肠道传染病病原体可视化基因芯片检测技术的研究

〔目的〕研究建立能同时检测7种肠道传染病病原体的可视化的快速、高效的基因芯片检测技术。〔方法〕针对霍乱弧菌、副溶血弧菌、沙门菌、大肠埃希菌O157：H7、金黄色葡萄球菌、轮状病毒、诺瓦克病毒（Ⅰ型和Ⅱ型）等7种肠道传染病病原体,设计特异引物和探针,构建芯片。以链霉亲和素包被的磁珠为信号标记分子检测芯片上的特异杂交反应,结果采用裸眼观察或普通光学设施成像保存。测试构建芯片的特异性、重复性及灵敏度等参数。〔结果〕该芯片具有较好的特异性和重复性,检测灵敏度可达25ng/μl;对27份临床粪便样本分别进行PCR和芯片检测,芯片检测结果与PCR方法检测结果一致。〔结论〕本研究建立的基于磁珠标记的可视化芯片技术,能够用于快速筛查选定的7种主要的肠道传染病病原体。该技术对于进一步开发更多指标的微生物检测方法具有很好的示范作用。     

一种简便保存常见肠道病原菌的新方法

目的:研究简便保存常见肠道病原菌的新方法。方法:先制配灭菌的高层半固体保存管,再将常见肠道病原菌刺种,套上微孔软塞,于(37±1)℃恒温培养18 h后,取出再换上密封软塞,再套上塑料袋包装密封。直立保存于4℃冷藏箱内。每隔三个月和6个月,取出再重复怛温培养与冷藏保存过程。结果:新方法能够可信、实用、方便、有效的保存常见的肠道病原菌。结论:可以替代半固体上反复转种传代的方法。     

导流杂交基因芯片技术在肠道致病菌检测中的应用研究

目的建立导流杂交芯片技术检测粪便标本中8种肠道致病菌。方法以细菌16S rDNA和23S rDNA序列设计通用引物和寡核苷酸探针,将活性氨基标记的探针依次固定在BiodyneC膜上,制成检测芯片,用标记生物素的引物进行PCR扩增,将扩增产物与检测芯片在核酸分子快速杂交仪上进行杂交,以POD和TMB进行显色,判断结果;应用该方法检测8种肠道致病菌标准菌株和120份腹泻患者粪便标本,通过细菌培养结果比较该方法的有效性。结果120份临床粪便标本中,采用导流杂交芯片共检出68份（56.67%）携带肠道致病菌;细菌培养鉴定出63份（52.50%）携带肠道致病菌,其中58份导流杂交芯片与细菌培养结果一致,准确率为85.29%。结论导流杂交芯片技术能够快速准确检测8种常见肠道致病菌,而且适用于流行病学调查研究。     

基于聚合酶链式反应的肠道病原菌检测技术

正肠道感染性疾病重要病原菌,如志贺菌和沙门菌等感染发病率高、传播速度快、耐药发生率也高~([1-2])。据文献报道,肝硬化~([3])、HIV感染~([4])、炎症性肠道病~([5])以及血糖调节~([6])等均与肠道菌群失调有关。此外,引起胃肠道感染的食源性致病菌是食品安全的严重隐患~([7]),可引起胃肠炎、败血症等疾病。因此,快速检测威胁人类健康的病原菌刻不容     

659例肠道门诊患者病原菌检验结果

肠道门诊是发现急性肠道传染病人的最佳途径。 1998年 ,我们在进行肠道门诊病人的检验中 ,增加一只山梨醇麦康开平板 ,以检查有否因出血性大肠杆菌所致的腹泻病人。经过 5～ 10月共 6个月的检验 ,除检到霍乱弧菌外 ,又检到了出血性大肠杆菌、侵袭性大肠杆菌、致病性大肠杆菌及沙鱼弧菌等。今将检验经过与结果报告如下。材料与方法1　标本来源　各肠道门诊点的腹泻病人肛拭标本 (已放入硷性胨水中 ) ,由专人定期送往本实验室 ,共计 6 5 9份。2　检验方法　根据硷性胨水是否混浊 ,如未混浊 ,则放37℃增菌过夜 ;如已混浊 ,则用白金耳取此增菌液…     

用SPA协同凝集法检测肠道病原菌的效果观察

SPA协同凝集试验在一些传染病的诊断上已确认是一种敏感、特异、快速、经济有效的方法。但直接从粪中测定肠道病原菌及其可溶性抗原,因受较强的非特异性凝集素影响,使协同凝集试验在这方面的应用受到一定的限制;为了克服非特异性凝集素的干扰,本文对几种消除非特异性凝集素的方法进行探讨。结果显示,检材通过传代加热法处理,对消除粪中非特异性凝集素的影响效果较为理想,现将实验结果报导如下:     

基因芯片技术快速检测水中常见致病菌

致病菌污染饮用水可导致多种疾病的爆发与流行 ,严重威胁着人类的健康。因此 ,若想有效控制介水传染病的发生 ,致病菌的快速检测是关键。传统的细菌检测方法 ,操作繁琐、且需要数天时间才能得到结果。核酸探针杂交技术也存在特异性或敏感性的问题。常规ＰＣＲ 1次只能检出 1种致病菌 ,对水中分离的未知菌或有多种细菌污染的样品则显得无从下手。我们建立了以基因芯片技术为基础的水中常见致病菌的快速检测与鉴定技术 ,报道如下。首先 ,利用在细菌学分类上具有重要意义的 1 6ＳｒＲＮＡ基因作为检测的靶分子。细菌的 1 6ＳｒＲＮＡ基因具有序…     

2010年北京市西城区肠道病原菌监测结果

目的监测北京市西城区感染性腹泻发病情况,分析主要病原菌种类变化及耐药趋势,为感染性腹泻的流行病学研究及临床合理用药提供依据。方法参照中华人民共和国卫生行业标准WS 287-2008、WS 271-2007、WS 289-2008进行病原菌分离、鉴定。参照美国临床和实验室标准协会(Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)推荐的Kirby-Bauer法进行药物敏感性试验。结果监测结果显示,8—10月份为腹泻病高发期,308份标本中,检出病原菌39株,检出阳性率为12.66%。以弧菌属为优势菌群,其次为沙门菌和志贺菌,志贺菌以宋内血清型为主。药敏试验结果显示,各菌属对抗生素的敏感性有明显差异,病原菌对青霉素类抗生素耐药较普遍,但对头孢类和喹诺酮类抗生素较敏感。结论该区引起感染性腹泻的病原菌种类较多,并且有年龄、季节的分布特点,有些流行菌型也出现明显变化,应加强日常监测,并根据病原菌的菌型变化和耐药性监测结果合理使用抗生素药物。     

检测霍乱弧菌的基因芯片的制备

目的研制快速、特异、灵敏的检测霍乱弧菌基因芯片.方法选择霍乱弧菌特异的编码外膜蛋白的ompW基因和毒素ctxA基因,设计引物和探针,并制备检测芯片,通过2次PCR扩增,制备荧光标记的靶序列,并与芯片进行杂交,检测霍乱弧菌和非霍乱弧菌病原体.结果所有霍乱弧菌菌株在采用单一和多重PCR2种方法制备的荧光标记靶序列与芯片杂交,均在芯片相应探针处出现阳性信号,非霍乱弧菌菌株杂交结果均为阴性.结论霍乱弧菌基因检测芯片的研制,为霍乱弧菌感染的诊断提供了准确、快速、灵敏的方法,还可选择更多的基因位点设计探针以提高检测的可靠性,可以达到高通量、集成化和自动化的要求.     

71株肠道病原菌的耐药性及对小鼠的毒力研究

目的：了解71株肠道病原菌的耐药性及对小鼠的致病力.方法：用血清学、API生化对病原菌进行鉴定,用药物敏感性试验进行耐药性监测,用小鼠毒力试验研究肠道病原菌的致病力.结果：志贺菌鉴定必须用血清学、生化学相互补充进行鉴定,肠道病原菌对头孢噻肟敏感率为100%,对环丙沙星敏感率为95.8%,阿莫西林敏感率为91.5%;对奈啶酸耐药率为57.7%;鲍氏志贺菌12-15型、16-18型对小鼠无毒力,其它病原菌均可引起小鼠肠、胃、心脏、肝脏病变,并在12～48 h内致小鼠死亡.结论：由肠道病原菌引发的疫情暴发或流行,首先选用头孢塞肟、环丙沙星、阿莫西林进行临床治疗用药或预防性服药,鲍氏志贺菌的致病性有待进一步研究.     

基于16S和23S rDNA基因芯片检测和鉴定七种临床常见病原菌

目的 以细菌16S rDNA和23S rDNA基因为靶序列建立可检测临床七种常见病原菌寡核苷酸芯片系统.方法 采用双重PCR扩增标本中靶细菌16S和23S rDNA基因片段.构建能同时检测肠出血性大肠埃希菌O157:H7、副溶血性弧菌、沙门菌、霍乱弧菌、单核细胞增生李斯特菌、空肠弯曲菌和志贺菌的寡核苷酸芯片,并考核芯片的检测特异性、灵敏度和重复性.采用所建立的寡核苷酸芯片检测81例腹泻患者粪便样本.结果 双重PCR可同时扩增上述七种病原菌的16S和23SrDNA基因靶序列.所研制的寡核苷酸芯片检测灵敏度可达103 cfu/ml,非靶细菌无阳性结果 ,不同批间和批内芯片的变异系数为3.89%～5.81%.寡核苷酸芯片检测粪便样本的阳性率为39.5%(32/81),与常规细菌学检查法检测结果 的符合率达到96.3%(78/81),菌种鉴定结果 符合率为96.8%(31132).结论 研究建立的寡核苷酸芯片法在检测七种病原菌时具有简便、快速、准确、高通量等优点,适合于临床样本检测及流行病学现场调查.     

127例自然流产绒毛染色体微阵列检测及相关致病基因分析

目的应用微阵列芯片技术检测早期自然流产绒毛组织,探讨其在自然流产遗传学诊断中的应用价值,并分析相关致病基因。方法收集2018年在杭州市中医院妊娠早期自然流产并行清宫术患者的胚胎组织标本127例,进行染色体微阵列分析,并查找相关致病基因。结果125例标本获得检测结果,检出成功率98.4%,染色体异常检出率52.8%(66/125),染色体数目异常占45.6%(57/125),染色体结构异常占7.2%(9/125),在染色体结构异常的病例中,发现拷贝数变异样本6例,杂合性缺失样本2例,既有拷贝数变异也有杂合性缺失样本1例。发现流产相关致病基因6个,即NFATC 1、ERCC 6 L、RPS 4 X、KANK 1、SMARCA 2、PMP 22。结论染色体异常是妊娠早期自然流产主要病因,应用微阵列芯片技术检测自然流产绒毛组织,对于分析自然流产的原因有重要意义,为再次生育提供更多遗传学信息;NFATC 1、ERCC 6 L、RPS 4 X、KANK 1、SMARCA 2、PMP 22等基因变异可能是引起早期自然流产的致病基因。     

通用基因芯片检测感染性细菌方法的研究

目的：为提高临床微生物的检测速度和准确性，建立一次实验就能检测出一个样品中多个目标的方法。方法：利用生物信息学手段设计16种常见临床细菌的寡核苷酸探针，对16种临床常见微生物进行检测。结果：建立以16S rDNA为对象的基因芯片检测方法。利用寡核苷酸探针芯片对16种临床常见细菌进行检测的结果证明，大部分的细菌都可以由4条探针确定到种的位置。纯细菌菌液最低可以检测到200（铜绿假单胞菌）到235（金黄色葡萄球菌）个细胞。血液模拟标本只能得到2000到23500个细胞。染色体系列稀释灵敏度实验表明基因芯片检测比PCR－电泳灵敏10倍。混合标本盲测实验结果表明，样品中如果存在一个以上的待测对象也可以检测出来。结论：利用寡核苷酸为探针的基本芯片检测系统具有一定的种属鉴别能力，可以将本实验中提及的大部分细菌区分到种的位置。整个检测过程大约需要4．5h。     

悬浮芯片技术及其在病原微生物检测中的应用

悬浮芯片技术是把流式细胞技术和酶标检测技术有机地整合在一起的新型芯片技术,是一种高效快速、敏感、特异、经济、高通量的检测技术平台,目前仅应用于肿瘤标志物、细胞因子、细菌病毒等少数项目的快速检测。此文介绍了悬浮芯片技术的特点、制作、原理、技术优势及其在病原微生物快速检测中的应用。     

核苷酸微阵列技术在复发性流产发病机制及潜在致病位点中的应用研究

目的探讨核苷酸微阵列技术在复发性流产发病机制及潜在致病位点中的应用价值。方法选取2017年7月1日-2019年6月30日在深圳市罗湖区妇幼保健院妇产科门诊确诊为复发性流产的患者60例,均留取流产物样本。应用Affymetrix Cyto Scan HD探针对样本进行SNP array检测,通过Affymetrix Chromosome Analysis Suite软件采用隐马科夫模型算法确定全基因组染色体区域的重复和缺失。结果 60例研究标本检测成功率为100. 00%,共检测出44例样本异常,其中三倍染色体异常4例(6. 67%),染色体微小的缺失或重复3例(5. 00%),X染色体缺失8例(13. 33%),单亲二倍体1例(1. 67%),2号染色体重复1例(1. 67%),4号染色体重复1例(1. 67%),9号染色体重复1例(1. 67%),13号染色体重复2例(3. 33%),14号染色体重复1例(1. 67%),15号染色体重复1例(1. 67%),16号染色体重复10例(16. 67%),17号染色体重复1例(1. 67%),18号染色体重复2例(3. 33%),20号染色体重复1例(1. 67%),21号染色体重复4例(6. 67%),22号染色体重复3例(5. 00%)。其中年龄≥35岁患者的样本异常率为88. 89%(16/18),高于年龄≤35岁患者的66. 67%(28/42),差异有统计学意义(P>0. 05)。结论所有标本检测成功率达100. 00%,检出染色体异常率达73. 33%。染色体重复、缺失是复发性流产的主要原因,其中染色体数目异常,X染色体缺失,16号、21号和22号染色体异常为主要潜在致病位点。核苷酸微阵列技术可检测出染色体数目、结构异常以及染色体微小缺失,有助于全面了解复发性流产染色体异常状况,指导再次生育流产风险评估。     

Prevalence of pathogenic intestinal parasites among Saudi rural schoolchildren

A national survey was carried out in 1991 to assess the prevalenceof pathogenic intestinal parasites in rural Saudi Arabian schoolchildrenaged 6–18 years. Nine thousand eight hundred and eighty-onechildren underwent a clinical evaluation and stool specimenswere examined, using direct microscopy. Intestinal pathogenicparasites were found in 2, 233 (22.6%) children. The major parasitesisolated were Giardia lamblia (13.5%), Schistosoma mansoni (3.8%),Entamoeba histolytica (2.5%), Hymenolepis nana (2.5%), Ascarislumbricoides (2.0%) and Entrobius vermicularis (1.0%). Prevalenceof intestinal parasites was significantly associated with thechild's age, sex, father's educational level, non-public watersupply and inadequate latrine type. The highest risk group waschildren 6–8 years old, whose father were illiterate andhad no latrine.     

DNA芯片检测乙型肝炎病毒基因型

目的 制备检测HBV基因型的DNA芯片并进行杂交验证.方法 设计多条HBV分型寡核苷酸探针,固定于醛基基片的特定位置,制备成芯片,采用酶呈色技术(BCIP/NBT显色)检测杂交信号,进行杂交验证分析.结果 106例临床样本均测出基因型,其中B型37例,C型69例;对所有样本进行测序分析,结果与芯片杂交一致,杂交的灵敏度和重复性等指标均佳.结论 DNA芯片检测HBV基因型,操作简便易行,技术要求不高,适于临床推广应用.     

寡核苷酸芯片技术检测肠杆菌科食源性感染常见致病菌的研究

目的：建立肠杆菌科食源性感染常见致病菌的快速检测方法。方法：选带正电荷的尼龙膜作为寡核苷酸芯片载体，采用寡核苷酸芯片技术对肠杆菌科食源性感染常见致病菌进行检测和鉴定。结果：在同一条件下运用多重PCR扩增出14种（属）细菌的16SrRNA、23SrRNA基因片段，随后应用寡核苷酸芯片技术对致病菌进行检测得到了相应的特异性杂交图谱。结论：建立的寡核苷酸芯片技术可快速检测肠杆菌科食源性感染常见致病菌，为食源性感染的快速诊断与预防奠定了良好的基础。     

应用DNA芯片技术快速诊断地中海贫血的初步研究

目的:建立DNA芯片检测技术,为地中海贫血基因检测诊断提供新的方法。方法:2001~2002年间广州市第二人民医院门诊病人中初筛查为地中海贫血可疑者110例,正常对照60例,应用DNA芯片检测技术进行地中海贫血基因检测。结果:60例α-地中海贫血诊断结果为:-SEA型45例(占75.00%),-α3.7型11例(占18.33%);-α4.2型2例(占3.33%),未知类型2例(占3.34%)。50例β-地中海贫血诊断结果为:41/42型21例(占42.00%),-28型9例(占18.00%),654型8例(占16.00%),17型5例(占10.00%),71/72型2例(占4.00%),-29型2例(占4.00%),27/28型1例(占2.00%),43型1例(占2.00%),未知类型1例(占2.00%)。结论:应用DNA芯片检测技术进行地中海贫血基因检测,从抽提DNA到出诊断结果总共只需3 h,可达到快速诊断的要求;常见的基因类型都能准确诊断,与传统方法比较,实验结果稳定,符合率满意;实验操作简单,易于标准化,显示出较好的应用前景。     

遗传性耳聋基因芯片检测的临床应用研究

目的应用遗传性耳聋基因芯片对散发性耳聋患者进行耳聋基因筛查,评价其在临床上快速检测常见遗传性耳聋基因的可行性。方法研究对象为76例耳聋患儿,取外周血5mL,分离提取全血淋巴细胞基因组DNA,用遗传性耳聋基因芯片检测中国人中常见的4个耳聋相关基因上的9个热点突变,包括GJB2(35delG、176del16、235delC及299delAT)、GJB3(C538T)、SLC26A4(IVS7-2A>G、A2168G)以及线粒体12S rRNA(A1555G、C1494T)。结果在76例样本中,共检出9例突变,其中5例为SLC26A4IVS7-2A>G杂合突变型;1例线粒体12S rRNA1555A>G均质突变型;1例GJB2235delC/GJB2299delAT复合杂合突变型;1例GJB2235delC纯合突变型;1例SLC26A4IVS7-2A>G纯合突变型。结论遗传性耳聋基因芯片对中国人中常见耳聋相关基因突变位点检出率高,可满足临床耳聋基因检测的要求,具有广阔的临床应用前景。