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1.
目的利用网络药理学和分子对接技术探讨枳椇子防治酒精性肝病(Alcoholic liver diseases,ALD)的物
质基础和作用机制。方法借助TCMSP 数据库检索枳椇子中所含的主要化学成分及其作用靶点并进行筛选,
从而获得枳椇子防治酒精性肝病的活性成分和靶点;通过Cytoscape 软件构建“药物-有效成分-靶点-疾病”
网络;通过Metascape 在线网站对活性成分靶点进行基因本体GO 和KEGG 通路富集分析,最后用分子对接技
术对枳椇子中活性成分的作用靶点进行验证。结果筛选出枳椇子活性成分40 个,与酒精性肝病相关的
靶点228 个;GO 分析结果显示主要与细菌反应、无机物响应、脂多糖应答和有毒物质响应等生物学过程相
关;KEGG 富集分析表明主要通路为癌症与炎症相关通路;分子对接结果表明枳椇子中的13 个活性成分与
MAPK1、MAPK3 和AKT1 靶点蛋白具有较好的亲和作用。结论本研究较系统地探讨了枳椇子防治酒精性肝
病的物质基础与分子机制,研究结果为临床使用枳椇子防治酒精性肝病提供了科学依据,同时也为枳椇子的开
发利用提供了参考。 相似文献
2.
目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨藏药七味草玉梅散治疗乳腺癌的作用机制。方法 藏药七味草玉梅散成药的药性依据藏医“味-性-化味”药性理论计算获得。从TCMSP数据库和文献查阅两种途径获得藏药七味草玉梅散的活性成分及对应靶点。从Genecards、Drugbank、OMIM、TTD和PharmGKB数据库获得乳腺癌疾病靶点,合并五个数据库的所有靶点并去除重复靶点得到最终疾病靶点。通过R语言Venn程序包取七味草玉梅散药物靶点和乳腺癌疾病靶点的交集,最终获得七味草玉梅散治疗乳腺癌的可能靶点,并构建这些靶点的互作网络,通过两次打分筛选得到核心网络。通过R语言的Bioconductor程序包进行GO和KEGG通路富集分析。应用分子对接技术对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果 七味草玉梅散药味以苦味为主,化味以苦化味为主,药性以凉、糙、钝、轻为主,药效以凉、糙、钝、轻、动为主,主要对治热、柔、锐、重等疾病特性,对乳腺癌有疗效。筛选得到该组方活性成分共18个,对应靶点227个。共检索到乳腺癌疾病靶点11109个,两者取交集后得到211个靶点。靶点PPI网络分析得到17个核心靶点。对靶点的GO富集分析结果显示这些靶点富集在生物过程中显著的条目有对药物响应、对金属离子响应和对氧化胁迫的响应,细胞组分中显著的条目有膜筏、微域和区域,而分子功能中显著的条目有脱氧核糖核酸结合转录因子结合和泛素样蛋白连接酶结合,富集的KEGG通路主要涉及脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号途径、AGE-RAGE途径等多种与乳腺癌密切相关的通路。七味草玉梅散药物-成分-靶点网络图揭示了七味草玉梅散中的药效物质和作用靶点,以及两者之间的连接关系。体外细胞实验也证实,七味草玉梅散能以浓度依赖下调PRSS1蛋白的表达,抑制乳腺癌MCF7细胞的增殖和迁移生长。结论 本研究初步明确了七味草玉梅散通过多成分-多靶点-多通路治疗乳腺癌的作用机制,为深入研究七味草玉梅散的药效物质基础和作用机制奠定基础。 相似文献
3.
目的:运用网络药理学及分子对接探究肝脂平治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。方法:利用TCMSP数据库收集肝脂平活性成分及靶点,通过Gene Cards、Drug Bank、TTD及OMIM数据库检索NAFLD相关靶点。利用Cytoscape 3.7.2构建蛋白质互作网络及“活性成分-靶点-通路”网络,使用DAVID平台进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后通过Auto Dock进行分子对接。结果:筛选得到肝脂平112种活性成分,256个对应靶点,其中有130个靶点作用于NAFLD。GO富集分析和KEGG通路分析共得到734个生物过程,89条信号通路。分子对接结果显示,核心成分与关键靶点有较好的结合性。结论:肝脂平通过AKT1、TNF、IL-6、IL-1β、TP53等关键靶点对NAFLD发挥治疗作用,作用机制和脂质与动脉粥样硬化、AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路有关。 相似文献
4.
目的:非酒精性脂肪性肝炎的发展不仅是一个重要的病理阶段,而且也是治疗的关键时期,其发展可能会发生可逆的变化,但也可以演变为纤维化、肝硬化或原发性肝癌。网络药理学是对“药物-成分-靶点-疾病”进行直接的数据分析,表明一味药可以通过多途径协同作用于人体的药效机制。而分子对接技术被广泛认为是药物设计有力的工具,它能够从分子水平预测药物与疾病的结合构象。通过对网络药理学、分子对接的研究,探讨丹参在非酒精性脂肪性肝炎的作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Gene Cards、DisGeNET、TTD、DrugBank和OMIM等数据库,确定丹参主要活性成分及治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用靶点。研究使用Cytoscape3.7.2软件系统,构建成分-靶点网络图,并使用Venny 2.1.0在线工具取其交集靶点,再使用STRING系统进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,并使用Metascape平台进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,最终用AutoDock Tools进行分子对接,运用PyMOL软件对结果进行可视化分析。结果:得到丹参干预非... 相似文献
5.
目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的潜在分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库得到肝乐颗粒中各个药物的有效活性成分及对应的蛋白质靶点,GeneCards数据库获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,利用Venny软件取药物和疾病的交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件创建“药物-化合物-靶点”网络图,并联合String平台对药物-疾病交集靶点进行蛋白质网络互作分析,将筛选过的核心基因导入David数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock和Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:肝乐颗粒中的药物成分作用于非酒精性脂肪性肝病的靶点93个,拓扑分析出83个核心靶点信息,GO分析共包含288条生物过程、55条分子功能、33条细胞组成等376条富集结果,KEGG通路分析发现86个条目,其中主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的主要活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素、异鼠李素、芒柄花素等与A... 相似文献
6.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探究半夏治疗肺癌的关键作用靶点。方法:在TCMSP数据库中检索半夏的活性成分和靶点,以“lung cancer”为关键词在DisGeNET数据库检索,物种为“Homo sapiens”,检索出肺癌的相关基因,构建靶标蛋白互作(PPI)网络。分别在Metascape平台和HIPLOT数据库平台对核心靶点进行分析,将物种设置为人,进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,并用AutoDock Tools进行分子对接验证。结果:通过TCMSP数据库,检索到半夏活性化合物13种,潜在基因97个靶点。半夏治疗肺癌潜在作用靶点39个,主要有TP53、AKT1、HIF-1α和VEGFA等。按照P <0.05进行筛选,GO功能富集分析涉及对氧化应激、活性氧、缺氧反应等生物过程,细胞组分及分子功能主要涉及蛋白激酶调节活性、激酶调节活性、蛋白磷酸酶2A结合、过氧化物酶活性、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物和蛋白激酶复合物等。KEGG信号通路富集分析,按照P <0.05进行筛选,主要涉及癌症通路、肿瘤蛋白多糖、PI3K/Akt信号通路、癌症的MicroRNAs... 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接探讨苍耳子散化裁方治疗鼻窦炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选出方剂的药物成分及其对应的成分靶标,将UniProt数据库筛选的相关药物靶标和GeneCards、CTD数据库筛选的鼻窦炎疾病靶标取交集;运用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;采用Metascape平台对靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-成分-靶标网络图,最后使用Autodock软件对关键靶标及化合物进行分子对接,选择最佳的结合靶标。结果:筛选出相关活性成分57个,成分靶标与疾病靶标相交得出217个靶标。其主要活性成分为槲皮素(Quercetin)、木犀草素(Luteolin)、β-谷甾醇(Beta-Sitosterol)、金合欢素(Acacetin)、柚皮素(Naringenin)、... 相似文献
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目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(TCMIP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMANTCM)筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果:银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A~D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS... 相似文献
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目的利用网络药理学和分子对接技术预测补气消脂方治疗非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty
liver disease,NAFLD)的主要活性成分和目标基因靶点,并探讨其潜在的作用机制。方法通过检索中药系统
药理技术平台(TCMSP)、OMIM、GeneCards 等数据库,查找补气消脂方活性成分、作用靶点以及NAFLD 相关
靶点,以OB≥30%和DL≥0.18 为标准筛选活性成分,并查阅文献补充文献报道中常见的中药活性成分,汇总
得到活性成分库,并利用STRING 数据库平台分析各靶点之间的相互作用,构建蛋白互作网络。利用
Cytoscape 3.7.2 软件进行“活性成分-疾病靶点”网络分析,在此基础上采用R 4.0.3(依托于“clusterProfiler”
“org.Hs.eg.db”以及“pathview”程序包)进行GO 与KEGG 基因功能富集分析。筛选出补气消脂方关键活性成
分和靶基因后,利用Autodock-vina 软件进行分子对接,选择蛋白互作网络中度值排名前6 位的重要的靶点进
行分子对接,验证结合活性。结果通过筛选发现了补气消脂方中共有98 种活性成分和229 种相应靶点,
NAFLD 靶点1 283 个。最终筛选获得103 个关键靶点和30 个重要的信号通路,如癌症通路、AGE-RAGE 信
号通路、TNF 信号通路、HIF-1 信号通路等。补气消脂方治疗NAFLD 的主要成分为槲皮素、木犀草素、丹
参酮ⅡA、山柰酚等,关键靶点为IL-6、FOS、CXCL8、RELA、STAT3、AKT1 等。通过分子对接得到结合
能≤-6 kcal·mol-1 的“靶点蛋白-活性分子”16 个,与排名前6 位的关键靶点均有较好的亲和力。结论补气
消脂方中的活性成分槲皮素、木犀草素、丹参酮ⅡA、山柰酚、柚皮素等可能通过作用于多个靶点和调控多条
通路治疗NAFLD。 相似文献
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目的:采用网络药理学分析方法探究六君子汤治疗结直肠癌的药理机制。方法:应用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)检索六君子汤中的中药活性成分及作用靶点;通过Gene Cards、OMIM、TTD、Drug Bank四个数据库获取结直肠癌疾病靶点;借助STRING数据库及Cytoscape软件分析六君子治疗结直肠癌的关键靶点;运用Metascape平台进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接,初步验证药物结合力。结果:筛选出六君子汤主要活性成分132个,主要包括槲皮素、山柰酚、柚皮素等;活性成分对应的作用靶点277个;结直肠癌疾病相关靶点1 508个;二者共同靶点138个,核心靶点有前列腺素氧化环化酶2(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 2,PTGS2)等。GO和KEGG结果分析表明六君子汤治疗结直肠癌可能涉及的信号通路有磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B、白细胞介素-17、T细胞受体等;分子对接结果显示,7-甲氧基2-甲基异黄酮、苜蓿毒素等主要活性成分与PTGS2、过氧化物酶体增... 相似文献
13.
目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法:通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果:筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论:罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚... 相似文献
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目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考. 相似文献
15.
目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。 相似文献
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目的:基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素的潜在抗肿瘤作用机制。方法:借助Pharm Mapper在线服务器,以姜黄素为研究对象,反向分子对接筛选其作用的潜在靶点。利用STRING数据库软件绘制蛋白相互作用网络,并运用Cyto Hubba插件筛选关键靶点。对潜在靶基因进行KEGG通路分析获得与肿瘤机制相关的靶标,进一步采用Cytoscape软件构建姜黄素“化合物-靶点-通路”网络关系图。最后用Autodock Tools 1.5.6对核心靶点进行分子对接验证。结果:反向筛选得到43个与姜黄素具有较高亲和性的人源靶蛋白,KEGG通路富集到17条与肿瘤相关的通路。姜黄素抗肿瘤作用的核心靶标有SRC、EGFR、GSK3B、RXRA,通路富集结果显示姜黄素主要作用于肿瘤、前列腺癌和胃癌通路;其次姜黄素靶标还相对显著的富集在非小细胞肺癌、大肠癌及乳腺癌等癌症通路,主要通过PI3K/Akt、Cytokine-cytokine receptor interaction、Wnt等信号通路发挥抗癌作用。分子对接结果显示姜黄素与核心靶点SRC、EGFR、GSK3B及RXRA均具有较好的结合活性。结论:姜... 相似文献
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目的 基于网络药理学方法探讨怀牛膝治疗高血压的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选怀牛膝的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库获取高血压的靶点,利用Venn在线软件获取怀牛膝-高血压交集靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建“化合物-靶点-疾病”网络图。使用String数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用David数据库和R语言3.6.3中clusterProfiler包对关键靶点进行GO功能富集及KEGG通路分析,通过分子对接技术将怀牛膝主要活性成分与关键靶点进行对接验证。结果 共筛选出怀牛膝潜在活性成分16个,有效作用靶点183个。通过Venn图获得76个药物疾病共同靶点,PPI网络发现IL6、AKT1、VEGFA、CCL2、MMP9、NOS3、PTGS2等可能是怀牛膝治疗高血压的关键靶点。GO分析共包含396条富集结果,其中生物过程307条,分子功能54条,细胞组成35条。KEGG通路分析发现60个条目。分子对接筛选得到与靶点有结合潜力的化合物。结论 怀牛膝通过“多成分-多靶点-多途径”发挥降压作用,为深入研究其物质基... 相似文献
20.
目的:基于网络药理学及分子对接技术分析远志治疗原发性失眠(PI) 的作用机制。方法:通过
Herb、Batman-TCM 数据库筛选远志的化合物,用Swiss Target Prediction、SEA 及Batman-TCM 数据库行主要
活性成分潜在靶点筛选,同时在Gene Cards、NCBI 基因、TTD 数据库筛选疾病相关靶点。将远志的主要活性
成分靶点与疾病靶点输入Venny2.1 行交集处理,筛选两者的共同靶点,运用Cytoscape3.8.0 软件构建“药物-
成分-疾病-靶点”PPI 网络并行拓扑分析。使用RStudio4.0.3 软件行基因本体(GO) 功能富集与京都基因和基
因组百科全书(KEGG) 通路富集分析,使用Discovery Studio 软件将远志主要活性成分与疾病核心靶点进行分
子对接。结果:筛选出远志中含有金丝桃苷、α-菠甾醇、芦丁、槲皮素等9 种主要活性成分,261 个药物潜
在作用靶点,与2 600 个PI 相关疾病靶点取交集后获得87 个共有靶点。拓扑分析筛选到白细胞介素-6(IL-6)、
肿瘤坏死因子(TNF)、人环磷酸腺苷反应元件结合蛋白1(CREB1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝裂
原活化蛋白激酶3(MAPK3) 等36 个关键靶点。GO 功能富集分析得到BP 条目1 302 项、MF 相关条目101 项、
CC 相关条目63 项;KEGG 通路富集分析筛选到神经活性配体-受体相互作用、γ-氨基丁酸(GABA)、磷脂酰
肌醇3-激酶/蛋白激酶-B(PI3K-Akt)、环磷酸腺苷(cAMP)、TNF 等79 条信号通路;分子对接显示远志主要
活性成分与疾病核心靶点亲和力均良好。结论:远志能够通过多成分、多靶点、多通路的协同作用影响机体的
神经代谢、氧化应激及炎症反应,从而发挥治疗PI 的作用。 相似文献