2022年河南省安阳市本土新型冠状病毒奥密克戎变异株基因组特征

目的 分析安阳市本土新型冠状病毒（新冠病毒,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株基因组特征,为掌握安阳市新冠病毒感染的变异变迁特点提供科学依据。方法 通过对2022年11月安阳市报告的13例本土新冠病毒感染病例咽拭子样本进行三代纳米孔测序,获得全基因组序列,应用在线分析平台,判断病毒型别;利用MEGA 11.0软件进行序列比对和分析,构建系统进化树,鉴定特异性变异位点,分析病毒的分子学特征。结果 13株新冠病毒均为Omicron变异株,基因组序列长度分别为29 615 nt～29 752 nt,覆盖度为99.1%～99.7%,共有103个核苷酸突变位点,94个氨基酸突变位点,突变位点分布在新冠病毒的8个基因编码区、5’端非编码区和3’端非编码区;其中S蛋白的突变对新冠病毒变异的影响最大,R346T和C1243F是BF.7.14在S蛋白上特有的氨基酸变异位点,T883I是BA.5.2.49特有的氨基酸变异位点,Q241K是DY.2特有的氨基酸变异位点。13条序列在Pangolin数据库上的分型分别为DY.2、BA.5.2.49和BF.7.14,Nextclade进化分析...     

一例境外输入新型冠状病毒奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组特征分析

目的 分析1例境外输入新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎BA.2.3突变株的全基因组序列分子特征。方法 对1例境外输入SARS-CoV-2感染者进行核酸检测和全基因组测序,利用生物信息学软件进行分型、同源性分析、氨基酸位点变异分析、磷酸化位点分析和构建进化树等。结果 获得1条长29 609 bp的SARS-CoV-2全基因序列,在进化树上位于B.1.1.529进化分支BA.2.3进化小枝。与wuhan-hu-1相比,共发生71个核苷酸位点变异和27个核苷酸位点缺失;62个氨基酸位点发生变异或缺失,其中S蛋白和N蛋白变异或缺失位点最多,分别发生31个和7个。结论 加强境外归国人员SARS-CoV-2的核酸检测和全基因组测序,有利于防控由境外输入引起的新型冠状病毒感染暴发。     

一起由新型冠状病毒奥密克戎BA.2.76变异株引起的暴发疫情特征分析

目的 分析2022年9月四川省遂宁市发生的一起新型冠状病毒肺炎本土疫情特征,为遂宁市的疫情防控提供参考依据。方法 收集本次疫情相关资料,对感染者的流行病学特征进行描述性分析。结果 本起疫情持续15 d,共报告205例感染者,男性85例,女性120例,年龄中位数M(P25,P75)为52(34.5,60)岁;无症状感染者90例,确诊病例115例（轻型106例、普通型3例、重型4例、危重型2例）,无死亡病例报告。病毒基因测序为奥密克戎变异株BA.2.76,未完成新冠疫苗加强免疫组患重症的比例为2.44%,高于完成新冠疫苗加强免疫组的0.49%;未完成新冠疫苗加强免疫组首次核酸阳性ORF1ab靶标为25.10、N靶标Ct值中位数为25.10,均低于完成新冠疫苗加强免疫组的29.30和28.45。结论随着防控措施的落实,疫情得到快速有效控制。新冠疫苗加强免疫可以有效降低感染者体内病毒载量,减少重症病例的发生。     

应高度关注新型冠状病毒变异株奥密克戎

目前,新型冠状病毒在全球流行,已经出现多种流行变异株,给社会带来巨大危害.2021年11月26日,世界卫生组织将B.1.1.529变异株列为"关切变异株",用希腊字母Omicron表示,这也是全球第五种"关切变异株".奥密克戎变异株已经在南非、美国和英国等国广泛流行,引起人们高度关注.本文就奥密克戎变异株的发现与流行、...     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析

目的 应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源.方法 选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序.应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别.应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源.结果 成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29883 bp,平均测序深度达25762×,覆盖度达98.61％;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致.结论 本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义.     

上海某方舱医院新型冠状病毒 奥密克戎变异株感染者流行病学特征分析

[摘要]　目的　探讨上海某方舱医院新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者的发病情况及流行病学特征。方法　以2022年4月9日—5月5日上海国家会展中心方舱医院收治的新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者为研究对象,对感染者年龄、性别、地区、疫苗接种等疫情数据进行流行病学特征分析。结果　122 151例新型冠状病毒感染者均为奥密克戎变异株BA.2或BA.2.2亚型感染,其流行病学特征结果显示：患者男女比例为1.51:1;平均年龄为（44.91±15.38）岁;0～17岁、18～30岁、31～60岁和≥61岁感染者分别占4.74%、20.80%、62.52%和11.94%;无症状感染者占80.80%,轻型患者占19.20%;平均住院时间为（7.00±2.77）d;未接种和完成1、2和3次疫苗接种的感染者分别占20.30%、3.18%、31.30%和45.22%,其中≥61岁且完成3次疫苗接种的感染者仅占10.10%。结论　各个年龄段人群对于新型冠状病毒奥密克戎变异株普遍易感。无症状感染者是本次疫情的主体人群,临床症状不典型,早期隐匿传播,积极加强核酸检测是早期发现疫情的必要手段。     

新型冠状病毒疫苗对奥密克戎变异株免疫保护效果研究进展

新型冠状病毒（新冠病毒）奥密克戎变异株自2021年11月被发现后,快速地在世界各地广泛传播,目前已成为全球新冠病毒传播的主要流行毒株。在奥密克戎变异株大流行的背景下,以新冠病毒原型株为基础构建的新型冠状病毒疫苗（新冠病毒疫苗）对奥密克戎变异株感染的免疫保护效果成为了全球关注的焦点,许多学者围绕不同类型新冠病毒疫苗及不同免疫策略开展了新冠病毒疫苗对奥密克戎变异株免疫保护效果的研究,以观察疫苗对奥密克戎变异株感染的保护作用。本文系统地概述了2021年11月1日 — 2022年7月26日发表的关于新冠病毒疫苗对奥密克戎变异株免疫学效果和保护效果的研究报道,为新冠病毒疫苗接种策略的优化调整及其研发等公共卫生决策提供参考依据。     

河南省某定点医院356例14岁以上新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者临床特征

目的 分析新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者的临床特点,为疫情防控和患者诊疗提供参考依据。方法 纳入2022年1月12日至2月22日全程在安阳市第五人民医院住院的大于14岁、有完整病历资料的356例奥密克戎变异株感染者,收集其临床表现和血常规检测资料,分析其临床特点。结果 356例感染者,平均年龄(28.00±16.18)岁,男性150例,女性206例。15～20岁感染者中女性占51.12%,低于20岁以上女性占比的69.17%(χ²=13.11,P<0.05)。轻型和普通型分别为256例(71.91%)和100例(28.09%),无重症和死亡。临床表现以上呼吸道症状和低到中等度发热为主,咽干咽痛、咳嗽、鼻塞流涕和发热分别为57.02%、37.08%、35.39%和26.40%。普通型病例发热占38.00%,高于轻型病例的21.88%(χ²=9.62,P<0.05)。42例(11.80%)病例外周血白细胞低于正常值,30例(8.43%)淋巴细胞低于正常值。轻型病例外周血白细胞值为(3.18±0.29)×10⁹/...     

厦门市境外输入新冠病毒奥密克戎变异株基因组特征分析

目的 分析厦门市输入性新冠病毒奥密克戎（Omicron）变异株的基因组序列特征,为防控境外输入性Omicron变异株引起的本土疫情提供理论依据。方法 采集厦门市2021年12月—2022年2月输入的144例新冠肺炎病例鼻拭子样本,用二代测序技术进行新冠病毒基因组测序,对获取的全基因组序列进行变异位点检测,并基于邻接法用Mega软件构建进化树。结果 去除低质量序列后,共获得119例病例的组装完整的病毒基因组序列,1×覆盖度99.3%～99.6%。Pangolin分型显示,共鉴定出17个Omicron变异型,包括11个BA.1及其分支,6个BA.2及其分支。共发现149个核苷酸突变位点,71个新发氨基酸突变位点：其中ORF1ab区50个、S蛋白区4个、ORF3a区6个、ORF7a区2个、ORF8区2个、N蛋白区7个。在S蛋白的受体结合域关键位点上未发现变异。结论 在Omicron变异株流行初期,揭示了厦门市输入性Omicron变异株病毒序列的基因组变异特征,为持续监测新冠病毒基因组变异奠定了基础。     

Reinfections with Different SARS-CoV-2 Omicron Subvariants,France

We describe 188 patients in France who were successively infected with different SARS-CoV-2 Omicron subvariants, including BA.1, BA.2, and BA.5. Time between 2 infections was <90 days for 50 (26.6%) patients and <60 days for 28 (14.9%) patients. This finding suggests that definitions for SARS-CoV-2 reinfection require revision.     

Increased Stability of SARS-CoV-2 Omicron Variant over Ancestral Strain

As of April 2022, the Omicron BA.1 variant of concern of SARS-CoV-2 was spreading quickly around the world and outcompeting other circulating strains. We examined its stability on various surfaces and found that this Omicron variant is more stable than its ancestral strain on smooth and porous surfaces.     

Expansion of L452R-Positive SARS-CoV-2 Omicron Variant,Northern Lombardy,Italy

We report 25 cases of infection with SARS-CoV-2 Omicron variant containing spike protein L452R mutation in northern Lombardy, Italy. Prevalence of this variant was >30% in this region, compared with <0.5% worldwide. Many laboratories are using previously developed L452R-specific PCRs to discriminate Omicron from Delta mutations, but these tests may be unreliable.     

SARS-CoV-2 Delta–Omicron Recombinant Viruses,United States

To detect new and changing SARS-CoV-2 variants, we investigated candidate Delta–Omicron recombinant genomes from Centers for Disease Control and Prevention national genomic surveillance. Laboratory and bioinformatic investigations identified and validated 9 genetically related SARS-CoV-2 viruses with a hybrid Delta–Omicron spike protein.     

Serial Intervals and Household Transmission of SARS-CoV-2 Omicron Variant,South Korea, 2021

To clarify transmissibility of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Omicron variant, we determined serial intervals and secondary attack rates among household contacts in South Korea. Mean serial interval for 12 transmission pairs was 2.9 days, and secondary attack rate among 25 households was 50.0%, raising concern about a rapid surge in cases.     

Time from Exposure to Diagnosis among Quarantined Close Contacts of SARS-CoV-2 Omicron Variant Index Case-Patients,South Korea

To determine optimal quarantine duration, we evaluated time from exposure to diagnosis for 107 close contacts of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Omicron variant case-patients. Average time from exposure to diagnosis was 3.7 days; 70% of diagnoses were made on day 5 and 99.1% by day 10, suggesting 10-day quarantine.     

Amplification Artifact in SARS-CoV-2 Omicron Sequences Carrying P681R Mutation,New York,USA

Of 379 severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 samples collected in New York, USA, we detected 86 Omicron variant sequences containing Delta variant mutation P681R. Probable explanations were co-infection with 2 viruses or contamination/amplification artifact. Repeated library preparation with fewer cycles showed the P681R calls were artifactual. Unusual mutations should be interpreted with caution.     

SARS-CoV-2 Incubation Period during the Omicron BA.5–Dominant Period in Japan

The mean virus incubation period during the SARS-CoV-2 Omicron BA.5–dominant period in Japan was 2.6 (95% CI 2.5–2.8) days, which was less than during the Delta-dominant period. Incubation period correlated with shared meals and adult infectors. A shorter incubation suggests a shorter quarantine period for BA.5 than for other variants.     

Duration of Infectious Virus Shedding by SARS-CoV-2 Omicron Variant–Infected Vaccinees

To determine virus shedding duration, we examined clinical samples collected from the upper respiratory tracts of persons infected with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Omicron variant in Japan during November 29–December 18, 2021. Vaccinees with mild or asymptomatic infection shed infectious virus 6–9 days after onset or diagnosis, even after symptom resolution.