基于网络药理学和实验验证的甘麦大枣汤抗抑郁的物质基础及作用机制研究

目的：采用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术分析、鉴定甘麦大枣汤的主要化学成分,并在此基础上通过网络药理学及动物实验进一步对甘麦大枣汤抗抑郁的作用机制进行探讨。方法：根据采集到的质谱数据,通过PubChem数据库结合相关参考文献进行化学成分的鉴定。将鉴定出的化学成分输入SwissADME数据库,根据Pharmacokinetics、Druglikeness进行筛选。利用SuperPred和SwissTargetPrediction数据库预测筛选成分的相关靶点,同时在GeneCards、DrugBank等数据库搜索抑郁症相关疾病靶点。利用STRING数据库构建“成分-靶点”及PPI蛋白互作网络,筛选药效作用的核心靶点。采用Metascape数据库进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果：共分析鉴定了95个化合物,包括黄酮类、萜类、有机酸类、氨基酸类以及其他类。进一步筛选了12个关键活性成分,40个活性成分与疾病交集靶点,通过网络拓扑分析获得TNF、SLC6A3、MAOB等16个核心靶点;富集分析发现甘麦大枣汤抗抑郁作用通路有神经营养相关通路、内分泌相关通路、炎症免疫相关通路等;动物...     

基于“异病同治”理念探讨丹栀逍遥散治疗干眼和抑郁症的网络药理学机制

目的：通过网络药理学和分子对接,探讨分析丹栀逍遥散治疗干眼和抑郁的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台搜索丹栀逍遥散,结合文献筛选,得到丹栀逍遥散的活性成分和靶点。在DrugBank、Therapeutic Target Database(TTD)、Online MendelianInheritancein Man Database(OMIM)、Gene Cards数据库分别搜索干眼和抑郁,得到干眼和抑郁相关的疾病靶点,运用Cytoscape3.9软件构建“丹栀逍遥散-干眼-抑郁”网络;使用STRING数据库构建靶蛋白相互作用（protein-proteininteraction,PPI）网络;利用R语言对关键靶点进行Gene Ontology(GO)富集和Kyoto EncyclopediaofGenesand Genomes(KEGG)富集分析,研究其作用机制。利用PyMOL和Auto DockVina等软件对丹栀逍遥散活性成分和核心靶蛋白进行分子对接。结果：共收集到丹栀逍遥散药物有效成分3095个以及对应成分靶点2727个;干眼疾病靶点3020个;抑郁疾病靶点366...     

基于网络药理学探讨芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制探讨

目的 采用网络药理学探究芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库、文献挖掘整理芍药甘草汤化学成分;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库收集CAG的相关靶点;利用Venn图筛选交集靶点,由Cytoscape软件构建“活性成分-疾病靶点”网络,由String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock软件进行分子对接。结果 筛选出芍药甘草汤有效活性成分103个,与CAG相关靶点76个,重要活性成分包括槲皮素、山奈酚、柚皮素、甘草查尔酮A,核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤抑制因子p53(TP53)、肿瘤坏死因子（TNF）等,KEGG通路主要富集于白细胞介素-17(IL-17)、TNF、缺氧诱导因子1(HIF-1)等通路。分子对接结果显示化合物与关键靶点有较好的结合能力。结论 芍药甘草汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥对CAG的治疗作用。     

附子汤治疗颈椎病的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术探讨附子汤治疗颈椎病潜在分子机制。方法：通过检索TCMSP数据库获得每味中药的化学活性成分及作用靶点,通过检索GeneCard、OMIM、DisGeNet等数据库获得颈椎病的相关治疗靶点;通过Venny平台获得核心作用靶点,再利用Metascape对核心作用靶点进行GO功能富集分析,利用KEGG Mapper进行KEGG通路分析,其次借助STRING数据库并结合Cytoscape软件构建附子汤治疗颈椎病的“药物-活性成分-疾病作用靶点”及作用靶点网络与蛋白互作关系。最后检索PDB及PubChem数据库获得小分子和蛋白质结构,利用Autodock Vina软件及PyMOL进行分子对接验证。结果：筛选出药物潜在活性成分38个,药物潜在作用靶点109个,潜在疾病治病靶点976个。其中主要的核心作用靶点是16个。GO功能富集分析获得283个条目,KEGG分析主要涉及NF-κB信号通路、TNF信号通路等55个通路。分子对接提示Fumarine、Stigmasterol、Frutinone A、Beta-sitosterol等与PTGS1、PTGS2靶点具有较强亲...     

菊花-密蒙花药对治疗角膜损伤的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨菊花-密蒙花药对治疗角膜损伤的作用机制。方法：选用中草药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出菊花-密蒙花的有效活性成分及相关作用靶点;在Genecards、OMIM、PharmGkb、DrugBank等疾病数据库检索出角膜损伤的靶点基因;再利用R软件将疾病的靶点基因与菊花-密蒙花的靶点基因进行交集分析并绘制韦恩图;运用Cytoscape构建“药物-成分-靶点”网络图;通过STRING网络平台和cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络（PPI）,并用插件CytoNCA筛选核心靶点;利用metascape平台对角膜损伤治疗关键靶点进行GO(Gene Ontology)和KEGG(KyotoEncyclo pediaof Genesand Genomes)富集分析。通过PyMOL和Auto DockVina等软件,将菊花-密蒙花药对的活性成分和核心靶点进行分子对接,并根据其结合能判断亲和力大小。结果：共收集17个有效成分及586个药物靶点;角膜损伤疾病靶点2797个;药物成分和疾病的共有靶点146个;最终得到14个核心靶点：JUN、TP53、M...     

基于网络药理学及实验验证探讨补肾定眩汤治疗高血压的作用机制

目的 基于网络药理学及实验验证探讨补肾定眩汤治疗高血压的作用效果及机制。方法 从TCMSP数据库筛选补肾定眩汤活性化合物及作用靶点,在Uniprot数据库转化为基因靶点,通过Cytoscape 3.6.1构建化合物-靶点网络。在OMIM、DisGeNET、TTD数据库及文献报道收集高血压的治疗靶点。将化合物-靶点网络与疾病-靶点融合,筛选补肾定眩汤治疗高血压的潜在核心靶点。利用STRING平台,获得核心靶点PPI网络。通过DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG富集分析;基于自发性高血压大鼠模型,验证补肾定眩汤改善高血压的作用效果,并验证网络药理学预测的潜在调控机制。结果 筛选出补肾定眩汤的活性化合物23个,潜在核心靶点16个,包括ECE1、AGT、BMPR2、HIF1A、ACE2、TGFB1等,可通过调节流体剪切应力与动脉粥样硬化、HIF-1信号通路、TGF-β信号通路、松弛素信号通路、肾素-血管紧张素系统、血管平滑肌收缩、肾素分泌、醛固酮的合成和分泌等机制改善高血压;动物实验表明补肾定眩汤可显著降低自发性高血压大鼠的收缩压(SBP)、舒张压(DBP)及平均动脉压(MAP)水平...     

从分子学角度探讨柴胡-郁金对卒中后抑郁潜在作用机制

目的:基于网络药理学探讨柴胡-郁金药对治疗卒中后抑郁(PSD)的潜在分子学机制。方法:通过检索TCMSP(中药系统药理学技术平台)数据库结合文献挖掘筛选出柴胡-郁金药对的主要活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得卒中后抑郁的作用靶点,得到药物与疾病相交的靶点,通过Cytoscape软件建立疾病-药物-成分-靶点网络图,将数据输入String数据库,利用Cytoscape构建靶点相互作用的PPI网络,通过Metascape进行GO和KEGG富集分析。结果:从数据库中筛选了“柴胡-郁金”与PSD的36个共有靶基因和8种共有化合物,PPI网络共涉及节点36个,核心蛋白为IL6、AKT1、VEGFA、CRP、CCL2、MMP9、SERPINE1,GO生物学过程、细胞组成和分子功能分别为39条、8个、11个,KEGG通路共12条。结论:通过网络药理学探讨了“柴胡-郁金”对PSD发挥效应的可能潜在机制,为PSD的进一步研究提供了可能。     

甘麦大枣汤加味治疗产褥期抑郁症37例

目的：观察甘麦大枣汤加减治疗产后抑郁的临床疗效。方法：37例采用甘麦大枣汤加减治疗。结果：治愈25例,显效3例,有效2例,无效2例,总有效率94.5%。结论：甘麦大枣汤加减治疗产褥期抑郁安全、疗效满意。     

基于网络药理学分析解痉舒督汤治疗强直性脊柱炎的作用机制

目的探讨解痉舒督汤治疗强直性脊柱炎(AS)的作用机制,为进一步研究提供思路。方法采用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选出解痉舒督汤所含药物的化学成分及其靶基因,从GeneCards、OMIM、DisGenet、Uniprot数据库中筛选AS的相关基因,并运用DAVID数据库对解痉舒督汤与AS共有基因进行分析。结果解痉舒督汤与AS的共同作用基因共72个。GO-BP功能分析结果显示,共同基因主要作用于炎症反应及免疫应答等方面。KEGG-MAP机制图显示,解痉舒督汤治疗AS的靶点分布主要与炎症相关的白细胞募集、炎症因子、细胞黏附及细胞外基质重塑密切相关。结论解痉舒督汤治疗AS的作用机制与通过多靶点、多通路调节炎症反应、免疫应答等方面有关。     

太子参-牡丹皮药对治疗糖尿病心肌病网络药理学机制探讨

目的：探究太子参-牡丹皮药对治疗糖尿病心肌病的作用机制。方法：利用网络药理学方法,借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）、Pubchem网站、Swiss Target Prediction数据库预测活性成分候选靶点。通过Disgenet和GeneCards数据库筛选出糖尿病心肌病的靶点基因,利用Venny图取中药与疾病的交集靶点,通过STRING数据库建立蛋白互作网络图,并通过Cytoscape 3.9.0软件对网络图进行优化,筛选出核心靶点。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO分析和KEGG富集分析。结果：中药共筛选出19个活性成分,277个作用靶点,糖尿病心肌病筛选出疾病靶点2424个,通过韦恩图得出交集靶点109个。通过药物-活性成分-靶点网络图分析可得山奈酚、槲皮素、刺槐素、木犀草素对疾病的治疗可能发挥重要作用。通过PPI网络图可知核心靶点为TNF、AKT1、SRC、TP53、EGFR等。根据KEGG分析,预测该药对主要通过干预癌症、MAPK、PI3K-Akt等信号通路发挥对糖尿病心肌病的治疗作用。结论：太子参-牡丹皮药对可通过多种活性成分、多靶点、多途径对糖尿病心...     

基于整合药理学平台预测黄芩-黄连对溃疡性结肠炎的作用靶点

目的:基于网络药理学,预测黄芩-黄连药对治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis, UC)的有效活性成分及其潜在的作用机制。方法:以"黄芩-黄连"药对为检索词,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中按条件查找,逐步筛选出相应活性成分及潜在作用靶点;然后在GeneCards数据库中查找出UC的疾病靶基因;通过软件分析,得出活性成分与靶点之间,以及疾病各靶点蛋白之间的相互关系,并通过GO和KEGG富集分析获得黄芩-黄连药对治疗UC的潜在作用靶点和通路。结果:通过查找有效成分,分析出黄芩-黄连药对中有效活性成分共51个,其中与UC密切相关的靶点共136个;通过GO富集分析得到2 226条与生物过程相关的条目,采用KEGG通路富集分析得到165条潜在信号通路。结论:磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)和AKT蛋白酶b (PI3K-AKT),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)可能是黄芩-黄连药对治疗UC调控的主要通信号通路,涉及的靶点包括肿瘤蛋白53(TP53)、丝/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、转录因子JUN、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)等,为实验验证该药对治疗UC的作用机制提供了证据。     

基于网络药理学探讨扶正抗癌方治疗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法研究扶正抗癌方治疗肝癌的有效成分、作用靶点及可能作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选扶正抗癌方的生物活性成分,并预测其靶点,构建药效分子-靶点网络,进行蛋白相互作用分析,进一步寻找潜在靶点,最后通过KEGG通路、GO富集分析可能的分子机制.结果 从TCMSP中获得...     

基于网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及物质基础

目的 运用网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及分子基础。方法 在TCMSP数据库中,检索大黄牡丹汤中五味中药的主要化学成分,通过TCMSP平台查找及预测中药化合物对应靶点,在genecards数据库中搜索阑尾炎疾病靶点,取二者靶点交集导入Swiss平台获得PPI网络,筛选核心作用靶点并构建大黄牡丹汤-潜在靶点-阑尾炎作用网络。对核心靶点进行基因本体（gene ontology,GO）分子功能及基因组百科全书（kyto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析。采用DiscoverStiudio软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 筛选得大黄牡丹汤中主要活性成分有11个,该活性成分的有效靶点有166个,阑尾炎疾病709个,取交集得核心靶点66个;GO富集分析显示靶点基因主要涉及RNA聚合酶II启动子的转录正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、平滑肌细胞增殖正调控、蛋白磷酸化正调控等;KEGG富集结果显示大黄牡丹汤可能具有调控FoxO信号通路、鞘脂类信号通路、toll样受体信号通路等功效;结论 大黄牡丹汤可通过调控机体炎症反应、NF-kappa B信号通路、炎症介质对TRP通道,参与促炎症细胞因子的转录调节等治疗阑尾炎。     

基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌的分子机制

目的 探讨基于网络药理学的肝积汤活性成分、治疗靶点及分子机制。方法肝积汤的活性成分及作用靶点从TCMSP数据库筛选,肝癌相关靶点从GeneCard数据库获取,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,GO和KEGG富集分析采用Bioconductor生物信息软件包进行,“成分－靶点－通路”网络图采用Cytoscape制作。结果 从 TCMSP 中获得肝积汤有效活性成分 80种以及249 个药效分子靶点。与检索到的885 个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、VEGFA、AKT1等15个核心靶点。GO 功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应,细胞对氧化应激的反应,对脂多糖反应等；涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物,蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG 富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎病毒信号通路、人巨细胞病毒感染信号通路。结论 槲皮素、木犀草素、山柰酚等可能为肝积汤治疗肝癌的关键成分,TP53、VEGFA、AKT1等为核心靶点,PI3K-Akt、乙型肝炎病毒、人巨细胞病毒感染等通路为主要作用的通路。     

川芎治疗腰椎间盘退行性病变潜在作用机制的网络药理学分析

目的 基于网络药理学分析川芎治疗腰椎间盘退行性病变(LIDD)的潜在作用机制.方法 通过检索TCMSP数据库、查阅相关文献筛选川芎有效成分,并查询其相对应的靶点.采用GeneCards、OMIM数据库检索LIDD的靶点,将其与川芎预测的靶点进行映射以获得川芎潜在治疗LIDD的交集靶点.采用Cytoscape v3.8....     

基于网络药理学的黑地黄丸治疗肾性贫血机制探究

目的:基于网络药理学方法探究黑地黄丸治疗肾性贫血的作用机制.方法:运用网络数据库对黑地黄丸成分及肾性贫血靶点进行检索筛选;运用Cytoscape软件,构建中药成分-靶点网络,运用STRING数据库构建黑地黄丸治疗肾性贫血的蛋白互作网络图,进行拓扑分析,找出核心靶点,最后用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行G...     

基于网络药理学探讨定喘汤治疗支气管哮喘的作用机制

目的采用网络药理学方法探讨定喘汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法利用TCMSP筛选定喘汤药物的有效活性成分,并通过GeneCards等数据库进行检索获得支气管哮喘相关的疾病靶点。采用DAVID v.6.8数据库进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果经数据库分析,定喘汤与支气管哮喘的共同靶基因为286个。GO-BP功能分析结果显示,共同基因主要作用于正向调控RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录、血管生成、ERK1和ERK2级联反应等,负向调控凋亡过程等。KEGG富集分析结果显示,共同靶点可以与哮喘相关的T细胞受体信号通路、FcεRI信号通路、B细胞受体信号通路等多条信号通路发挥作用。通过与常用西药相关蛋白比较发现,定喘汤可发挥β2受体激动剂和吸入皮质激素的作用。结论定喘汤从多成分、多靶点、多通路的角度治疗支气管哮喘的作用机制对后续深入研究具有重要意义。     

基于网络药理学对清肺排毒汤中射干-麻黄治疗新型冠状病毒肺炎的机制分析

通过网络药理学研究射干-麻黄治疗COVID-19的成分、靶点及通路,研究其中的机制。在TCMSP数据库中检索射干、麻黄的化学成分以及靶点信息,在GeneCards数据库和OMIM数据库和NCBI基因数据库中筛选出疾病的靶点。在Bioinformatics Evolutionary Genomics 数据库中筛选出射干-麻黄作用于疾病的靶点,用String数据库进行PPI网络的构建,将PPI网络导入Cystoscap 3.7.2中,通过NetworkAnalyzer工具进行拓扑分析, 应用 ^{Cytoscape 3. 7. 2} 软件构建中药-成分-疾病-靶点网络图,应用R语言进行GO富集及KEGG富集分析。结果：射干-麻黄筛选获得40个活性成分,218个药物靶点,与COVID-19共同靶点48个；射干-麻黄中的鼠李黄素、异鼠李素成分在治疗COVID-19中起主要作用。射干-麻黄治疗COVID-19的主要靶点蛋白是IL6、CASP3、MAPK3、MAPK8、IL10、CCL2等。射干-麻黄中的有效成分主要通过对脂多糖反应、对细菌源分子反应、细胞对内毒素的反应、细胞对细菌源分子反应等生物过程作用于COVID-19,射干-麻黄治疗COVID-19的主要信号通路有AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、恰加斯病(美国锥虫病)、利什曼病等。体现了射干-麻黄治疗COVID-19多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学分析桃红四物汤治疗股骨头坏死的机制

目的利用网络药理学方法探索桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、OMIM、Drugbank数据库获取桃红四物汤治疗股骨头坏死活性成分与靶点,构建活性成分-靶点互作网络,绘制蛋白互作(PPI)网络并进行分子对接,最后行GO富集和KEGG通路富集分析。结果从桃红四物汤中筛选出活性成分69个,作用于股骨头坏死的主要活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素;关键靶点为血管内皮生长因子(VEGF)、白细胞介素-6(IL-6)及成骨细胞特异性转录因子2(Runx2)。分子对接服务器分析发现,桃红四物汤的活性成分与关键靶点能够紧密结合。GO富集分析显示,分子功能主要包括转录因子结合、类固醇激素受体活性、蛋白激酶结合等方面。生物过程主要涉及到细胞因子介导的信号通路、对类固醇激素的反应及细胞凋亡信号通路等生物学过程,细胞组成主要包括核转录因子复合体、蛋白激酶复合体、蛋白质-DNA复合物等。KEGG富集分析获取相关信号通路为VEGF、Janus激酶/信号转导与转录激活子(JAK/STAT)及核转录因子-kappa B(NF-κB)信号通路。结论桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制在于应用槲皮素、山奈酚、木犀草素等活性成分,以VEGF、IL-6及Runx2为靶点,通过VEGF、JAK/STAT及NF-κB信号通路参与治疗股骨头坏死。