垂体瘤基因表达谱的建立及其发病分子机理的探讨

目的建立垂体瘤组织基因表达谱并探讨其发病的分子机理.方法垂体生长激素瘤(GHPA)和无功能腺瘤(NFPT)cDNA文库构建,大规模表达序列标签(expressedsequencetags,ESTs)测序及生物信息学处理.结果在已知基因中,参与基因蛋白表达者最高(分别为29%和28%),其次是代谢相关基因(分别为18%和21%),均较正常垂体为高(23.2%和14.3%).GHPA中可同时表达泌乳素(PRL)和生长激素(GH);GHPA和正常垂体(NP)中GSα基因表达明显高于钙调素,而NFPT中则相反.在垂体瘤差异表达的与细胞分裂有关的基因中,有些与肿瘤的发生有关;发现了74个在垂体瘤中高表达而正常垂体中不表达的未知基因的ESTs.结论不同垂体瘤组织中其主要的信号转导途径可能有别;发现有些与细胞分裂有关的基因在NFPT或GHPA库中与NP库中表达不同.     

RD—PCR技术在酵母基因表达谱研究中的应用

目的 应用RD－PCR技术分离酵母基因。方法 首先提取酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)总RNA，纯化mRNA，然后，转录成双链cDNA，再用限制性内切酶Sau3AI酶切，在酶切片段上加上接头后，用通用引物U进行第一次PCR扩增，以这一产物为模板用选择性引物（在通用引物的3‘端延伸两个碱基）作第二次PCR扩增。5％PAGE胶分离基因片段，选择单带割胶回收，做第三次PCR扩增，与载体连接，最后进行测序分析。结果 采用这种方法分离得到的基因片段，经Blast检索分析，确为来自酿酒酵母基因的cDNA片段或表达序列标签（EST）。结论 RD－PCR技术可以有效地分离EST，可用于酵母基因表达调控的研究。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的：制备人胎盘基因表达谱芯片，并用于基因差异表达分析。方法：用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探讨打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组与三氧化二砷处理的K562细胞总RNA，纯化mRNA后反转录成cDNA，再以限制性显示技术进行荧光标记，将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交，杂交后清洗芯片，干燥后对芯片进行扫描，分析杂交结果。结果：建立了较可靠的制备与检测基因表达谱芯片的方法，并筛选出45个差异表达基因片段，结论：制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

肝细胞黏附分子对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响

目的利用Affymetrix基因表达谱芯片探讨肝细胞黏附分子(hepaCAM)对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响及作用的分子机制。方法运用Affymetrix Human plus 2.0全基因组芯片检测膀胱移行癌细胞株EJ细胞腺病毒-绿色荧光蛋白-hepaCAM感染组与腺病毒-绿色荧光蛋白感染组的基因表达谱,用SAM法进行差异基因分析、DAVID软件进行基因本体论分析及wikiPathway分析,并用RT-PCR和Western blot验证芯片结果。结果 hepaCAM能引起EJ细胞系基因表达谱的广泛变化,表达差异超过2倍以上的基因共2469个,其中上调基因1602个、下调基因867个。这些差异表达的基因功能主要涉及细胞周期、细胞增殖调节等方面。用RT-PCR对差异基因DNA修复蛋白,肝脏激酶B1和细胞周期蛋白D1进行验证,结果与基因芯片相符;进一步在3细胞株中用Western blot佐证DNA修复蛋白、肝脏激酶B1变化与芯片结果一致。结论 hepaCAM能够诱导EJ细胞基因表达谱的广泛变化,在基因水平通过多条通路作用于膀胱癌细胞。     

浆细胞发育基因表达谱的建立及部分基因表达的调控

目的研究浆细胞发育过程中基因表达的改变及其调控.方法应用基因芯片和RT-PCR的方法研究成熟B淋巴细胞到浆细胞发育过程中基因表达的变化.结果建立了浆细胞发育的基因表达谱,证实在浆细胞发育阶段一些重要的B细胞抗原受体(BCR)信号转导相关分子,包括Igα、Igβ、Lyn、Syk、BLNK、SWAP-70、SHP-1的表达显著下降.转录因子BSAP可能同这些分子表达的调控相关.结论在浆细胞发育阶段一些重要的BCR信号转导相关分子的表达显著下降.     

日本血吸虫（大陆株）成虫基因表达谱的研究

报告作1998年至2000年有关日本血吸虫（大陆株）成早基因表达谱研究的结果，主要扬：已测定551条EST，其中519条EST已送入国际基因数据库（GenBank/dbEST），并获得了GenBank的登录号。经同源整合后，519长EST序列归类为388个基因序列，其中，24条（6.19％）为日本血吸虫已知基因序列；18条（4.64％）EST与曼长血吸虫已知基因序列同源，90条（23.19％）EST与其它生物的已知基因序列同源，同源基因包括精氮酸酶、酰胺酸酶、微纤维蛋白、肌动蛋白、细胞色素C氧化酶、二硫异构酶、加长因子、热激蛋白70、Y盒结合蛋白和抗凋亡因子等。其余的256条（65.98％）EST在Gen-Bank中未发现有已知基因的同源序列。将非日本血吸虫同源序列EST或未检索到同源序列的EST初步定义为日本血吸虫亲基因/未知基因序列EST，共364条。已克降日本血吸虫精氮酸酶基因、Y-盒结合蛋白基因和抗凋亡-1因子3个新基因的全长cDNA，其GenBank的登录号分别为AF402615、AF367371和AF333765。本研究结果丰富了血吸虫基因组数据，并为进一步筛选日本血吸虫疫苗候选基因或药物靶位提供了科学依据。     

基因表达谱芯片筛查子宫内膜癌相关基因的研究

目的 应用基因芯片技术研究子宫内膜癌的基因表达谱,探讨子宫内膜癌的发生、发展与肿瘤相关的基因群及其功能.方法 应用TRIZOL一步法抽提11例子宫内膜癌患者的子宫内膜和3例子宫肌瘤患者的正常增殖期子宫内膜组织的总RNA,并纯化mRNA,将等量的子宫内膜的mRNA反转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,混合后在含有8 064条双点人类全长基因的芯片上进行杂交,再经芯片扫描、图像分析处理后,分析子宫内膜癌组织及其与正常增殖期子宫内膜基因表达谱的差异.结果 11例子宫内膜癌组织和3例正常增殖期子宫内膜组织比较,含8 064个基因的基因芯片中共筛选出差异基因274条,其中上调92条,下调182条.结论 子宫内膜癌的子宫内膜组织和正常增殖期子宫内膜组织的基因表达谱存在差异,这些差异基因涉及细胞外基质调节基因、细胞因子、促癌基因/抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等,提示这些基因与子宫内膜癌的发生和发展有关.     

多种高通量表达谱数据分析方法筛选大肠癌相关基因

【目的】联合多种表达谱数据分析方法,筛选大肠癌组织与正常大肠组织间的差异表达基因,寻找潜在的可能用于临床诊断与治疗的基因标志。【方法】应用CGAP数据库中的EST数据和SAGE数据筛选大肠癌相关基因,用v Northern对所选基因进行进一步筛选,然后与GEO中大肠组织基因表达谱芯片数据比较,得到表达一致的差异基因。进一步采用Real-time PCR在正常大肠组织和大肠癌组织中进行验证。【结果】应用c DNA DGED和SAGE DGED工具分别筛选出210个和216个基因,经v Northern分析,共获得68个差异表达基因,同芯片数据比较分析,获得3个候选基因(KLF6、FXYD3、BRI3),其中KLF6、FXYD3在大肠癌中表达下调(为正常大肠组织的0.34倍,0.18倍),BRI3在大肠癌中表达上调(为正常大肠组织的3.62倍)。Real-time PCR结果与联合多种表达谱数据分析结果一致。【结论】联合高通量表达谱数据库资源,结合多种数据分析方法,能快速高效地筛选可靠的大肠癌相关基因,对筛选基因进行实验验证,可能为大肠癌的临床诊断与治疗提供有价值的新的基因标志。     

心血管疾病的基因表达谱研究进展

基因表达谱的研究反映了组织细胞在特定状态下整个基因组动态表达的信息,有助于阐明疾病发生发展的机制。近年来基因表达谱技术在心血管疾病研究领域被广泛应用,同时相应的生物信息学资源也被建立和发展起来。     

日本血吸虫(大陆株)成虫基因表达谱的研究

报告作者 1998年至 2 0 0 0年有关日本血吸虫 (大陆株 )成虫基因表达谱研究的结果 ,主要包括 :已测定 5 5 1条EST ,其中 5 19条EST已送入国际基因数据库 (GenBank/dbEST) ,并获得了GenBank的登录号。经同源整合后 ,5 19条EST序列归类为 388个基因序列 ,其中 ,2 4条 (6 19%)为日本血吸虫已知基因序列 ;18条 (4 6 4 %)EST与曼氏血吸虫已知基因序列同源 ,90条 (2 3 19%)EST与其它生物的已知基因序列同源 ,同源基因包括精氨酸酶、酰胺酸酶、微纤维蛋白、肌动蛋白、细胞色素C氧化酶、二硫异构酶、加长因子、热激蛋白 70、Y盒结合蛋白和抗凋亡因子等。其余的 2 5 6条 (6 5 98%)EST在Gen Bank中未发现有已知基因的同源序列。将非日本血吸虫同源序列EST或未检索到同源序列的EST初步定义为日本血吸虫亲基因 /未知基因序列EST ,共 36 4条。已克隆日本血吸虫精氨酸酶基因、Y 盒结合蛋白基因和抗凋亡 1因子 3个新基因的全长cDNA ,其GenBank的登录号分别为AF4 0 2 6 15、AF36 7371和AF33376 5。本研究结果丰富了血吸虫基因组数据 ,并为进一步筛选日本血吸虫疫苗候选基因或药物靶位提供了科学依据。     

STIL对胃癌细胞基因表达谱的影响

目的 采用基因表达谱芯片联合生物信息学分析,初步探索STIL促进胃癌发生发展的分子机制。方法 采用靶向STIL的慢病毒ShRNA(ShSTIL)以及乱码序列ShRNA(ShCon)转染SGC-7901胃癌细胞系,提取总RNA,合成cDNA,反转录合成生物素标记的核酸探针,片段化后与全基因组表达谱芯片杂交,采集数据,利用生物信息学对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)、转录因子调控和蛋白互作分析。结果 与ShCon组相比,ShSTIL组显著上、下调的基因分别为417个、87个(P<0.05,差异倍数>1或<-1)。GO和KEGG分析显示,DEGs位于胞浆、外泌体、高尔基复合体及生物膜,与泛素介导的蛋白水解、干细胞多能性调控及P53信号通路有关。KEGG通路相关基因、转录因子调控及蛋白互作联合分析显示,IGF1R、STUB1、SKP2、FOXO1位于网络的中心位置,可能与胃癌发生发展密切相关。结论 STIL可能通过互作激活E3泛素连接酶STUB1或SKP2,促进转录因子FOXO1降解,调控IGF1R表达,从而促进胃癌的发生发展。     

垂体瘤转化基因在垂体大腺瘤中的表达及其与肿瘤侵袭性的关系

目的研究垂体瘤转化基因(PTTG)在垂体大腺瘤中的表达,探讨其与肿瘤侵袭性的关系。方法收集手术和病理证实的垂体大腺瘤40例,其中无功能腺瘤22例,生长激素腺瘤8例,泌乳素腺瘤10例。用免疫组化技术检测垂体大腺瘤中PTTG表达。结合影像资料,分析PTTG的表达与大腺瘤侵袭性生物学行为的关系。结果40例垂体大腺瘤中均发现PTTG的表达升高,PTTG在侵袭性垂体大腺瘤中的表达显著高于非侵袭性垂体大腺瘤(P<0.01)。结论PTTG的表达与垂体大腺瘤侵袭性的生物学行为有关,其表达程度可用作垂体大腺瘤预后的评估指标,为大腺瘤术后复发以及相应的辅助治疗提供判断依据。     

人类肛门直肠畸形基因表达谱的研究

目的：研究肛门直肠畸形患儿直肠末端的基因表达谱，初步筛查肛门直肠畸形的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片技术对3例先天性肛门直肠畸形患儿的直肠末端组织和3例正常直肠末端组织的基因表达进行检测。结果：在186个发育相关基因中，共发现差异表达基因54个，表达上调的52个，表达下调的2个。结论：先天性肛门直肠畸形的发生涉及多基因改变。基因表达谱芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平，是一种快捷高效的方法。     

基于多组全基因组表达谱的阳虚人群关键候选基因集和通路筛选及生物信息学分析

目的 基于多组全基因组表达谱筛选阳虚人群关键候选基因集和通路,探讨不同阳虚人群与对照组差异基因的异同,提出阳虚与基因表达关系的可能结论.方法 查找GEO基因表达数据库及PubMed、Embase、CNKI、万方、维普等中英文文献数据库,筛选出其中存在阳虚人群及其对照组的基因表达谱数据或基因表达谱分析结果.应用R语言和生...     

基于数据库语言实现基因表达谱数据的单因素重复测量方差分析

目的创建一个能够适合基因表达谱数据的批量统计分析软件,实现单因素重复测量方差分析的批量处理。方法使用数据库管理软件Visualfoxpro,开发包含数据转换、数据字典、数据统计分析以及数据结果汇总等模块,以达到基因表达谱数据单因素重复测量方差分析需求。结果利用本软件对miRNA时间序列表达谱进行分析,结果表明本软件适用于重复测量样本的基因表达谱数据的规模化分析。结论本软件优于传统统计软件的优势足可以批量完成单因素重复测量方差分析,特别适合基因表达谱数据特异基因表达的筛选。     

基因芯片研究糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达

目的：研究正常与糖尿病肾病大鼠肾脏的基因表达谱,大规模分析糖尿病时基因表达水平的变化。方法：（1）实验大鼠分为两组,一组为正常对照组,另一组为糖尿病组;（2）从肾皮质中抽提mRNA,经反转录分别用Cy3,Cy5荧光标记,获得两组动物来源的cDNA探针;（3）cDNA探针与Biodoor基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果（1）18．4％的基因表达谱发生明显的变化,其中12条基因在糖尿病时表达量明显下降,而323条基因在糖尿 时表达量明显上升;（2）已报道基因占了差异表达基因总数的18．8％左右,大多数已报道基因在糖尿病时的表达模式与其他作者的报道类似。结论：利用基因芯片技术结合实验动物模型能大规模,高通是地研究糖尿病的基因表达谱,初步筛选出选出疾病相关基因,对进一步阐明疾病在基因水平上的发病机制有十分重要的作用。     

Differentially Gene Expression Profile Related to Inflammation in Endometrial Cells Induce by Lipopolysaccharide

Objective To investigate differentially expressed genes related to inflammation in endometrial cells induced by Lipopolysaccharide（LPS）. Methods Normal endometrium in the proliferative phase of specimen from 3 cases for the experiment was collected. The LPS group were treated with 50 μg/ml LPS. Total RNA was extracted using Trizol reagent from cells. RNA quality was assessed by determining the OD260/280 ratio by agarose gel electrophoresis, the chip was scanned by laser scanner. The acquired was analyzed. Results A total of differentially expressed genes were found, these genes were relative to many aspects. Among them, the expression of genes involved in inflammation were up-regulated by LPS, such as overexpression of IL-1β, 8, etc. Conclusion The results indicates that inflammation-related genes may be one of the mechanisms of abnormal uterine bleeding by LPS-induced.     

E-cadherin 基因蛋白在卵巢浆液性肿瘤中的表达及临床意义

目的探讨E-cadherin在卵巢浆液性肿瘤中的表达及其临床意义。方法应用流式细胞术定量检测E-cadherin在45例卵巢浆液性肿瘤组织及5例正常卵巢组织的表达水平,并对其进行分析。结果E-cadherin在卵巢浆液性癌中的表达明显低于卵巢浆液性瘤(P<0.05),且与卵巢浆液性癌病理分级和临床分期密切相关(P<0.05)。结论卵巢浆液性癌中E-cadherin低表达促进了其侵袭和转移,E-cadherin与卵巢浆液性肿瘤的恶性程度、病理分级及临床分期密切相关。提示E-cadherin可作为诊断和判断预后的指标。