广西首起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对广西首起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因分型。方法采用荧光定量PCR法对8份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,取其中4份阳性标本再经RT-PCR扩增,然后纯化、克隆、测序和进化树分析。结果8份标本均测出诺如病毒RNA,阳性率100%;其中4株病毒的N/S区序列与GenBank中的雪山病毒参考株同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实广西大新县的急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.2型。     

华东地区散发性戊型肝炎病毒系统进化分析

目的 了解华东地区散发性戊型肝炎病毒(HEV)的系统进化特征.方法 2005-2008年收集华东地区14家二级或三级医院413份散发戊型肝炎患者血清,应用巢式RT-PCR方法检测HEVRNA并测序.参照GenBank相关序列,分析各序列之间的同源性,并构建进化树.结果 413例患者的男女性别比为1.75:1,40～69岁患者居多(61.5%).413份患者血清有140份分离出HEV RNA,阳性分离率为34%.所有分离的140份病毒株均属于HEV Ⅳ型,与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型参考病毒株的核苷酸同源性分别为77.9%～88.3%、80.8%～90.6%、73.4%～85.2%和91.0%～95.4%.结论 基因Ⅳ型HEV是引起华东地区散发性戊型肝炎的优势病毒株,其起源和进化等问题仍需进一步研究.     

安徽省戊型肝炎基因分型及临床特征研究

目的研究安徽省戊型病毒性肝炎的基因型及其分布特点,为预防和控制戊型病毒性肝炎和疫苗的研制提供科学依据。方法按照戊型病毒性肝炎诊断标准及处理原则（GB17011-1997）于2006年12月～2007年12月从安徽省的4家综合性三甲医院收集戊型病毒性肝炎132例,分析临床特征,其中采集血清50份,用RT-nPCR法检测戊型肝炎病毒基因型。结果HEV RNA阳性率为22%（11/50）,经测序证实为戊型肝炎病毒（Hepatitis Evirus,HEV）的基因序列;用DNA STAR软件分析,11例的病毒株中2例为HEVⅠ型,9例为HEVⅣ型。Ⅳ型中又有ⅣA型3例和ⅣD型6例。结论安徽省急性散发性戊型肝炎的病毒基因型以HEVⅣ型为主,Ⅰ型次之,而Ⅳ型又有不同的亚型,主要为ⅣA和ⅣD型。     

应用实时荧光聚合酶链反应检测婴幼儿腹泻标本中的腺病毒

目的 建立实时荧光聚合酶链反应(Real-time PCR)方法检测腺病毒,并分析浙江省温州地区散发性婴幼儿腹泻患者不同型别腺病毒的感染情况.方法 根据GenBank中腺病毒六邻体基因序列设计一对通用引物,建立Real-time PCR方法检测婴幼儿腹泻标本中腺病毒DNA,并与免疫层析法比较;同时对Real-time PCR方法 检测阳性的标本进行PCR产物测序和病毒分离培养及酶切鉴定.结果 建立快速、特异检测婴幼儿腹泻标本中腺病毒DNA的Real-time PCR技术.157份婴幼儿腹泻标本中免疫层析法检测阳性3份,阳性率为1.91%;Real-time PCR检测阳性5份,阳性琦率为3.18%(5/157);154份免疫层析法检测阴性标本中,有2份Real-time PCR法检测为阳性.5份Real-time PCR检测阳性标本经测序鉴定,Ad3型占1.91%(3/157),Ad7型占1.27%(2/157);经病毒分离培养检出阳性2例,酶切鉴定为Ad3型.结论 Real-rime PCR技术结合PCR产物直接测序分析具有敏感、特异等优点,适用于腹泻标本中腺病毒的检测及分型.2008年2-4月浙江省温州地区散发性婴幼儿腹泻的腺病毒主要为Ad3型和Ad7型.     

无锡一起诺如病毒感染性腹泻病原基因测序分析

目的对无锡一起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,以确证其病原体,并对其基因进行分型。方法采用荧光定量PCR法对74份疫情病例样本进行诺如病毒RNA检测,在阳性标本中取3份病毒样本和1份日常监测检出的诺如病毒Ⅱ型阳性标本,经RT-PCR扩增,然后纯化、测序和进化树分析。结果 74份疫情样本中的17份样本测出诺如病毒Ⅱ型RNA,阳性率23%;其中3株疫情病毒和1株日常哨点医院腹泻病监测所得的Ⅱ型诺如病毒的ORF1-ORF2连接区序列与DNA Data Bank of Japan(DDBJ)中的GII.4参考株Lordsdale病毒(Lordsdale virus,LV)同源性最高,达95%。结论序列测定结果证实这起无锡急性胃肠炎疫情是诺如病毒感染所致,其病毒基因型为GⅡ.4型。     

杭州市2007年流行性腮腺炎病毒分离株的基因型分析

目的：了解杭州地区腮腺炎病毒流行株基因型分布情况。方法：对杭州地区2007年腮腺炎病毒分离株SH基因测序后分型,测序结果与其他基因型参考株进行同源性比较,构建SH基因亲缘进化树。结果：杭州地区2007分离株病毒属于F基因型,与浙江株EF102876、EF102880相似性分别为99.3%、96.7%;与基因型代表株Z77158（兰州）、Z77160（上海）核苷酸相似性分别为98%、94.6%;与目前使用的疫苗株D90232（Jeryl Lynn）相似性为84.9%。结论：从本次分离株来看,杭州地区流行的为F基因型,未发现基因型间变异,但与上海株之间存在较大的型内差异。     

南宁市散发性急性胃肠炎病例中检出GⅠ.8型诺如病毒

目的研究南宁市某医院散发性急性胃肠炎病例中,GⅠ.8型诺如病毒(Norovirus,NV)的基因特征。方法采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应,对2007年1月～2008年12月南宁市某医院散发性急性胃肠炎病例标本检测基因Ⅰ型(GenogroupⅠ,GⅠ)NV核糖核酸,对阳性标本进行N/S区核苷酸序列测定,并构建系统进化树分析。结果在696份粪便标本中,检出3份GⅠ型NV核酸阳性。经核酸序列分析发现,其中一份[南宁(Nanning,NN)07230]与GⅠ.8型参考株(WUGⅠ/00/JP)的核苷酸序列同源性达94.5%;与2006～2007年日本、韩国公布的GⅠ.8型NV核苷酸序列同源性范围在96.7%～98.5%。NN07230在进化树中与GⅠ.8型病毒株属同一分支。结论在南宁市散发性急性胃肠炎病例中存在GⅠ.8型NV感染。     

合肥市某小学急性呼吸道感染疫情的病原学分析

目的分析合肥市某小学一起急性呼吸道感染疫情病原学,为疫情发生的生物学病因提供依据。方法采用实时荧光PCR方法(Real-time PCR)对采集的10份患者咽拭子标本进行流感病毒和腺病毒核酸筛查,检出的腺病毒核酸阳性标本经普通PCR扩增腺病毒六邻体基因片段以进行序列测定,测序结果在Genbank上进行Blast比较并作系统进化树分析,以确定其病毒型别。结果 10份咽拭子标本流感病毒核酸检测结果均为阴性,7份标本检出腺病毒核酸,进一步通过基因测序、序列比对、基因进化树分析确定为腺病毒3型。结论依据实验室检测结果并结合流行病学调查和临床症状,确认该起急性呼吸道感染疫情的病原体为人腺病毒3型。     

浙江省杭州地区手足口病病原谱分析和肠道病毒71型VP1基因分析

[目的]分析杭州地区手足口病的病原谱构成,并对肠道病毒(EV)71型的VP1基因进行核苷酸和氨基酸的序列的比对分析,了解杭州地区EV71的基因特征。[方法]采集98份手足口病确诊病例的粪便标本,用EV71和柯萨奇病毒A组(CoxA)16型特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定,并选择6例EV71检测结果阳性的标本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并进行测序,结合EV71各亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析。[结果]通过RT-PCR特异性检测,发现EV71阳性结果22份,阳性率为22.4%;CoxA16阳性结果27份,阳性率为27.6%。测序结果表明6株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为92.2%～98.5%,氨基酸同源性为99.0%～100%。通过与各代表亚型进行核苷酸同源性比较后发现此次分离得到的EV71病毒都属于C4亚型。6株EV71与部分亚型代表株间在BCloop区域的氨基酸序列存在着差别,而SP70区域的氨基酸序列则完全一致。[结论]在手足口病患者中,由EV71感染引起的比例越来越大;此外,此次在杭州地区分离的EV71病毒都属于C基因型的C4亚型,尚没有证据说明此次在杭州地区分离的6株EV71毒株的毒力有增强。     

安徽省GII.P16-GII.2诺如病毒暴发疫情的基因特征分析

目的了解2018年安徽省一起感染性胃肠炎暴发疫情的病原学特征。方法收集2018年10月一起急性胃肠炎病例粪便/肛拭子12份标本,采用Real-time PCR检测诺如病毒GII基因组,阳性标本经RT-PCR扩增聚合酶区和衣壳蛋白区部分基因序列,进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析。结果 12份急性胃肠炎病例标本,荧光PCR检出诺如病毒核酸均为阳性,测序获得10条序列。遗传进化树显示:10条GII.2型间核苷酸序列同源性为100%,与台州参考株GII.2(GenBank登录号:MH806429,MH842206)同源性最高(同源性最高为99.47%),且处于同一分支。结论此次急性胃肠炎暴发疫情由GII.P16-GII.2诺如病毒引起,鉴于它在中国的广泛流行,应重视GII.P16-GII.2重组株在本地区诺如病毒的监测。     

南宁市腹泻患儿人星状病毒检测及基因特征分析

目的 了解南宁市腹泻患儿人星状病毒的基因特征。 方法 收集2013年南宁市某医院儿科门诊腹泻患儿粪便标本201份,采用实时荧光PCR法进行人星状病毒检测,阳性标本再用PCR方法扩增开放读码框2(open reading frame 2,ORF2)部分片段并送测序,通过Blast比对和系统进化树分析序列的基因特征。 结果 201份粪便标本中检出6份星状病毒阳性,检出率3.0%(6/201);其中5株测序成功,经Blast比对显示2株为1型,其余3株分别为2、4和5型,系统进化树分析发现1型均为lineage 1a,2型为lineage 2c,4型为lineage 4a,5型毒株与参考株的同源性为94.0%~99.0%,不进行lineage划分。 结论 南宁市腹泻患儿存在人星状病毒感染,其基因型呈多样性分布。     

马鞍山地区不同人群戊型肝炎病毒基因型初步分析

目的了解马鞍山地区不同人群中戊型肝炎病毒（HEV）流行株基因型的分布状况。方法对来自一般人群、有偿献血人群、吸毒人群的血清标本进行HEV IgG、IgM抗体检测并将HEV IgM阳性的血清标本进行RT-PCR扩增,PCR阳性标本进行基因测序及序列分析。结果 HEV PCR扩增成功16份,其中HEV IgM抗体阳性病人和正常人群中10份标本阳性,吸毒人群和有偿献血人群中各3份标本PCR阳性,测序结果显示均为HEVⅣ型毒株感染。结论马鞍山地区不同人群中HEV流行株均为基因Ⅳ型,但不同人群内部的流行株存在较大变异。     

上海市部分地区散发性戊型肝炎病毒基因型别和发病危险因素研究

目的探讨上海市部分地区急性散发性戊型肝炎（戊肝）病毒（HEV）型别和发病危险因素.方法用巢式RT-PCR方法检测HEV序列,并进行序列的同源性比较分析;同时采取1：2病例对照研究的方法,选取上海市3个区2003-2004年急性散发性确诊戊肝86例住院病例,分别配以本区和其他区健康人群对照组,用单因素和多因素logistlc回归模型进行分析.结果病毒序列分析表明戊肝病例中的HEV病毒序列属于Ⅳ型;单因素分析结果显示居住条件、外出就餐、有海鲜河鲜食用史等均为戊肝发病的危险因素;多因素分析结果显示海鲜（生、炝）食用史（OR=7.048）是戊肝感染 的危险因素.结论上海市部分地区散发性HEV流行株以Ⅳ型病毒株为主,海鲜（生、炝）食用史等是戊肝发病的危险因素.     

2012-2013年广西桂林地区肠道病毒71型所致手足口病病例的病原学分析

目的对2012-2013年广西桂林地区的手足口病病例进行肠道病毒71型(EV71)相关病原学分析。方法收集手足口病病例样本737份,采用RT-PCR方法进行检测,选取EV71阳性样本分离病毒,将获取的毒株经RT-PCR方法扩增VP1基因序列并测序,对VP1基因进行进化分析。结果 737份病例中,荧光PCR检测出EV71感染共169例,阳性率为22.93%,测序获得的89株EV71的VP1基因核苷酸及氨基酸序列同源性为95.01%~100.00%和98.47%~100.00%,与C4亚型代表株核苷酸同源性大于95%,氨基酸同源性大于97%,并在系统进化树中与C4a亚型代表株处于同一分支,对89份样本VP1基因编码的氨基酸序列与安徽阜阳的FY23毒株进行了比较,发现89株病毒均在791位由S(丝氨酸)变为P(脯氨酸)。结论本研究所收集的2012-2013年广西桂林地区的89例EV71所致手足口病均为C4a亚型的EV71感染。     

3起GⅡ.17型诺如病毒突发疫情的分子流行病学分析

目的了解3起学校诺如病毒突发疫情的分子流行病学特征,分析诺如病毒疫情的基因型。方法采用实时荧光定量反转录PCR检测标本诺如病毒RNA,阳性标本进行逆转录PCR扩增、电泳、测序和进化树分析。结果 3起学校疫情的17份肛拭子样本中,诺如病毒GⅡ型阳性12份。10株疫情病毒经序列测定和比对,均为GⅡ.17亚型;与来自Gen Bank数据库的GⅡ.17亚型NV参考株相似性均在98%以上;系统发生树上与GⅡ.17基因亚型在一个进化分支上,属于GⅡ.17基因亚型。结论 GⅡ.17型诺如病毒将是今后疾病预防控制机构进行长效监测和防控的重点。     

一起诺如病毒所致急性胃肠炎的病原学调查

目的确定天津市一起水源性急性胃肠炎暴发的致病原。方法采集病例粪便标本,饮用深井水标本,采用荧光定量(Real-time PCR)检测病毒核酸,包括轮状病毒、杯状病毒、星状病毒和肠道腺病毒,阳性标本进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增及测序分析。对粪便标本进行常见肠道致病菌的检测。结果采集粪便标本33份,检出诺如病毒GⅠ型阳性5份(15.2%),诺如病毒GⅡ型阳性12份(36.4%),诺如病毒GⅠ型、GⅡ型均阳性3份(9.1%)。经测序分析1株GⅠ型为GⅠ/14基因型;4株GⅡ型中,2株为GⅡ/8型,1株为GⅡ/6型,1株为GⅡ/2基因型。轮状病毒(A,B,C组)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒和肠道致病菌检测均为阴性。3份饮水标本中轮状病毒(A,B,C组)、诺如病毒(GⅠ型,GⅡ型)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒检测均为阴性,常见肠道致病菌检测结果均为阴性。结论本次水源性急性胃肠炎暴发系由诺如病毒GⅠ型/Ⅱ型混合感染引起。     

深圳地区HEV流行基因型及动物宿主带毒状况分析

目的了解深圳地区戊型肝炎病毒(HEV)流行基因型及动物宿主带毒状况。方法通过同源比对HEV四种基因型的戊型肝炎病毒序列,选取其保守序列部分设计两对巢式聚合酶链式反应的简并引物,建立一种可同时扩增戊型肝炎四个基因型病毒RNA的PCR快速检测方法。对深圳市采集的80份猪粪便标本和6份戊型肝炎病人血清,提取病毒RNA,然后进行PCR检测,阳性时对扩增片段进行基因序列测定,并进行基因型分析。结果80份猪粪便标本5份HEV—RNA阳性,6份病人血清样本中4份阳性。序列分析显示全部为HEV基因IV型,5份猪标本中的HEV基因序列与GenBank中人HEV的基因序列最相似,同源性为88%～94%。结论深圳地区HEV流行株为基因IV型,而且猪HEV基因序列与人HEV之间有着高度的相似性,证实猪是HEV的宿主,戊型肝炎是一种人兽共患传染病。     

广东省韶关地区戊型肝炎病毒基因型分析

目的了解韶关地区流行的戊型肝炎病毒基因型,并探讨戊型肝炎是否属于人兽共患病。方法通过同源比对HEV四种基因型的戊型肝炎病毒序列,选取其保守序列部分设计两对巢式聚合酶链式反应的简并引物,建立一种可同时扩增戊型肝炎四个基因型病毒RNA的PCR快速检测方法。在广东省韶关地区采集猪粪便标本和非甲非乙型肝炎病人血清,提取病毒RNA,然后进行PCR检测,阳性时对扩增片段进行基因序列测定,并进行基因型分析。结果RT-nPCR检测结果显示99份猪粪便标本中有6份HEVRNA阳性,7份病人血清样本中1份阳性,序列分析显示全部为HEV基因IV型,4份猪标本中的HEV基因序列与GenBank中人HEV的基因序列最相似,同源性为88%~94%,且其中1份猪标本中的HEV与1份病人标本中HEV的序列同源性高达91.5%。结论广东韶关地区HEV流行株为基因IV型,而且猪HEV基因序列与人HEV之间有着高度的相似性,结果证实戊型肝炎是一种人兽共患传染病。     

诺如病毒GⅡ.17型在盘锦地区的检出和鉴定

目的对盘锦市一所中学暴发的一起诺如病毒急性胃肠炎疫情进行病原基因测序分析,鉴定其病原体,并进一步对其基因分型和分析。方法对9份疫情样本采用荧光定量PCR法进行NV GⅠ型和NV GⅡ型检测,对阳性样本进行RNA电泳,挑取条带清晰样本进行产物纯化、测序和基因数据库比对,并用Bio Edit软件构建序列进化树。结果在15份样本中,有7份样品检出NV GⅡ型阳性,选取4份阳性样本进行RT-PCR扩增、测序,将所得数据进行比对后发现为NV GⅡ.17型和NV GⅡ.4型。结论经测序结果证实该疫情为诺如病毒所致,为NV GⅡ.17型和NV GⅡ.4型混合感染,NV GⅡ.17在本地区首次检出,未发现NV GⅡ.4/Sydney变异株。     

北京市CoxA24病毒分子生物学特点的初步研究

目的:了解北京地区引起急性出血性结膜炎的CoxA24病毒的分子生物学特点.方法:收集北京市2007年7月至2007年9月疑似急性出血性结膜炎病例,采集患者眼拭子标本,接种于HeLa细胞,观察细胞是否出现病变.采用逆转录聚合酶链反应法(RT-PCR)对阳性标本进行RNA检测,对RT-PCR结果阳性的标本PCR产物进行克隆测序.结果:检测88例患者眼拭子标本,获得5例阳性样本.将4例阳性的PCR产物进行克隆测序,将获得的4株CoxA24毒株与参考毒株进行核苷酸序列对比分析,结果显示该4株毒株组内核苷酸同源性为98.2%～99.5%,与新加坡提交的毒株同源性为96%～98.2%,与中国杭州和宁波2002年分离的CoxA24毒株其核苷酸同源性为94%～95.7%.系统进化树分析结果表明该4株毒株位于独立的一个分支上.结论:北京地区存在新的CoxA24变异毒株.