基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-白术治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 运用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-白术配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制和药效物质。方法 运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）和GeneCards数据库，进行黄芪-白术药物成分和疾病所作用靶点收集，处理构建出化学成分-疾病靶标，筛选核心靶标。借助Metascape数据库进行GO注释和KEGG通路富集分析，将靶标映射至对应生物学信号通路，构建黄芪白术-化学成分、化学成分-核心靶点-COPD疾病等多层次网络关联图，筛选出药物活性成分和核心靶点。利用分子对接技术分析活性成分和核心靶点的相互作用关系，并采取体外抗炎活性实验进行验证。结果 搜集到黄芪-白术中关键活性物质6个，潜在治疗COPD靶标131个，筛选出核心靶标16个。通过KEGG分析主要通过癌症信号通路（Pathways in cancer） 、MAPK信号通路（MAPK signaling pathway），IL-17信号通路（IL-17 signaling pathway）通路发挥药效作用。分子对接结果显示，槲皮素、山奈酚、异鼠李素、8β-乙氧基苍术内酯Ⅲ、7-O-甲基异丁香酚等活性物质与COPD关键靶点之间具有较高的结合活性。体外抗炎活性验证槲皮素与山奈酚具有较好抗炎效果。结论 本研究运用网络药理学和分子对接技术预测黄芪-白术治疗COPD作用机制，初步揭示了黄芪-白术配伍通过抑制炎症反应、调节上皮细胞生长增强保护屏障、抑制肿瘤血管生成等作用而发挥防治COPD的作用。研究结果预测了黄芪-白术配伍治疗COPD多基因和多途径的调节作用，可为临床合理用药及作用机制的研究提供参考。     

基于网络药理学与分子对接技术的石菖蒲治疗癫痫作用机制研究＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲抗癫痫的有效成分及作用机制。方法 运用中药系统药理数据库及分析平台检索石菖蒲有效成分及主要靶点，通过GeneCards数据库收集癫痫疾病的相关潜在作用靶点，运用Cytoscape.3.7.1和 String绘制石菖蒲-癫痫靶点互作关系图，运用Metascape数据库进行GO和KEGG信号通路富集分析。运用AutoDock Vina 1.1.2软件对石菖蒲主要有效成分与癫痫相关靶标进行分子对接验证；通过构建戊四唑诱导的癫痫模型初步评价石菖蒲提取物及潜在有效成分的抗癫痫作用。结果 由 TCMSP 筛选得到4个有效成分及76个主要靶点。癫痫疾病以“Score”大于1.5分进行筛选得到3685个靶标。GO富集分析得到BP条目10个，细胞CC条目9个，MF条目10个（P<0.01），主要涉及核受体活性、离子通道活性、激素结合、神经递质受体活性、蛋白激酶活性、钙调蛋白结合等。KEGG 富集得到14条通路，主要涉及c型凝集素受体信号通路、雌激素信号通路、Ca²⁺信号通路、逆行内源性大麻素信号通路等。分子对接结果显示，桉脂素、山奈酚和8-异戊烯基山奈酚与癫痫关键靶标GABRA2、PPARG等具有良好的结合活性。动物实验结果表明，石菖蒲水提取物及主要潜在有效成分桉脂素和山奈酚在PTZ致小鼠癫痫模型上显示出较好的抗癫痫活性。结论 本研究通过动物实验验证了石菖蒲提取物和潜在有效成分的抗癫痫活性，并且运用网络药理学和分子对接技术探讨了其抗癫痫作用机制，发现石菖蒲可通过多个成分如桉脂素、山奈酚、8-异戊烯基山奈酚，多靶点如GABA_A、PPARG等，多条通路如雌激素信号通路、钙信号通路对机体产生协调效应从而抑制癫痫的发作。该研究提示石菖蒲治疗癫痫具有多成分、多靶点、多通路特点，为石菖蒲的进一步研究提供数据支撑。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学-分子对接探讨黄芪生脉散对糖尿病的作用机制＊

目的 本研究利用网络药理学、分子对接技术，探索黄芪生脉散治疗糖尿病的潜在作用机制，并结合体外细胞实验对相关信号通路进行初步验证。方法 查阅多个数据库和结合文献筛选黄芪生脉散的有效成分和对应靶点及糖尿病相关靶点，通过DAVID数据库进行疾病预测以及治疗机制预测，将黄芪生脉散有效成分与成分靶点构建黄芪生脉散的成分-靶点网络。此外，选取成分-靶点网络中度值较大的15个关键靶点和FDR值排名前10的疾病构建黄芪生脉散治疗疾病-靶点网络。再进一步使用AutoDock vina软件对黄芪生脉散的有效成分和糖尿病关键靶点进行分子对接。最后利用HepG2细胞胰岛素抵抗（IR）模型对黄芪生脉散提取物的石油醚部位、乙酸乙酯部位、正丁醇部位进行降血糖活性验证，并通过Western-blotting实验探究其石油醚部位对PI3K-Akt信号通路的影响。结果 共挖掘到黄芪生脉散54个有效成分，411个潜在成分靶点及279个糖尿病相关靶点。此外，预测到黄芪生脉散治疗疾病182种，其中2型糖尿病（T2DM）与靶点关联性最强（degree值=12），由此推测黄芪生脉散可能在治疗糖尿病方面具有显著作用。另外，PPI网络中degree > 20的靶点有AKT1、PIK3CA、PIK3R1和VEGFA等，推测这些靶点可能为黄芪生脉散治疗糖尿病的关键靶点。同时，分子对接结果显示黄芪生脉散8个有效成分（degree值≥15）与糖尿病关键靶点有较强的结合能力，并且KEGG富集分析发现与糖尿病相关的主要调控通路为PI3K-Akt信号通路。体外细胞实验发现，黄芪生脉散提取物可浓度依赖性的增加HepG2细胞胰岛素抵抗模型对葡萄糖的摄取，比阳性药盐酸二甲双胍的药效更强。Western-blotting实验结果表明，黄芪生脉散石油醚部位可显著改善HepG2细胞IR模型Akt、GSK3β蛋白表达水平的异常升高以及p-Akt和p-GSK3β的异常降低（与IR组相比P<0.05）。结论 黄芪生脉散的活性成分可能通过作用于INSR、AKT1、PIK3CA等多个糖尿病相关靶点，调节PI3K-Akt信号通路，降低胰岛素抵抗从而发挥对糖尿病的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨药对赤芍-牡丹皮治疗银屑病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术研究赤芍-牡丹皮药对治疗银屑病的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索赤芍-牡丹皮的化学成分及其相关靶点,利用DisGeNET数据库检索银屑病相关靶点,通过Venny 2.1.0映射得到赤芍-牡丹皮治疗银屑病的交集靶点,利用STRING数据库及Cyt...     

基于网络药理学和分子对接探讨钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的作用机制＊

目的通过网络药理学和分子对接探究钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的药理作用机制。方法通过TCMSP、TCMIP数据库搜集钩藤、全蝎的活性成分及其作用靶点,并使用Cytoscape软件进行可视化分析成分-靶点网。通过OMIM、GeneCards数据库搜集支气管哮喘的疾病靶点,整合钩藤-全蝎药对与支气管哮喘的共有靶点。利用String平台构建对共有靶点互作PPI网络,并进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络模型。最后通过Autodock分子对接进行验证。结果经过筛选发现钩藤-全蝎药对37个活性化合物和234个药物靶点,与哮喘6010个靶点取交集得到35个共有靶点。钩藤-全蝎包含槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等重要活性成分;根据PPI网络分析,核心网络连接度高的潜在治疗靶点有IL6、CASP3、ECFR、ESR1、MAPK8等;根据KEGG富集分析结果显示,钩藤-全蝎药对主要通过PI3 K-Akt信号通路、TNF信号通路,HIF-1信号通路、M APK信号通路、NF-κB信号通路等来治疗哮喘;钩藤-全蝎药对活性成分与核心靶点的分子对接结果均显示出较好的结合活性。结论钩藤-全蝎药对治疗哮喘呈现出多成分、多靶点、多通路的特点,其核心成分槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等可能通过CASP3、MAPK8、ESR1、IL6、ECFR等靶点调节多条通路发挥抗炎、调节免疫、抗氧化应激、改善气道重塑等作用,从而对哮喘达到有效的治疗。     

基于网络药理学探究黑逍遥散治疗阿尔茨海默病的分子作用机制＊

目的 探析黑逍遥散治疗阿尔茨海默病的重要有效成分和潜在效应机制，为黑逍遥散的临床开发应用提供参考依据。方法 首先，检索中药数据库分析平台（Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform， TCMSP）获取黑逍遥散的中药活性成分和相应靶点，利用UniProt网站找到中药作用靶点相应的基因名，并在GeneCards等疾病数据库收集阿尔茨海默病的疾病基因，进一步运用VENN在线工具分析中药与疾病之间的共同基因。其次，应用STRING网站取得蛋白相互作用关系，再借助Cytoscape分析核心靶点。然后，使用Cytoscape制作“黑逍遥散活性成分－潜在治疗靶点网络”图分析核心成分。在DAVID数据库获取靶点的分析结果，即基因本体（Gene Ontology， GO）、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes， KEGG），并借助OmicShare云平台对结果可视化。最后，通过分子对接分析核心成分与核心靶点之间的关系。结果 黑逍遥散治疗阿尔茨海默病的核心成分包括槲皮素（quercetin）、β-谷甾醇（beta-sitosterol）、山奈酚（kaempferol），核心靶点包括AKT1、ALB、MAPK3，分子对接结果表明β-谷甾醇与AKT1、山奈酚与ALB、槲皮素与ALB有较好的结合作用。黑逍遥散发挥治疗作用的效应机制可能与调控IL-17、T细胞受体、TNF、Toll样受体、MAPK、HIF-1、鞘磷脂类等信号通路相关，并可能涉及细胞凋亡、蛋白质过程、代谢过程、细胞增殖、信号传递、刺激反应等生物学功能。结论 黑逍遥散具有多种有效的活性成分，可能从多个靶点、多条通路治疗阿尔茨海默病，提示本文可为黑逍遥散的深入研究与临床开发利用提供方法学依据。     

基于反向分子对接和网络药理学预测木兰花碱抗肿瘤的潜在作用机制＊

目的 利用网络药理学分析方法,基于生物信息大数据分析,以研究木兰花碱抗肿瘤的潜在的分子机制。方法 采用PharmMapper服务器挖掘木兰花碱潜在的抗肿瘤靶蛋白,通过对潜在靶蛋白参与的生物过程及KEGG通路分析,了解木兰花碱抗肿瘤的可能机制,用Cytoscape软件构建木兰花碱的“化合物-靶点-通路-疾病”相互关联网络。结果 分析结果数据,预测木兰花碱可与238个人源靶蛋白通过多种方式匹配而发挥作用,其中有75个通过20条信号通路参与肿瘤的生物过程。分别是40个靶点参与肿瘤通路,23个靶点参与多聚糖肿瘤通路,15个靶点前列腺癌通路,有13个靶点参与病毒致癌机理,有12个靶点参与化学致癌机理、胰腺癌通路、转录失调的肿瘤通路,10个靶点参与结直肠癌通路、黑色素瘤通路、非小细胞肺癌通路、肾细胞癌通路,9个靶点参与膀胱癌通路、中心碳代谢通路、子宫内膜癌通路、小细胞肺癌通路、慢性髓性白血病通路,8个靶点参与胆碱代谢通路、胶质瘤通路、急性髓性白血病通路,7个靶点参与甲状腺癌通路。主要参与凋亡调控、RNA转录调控、组织代谢、信号转导调控等生物过程中,通过FoxO signaling pathway、Ras signaling pathway、Metabolic pathways、PPAR signaling pathway等信号通路参与抗肿瘤的作用。结论 通过对木兰花碱治疗肿瘤潜在靶点的挖掘,我们推测,其可用于治疗胰腺癌、前列腺癌等多种肿瘤,为后期木兰花碱进一步深入研究提供研究方向及理论支持。     

基于网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化潜在作用机制研究＊

目的 通过网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化的功效物质基础和作用机制。方法 依托TCMSP和TCMID数据库筛选出当归补血汤的活性成分和蛋白靶点,通过GeneCards数据库搜集动脉粥样硬化发病靶点,将成分靶点与疾病靶点取交集筛选出关键靶点;再通过STRING 11.0平台、Omicshare分析平台进行蛋白互作（PPI）网络、GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析,找出核心成分及枢纽基因,通过分子对接,进一步明确其发挥治疗效用的分子机制。结果 筛选得到当归补血汤治疗动脉粥样硬化14个化合物成分,36个关键靶点,GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析筛选得到前20条信号通路,主要集中在炎症、心血管疾病、内分泌和代谢疾病等相关信号通路,分子对接结果显示3种度值较高的活性化合物与四类枢纽靶点蛋白均存在较强的结合作用,异鼠李素和AKT1蛋白结合性最强。结论 当归补血汤中槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心活性成分可通过作用于TNF、IL1B、IL6、AKT1等相关枢纽靶点,调节与炎症、氧化应激、脂质代谢相关的通路,达到治疗动脉粥样硬化的作用。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗肌少——骨质疏松症的作用机制＊

目的 利用网络药理学研究黄芪治疗肌少-骨质疏松症的作用机制。方法 首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、中药靶标、肌少症疾病靶标和骨质疏松症疾病靶标,将肌少症疾病靶标和骨质疏松症疾病靶标取交集,得到肌少-骨质疏松症疾病靶标。将中药靶标与肌少-骨质疏松症疾病靶标取交集,得到中药-疾病靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶标基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果 筛选得到黄芪治疗肌少-骨质疏松症的20个活性成分和10个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与催乳素信号通路、内分泌失调信号通路、雌激素信号通路、乳腺癌信号通路、类风湿性关节炎信号通路、Toll样受体信号通路、胰岛素抵抗信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等有关。结论 基于网络药理学探讨了黄芪治疗肌少-骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药单体开发提供了理论依据。     

基于网络药理学与分子对接研究黄芪-附子治疗慢性心力衰竭的机制

目的：采用网络药理学及分子对接研究“黄芪-附子”药对治疗慢性心力衰竭的作用靶点及其相关信号通路,并进一步分析其治疗慢性心力衰竭的潜在机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、Uniprot数据库等获取黄芪-附子药对的活性成分和作用靶点,并在人类基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM）下载慢性心力衰竭的疾病靶点,筛选出二者的共同靶点,利用String数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）信息,并于Cytoscape 3.8.0构建可视化网络,计算各靶点的Degree值,取其前5位进行分子对接反向验证,进而利用David数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,最后将所有信息输入Cytoscape 3.8.0构建“黄芪附子-活性成分-靶点-通路-疾病”网络。结果：本研究共获得黄芪-附子活性成分41个,慢性心力衰竭靶点13 051个,Degree前5位为AKT1,MAPK1,JUN,TP53,TNF,基于以上信息,构建了PPI网络,该网络主要与转录调控、信号转导、凋亡调控、细胞增殖等生物学过程相关,其KEGG分析主要聚集在HIF-1信号通路,MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路等心力衰竭相关信号通路。结论：黄芪-附子药对可通过AKT1、MAPK1、JUN等多个靶点,通过HIF-1、MAPK等多信号通路对治疗慢性心力衰竭起到积极作用。     

基于网络药理学及Akt1/mTOR自噬通路探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿的作用机制＊

目的 通过网络药理分析及相关的动物实验探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿（Diabetic nephropathy proteinuria，DNP）的作用机制。方法 利用TCMSP数据平台筛选出黄芪中的有效成分和相关靶标，使用GeneCards、OMIM网站数据库在线搜索出DNP的疾病相关靶标，取疾病和药物相同靶标交集，再利用Cytoscape 3.8.2构建药物-效应成分-疾病-靶标相互作用网络，进行拓扑学分析；从Uniprot数据库中获取靶点蛋白的基因名称，利用STRING在线数据库进行靶点蛋白与蛋白互作（Protein-protein interaction，PPI）网络分析；再进行GO功能分析和KEGG通路功能富集分析，推断黄芪减少DNP的机制是否和Akt1/mTOR自噬通路相关，再利用黄芪干预糖尿病肾病动物模型探讨其作用机制是否和预测的一致。结果 黄芪中20种核心化合物有作用靶点174个，DNP相关靶标有1862个，交集靶标有98个，关键效应分子有10个。PPI图显示黄芪发挥效应的目标蛋白主要是AKT1、VEGFA、IL6、CASP3、MAPK1、JUN等。GO分析黄芪药效主要与细胞因子受体结合及其活性、核受体活性、转录因子活性等有关，KEGG分析表明黄芪药效基础主要作用与糖尿病并发症中AGE-RAGE、MAPK、PI3K-Akt等信号通路有关。动物实验显示黄芪能明显改善糖尿病肾病的大鼠的肾功能，尤其改善蛋白尿指标，通过上调足细胞Nephrin蛋白保护了肾小球滤过屏障，减少了蛋白尿的产生（P < 0.05），同时下调了Akt1、总mTOR及其mRNA表达（P < 0.05），从而增强了肾足细胞的自噬活性，也起到减少DNP的作用。结论 网络药理分析显示黄芪可能通过多靶点效应发挥减少DNP作用，潜在的分子机制和Akt1/mTOR自噬通路有关，再经过实验研究说明Akt1/mTOR自噬通路是黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿作用机制之一。     

基于网络药理学及分子对接研究苦参治疗慢性乙型肝炎的作用机制＊

目的 本研究通过网络药理学及分子对接方法研究苦参治疗慢性乙型肝炎的物质基础与分子机制。方法 依据中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选苦参有效化学成分及靶点基因。检索GeneCards数据库及OMIM数据库获取慢性乙型肝炎（CHB）相关靶点基因。采用Cytoscape3.7.2构建苦参治疗CHB的“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并进行拓扑结构分析,利用STRING平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络,通过R 3.6.2进行基因富集分析。依据AutoDock vina将关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得苦参治疗CHB的相关活性成分23个,潜在作用靶点97个。网络分析结果提示苦参可能通过作用于IL-6、ESR1、AR、RELA、PPARG和CASP3 6个核心靶点及相关通路以达到治疗CHB的目的。分子对接预测结果提示关键活性成分与核心靶点稳定结合。结论 本研究初步揭示了苦参治疗慢性乙型肝炎多成分、多靶点、多通路的作用机制,为苦参的临床开发提供基础。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学与分子对接探讨“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接方法探讨中药“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取中药黄芪、当归的有效成分与作用靶点,使用Uniport数据库进行基因ID的注释,在GeneCards、OMIM数据库中查找AMD的相关基因。使用Cytoscape 3.7.2将药物-关键有效成分-疾病靶点网络可视化,在String数据库平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再利用Metascape基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用AutoDock4.2.6软件对关键靶点蛋白及有效成分进行分子对接验证。结果：通过筛选,得到黄芪-当归有效成分22个,与AMD相关的关键有效成分14个,黄芪-当归与AMD的共同基因靶点52个;PPI中核心基因依次为CASP3、IL6、VEGFA、EGFR、ESR1等;GO功能富集得到1 064个条目,生物学过程主要涉及细胞凋亡、对类固醇激素的反应、活性氧代谢、对脂多糖的反应等;KEGG富集分析后得到119条信号通路,与癌症的通路、流体剪切力与动脉粥样硬...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制

目的：借助网络药理学和分子对接技术探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪的活性化合物并预测其作用靶点,借助Cytoscape 3.7.2软件构建黄芪活性成分-靶点网络图;以“slow transit contipation”为关键词在OMIM及GeneCards数据库检索慢传输型便秘相关靶点,并与黄芪化合物作用靶点取交集,将共同靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PPI导入Cytoscape 3.7.2进行拓扑分析;利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析预测其作用机制;通过Swiss Dock在线分子对接工具对关键靶点进行分子对接。结果：黄芪筛选得到20个活性成分,对应作用靶点189个,与慢传输型便秘的共同靶点143个,交集String数据库和Cytoscape 3.7.2拓扑分析度值靠前的靶标为血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝氨酸苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-6(IL-6)。GO功能富集分析得到生...     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学联合分子对接探析强精片治疗男性不育症的分子机制＊

目的 通过网络药理学及分子对接技术探析强精片治疗男性不育症的有效成分和潜在分子机制，并对不育症模型小鼠进行相关作用靶点的实验验证。方法 使用中药系统药理学分析平台（TCMSP）收集强精片的活性成分和潜在靶点，利用Genecard数据库筛选男性不育症的疾病靶点；然后将疾病靶点与药物预测靶点取交集，借助Cytoscape3.7.2软件构建交集靶点网络以及蛋白质-蛋白质相互作用网络，利用Bioconductor平台和R语言进行GO和KEGG富集分析。采用氯化镉注射造模不育症小鼠模型，采用HE染色、电镜观察睾丸结构，qPCR检测Pi3kcb、Akt1表达量，探讨强精片治疗不育症的潜在机制。并将药物活性成分与疾病靶点进行分子对接，探讨潜在作用成分及靶点机制。结果 共获得109个强精片活性成分及286个可用于后续分析的靶点，476个男性不育症靶点，映射得出69个药物-疾病共同靶点。GO分析提示主要与营养、抗氧化、对类固醇激素反应等生物过程及功能相关。KEGG通路分析提示主要与PI3K-Akt、TNF、内分泌抵抗等信号通路相关，PI3K-Akt是核心信号通路。强精片可以改善不育症模型小鼠睾丸结构，提高Pi3kcb、Akt1 mRNA表达。强精片中活性成分槲皮素、木犀草素、山奈酚、β-谷固醇、花生四烯酸与靶标蛋白MAPK1、AKT1、HSP90AA1、IL6、ESR1结合稳定。结论 本研究初步明确了强精片治疗男性不育症的主要靶标和通路，为后续深入研究提供一定参考。