宁波地区新生儿轮状病毒VP7基因序列分析

目的研究宁波地区新生儿轮状病毒流行株VP7基因的分子生物学特点以及遗传变异规律。方法通过聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)检测新生儿病毒性腹泻便样中的轮状病毒核酸;选择特殊电泳带型样品通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增VP7全基因并测序;测序结果利用DNAstar和Blast软件进行比对。结果通过PAGE发现11份样品中有9份阳性样品,其中带型为4-2-3-2的有7份,带型为3-2-2-2和4-2-1-2的各1份。3种带型各选一株进行VP7基因的扩增并测序,测序结果经分析发现,06NB3和06NB9与G1型标准株Wa的核苷酸同源性为84.4%和91.5%,氨基酸同源性分别为87.4%和94.8%,06NB2与G3型标准株YO的核苷酸同源性为95.3%,氨基酸的同源性为96.6%。结论宁波地区在新生儿中有A组轮状病毒流行,其电泳带型以典型的4-2-3-2为主,也可见特殊带型。06NB3和06NB9的VP7基因片段属G1型,06NB2则属于G3型。06NB3与国内外近几年流行的G1型毒株基因序列有较大差异,06NB9和06NB2则差异较小。     

昆明地区22株人轮状病毒VP7及NSP4基因分析

目的研究昆明地区轮状病毒（RV）不同VP7血清型及NSP4基因变异与腹泻的流行及症状严重程度的关系。方法对2002年和2003年分离于昆明地区的RV，用PCR分型法对四种主要的VP7血清型进行分型，并对从150份RV腹泻标本VP7血清型为G1、G3、（34型RV株中挑出的14份一般腹泻株和8份重症腹泻株的NSP4基因序列进行了分析，与来自GenBank Database的4株人RV（Wa、KUN、AU-1、Hochi）和3株动物RV（EW、OSU、SA11）以及中国不同地区流行株NSP4的基因变异情况进行了比较。结果2002年昆明地区RV流行株以G1型为主，2003年RV腹泻株以G3型为主；昆明地区RV流行株间的氨基酸同源性高达98．9％～99．4％，22株流行株全都属于Wa组；NSP4变异与地域及VP7血清型无关；NSP4基因变异与RV腹泻临床症状严重程度不相关（P〉0．05）。结论不同年份相同季节不同地域流行的RVVP7血清型变异较大，而NSP4基因的相对保守性及其免疫原性使其有可能成为发展疫苗的候选基因。     

北京地区2007-2008年G9型A组人轮状病毒VP7和VP4基因分析

目的 了解北京地区2007-2008年检测到的G9型A组人轮状病毒外壳蛋白VP7和VP4的基因特征.方法 选取经过轮状病毒核酸杂交方法检测为G9型轮状病毒的12份儿童腹泻患儿的粪便标本,应用针对VP7全长基因的特异引物对进行RT-PCR扩增,对所获得的VP7全长基因进行克隆和测序,将所获得的序列与GenBank中的G9型原型病毒株和近期流行株的VP7基因进行序列和种系进化分析;经巢式PCR对G9型的VP4进行P基因分型.结果 12株G9型轮状病毒经VP7基因的序列比较分析得到确认.P基因分型结果显示北京地区近年来存在G9P[8]和G9P[6]型两种组合的轮状病毒感染.序列和种系进化分析发现北京G9型株VP7基因与世界范围内近期流行的G9型株一样都属于进化分支Ⅲ,彼此间的核苷酸和氨基酸同源性较高,而与国内最早报道的G9型T203进化关系较远,且北京G9P[8]和G9P[6]型株分别与国内近期报道的新疆G9P[8]和G9P[6]型株及相应的武汉G9型株VP7基因,在氨基酸位点上存在一些共同的氨基酸残基取代.结论 北京地区近年存在G9P[8]和G9P[6]两种不同基因组合的G9型轮状病毒感染,需要进一步加强对G9型轮状病毒的分子流行病学监测.     

A组轮状病毒G3型哈尔滨地方株VP7基因序列分析

目的:了解我国A组轮状病毒G3型哈尔滨地方株与标准株及国内外部分地区G3型地方株VP7蛋白基因序列的差异,为轮状病毒疫苗在我国东北地区的研发与应用提供资料。方法:通过一步法RT-PCR获得了6株轮状病毒哈尔滨地方株VP7蛋白的cDNA片段,,对其进行扩增、克隆、测序,用DNASTAR生物软件进行序列分析。结果:6株哈尔滨地方株VP7蛋白推导氨基酸序列同源性99.4%～100%;与G3标准株Crw-8的同源性为94.2%;与G1、G2、G4标准株比对变异较大(75.2%～82.2%);哈尔滨地方株氨基酸序列在aa108、aa266、aa268、aa278位点的变异完全相同。结论:6株轮状病毒G3型哈尔滨地方株来源于相同的一支G3型轮状病毒毒株。     

中国1998～2004年G9型轮状病毒分子流行病学研究

目的研究中国流行的轮状病毒(Rotavirus,RV)G9型毒株的分子流行病学特征。方法在中国9个地区收集5岁以下腹泻患儿粪便标本,应用酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测RV,对阳性标本用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分型,选择G9型毒株进行VP7基因全长克隆测序和分子流行病学分析。结果1998~2004年共检测出RV1 268份,其中45份为G9型(3.5%),昆明最多(34/45),其次是兰州(8/45)、长春(2/45)、卢龙(1/45),北京、郑州、杭州、福州、广州未检测到G9型毒株。对35份G9型标本进行P分型鉴定:15份为P[8]型,12份为P[6]型,5份为P[4]型,1份为P[8 4]混合型,2份未能分型。中国1998~2000年以P[8]G9毒株流行为主,而2001年后以P[6]G9毒株为主。22株G9型病毒VP7基因序列比对结果表明,中国流行的G9型毒株彼此同源性高,同属G9第3亚型。结论中国流行的RV G9型株与世界各地的流行株同源性较高,国内传播范围扩大的趋势值得关注。     

中国宿主动物中Amur汉坦病毒M片段全基因序列分析

目的 测定中国宿主动物中Amur病毒M片段全基因序列,以了解其分子特征.方法 设计特异的PCR引物,用RT-PCR法分段扩增JilinAP06株M片段全长,PCR产物经克隆后进行序列测定,然后进行系统发育分析和重组分析.结果 JilinAP06株M片段全基因序列共3615个核苷酸,A+T含量为59.3%,G+C含量为40.7%,包含1个单一的开放读码框架,其最大读码框架从41～3448,由3408个核苷酸组成,共编码1135个氨基酸.序列同源分析表明,JilinAP06株与中国的人源Amur HV株同源性为96.0%～97.8%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为85.6%～86.7%,与HTNV原型株76-118同源性仅为79.5%,而与其他各型病毒间的同源性均低于79.0%.氨基酸同源分析,其氨基酸序列与中国的人源株Amur HV同源性为98.1%～98.4%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为96.4%～97.0%,与HTNV原型株76-118同源性为91.7%,而与其他各型病毒间的同源性均低于92.0%.系统发育分析结果显示,JilinAP06与Amur病毒构成一个相对独立的分支.结论 从中国宿主动物中获得了AmurHV的M片段全基因序列.     

宁波市肠道病毒71型分离株基因组特征研究

目的:了解2010年宁波市分离的肠道病毒71型的遗传进化来源。方法:设计八对引物用RT-PCR扩增、拼接得到EV71基因组序列,利用DNA-STAR对结构蛋白VP1-VP4和三个前体蛋白P1、P2及P3进行遗传进化分析。结果:宁波株NB10基因组核苷酸序列长度为7406 bp,与北京08年分离株FJ606448基因组间的同源性最高(高达99%),两者结构蛋白氨基酸序列完全相同。NB10与C4亚型的其他参考株,如:安徽株(GQ994988 FY08)、深圳株(FJ607337.1SHEZH08)、等核苷酸同源性均大于98%,而与标准株(BrCr)和(MS-7423-87)的核苷酸的进化关系较远,在P1、P2、P3区,NB10与C4亚型各代表株的同源性均为94%以上;而与北京09株(FJ606450.1)在P3区的核苷酸序列和推导的氨基酸序列之间同源性均较低,分别为87.9%和96.7%。结论:宁波株NB10与中国大陆北京、阜阳、深圳等毒株亲缘关系较近,而与北京株(FJ606450.1)有较大的差异,可能为不同的进化来源。     

中国宿主动物中Amur汉坦病毒M片段全基因序列分析

目的 测定中国宿主动物中Amur病毒M片段全基因序列,以了解其分子特征.方法 设计特异的PCR引物,用RT-PCR法分段扩增JilinAP06株M片段全长,PCR产物经克隆后进行序列测定,然后进行系统发育分析和重组分析.结果 JilinAP06株M片段全基因序列共3615个核苷酸,A+T含量为59.3%,G+C含量为40.7%,包含1个单一的开放读码框架,其最大读码框架从41～3448,由3408个核苷酸组成,共编码1135个氨基酸.序列同源分析表明,JilinAP06株与中国的人源Amur HV株同源性为96.0%～97.8%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为85.6%～86.7%,与HTNV原型株76-118同源性仅为79.5%,而与其他各型病毒间的同源性均低于79.0%.氨基酸同源分析,其氨基酸序列与中国的人源株Amur HV同源性为98.1%～98.4%,与韩国大林姬鼠来源的Soochong HV同源性为96.4%～97.0%,与HTNV原型株76-118同源性为91.7%,而与其他各型病毒间的同源性均低于92.0%.系统发育分析结果显示,JilinAP06与Amur病毒构成一个相对独立的分支.结论 从中国宿主动物中获得了AmurHV的M片段全基因序列.     

安徽省2018-2022年风疹病毒流行株基因特征

目的 分析安徽省风疹病毒(Rubella virus, RV)流行株基因特征。方法 对安徽省2018-2022年RV阳性咽拭子标本开展RV分离、靶基因序列扩增和序列测定分析，构建与1E和2B基因亚型参考株之间的基因亲缘性关系树，鉴定RV基因亚型，分析核苷酸和氨基酸序列同源性。结果 2018-2021年共分离获得83株RV毒株，其中1E-L2基因亚型81株，来自2018-2020年13个地市；2B-L2c基因亚型2株，来自2019年和2021年2个地市；2022年未获得RV毒株。与其他省份同期的相应RV代表株相比，1E-L2基因亚型流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.32%-100%和98.78%-100%,2B-L2c基因亚型流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.59%-99.86%和100%。结论 安徽省2018-2021年RV流行株为输入性的1E-L2和2B-L2c基因亚型，其中1E-L2基因亚型RV为2018-2020年优势流行株。2022年流行RV基因型别不详，需加强风疹病原学监测。     

宁波市麻疹病毒血凝素基因的序列分析

目的：探讨现阶段在宁波市流行的麻疹野病毒的基因型别和特征。方法：在2004年和2005年医院住院麻疹病人中采集含漱液分离麻疹病毒，获得8株麻疹野病毒。通过RT-PCR方法扩增其中两株麻疹病毒血凝素（H）基凼全序列并对其进行序列测定和分析。比较这两株麻疹病毒和Genbank中麻疹病毒的各基因型代表株的同源性。结果：两株宁波麻疹毒株ningbo04-2和ningbo05-2的H基因之间核苷酸同源性为97．7％，与川基因型代表株China93-7之间核苷酸同源性分别为98．3％，97．7％。与它们在核苷酸水平上同源性最高的毒株分别是zhejiang05-2，china94-7，其同源性分别达到99，7％，99．4％。ningbo04-2在氨基酸240位由丝氨酸（S）突变成天冬酰胺（N），造成一个潜在的N型糖基化位点丢失。结论：宁波市麻疹流行株属于H1型，至少存在H1a，HIb两组。