首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 78 毫秒
1.
目的 基于癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析腺瘤性结肠息肉病基因(adenomatous polyposis coli 2,APC2)的表达水平,评估其在结肠癌患者中的诊断及预后价值.方法 从TCGA数据库中下载所有结肠腺癌(colon ad-enocarcinoma,C...  相似文献   

2.
目的 以熔解曲线法测定4株肺癌细胞株和肺癌病人APC基因启动子区的甲基化模式.方法 以脐血淋巴细胞DNA及其转甲基后的DNA经化学修饰、克隆测序的质粒,作为完全非甲基化和完全甲基化标准品.设计通用引物,采用加入荧光染料SYBR Green I的荧光定量PCR法扩增包含21个CpG位点的APC基因启动子区的目的序列,以熔解曲线法通过与完全非甲基化和完全甲基化标准品的Tm值比较,确定四株肺癌细胞株(NCI-H446,NCI-H460,SPCA1,NCI-H520)在该区段的甲基化模式,并通过克隆测序验证.同时测定两例肺癌患者癌组织中APC基因启动子区甲基化模式.结果 四株肺癌细胞株中,NCI-H446,SPCA1和NCI-H520的Tm值与完全非甲基化标准品的Tm值相同,而NCI-H460的Tm值有两个,分别与完全非甲基化和完全甲基化标准品的Tm值吻合,并经克隆测序验证.两例肺癌患者癌组织的Tm值位于完全非甲基化和完全甲基化标准品的Tm值之间.结论 小细胞肺癌细胞株NCI-H446,肺腺癌细胞株SPCA1和肺鳞癌细胞株NCI-H520的APC基因启动子区为完全未甲基化型,而大细胞肺癌细胞株NCI-H460APC基因启动子区甲基化模式为等位基因杂合型.两例肺癌患者癌组织中的APC基因启动子均为部分甲基化型.熔解曲线法是简单、经济和实用的甲基化模式检测方法.  相似文献   

3.
抑制lrp16基因表达药物的生物信息学筛查   总被引:1,自引:1,他引:0  
本研究通过分析lrp16基因启动子的DNA序列,在负性调控功能区内寻找顺式元件,为筛选有抑制lrp16基因表达的药物奠定基础。以人类基因组数据库和计算机互联网为平台,钓取lrp16基因5’侧翼区3000bp非编码DNA序列和mRNA序列中的ORF序列;利用TESS和Genomax等在线启动子分析软件在人类转录因子数据库中搜索可能存在的顺式结构;利用SAGE和GEO数据库对影响lrp16基因表达的相关药物作用进行分析。结果发现,lrp16基因在长度为3000bp的启动子区内,在负向表达调控区域存在多个顺式结构,其中包括T—Ag、Pu.1、c—Ets、XPF-1、AP2αA、IL6-6RE和RAR。培养的体外细胞系在激素类物质皮质酮、他莫昔芬、毛喉素或去氧肾上腺素、炎性细胞因子IL4或TNFα或化疗药物5-氟尿嘧啶的作用下,lrp16基因的表达水平明显下降。结论:T—Ag、PU.1、c—Ets、XPF-1、AP2αA、IL6—6RE和RAR等转录因子可能抑制lrp16基因的表达;激素类物质皮质酮、他莫昔芬、毛喉素或去氧肾上腺素,炎性细胞因子IL6、IL4或TNFα,或化疗药物5-氟尿嘧啶可能具有抑制lrp16基因表达的作用。  相似文献   

4.
目的探讨结肠息肉合并2型糖尿病的患病率,了解合并2型糖尿病患者结肠息肉病理分型的变化。方法将78例结肠息肉患者按是否患糖尿病进行分组,观察两组患者结肠息肉的病理类型。结果结肠息肉合并2型糖尿病的比例达26.9%,合并2型糖尿病组患者腺瘤型息肉及大肠癌的发病率明显升高,差异有统计学意义。结论结肠息肉合并2型糖尿病的比例较高,该类患者发生结肠腺瘤及结肠癌的发病率较高。  相似文献   

5.
老年人结肠息肉临床及病理特点分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的:探讨结肠息肉临床特点及病理类型与年龄、发病部位之间的关系.方法:收集我院老年病区近6年来电子结肠镜检出结肠息肉患者,进行回顾性分析,比较老年组(60岁以上)与中青年组(60岁以下)结肠息肉的特点,分析结肠息肉临床特点及病理类型与年龄、部位之间的关系.结果:5 291例受检者中共检出结肠息肉1 570例,有血便或大便隐血试验阳性者占37.5%,有大便习惯改变者51.7%,有腹痛者21.3%.老年组结肠息肉的患病率(37.3%)显著高于中青年组(22.7%),P<0.05,两组中腺瘤性息肉的患病率均明显高于其他病理类型息肉(P<0.01),而且老年组腺瘤性息肉的患病率(65.0%)明显高于中青年组(42.8%),P<0.01.两组左半结肠息肉的患病率均高于右半结肠(P<0.01).结论:老年人结肠息肉患者78.4%伴有血便或大便隐血试验阳性、大便习惯改变及腹痛等临床表现.老年人结肠息肉的患病率明显高于中青年人,且以腺瘤性息肉为多发,好发部位为左半结肠.  相似文献   

6.
目的探讨淋巴结转移数目对行手术治疗的结肠癌患者预后的影响。方法回顾性分析2005年1月2007年12月符合筛选标准的148例行手术治疗的结肠癌患者的临床和随访资料,按照淋巴结转移数目进行分组:N0组(0枚)91例、N1组(1~3枚)41例、N2组(≥4枚)16例,采用Kaplan-Meier法进行生存分析,用Log-rank比较3组术后3年生存率,等级资料采用秩和检验,用χ2检验进行两两比较术后3年局部复发率、远处转移率和死亡率情况。结果 N0、N1、N2 3组的术后3年生存率分别为88.1%、71.4%、61.1%,3组生存率差异有统计学意义(P=0.003);N0、N1、N2 3组的总体局部复发率、远处转移率和死亡率的差异有统计学意义(P=0.006,0.001,0.005)。结论淋巴结转移数目是结肠癌患者术后3年生存情况的危险因素,无淋巴结转移的患者术后3年生存情况明显比有淋巴结转移者好。  相似文献   

7.
目的 利用GEO数据库通过生物信息学分析方法探讨急性髓系白血病(AML)发病的潜在关键基因和信号通路.方法 以acute myeloid leukemia为检索关键词在GEO数据库查找符合要求的基因表达微阵列芯片数据,运用R语言Limma程序包进行差异表达基因的筛选,并用DAVID工具对筛选出的基因进行GO富集和K...  相似文献   

8.
摘要:目的 构建和评估结肠癌预后模型,探索肿瘤免疫微环境的特征,并分析其在结肠癌的免疫治疗中的作用。方法 从 癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中下载结肠癌及其正常组织数据作为训练数据集,从基因表达综合数据库 (Gene Expression Ominibus,GEO)中下载结肠癌及其正常组织数据作为验证数据集,从免疫学数据库和分析平台(Immunology Database and Analysis Portal,Immport)中下载免疫相关基因列表。基于以上数据集,利用生物信息学的方法构建并验证预后 风险模型。另外,基于预后风险模型进行肿瘤样本分组,探讨高风险评分组和低风险评分组的肿瘤浸润水平差异、肿瘤突变 负荷(tumor mutation burden,TMB)和免疫检查点抑制剂相关靶点的表达水平差异。结果 构建的预后模型 ROC 曲线下面积 (AUCROC )在3 年时为0.668,4 年时为0.699,5 年时为0.696。此外,低风险评分与良好的预后显著相关(P<0.000 1),而高风险 评分与较高的肿瘤分期显著相关(P<0.05),并在验证数据集中得到进一步验证。同时,构建的列线图模型的 C index 从0.63 增加至 0.75。基于建立的预后风险模型,高风险组的免疫治疗相关靶基因的表达水平显著升高(P<0.05),有 6 种免疫细胞的 浸润程度在高风险组和低风险组中的差异有统计学意义(P<0.05)。同时,较高的 TMB 与较差的预后显著相关(P<0.05)。结 论 构建的结肠癌预后模型在评估结肠癌患者复发风险分层、肿瘤分期等方面具有潜在的临床意义,有助于结肠癌的肿瘤免 疫微环境的探索及结肠癌患者的免疫治疗。  相似文献   

9.
目的 探讨谷胱甘肽还原酶(Glutathione reductase, GSR)对结肠恶性肿瘤代谢的影响及其对结肠癌患者的预后价值。方法 通过蛋白组学差异分析获得结肠癌组织和正常结肠上皮组织的差异蛋白,并通过富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析鉴定代谢通路中的关键蛋白,进行生存分析和临床信息相关性分析。收集120例结肠癌患者手术病理标本制作组织微阵列芯片,进行免疫组织化学染色。结果 蛋白组学差异分析共鉴定出1 209个差异表达蛋白。KEGG富集分析显示,差异蛋白显著富集于代谢通路,共富集144个蛋白。PPI分析显示ADH1A、ADH1B、ADH1C、ADH5、ALDH18A1、ALDH3A1、GSTA1、GSTA2、HPGDS、GSR是结肠癌差异蛋白代谢通路中的关键蛋白。GEPIA2生存分析显示,GSR影响结肠癌患者的总生存期(P=0.0 017,HR=0.45)。UALCAN数据库分析显示,GSR高表达的结肠癌患者N分期、总分期更低,TP53突变率更低。组织微阵列芯片免疫组化结果显示GSR在正常结肠上皮组织中表达水平最高,在合并肝转移的结肠癌组织中表达水平最低,在未合并肝转...  相似文献   

10.
目的 探讨腺瘤样结肠息肉易感基因(APC)及结直肠癌缺失基因(DCC)基因甲基化在肺癌早期诊断的意义。方法 对245例肺癌患者、150例非恶性肺病患者和40例健康志愿者抽取晨起空腹外周血,应用甲基化特异性PCR法检测APC和DCC启动子区甲基化状态。并对其与临床病理特征等进行相关性分析。结果 ①肺癌组患者外周血中APC及DCC启动子甲基化阳性率分别为26.53%(65/245)和36.33%(89/245); 非肺癌组患者外周血中APC及DCC启动子甲基化阳性率分别为2.67%(4/150)和8.00%(12/150); 健康志愿者外周血中APC及DCC启动子甲基化阳性率为0; 肺癌组与非肺癌组、健康志愿者组相比,APC和DCC基因甲基化检测结果比较,差异均有统计学意义(P<0.01)。②APC及DCC基因甲基化联合检测,诊断肺癌灵敏度为52.65%,特异度为89.33%,联合检测与单独APC检测相比,敏感度与特异度差异均有统计学意义(P<0.01); 联合检测与单独DCC检测相比,敏感度有统计学差异(P<0.01),但是特异度差异不明显(P>0.05); ③甲基化检测结果与患者性别、年龄、病理类型、病理分化程度、临床TNM分期等没有相关性(P>0.05)。结论 APC和DCC基因甲基化与非小细胞肺癌的发生发展密切相关,可以作为肺癌早期诊断标志物之一。  相似文献   

11.
摘要:目的﹑检测并分析血培养大肠埃希菌的耐药特点,种系分型和毒力基因分布。方法收集我院2019年1月1日至2020年12月13日连续且非重复血培养大肠埃希菌。采用微量肉汤法测定大肠埃希菌对17种抗菌药物的敏感性;水煮法提取细菌基因组DNA,采用PCR法检测arpA ,chuA ,yjaA 、T''spE4C2 、ArpAgpE和trpAgpC基因以确定细菌的种系分型;采用多重PCR法检测毒力基因iutA fimHl fyuA ,.kpsMT''Ⅱl .cnfl cxac ,hlyA ,traT kpsMT Ⅲ和PAl;使用卡方检验分析种系分型之间的耐药率及毒力基因分布差异。结果270株血培养大肠埃希菌对头孢曲松,复方新诺明、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦,头孢唑林和环丙沙星的耐药率较高,均大于50.0%;对亚胺培南,厄他培南,阿米卡星和哌拉西林/他唑巴坦的敏感性较高,耐药率均低于5.0%。在种系分型方面,最常见的型别是B2型和D型,分别占总数的38.0%和16.2% ,而E型和隐分支I型占比<1.0% ,较为少见。毒力基因分析发现,fimH和fyuA基因的分布率最高,均在99.0%以上, 而 hpsMTⅢ、hlyA和cvalC3种基因的分布率较低,均低于20.0%。卡方检验显示,毒力基因iutA fimHl fyuA ,krsMTl,cnfl PAI在B型的分布显著高于非B2型(P<0.05) ,且B2型携带的iutA fyuA ,kpsMT Ⅱ cnfl PAI基因显著高于D型(P<0.05)。结论―在治疗引起血流感染的大肠埃希菌时,应慎用头孢曲松、复方新诺明,氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦,头孢唑林和环丙沙星等药物。血流感染的大肠埃希菌为B2型时,应同时进行中段尿培养以确认感染源并监测治疗的成功率。  相似文献   

12.
目的分析结直肠癌(CRC)组织N-Myc下游调节基因2(NDRG2)和糖链抗原19-9(CA19-9)表达与患者预后的相关性。方法选择2013年5月至2014年5月本院接收的66例CRC患者为研究对象,用免疫组化法测定患者术中所得肿瘤组织和癌旁正常组织标本中NDRG2和CA19-9的表达情况,并分析其与患者病理特征和预后的关系。结果癌变组织NDRG2阳性表达率显著低于癌旁正常组织,CA19-9阳性表达率显著高于癌旁正常组织(P<0.05)。肿瘤病灶Dukes分期晚、分化程度低、淋巴或肝转移者NDRG2阳性占比均低于Dukes分期早、分化程度中高、非淋巴或肝转移者,CA19-9阳性占比高于Dukes分期早、分化程度中高、非淋巴或肝转移者(P<0.05)。NDRG2阳性者和CA19-9阴性者累计生存时间明显长于NDRG2阴性者和CA19-9阳性者(P<0.05)。结论 CRC瘤体中NDRG2低表达,CA19-9高表达,且其表达与患者病理分期、分化程度、淋巴或肝脏是否转移有关。  相似文献   

13.
摘要:目的比较细 胞色素P450( cytochrome P450, CYP450)的同工酶CYP2C19在高原世居藏族和移居汉族人群中的不同基因型及等位基因分布特点,为高原地区抗血小板药物氯吡格雷使用前是否进行基因检测提供依据。方法选取2021年1 月 至12月在西藏自治区人民医院就诊的藏、汉人群(分别为200例、120例),采用荧光定量PCR检测藏、汉人群CYP2CI9基因多态性,并比较高原地区藏、汉人群基因型和代谢型的分布特点。结果CYP2CI9 在高原地区藏、汉人群中*1/*1.* 1/ *2. *1/*3. *2/*2.*2/ *3、*3/*3基因型分布频率分别为49% .36.5%、6.5% .7.5% .0.5% .0%和47.5%、39%.4% .6%、2.5%、1%,等位基因*1、*2. *3分布频率分别为70.5%、26% .3.5%和69.1%、26.7% .4.2%,两组间基因型和等位基因分布差 异无统计学意义(P>0.05);快代谢(EM,*1/ *1)、中间代谢(IM, * 1/ *2. *1/ *3)、慢代谢(PM, *2/ *2、*2/*3. *3/ *3)分布频率分别为49%、43% .8%和47.5% .42.5%、10%,两组间差异亦无统计学意义(P>0.05)。结论高原世居藏族人群中 CYP2C19基因代谢型和基因型与移居汉族人群比较无差异,且中间代谢型及慢代谢型人群占比超过50%。在高原地区藏、汉人群中使用氯吡格雷之前有必要进行CYP2CI9基因型检测,并根据基因型结果调整用药。  相似文献   

14.
目的 研究重组腺病毒介导RECK基因转染大肠癌细胞后基因的表达情况,并观察转染细胞浸润能力变化。方法 构建了RECK基因的复制缺陷型重组腺病毒载体adRECK ,以adRECK转染大肠癌癌细胞株后,用RT PCR法检测RECK基因在大肠癌中的表达。并用Boyden小室测试转染细胞的侵袭性。结果 RECK基因在转染细胞中有效的表达。被转染细胞浸润能力明显下降。结论 重组腺病毒介导RECK基因能够在大肠癌细胞中有效的表达,转染病毒的大肠癌浸润能力明显下降。  相似文献   

15.
目的 探讨1例骨硬化症患儿的临床特点及遗传学病因,提高临床医师对遗传性恶性骨硬化症的认识.方法 收集患儿及父母的外周血标本进行生化指标检测及基因组DNA抽提;应用全外显子组高通量测序技术进行基因检测,Sanger测序进一步验证突变位点,并对数据进行分析;结合患儿病史及体征,分析其临床病理参数.结果 全外显子组测序结合S...  相似文献   

16.
摘要:目的﹐分析多黏菌素耐药大肠埃希菌的耐药机制、药敏特点及其同源性,为有效预防和控制其暴发及流行提供分子流行病学依据。方法收集2016年5月至2022年6月分离自临床的多黏菌素耐药大肠埃希菌,应用PCR技术筛选移动性多黏菌素耐药基因(mobile colistin resistance ,MCR) ,采用微量肉汤稀释法测定最小抑菌浓度。收集患者的临床资料,利用脉冲场电泳技术(PFGE)对收集到的菌株进行同源性分析并对其中Ⅰ株进行全基因组测序分析。结果﹐分离并鉴定出4株携带有MCR-I基因的多黏菌素耐药大肠埃希菌,4株菌株除了对替加环素均敏感外,对于临床常见的绝大多数抗生素均表现出不同程度的耐药。临床资料分析均未发现患者有多黏菌素使用史。该4株菌可分为2种类型,其中A型3株,B型1株。对其中1株菌进行全基因组测序分析发现MCR-I基因位于约70 kb的质粒上。结论﹐携带MCR-I基因的多黏菌素耐药大肠埃希菌具有克隆传播的潜在威胁,对临床常见抗生素均表现出较高的耐药性,为临床治疗带来极为严重的挑战,需要加强防护措施,防止其暴发流行。  相似文献   

17.
摘要:目的 检测乳腺癌患者血清tRNA衍生物tRF-17-79MP9PP(tRF-17)的表达水平,并分析其与患者预后的相关性。方法选取2016年6月至2019年12月本院收治并确诊的T0例乳腺癌患者及25例健康人对照组的血清标本,记录患者的临床资料和数据。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测两组血清tRF-17的表达水平;绘制ROC曲线并分析tRF-17对乳腺癌的临床筛查价值;采用Spearman 相关分析tRF-17与血液炎症指标以及肿瘤标志物的相关性,随访截止日期为2023年4月,使用单因素和多因素COX回归分析乳腺癌预后不良的影响因素。结果﹐与健康人对照组的14.09(5.14,21.34)相比,乳腺癌患者血清tRF-17的表达水平[3.99(0.70,10.46)]显著降低,差异有统计学意义(Z=-3.575,P<0.01 ) ;其筛查乳腺癌的ROC曲线下面积(AUC%)为0.742(95%C1 ;0.635~0.849,P<0.01)。tRF-17高表达组乳腺癌患者的平均生存时间显著高于低表达组(75.97个月vs 56.06个月, log-rank P<0.01)。COX比例风险模型分析提示,淋巴结转移和血清tRF-17表达水平均是影响患者预后的独立危险因素(HR=1.723,95%C1,1.084~2.739,P<0.05 ;HR=0.189,95%CI,0.041~0.862,P<0.05)。结论―乳腺癌患者血清tRF-17呈低表达,其表达水平是影响乳腺癌患者预后的独立危险因素,或可成为一种评估患者预后的生物学标志物。  相似文献   

18.
目的观察含NKG2D-IL-21融合基因的重组表达载体转染结肠癌细胞后对NK细胞活化的影响。方法首先利用DNA限制性内切酶鉴定插入真核表达载体(pcDNA3.1-NKG2D-IL-21)的NKG2D和IL-21基因序列,并通过脂质体介导质粒转染结肠癌细胞株CT-26。流式细胞术胞内染色法检测CT-26内NKG2D-IL-21融合蛋白的表达,酶联免疫吸附实验鉴定细胞培养上清NKG2D-IL-21蛋白的含量。最后将经基因转染的CT-26细胞与小鼠脾脏NK细胞共培养,流式细胞术检测NK细胞表面活化性受体CD69的表达。结果 NKG2D-IL-21融合基因稳定插入pc DNA3.1载体。CT-26细胞经外源性NKG2D-IL-21融合基因转染后,表达含有NKG2D和IL-21的融合蛋白。分泌NKG2D-IL-21融合蛋白的CT-26细胞具有明显促进NK细胞表达CD69的活性。结论重组pcDNA3.1-NKG2D-IL-21真核表达载体可作为一种新型DNA疫苗。  相似文献   

19.
摘要:目的对1 个扩张型心肌病的家系进行遗传学分析,探讨其致病性基因变异位点,为遗传咨询提供数据支持。方法收集该家系现存成员的临床资料和外周血,采用外周血DNA提取试剂盒提取白细胞基因组DNA,采用全外显子组二代测序技术筛选出与扩张型心肌病相关的可疑致病性变异,用Sanger 测序对变异位点进行验证,结合家系共分离分析及多种生物信息学方法(如UniProt、PolyPhen-2和Mutation taster 、ANTHEPROT PyM0L等)综合验证和预测该变异的有害性,并根据ACMG指南对该变异位点进一步解读。结果该扩张型心肌病家系符合常染色体显性遗传模式,患病成员均携带结蛋白基因(desmin,DES) ,是未曾报道过的一种杂合错义新突变DES c. 140G>T( p.Ser471le)。生物信息学预测结果显示,该突变可改变蛋白质的二级结构,增加其疏水性并使其抗原性下降,还可使该位点原有的氢键和潜在的磷酸化位点丢失。根据ACMG指南可将该突变解读为可能致病的变异。结论新发现的 DES基因c.140G>T(p.Ser47le)变异可能是该常染色体显性遗传家系的致病原因,该家系患者出现临床表型的时间相对较早且预后不良,突变的检测有助于患者早期诊断与个性化的临床管理及治疗。  相似文献   

20.
摘要:目的开发一种基于临床表型的致病基因排序方法,提高致病基因检出的准确性。方法基于人类表型 本体( human phenotype ontology, HPO) 所生成的有向无环图中的拓扑信息,计算给定表型组与疾病表型间的相似度,建立致病基因排序新 方法;利用3075例模拟数据和385例已确定致病基因的外显子测序数据,分别进行模拟分析和效果验证。结果对比新方 法与5种已有方法的结果显示,在无噪声数据和不准确数据的模拟数据集中,新方法性能与3种已有方法差异无统计学意义。 在有噪声数据的模拟数据集中,新方法具有较高的敏感性,其对应疾病排名在候选列表第一、前五、前十、前二十位的百分比 分别为19.31%、37.85%. .47.90% 58.04%,均显著高于4种已有方法;在真实外显子测序数据中,新方法的对应致病基因排名 在候选列表第一、前五、前十、前二十位的百分比分别为41.56%、51.43%、58.18% .64.68%, 其敏感性高于其他方法( P<0.001)。 结论建立 了一种基于临床表型的致病基因排序方法,该方法具有较高的敏感性,有望提高外显子检测中致病基因筛查的准 确性。  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号