基于网络药理学和分子对接技术探讨化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究化橘红抗酒精性肝损伤的潜在分子作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取化橘红的有效成分以及成分靶点，使用GeneCards、OMIM、TTD和DisGenet数据库获取疾病靶点基因信息，借助韦恩图选取活性成分靶点以及疾病靶点基因的交集获取化橘红治疗酒精性肝损伤的潜在作用靶点；利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络（PPI），并采用Cytoscape软件得到核心靶点网络图；最后使用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集和基因百科全书（KEGG）分析，利用AutoDock Tools进行活性成分与核心靶点的分子对接验证。结果 得到10个有效成分、98个成分靶点基因和1 531个疾病靶点基因，两者取交集后获取67个交集靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件最终得到肿瘤蛋白p53（TP53）、前列腺素内过氧化物酶2（PTGS2）、半胱氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、蛋白激酶B1（AKT1）5个核心靶点。GO分析和KEGG分析分别获得过氧化物酶体等50条目和脂质、动脉粥样硬化等20条信号通路。结论 化橘红可通过多个成分作用于多个靶点发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用，进而抑制酒精性肝损伤。     

基于网络药理学和分子对接的逍遥散治疗肝癌并抑郁症的潜在机制探讨

目的 通过网络药理学和分子对接方法,探讨逍遥散治疗肝癌并抑郁症的潜在机制。方法 通过 TCMSP 数据库,以逍遥散组方中药中文名称为检索词,设置口服生物利用度（OB）＞30% 和类药性（DL）＞0.18 为筛选条件获取中药活性成分与靶点,从 GeneCards 数据库中获取肝癌和抑郁症疾病相关靶点,并将疾病靶点与药物成分靶点相互交集,获取共同交集靶点后,导入 DAVID 数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路和基因本体（GO）功能的富集分析,并进行分子对接验证活性成分与关键靶点的亲和力。结果 获得逍遥散 161 个活性成分和 238 个靶点,而疾病靶点共计 11 204个;成分靶点和疾病靶点取交集得共同靶点 69 个;KEGG 通路富集在 AGEs-RAGE、癌症、HIF-1 等信号通路;分子对接显示核心成分 3β-乙酰氧基苍术酮与白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）等靶点结合活性良好。结论 逍遥散主要通过 3β-乙酰氧基苍术酮介导 ILIB、TNF、BCL2 等靶标,调节 AGEs-RAGE、癌症等信号通路,发挥抗炎、免疫调控、促进细胞凋亡等作用,从而改善肝癌和抑郁症的症状。     

橘红痰咳液联合复方甲氧那明治疗感染后咳嗽的疗效观察

目的 运用网络药理学研究芍药甘草汤治疗乙型病毒性肝炎所致肝损伤的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取芍药甘草汤的化合物及靶点,以口服生物利用度（OB）≥30%和类药（DL）≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶点输入Uniprot获取靶点对应的基因Symbol;从TTD、OMIM等数据库获取乙型病毒性肝炎的相关靶点并筛选出与芍药甘草汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.8.0软件绘制活性成分-靶点、疾病-中药-化合物-交集靶点（基因）网络图;运用String构建蛋白相互作用网络,再用R语言的Bioconductor安装包,进行GO富集及KEGG通路富集分析,并联合主要化合物、交集基因与通路分析结果,绘制成分-靶点-通路网络图;用Vina软件对筛选出来的结果进行分子对接。结果 筛选得到芍药甘草汤有效成分105种、有效成分靶点214个;筛选得到乙型病毒性肝炎疾病靶点5 984个,药物-疾病交集基因198个;经蛋白互作网络及拓扑结构分析得到21个核心靶点,121条相互作用关系;槲皮素、山柰酚、柚皮素等为芍药甘草汤的主要活性成分,PPARA、RB1、TP53、MAPK3、AKT1、STAT3、JUN等为主要作用靶点。GO富集分析显示靶点所在的细胞组分主要为薄膜筏、膜微域、膜区域;生物学过程主要富集在有对金属离子的响应、对脂多糖的反应;分子功能主要为核受体活性、转录因子活性。KEGG富集发现膜区由糖基化终末产物介导的AGE-RAGE通路、乙型肝炎通路等为主要通路。进一步筛选核心靶点及化合物成分进行分子对接显示MAPK3、AKT1、STAT3、JUN作为核心靶点可与槲皮素、山柰酚、柚皮素稳定对接。结论 通过网络药理学及分子对接的方法,找到了芍药甘草汤治疗慢性乙型病毒性肝炎肝损伤可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的关键通路。     

基于网络药理学探讨葛花治疗心肌缺血的潜在机制

目的 探讨葛花治疗心肌缺血（MI）的潜在机制。方法 在TCMSP数据库检索葛花的活性成分和靶点,使用Cytoscape构建葛花-活性成分-靶点网络图。通过DisGeNET、GeneCards、OMIM数据库筛选MI的靶点。通过制作葛花靶点和MI靶点的韦恩图得到共同靶点,在STRING数据库中对其进行网络构建,然后将其可视化。使用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,将其可视化取KEGG富集分析的前20条信号通路,构建信号通路与靶点之间的网络图。选择前5个活性成分及其对应的前10个靶点进行分子对接。结果 葛花的活性成分16个,成分靶点142个,MI的靶点2327个,取交集后共得到葛花治疗MI的靶点51个,其中核心靶点是INS、EDN1和IL10等,GO富集分析确定了171个与之发生发展密切相关的生物过程,KEGG富集分析确定了38条信号通路,GO和KEGG富集分析提示葛花主要通过补体和凝血级联反应通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化途径、MAPK等信号通路发挥作用。分子对接表明葛花的活性成分与其相应靶点具有良好的结合力。结论 本研究通过网络药理学初步揭示葛花多成分、多靶点、多通路治疗M...     

基于网络药理学探讨熟地黄-山茱萸治疗2型糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学探讨熟地黄-山茱萸治疗2型糖尿病（T2DM）的机制。方法 首先对熟地黄及山茱萸的有效活性成分进行筛选,其次运用DisGeNET、OMIM以及GeneCards数据库,对熟地黄以及山茱萸的有效成分靶点和T2DM的作用靶点进行预测。将所获得的数据输入在线维恩平台获得疾病与成分的交集靶点,然后将交集靶点导入Cytoscape软件进行可视化分析,获得疾病-成分-靶点网络图,最后进行GO通路的富集分析和KEGG功能注释分析。结果 筛选出熟地黄以及山茱萸有效活性成分共54种。收集T2DM的作用靶点共450个,相互交集的靶点共24个。GO富集分析发现主要富集在细胞成分等方面,生物学过程主要富集在对基因的调节、调控。KEGG通道路径富集分析发现其涉及多条通路,如营养信号通路、胰岛素抵抗、神经活性配体-受体相互作用等。结论 初步发现了熟地黄-山茱萸治疗T2DM的分子机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

水飞蓟黄酮提取物治疗非酒精性脂肪肝病的网络药理学研究

基于网络药理学及分子对接探讨水飞蓟中主要黄酮类活性成分对非酒精性脂肪肝病(nonalcoholic fatty liver diseases, NAFLD)的治疗作用及分子机制。通过TCMSP、PubChem数据库及文献调研确定水飞蓟中9种黄酮成分为研究对象,借助SwissTargetPrediction、GeneCards、Venny 2.1.0平台预测这9种成分与NAFLD之间的潜在治疗靶点。利用String平台和Cytoscape软件对潜在靶点进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,基于DAVID 6.8数据库对潜在靶点进行GO和KEGG通路富集分析,使用AutoDock软件模拟分子对接验证。体外实验选取“成分-靶点-通路”网络图中度值较大的组分,以L02细胞为研究对象建立脂质堆积模型并给药处理,根据油红O染色结果来衡量药物分子对脂代谢的积极作用。结果筛选得到水飞蓟主要黄酮成分治疗NAFLD的作用靶点共24个,通过KEGG富集分析筛选得到与NAFLD进程密切相关通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B (PI3K-Akt)通路、2型糖尿病通路、肿瘤坏死因子(TNF)通路及胰岛素...     

基于网络药理学及分子对接技术分析丹参-川芎-葛根抗高血压的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究丹参-川芎-葛根有效活性成分抗高血压的相关靶点及分子机制。方法 通过检索TCMSP、Uniport数据库,获得丹参-川芎-葛根的主要活性成分和相关靶点。通过Genecards数据库获得高血压相关靶点。运用Venny数据库构建丹参-川芎-葛根和疾病靶点韦恩图,得到交集靶点;并将得到的交集靶点导入STRING数据库得到蛋白质相互作用关系。使用RStudio 1.4.1106软件对交集靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。并利用Cytoscape 3.6.0软件对“药材-活性成分-靶点”、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、“活性成分-靶点-通路”网络进行可视化。采用AutoDock Tools 1.5.6软件将关键活性成分和核心靶点进行分子对接,运用PyMOL对对接结果进行可视化。结果 通过筛选共获得68个活性成分,759个高血压相关靶点,62个交集靶点。经KEGG通路富集分析发现,丹参-川芎-葛根通过调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、钙信号通路、AGE-RAGE、松弛素、cGMP-PKG等通路起到抗高血压的作用。分子对接结果显示,丹参酮ⅡA、隐丹参酮、β-谷甾醇与NOS3、FOS、VEGFA、AKT1等核心靶点结合能力较好。结论 证实了丹参-川芎-葛根多成分、多靶点、多途径的作用规律。     

基于网络药理学及分子对接探讨柴胡注射液退热的分子机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接研究柴胡注射液（CI）退热作用的潜在机制。方法 使用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）检索、文献补充获取柴胡的活性成分、潜在靶点。借助GeneCards、DurgBank以及人类在线孟德尔遗传数据库（OMMI）数据库检索发热相关靶点。运用STRING数据库将交集靶点行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;在Cytoscape中建立“柴胡注射液-活性成分-靶点基因-发热”的网络;利用David数据库行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析;最后使用AutoDock Vina模拟分子对接。结果 柴胡共有活性成分17个,作用靶点210个,发热靶点1208个,交集靶点102个。GO条目747个,涉及对外来刺激的反应、炎症反应、细胞对肿瘤坏死因子的反应、对脂多糖反应等生物学过程。KEGG通路156条,涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路。分子对接中成分与靶点可较好结合。结论 CI通过多成分、作用于多靶点和途径对发热产生治疗作用。     

基于网络药理学探讨“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的重要靶标。方法 通过中药系统药理学数据库（TCMSP）检索“酸枣仁-当归”药对活性成分及相应靶点;通过GeneCards数据库检索失眠相关靶点;在Cytoscape3.7.2软件中构建“酸枣仁-当归”药对-活性成分-靶点网络图;构建韦恩图得到该药对与疾病的交集靶点。构建蛋白质互作（PPI）网络筛选核心靶点,通过Autodock等软件进行分子对接。借助R studio对交集靶点进行GO富集和KEGG通路分析。结果 得到“酸枣仁-当归”药对有效成分11个,靶点88个,失眠相关靶点1 348个,交集靶点20个,6个核心靶点。分子对接分析发现丁子香萜与MAOB结合能力最强。GO富集和KEGG通路分析得到,肾上腺素能受体信号通路、神经递质受体的活动等,通过神经活性配体受体相互作用、5-羟色胺能突触等达到治疗失眠的作用。结论 “酸枣仁-当归”药对可能通过MAOB、ACHE、SLC6A4等靶标调控胆碱能突触、多巴胺能突触、钙信号通路、5-羟色胺能等信号通路来起到多因素共同治疗失眠的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨苗药土大黄防治功能性子宫出血的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接的方法探讨苗药土大黄防治功能性子宫出血（DUB）的潜在作用机制。方法 基于文献研究筛选得到土大黄主要活性成分,利用Swiss Target Prediction平台预测土大黄的作用靶点,利用OMIM、DrugBank、DisGeNet、GeneCards数据库确定DUB的疾病靶点,并通过Venny 2.1.0在线工具将其与土大黄靶点取交集后获得土大黄防治DUB的潜在作用靶点;在STRING数据库进行蛋白互作网（PPI）分析,结合Cytoscape 3.8.2 软件筛选关键靶点。将筛选得到的交集靶点导入DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后运用AutoDock Tools软件将筛选出的关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 结合文献研究与Swiss Target Prediction平台筛选得到药物活性成分26个,药物靶点392个,疾病靶点436个,共同靶点74个;经PPI及网络拓扑分析后,获取核心靶点7个,分别是信号转导和转录激活因子3（STAT3）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、磷酸肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基α（PIK3CA）、雌激素受体（ESR1）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、转录因子p65（RELA）;经活性成分–核心靶点网络的构建及网络拓扑分析,得到土大黄防治DUB主要活性成分9个,分别是槲皮素、阿魏酸、豆蔻酸、羟基大黄素、决明柯酮、大黄素甲醚、委陵菜酸、大黄酚、3,4-二羟基苯甲酸乙酯;GO富集到基因功能303个（P＜0.01）,KEGG富集到基因通路122条（P＜0.01）,结果表明,土大黄防治DUB的作用机制是通过调节低氧诱导因子-1（HIF-1）、磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶（p-PI3K）–蛋白激酶B（Akt）等信号通路来发挥防治DUB的作用。分子对接验证结果显示,关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 初步揭示了土大黄防治DUB的有效成分和可能的作用机制,并为深入研究药效物质基础、作用机制以及临床应用提供了科学参考。     

基于体外药效学结合分子对接技术研究穿山龙抗心肌缺血的作用机制

目的 通过液质联用技术、体外药效学及分子对接技术探究穿山龙抗心肌缺血的物质基础和作用机制。方法 利用UPLC-Q TOF-MS技术确定穿山龙醇提物中的主要成分,比较不同质量浓度（40、10、4、0.4、0.004 mg/mL）的穿山龙醇提物对H9c2心肌细胞缺氧/复氧（H/R）损伤后细胞活力的影响。应用AutoDock软件对潜在药效物质和关键靶点进行分子对接,相关结果采用Cytoscape 3.6.1进行构图和网络拓扑结构分析。结果 从穿山龙的醇提物中鉴定出7个化学成分,并证明穿山龙醇提物对H/R损伤H9c2心肌细胞具有一定的保护作用。筛选出5种（薯蓣皂苷元、薯蓣皂苷、对羟基苄基酒石酸、原薯蓣皂苷、薯蓣次皂苷A）与抗心肌缺血相关的活性成分,5种活性成分的分子对接结果显示潜在的药效物质与关键靶点内皮一氧化氮合酶（NOS）2、NOS3、环氧化酶/细胞色素C氧化酶多肽Ⅱ(COX2)、热休克蛋白（HSP70）对接结果能量低于-8 kcal/mol。结论 穿山龙中的甾体皂苷类成分可能是其治疗心肌缺血的物质基础,穿山龙治疗心肌缺血是多成分与多靶点相互作用的结果。     

基于网络药理学的升麻治疗乳腺癌作用机制研究

目的 通过构建升麻Cimicifugae Rhizoma化学成分-靶点-代谢信号通路网络，探讨其治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和PharmMapper获取升麻化学成分与作用靶点，将其与乳腺癌疾病靶点取交集得到升麻治疗乳腺癌的作用靶点，进一步利用靶点-成分反向筛选得到治疗乳腺癌的升麻潜在活性成分；通过GeneMANIA数据库获取间接靶标和“蛋白-靶点”互作网络，并通过蛋白-蛋白相互作用筛选关键靶标；采用Cytoscape构建“成分-靶点”网络图，使用分子对接将潜在活性成分和关键靶标配对，以证实前期靶标筛选和反向药效团匹配的可靠性；通过DAVID网站对作用靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，利用R语言和在线绘图网站（omishare tools）将结果可视化。结果 获得升麻潜在活性成分共68个，与乳腺癌相关疾病靶点48个，关键靶点为ESR1、SRC和HRAS。GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目484条，细胞组成（CC）条目7条，分子功能（MF）条目75条。KEGG通路富集筛选获得到21条信号通路。分子对接结果显示关键靶标与升麻潜在活性成分匹配性较好。结论 升麻主要通过作用于ESR1、SRC、HRAS等靶点，调节癌症通路、蛋白多糖通路和雌激素信号通路等起到治疗乳腺癌的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术分析川楝子致肝毒性机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探究川楝子肝毒性机制。方法 通过TCMSP、PubChem、SwissADME数据库及文献检索筛选川楝子的潜在毒性成分,利用SwissTargetPrediction数据库预测潜在毒性成分的作用靶点,再通过GeneCards数据库搜索与肝脏损伤相关的靶点,将毒性成分预测靶点与肝脏损伤靶点取交集靶点,获得毒性成分肝脏潜在作用靶点,再利用软件Cytoscape 3.8.2版进行毒性成分–预测靶点、毒性成分–潜在作用靶点、蛋白相互作用（PPI）网络、毒性成分–潜在作用靶点–核心通路网络的构建,采用AutoDock 1.5.6版进行分子对接,并应用PyMOL软件对对接结果进行可视化示例。结果 筛选得到6个川楝子潜在毒性化合物,分别是toosandanin、meliasenin B、trichilinin D、1-O-tigloy-1-O-debenzoylohchinal、butenolide、5-hydxoymethylfurfural,与肝脏损伤共同作用靶点103个。GO和KEGG结果显示,川楝子通过蛋白质磷酸化、凋亡过程的负调控、对异种生物刺激的反应、酶激活的正向调控等过程引起肝脏毒性。分子对接结果显示,川楝子中toosandanin、trichilinin D、1-O-tigloy-1-O-debenzoylohchinal与关键靶点具有较好的结合能力。结论 应用网络药理学及分子对接技术对川楝子致肝毒成分、机制、靶点、通路进行了初步探索,为进一步对川楝子的临床应用研究和效应机制提供数据支持。     

基于网络药理学探讨人参调控铁死亡抗阿尔茨海默病的潜在作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨人参抗阿尔茨海默病的可能靶标及作用机制.方法 利用TCMSP数据库获取人参活性成分及其所对应的靶标.通过GeneCards数据库获取阿尔茨海默病的治疗靶标.利用Venn在线工具获得人参活性成分和阿尔茨海默病的共同作用靶点.运用Cytoscape软件构建人参、活性成分、靶标间相互作用网络关系图...     

黄芪-川芎药对治疗脑卒中的网络药理学研究

目的 探讨黄芪-川芎药对治疗脑卒中的药理机制。方法 通过多个数据库并结合文献调研检索黄芪、川芎的有效化学成分和相关靶点;采用Cytoscape软件绘制成分靶点可视化网络,并进行拓扑分析;以CTD在线分析平台挖掘脑卒中的相关靶点,借助STRING数据库构建化合物靶点蛋白互作网络、脑卒中靶点蛋白互作网络,应用Cytoscape软件进行网络合并获取核心网络,并对核心靶点基因进行KEGG通路富集分析。结果 共筛选出黄芪、川芎中49个有效化合物,靶点蛋白272个,核心靶点蛋白39个,KEGG富集通路10条。作用通路涉及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白介素17（IL-17）信号通路、松弛素信号通路、核因子（NF）-κB信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、C型凝集素受体信号通路、Toll样信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域（NOD）样信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路、p53信号通路。结论 黄芪-川芎药对中槲皮素、山柰酚等化合物可能通过肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白介素17（IL-17）信号通路等多条通路发挥治疗脑卒中的作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨大蒜抗幽门螺杆菌感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨大蒜Allii Sativi Bulbus抗幽门螺杆菌(Hp)感染的活性成分及可能的作用机制,并通过体外抑菌试验验证大蒜素对Hp菌株的抗菌活性。方法 利用HERB数据库获取大蒜的活性成分,并通过PharmMapper、Swiss Target Prediction、BATMAN-TCM数据库获取活性成分靶点并构建"药物-成分-靶点"网络,筛选出主要活性成分。通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK和DisGeNET数据库收集与Hp感染相关的靶点,取药物与疾病靶点交集,筛选出潜在靶点。利用STRING数据库获取潜在靶点的互作关系,并在Cytoscape中构建蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点。在DAVID数据库中进行潜在靶点的基因本体论(GO)生物分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock进行活性成分与核心靶点的分子对接。用体外抗菌试验检测大蒜素的抗Hp活性。结果 共筛选出36个大蒜活性成分,291个潜在靶点,PPI网络分析得到肿瘤蛋白p53(TP53)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK3)5个核心靶点。GO分析得到954个生物过程,KEGG分析得到176条通路。分子对接结果显示,大蒜活性成分均与核心靶点有较好的结合能力。体外抑菌试验显示大蒜素对3株Hp菌均有抑菌活性,最小抑菌浓度为2 mg/mL。结论 大蒜中的活性成分可能通过作用于TP53、SRC、STAT3、HSP90AA1、MAPK3 5个核心靶点参与Hp感染相关过程,其机制与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、叉头框蛋白O(FoxO)、低氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路有关,且大蒜素对Hp菌有抑菌活性。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨“半枝莲-山慈菇”抗乳腺癌的作用机制

目的通过网络药理学和分子对接方法探讨"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选半枝莲、山慈菇的有效化学成分及相应靶蛋白。通过DrugBank、Uniprot数据库筛选乳腺癌潜在靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建"化合物–靶点–疾病"网络图。使用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用DAVID数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果共筛选出半枝莲中有效化学成分29个,山慈菇中有效化学成分3个;对应潜在作用靶点517个,乳腺癌靶点118个;将"半枝莲–山慈菇"与乳腺癌的靶点对比,获得8个药物–疾病共同靶点,包括雄激素受体(AR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-9(CASP9)、雌激素受体α(ESR1)、雌激素受体β(ESR2)、钾电压门控通道亚家族H成员2(KCNH2)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)和钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)。GO功能分析得到197个条目,涉及药物代谢等方面。KEGG通路分析得到116个条目,涉及膀胱癌、非小细胞肺癌、胰腺癌、非洲锥虫病、前列腺癌、结直肠癌、子宫内膜癌等通路。结论研究揭示了"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,并结合分子对接技术,发现其作用是多靶点、多通路的,为今后的分子生物学实验奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术预测三七治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法 在TCMSP数据库筛选三七有效活性成分及作用靶点，构建三七“活性成分–靶点”网络。在GeneCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关靶点，取药物与疾病交集靶点，利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络，通过Cytoscape 3.8.2软件构建“成分–靶点–疾病”网络图，并使用R软件进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。MOE软件对有效成分与潜在靶点作分子对接验证。结果 共筛选三七治疗腰椎间盘突出症的有效活性成分8个、有效药物靶点33个，其中前列腺素内过氧化物合酶、半胱氨酸蛋白酶-3、基质金属蛋白酶9、细胞趋化因子2等靶点基因可能起着关键作用。GO富集分析选取43个条目，主要包括对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；膜筏、膜微区等细胞组分；内肽酶活性、细胞因子受体结合等分子功能。KEGG通路富集分析获得了涉及炎症、细胞凋亡、代谢、免疫、肿瘤等102个条目，其中IL-17信号通路起着关键作用。分子对接结果表明三七主要有效活性成分与核心靶点有较强的结合能力。结论 三七通过多途径、多靶点发挥治疗腰椎间盘突出症的作用。     

基于UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS技术和网络药理学探讨蒲公英改善高脂血症的活性成分及其作用机制

目的 基于超高效液相色谱-线性离子阱串联静电场轨道高分辨质谱（UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS/MS）技术、网络药理学和分子对接探究蒲公英改善高脂血症的有效成分及其作用机制。方法 根据质谱信息结合对照品裂解规律并参考文献指认蒲公英中化学成分；利用STITCH、SwissTargetPredection、TCMSP数据库构建蒲公英的潜在药效成分靶点数据库，通过GeneCards、DrugBank、OMIM、TherapeuticTargetDatabase、PharmGKB获取血脂异常潜在靶点；使用STRING数据库构建关键靶点蛋白相互作用（PPI）网络；通过Metascape数据库对关键靶点进行基因本体论（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析；借助Cytoscape软件构建"活性成分-靶点-通路"网络；采用分子对接技术进行虚拟验证。结果 从蒲公英中共鉴别出126个化合物，包括黄酮类58个，有机酸类29个，萜类23个，苯丙素8个，核苷类3个和其他类5个。网络药理学研究表明，蒲公英可能通过槲皮素、异鼠李素、香叶木素、白杨素、芹菜素等成分作用于碳酸酐酶2（CA2）、碳酸酐酶7（CA7）、醛糖还原酶（AKR1B1）、基质金属蛋白酶2（MMP-2）、蛋白激酶1（Akt1）等核心靶点，来调节脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、流体剪切应力和动脉粥样硬化和晚期糖基化终末产物（AGE）/AGEs受体（RAGE）等信号通路，从而发挥调血脂作用；分子对接验证结果表明，蒲公英改善高脂血症有效成分与疾病靶点蛋白具有较强的结合活性。结论 蒲公英可能通过调控脂质代谢、炎症反应、内质网应激、氧化应激和免疫调节等多方面发挥改善高脂血症的作用。