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1.
目的 对核通道蛋白37 kDa(nucleoporin 37 kDa, NUP37)进行泛癌分析,观察NUP37对胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma, PAAD)细胞SW1990增殖、侵袭及迁移的影响。探讨NUP37在PAAD中的表达差异、临床意义及预后价值,并预测NUP37在PAAD中可能的作用机制。方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库下载与整理NUP37在33种肿瘤及11 057例样本的mRNA表达水平及生存预后相关数据,统计分析NUP37在泛癌中的表达及预后情况。分别采用5-乙炔基-2′脱氧尿嘧啶核苷(5-ethynyl-2′-deoxyuridine, EdU)免疫荧光实验、Transwell实验、划痕实验检测过表达NUP37和沉默NUP37对SW1990细胞增殖、侵袭、迁移的影响。利用基因表达水平值的交互式分析平台(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)数据库分析NUP37在PAAD中的表达及预后。从TCGA数据库获取PAAD患者... 相似文献
2.
目的 探讨泛癌中Raf激酶家族成员表达对患者预后及肿瘤微环境的影响。方法 从TCGA数据库下载泛癌的基因组、转录组及临床数据。分析泛癌中Raf激酶家族的表达水平,在细胞系及组织中验证,并探讨Raf激酶家族基因的表达与肿瘤基质、免疫评分、RNA干性评分(RNAss)、DNA干性评分(DNAss)、微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)及药物敏感性的相关性。结果 多种肿瘤中,A-Raf、B-Raf、Raf-1癌细胞系和癌组织中的表达与正常细胞系、癌旁组织有差异,Raf激酶家族成员表达水平与患者的预后、肿瘤基质、免疫评分、RNAss、DNAss、MSI及TMB呈显著相关。Raf激酶家族基因的表达水平与某些药物的敏感性有关。结论 Raf激酶家族成员在多种肿瘤进展中起重要作用。 相似文献
3.
SLC7A7是溶质转运蛋白超家族的重要成员之一,能够通过某些信号通路调控细胞周期、抑制肿瘤细胞迁移和侵袭,可能对肿瘤的预后具有重要意义.然而,SLC7A7在肿瘤进展和肿瘤免疫学中的潜在功能和机制仍不清楚.应用TIMER比较了多种癌症类型和正常组织中SLC7A7基因表达量的差异.使用cBioPortal分析SLC7A7拷贝数变化和突变的频率.使用MANTIS评估TCGA队列中的微卫星不稳定性.CIBERSORT算法用于估计浸润免疫细胞类型和免疫评分的相对分数.进行Kaplan–Meier生存曲线分析以评估泛癌的预后价值,SLC7A7在多种癌症中异常表达.在子宫内膜癌中SLC7A7突变频率最高.通过分析肿瘤微环境中SLC7A7表达与免疫细胞浸润之间的关系,发现对于不同的癌症,SLC7A7表达与浸润肿瘤的免疫细胞之间的相关性有所不同.发现24种癌症类型中SLC7A7的高表达与M1型巨噬细胞浸润相关.最后,泛癌生存分析表明,SLC7A7高表达在肾上腺皮质癌(ACC),肾嫌色细胞癌(KICH),胶质瘤(LGG),肝癌(LIHC),胰腺癌(PAAD),胸腺癌(THYM)和葡萄膜黑色素瘤(UVM)预后较差.SLC7A7低表达在肉瘤(SARC),皮肤黑色素瘤(SKCM)中预后较差.这些发现表明,SLC7A7在肿瘤免疫微环境中起着重要作用,并且已确定SLC7A7在某些类型的癌症中具有预后价值.因此,SLC7A7是癌症免疫疗法和有效的预后生物标志物的潜在目标. 相似文献
4.
目的 观察自噬相关蛋白LC3、Raptor、Rictor在甲状腺乳头状癌中表达情况,分析其与临床病理因素之间的关系。方法 采用免疫组织化学法检测LC3、Raptor、Rictor在甲状腺乳头状癌及其癌旁组织中的表达情况,并结合临床病理因素进行分析。结果 LC3、Raptor、Rictor在甲状腺乳头状癌中的阳性表达率分别为76.7、82.5、41.7%,在癌旁组织中的阳性表达率分别为4.9、16.5、7.8%,三项指标的表达差异均有统计学意义。LC3的表达与肿瘤长径及砂砾体形成相关,Raptor、Rictor的表达均与TNM分期相关,Rictor的表达与淋巴结转移相关。结论 LC3、Raptor、Rictor在甲状腺乳头状癌中表达升高,对于甲状腺乳头状癌的诊断、判断预后方面具有潜在价值。 相似文献
5.
目的 观察Slit引导配体3(Slit guidance ligand 3,Slit3)在上尿路尿路上皮癌(upper tract urothelial carcinoma,UTUC)中的表达及其与UTUC临床病理特征以及预后的关系。方法 采用免疫组织化学方法检测Slit3在UTUC中的表达,并运用相关统计学方法分析Slit3表达与UTUC临床病理特征(包括患者年龄、性别、组织学分级、分期和大片坏死等)以及预后的关系。结果 在UTUC患者中,Slit3表达随着肿瘤组织学分级和分期的增高而减低(P=0.014和P=0.006),Slit3还与肿瘤膀胱复发具有相关性(P=0.011)。在单因素生存分析中,Slit3低表达与UTUC患者的较短无病生存期和癌特异性生存期均相关(P=0.006,P=0.015),但在多因素生存分析中无统计学意义(P=0.213,P=0.332)。结论 Slit3的低表达与肿瘤高分级、高分期以及膀胱复发相关,但不影响UTUC的预后。 相似文献
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目的 探讨CD276在泛癌中的表达和对患者预后的影响及其作用机制。方法 采用TCGA和GTEx数据库分析CD276在肿瘤组织与正常组织中的差异表达,采用R语言分析CD276对泛癌患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响,进一步分析肿瘤组织中CD276表达与肿瘤免疫细胞浸润的相关性,采用基因集富集分析(GSEA) CD276的生物学功能,最后采用实时PCR对CD276在肿瘤中的表达进行体外验证。结果 肿瘤组织与正常组织间CD276表达存在统计学差异(P <0.05)。CD276影响肿瘤预后并与肿瘤微环境、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和肿瘤免疫细胞浸润密切相关。结论 全面的泛癌分析确定CD276是免疫浸润和癌症预后不良的生物标志物,可将其作为新的免疫调节靶点,用于开发新的免疫治疗靶向药物,为肿瘤治疗提供新思路。 相似文献
7.
目的 寻找并探讨乳腺癌组织可能分子标志物的表达及其临床意义。方法 应用免疫组织化学方法分别检测浸润性乳腺导管癌、乳腺导管原位癌与乳腺增生症组织中BRCA1、BRCA2、C-erbB-2、P53、 Bcl-2 的表达情况,分析其改变原因及与浸润性乳腺癌发生的相关关系。结果 100 例浸润性乳腺癌中,分子标志物的表达(BRCA1、BRCA2、C-erbB-2、P53、 Bcl-2)与乳腺导管原位癌及乳腺增生症相比,均发生了一定程度的变化,其中BRCA1 和P53 表达情况的改变与浸润性乳腺癌的发
生相关(P<0.05)。结论 BRCA1 和P53 基因蛋白表达可以作为乳腺癌预后的敏感因子及评估乳腺癌生物学行为和预后的参考指标。 相似文献
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目的 探讨在上皮细胞连接中发挥重要作用的斑菲素蛋白 1(plakophilin 1, PKP1)对黑色素瘤患者预后及免疫细胞浸润的影响。方法 通过Oncomine、TIMER及GEPIA数据库分析了不同肿瘤组织中PKP1的基因表达水平及黑色素瘤组织与正常组织中PKP1的基因表达差异。利用TIMER数据库分析了PKP1对黑色素瘤患者预后及肿瘤免疫细胞浸润的影响。结果 与正常组织相比,PKP1在膀胱癌、乳腺癌、结肠癌、头颈癌、肾癌及肺癌组织中表达显著升高,在脑和中枢神经系统肿瘤、颈椎肿瘤、食管癌、黑色素瘤及前列腺癌组织中表达显著下降(P<0.01)。PKP1与黑色素瘤组织中巨噬细胞、中性粒细胞及树突状细胞浸润呈显著负相关(P<0.05)。此外,PKP1表达水平不影响原发性黑色素瘤患者的预后,但对于发生转移的黑色素瘤患者来说,PKP1高表达预示着生存率显著降低(P=0.002)。结论 PKP1表达与黑色素瘤患者免疫细胞浸润具有显著相关性,同时可以预测转移黑色素瘤患者的预后,是潜在的免疫干预靶点。 相似文献
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目的 探讨丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶11 (STK11)在各种肿瘤中的潜在免疫功能和预后价值,为肿瘤的免疫治疗和预后提供依据。方法 从TCGA、CCLE和GTEx数据库获取正常组织、肿瘤细胞和肿瘤组织中STK11基因的表达水平,采用R软件、Kaplan-Meier方法和对数秩检验分析STK11表达水平与预后的相关性,ESTIMATE算法计算每个肿瘤样品的免疫评分、基质评分和综合评分,R软件分析STK11表达与这些评分之间的关系。结果 STK11在胆管癌、头颈部鳞状细胞癌、肾嫌色细胞癌、肺鳞癌、胰腺癌和直肠腺癌中高表达,而在宫颈癌和子宫肉瘤等16种肿瘤中低表达;其表达水平与肝细胞癌和子宫内膜癌等7种肿瘤总体生存期显著相关,可作为预后指标。STK11表达水平在多形胶质母细胞瘤和肺腺癌等6种肿瘤中与免疫评分、基质评分和综合评分呈显著负相关,且与肝细胞癌和肺腺癌等部分肿瘤的免疫浸润密切相关。结论 STK11基因在不同类型肿瘤中的表达有差异性(6种肿瘤中高表达,16种肿瘤中低表达),且与部分肿瘤免疫浸润相关,可作为预后指标。 相似文献
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目的 探讨人胃癌中芳香烃受体核易位蛋白2(ARNT2)的表达及临床意义。 方法 运用qRT-PCR和Western blotting检测ARNT2在正常胃细胞株及多种胃癌细胞株中的表达。通过免疫组织化学检测61例胃癌组织及相应癌旁胃黏膜组织中ARNT2的表达。 结果 ARNT2 mRNA和蛋白在胃癌细胞株中的表达水平显著低于正常胃细胞株。胃癌组织中ARNT2的阳性表达率显著低于癌旁胃黏膜组织(32.79% vs 80.33%,P<0.05),与细胞株的检测结果一致。并且,胃癌中ARNT2的表达水平与肿瘤的分化程度显著相关(P<0.05)。 结论 ARNT2在胃癌细胞及组织中低表达,并且其表达水平与胃癌的分化程度相关,提示其可能参与胃癌的发生与发展。 相似文献
11.
目的 寻找合适的标志物,联合BRAF突变分析,筛选出适合使用免疫治疗的皮肤黑色素瘤(skin cutaneous melanoma,SKCM)患者,实现精准治疗。方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取SKCM患者(n=470)的数据,根据BRAF突变情况,分为非突变组(n=230)和突变组(n=235)。用R软件的Limma包分析上述两组患者各基因的mRNA表达,使用fold-change和校正后P值筛选出差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),通过GO (Gene Ontology)数据库对差异基因进行通路富集分析。然后通过String数据库分析趋化因子受体4(chemokine receptor 4,CXCR4)与IL18和TP53分子的作用关系。此外利用Spearman的相关分析统计微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)与CXCR4表达的相关性,用Pearson系数描述CXCR4与免疫检查点表达的相关性,同时利用Wilcoxon检验分析BRAF突变组与非突变组之间CXCR4的表达差异。最后,我们采用ggplot2和pheatmap分析了SIGLEC15、TIGIT、CD274、HAVCR2、PDCD1、CTLA4、LAG3和PDCD1LG2这8个基因转录本的表达值,并使用肿瘤免疫功能障碍和排斥(tumor immune dysfunction and exclusion,TIDE)算法预测各组免疫检查点阻断(immune checkpoint blockade,ICB)治疗反应性。结果 BRAF基因在SKCM中广泛突变,其突变引起的差异性表达基因主要集中在IL-18和TP53两个通路。CXCR4是与肿瘤关系最为密切的趋化因子,且与IL18和TP53均有密切关系。SKCM癌组织中CXCR4表达显著升高,且在BRAF突变患者中表达水平更高。进一步分析发现,CXCR4与免疫检查点分子HAVCR2,PDCD1,PDCD1LG2,TIGIT在表达上存在正相关性。结合CXCR4表达与BRAF突变情况,将SKCM患者分为4组:BRAFWT-CXCR4高表达(G1组)、BRAFWT-CXCR4低表达(G2组)、BRAFMUT-CXCR4高表达(G3组)、BRAFMUT-CXCR4低表达(G4组),并从免疫检查点表达、ICB预测评分方面评估CXCR4表达联合BRAF突变分析在免疫治疗预测方面的作用,并筛选出更适合免疫治疗的组别。结果表明,CXCR4低表达且BRAFWT的患者MSI高,免疫检查点分子低表达且TIDE评分低即G2组最适合ICB治疗。结论 CXCR4有望成为监测疗效的潜在生物标志物。CXCR4表达水平联合BRAF突变分析,可为筛选出适合ICB治疗的SKCM患者提供理论基础。 相似文献
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目的 应用生物信息学技术分析筛选影响宫颈癌预后的关键基因并深度挖掘基因功能.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库下载宫颈癌微阵列数据集(GSE6791、GSE39001、GSE55940、GSE63678),合并和批量标准化后筛选差异表达基因(DEG).对DEG进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)... 相似文献
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目的 通过多种数据库分析ECT2在子宫内膜癌(UCEC)的表达水平、预后情况及潜在功能。 方法 利用GEO、STRING、Cytoscape筛选UCEC关键基因。联合TIMER2.0、UALCAN、肿瘤基因组图谱(TCGA)进行预后分析,运用LinkedOmics及Metascape在线分析工具行共表达基因筛选和功能富集分析。TIMER2.0分析关键基因与多肿瘤免疫浸润细胞关联性。 结果 共筛选出245个DEGs,ECT2为关键基因,其表达水平与UCEC肿瘤分级、分期及预后生存期有关联,另外发现ECT2与肿瘤增殖和免疫浸润细胞有关联。 结论 ECT2在UCEC中高表达,且与UCEC的不良预后有一定的关联性,这可能为UCEC治疗提供新靶点。 相似文献
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目的 建立结肠癌人源性肿瘤组织异种移植(patient-derived xenograft,PDX)模型并研究其在化疗药物筛选中的应用价值.方法 将新鲜的人结肠癌手术标本移植于BAIB/c裸小鼠皮下建立结肠癌PDX模型,稳定传至第3代;将PDX模型肿瘤组织与人肿瘤组织H&E染色,比较其组织形态特征;免疫组织化学检测肿瘤... 相似文献
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目的 分析和总结女性分泌雄激素肿瘤病因、临床表现及病理特征,探讨此类肿瘤的诊治及预后。方法 选取2012年1月—2018年1月在中国人民解放军总医院经手术病理证实为分泌雄激素肿瘤的20例患者,其中11例来源于卵巢(卵巢肿瘤组),9例来源于肾上腺(肾上腺肿瘤组)。回顾性分析患者的一般资料、临床表现、实验室特点、影像特点、病理特点及预后。结果 卵巢肿瘤组平均发病年龄(37.4±20.2)岁;肾上腺肿瘤组平均发病年龄(32.2±14.8)岁。卵巢肿瘤组病程为7个月~10年,平均病程为(2.8±2.7)年;均表现为男性化;10例(10/11)患者表现为去女性化。肾上腺肿瘤组病程为7 d~2年,平均病程为(0.7±0.6)年;5例(5/9)患者表现为男性化;4例(4/9)患者表现为去女性化。卵巢肿瘤组血清睾酮(T)水平为14.1(9.0,25.4)nmol/L,血清17-羟孕酮(17-OHP)水平为(2.5±0.8)μg/L,血清硫酸去氢表雄酮(DHEAS)水平为(188±101)μg/dl;肾上腺肿瘤组血清T水平为7.1(4.9,16.1)nmol/L,血清17-OHP水平为(6.2±3.3)μg/L,DHEAS水平为(676±312)μg/dl。卵巢肿瘤组中10例(10/11)患者经阴道超声检出阳性,另1例(1/11)经手术探查发现,卵巢肿瘤组患者肿瘤直径为(5.2±3.2)cm,其肿瘤直径与血清T水平无直线相关关系(r=-0.50,P>0.05)。肾上腺肿瘤组均通过肾上腺增强CT检出,肿瘤直径为(10.7
±4.1)cm,其肿瘤直径与血清T水平无直线相关关系(r=-0.23,P>0.05)。11例卵巢肿瘤患者术后病理提示3例(3/11)为支持-间质细胞瘤,7例(7/11)为脂质细胞瘤,1例(1/11)为畸胎瘤。9例肾上腺肿瘤患者3例(3/9)为肾上腺皮质腺瘤,6例为肾上腺皮质腺癌。11例卵巢肿瘤患者随访时9例存活,2例失访。肾上腺肿瘤患者随访时4例存活,3例失访,2例死亡。结论 分泌雄激素卵巢肿瘤及肾上腺肿瘤均可出现男性化、去女性化,二者均可使T水平明显升高,但无明显差异。肾上腺肿瘤组的血清17-OHP及DHEAS水平较卵巢肿瘤组高,肿瘤的平均直径也更大,其预后较卵巢肿瘤组更差。 相似文献
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目的 探讨硒蛋白硫氧还蛋白还原酶3(TXNRD3)在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响。方法 利用基因型-组织表达研究项目数据库、癌症细胞系百科全书数据库和癌症基因组图谱数据库,从硒蛋白基因TXNRD3出发,探讨其在人类33种恶性肿瘤中的表达情况,并分析其对33种肿瘤生存预后的影响,探讨TXNRD3与肿瘤微环境中的免疫细胞及免疫浸润的相关性,以及与免疫新抗原、免疫检查点、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性等的相关性,根据TXNRD3基因表达水平将人类肿瘤样本分为高、低表达组,并且对其进行生物功能和信号通路的富集分析。结果 多个数据库的差异分析结果显示TXNRD3在15种肿瘤中高表达。生存分析显示TXNRD3与胰腺癌患者预后不良显著相关。此外,TXNRD3的表达水平与肿瘤免疫浸润相关,也与免疫新抗原、免疫检查点基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性相关。TXNRD3影响DNA错配修复基因的表达。通过基因集富集分析显示TXNRD3参与调节许多涉及肿瘤代谢和肿瘤免疫的信号通路。结论 TXNRD3在肿瘤中广泛表达,TXNRD3对多种肿瘤的生存预后和治疗具有临床价值,揭示了TXNRD3在肿瘤靶向治疗中的潜力,表明TXNRD3在多种肿瘤中是一种很有前景的肿瘤预测生物标志物。 相似文献
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目的检测大肠癌及其转移淋巴结中β-连接素(β-catenin,β-cat)蛋白及mRNA表达,讨论β-catenin的表达与大肠癌生物学行为的关系,为针对大肠癌诊断和治疗的可能新方法提供理论依据.方法采用免疫组织化学染色,蛋白免疫印记(Western Blot),逆转录-多聚合酶链反应(RT-PCR)等方法联合检测并比较45例大肠癌患者原发灶和转移淋巴结中β-catenin表达情况,并对其在转移淋巴结内癌细胞再表达的机理进行分析.结果β-cat在转移淋巴结癌细胞中的再表达与肿瘤细胞的分化程度、组织学类型密切相关.(1)免疫组化结果显示:在45例大肠癌原发灶中80%(36/45)β-cat不正常表达,40%(18/45)大肠癌转移淋巴结中β-cat再表达阳性.其中高中分化腺癌转移淋巴结内癌细胞β-cat再表达阳性率为54.2%(13/24),而低分化腺癌为23.8%(5/21),高中分化腺癌相对于低分化癌更易出现β-catenin的再表达阳性(P〈0.05);在管状及乳头状腺癌β-catenin在转移淋巴结癌细胞中的再表达阳性率为35.7%(10/28),而在粘液腺癌则为47.1%(8/17,P〈0.05).β-cat在转移淋巴结内癌细胞的再表达与肿瘤部位、浸润深度以及患者的性别和年龄无关;(2)RT-PCR结果显示,45例原发灶组织及相应转移淋巴结均检测到不同程度的β-cat基因表达.β-catmRNA在大肠癌的表达量为(0.724±0.006),明显低于正常大肠粘膜表达量(0.785±0.017,t=21.066,P〈0.01);β-catmRNA在大肠癌转移淋巴结表达量明显高于大肠癌原发灶表达量,但低于正常大肠粘膜表达量;结合临床病理资料分析,高中分化大肠癌转移淋巴结中β-cat mRNA表达量高于低分化大肠癌转移淋巴结,管状腺癌转移淋巴结中β-cat mRNA表达量高于粘液腺癌转移淋巴结;(3)Western Blot结果显示:与25例均表达β-cat的正常大肠粘膜相比,45例原发肿瘤组织中41例检测到不同程度的β-cat表达,4例未表达:41例表达β-cat的原发肿瘤组织中其相应转移淋巴结中均检测到不同程度的β-cat蛋白表达,而4例未表达β-cat的原发肿瘤组织中有1例在其转移淋巴结中发现了β-cat的表达;这41例原发灶组织中各例蛋白相对强度分布区间为6~108(54.3±38.1),明显低于正常大肠粘膜蛋白表达量15~172(95.4±49.8),β-cat在大肠癌转移淋巴结蛋白表达量明显高于大肠癌原发灶蛋白表达量,但低于正常大肠粘膜蛋白表达量;结合临床病理资料分析,转移淋巴结中,高中分化大肠癌转移淋巴结中β-cat蛋白表达量高于低分化大肠癌转移淋巴结,管状腺癌转移淋巴结中β-cat蛋白表达量高于粘液腺癌转移淋巴结.结论大肠癌发生发展过程中β-cat在基因及蛋白水平的表达存在一定的变化特征,这种特征使其有可能成为大肠癌诊断与治疗的新靶点. 相似文献
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目的 探讨微型染色体维持蛋白6(MCM6)在皮肤黑色素瘤(SKCM)中的表达及其与预后的关系。方法 通过分析TCGA和GTEx数据库,比较MCM6在SKCM和正常皮肤组织中的表达差异;采用受试者工作特征曲线(ROC)、Cox回归分析和Kaplan-Meier (K-M)分析评估MCM6在SKCM中的临床意义及与预后之间的关系;通过LinkedOmics数据库、蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络、GO/KEGG富集及免疫细胞浸润分析对与MCM6共表达的基因进行功能富集分析。结果 MCM6在SKCM中的表达水平明显高于正常皮肤组织(P<0.05),且MCM6的高表达与SKCM的不良预后密切相关。GO功能注释分析显示,与MCM6共表达基因主要参与细胞器分裂、DNA复制、细胞周期检查点等生物学过程。KEGG分析显示,这些基因在细胞周期、细胞衰老、p53信号途径及对药物的耐药性形成等信号传导过程中发挥着重要作用。免疫细胞浸润分析显示,MCM6表达水平与Th2细胞、辅助性T细胞的浸润水平呈正相关;与浆细胞样树突细胞、Th17细胞、自然杀伤细胞及细胞毒性T细胞的浸润水平呈负相关。结论 MCM6在... 相似文献