基于生物信息学分析PRKCD在肝细胞癌组织中的表达及临床意义

目的：基于生物信息学分析蛋白激酶Cδ(PKCδ,PRKCD)在肝细胞癌组织中的表达及临床意义,以期为寻找肝细胞癌的临床诊疗潜在分子标志物和靶点提供参考。方法：利用The Cancer Genome Atlas(TCGA)和UCSC Xena平台获取肝细胞癌和癌旁组织中PRKCD的mRNA表达量和临床数据,比较PRKCD mRNA在两组样本中的表达差异;利用Human Protein Atlas数据库分析PRKCD蛋白在肝细胞癌和癌旁组织中的表达差异;利用TCGA分析PRKCD mRNA表达与肝细胞癌临床病理特征和预后的相关性;利用TCGA数据库对肝细胞癌中PRKCD表达进行GSEA富集分析,并从遗传和表观遗传学的观点分析PRKCD表达变化的原因。结果：PRKCD在肝细胞癌组织中的mRNA和蛋白质水平均显著高于癌旁组织;PRKCD表达与TNM分期、组织学级别、甲胎蛋白含量和患者生存状态相关,并且其表达水平具有一定的临床诊断准确性;Kaplan-Meier分析显示PRKCD低表达患者的预后显著优于高表达患者;单因素和多因素Cox回归分析显示,PRKCD是肝细胞癌患者独立预后因素,且TNM为...     

BAP1在肝细胞肝癌中的表达及其与预后的关系

目的 探讨BRCA1相关蛋白1 (BAP1)在肝细胞肝癌(LIHC)中的表达变化及其与预后的关系。方法 从UALCA获得癌症基因组图谱(TCGA)中LIHC的BAP1 m RNA表达水平及临床数据并进行数据分组和处理。采用R3.2.2软件进行分析。比较BAP1在癌组织与正常组织中的表达差异,并分析LIHC患者各亚组临床指标的BAP1表达水平与正常组织的差异。采用寿命表法计算生存率,采用Kaplan-Meier法比较BAP1高表达组和中低表达组患者的生存率,并绘制患者的生存曲线。结果 LIHC组织中BAP1 mRNA表达中位数为37.748 TPM,明显高于正常组织中的18.444 TPM,差异有显著统计学意义(P<0.01);患者的性别、年龄、种族、体质量、组织学类型、组织学分级、淋巴结、TNM分期Ⅰ～Ⅲ期、TP53突变的各组癌组织中BAP1表达水平与正常组织表达水平比较差异均有统计学意义(P<0.05),而Ⅳ期组癌组织中BAP1表达水平与正常组织表达水平比较差异无统计学意义(P>0.05);患者的中位生存时间为27.18个月,1年、2年、3年、4年、5年生存率分别为...     

SOAT1在肝细胞癌组织中的表达及其临床意义

目的：观察甾醇O-酰基转移酶1（SOAT1）在肝细胞癌（HCC）组织及癌旁组织中的表达,探索其与患者预后及临床病理特征之间的相关性。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库收集HCC数据集,下载SOAT1 mRNA表达谱及预后资料,比较SOAT1 mRNA在50例正常肝组织与374例HCC组织中的表达,分析表达量与患者预后相关性。收集53例HCC患者石蜡组织标本,采用免疫组织化学方法检测癌和癌旁组织中SOAT1的蛋白表达水平,并分析其与临床病理特征之间的相关性。结果：TCGA数据库数据分析显示,与癌旁正常组织比较,SOAT1在HCC中表达显著升高（P＜0.01）。预后生存分析发现SOAT1高表达患者的5年生存率较低（P＜ 0.05）。免疫组织化学结果显示,与癌旁组织相比,HCC组织中SOAT1蛋白表达量显著升高（P＜0.05）。癌组织中SOAT1蛋白表达量与肿瘤临床分期及微血管癌栓形成相关（P＜0.05）。结论：SOAT1在HCC组织中表达增高,并与HCC癌患者的临床病理特征密切相关,其表达与肿瘤恶性程度高度相关。     

趋化因子CCL5在非小细胞肺癌中的表达及生物学功能探究

目的 探讨CC基序趋化因子配体5(CCL5)在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达情况及临床应用价值。方法 收集在徐州医科大学附属宿迁医院首次就诊确诊为NSCLC并行手术治疗的72例患者癌组织、癌旁组织及其临床资料,用免疫组化法检测癌组织及癌旁组织CCL5表达情况;用Realtime PCR检测CCL5mRNA在NSCLC和健康对照者血清中的表达;分析CCL5表达情况与患者临床、病理特征之间的相关性及其对预后影响。体外培养肺腺癌A549细胞,siRNA-CCL5转染细胞,观察下调CCL5表达后细胞增殖、迁移、侵袭能力的变化。结果 TCGA数据分析结果显示CCL5mRNA表达水平在肺腺癌和鳞癌中明显增加;免疫组化结果显示CCL5在NSCLC组织表达较癌旁组织明显上调,并且CCL5高表达与NSCLC患者淋巴结转移情况、TNM分期存在正相关(P=0.019,P=0.033);而与患者性别、年龄、病理类型无明显相关性;NSCLC血清中高表达CCL5mRNA,K-M分析结果显示血清CCL5 mRNA表达的上调与患者无进展生存率(PFS)存在明显的相关性;Cox多因素比例风险模型评估提示组织中CCL...     

基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...     

E-cadherin在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的:研究上皮型钙黏蛋白(E-cadherin)的表达与肝细胞癌的临床病理参数间的相关性,探讨其与肝细胞癌发生进展的关系。方法:采用定量逆转录聚合酶链反应和免疫组织化学方法,检测30例肝细胞癌标本及癌旁组织中E-cadherin基因的mRNA转录水平及蛋白表达水平。结果:肝细胞癌组织中E-cadherin的mRNA转录水平及蛋白表达水平显著低于癌旁组织(P<0.01),与肝细胞癌的分化程度密切相关(P<0.05),E-cadherin的表达水平及转录水平间存在相关性(P<0.01)。结论:E-cadherin与肝细胞癌组织细胞异型性增加及浸润转移等相关,有助于判断患者预后情况。     

抗凋亡转录因子在肝细胞肝癌中的表达及预后作用

目的 分析抗凋亡转录因子(AATF)在肝细胞肝癌(LIHC)中的表达及意义。 方法 分别利用基因表达谱交互式分析(GEPIA)和人类蛋白质图谱(HPA)分析AATF mRNA与蛋白在肝细胞肝癌(LIHC)组织及对照组织的差异表达及定位;通过cBioPortal分析AATF在LIHC基因组改变及与AATF相互作用的蛋白质网络;通过Kaplan-Meier Plotter分析AATF对肝癌患者5年生存期及总生存期的影响;通过Tumor Immune Estimation Resource分析AATF与LIHC患者生存期的相关性。 结果 与对照组织相比,AATF的mRNA(P<0.05)及蛋白表达水平在LIHC组织中显著上调,其蛋白在两种组织的细胞膜及细胞质中均有定位。AATF的基因组改变在LIHC中发生率很低。与AATF相互作用的蛋白有ATM丝氨酸/苏氨酸激酶、检查点激酶2(CHEK2)等,主要参与调控细胞周期、细胞凋亡及转录调控等过程。AATF mRNA表达水平与LIHC患者的预后呈负相关(log-rank P=0.003)。 结论 AATF在LIHC组织中高表达,且与患者不良预后相关。     

着丝粒蛋白U在肝细胞癌中的表达及其临床意义

目的 观察着丝粒蛋白U（CENPU）在肝细胞癌（HCC）组织中的表达,探索其与患者预后及临床病理特征之间的相关性。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库收集HCC数据集,下载CENPU mRNA表达谱及预后资料,比较CENPU mRNA在50例正常肝组织与371例HCC组织中的表达,分析mRNA表达量与患者预后相关性。收集2010~2012年兰州大学第一医院80例HCC患者石蜡组织标本,采用免疫组织化学方法检测癌组织中CENPU的蛋白表达水平,并分析其与临床病理特征之间的相关性。结果 TCGA数据库数据分析揭示了CENPU高表达患者的预后不良（P=0.025）。免疫组织化学结果显示,HCC组织中CENPU蛋白可作为肝癌患者的独立预后因子（P=0.023）。结论 CENPU在HCC中的高表达,其可能参与肝细胞的癌变及进展,可能是HCC患者的一个不良预后因素。     

VPS45在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的分析VPS45在肝细胞肝癌(HCC)中的表达与HCC患者临床特征及预后的相关性,探讨VPS45与HCC发生发展的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中选取HCC中VPS45基因表达及相关临床、病理、生存资料,分析VPS45在肝癌组织和癌旁组织中的表达情况以及肝癌组织中VPS45表达水平与HCC患者临床、病理资料及预后的关系。结果 VPS45在肝癌组织中的表达高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05)。VPS45表达水平与HCC患者的病理学分级、血清AFP水平有关(均P<0.05),HCC患者病理学分级、血清AFP水平越高,VPS45表达水平越高。Cox多因素分析显示,VPS45高表达、有癌症家族史、血管侵犯均是影响HCC患者预后的独立危险因素(均P<0.05)。结论 VPS45在肝癌组织中高表达,是HCC预后不良的独立危险因素,有望成为早期诊断HCC的分子标志物和判断预后的指标。     

USP39在肝细胞癌中的表达及其与预后、免疫浸润的相关性分析

目的探究去泛素化酶USP39在肝细胞癌(Liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及其与预后、免疫浸润的关系,并预测其生物学功能。方法从癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas, TCGA)数据库和国际癌症基因组协会(The International Cancer Genome Consortium, ICGC)数据库获取原始数据,采用表达差异分析、临床相关性分析、Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析USP39在评估肝细胞癌患者预后中的作用。采用ICGC对USP39在TCGA-LIHC中的表达及生存分析进行验证。应用基因集富集分析(gene-set enrichment analysis, GSEA)软件预测USP39可能参与的分子通路,并分析USP39与潜在靶基因的相关性。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource, TIMER)数据库分析USP39与肝细胞癌免疫浸润的关系。结果 USP39在肝细胞癌组织中显著高表达(均FDR<0.05),USP39表达...     

基于TCGA数据库分析JMJD6在肝癌组织中的表达及临床意义

目的:分析JMJD6在肝癌中的表达及与预后的关系。方法:从TCGA数据库中下载肝癌患者的mRNA表达数据及患者临床信息。利用Wilcoxon检验比较肝癌组织和正常组织中JMJD6的表达差异,单因素Logistic回归分析JMJD6表达量与临床特征的关系。通过Kaplan-Meier法和Cox回归分析JMJD6表达量与患者生存率的关系。将肝癌组织分成JMJD6高表达组和低表达组并进行基因集富集分析(GSEA)。结果:与正常组织相比,JMJD6在肝癌组织中高表达(W=2 506,P<0.001),且表达量与临床分期和病理分级相关(均P<0.05)。JMJD6高表达导致患者生存率下降(χ²=5.541,P<0.05),并且是肝癌患者预后的独立危险因素(HR=1.109,95%CI:1.039～1.184,P<0.01)。此外,GSEA结果显示JMJD6高表达组在DNA复制、RNA剪接等通路富集,低表达组在脂肪酸和氨基酸代谢通路富集。结论:JMJD6高表达与肝癌的发生、发展及患者不良预后相关。     

基于肿瘤突变负荷构建肝细胞癌风险评分预后模型

目的:通过分析癌症基因组图谱数据库（TCGA）中肿瘤突变负荷（TMB）数据,构建并验证肝细胞癌（HCC）风险评分预后模型。方法:从TCGA数据库下载HCC患者体细胞突变数据、基因表达数据和临床信息。绘制HCC患者基因突变图谱,分析TMB水平与HCC患者预后的关系。利用生物信息学分析筛选预后基因并构建HCC风险评分预后模型,单因素及多因素分析评估模型预测能力。结果:基因突变图谱揭示了HCC患者基因突变特征。Kaplan-Meier分析显示低TMB组HCC患者总体生存率较高（χ2=6.632,P=0.01）,且较高的TMB水平与高龄（χ2=10.328,P=0.001 7）、男性（χ2=9.384,P=0.002 9）和N0分期（χ2=4.723,P=0.03）有关。将所有HCC样本随机分为训练集（n=177）和验证集（n=178）,在训练集中,生物信息学方法确定了FABP6、PFKP和PROK1 3个预后基因并构建HCC风险评分预后模型:风险评分=（0.132 08 × FABP6表达量）+（0.153 83×PFKP表达量）+（-0.180 47×PROK1表达量）。将训练集及验证集中样本按风险评分分为高风险组和低分险组,训练集中低风险组HCC患者总体生存率较高（χ2=66.725,P<0.000 1）,验证集中结果相同（χ2=38.364,P<0.000 1）。单因素及多因素分析显示,风险评分（HR＝2.016,95%CI:1.356～2.997,P<0.001）、病理分期（HR＝1.591,95%CI:1.274～1.987,P<0.001）是HCC独立的预后因素。结论:TMB水平与HCC预后相关,风险评分预后模型具有良好的预后预测能力,是HCC患者的独立预后因素。     

利用TCGA数据库分析MED19基因在肝癌中的表达及临床意义

目的：探讨MED19在肝癌患者中的表达及与预后的关系。方法：基于TCGA数据库收集相关数据,挖掘MED19在肝癌组织和正常组织、不同临床特征和免疫分型中的表达差异。比较MED19在免疫分型中的表达差异,并基于“ESTIMATE”算法分析其表达水平与肿瘤微环境的相关性。通过Kaplan-Meier法以及Cox回归分析MED19表达量对肝癌患者生存期的影响。通过基因集富集分析(GSEA)并且筛选差异基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,探讨MED19的表达对其他基因集的影响。利用Cellminer数据库数据分析MED19表达量与药物敏感性的关系。结果：在肿瘤组织中MED19的表达增加(W=1 422,P<0.001),且MED19表达量与临床分期(stageⅡvs. stage I:W=5 828,P<0.01,stageⅢvs. stage I,W=5707,P<0.01)、病理分级(G3 vs. G1:W=2 656,P<0.05)和T分期(T2 vs. T1:W=6 485,P<0.01,T3 vs. T1:W=5 75...     

食管鳞状细胞癌组织中uPA和PAI-1表达与浸润转移及预后的关系研究

目的探讨食管鳞状细胞癌组织中尿激酶型纤溶酶原激活物（uPA）和纤溶酶原激活物抑制剂1（PAI-1）基因表达及其对预后的影响。方法应用免疫组织化学方法检测uPA、PAI-1基因在80例食管鳞癌患者及20例食管癌旁正常组织中的表达,并应用Cox回归模型和Kaplan-Meier生存曲线检测分析其与患者预后的关系。结果在食管癌组织中uPA、PAI-1蛋白表达显著高于食管正常黏膜组织（P〈0．05）。uPA、PAI-1的表达与食管癌浸润深度、淋巴结转移有关（P〈0．05）,但与年龄、民族无关。uPA和PAI-1的表达呈正相关（r=7．092,P〈0．05）。单因素Kaplan-Meier生存分析表明,10年总生存率为20％。食管癌uPA、PAI-1阳性表达组较阴性表达组有生存优势,但差异无统计学意义。Cox模型多因素分析表明,uPA、PAI-1不是影响生存期的独立因素,而肿瘤浸润深度和转移是影响生存期的独立因素。结论uPA、PAI-1蛋白表达与食管癌的发生发展有-定的关系,并可能成为判断预后的指标之一。     

ZNF207在肝细胞癌中的表达及意义

目的：研究锌指蛋白207(zinc finger protein 207,ZNF207)在人肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中 的表达情况,分析其与HCC临床病理特征及预后的相关性。方法：选择10对新鲜的冰冻HCC组织及相应癌旁肝组 织标本,采取real-time PCR检测其中ZNF207 mRNA的表达;另随机选择135例有完整资料的HCC石蜡标本,采用免 疫组织化学检测其中ZNF207蛋白的表达;统计分析ZNF207的表达与HCC临床病理特征及预后的关系。结果：在新 鲜冰冻HCC组织中ZNF207 mRNA的表达水平明显高于相应的癌旁肝组织(P<0.01);免疫组织化学结果显示HCC组 织中ZNF207呈显著高表达;且ZNF207的表达与肝硬化、结节数目、肿瘤包膜、微血管侵犯以及TNM分期明显相关 (P<0.05);生存分析显示ZNF207高表达组HCC患者总生存率、无瘤生存率较ZNF207低表达组明显下降(P<0.01);单多因素回归分析显示ZNF207是HCC患者总生存率及无瘤生存率的独立危险因素(P<0.05)。结论：ZNF207在HCC中呈高 表达,与HCC不良临床病理特征密切相关,并预示不良预后。     

肿瘤微环境中免疫与基质细胞相关基因在肺腺癌中的预后价值

目的:鉴别与肺腺癌预后相关的免疫与基质细胞基因。方法:501例肺腺癌基因表达数据来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库。肺腺癌样本的免疫和基质评分从ESTIMATE数据库中获取。χ2检验分析基质、免疫评分与患者临床病理特征的相关性。采用t检验以及Cytoscape中的Mcode模块筛选差异表达基因（DEGs）。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果:基质细胞评分与M分期显著相关（χ2=6.391,P=0.011）。免疫评分与M分期（χ2=4.769,P=0.029）、T分期（χ2=11.672,P=0.009）和总生存期（χ2=6.334,P=0.009）显著相关。基于免疫评分的DEGs有262个,基于基质评分的DEGs有391个。基因功能富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络分析差异表达基因,富集分析表明,DEGs参与调节免疫应答、抗原结合、免疫应答和受体结合。生存分析表明POSTN（P=0.0181）、PLEK（P=0.0434）、LY86（P=0.0136）、HCK（P=0.0487）对肺腺癌患者具有预后价值。结论:基质细胞相关基因POSTN高表达与患者不良预后相关,免疫细胞相关基因PLEK、LY86、HCK高表达预示患者预后较好。     

肿瘤趋化因子CCL18与前列腺癌临床相关性分析

目的：检测CCL18在良性前列腺增生和前列腺癌中的表达,并分析其表达水平与临床病理特征的关系。方法：通过实时荧光定量PCR检测CCL18基因在前列腺癌、前列腺增生组织中mRNA的表达情况,用免疫组化检测前列腺癌、前列腺增生标本中CCL18蛋白的表达情况。分析CCL18基因的表达水平与临床病理特征的关系。结果：前列腺癌患者组织中CCL18 mRNA显著上调,CCL18蛋白表达与前列腺癌分化程度有正相关的变化趋势, CCL18蛋白表达上调肿瘤发生发展、临床 Gleason 评分相关（ P＜0.05）。结论：CCL18蛋白表达与前列腺癌分化程度呈正相关趋势,检测CCL18蛋白表达水平可协助判断前列腺癌分化程度并评估预后。     

基于生物信息学分析PTX3基因在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:通过分析生物信息数据库相关资料,探究五聚蛋白3（PTX3）基因在乳腺癌中的表达和临床意义。方法:利用TIMER数据库和GEPIA2.0数据库对PTX3 mRNA在正常乳腺组织和乳腺癌组织中的表达进行分析;利用UALCAN数据库和Kaplan-Meier Plotter数据库分析PTX3与乳腺癌临床特征和预后的关系;利用STRING数据库构建PTX3蛋白相互作用网络;利用CancerSEA 数据库分析PTX3基因与乳腺癌单个细胞功能状态的相关性。结果:TIMER和GEPIA2.0在线平台分析结果显示,与正常乳腺组织相比,PTX3 mRNA在乳腺癌组织中低表达。UALCAN数据库分析结果显示,PTX3 mRNA表达与年龄、TNM分期、淋巴结转移数、TP53突变有关。Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示,PTX3 mRNA高表达的乳腺癌患者的总体生存期（HR=0.8,95%CI:0.65～0.97,P=0.026）和无进展生存期（HR=0.89,95%CI:0.8～0.99,P=0.032）更长。在Luminal A型、基底样型乳腺癌患者中,PTX3 mRNA高表达的人群总生存期更长。同时,在Luminal A型、基底样型以及Luminal B型乳腺癌患者中,PTX3 mRNA高表达的人群无进展生存期更长;STRING蛋白相互作用网络分析显示,PTX3蛋白相互作用网络包括FGF2、FCN1、CFH、FCN2、TNFAIP6、SELP、MBL2、C1QA、CFHR1主要参与免疫调节作用以及炎症,部分蛋白可调节细胞存活、细胞分裂、血管生成、细胞分化和细胞迁移。CancerSEA数据库分析结果显示,PTX3基因的表达与炎症反应呈显著正相关（P<0.001）,与转移、干细胞特性、组织缺氧呈显著负相关（均P<0.001）。结论:PTX3在乳腺癌组织中低表达,与年龄、肿瘤分级、淋巴结转移数、TP53突变相关,且PTX3 mRNA高表达乳腺癌患者生存预后较好,主要参与免疫调节作用以及炎症、调节细胞存活、细胞分裂、血管生成、细胞分化和细胞迁移等。