聚合酶链反应扩增大片段mtDNA

目的 :探讨聚合酶链反应 (PCR)扩增大片段线粒体DNA方法。方法 :快速碱裂解法提取线粒体DNA ,长时程PCR扩增出 5 430bp线粒体DNA。结果 :扩增出 5 430bp线粒体DNA产物特异性强 ,产量高。 结论 :该方法反应条件简便、稳定 ,也可用于其它大片段的扩增 ,有一定的实用价值。     

骨关节炎关节软骨中软骨细胞线粒体DNA缺失突变的分析

目的：分析骨关节炎病人关节软骨组织中软骨细胞线粒体DNA序列变化,探讨骨关节炎发病的潜在病理机制。方法：应用gap—PCR扩增方法检测10例骨关节炎病人和3例正常关节软骨中软骨细胞线粒体DNA的4977bp缺失突变。采用2轮PCR扩增,第1轮PCR反应以骨关节炎病人的关节软骨中软骨细胞线粒体DNA为模板;第2轮PCR扩增反应以第1轮PCR扩增反应的产物为模板,再次进行扩增。结果：第1轮PCR反应结果显示,mtDNA524bp扩增产物呈阴性,而533bp扩增产物均呈阳性;第2轮PCR扩增反应结果显示,10例骨关节炎病人病例标本中有2例出现524bp区带,而533bp扩增产物均呈阳性。两次扩增,正常关节软骨中软骨细胞和外周血对照524bp扩增产物全部为阴性。结论：骨关节炎病人关节软骨组织中软骨细胞线粒体DNA有8470～13447nt之间4977bp大片段缺失,提示骨关节炎的发病与关节软骨中软骨细胞线粒体DNA的突变关系密切。     

一种改进的提取人外周血和组织线粒体DNA的方法

目的：建立一种简便、快捷地从人外周血和组织中制备高质量线粒体DNA的方法。方法：以差速离心法分离线粒体,用碱性SDS法裂解线粒体膜,释放线粒体DNA后用酚／氯仿抽提,TE或ddH2O溶解。然后将所得线粒体DNA进行纯度鉴定并和其他现有方法制备的线粒体DNA用PCR进行长片段扩增,比较扩增效果。结果：用改进的方法制备的线粒体DNA中没有检测到核DNA,并能有效扩增8kb长的目的片段。结论：改进后的方法简便、快捷,制备的线粒体DNA纯度高,也有利于长片段PCR扩增。     

变性高效液相色谱检测乳腺癌患者血浆线粒体D环HVR2突变

目的 :探讨扩增乳腺癌患者血浆线粒体DNA(mito chondrialDNA ,mtDNA)的可行性 ,研究乳腺癌患者血浆线粒体DNA基因突变检测对于乳腺癌早期诊断及其预后的意义 .方法 :选取乳腺癌患者 10例 ,正常健康者 10人 ,提取血浆DNA ,采用聚合酶链反应 (PCR)扩增血浆线粒体DNA的D环HVR2 ,用两对引物扩增 ,用变性高效液相色谱法 (DHPLC)对产物进行突变筛选 .结果 :10例乳腺癌患者血浆提取的DNA能扩增出 11个目的片断 ,DHPLC检测到有 4例突变 ,正常健康者 10人扩增出 1例 .结论 :乳腺癌患者血浆DNA扩增与正常组有明显差异 (P <0 .0 5 ) ,血浆线粒体DNA基因突变检测对于乳腺癌早期诊断及预后有重要意义     

颞下颌关节骨关节病髁突软骨细胞线粒体DNA突变的实验研究

目的:探讨颞下颌关节骨关节病髁突软骨细胞线粒体DNA突变及其意义.方法:去除左侧部分关节盘建立大鼠颞下颌关节骨关节病模型,培养骨关节病(术后3月)和正常髁突软骨细胞.采用32对引物,使用PCR技术部分重叠扩增全长线粒体DNA,并将PCR产物进行时间温度梯度电泳,对电泳条带与正常有差异的PCR产物进行测序.结果:在35个具有异质性突变特点的PCR产物中,发现42个异质性突变,tRNA和D-loop具有高突变率.结论:颞下颌关节骨关节病髁突软骨细胞线粒体DNA存在突变.     

用cox1基因片段的PCR鉴别亚洲带绦虫和牛带绦虫

目的：用cox1基因片段的PCR技术对亚洲带绦虫和牛带绦虫的快速鉴别。方法：用亚洲带绦虫和牛带绦虫线粒体cox1基因片段的特异性引物以及带绦虫cox1基因片段的通用引物,对贵州省都匀地区和从江地区的带绦虫虫卵和节片DNA进行常规PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测和核酸序列测定,并用NC-BI Blast对扩增产物的核酸序列与NCBI数据库中带绦虫的cox1基因进行比对。结果：5株都匀带绦虫DNA样品经亚洲带绦虫cox1基因片段的特异性引物PCR,均扩增出约260 bp的产物,PCR产物的核酸序列与NCBI数据库中亚洲带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为100%;2株从江带绦虫的DNA样品用亚洲带绦虫特异性引物和牛带绦虫特异性引物的PCR均未见扩增产物,而通用引物PCR则扩增出约1 000 bp的产物,核酸序列与NCBI数据库中牛带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为99%,在牛带绦虫特异性引物的结合位点存在一个碱基差异。结论：常规PCR扩增特异性的cox1基因片段可快速鉴定亚洲带绦虫;从江牛带绦虫株的cox1基因特异性片段部分存在变异,导致与特异性引物结合能力的差异,可采用cox1基因通用引物PCR结合测序进行鉴定。     

线粒体转录复合物各因子质粒标准品的构建

目的:构建大鼠线粒体转录因子TFAM(A)、线粒体转录因子TFB1M(B1)、线粒体转录TFB2M(B2)及线粒体RNA聚合酶(POLRMT)的质粒标准品,为检测内耳细胞线粒体TFAM、TFB1M、TFB2M、POLRMT的mRNA表达水平做基础。方法:设计特异性引物和探针,提取大鼠内耳组织总mRNA逆转录成c DNA,PCR扩增、纯化目的片段,将纯化产物与p Zero Back/blunt载体重组,提取重组质粒,经测序鉴定后,用实时荧光绝对定量PCR建立标准曲线。结果:测序结果与各目的序列一致,获得良好的标准曲线(R2>0.99)。结论:成功构建了各目的基因的质粒标准品。     

Taqman荧光PCR技术在地沟油猪源性成分检测中的应用初探

目的:建立Taqman荧光PCR猪源性成分检测技术,并将其应用于地沟油检测。方法:利用直接沉淀DNA法提取油样DNA,以猪线粒体细胞色素b基因序列设计特异的引物和探针,在对引物和探针进行特异性和敏感性评价的基础上建立Taqman探针PCR方法,对地沟油、猪油、市售可疑油脂等油样进行检测。结果:该系统能够对目的基因进行特异性扩增,不与其他物种发生交叉反应,能够定量检出0.001ng的模板;可以检测出地沟油、猪油中的猪源性成分,并经动物源性基因PCR鉴定确证阳性结果的可靠性。结论:本研究所采用的Taqman荧光PCR技术可以扩增出地沟油中的猪线粒体细胞色素b(Cyt b)基因,得到阳性的结果,将可用于地沟油的检测。     

应用DHPLC进行线粒体异质性突变分析

目的:检测人类线粒体DNA异质性从而建立有效的筛查低水平异质性DNA的方法.方法:选择包含Ⅱ型糖尿病高突变位点的人mtDNA 3083～3339 nt片段进行PCR扩增,以不同比例混合相差一个碱基的两种DNA片段的PCR扩增产物,建立不同比例异质性DNA模型.确定最佳检测条件后分别用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和DNA测序技术进行分析和比较.结果:应用DHPLC检测mtDNA 3083～3339 nt(257 bp),最低可检测出该区域含量为5%的异质性样本,而DNA测序技术只能检测出异质性含量大于20%的样本.结论:成功建立分析mtDNA 3083～3339 nt片段异质性突变的方法,该方法可用于检测低水平的mtDNA异质性.     

骨髓增生异常综合征患者线粒体DNA D-loop区突变研究

目的检测骨髓增生异常综合征（myelodysplastic syndrome, MDS）患者线粒体DNA D-loop区的突变。方法提取42例MDS患者骨髓以及口腔上皮组织的线粒体DNA，对线粒体DNA D-loop区两个高变区（HV1和HV2）进行PCR扩增，通过直接测序的方法对PCR产物的基因序列进行检测。结果在42例MDS患者中有6例患者出现突变，突变率为14.29%。突变位点19个，10个位于HV1区，9个在HV2区，其中包括5个微卫星不稳定，其余为A、G或者C、T之间的碱基置换。结论MDS存在线粒体DNA D-loop区的突变，可能在疾病的发生发展中起重要作用。     

Detection of mitochondrial DNA deletion by a modified PCR method

Objective: To develop a simple and efficient method for detecting small populations of mitochondrial DNA deletion. Methods: Peripheral blood cell DNA was obtained from a victim who was aecidently exposed to a ^60Co radiation source 11 years ago. Using the DNA as template, PCR was performed to generate multiple products including true deletions and artifacts. The full length product was recovered and used as template of secondary PCR. The suspicious deletion product of mtDNA could be confirmed if it was only yielded by first PCR. Using either original primers or their nested primem, the suspicious deletion product was amplified and authenticated as true deletion product. The template was recovered and determined to be a deletion by sequencing directly. Results: A new mtDNA deletion, spanning 889 bp from nt11688 to nt12576, was detected in the peripheral blood cells of the victim. Conclusion: The new PCR-based method is more efficient in detecting small populations of mtDNA deletion than other routine methods. MtDNA deletion is found in the victim, suggesting there is relationship between the deletion and phenotypes of the disease.     

貂组织线粒体DNA及细胞色素b鉴定及特征

目的:探讨貂组织线粒体DNA（mtDNA）及细胞色素b(Cytb)的特征。方法:采用碱变性方法提取新鲜的貂心及肝组织中mtDNA,PCR技术扩增细胞色素b(Cytb)基因部分序列片段并直接测序。结果:新鲜的貂心和肝组织提取出16 800 bp的mtDNA,并能扩增出310 bp大小的Cytb基因,测序结果显示貂心Cytb基因与美洲貂(GenBank AB026109.1)同源性为99%。 结论:貂组织含有完整的mtDNA,Cytb部分基因可以作为貂心物种鉴定及检测的分子标记。     

自建两轮PCR法对低载量HBV DNA S区基因的扩增及实验条件优化

目的 探究低载量HBV DNA S区基因扩增的可行性并对实验条件进行优化,为隐匿性HBV感染(OBI)患者HBV DNA S区基因突变检测提供依据.方法 采用传统巢式PCR和自建两轮PCR方法扩增6例低HBV DNA载量(100～200 IU/mL)和22例更低HBV DNA载量(20～99 IU/mL)的血清样本中HBV DNA S区基因,并对引物序列、引物量、PCR产物模板稀释倍数、退火温度、PCR反应循环数、PCR总反应体系等条件进行优化.PCR扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后,切割目的条带凝胶进行克隆测序,然后对克隆测序结果进行核酸序列BLAST比对确认.结果 设计3对巢式PCR引物(P1～P3),扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化后,6例低HBV DNA载量的血清样本中仅2例经巢式PCR扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,22例更低HBV DNA载量样本无一例扩增成功.自建两轮PCR法设计了P4～P15共12对引物,扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化并筛选出P13为最佳引物后,6例低HBV DNA载量的血清样本全部扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列;15例(15/22,68.18％)更低HBV DNA载量的样本扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,经PCR产物克隆测序均证实为HBV DNA S区基因,该15例样本中HBV DNA载量最低为20.1 IU/mL.结论 基于引物P13自建的两轮PCR法更适用于低载量HBV DNA S区基因的扩增,扩增效率和特异性均优于传统巢式PCR;扩增产物可进一步应用于OBI者HBV DNA S区基因序列突变分析.     

应用聚合酶链反应技术检测解脲脲原体

本文就聚合酶链反应（ＰＣＲ）技术检测解脲脲原体（ＵＵ）的方法建立与应用进行了探讨。利用互补于１６ＳｒＲＮＡ基因的一对引物，通过ＰＣＲ对ＵＵ进行检测，扩增片段长度为３９７ｂｐ。与４６例培养对照，培养阳性９例，ＰＣＲ阳性１３例，而且其它相关微生物ＰＣＥ检测无特异性扩增。对临床６２例泌尿生殖道感染患者进行检测，阳性率为１５／６２（２４．２％）。该法具有可靠、简便、快速等优点，用于解脲脲原体感染的临床诊断具有重要价值。     

人CCR5 5′侧翼调控序列克隆测定及基序分析

目的：克隆人ＣＣＲ５ ５′侧翼调控序列及其基序分析。方法：设计单引物,利用单向多循环ＰＣＲ扩增及聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化人ＣＣＲ５ ５′侧翼调控序列基因组ＤＮＡ,ＰＣＲ产物作为序列分析模板。结果：得到长为１．５ｋｂ的人ＣＣＲ５ ５′侧翼调控序列基因组ＤＮＡ序列,并对该区域的基序进行了分析。结论：该方法适合于基因组ＤＮＡ,特别是逆向扩增一些读框区５′侧翼调控序列。     

Point mutations of muscle mitochondrial DNA from patients with mitoch ondrial encephalomyopathies

Objective To study the relation between point mutations at nt3243 and nt8344 of muscle mit ochondrial DNA from patients with mitochondrial encephalomyopathies and phenotyp es. Methods DNA was extracted from muscle specimens from 5 patients with mitochondrial encep halomyopathies and amplified by PCR method, using corresponding oligonucleotide primers. DNA fragments were digested with restriction enzymes BglⅠ and ApaⅠ, then the digested DNA fragments were analyzed with an electrophoresis method. Results The point mutation at nt3243 of mtDNA was found in 2 patients, one with mitochon drial encephalomyopathy, lactic acidosis and stroke- like episodes (MELAS) and a nother with myoclonic epilepsy with ragged red fibers (MERRF). The point mutati on at nt8344 was found in 2 patients with MERRF, including the one with point mu tation at nt3243. Conclusion The point mutation of DNA at nt3243 correlated with MELAS and nt8344 correlated with MERRF. In addition, the detection of point mutations at both nt3243 and nt 8344 in a patient with MERRF shows the association of mutation with diversity i n clinical manifestations of mitochondrial encephalomyopathies.     

辣根过氧化物酶同功酶C3基因在毕赤酵母中的克隆与分析

目的克隆辣根过氧化物酶同功酶C3(HRPC3)基因,为此基因的表达做准备。方法用PCR方法从辣根的基因组DNA中扩增得到一种辣根过氧化物酶同功酶C3基因,将PCR产物连接到pMD18-T载体上。测序证明正确后,再以带有EcoRI和NotI酶切位点的引物进行PCR,然后将目的基因切下,插入到巴斯德毕赤酵母表达载体pPIC9K中,构建成重组pPIC9K质粒,用电转化转入毕赤酵母。提取转化子的基因组DNA,用PCR进行鉴定是否含有HRPC3基因。结果重组pPIC9K质粒转化毕赤酵母后,经PCR鉴定,证明形成了目的基因的克隆。结论应用毕赤酵母作为受体菌,pPIC9K为载体,成功克隆了HRPC3。