多房棘球绦虫95抗原T-B联合表位分析

目的应用相关软件和在线网络分析Em95的蛋白二级结构,预测B细胞表位和T细胞表位的联合表位。方法采用DNAStar软件和在线网络IEDB、SYFPEITHI及Propred等对Em95的B细胞表位和T细胞表位进行预测,寻找B细胞和T细胞表位共同的区域。结果 Em95存在潜在的抗原表位,其中B细胞表位区域为10-19、43-48、52-59、78-82、92-100和110-115;分值高的T细胞表位区域为32-40、51-60、82-98、108-116和126-138。B细胞和T细胞共同的表位区域为52-59、92-98和110-115。结论运用生物信息学方法确定Em95的3个T-B细胞联合表位存在于5个T细胞抗原表位和6个B细胞抗原表位中存在区域,对进一步研究Em95的抗原性和研发优势表位疫苗具有重要意义。     

细粒棘球蚴EgG1Y162-2与CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白结构预测及表位分析比较北大核心CSCD

目的采用生物信息学的方法,应用相关软件对EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的氨基酸序列进行分析,了解其理化性质及结构特点,预测并比较其抗原表位,为CTLA-4IgV-EgG1Y62-2蛋白作为包虫病表位疫苗的研究奠定基础。方法利用ProtParam在线软件分析EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的理化性质;运用DNAstar中的protean软件与在线SOPMA软件预测EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的二级结构;应用I-TASSER在线软件预测并比较EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的三级结构,并使用BepiPred1.0,IEDB等软件对其T/B细胞抗原表位进行预测与分析。结果预测EgG1Y162-2蛋白由69个氨基酸组成,为稳定蛋白,具有亲水性。二级结构中的α螺旋、β-折叠、β-转角与无规则卷曲分别占7.69%、30.77%、15.38%和46.15%。预测的3条T细胞优势表位分别是1-18、21-43和47-62位氨基酸,2条B细胞优势抗原表位分别是9-28与57-69位氨基酸;CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白由208个氨基酸组成,稳定蛋白,具有亲水性。二级结构中的α螺旋、β-折叠、β-转角与无规则卷曲分别占13.46%、32.21%、7.69%和46.63%。预测的3条优势T细胞表位分别是143-154、165-177和183-199位氨基酸。2条B细胞优势抗原表位分别为151-167和197-205位氨基酸。结论EgG1Y162-2和CTLA-4IgVEgG1Y162-2蛋白均存在优势T抗原表位与B抗原表位,且T/B联合表位存在高度重合。说明CTLA-4IgV与EgG1Y162-2蛋白通过Linker序列连接后几乎未对EgG1Y162-2蛋白的优势表位产生影响。因此,将CTLA-4IgV基因与特异性抗原EgG1Y162-2基因进行融合表达可能会增强疫苗的免疫效果,这对囊型包虫病多价复合疫苗的研究具有重大意义。     

细粒棘球蚴EgG1Y162-2与CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白结构预测及表位分析比较

目的采用生物信息学的方法,应用相关软件对EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的氨基酸序列进行分析,了解其理化性质及结构特点,预测并比较其抗原表位,为CTLA-4IgV-EgG1Y62-2蛋白作为包虫病表位疫苗的研究奠定基础。方法利用ProtParam在线软件分析EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的理化性质;运用DNAstar中的protean软件与在线SOPMA软件预测EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的二级结构;应用I-TASSER在线软件预测并比较EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白的三级结构,并使用BepiPred1.0,IEDB等软件对其T/B细胞抗原表位进行预测与分析。结果预测EgG1Y162-2蛋白由69个氨基酸组成,为稳定蛋白,具有亲水性。二级结构中的α螺旋、β-折叠、β-转角与无规则卷曲分别占7.69%、30.77%、15.38%和46.15%。预测的3条T细胞优势表位分别是1-18、21-43和47-62位氨基酸,2条B细胞优势抗原表位分别是9-28与57-69位氨基酸;CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白由208个氨基酸组成,稳定蛋白,具有亲水性。二级结构中的α螺旋、β-折叠、β-转角与无规则卷曲分别占13.46%、32.21%、7.69%和46.63%。预测的3条优势T细胞表位分别是143-154、165-177和183-199位氨基酸。2条B细胞优势抗原表位分别为151-167和197-205位氨基酸。结论 EgG1Y162-2和CTLA-4IgV-EgG1Y162-2蛋白均存在优势T抗原表位与B抗原表位,且T/B联合表位存在高度重合。说明CTLA-4IgV与EgG1Y162-2蛋白通过Linker序列连接后几乎未对EgG1Y162-2蛋白的优势表位产生影响。因此,将CTLA-4IgV基因与特异性抗原EgG1Y162-2基因进行融合表达可能会增强疫苗的免疫效果,这对囊型包虫病多价复合疫苗的研究具有重大意义。     

细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-00512的生物信息学分析北大核心CSCD

目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-00512蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性、β-转角;应用SWISS-MODEL在线服务器分析蛋白氨基酸序列并组合模板和Eg-00512蛋白的三级结构;B细胞表位采用在线软件IEDB及BcePred综合预测,T细胞表位采用在线预测软件SYFPEITHI分析确定。结果Eg-00512蛋白由1254个氨基酸组成,理论pI值6.15;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白。Eg-00512蛋白的二级结构中α螺旋占51.28%,延伸链占17.22%,β-转角占4.78%,无规卷曲占26.71%。Eg-00512蛋白B细胞表位数量各为8个;有13个CTL和14个Th细胞优势表位。结论生物信息学方法预测细粒棘球绦虫原头节含有多个优势B、T细胞抗原表位,为包虫病的诊断和疫苗的研究奠定了理论基础。     

细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10^(3),属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。     

弓形虫微线蛋白16抗原表位区的预测及酵母表面展示

目的应用生物信息学软件预测弓形虫微线蛋白16(TgMIC16)B/T细胞抗原表位并对抗原表位区进行酿酒酵母菌的表面展示。方法利用DNAStar和IEDB对TgMIC16进行B细胞抗原表位预测,利用SYFPEITHI和BIMAS预测其T细胞抗原表位。参照预测结果,采用pCTCON2/EBY100展示系统对抗原表位区进行酵母表面展示,利用间接免疫荧光(IFA)和流式细胞仪检测表达情况。结果 TgMIC16存在潜在的B/T细胞抗原表位且集中在aa343-625区域;该抗原表位区成功展示到酵母细胞表面,最佳诱导时间为24~36h。结论为下一步酵母载体疫苗的研制及疗效评价奠定基础。     

细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析

目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10~3,属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。     

空肠弯曲菌AhpC蛋白B细胞抗原表位预测及抗原性分析

目的利用生物信息学预测分析空肠弯曲菌AhpC的跨膜结构、信号肽及B细胞抗原表位,并分析空肠弯曲菌AhpC优势B细胞抗原表位的抗原性,为后续疫苗研究提供依据。方法使用TMHMM Server V2.0、SignalP 4.1、IEDB等生物信息学分析软件对空肠弯曲菌AhpC进行蛋白跨膜结构预测、信号肽及线性B细胞抗原表位进行预测分析。分别以原核表达的空肠弯曲菌AhpC蛋白和化学合成的表位肽为抗原,空肠弯曲菌AhpC抗体为一抗,通过ELISA及Dot blot对优势线性B细胞抗原表位的抗原性进行分析及筛选。结果生物信息学预测结果表明AhpC定位于空肠弯曲菌外膜,无跨膜结构,无信号肽,同时该蛋白中存在7个的B细胞线性表位。经Dot blot和ELISA检测发现其中AhpC4-16表位具有较强的抗原性,为优势表位。结论空肠弯曲菌AhpC保守存在于细菌表面,存在1个优势的B细胞线性抗原表位(AhpC4-16),可用于后续的疫苗开发研究。     

布氏杆菌周质蛋白 EipB优势T-B联合抗原表位预测及其免疫应答特点

目的 利用生物信息学方法预测布氏杆菌周质蛋白(Brucella periplasmic protein, EipB)的理化性质、空间结构以及T、B细胞表位,探讨T、B优势表位肽的免疫效应,为布氏杆菌分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法 利用在线网站以及生物信息学相关数据库分析EipB蛋白的理化性质、跨膜结构域,信号肽序列,二级和三级结构、亲/疏水性以及该蛋白的T、B抗原表位。选取抗原性最高的B和T表位(分别位于121-137和95-110)通过血蓝蛋白进行连接,免疫小鼠后,通过ELISA检测IgG、IgM、IgA以及IgE等抗体的产生情况;通过流式细胞术检测T细胞分泌细胞因子的情况。结果 布氏杆菌EipB蛋白是由279个氨基酸组成,呈弱碱性,分子质量为31 kDa,性质较为稳定;该蛋白在26-27氨基酸之间含有一个信号肽序列,在1-30氨基酸之间含有一个跨膜结构域;二级结构中α-螺旋,β-转角,延伸连和无规则卷曲等结构;亲水区域明显;该蛋白含有21条优势B细胞表位肽,这些优势B细胞表位所在氨基酸区段与亲水性较高区域相对应。含有CD₄⁺T细胞表位56...     

多房棘球蚴EM18基因片段的克隆与生物信息学预测

目的寻找EM18抗原表位。方法用逆转录PCR方法从多房棘球蚴的RNA扩增EM18基因片段,运用各软件对EM18的二级结构和表面特性、亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位。经3DLigandsite服务器结构预测其编码的蛋白质的3D结构。结果 EM18存在潜在的抗原表位,B细胞表位区域:28-43、49-55、59-64、69-79、85-91、99-111、119-129、135-144。结论运用生物信息学方法确定EM18存在8个抗原表位,对进一步研究EM18的抗原性和研发优势表位疫苗具有重要的意义。     

鼠疫耶尔森氏菌F1抗原的表位预测

目的预测F1抗原的B细胞表位,为抗F1单克隆抗体的制备提供理论依据,探索适合我国鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)蛋白B细胞表位研究的可行性方案。方法采用EMBOSS网络平台以及DNAStar Protean软件分析F1蛋白的二级结构、可塑性、亲水性和抗原性指数等参数,进行B细胞表位的预测。结果F1蛋白的B细胞表位可能位于第106~132和141~155等区域内。结论预测结果为后续抗F1单克隆抗体的制备奠定一定理论基础,表位预测法有利于我国鼠疫菌B细胞表位研究平台的建立。     

Galβ1-6Gal, antigenic epitope which accounts for serological cross-reaction in diagnosis of Echinococcus multilocularis infection

Parasitic helminths express various antigenic carbohydrates, which often account for serological cross-reactions. In serodiagnosis, it is essential to inspect cross-reactivity between the target parasite and other parasites in order to assess diagnostic performance. Our previous study showed that the Galβ1-6Gal sequence was a common epitope between Echinococcus multilocularis (Em) and E. granulosus (Eg). Furthermore, compounds with this sequence from Fasciola hepatica (Fh) reportedly were recognized by sera with Eg infection. Our aim is to investigate whether this sequence is one of the widely common epitopes in many kinds of parasites. For various parasites, sera with Fh infection cross-reacted at the highest frequency (71·4%) against Em antigen. In patients with other parasitic infections, sera showed cross-reactions against Fh antigen bound to Em antigen with a high frequency (23·7%). Binding inhibition tests with commercial Galβ1-6Gal disaccharide showed that Galβ1-6Gal was the common epitope between not only Em, Eg and Fh, but also between various other parasites. Furthermore, the presence of the Galβ1-6Gal epitope in Em antigen was confirmed by immunoblot testing with the specific antibody for this sequence. This study showed that the Galβ1-6Gal sequence is one of the antigenic epitopes that accounts for serological cross-reactivity between Em and various other parasites.     

弓形虫p35蛋白的基因克隆及其分子特征

目的 探讨p35蛋白作为一个鉴别急性感染的诊断抗原和疫苗候选的应用价值。方法 从弓形虫RH株分离总的RNA,应用弓形虫EST基因库合成扩增p35基因片段引物,结合5'和3'末端cDNA快速扩增法进行p35基因5'和3'末端cDNA的扩增,TA克隆RT－PCR产物及DNA顺序分析;用蛋白质分析软件解析p35基因编码的氨基酸的亲水性和可能存在的T、B细胞的表位。结果 p35基因含有1537个碱基,编码378个氨基酸,其氨基酸的亲水性区域分布在氨基酸的201到225和301到340号,且含有多个T、B细胞的表位。结论 p35蛋白的C端区有高的亲水性,并含有T、B细胞的表位,显示了p35蛋白应用于诊断和疫苗开发的可行性。     

多房棘球蚴亮氨酸氨基肽酶优势抗原表位的鉴定

目的 根据预测多房棘球蚴亮氨酸氨基肽酶(Leucine aminopeptidase,LAP)抗原表位的结果,进一步鉴定其优势的T细胞和B细胞抗原表位.方法 构建重组质粒pCzn1-LAP后进行蛋白原核表达与纯化,将纯化的LAP蛋白进行动物免疫后,利用脾脏淋巴细胞增殖、流式细胞术、ELISA pot、ELISA等方法鉴...     

Immunogenicity of peptide fusions to hepatitis B virus core antigen.

Several gene fusions have been constructed in which coding sequences for antigenic regions of the pre-S sequences of hepatitis B virus, hepatitis B surface antigen, and the envelope protein of human immunodeficiency virus were linked to the 3' end of that for the first 144 residues of hepatitis B core antigen. The sequences were expressed efficiently in Escherichia coli to give stable products that assembled to form particles morphologically similar to hepatitis B core antigen itself. The products exhibited the antigenic and immunogenic characteristics of both the hepatitis B core antigen epitopes and the epitopes carried by the additional sequences, thus illustrating the value of such proteins as immunological reagents and potential vaccines.     

细粒棘球蚴95(Eg95)抗原基因的克隆及真核表达质粒的构建

目的　克隆Eg95抗原基因 ,构建携带目的基因的真核表达载体 ,为细粒棘球蚴DNA疫苗的研究提供材料。方法　应用PCR方法从细粒棘球蚴cDNA文库中克隆获得Eg95抗原基因 ,将其克隆至 pUCm -T载体 ,测序确定其正确性。利用定向克隆技术将Eg95抗原基因片段克隆至真核表达质粒pcDNA3上 ,根据选择标记的氨苄抗性基因筛选到阳性克隆 ,通过酶切分析和PCR鉴定筛选出阳性克隆 ,测序确定序列。结果　测序表明所选 pcDNA3-Eg95阳性克隆均为正确连接Eg95抗原基因的重组质粒 ,可以作为DNA疫苗作进一步的研究。结论　成功构建真核细胞表达载体 pcDNA3-Eg95。     

鼠疫耶尔森菌LcrV抗原B细胞表位的预测

目的预测鼠疫耶尔森菌LcrV抗原的B细胞表位,为抗LcrV单克隆抗体的制备提供理论依据,探索适合我国鼠疫耶尔森菌蛋白B细胞表位组研究的可行方案。方法采用EMBOSS网络平台以及DNAStar Protean软件分析LcrV蛋白的二级结构、可塑性、亲水性和抗原性指数等参数,进行B细胞表位的预测和分析。结果LcrV蛋白的B细胞表位可能位于第16～24、26～31、45～50、175～181、208～213和280～289位等氨基酸区域内或附近,其中16～24、26～31、175～181、208～213等4个短肽都与文献报道相吻合。结论预测得到的表位为后续抗LcrV抗原单克隆抗体的制备奠定了理论基础,为进一步表位分析和鉴定提供了参考依据;预测结果的准确性高,有助于利用表位预测法建立鼠疫菌蛋白B细胞表位研究的平台。     

Propagation of CD4+ T cells specific for HIV type 1 envelope gp120 from chronically HIV type 1-infected subjects

HIV-specific CD4+ T cell responses, in particular to the HIV envelope antigen gp120, are often undetectable in the peripheral blood of HIV-infected individuals. The failure to detect these cells poses a significant impediment to studying the T cell populations that are considered to be essential for controlling HIV infection and has led to speculation that these cells are entirely depleted during HIV infection. This study was designed to test whether gp120-specific CD4+ T cells exist in HIV-infected subjects and can be expanded from peripheral blood mononuclear cells by in vitro stimulation with the gp120 antigen, allowing better characterization of these cells. Although gp120-specific T cell responses were barely observed in patient cells ex vivo before antigenic stimulation, CD4+ T cells specific for gp120 were successfully propagated from the blood of each asymptomatic chronically HIV-infected subject studied. The dominant epitopes recognized by gp120-specific CD4+ T cells from these HIV-infected subjects were mapped to well-conserved sites in the C1 and C2 domains of gp120. Two CD4+ T cell lines recognizing these two regions were subsequently established. The CD4+ T cell lines proliferated and produced interferon gamma in response to the specific epitopes, and the responses were MHC class II restricted. These T cell lines also exhibited cross-reactivity with gp120 from T cell line-adapted HIV-1 strains IIIB and MN, as well as with gp120 from primary isolates SF33 (subtype B), CA1 (subtype A), and CA10 (subtype A/E). The data demonstrate that CD4+ T cells specific for gp120 are not entirely depleted from the peripheral blood of chronically HIV-infected subjects; these cells are present in low numbers but can be expanded after antigenic stimulation in vitro.     

芯片法筛选钩端螺旋体外膜蛋白抗原表位

目的 通过芯片法筛选钩端螺旋体主要外膜蛋白中抗原表位,为后续研制有广泛交叉保护作用的通用钩体疫苗提供科学依据。方法 采用PCR及测序法检测主要外膜蛋白编码基因在不同血清群钩体中的分布情况及其序列相似性。采用生物信息学软件预测钩体外膜蛋白抗原表位。采用抗体纯化磁珠试剂盒纯化大鼠抗不同血清群钩体抗血清IgG。采用抗原芯片法检测各抗原肽的免疫反应性,确定优势抗原表位。结果 候选抗原蛋白编码基因均广泛存在于不同血清群的致病性钩体中且序列保守。综合生物信息学软件结果预测出30个候选T-B联合抗原表位。合成短肽结合芯片检测方法共筛选出9个优势抗原表位,各抗原肽对不同血清群钩体抗血清IgG反应性基本一致。结论 芯片法可高效筛选钩体外膜蛋白优势表位,为表位肽疫苗的研制提供支持。     

细粒棘球绦虫重组Bb-Eg95疫苗的构建及鉴定

目的 构建和鉴定细粒棘球绦虫(Eg)重组双歧杆菌(rBb)-Eg95疫苗.方法 自行设计引物,从细粒棘球蚴包囊中分离原头节,超声粉碎后提取总RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得Eg95抗原编码基因,采用BamH Ⅰ和EcoR Ⅰ双酶切,定向克隆到大肠埃希菌-双歧杆菌(E.coli-Bb)穿梭表达载体pGEX-1λT中,转化E.coli BL21(DE3)感受态细胞,构建重组质粒pGEX-Eg95.抽提质粒进行双酶切鉴定后,电穿孔转化到Bb中,构建细粒棘球绦虫rBb-Eg95疫苗,抽提质粒进行PCR扩增鉴定.结果 RT-PCR扩增出471 bp的Eg95抗原编码基因;重组质粒用双酶切鉴定可切出4947 bp的载体片段和471 bp的目的 基因片段:以具有氨苄青霉素抗性的rBb中抽提的质粒为模板进行PCR扩增可得到471 bp的Eg95基因片段.结论 成功构建了细粒棘球绦虫rBb-Eg95疫苗,为该疫苗的开发利用奠定了理论基础.