王琦教授新冠肺炎预防方预防新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨＊

目的 借助网络药理学的方法，探究两组王琦教授新冠肺炎预防方（简称预防方）预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的分子靶点和机制。方法 通过TCMSP数据库检索并筛选其活性成分及其作用靶点，通过Uniprot数据库进行蛋白标准化处理。从Genecards数据库中以“Novel coronavirus pneumonia”为关键词搜索获取COVID-19的靶标，构建相交靶点韦恩图。通过cytoscape3.7.2构建PPI蛋白互作网络，寻找富集数目最多的靶点。通过R语言对预防方治疗COVID-19的靶点进行GO和KEGG富集分析，并绘制气泡图。结果 预防方与新冠肺炎相关靶点涉IL-6、TNF、CXCL8、VEGFA、MMP9；GO功能富集分析分别获得53、57条通路；27、29条KEGG相关信号通路。结论 王琦教授新冠肺炎预防方中的主要活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、植物甾醇等，可能通过作用于IL-6、TNF、CXCL8、VEGFA、MMP9、CXCL8、IL10、CCL2、IL1B等靶点和介导TNF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等发挥作用，从而促进免疫反应、炎症反应及细菌防御反应，预防COVID-19。     

基于网络药理学与化学成分研究的连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）作用机制探讨＊

目的 通过网络药理学与分子对接的方法，根据最新研究进展，探讨连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 纳入相关化学成分研究，从中明确连花清瘟胶囊内所含有的化学成分与入血成分信息；于TCMSP、STITCH数据库搜索药物作用靶点蛋白后使用UniProt数据库进行相关转化；通过GeneCards、DisGeNET、UniProt数据库筛选COVID-19相关靶点，同时利用PubMed数据库搜索SARS-CoV-2病毒全基因组信息；将药物有效成分作用靶点与疾病靶点比对筛选后构建连花清瘟内有效化合物治疗COVID-19的核心成分-靶点相互作用网络图；利用STRING平台对核心靶点进行PPI网络分析，找出关键靶点信息；使用CytoScape插件ClueGo对核心靶点进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析；将核心成分与相关受体通过Autodock Vina软件进行分子对接分析。结果 筛选出连花清瘟胶囊中25个活性成分和146个潜在靶点，新冠肺炎相关靶点为122个，经比对后选出与连花清瘟胶囊治疗新冠肺炎核心作用靶点为26个；通过PPI网络数据选出IL6、IL10、TNF、CCL2、DPP4等核心靶点，KEGG通路与GO富集分析筛选出17条信号通路，7个相关的生物进程；分子对接结果显示大黄素、芦荟大黄素、山奈酚、芦丁等成分同与ACE2结合的SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域结合能较强。结论 通过网络药理学证实了连花清瘟胶囊多成分、多靶点、整体调节的作用特点，预测了LQC治疗COVID-19的主要可能的作用机制，为其活性成分研究和实验研究提供理论依据，并有助于阐明连花清瘟胶囊对新冠肺炎的治疗原理。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

基于网络药理学和分子对接法筛选藏药五味沙棘散治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性成分的研究＊

目的 筛选藏药五味沙棘散（WSP）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分。方法 采用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选藏药五味沙棘散（沙棘、余甘子、木香、甘草、葡萄）潜在活性成分，采用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，通过String数据库绘制蛋白质相互作用网络，通过DAVID数据库对WSP作用靶点进行Gene Ontology （GO）功能注释和KEGG通路富集分析，借助Cytoscape 3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络。通过Maestro version 11.5软件，将活性成分作为配体与受体血管紧张素转换酶II（ACE2）、细胞丝氨酸蛋白酶（TMPRSS2）和COVID-19 3CL水解酶（Mpro）进行分子对接验证。结果 “药物-成分-靶点”网络包含5味药物、29个化合物和32个核心靶点，得到GO功能富集条目225条（p < 0.05），KEGG通路富集筛选得到15条信号通路（p < 0.05）。分子对接结果显示甘草苷、甘草异黄烷酮、槲皮素、山柰酚等核心化合物与COVID-19靶点结合力最强。结论 本研究体现出藏药五味沙棘散“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，其活性成分通过与ACE2，TMPRSS2和COVID-19 3CL水解酶结合作用于AKT1、VEGFA、EGFR等靶点，调节MAPK signaling pathway、Toll-like receptor signaling pathway、T cell receptor signaling pathway等多条信号通路，实现对治疗COVID-19肺炎潜在的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化潜在作用机制研究＊

目的 通过网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化的功效物质基础和作用机制。方法 依托TCMSP和TCMID数据库筛选出当归补血汤的活性成分和蛋白靶点，通过GeneCards数据库搜集动脉粥样硬化发病靶点，将成分靶点与疾病靶点取交集筛选出关键靶点；再通过STRING 11.0平台、Omicshare分析平台进行蛋白互作（PPI）网络、GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析，找出核心成分及枢纽基因，通过分子对接，进一步明确其发挥治疗效用的分子机制。结果 筛选得到当归补血汤治疗动脉粥样硬化14个化合物成分，36个关键靶点，GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析筛选得到前20条信号通路，主要集中在炎症、心血管疾病、内分泌和代谢疾病等相关信号通路，分子对接结果显示3种度值较高的活性化合物与四类枢纽靶点蛋白均存在较强的结合作用，异鼠李素和AKT1蛋白结合性最强。结论 当归补血汤中槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心活性成分可通过作用于TNF、IL1B、IL6、AKT1等相关枢纽靶点，调节与炎症、氧化应激、脂质代谢相关的通路，达到治疗动脉粥样硬化的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术研究复方芩兰口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制＊

目的 通过网络药理学方法和分子对接技术研究复方芩兰口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在靶点和作用机制，为其临床应用及科研提供理论依据。方法 利用TCMSP数据库和Swiss数据库筛选复方芩兰口服液中活性化学成分及作用靶点；通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点；成分靶点与COVID-19靶点映射后应用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点”（herb-component-target， H-C-T）调控网络；使用STRING数据库构建PPI网络并筛选出核心靶点；采用Omicshare软件进行GO和KEGG分析，进一步挖掘复方芩兰口服液对COVID-19的多维药理作用机制；采用SYBYL-X 2.1.1软件将关键活性成分与治疗COVID-19的潜在靶点进行分子对接；最后，采用实时荧光RT-PCR技术检测复方芩兰口服液对肺损伤小鼠肺组织TP53基因表达的影响，进一步证实网络药理学分析的结果。结果 从复方芩兰口服液中筛选出82个活性成分和309个靶点，获取新型冠状病毒肺炎靶点259个，复方芩兰口服液与COVID-19有20个共表达靶点，主要核心靶点为TP53、CCND1、JUN、EGFR、MAPK3。GO富集分析得到886个生物过程（P value<0.01且FDR<0.01），KEGG分析得到112条信号通路（P value<0.01且Q value<0.01）。分子对接表明，复方芩兰口服液中汉黄芩素为degree最高的活性成分与5个主要核心靶点均具有较强的结合能力。实时荧光定量RT-PCR结果显示复方芩兰口服液能显著降低肺损伤小鼠TP53的表达（P<0.05）。结论 复方芩兰口服液可能作用于病毒感染、抑制细胞因子风暴和炎症反应相关靶点及通路，以多成分、多靶点、多通路发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接法探索化湿败毒方治疗COVID-19的分子机制研究＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术方法探索“化湿败毒方”抗新型冠状病毒肺炎（Coronavirus Disease 2019， COVID-19）的分子机制。方法 通过多个在线中药数据库检索化湿败毒方中 14 味中药的归经、化学成分和作用靶点。通过STRING数据库对化湿败毒方药物靶标和疾病靶标之间靶蛋白相互作用关系进行分析并通过Circos Tableviewer、Cytoscape软件进行药物-归经网络、药物-靶点网络和药物靶向蛋白-疾病蛋白（PPI）等网络的构建。接着通过FunRich和DAVID数据库进行基因本体（GO）功能富集分析并基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，通过在线绘图软件OmicShare进行可视化。最后运用CB-Dock分子对接网站软件对新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的3CL水解酶（Mpro）以及宿主蛋白ACE2和类药性 > 0.8的活性成分分别进行对接分析。结果 研究发现，化湿败毒方14味中药里有10味中药都相对特异性的归属于肺经，从复方中共筛选出来240个符合标准的化学成分，主要包括常见化合物如黄酮类化合物槲皮素（quercetin）和木犀草素（luteolin）、醇类化合物如豆甾醇（stigmasterol）和β-谷甾醇（beta-sitosterol）以及有机酸如没食子酸（gadelaidic acid）等。其它成分还有酯类、酰胺类和萜类等化学成分；通路富集分析表明，候选靶标富集的通路主要包括与癌症相关的多条通路、B细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、HIF-1信号通路、TGF-beta信号通路等；分子对接结果显示，化湿败毒方中kanzonol F、xambioona dehydroeburicoic acid、cavidine 等成分与SARS-CoV-23CL水解酶和 ACE2均有较好的亲和作用。结论 本文运用网络药理学和分子对接的方法初步探索了化湿败毒方可能通过多成分作用于病毒复制相关靶点和关键宿主蛋白，进而调节机体免疫和代谢通路等多种途径，最后发挥预防和治疗COVID-19的药效作用。     

基于网络药理学探讨二妙散治疗湿疹的作用机制※

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究二妙散治疗湿疹的作用机制。方法 运用中药系统药理学分析平台（TCMSP），结合文献报道，获取二妙散的活性成分和作用靶点，借助Uniprot数据库对靶点蛋白名称进行规范；通过GeneCards、Disgenet收集湿疹相关靶点；运用在线Venny作图平台，得到二妙散治疗湿疹的潜在作用靶点；利用STRING平台构建潜在靶点PPI网络，并将其导入Cytoscape 3.7.1进行图像优化及提取核心基因；通过DAVID数据库对潜在作用靶点进行富集分析，采用Cytoscape 3.7.1构建“中药-化合物-靶点-湿疹”网络并进行拓扑分析，使用Autodock软件对核心活性成分和潜在关键靶点进行分子对接验证。结果 二妙散治疗湿疹可能与槲皮素、汉黄芩素、豆甾醇等29个活性成分有关，AKT1、IL6、TNF等为关键靶点；富集分析得到GO条目651条，KEGG通路120条，主要涉及TNF信号通路、利什曼病信号通路等；分子对接结果显示，上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。结论 二妙散中多种活性成分通过作用于AKT1、IL6、TNF等关键靶点，调节多条信号通路，发挥治疗湿疹的作用。     

基于网络药理学研究小儿升麻方对流感病毒性肺炎小鼠的治疗作用机制

目的研究小儿升麻方对流感病毒性肺炎小鼠的治疗作用,并通过网络药理学方法探究其抗流感病毒性肺炎的作用机制。方法小鼠随机分为对照组,模型组,小儿升麻方低、中、高剂量(1.75、3.50、7.00g/kg)组和生理盐水组,给药第2天,经鼻滴入0.03 m L FM1流感病毒尿囊液建立流感病毒性肺炎模型,第7天测定小鼠肺指数。采用网络药理学方法在TCMIP数据库查找小儿升麻方各药材化学成分和靶点信息,在Genecards数据库中查找流感病毒性肺炎相关靶点,通过韦恩图筛选小儿升麻方与流感病毒性肺炎的共同靶点,借助Omicsbean分析系统与STRING数据库对共同靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路分析。结合STRING数据库与Cytoscape 3.7.0软件将共同靶点进行可视化处理,筛选核心靶点,构建"药材-成分-靶点-通路"网络。结果小儿升麻方高剂量组显著降低流感病毒性肺炎小鼠的肺指数(P<0.05)。小儿升麻方与流感病毒性肺炎有69个共同靶点,通过蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络筛选出24个核心靶点,对应29个化学成分,86条主要通路。结论小儿升麻方对流感病毒性肺炎小鼠有潜在的治疗作用,可通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗流感病毒性肺炎作用。     

基于网络药理学探讨缓衰方对慢性肾脏病心肾保护作用的机制

目的：探讨缓衰方对慢性肾脏病（CKD）心肾保护作用的机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索缓衰方中5味中药的有效活性成分并获得相应的预测靶点;通过GEO数据库、GeneCards数据库和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索与CKD和心血管疾病（CVD）相关的靶点,并对药物靶点和疾病靶点进行映射取交集作为缓衰方对CKD患者心肾保护作用的关键靶点。基于String数据库对关键靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,并通过拓扑分析得到缓衰方对CKD患者心肾保护作用的核心靶点,基于autodock软件对缓衰方的活性成分和核心靶点作分子对接,分析成分和靶点的结合能力。并对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：共得到缓衰方有效活性成分105种,预测靶点135个,得到CKD疾病相关靶点1 436个,CVD疾病相关靶点744个。共得到缓衰方对CKD心肾保护作用的关键靶点53个,拓扑分析得到核心靶点18个,分子对接结果显示缓衰方的11个活性成分和10个核心靶点平均最低结合能为-6.58 kcal/mol,其中豆甾醇、槲皮素与PTGS2靶点蛋白结合能最高。共得到对氧含量的反应、细胞对药物的反应、循环系统中的血管过程等1 275个GO富集结果和低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等76条KEGG信号通路。结论：缓衰方通过多成分、多靶点、多信号通路途径实现对CKD的心肾保护作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨寒湿阻肺方治疗COVID-19 的作用机制

目的利用网络药理学数据挖掘分析和分子对接的方法,探讨寒湿阻肺方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法在中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)等获取寒湿阻肺方的有效成分和靶点,使用GeneCards等数据库检索冠状病毒肺炎的靶点,借助Cytoscape软件构建和分析有效成分-靶点网络,开展基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,使用Autodock Vina进行分子对接。结果筛选出寒湿阻肺方治疗冠状病毒肺炎的48个有效成分和48个潜在作用靶点;GO富集主要集中在脂多糖反应、细胞因子受体结合等条目;KEGG主要涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素17(IL-17)等信号通路;分子对接显示柚皮素等多个有效成分与刺突糖蛋白及血管紧张素转化酶2(ACE2)的亲和力高于参考药物。结论寒湿阻肺方治疗COVID-19主要通过调控AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路,抑制过度的炎症反应,减轻肺损伤。     

基于网络药理学和分子对接探讨痰热清注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的机制

目的采用网络药理学和分子对接研究痰热清注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制,为临床治疗提供理论依据。方法通过文献检索,并结合TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选痰热清注射液的化学成分及其对应的作用靶点。在Genecards数据库中以"coronavirus"为关键词搜索冠状病毒相关靶点,与痰热清注射液靶点映射筛选出共同靶点作为研究靶点,采用Cytoscape3.2.1软件构建活性成分-靶点网络图。将共同靶点导入STRING数据库中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图。结合上述2个网络图筛选出痰热清注射液的核心靶点。通过Cytoscape 3.2.1的插件"ClueGO 2.5.5"进行GO生物学过程和KEGG信号通路富集分析。结果筛选得到痰热清注射液54个类药性良好的活性成分,对应靶点287个。其中共同靶点54个,关键靶点34个。GO富集分析得出与痰热清注射液治疗作用有关的生物过程29个。KEGG富集分析得到与痰热清注射液治疗作用相关的信号通路70条。分子对接结果显示山柰酚、槲皮素、黄芩素、木犀草素和汉黄芩素与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶具有较好的亲和力。结论痰热清注射液的核心化合物可通过与SARS-CoV-23CL水解酶结合发挥抗病毒作用,其分子机制揭示中药多组分、多靶点和多通路的特点,为进一步阐明痰热清注射液治疗COVID-19的作用机制提供重要的科学依据。     

基于网络药理学探讨健脾益肾化浊方治疗卒中后认知障碍的作用机制

目的：采用网络药理学方法探讨健脾益肾化浊方治疗卒中后认知障碍（PSCI）的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药综合数据库（TCMID）及ETCM数据库筛选健脾益肾化浊方的活性成分,运用Swiss Target Prediction数据库对活性成分进行靶点预测;运用GeneCards数据库筛选PSCI相关疾病靶点;运用RStudio软件对健脾益肾化浊方及PSCI共同靶点绘制韦恩图;将二者共同靶点通过STRING及Metascape数据库分别进行PPI分析,基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;运用Cytoscape 3.6.0绘制“健脾益肾化浊方-靶点-PSCI-通路”网络图;采用AutoDock对核心成分及核心靶点进行分子对接验证。结果：筛选出健脾益肾化浊方39种活性成分和553个靶点,筛选出PSCI潜在靶点2 305个,二者共同靶点为254个。通过GO及KEGG富集分析,发现健脾益肾化浊方可能通过突触可塑性、抗细胞凋亡、抗炎等多靶点、多途径发挥对PSCI的治疗作用。分子对接结果提示活性成分Stigmasterol与核心靶点（MAPK1、SRC、MAPK3、TP53、HSP90AA1）,Palmatine与核心靶点（AKT1）具有较好的结合活性。结论：健脾益肾化浊方治疗PSCI可能通过调节突触可塑性、抗细胞凋亡、抗炎等生物学过程发挥作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中的作用分析

目的采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中发挥的作用。方法基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用SwissTargetPrediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)进行分子对接。结果款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个(P0.05),其中包括生物过程(BP)条目325个、细胞组成(CC)条目44个、分子功能(MF)条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示异绿原酸B(3,4-dicaffeoylquinicacid)和异绿原酸C(4,5-dicaffeoylquinic acid)与蛋白的亲和力要优于瑞德西韦。结论款冬花中主要化合物能通过与SARS-Co V-2 3CL水解酶和ACE2结合,作用于多靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学与分子对接技术的补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的分子机制研究

目的探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM、中国知网(CNKI)和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个(P0.05),相关信号通路93条(P0.05);分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)具有较好的亲和。结论补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

联合液相-质谱分析和网络药理学方法探讨清热活血方防治动脉粥样硬化的作用机制＊

目的 联合液相-质谱（liquid-mass spectrometry，LC-MS）分析和网络药理学方法探究由清热活血方防治动脉粥样硬化（atherosclerosis，AS）的潜在靶点。方法 首先，采用LC-MS定性分析对清热活血方化学成分进行鉴定，并将得到的成分输入Swiss Target Prediction数据库进行目标靶点预测，并采用Cytoscape 3.7.1构建清热活血方活性成分-核心靶点网络；其次，从疾病数据库中收集AS相关靶点；将AS相关靶点与清热活血方靶点取交集，得到清热活血方抗AS靶点，并制作靶标蛋白相互作用网，然后进行GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）富集分析。之后，随机将50只雄性ApoE^-/-小鼠分为空白组、模型组、清热活血方低、中、高剂量组，并通过高脂饮食的方式建立ApoE^-/-小鼠AS模型，清热活血方组给予低、中、高剂量药物干预，16周末取主动脉组织，对筛选出的通路进行基因和蛋白水平的验证。最后，将LC-MS定量分析筛选出含量最高的两个成分，与筛选出的通路基因进行分子对接，将靶基因进行二次筛选。结果 LC-MS分析清热活血方共筛选出中68个活性成分，对应靶标223个；通过检索疾病数据库，去除重复后共得到与AS相关疾病靶点3291个；将清热活血方对应靶标与AS靶点取交集得到136个核心基因。GO富集分析结果显示包含炎症反应的调控、膜微域和配体-激活转录因子活性等的参与；KEGG通路富集分析结果显示涉及PI3K/Akt等47条清热活血方抗AS信号通路。WB和RT-qPCR结果提示，清热活血方可以下调p-PI3K/PI3K和p-Akt/Akt水平，且可下调PI3K/Akt通路的13个基因表达水平。LC-MS定量分析得出黄芩苷和丹酚酸B是含量最多的两个成分，与PI3K/Akt通路上的13个基因进行分子对接，结果提示RXRA基因与黄芩苷和丹酚酸B自由结合能最低。结论 清热活血方可能通过介导RXRA基因调控PI3K/Akt信号通路实现抗AS作用，本研究为清热活血方干预AS提供新思路和新靶点。     

基于网络药理学和分子对接探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制

[目的] 探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制。[方法] 在中药系统药理数据库（TCMSP）筛选疏风止痉方12味中药活性成分,并预测作用靶点;运用GeneCards、OMIM数据库获取耐药性癫痫相关基因,获得DRE相关靶点;利用R4.0.0语言筛选药物和疾病的交集靶点,借助String数据库构建靶点蛋白互作网络;通过Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化学成分-疾病靶点网络;使用R语言进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用Cytoscape软件构建KEGG关系网络;最后通过AutoDock Vina对重要化合物作分子对接验证。[结果] 得到潜在作用靶点165个,筛选出槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素5个主要化学成分,7个核心靶点PT－GS2、HSP90AA1、ESR1、AR、MAPK1、AKT1、MAPK3,基因富集分析得到2 584条GO功能条目和171条KEGG通路。分子对接结果表明疏风止痉方中主要活性成分与核心作用靶点具有良好的结合活性。[结论] 该研究初步揭示了疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制,主要是通过抗病毒、抑制炎症、神经保护等作用起到协同增效作用,为临床合理应用提供了理论依据。     

基于分子对接柴胡桂枝干姜汤干预初期寒湿郁肺型新型冠状病毒肺炎的活性成分及功效作用机制探讨

目的预测柴胡桂枝干姜汤干预初期寒湿郁肺型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的药效成分及关键靶标,明确其作用机制。方法查阅文献及临床报道,总结COVID-19中医分期、临床表现及柴胡桂枝干姜汤的功用进行方证关系分析。运用TCMSP数据库筛选柴胡桂枝干姜汤中潜在活性成分及相关靶点,PubMed等数据库筛选肺炎、咳嗽、发热相关靶点,借助Cytoscape软件构建"药物-疾病-靶点"的可视化网络图、蛋白互作网络,并通过STRING数据库进行关键靶点的GO和通路(pathway)富集分析,药效成分采用AutoDock与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶蛋白及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果方证关系分析柴胡桂枝干姜汤可奏温阳散寒化湿、兼清郁热、开达膜原之功干预初期寒湿郁肺型COVID-19,通过筛选,预测柴胡桂枝干姜汤中发挥治疗作用主要为156个化学成分作用于159个相关靶点,核心基因有EGFR、TP53、YWHAZ、HSP90AB1、PIK3R1、GRB2等27个,GO和pathway分析柴胡桂枝干姜汤主要参与细胞调节等生物过程及免疫系统相关通路发挥治疗作用,对10个核心成分进行分子对接所得,方中柴胡中柴胡皂苷A、柴胡皂苷D与桂枝中的过氧麦角固醇与SARS-CoV-23CL水解酶蛋白和ACE2有较好的亲和力。结论通过网络药理学与分子对接技术预测柴胡桂枝干姜汤可用于初期寒湿郁肺型COVID-19治疗,方中柴胡、桂枝等中药含有的潜在抗病毒成分可通过调控免疫系统等发挥治疗作用,阐释了中药"多成分-多靶点-多疾病"的作用特点,为临床用药提供理论依据。