基于单细胞RNA-seq和Bulk RNA-seq数据构建巨噬细胞相关基因的肝癌预后风险预测模型

目的 识别肝癌巨噬细胞的相关基因(Macrophage-related genes, MRGs),并构建肝癌预后风险预测模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌scRNA-seq数据,识别在巨噬细胞中特异性表达的基因作为MRGs。对MRGs进行GO和KEGG功能富集分析。在TCGA数据库的TCGA-LIHC数据集中,利用多次随机抽样的单因素Cox回归、LASSO回归、多因素Cox回归分析,鉴定用于肝癌预后预测的MRGs,并构建肝癌预后预测模型。结果 利用GEO数据库的scRNA-seq进行聚类获得8个含巨噬细胞的主要细胞类型。肝癌免疫微环境中的巨噬细胞比例明显高于正常组织(P=0.016),且高表达SPP1、RNASE1和MMP9等基因。嘌呤代谢、柠檬酸循环、药物代谢-细胞色素P450等多条代谢相关通路在肝癌相关巨噬细胞中被激活。本研究从肝癌scRNA-seq中识别出777个MRGs(LogFC>0.25,P<0.05),它们主要参与肌动蛋白结合、调节免疫受体活性等过程。从169个预后相关基因(P<0.05)中筛选出ATP1B3、ATP6V0B、HBEGF、KLF2、NR...     

基于TCGA数据库代谢相关基因构建乳腺癌预后模型

目的 基于TCGA数据库构建乳腺癌代谢相关预后模型,揭示代谢与乳腺癌预后之间的关系.方法 代谢相关基因从KEGG数据库中获取,limma包用于去筛选TCGA数据库中1109例乳腺癌样本和113例正常对照的代谢相关差异基因,随机抽取70％样本作为训练集,剩余30％样本作为验证集,单因素Cox回归用于筛选预后相关基因,基于...     

肝癌中铜死亡相关基因的表达及其预后价值

目的探讨铜死亡相关基因与肝癌生存预后的关系。方法通过收集TCGA数据库中肝癌患者的临床信息和相应的RNA-seq数据,分析10个铜死亡相关基因在肝癌组织和正常组织中的差异表达。进一步使用一致性聚类以确定新的肝癌亚型,比较两个亚型之间总体生存率和临床特征的差异。单因素Cox回归分析筛选与预后相关的铜死亡基因,并利用LASSO回归分析构建风险模型。结果与正常组织相比,肝癌组织中FDX1表现下调,其余9个基因表现上调。聚类分析示,Cluster1的预后较差。基于单因素Cox回归分析和LASSO回归分析筛选出5个预后相关基因(LIPT1、DLAT、MTF1、GLS、CDKN2A)并构建风险模型。与其他临床特征相比,该预后模型的风险评分被确认为独立的预后因素。结论通过生物信息学分析构建了5个铜死亡相关基因的肝癌预后模型,有可能作为肿瘤诊断分子标志物和潜在的治疗靶点。     

EGF+61基因多态性与肝细胞肝癌易感性的Meta分析

目的:系统评价表皮生长因子(EGF)+61基因多态性与肝细胞肝癌(HCC)易感性的关系.方法:计算机检索PubMed、MEDLINE和中国期刊全文数据库(CJFD)及万方数据库1980-2011年发表的有关EGF+ 61基因多态性与HCC易感性关系的相关文献.要求所纳入文献均为相关的病例对照研究,基因型在对照群体中的分...     

肝细胞癌m6A相关免疫基因预后模型构建及DDX1在肝细胞癌中的作用

目的 筛选肝细胞癌中N6-甲基腺苷(m6A)相关免疫基因构建预后模型,并探讨其关键基因DDX1在肝癌细胞中的作用。方法 本研究选取癌症基因组图谱(TCGA)数据库中368例肝癌样本数据作为训练数据集,基因表达综合数据库(GEO)GSE 14520数据集中242例肝癌样本数据作为验证数据集,并基于表达相关性进行m6A相关的免疫基因筛选。通过LASSO Cox回归模型筛选与预后相关的m6A免疫基因,并构建风险评分(RS)模型。根据RS中位数值,分别将训练集和验证集中所有样本分为高与低风险组,Kaplan-Meier法评估高低风险组的生存预后差异。使用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测肝癌细胞系(HuH-7、SK-HEP-1、PLC/PRF/5和SNU-449)以及人正常肝细胞系THLE-2中筛选的关键基因表达水平;挑选表达变化较显著的基因,运用功能加强和缺失实验对其功能进行细胞验证。one-way ANOVA法比较多组间统计学差异,其中两两比较采用Tukey法。结果 基于共表达分析共获得130个m6A相关免疫基因,最终筛选了5个基因(DDX1、HDAC1、HDAC2、NRAS和PLK...     

基于TCGA和Oncomine数据库分析肺腺癌预后基因表达及临床意义北大核心

目的:利用生物信息大数据分析方法,对肿瘤基因组图谱数据库(TCGA)和肿瘤芯片数据库(Oncomine)进行分析,探究与肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)预后相关的生物标志物及药物作用靶点。方法:综合TCGA的RNA-seq数据,利用R 4.0.2进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,确定关键基因集,同时利用STRING进行蛋白互作网络(PPI)分析,筛选出LUAD中调节蛋白表达量的关键基因,再结合Oncomine分析决定LUAD预后的生物标志物。结果:共获得关键模块一个,包含549个基因,它们与纤毛运动、异种生物代谢过程、钾离子跨膜转运蛋白活性的负调控等相关功能密切相关。PPI分析得到20个关键节点基因。Oncomine数据库综合分析确定细胞周期蛋白O(CCNO)在肺癌组织中高表达,生存分析结果显示其与LUAD患者预后密切相关。结论:本研究通过对TCGA和Onomine的综合数据分析,发现CCNO很可能在LUAD的发生发展过程中发挥重要作用。     

C末端驱动蛋白1在肝癌中的表达及其临床意义

目的 探讨C末端驱动蛋白1(KIFC1)在肝癌中的表达及其临床意义.方法 分别应用Oncomine、TPA及UALCAN数据库分析KIFC1在肝癌组织及正常肝脏组织中的表达情况,并探讨KIFC1表达与肝癌患者临床特征及预后的关系,通过STRING数据库分析与KIFC1相互作用的蛋白,并基于DAVID数据库进行基因本体(...     

肝癌耐药的基因学研究进展

目的:总结肝癌耐药相关基因的研究进展。方法:应用Medline及CNKI期刊全文数据库检索系统,以"肝癌、耐药和基因"为关键词,主要检索2000-2011年肝癌耐药基因方面研究的相关文献129篇。纳入标准:1)肝癌耐药期;2)肝癌多药耐药;3)肝癌耐药机制;根据纳入标准共31篇文献纳入分析。结果:MDR,MRP,LRP,BCRP,GST,TOPO,Bcl-2,Survivin,p53,HIF-1,ErbB-2/neu,Rb,c-myc,Clusterin,PYK-2等基因及表达产物主要通过增加药物向细胞外转运,促进药物的代谢,促进细胞的增殖,抑制细胞的凋亡,诱导细胞的缺氧,上调原癌基因,参与细胞信号转导入等机制在肝癌耐药形成中起一定作用。其中MDR,MRP,LRP,BCRP作用机制已较清楚,其他基因与肝癌耐药有明显相关性。结论:筛选并深入研究肝癌耐药相关基因,从基因水平探索肝癌耐药机制,有望为逆转肝癌耐药提供新的途径。     

SKP2基因表达水平对肝癌细胞放射敏感性的影响北大核心CSCD

目的研究人肝癌组织中S期激酶相关蛋白2(SKP2)表达与预后的关系以及肝癌细胞中SKP2表达对人肝癌细胞放射敏感性的影响。方法使用TCGA数据库中肝癌组织和正常对照组织的测序结果,分析SKP2基因在肝癌组织中的表达情况及其与患者预后的关系。使用Western blot检测肝癌细胞放射照射前后SKP2蛋白水平表达变化。利用CRISPR/Cas9技术敲除肝癌细胞SKP2基因的启动子和第1外显子,建立SKP2基因敲除的PLC/PRF/5和Hep3B肝癌细胞系模型,并进一步进行放射照射。用克隆形成实验检测SKP2基因敲除细胞的放射敏感性变化情况。结果对TCGA数据库分析结果显示,与正常组织比较,SKP2基因在肝癌组织中表达升高。对SKP2高、低水平肝癌患者总体生存率进行K-M法分析,结果显示SKP2高表达肝癌患者预后相对较差,其5年生存率为34.6%,SKP2低表达肝癌患者则为50.6%(HR=2.18,95%CI为1.46~3.27,P<0.001)。体外细胞实验显示肝癌细胞受到放射照射后SKP2表达水平明显升高。在CRISPR/Cas9敲除SKP2^(-/-)肝癌细胞中,克隆形成实验结果显示SKP2^(-/-)肝癌细胞的放射敏感性较SKP2+/+明显增加。结论SKP2基因在肝癌组织中表达升高,且高表达者较低表达者预后差。放射可上调PLC肝癌细胞SKP2的表达水平,而敲除SKP2后其放射敏感性明显增加。     

基于炎症反应相关基因构建结肠癌预后模型及验证

目的应用生物信息学方法筛选结肠癌预后相关的炎症反应相关差异表达基因, 构建并验证结肠癌预后模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中检索472例结肠癌患者及41名健康人正常结肠组织的RNA测序和临床数据。从国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库中检索结肠癌预后相关基因表达及临床数据。检索时间均为建库至2022年11月。通过基因集富集分析(GSEA)数据库获取200个与炎症反应相关的基因, 将其与TCGA数据库中获得的结肠癌和正常结肠组织的RNA测序基因数据集进行对比, 获得炎症反应相关的差异表达基因。采用Cox比例风险模型分析评估TCGA数据库中与预后相关的差异表达基因, 炎症反应相关的差异表达基因与预后相关的差异表达基因取交集, 获得预后相关的炎症反应相关差异表达基因。通过LASSO Cox回归构建结肠癌预后模型。计算风险评分, 按风险评分的中位值将TCGA数据库结肠癌患者分为低风险(<中位值)和高风险(≥中位值)两组。对两组患者进行主成分分析(PCA), 采用Kaplan-Meier法进行生存分析。基于R软件timeROC程序包分析风险评分预测TCGA数据库结肠癌患者总生存...     

A novel ferroptosis-related gene signature for clinically predicting recurrence after hepatectomy of hepatocellular carcinoma patients

High recurrence rate in HCC is the primary cause of the poor prognosis after hepatectomy. Therefore, in this study, we aimed to construct a gene signature for predicting the recurrence rate in HCC. The mRNA expression profiles and clinical information of HCC patients from GEO and TCGA databases were used, and ferroptosis-related gene list was obtained from the FerrDb database. We identified 39 ferroptosis-related genes (FDEGs) that were differentially expressed between HCC samples and normal tissues from the {"type":"entrez-geo","attrs":{"text":"GSE14520","term_id":"14520"}}GSE14520 dataset. The univariate and multivariate Cox regression analyses were employed to construct a prognostic signature. Seven FDEGs (MAPK9, SLC1A4, PCK2, ACSL3, STMN1, CDO1, and CXCL2) were included to construct a risk model, which was validated in the TCGA dataset. Patients in high-risk groups exhibited a significantly poor prognosis compared with patients in low-risk groups in both the training set ({"type":"entrez-geo","attrs":{"text":"GSE14520","term_id":"14520"}}GSE14520 cohort) and the validation set (TCGA cohort). Multivariate cox regression analyses demonstrated that the 7-gene signature was an independent risk factor for RFS in HCC patients. KEGG analysis showed that FDEGs were mainly enriched in Ferroptosis, Hepatocellular carcinoma pathway, and MAPK signaling pathway. GSEA analysis suggested that the high-risk group was correlated with multiple oncogenic signatures and invasive-related pathways. These results indicated that this risk model can accurately predict recurrence after hepatectomy and offer novel research directions for personalized treatment in HCC patients.     

基于生物信息学分析的肝细胞癌预后相关基因的筛选

[摘要] 目的：利用生物信息学方法筛选出肝细胞癌（HCC）组织与正常肝组织之间差异表达基因（DEG）,从转录组层面分析这些候选基因参与HCC发生发展的内在机制及其与HCC患者预后相关基因的临床意义。方法: 分别从基因表达数据库（GEO）及人类癌症基因组图谱（TCGA）网站中下载GSE45267、GSE64041、GSE84402 和TCGA中的基因表达谱,R软件和Bioconductor安装包用于筛选HCC组织与癌旁组织之间DEG,然后对这些DEG进行基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析、蛋白质相互作用（PPI）网络分析及生存分析。结果：共筛选出46 个上调基因和154 个下调基因,GO富集分析显示,这些DEG主要与细胞分裂、增殖、周期调控、氧化还原过程及某些代谢途径密切相关;KEGG通路分析显示DEG主要与色氨酸、视黄醇等代谢途径及P53 通路有关。在TCGA数据集中,6 个上调的中枢基因CCNA2、CDK1、DLGAP5、KIF20A、KPNA2、MELK的过表达被认为与HCC患者预后呈明显负相关（均P<0.01）。结论：筛选出的一组与预后负相关的中枢上调基因对HCC诊断和治疗的临床研究可能具有潜在的指导价值。     

基于TCGA数据库构建肝癌铜死亡的预后模型

目的 构建肝细胞癌（HCC）患者铜死亡相关基因（CRGs）的预后模型。方法 基于TCGA数据库HCC患者的mRNA数据集，分析CRGs在HCC患者中的表达，对CRGs及相关基因进行GO和KEGG富集分析。Kaplan-Meier生存分析曲线评估CRGs的生存预后价值，分析其与免疫细胞浸润的相关性。单因素Cox回归分析筛选出与HCC患者生存预后显著相关的CRGs,Lasso回归和多因素Cox回归分析构建预后模型。根据风险值对患者进行分组并进行生存分析，ROC曲线评估预后模型，单因素和多因素Cox回归分析风险评分及临床因素与预后的关系。结果 分析得到HCC中差异表达CRGs共11个，CRGs及其相关基因主要富集的GO条目为氧化还原酶活性，作用于供体的醛基或氧基，主要富集的KEGG信号通路为碳代谢。CRGs的表达水平与浆细胞样滤泡树突细胞、T辅助细胞等免疫细胞的浸润显著相关（P<0.05）。筛选并构建3个CRGs的预后模型，包括CDKN2A、DLAT和LIPT1。高风险组和低风险组的生存时间存在显著差异（P<0.001）。风险评分是预后不良的独立危险因素（P<0.001）。...     

TTN突变相关基因特征对肝细胞肝癌预后的预测价值

目的:寻找新的有效生物标志物用于肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的早期诊断和预后预测。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载HCC样本的转录组和临床数据,利用TCGA队列的mRNA丰度数据和TTN突变信息,根据野生型TTN和突变型TTN HCC患者之间的基因表达差异,表征特定的TTN突变相关特征。生存分析筛选与HCC患者预后相关的基因,单因素Cox回归构建预后风险模型。通过GO注释、途径富集分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)确定与HCC患者预后相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的功能。结果:通过单变量Cox回归和Kaplan-Meier生存分析确定的5个基因,腹前同源盒1(ventral anterior homeobox 1,VAX1)、基质金属蛋白酶3(matrix metalloproteinase 3,MMP3)、CXC型趋化因子5（CXC-type chemokine 5,CXCL5)、转酮醇酶样蛋白1(transketolase-like protein 1,TKTL1)和电压门控钾通道Kv1.3(voltage-gated potassium channel Kv1.3,KCNA3)构成了HCC患者总生存(overall survival,OS)预后基因特征。结论:5个TTN突变相关基因,包括VAX1、MMP3、CXCL5、TKTL1和KCNA3,可作为HCC患者生存和预后的潜在生物标志物和治疗靶点。     

肝细胞癌患者预后相关增强子RNA和对应靶基因的筛选及其预后预测 意义

目的：筛选与肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）预后相关的增强子RNA（enhancer RNA,eRNA）及其对应的 靶基因,并探究其调控作用及功能。方法：通过UCSC数据库下载HCC的转录本数据和临床病例数据,提取eRNA及其预测的 相应靶基因表达矩阵,用Kaplan-Meier和Spearman相关性分析方法筛选HCC预后相关的eRNA和靶基因,并采用最小化绝对收 缩和选择算子回归分析及多因素 Cox 多元回归分析构建 HCC 预后风险评分模型。设计合成针对筛选所获关键 eRNA AP003469.2的小干扰RNA并转染肝癌 SMMC-7721 细胞,采用 RT-PCR方法验证敲减效率,qPCR 法检测 AP003469.2 靶基因 YWHAZ的表达水平,CCK-8法检测转染后SMMC-7721细胞的增殖情况。结果：筛选获得4个与预后相关基因,包括两个eRNA （AP003469.2 和 SPRY4-AS1）和 两 个 靶 基 因（PPARGC1A 和 SLC2A1）（P<0.05）,其中 PPARGC1A 高表达提示预后较好, AP003469.2、SPRY4-AS1和SLC2A1基因高表达则提示预后较差。基于4个基因构建的预后风险评分模型,第1、3和5年的AUC 分别为0.730、0.699和0.679,提示模型具备良好的预测效能。在敲减AP003469.2后,SMMC-7721细胞中YWHAZ的表达无明显 改变,且对细胞的增殖无影响。结论：基于生物信息学分析共筛选出4个关键基因,其中eRNA AP003469.2是HCC预后预测效 能较高的标志物,其无促癌功能且对YWHAZ基因无调控作用。     

基于生信分析筛选胆囊癌关键基因#br# 及相关通路的研究#br#

目的通过生信分析筛选胆囊癌治疗的关键基因及癌症相关通路,挖掘胆囊癌患者的差异基因,预测胆囊癌的潜在治疗靶点。方法对GEO数据库中获得的芯片数据进行差异基因（DEGs）分析。选取NCBI 基因表达综合数据库(GEO)中的基因表达芯片 “GSE76633 ”和 “GSE74048”,利用GEO2R在线分析工具对胆囊癌样本和正常胆囊样本中的差异基因进行筛选。在DAVID和KOBAS上对差异基因进行生物过程（GO）分析和通路富集（KEGG）分析。使用蛋白质 蛋白质相互作用（PPI）分析数据库STRING构建靶点互作（PPI）网络模型。结果该研究共筛选了197个差异基因（P<005,|Log2FC|>2）,其中有33个上调基因,164个下调基因。这些基因主要参与了代谢过程的调节,脂肪酸β 氧化、氧化 还原过程等GO生物过程。主要调控代谢途径,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,缬氨酸亮氨酸和异亮氨酸降解,抗生素的生物合成等。结论该研究利用生物信息学筛选出胆囊癌中的差异基因及相关通路,帮助理解其分子机制及在胆囊癌发病机制和发生、发展过程中的作用,为寻找胆囊癌新的治疗靶点提供思路。