实时荧光定量PCR检测常见性传播疾病病原体基因

目的;用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)技术准确定量检测常见性病病原体基因,为临床治疗提供依据.方法采用实时FQ-PCR技术,检测了临床送检标本3641份.结果淋球菌(NGH)1416份、沙眼衣原体(CT)1165份、解脲支原体(UU)765份,人乳头瘤病毒(HPV6.11)214份、梅毒螺旋体(TP)81份,阳性率分别为26%(368/1416)、27%(315/1165)、36.5%(279/765)、77%(165/214)、21%(17/81).阳性率差异有高度显著性(P＜0.001).NGH、CT、UU、HPV6.11、TP阳性标本DNA平均拷贝数2.3×106、8.5×105、2.4×104、5.6×107、3.8×105.146例治疗后复查,其转阴率为NGH63.9%(39)、CT70%(33)、UU44.7%(17).治疗后复查转阴率差异有显著性(P＜0.05),其DNA拷贝平均数有明显下降.结论实时FQ-PCR技术检测常见性病病原体基因,具有简便、快捷、特异性高、定量准确等优点,对其诊断和治疗有指导意义.     

实时荧光定量PCR监测治疗前后BCR-ABL水平的变化

目的探讨实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,RQ-PCR)方法在监测慢性粒细胞白血病(chronic myeloid leukemia,CML)患者治疗效果和预后判断的应用价值。方法应用实时荧光定量PCR方法分别检测CML患者采用异基因造血干细胞移植或伊马替尼治疗前、治疗3个月、治疗6个月、治疗1年时BCR-ABL融合基因的表达水平。结果治疗前,CML患者的BCR-ABL水平分布在164%~469%,造血干细胞移植组的患者的BCR-ABL水平降至0.1%~0.2%,伊马替尼组患者随着治疗BCR-ABL水平逐渐下降,在治疗一年后降至0.1%~0.3%。治疗前后患者的BCR-ABL水平差异有统计学意义(P0.05),造血干细胞移植组与伊马替尼组患者的BCR-ABL水平差异不显著(P0.05)。结论使用RQ-PCR方法监测BCR-ABL水平可以作为CML患者评价治疗效果和判断预后的指标。     

流式免疫微球捕获技术和荧光定量PCR检测BCR-ABL融合基因的方法学比较

目的:对流式微球捕获技术和荧光定量PCR技术在BCR-ABL融合基因中的检测进行比较和评价。方法:选取18例慢性粒细胞性白血病(chronic myeloid leukemia,CML)患者、6例急性髓系白血病(acute myeloblasticleukemia,AML)患者、9例缺铁性贫血(iron deficiency anemia,IDA)患者,分别用流式微球捕获技术和荧光定量PCR技术检测其骨髓BCR-ABL融合基因蛋白和mRNA。结果:6例AML和9例IDA患者均未检出阳性。18例CML患者荧光定量PCR检出16例P210和2例P190,流式微球捕获技术则均检出阳性。流式微球捕获技术的lgMFI(平均荧光强度)和荧光定量PCR法的lgCopies(拷贝数)的相关系数为0.708(P<0.01)。结论:流式免疫微球捕获技术对BCR-ABL各种断裂类型敏感性高,但不能区分断裂类型,适合作为初筛实验。     

实时荧光定量PCR检测乳腺癌SOCS2基因表达

目的检测乳腺良恶性组织中细胞因子信号转导抑制因子（supressors of cytokine signaling,SOCS2）的mRNA表达及其临床病理意义。方法以18SrRNA为内j对照采用实时荧光定量PCR法,定量测定新鲜乳腺癌组织、癌旁组织和乳腺良性增生组织中。SOCS2 mRNA的表达并分析其与临床病理指标的关系。结果各组阳性率：乳腺癌35.00％（14／40）、癌旁乳腺组织100％（15／15）和乳腺良性增生组织81.25％（13／16）,其表达之间的差异具有统计学意义（P〈0．05）;乳腺癌组织的SOCS2表达水平与TNM分期和淋巴结转移呈明显的相关性（P〈0,05）。结论SOCS2在乳腺癌中的表达可能提示患者具有较好的预后。     

实时荧光定量PCR检测幼儿腹泻腺病毒

目的:建立实时荧光定量PCR方法,并检测腺病毒Ad40或Ad41感染的粪便标本。方法:用T-A克隆技术构建含腺病毒基因的载体作为标准模板,采用Taqman探针标记技术,建立实时荧光定量PCR方法。采集幼儿腹泻标本248例,分别用直接免疫荧光法和实时荧光定量PCR检测腺病毒Ad40和Ad41,比较两种方法的阳性检出率。结果:实时荧光定量PCR灵敏度和准确度(95.60%和96.80%)均高于直接免疫荧光法(78.5%和82.40%)(P0.05),而两者特异度差异无统计学意义(97.30%vs 96.70%,P0.05)。248例待检样本,直接免疫荧光法检出率为2.42%(6/248),实时荧光定量PCR检出率为7.66%(19/248),明显高于直接免疫荧光法(χ2=3.675,P0.05)。结论:成功建立实时荧光定量PCR检测腺病毒Ad40或Ad41方法。其灵敏度、准确度和阳性检出率经均优于直接免疫荧光法,且简便快速。     

实时荧光定量PCR检测结直肠癌UbcH10基因的表达

目的：通过检测UbcH10 mRNA在结直肠癌中的表达,探讨UbcH10作为结直肠癌诊断标志物的可能性。方法：采用Trizol提取组织总RNA,RT-PCR获得UbcH10 cDNA,实时荧光定量PCR检测45例结直肠癌患者肿瘤组织与相应癌旁正常组织中UbcH10 mRNA的丰度。结果：在所有肿瘤组织样本中UbcH10 mRNA的相对表达量与其自身的癌旁正常组织样本中的相对表达量相比明显升高,平均表达水平是正常组织的10倍以上（0.0802±0.0907vs0.0079±0.0088,P〈0.01）,其中超过20倍的占37.78%（17/45）。结论：UbcH10基因在结直肠癌患者肿瘤组织中过度表达,可作为结直肠癌诊断的潜在肿瘤标志物及结直肠癌基因治疗的新靶点。     

实时荧光定量PCR检测沙眼衣原体的研究

目的采用TaqMan探针建立检测沙眼衣原体的实时荧光定量PCR（real-time PCR）方法。方法根据沙眼衣原体外膜蛋白A的基因（ompA）序列设计引物和探针,以克隆的ompA部分基因片段作DNA模板,建立实时荧光定量检测方法。结果建立的荧光定量PCR检测方法的最低检出限为5 copies/反应,检测线性范围100～107线性关系良好（r2=0.997）,比巢式PCR敏感100倍;且与鹦鹉热衣原体、淋球菌、解脲脲原体、大肠杆菌等病原菌DNA以及人基因组DNA均无交叉反应,表明该方法具有良好的特异性。以巢式PCR作参比,建立的荧光定量PCR法检测沙眼衣原体的阳性符合率为100.00%,阴性符合率为95.09%,总符合率为96.81%。结论建立的检测沙眼衣原体实时荧光定量PCR具有特异性强和敏感性高的特点,可快速检测样本中微量沙眼衣原体DNA,适用于对沙眼衣原体进行大规模筛选。     

肾移植后BK病毒感染者实时荧光定量PCR检测

背景：对于BK病毒感染、BK病毒相关性肾病的认识缺乏规范的实验室诊断程序和标准化的无创性检验方法。 目的：建立肾移植后患者尿液和外周血BK病毒感染负荷实时荧光定量PCR检测方法。 方法：针对BK病毒基因组,自主设计特异性引物BKV-F和BKV-R,Taqman荧光探针BKV-P,Taqman荧光探针BKV-P的5’端标记有荧光基团,在除5’端外的任意一个位置上标记有淬灭基团;然后处理待测样本,进行PCR反应。 结果与结论：将检测阳性的扩增产物进行基因测序,测序结果经BLAST比对后证实为BK病毒基因序列;利用上述方法对56份样本进行检测,其中,20份BK病毒血清样本及20份BK病毒尿液样本检测均为阳性,有S型扩增曲线。动态范围测定显示在103~1010 copies/mL之间标准曲线具有良好的相关性。5份健康人尿液样本,5份血液样本及6份临床常见的其他病原体血液样本检测均为阴性,无S型扩增曲线。结果表明该方法可进行定性、定量检测,特异性好,反应快速,一般30 min即可得到反应结果,并且成本低、假阳性少。     

反转录酶活性检测实时荧光定量PCR方法的建立

目的 在传统产物增强性反转录酶(PERT)活性检测方法基础上建立检测反转录酶活性的实时荧光定量PCR方法.方法 以噬菌体MS2 RNA为模板,设计、合成引物和探针,并分别以连续10倍倍比稀释的AMV反转录酶(1×10-1～1×10-9 U/μl)标准品催化体外反转录反应合成相应cDNA.采用实时荧光定量PCR法检测底物cDNA模板量,并获得相应的PCR荧光值曲线,分析AMV反转录酶的相对活性.同时应用传统PERT方法对cDNA进行扩增,测定该方法的灵敏度.结果 将AMV反转录酶标准品连续10倍倍比稀释后催化反转录反应,实时荧光定量PCR分析所得的反转录产物cDNA,结果得到与理论值完全相符合的PCR标准荧光值曲线;定量分析结果显示,浓度为1×10-2～1×10-8U/μl的AMV反转录酶均可得到相应的荧光值.不同稀释度的AMV反转录酶,经传统PERT方法扩增后,结果显示浓度为1×10-3～1×10-7 U/μl的AMV反转录酶均可见大小为112 bp的阳性条带,检测灵敏度达到1×10-7U/μl.结论 成功建立了基于实时荧光定量PCR技术的检测反转录酶活性的新方法,实验操作简单,具有高精确性和无污染性,为生物制品外来污染尤其是反转录病毒污染的检测提供了参考指标.     

反转录酶活性检测实时荧光定量PCR方法的建立

目的在传统产物增强性反转录酶（PERT）活性检测方法基础上建立检测反转录酶活性的实时荧光定量PCR方法。方法以噬菌体MS2RNA为模板,设计、合成引物和探针,并分别以连续10倍倍比稀释的AMV反转录酶（1×10-1～1×10-9U/μl）标准品催化体外反转录反应合成相应cDNA。采用实时荧光定量PCR法检测底物cDNA模板量,并获得相应的PCR荧光值曲线,分析AMV反转录酶的相对活性。同时应用传统PERT方法对cDNA进行扩增,测定该方法的灵敏度。结果将AMV反转录酶标准品连续10倍倍比稀释后催化反转录反应,实时荧光定量PCR分析所得的反转录产物cDNA,结果得到与理论值完全相符合的PCR标准荧光值曲线;定量分析结果显示,浓度为1×10-2～1×10-8U/μl的AMV反转录酶均可得到相应的荧光值。不同稀释度的AMV反转录酶,经传统PERT方法扩增后,结果显示浓度为1×10-3～1×10-7U/μl的AMV反转录酶均可见大小为112bp的阳性条带,检测灵敏度达到1×10-7U/μl。结论成功建立了基于实时荧光定量PCR技术的检测反转录酶活性的新方法,实验操作简单,具有高精确性和无污染性,为生物制品外来污染尤其是反转录病毒污染的检测提供了参考指标。     

实时荧光定量PCR的应用体会

对于病毒的监测和疾病的诊断,定性检测已不能满足临床需要,实时荧光定量PCR技术(realtime quantitative PCR)于1996年由美国Aplied Biosystems公司推出.     

荧光定量PCR检测活检组织EB病毒感染的临床意义

目的　建立检测EBV感染的新方法并观察EBV与鼻咽癌的关系。方法　鼻咽部活检组织和石蜡包埋标本6 6例 ,采用荧光定量聚合酶链反应 (FQ -PCR)和原位杂交 (ISH)两种方法检测EBV ,其检测结果与病理诊断对照。结果 :FQ-PCR检测EBV -DNA阴性 5 2例 ,其中 5 1例为炎性病变 ,另 1例为腺癌 ;EBV -DNA阳性 14例 ,其中 13例为鳞状细胞癌 ,另 1例虽为炎症。但部分上皮细胞呈不典型增生。ISH检测EBV阳性 4 9例 ,其中 4 7例为炎性病变 2例为癌。EBV阳性 17例 ,其中 12例为癌 ,5例为炎性病变。FQ -PCR和ISH检测EBV结果 ,经卡方检测差异无显著性 (P >0 .0 5 )。结论　EBV感染与鼻咽癌有高度相关性。FQ -PCR检测EBV具有方法简单、快速、定量准确等优点。     

实时荧光定量PCR检测人乳头瘤状病毒基因

目的了解妇女中人乳头瘤状病毒（HPV）的感染率,为有效防治宫颈疾病发生提供依据。方法采用实时荧光定量PCR检测技术对401例本院妇产科门诊就诊疑似HPV感染者取宫颈分泌物,进行HPV6、11型和HPV16、18型检测。结果总阳性率36.66%,其中HPV6、11型阳性率43.02%,HPV16、18型阳性率24.26%,同时做HPV6、11型和HPV16、18型检测,阳性率14.71%。并且半数妇女年龄集中在25-45岁之间。结论女性感染HPV非常普遍,应给予高度重视。     

实时荧光定量PCR技术在致病菌检测中的应用

目的本文将实时荧光定量PCR(Real-time Q-PCR)法检查致病菌与细菌培养法作比较,探讨对指导临床诊断治疗的意义。方法采用Real-time Q-PCR法和细菌培养法对100份标本进行6个微生物项目的检测,并比较两种方法的灵敏度、特异性和准确性。结果 Real-time Q-PCR法检测结果与细菌培养法,除完全符合的19例标本之外,另有8例用细菌培养法为阴性的标本,用Real-time Q-PCR法检测为阳性。结论 Real-time Q-PCR法较细菌培养法具有准确性好、灵敏度高、特异性强和检测快速等优点,是快速筛查致病菌的理想检测方法之一。     

荧光定量PCR检测细菌染色体上基因拷贝数

目的建立一种以细菌染色体上1个已知拷贝管家基因作为基准、通过荧光定量PCR检测其他被检基因拷贝数的方法.方法利用荧光定量PCR检测El Tor型霍乱弧菌染色体上目的基因zot与基准基因thyA的Ct（threshold cycle）值差值,根据已知拷贝数菌株N16961的两基因Ct值之差来推算待测菌株中zot基因的拷贝数.结果利用thyA基因作参照,确定11株E1 Tor型霍乱弧菌中zot基因的拷贝数在1～5个之间,对较少拷贝数的检测与Southern blot确认的相同,对多拷贝数检测优于Southern blot的判定.结论本方法可以准确检测菌株染色体上的基因拷贝数.     

荧光定量PCR检测吉林地区NGU病原体基因

目的 用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR）技术准确定量检测非淋菌性尿道炎(NGU)中解脲支原体(UU)、沙眼衣原体(CT)基因，进一步了解UU、CT感染情况，为临床治疗提供依据。方法 采用FQ—PCR技术检测标本2553份，其中UUl072份、CT1481份。结果 UU阳性率为39．4％(42／1072)，其中，男性阳性率为11．1％(40/360)，女性阳性率为53．7％(382/712)。CT阳性率为10．1％(149／1481)，其个，男性阳性率为10．6％(34／322)，女性阳性率为9．9％(115／1159)。UU感染率在男女性别之间有高度显著性差别(P＜0．01)，CT感染率在性别之间无显著性差别(P＜0．05)。在男性中UU与CT感染率之间无显著性差异(P＞0．05)。在女性CT与UU感染率之间有高度显著性羞异(P＜0．01)。结论 FQ-PCR技术检测UU、CT基因具有简便、快捷、特异性高、定量准确等特点，其结果对诊断、治疗有一定指导意义。     

用实时荧光定量PCR方法检测母血中的胎儿SRY基因

目的　从孕妇外周血浆中分离出胎儿DNA ,并加以鉴定 ,预防X连锁遗传病患儿的出生。方法　从孕早期、中期共 3 0 0名孕妇外周血浆中分离胎儿DNA ,用实时荧光定量聚合酶链反应 (fluorescencequantitativepolymerasechainreaction ,FQ PCR)的方法检测其中的Y性别决定区 (sex determiningregionY ,SRY)基因。结果　孕早期怀男胎的孕妇 82名 ,70名SRY基因阳性 ,其平均浓度为 ( 5 8.82± 2 0 .90 )拷贝 /ml,中位数为 5 8.5 0拷贝 /ml。孕中期怀男胎的孕妇 90名 ,SRY基因均为阳性 ,平均为 ( 15 2 .0 8± 62 61)拷贝 /ml,中位数为 14 9.3 5拷贝 /ml。怀女胎的孕妇均为阴性。结论　用实时荧光定量PCR的方法最早在孕42天的孕妇外周血浆中就可以检测到胎儿SRY基因 ,随孕周的增加 ,母血中胎儿DNA的量也在逐渐增加。实时荧光定量PCR技术在进行无创伤性产前性别诊断中有重要的价值。     

实时定量RT—PCR技术检测白血病融合基因的临床应用价值

目的评估实时定量RT—PCR技术检测白血病融合基因在辅助白血病临床诊断和药物疗效判定方面的价值。方法56例慢性粒细胞白血病（CML）患者，其中男性31例，女性25例，中位年龄54（18～80）岁；9例急性早幼粒细胞白血病（APL）患者，其中男性4例，女性5例，中位年龄47（2～64）岁。另有22例非CML或APL患者（男性12例,女性10例，年龄6～55岁）。应用实时定量RT—PCR技术检测临床患者骨髓或外周血单个核细胞中白血病融合基因M—bcr／abl或PMIdRARα的表达，结合临床资料进行分析。结果①56例CML患者的M-bcr／abl融合基因检测阳性率为96．4％（54／56）；9例APL患者的PMIdRARa融合基因检测阳性率为77．8％（7／9）。②5例CML患者应用甲磺酸-伊马替尼治疗后定量检测M—bcr／abl融合基因的拷贝数较治疗前明显降低或转阴（4／5），伊马替尼治疗CML效果优于应用羟基脲和干扰素治疗的患者。结论实时定量RT—PCR技术操作简便，检测白血病融合基因的准确性高。在辅助临床诊断和白血病患者药物疗效判定方面都有较大的应用价值。     

实时荧光定量PCR在检测人ANP基因表达的应用

目的建立心房钠尿肽（ANP）基因mRNA表达水平的实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法进行初步评价。方法以基因表达产物为模板,建立实时荧光定量PCR检测方法,对样本中的心房钠尿肽含量进行相对定量,比较不同样本组的基因表达水平。结果所建立的实时荧光定量PCR方法熔解曲线中熔解峰单一。肺癌患者胸腔样本的ANP含量为对照样本的4.68倍,血清样本为对照样本的16.03倍。结论所建立的ANP实时荧光定量PCR检测方法具有较高的特异性。肺癌患者胸腔液和血清中ANP的含量明显增高。     

实时荧光定量PCR检测转基因小鼠外源基因拷贝数方法的建立和应用

目的建立实时荧光定量PCR方法检测CaMKⅡα-Cre转基因小鼠外源基因拷贝数的方法。方法以CaMKⅡα-Cre转基因首建鼠及其仔代阳性鼠为研究对象,利用绝对定量的实时荧光定量PCR法检测转基因小鼠的拷贝数,并筛选出纯合子小鼠再经遗传育种方法以确定为纯合子小鼠。结果绝对定量标准曲线公式为:△Ct=-2.402log5N(拷贝数)+8.654,相关系数为0.9999,扩增效率为95.4%。三只CaMKⅡα-Cre首建鼠的拷贝数分别为19、7、5;三个转基因小鼠品系均成功获得纯合子小鼠。结论成功建立了检测转基因小鼠外源基因拷贝数的实时荧光定量PCR方法,该方法可用于检测各种转基因小鼠中外源基因的拷贝数。