基于网络药理学的升麻治疗乳腺癌作用机制研究

目的 通过构建升麻Cimicifugae Rhizoma化学成分-靶点-代谢信号通路网络，探讨其治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和PharmMapper获取升麻化学成分与作用靶点，将其与乳腺癌疾病靶点取交集得到升麻治疗乳腺癌的作用靶点，进一步利用靶点-成分反向筛选得到治疗乳腺癌的升麻潜在活性成分；通过GeneMANIA数据库获取间接靶标和“蛋白-靶点”互作网络，并通过蛋白-蛋白相互作用筛选关键靶标；采用Cytoscape构建“成分-靶点”网络图，使用分子对接将潜在活性成分和关键靶标配对，以证实前期靶标筛选和反向药效团匹配的可靠性；通过DAVID网站对作用靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，利用R语言和在线绘图网站（omishare tools）将结果可视化。结果 获得升麻潜在活性成分共68个，与乳腺癌相关疾病靶点48个，关键靶点为ESR1、SRC和HRAS。GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目484条，细胞组成（CC）条目7条，分子功能（MF）条目75条。KEGG通路富集筛选获得到21条信号通路。分子对接结果显示关键靶标与升麻潜在活性成分匹配性较好。结论 升麻主要通过作用于ESR1、SRC、HRAS等靶点，调节癌症通路、蛋白多糖通路和雌激素信号通路等起到治疗乳腺癌的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术新疆阿魏抗癌作用机制探讨

目的 采用网络药理学与分子对接技术探讨新疆阿魏Ferula sinkiangensisk抗癌的作用机制。方法 通过SymMap和SwissTargetPrediction 数据库筛选新疆阿魏的成分和靶点信息。利用 Genecards 数据库输入“cancer”关键词检索疾病的靶点;利用韦恩图获取药物-疾病的交集靶点,并借助STRING平台获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库对药物-疾病的交集靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“活性成分-靶点-通路”网络图。利用 AutoDock软件对筛选出的主要活性成分及关键靶点进行分子对接实验,验证其结合活性。结果 获取新疆阿魏化学成分34个,对应靶点537个,通过筛选获得癌症靶点1 155个,药物-疾病的交集靶点134个。GO功能富集分析共获取331条条目（P＜0.05）,其中生物过程（BP）249条,细胞组成（CC）31条,分子功能（MF）51条。KEGG通路 133条,并建立活性成分-靶点-通路网络,分子对接实验表明活性物质阿魏酸、法尼斯淝醇 A、法尼斯淝醇 C、柠檬烯和 β -蒎烯与关键靶点 CCND1、JUN、CXCL8、PIK3CA 均具有较好的结合能 力 。 结论 新疆阿魏中阿魏酸、法尼斯淝醇 A、法尼斯淝醇 C、柠檬烯和 β-蒎烯等化学物质,通过 CCND1、JUN、CXCL8和PIK3CA等靶点,调节PDL-1表达和PD-1免疫检查点通路、IL-17信号通路、雌激素信号通路和PI3K-Akt信号通路等发挥抗癌作用。     

基于体内暴露及网络药理学探讨鞣花酸干预胃肠道出血的作用机制

目的 基于超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术对口服给药鞣花酸后大鼠体内暴露成分进行分析鉴定,结合网络药理学探讨鞣花酸及其体内暴露成分治疗胃肠道出血(gastrointestinal bleeding,GIB)的作用机制。方法 采用UPLC-Q-TOF-MS鉴定大鼠口服鞣花酸后的外源性代谢产物,利用PharmMapper、SwissTargetPrediction数据库预测鞣花酸体内暴露成分的潜在作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK数据库收集GIB相关疾病靶点,进一步筛选出成分与疾病的交集靶点;通过STRING 11.0数据库构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,借助CytoScape 3.8.2软件对PPI网络进行可视化分析,筛选核心作用靶点;采用Metascape分析平台对交集靶点进行GO分析和KEGG富集分析,并通过CytoScape 3.8.2软件构建成分-靶点-通路图。最后,基于AutoDockVina 1.1.2软件进行分子对接计算,验证化学成分与核心靶点的靶向关系。结果 基于UPLC-Q-TOF-MS分析,鉴定了鞣花酸体内暴露成分,包括鞣花酸原型成分及10个尿石素类代谢物,通过网络药理学预测,发现其潜在作用靶点500个,以及GIB相关靶点1 117个。SRC、PIK3R1、HRAS等为PPI网络的核心靶点。KEGG富集结果发现,该类成分主要涉及PI3K-Akt信号通路、抗EGFR酪氨酸激酶抑制剂通路、黏着斑信号通路等相关通路,GO富集分析主要涉及激酶活性调节、蛋白质丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性、蛋白质磷酸化等。分子对接结果显示,11个成分与6个核心靶点均有较好的结合活性。结论 鞣花酸体内暴露成分可能通过减少氧化应激,抑制炎症反应等发挥止血作用,为含有鞣花酸类相关中药治疗GIB的物质基础及作用机制研究提供科学依据。     

基于网络药理学和分子对接的苦参抗乳腺癌潜在机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接的方法分析苦参抗乳腺癌的主要活性成分及潜在分子机制。方法 采用TCMSP、ETCM数据库和查阅国内外文献收集筛选苦参化学成分，通过Swiss Target Prediction 数据库对有效活性成分的靶点进行预测，通过GeneCards、TTD、Drugbank、OMIM收集乳腺癌相关靶点，根据Venny 2.1.0软件筛选出苦参抗乳腺癌疾病靶点；采用Cytoscape软件构建苦参-核心活性成分-靶点网络图，用 STRING数据库分析共有靶点，构建PPI网络图，通过DAVID数据库和Hiplot平台对关键靶点蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，并采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接，同时采用分子生物学方法对关键靶点进行验证。结果 从苦参中共筛选出结构明确的活性成分36个，筛选出70个苦参抗乳腺癌的疾病靶点，其中EGFR、AKT1、ESR1、SRC、CYP19A1、AR、ABCB1等12个核心靶点参与乳腺癌中内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、雌激素等信号通路，且核心成分与关键靶点AR之间的结合能最高。体外细胞实验显示，苦参提取物可抑制乳腺癌细胞的增殖，诱导细胞凋亡，上调AR蛋白的表达。结论 苦参通过多成分作用于多靶点和多个信号通路，调节复杂的生物过程发挥抗乳腺癌的作用，苦参对AR蛋白的上调可能成为治疗乳腺癌新的治疗策略。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术预测三七治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法 在TCMSP数据库筛选三七有效活性成分及作用靶点，构建三七“活性成分–靶点”网络。在GeneCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关靶点，取药物与疾病交集靶点，利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络，通过Cytoscape 3.8.2软件构建“成分–靶点–疾病”网络图，并使用R软件进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。MOE软件对有效成分与潜在靶点作分子对接验证。结果 共筛选三七治疗腰椎间盘突出症的有效活性成分8个、有效药物靶点33个，其中前列腺素内过氧化物合酶、半胱氨酸蛋白酶-3、基质金属蛋白酶9、细胞趋化因子2等靶点基因可能起着关键作用。GO富集分析选取43个条目，主要包括对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；膜筏、膜微区等细胞组分；内肽酶活性、细胞因子受体结合等分子功能。KEGG通路富集分析获得了涉及炎症、细胞凋亡、代谢、免疫、肿瘤等102个条目，其中IL-17信号通路起着关键作用。分子对接结果表明三七主要有效活性成分与核心靶点有较强的结合能力。结论 三七通过多途径、多靶点发挥治疗腰椎间盘突出症的作用。     

基于网络药理学探讨舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的网络调控机制。方法 选取舒肝宁注射液中19个代表性化学成分为研究对象,通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库,获得化合物潜在作用靶点。利用DisGeNET、GeneCards数据库检索乙型病毒性肝炎的疾病相关靶点,利用Venny平台获取化合物作用靶点与疾病靶点的交集靶点为舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎潜在作用靶点。进一步对靶蛋白进行蛋白相互作用（PPI）网络分析、Cluster模块分析、基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。在PPI核心靶点网络分析基础上进一步通过分子对接方法验证网络药理结果。结果 获得19个成分的173个舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的潜在作用靶点,并可作用于SRC、HSP90AA1、ERS1、PIK3CA、HRAS等核心靶点,调节乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、VEGF、TNF、PI3K/Akt等信号通路。分子对接结果表明,舒肝宁注射液与乙型病毒性肝炎信号通路关联的活性成分与相关靶点可自发结合。结论 舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的机制可能是通过多组分多靶点干预乙型肝炎信号通路起作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹参治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 利用网络药理学、分子对接技术，筛选并分析丹参治疗缺血性脑卒中（CIS）的关键化合物、作用靶点、生物学功能及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库检索丹参的活性成分及作用靶点，在GeneCards、NCBI和OMIM数据库中获取CIS的靶点，并将药物和疾病交集后的靶点输入STRING数据库，构建蛋白质相互作用网络，利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络。通过Bioconductor进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2将得到的关键活性成分和核心靶点进行分子对接，运用Pymol和Ligplot软件对结果进行可视化。结果 从丹参中共筛选出65个活性成分和108个对应靶点，以及CIS交集后获得靶点87个，其中度值大于50的靶点有6个，包括AKT1、IL6、FOS、VEGFA、MAPK1、EGFR，即本研究的核心靶点。GO功能富集分析得到GO条目124个（P<0.05），KEGG通路富集分析筛出134条信号通路（P<0.05），以PI3K-AKT信号通路所占靶点数目最多。构建的药物-化合物-作用靶点-疾病网络显示，木犀草素、丹参酮Ⅱ_A等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用；分子对接结果显示，木犀草素、丹参酮Ⅱ_A与6个核心靶蛋白均具有较好的亲和力（结合能远小于-5 kJ/mol）。结论 丹参的主要活性化合物，包括木犀草素、丹参酮Ⅱ_A等，可作用于AKT1、IL6、FOS、VEGFA、MAPK1、EGFR等核心靶点，共同参与调节PI3K-AKT等多条信号通路，发挥抑制细胞凋亡、抗炎、神经保护等作用，可能是丹参治疗CIS的潜在机制。     

基于网络药理学探讨川芎嗪与阿魏酸抗动脉粥样硬化的作用机制

目的 采用网络药理学方法预测川芎嗪与阿魏酸抗动脉粥样硬化（AS）的药理作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、Swisstargettion和STITCH数据库筛选川芎嗪与阿魏酸的靶标基因,利用OMIM、Genecards、Drugbank数据库查找AS的相关靶标蛋白,运用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并通过DAVID数据库对核心靶点基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后使用Autoduck分子对接软件对网络药理学结果进行初步的验证。结果 最终筛选出川芎嗪与阿魏酸作用于AS的靶点47个。GO分析得到生物过程（BP）条目170个,细胞组分（CC）条目29个,分子功能（MF）条目47个。KEGG富集分析结果显示有50条通路与AS相关,主要包括低氧诱导因子信号通路、花生四烯酸新陈代谢、脂肪细胞因子信号通路等。VEGFA、TNF、PTGS2、EGFR、MAPK8、TLR4编码的蛋白作为靶点分别与川芎嗪和阿魏酸进行对接,对接结果良好。结论 川芎嗪和阿魏酸主要通过多靶点协作调控多种信号通路共同参与到抑制炎症反应的过程,从而达到治疗AS的目的。     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片分析法探讨糖痹外洗方治疗糖尿病足的作用机制

目的 基于网络药理学结合GEO数据库多芯片研究糖痹外洗方治疗糖尿病足相关疾病的潜在治疗靶点及可能作用机制。方法 采用TCMSP、TCMIP、TCMID、HERB数据库筛选糖痹外洗方化学成分及作用靶点。在GEO数据库中检索糖尿病足及相关疾病差异表达基因,汇总得到糖尿病足靶点。使用微生信在线作图平台对疾病靶点和化学成分靶点取交集,并构建交集靶点蛋白互相作用（PPI）网络。采用Metascape平台工具对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。根据分析结果,选取度值排名靠前的化合物和蛋白,使用AutoDock Vina进行分子对接。结果 共得到糖痹外洗方活性成分99个,成分靶点427个,糖尿病足靶点2 217个,交集靶点64个。关键靶点蛋白主要有表皮生长因子受体（EGFR）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）、环加氧酶2（PTGS2）、Janus激酶2（JAK2）、基质金属蛋白酶1（MMP1）等,关键成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素等。GO功能富集分析得到665个生物过程、30个细胞组分、80个分子功能。KEGG通路富集分析共得到100条通路信息,主要有脂质与动脉粥样硬化通路、Janus激酶-信号传导及转录激活因子1（JAK-STAT）信号通路、磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）-蛋白激酶B（Akt）信号通路、糖尿病并发症晚期糖基化终末产物/AGEs受体（AGE-RAGE）信号通路、核因子-κB（NF-κB）通路等。分子对接结果显示,地奥司明、鞣花酸、木犀草素、杨梅素和槲皮素与EGFR、JAK2、MMP1等关键靶点有较好的结合能力。结论 糖痹外洗方具有多成分、多靶点等特点,其可能主要作用于糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化通路和JAK-STAT信号通路等的多个关键靶点,从而发挥治疗糖尿病足相关疾病的效果。     

基于网络药理学和分子对接预测覆盆子治疗绝经后骨质疏松的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究覆盆子作用于绝经后骨质疏松的成分、靶点及作用机制。方法 利用TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET等数据库并查询文献报道资料收集覆盆子的活性成分及靶点、疾病靶点，采用String数据库和Cytoscape软件对活性成分–靶点和绝经后骨质疏松靶点的蛋白相互作用（PPI）网络进行构建，通过R Studio软件进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的富集分析，对预测结果进行分子对接验证。结果 共筛选出覆盆子有效成分16个，其中包括β-谷甾醇、熊果酸、覆盆子素A、谷甾醇、覆盆子素B、鞣花酸、齐墩果酸等为覆盆子作用于绝经后骨质疏松的核心成分，筛选出白蛋白（ALB）、酪氨酸蛋白激酶（SRC）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3）、基质金属蛋白酶9（MMP-9）、雌激素受体α（ESR1）、Harvey肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）、有丝分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、丝裂原活化蛋白激酶14（MAPK14）等核心靶点，并富集得到多条GO功能和KEGG通路，如化学致癌–受体激活、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）–蛋白激酶B（Akt）信号通路、脂质与动脉粥样硬化、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、癌症中的蛋白多糖等，且分子对接结果良好。结论 覆盆子可能通过多个成分、多个靶点、多条信号通路发挥治疗绝经后骨质疏松的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨京尼平苷治疗脑缺血的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接方法研究京尼平苷治疗脑缺血潜在作用机制。方法 通过PubChem、PharmMapper、GeneCards、OMIM数据库分别对京尼平苷和疾病的靶点进行预测,借助Venny 2.1.0工具将二者取交集获取共有靶点,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,随后通过Cytoscape 3.7.2软件对核心靶点进行网络拓扑分析;基于核心靶点基因开展基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）基因富集分析。利用AutodockTool软件对所筛选的核心靶点分别与京尼平苷进行分子对接。结果 通过STRING数据库构建交集靶点的PPI网络,获得173个交集靶点,包括酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1（AKT1）、热休克蛋白90α家族A级成员1（HSP90AA1）、PIK3R1、表皮生长因子受体（EGFR）等。京尼平苷治疗脑缺血可能通过调控磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）–蛋白激酶B（Akt）信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末化产物（AGE）–晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、Ras信号通路等多种信号通路发挥治疗脑缺血的作用。结论 预测了京尼平苷治疗脑缺血的潜在作用机制,为后续实验研究提供理论依据和研究方向。     

基于网络药理学和体外实验探讨淫羊藿素治疗多发性骨髓瘤的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接和体外实验探讨淫羊藿素治疗多发性骨髓瘤的作用机制。方法 利用Pharm Mapper、SEA、SwissTargetPrediction数据库收集淫羊藿素的作用靶点,通过DisGeNET、GeneCards、MalaCards数据库收集多发性骨髓瘤的疾病靶点。利用Venn分析获得作用靶点与疾病靶点的共有靶点并导入STRING数据库分析靶点间相互作用关系,再通过Cytoscape软件构建淫羊藿素与抗多发性骨髓瘤潜在作用靶点的可视化关系网络,然后对潜在作用靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并对关键靶点进行分子对接验证。进一步对人多发性骨髓瘤U266细胞开展体外实验,CCK-8法检测淫羊藿素对U266细胞增殖的影响,q PCR和Western blotting检测淫羊藿素对关键通路中相关基因、蛋白表达的影响。结果 筛选得到淫羊藿素治疗多发性骨髓瘤的潜在作用靶点143个,其中的重要作用靶点主要有蛋白激酶B1(Akt1)、白蛋白(ALB)、连环蛋白β1(CTNNB1)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA...     

基于网络药理学和分子对接技术探究青蒿素对多囊卵巢综合征的潜在治疗机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术探索青蒿素对多囊卵巢综合征（polycystic ovary syndrome,PCOS）的潜在作用机制。方法 通过Pubchem、Swiss Target Prediction、PharmMapper数据库预测青蒿素作用靶点,利用GeneCard、DisGeNET数据库获取与PCOS有关靶点;应用韦恩图分析青蒿素与PCOS的交集靶点;利用String软件对交集靶点进行PPI蛋白网络互作分析,并利用Cytoscape软件进行核心靶点筛选;应用DAVID数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能、京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析,并借助在线软件对分析结果进行可视化;通过Chemdraw、PyMol、Auto Dock Tools软件及RCSB PDB数据库对青蒿素及核心靶蛋白进行分子对接。结果 得到青蒿素靶点229个,PCOS靶点1 292个,韦恩图分析交集靶点90个,潜在核心靶点5个,分别为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（serine/threonine...     

基于网络药理学和分子对接的关黄母颗粒治疗围绝经期综合征的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探讨关黄母颗粒治疗围绝经期综合征的分子机制。方法 通过SymMap、中国天然产物化学成分库筛选关黄母颗粒中构成药物主要化学成分,而后通过TCMSP数据库以及既往文献对查询有效化学成分的对应靶点,结果的匹配规范通过Uniprot数据库进行。运用Cytoscape 3.6.0软件构建关黄母颗粒的药物-有效成分-作用靶点网络。通过DrugBank和GeneCards数据库明确围绝经期综合征主要疾病靶点,并与关黄母颗粒有效成分靶点进行匹配而获得潜在治疗靶点。基于Metascape数据库和DAVID数据库对潜在治疗靶点进行GO生物过程、KEGG信号通路分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并应用Cytoscape软件进行拓扑分析,应用Surflex-Dock进行分子对接。结果 共获得有效化学成分86种,通过合并及删除重复值后得到有效成分作用靶点298个,关黄母颗粒治疗围绝经期综合征的潜在靶点基因228个。基因本体论(GO)功能分析得到排名前10名的差异基因主要涉及蛋白质代谢、细胞周期、细胞器功能、染色体等方面。KEGG富集分析显示,关黄母颗粒有效成分治疗围绝经期综合征排名前10的信号通路包括血脂和动脉粥样硬化通路(lipid and atherosclerosis)、化学致癌-受体激活通路(chemical carcinogenesis-receptor activation)、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路等。分子对接结果显示,梓醇、五羟黄酮、汉黄芩素、山柰酚、芍药苷与黏着连接蛋白β1(CTNNB1)、表皮生长因子受体(EGFR)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白P53(TP53)具有较好的结合活性。结论 关黄母颗粒可能通过梓醇、五羟黄酮、芍药苷等成分,通过影响EGFR、TNF及CTNNB1等关键靶点的表达治疗围绝经期综合征。     

基于网络药理学和分子对接探讨苗药土大黄防治功能性子宫出血的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接的方法探讨苗药土大黄防治功能性子宫出血（DUB）的潜在作用机制。方法 基于文献研究筛选得到土大黄主要活性成分,利用Swiss Target Prediction平台预测土大黄的作用靶点,利用OMIM、DrugBank、DisGeNet、GeneCards数据库确定DUB的疾病靶点,并通过Venny 2.1.0在线工具将其与土大黄靶点取交集后获得土大黄防治DUB的潜在作用靶点;在STRING数据库进行蛋白互作网（PPI）分析,结合Cytoscape 3.8.2 软件筛选关键靶点。将筛选得到的交集靶点导入DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后运用AutoDock Tools软件将筛选出的关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 结合文献研究与Swiss Target Prediction平台筛选得到药物活性成分26个,药物靶点392个,疾病靶点436个,共同靶点74个;经PPI及网络拓扑分析后,获取核心靶点7个,分别是信号转导和转录激活因子3（STAT3）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、磷酸肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基α（PIK3CA）、雌激素受体（ESR1）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、转录因子p65（RELA）;经活性成分–核心靶点网络的构建及网络拓扑分析,得到土大黄防治DUB主要活性成分9个,分别是槲皮素、阿魏酸、豆蔻酸、羟基大黄素、决明柯酮、大黄素甲醚、委陵菜酸、大黄酚、3,4-二羟基苯甲酸乙酯;GO富集到基因功能303个（P＜0.01）,KEGG富集到基因通路122条（P＜0.01）,结果表明,土大黄防治DUB的作用机制是通过调节低氧诱导因子-1（HIF-1）、磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶（p-PI3K）–蛋白激酶B（Akt）等信号通路来发挥防治DUB的作用。分子对接验证结果显示,关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 初步揭示了土大黄防治DUB的有效成分和可能的作用机制,并为深入研究药效物质基础、作用机制以及临床应用提供了科学参考。     

基于网络药理学与分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒（HPV）感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学的黄瑞香抗胃癌作用机制探讨及实验验证

目的 采用网络药理学方法预测黄瑞香发挥抗胃癌作用的潜在机制,并通过体外细胞实验进行初步验证。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选黄瑞香的有效成分,通过Swiss Target Prediction数据库和PharmMapper数据库筛选获得黄瑞香活性成分的相关靶点。通过GeneCards及DisGeNET数据库检索获得胃癌疾病相关靶点。利用Cytoscape软件构建黄瑞香活性成分-靶点网络;通过STRING、Metascape数据库对成分和胃癌疾病交集靶点进行蛋白质相互作用（PPI）网络和基因本体（GO）注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用MTT实验考察黄瑞香异戊烯基黄酮成分构树黄酮醇F（broussoflavonol F）、daphnegiravone D、daphgiflavone C体外对胃癌MGC803细胞生长的影响,采用实时荧光定量PCR方法检测这3种异戊烯基黄酮类化合物作用48h后胃癌MGC803细胞表皮生长因子受体（EGFR）、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）和蛋白激酶B（Akt）基因的表达。结果 筛选得到黄瑞香70个活性成分,黄瑞香作用于胃癌的42个相关靶点,其中表皮生长因子受体（EGFR）、鼠肉瘤病毒癌基因同源物B1（BRAF）、Ⅰ类磷脂酰肌醇-3激酶催化亚基α（PIK3CA）、酪氨酸激酶（MET）以及丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等为核心靶点。KEGG富集分析发现黄瑞香作用于胃癌主要富集在癌症、PI3K/Akt以及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等通路中。活性测试结果发现,异戊烯基黄酮成分构树黄酮醇F、daphnegiravone D、daphgiflavone C对胃癌MGC803细胞生长具有较好的抑制作用。同时,与对照组比较,构树黄酮醇F、daphnegiravone D、daphgiflavone C可显著抑制胃癌MGC803细胞EGFR、PI3K和Akt基因的表达（P＜0.05、0.01、0.001）。结论 黄瑞香可能以异戊烯基黄酮为主要的抗胃癌活性成分,以EGFR、BRAF、PIKC3A、MET等蛋白为核心作用靶点,主要经I3K/Akt以及MAPK等相关信号通路发挥治疗胃癌的作用。