质疏松的分子作用机制

目的 预测鸡血藤在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制.方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点.借助GeneCards、NCBI等数据库检索OP相关基因.应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,...     

基于网络药理学探讨沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制

目的 从药物、疾病、靶点角度研究沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制,为进一步实验验证提供理论基础.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中医药综合数据库(TCMID)收集沙参麦冬汤药物有效成分,导入PubChem数据库获取有效成分结构,将结构导入Swiss TargetPrediction数据库进行靶点预测...     

基于网络药理学探讨柴胡治疗癫痫的作用机制

目的:通过计算机网络药理学技术分析柴胡治疗癫痫的活性化合物及其作用靶点,并预测其作用机制.方法:通过中药系统药理学分析平台筛选出柴胡的化学成分和靶点,利用GeneCards和OMIM数据库筛选出癫痫相关的靶点,基于在线软件venny 2.1.0分析获得108个柴胡与癫痫的共同靶点,并使用Cytoscape软件构建柴胡...     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的作用机制

目的采用网络药理学的方法研究方剂玉屏风散的主要活性成分、靶点,初步探讨其治疗系统性红斑狼疮的作用机制。方法通过TCMSP、Uniprot数据库筛选出玉屏风散的药物活性靶点,通过OMIM、GeneCards、TTD数据库筛选出系统性红斑狼疮疾病相关靶点信息。采用RStudio软件将玉屏风散的药物活性靶点与系统性红斑狼疮疾病靶点信息取交集,将交集靶点数据依靠String在线数据库平台构建蛋白互作PPI网络模型,利用Cytoscape 3.7.2软件,构建可视化的"中药-成分-靶点-疾病"网络图并进行分析,找寻玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的关键靶点并通过RStudio绘制柱状图。使用RStudio对关键靶点进行GO功能分析和KEGG通路分析。结果玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的潜在靶点有124个,蛋白互作PPI网络模型提示AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53等可能是玉屏风散治疗系统性红斑狼疮的核心靶点。GO功能分析结果显示,玉屏风散治疗系统性红斑狼疮潜在基因的生物功能主要涉及细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性等;KEGG通路分析结果显示,玉屏风散治疗SLE潜在基因的通路主要涉及...     

基于网络药理学探讨葛根治疗动脉粥样硬化效应机制

目的:探索葛根治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的效应机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)来检索葛根的化学成分和作用的靶点。并在TTD、OMIM、Drugbank、Digsee等多种数据库查询与AS相关的基因。同时基于UniProt数据库分析出靶点多对应的基因,并通过Cytoscape 3.2.1软件构建出葛根的化合物-靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后使用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出其可能存在的作用机制。结果:预测得到葛根治疗AS的化合物-靶点网络中有效成分为2个,有效靶点46个,并因此得出其作用机制可能与细胞凋亡、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙通道受体信号通路、PI3K-Akt信号通路等有关,并且可能JUN、MAPK14、CASP3、AR、ESPR1、PTGS2等靶点基因起着重要作用。结论:通过网络药理学探讨了葛根治疗AS的多成分-多靶点-多通路的作用机制特点,为进一步揭示葛根治疗AS的作用机制的科研探索提供了新的思路和新的方法。     

基于数据挖掘与网络药理学探讨中药方剂治疗心肌缺血的用药规律及分子机制

[目的] 通过数据挖掘和网络药理学方法探索中药方剂治疗心肌缺血的用药规律与分子机制。[方法] 在国家专利网筛选并纳入符合条件的治疗心肌缺血的中药方剂,对用药频次进行统计,采用软件R3.6.0对纳入方剂进行主成分分析、聚类分析和关联规则分析。选取用药频次≥50的药物,进行网络药理学方法分析。[结果] 共纳入149首方剂包含309味中药,其中黄芪、丹参、三七、川芎四味药用药频率超过50,其中丹参药频最高。在主成分分析、聚类分析和关联规则分析中,以“补气养血,行气活血”的中药为主。运用网络药理学方法分析得到,药物靶点和疾病靶点的共同基因有64个,蛋白互作（PPI）结果显示,白细胞介素-6（IL-6）、血管内皮生长因子A（VEGFA）是互作关系最强的两个靶点,KEGG富集分析结果显示,AGE-RAGE信号通路（AGE-RAGEsignalingpathwayindiabeticcomplications）和动脉粥样硬化流体剪切力信号通路（Fluidshearstressandatherosclerosis）位列前二,GO功能分析结果以细胞因子、炎症因子、和血管功能和结构的改为主。[结论] 中药治疗心肌缺血用药多以“补气养血、行气活血”为主,分子机制多以抗炎或改善血管功能为主。     

基于网络药理学的芪参益气滴丸治疗心肌梗死机制研究

目的采用网络药理学的方法探究芪参益气滴丸治疗心肌梗死(MI)的药理作用机制。方法使用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索芪参益气滴丸中药复方中四味草药的所有活性化合物成分和作用靶点;通过OMIM、TTD、PharmG KB、DisG inN ET及DrugB ank数据库对MI的相关疾病靶点进行检索,并与药物的治疗靶点进行映射,获得药物作用于疾病的靶点。用Cytoscape软件构建药物成分-疾病靶点网络,筛选药物治疗心肌梗死的核心靶点。利用DAVID数据库进行KEGG富集分析,Omicshare数据库进行GO二级分类富集并对KEGG富集的结果进行可视化处理。结果选择口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18,肠上皮细胞膜渗透性(Caco-2)≥-0.4及半衰期(HL)≥4 h作为活性化合物的ADME筛选条件,共获得82个活性成分和610个成分靶点。五个疾病数据库共检索MI相关靶点1 713个,药物靶点映射到疾病中共获得103个靶点。对大于平均度值的27个核心靶点进行DAVID富集分析,发现ADRB2、CHRM3、CHRM2、NOS3、NOS2、ADRA1D、C...     

基于网络药理学的黄芪抗心力衰竭作用机制

目的 基于网络药理学研究黄芪抗心力衰竭的作用机制。方法 采用活性成分筛选与靶点预测技术,结合生物信息学手段,预测黄芪抗心力衰竭的潜在作用靶点,并进行信号通路分析,从而探讨其治疗心力衰竭的分子机制。结果 在TCMSP数据中搜索筛选得到20个相应黄芪化学成分,同时利用靶点预测技术共筛选出相关靶点121个。同时在疾病基因数据库检索得到10 962个与心力衰竭发生、发展有关的已知靶点基因,利用string数据库和Cytoscape软件中的网络拓扑分析共筛选获取关键靶点8个。GO富集分析显示,黄芪可通过参与细胞能量代谢、血管内环境变化、神经活性配受体作用、激素活性等10个生物功能的PI3K/AKT、p38丝裂原活化蛋白激酶(p38MAPK)和MAPK/NF-κB等10条关键信号通路发挥抗心力衰竭的作用。结论 中药黄芪抗心力衰竭的作用具有多成分、多靶点、协同作用的特点。     

基于网络药理学探究附子温阳作用机制

目的应用网络药理方法,探讨附子温阳作用的可能机制。方法以心力衰竭和类风湿性关节炎为疾病模型,应用中药系统药理数据库和分析平台,根据口服生物利用度(OB)和药物相似度(DL)来筛选附子的活性成分,并预测出相应靶标;经人类表型术语集(HPO)数据库检索心力衰竭和类风湿性关节炎的疾病靶标;然后在蛋白质相互作用数据库(STRING)分别构建"附子成分-潜在靶标-心力衰竭"和"附子成分-潜在靶标-类风湿性关节炎"网络,通过Cytoscape软件将上述网络可视化,再根据节点介度、紧密度和连接度分别得到上述两个疾病网络的关键节点,借助GATHER数据库平台对关键节点进行京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)的基因功能富集分析。结果 "附子成分-潜在靶标-心力衰竭"网络包含146个节点,关键节点53个;"附子成分-潜在靶标-类风湿性关节炎"网络包含26个节点,关键节点10个;附子与心力衰竭相关的KEGG通路2条,与类风湿性关节炎相关的KEGG通路3条;两种疾病的共同通路为前列腺素(Prostaglandins,PGs)代谢通路和白三烯(Leukotrienes,LTs)代谢通路。结论经网络药理学测算,附子温阳的作用机制可能与其影响机体的PGs、LTs代谢通路有关。     

基于网络药理学探讨膜肾协定方治疗特发性膜性肾病的机制

目的采用网络药理学方法探讨膜肾协定方治疗特发性膜性肾病(IMN)的分子机制。 方法应用BATMAN-TCM、TCMSP、TCMID、Swiss Target Prediction、CNKI等数据库收集膜肾协定方相关成分及靶点。应用GeneCards数据库和CTD数据库筛选IMN的靶点;通过在线Venn获得复方-疾病的共同靶点。使用STRING数据库在线预测共同靶点的相互作用,并使用R studio的cluster Profiler包对所筛选靶点进行GO和KEGG通路分析。通过Cytoscape软件绘制膜肾协定方成分调节的网络图。 结果发现膜肾协定方中34个成分,通过作用于PIK3CB、MAPK14、MAPK8、MAPK11等靶点,经Hepatitis B、AGE-RAGE信号通路、cAMP信号通路、FoxO信号通路等177条通路参与调节细胞凋亡、脂质代谢、氧化应激等进程来治疗特发性膜性肾病。 结论膜肾协定方通过多成分作用多靶点,调节多条信号通路发挥对特发性膜性肾病的治疗作用。     

基于网络药理学的人参白虎汤治疗糖尿病药效机制研究

目的利用网络药理学的方法对人参白虎汤在治疗糖尿病的过程中药效机制进行研究。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中得到人参白虎汤中知母、甘草和人参的化学成分和药物靶点,在BATMAN-TCM中得到粳米的化学成分和药物靶点,在HTDocking中得到石膏的靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),人类基因数据库(GeneCards)筛选糖尿病的相关靶点;运用Cytoscape 3.7.1构建“化合物—靶点—基因”网络;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果构建出化合物靶点网络,蛋白质相互作用网络,对核心蛋白进行基因本体功能分析和通路分析。结论本实验利用网络药理学对人参白虎汤和其治疗的糖尿病进行了分析,探究其共性作用机制及高频共性靶点,高频共性基因,高频共性GO功能和高频共性KEGG通路等,为人参白虎汤用于糖尿病的治疗提供理论参考。