基于结构分类的BP神经网络预测蛋白质二级结构

提出一种基于结构分类的BP神经网络系统，用于蛋白质二级结构的预测。与其他方法相比较，该法可以显著提高预测率，平均预测率为71．12％，最高预测率可达78．27％。     

人工神经网络在蛋白质二级结构预测中的应用

应用蛋白质一级结构预测其二级结构是当前分子生物领域中最为前沿的一分光。在２０余种预测方法中，人工神经网络的预测效果显最为成功。本文着阐述了人工神经网络在蛋白质二级结构预测中的原理，特点及其最新进展。     

2—羟基—3—氯甲基—5—甲基本乙酮的合成

目的：探索黄酮醋酸类似化合物中间体的合成方法。方法：通过酰基化，Fries重排、氯甲基化合成2－羟基－3－氯甲基－5－甲基本乙酮，并应用（HCHO）n/HCI系统进行氯甲基化，获得了满意的收率（90．4％）。结果：采用新方法合成了未见文献报道的新化合物2－羟基－3－氯甲基－5－甲基本乙酮。结论：该方法具有反应时间短、操作简便、收率好等优点。     

华鼠尾草中的单阿魏酰—R，R—（＋）—酒石酸

报道了用半合成方法和光谱分析确证从华鼠尾草（Salvia chinensis Benth.）中分离的单阿魏酰－R，R－（＋）－酒石酸的化学结构和绝对构型；合成了其S，S－（－）－和R，S－（meso）－酒石酸的衍生物，并分析了其间的光谱差异。     

5—氟尿嘧啶的毒副作用与二氢嘧啶脱氢酶基因多态性关系的研究进展

5-氟尿嘧啶(5-FU)对肿瘤患者应用广泛，疗效较显著，但有时会发生严重的毒副作用甚至死亡，如能在用药前预测毒副作用的发生，将给患者带来福音。本文主要介绍了有关5-FU的代谢过程、二氢嘧啶脱氢酶的作用机制、二氢嘧啶脱氢酶基因的结构及研究进展，并讨论了预测5-FU毒副作用的手段，其中主要强调了利用基因手段来进行检测，同时指出了该手段目前存在的问题及前景。     

4—溴—3，5—二甲氧基苯甲酸的合成工艺研究

目的：研究4－溴－3，5－二甲氧基苯甲酸合成新方法，方法：以天然原料没食子酸为起始原料，经甲基人与溴化反应合成4－溴－3，5－二甲氧基苯甲酸。结果：利用该合成路线得到了目标物质，总收率为31．4％，结论：该合成工艺还需要进一步研究所优化反应条件。提高反应收率。     

适合接受HMG—CoA还原酶抑制剂治疗的人群

HMG-CoA还原酶抑制剂是指他汀类药物，其疗效确切、耐受性好。5项长期临床试验的研究结果表明，大多数患者能从该类药物治疗中受益。近期完成的心脏保护试验，支持在二级预防中使用该类药物。现正在评价在急性冠状动脉综合征中的应用，结果似乎是理想的。但在初级预防试验中，尚不能确定哪些人群适合用该类药物。目前，他汀类药物的使用因人而异，特别是那些高低密度脂蛋白胆固酵水平或高危冠心病发病个体。     

运用生物信息学技术分析预测抗氨基末端脂多糖结合蛋白(NH-LBP)单链抗体的结构

应用生物信息学技术预测人工构建的人源化抗氨基末端脂多糖结合蛋白（NH-LBP）单链抗体（scFv）的结构及其生物学活性。利用在线生物信息学工具分析抗NH-LBP的scFv的理化特性及该抗体的二、三级结构。预测结果表明抗NH-LBP的scFv属于较稳定蛋自质，体内半衰期较长；该抗体与数据库中收录的单链抗体的二级结构十分相似；该抗体的三维空间结构为一种球形的蛋白质。通过在线生物信息学工具获得了抗NH-LBP scFv的一、二、三级结构及理论功能，为进一步研究该抗体的体内外生物学活性提供了理论依据。     

猫主要过敏原Fel d 1的二级结构及B细胞抗原表位预测

目的预测猫主要过敏原Fel d 1的二级结构和B细胞抗原表位。方法以Fel d 1肽链Ⅰ和肽链Ⅱ的氨基酸序列为基础,通过DNASIar Protean软件,采用Chou—Fasman方法预测蛋白质的二级结构;用Kyte—Doolillle法预测亲水性;用Karplus—Sehulz方法预测柔韧性;用Emini方法预测表面可及性;用Jaineson—Wolf方法预测抗原性指数。结果对Fel d 1的二级结构和B细胞抗原表位预测的结果表明,第15～21、48～57、103～111、138～143、151～161区段是潜在的B细胞抗原表位。结论本研究有助于确定Fel d 1的B细胞优势抗原表位,为Fel d 1的抗体设计以及抗原性改造提供理论依据     

O—酰基—L—丝氨酸衍生物和S—酰基—L—半胱氨酸衍生物的合成研完

目的 寻找能将氨基酸侧链的羧基、巯基与二元羧酸连接成酯的方法。方法 分别以L—丝氨酸和L—半胱氨酸为起始物，采用叔丁氧羰基、苄酯或二苯甲酯形式保护，分别与丁二酸单苄酯、草酸单苄酯、丁二酸单叔丁酯缩合成酯，合成了3个未见文献报道的化合物0—(4—苄氧丁二酰基)—N—叔丁氧羰基—L—丝氨酸节酯(4)、0—(2—苄氧草酰基)—N—叔丁氧羰基—L—丝氨酸苄酯(8)、S—(4—叔丁氧丁二酰基)—N—叔丁氧羰基—L—半胱氨酸二苯甲酯(12)。化合物4经氢解合成未见文献报道的化合物0—丁二酰基—N—叔丁氧羰基—L—丝氨酸(5)。化合物5经酸解得到0—丁二酰基—L—丝氨酸(6)。结果与结论 目标化合物的结构经光谱确证。通过这种方法二元羧酸能与氨基酸的羧基、巯基缩合成酯。     

N1—乙酰—N3—邻甲苯甲酰—5—氟尿嘧啶的X线衍射分析及稳定性分析

报道一种和5－Fu及FT－207比较有高效低毒特点的5－Fu衍生物的结构确证，并讨论了性和分子结构之间的关系。     

眼部注射用环孢素A的ε—已内酯—D，L—丙交酯嵌共聚物微球稳定性初步研究

目的：评价眼部环孢素A（CsA）的ε－已内酯－D，L－丙交酯嵌共聚物（PCLA）微球的物理稳定性和化学稳定性。方法：对PCLA微球进行了热加速试验、光加速试验和室温留样观察试验。采用高效液相色谱法（HPLC）测定各种实验条件下的CsA含量变化。并对所测得的不同温度下的浓度变化分别进行零级、一级和二级方程进行拟合；对外观进行物理稳定性检查。结果：CsA在PCLA微球中对温度和强光照射均稳定，但是，在55℃时PCLA微球发生熔融。结论：CsA-PCLA微球在一般贮藏条件下稳定，但应避免高温条件。     

6—甲基—8—氰甲基黄酮的合成

目的：黄酮醋酸类化合中间体合成方法的研究。方法：通过酰基化、Fries重排、氯甲基化、氰化、缩合，氧化等六步反应完成合成。结果：采用新方法合成了未见文献报道的新化合物6－甲基－8－氰甲基黄酮。结论：该方法为合成新的黄酮醋酸类合物的方法。并且具有反应时间短、操作简便、收率好等优点。     

感觉神经33.1kDa特异蛋白二级结构及其神经营养活性探讨

目的纯化大鼠脊神经感觉纤维33．1kDa特异蛋白(SSP-33．1)，并分析其二级结构及其神经营养活性。方法采用双向电泳技术比较了大鼠脊髓背根神经纤维和腹根神经纤维中蛋白质表达差异，用DEAE-Sephacel阴离子交换层析和高效液相凝胶过滤的方法纯化了其中一种蛋白质，并通过圆二色谱初步分析了该蛋白质的二级结构；又通过经典的神经营养活性的模型-鸡胚背根节(DRG)体外培养模型，测定该蛋白的生物学活性。结果纯化的蛋白质分子量为33．1，等电点为5．52，其二级结构中α螺旋占20．8％，β片层占54．8％，转角占7．3％，无规卷曲占17．1％。体外实验表明该蛋白质能促进鸡胚背根神经节突起的生长。结论纯化了大鼠感觉神经33．1kDa特异蛋白，该蛋白质二级结构以β片层为主，体外实验表明该蛋白质对体外培养的鸡胚背根神经节有神经营养活性。     

2，4—二氯—5—氟—6—甲基苯甲酸的新合成法

以2，4-二氯氟苯为原料，经硝化、还原、硫醚化得5，后者脱甲硫基得6，再经重氮化和氰基取代生成7，最后水解即得2，4-二氯-5-氟-6-甲基苯甲酸（1）。中间体5、6、7和8及1均为未见报道的新化合物，其结构经MS和^1HNMR确证。     

7，8，9—三—O—乙酰—N—乙酰—2—脱氧—2，3—二脱氢—4β—羟基—D—神经氨酸甲酯的合成

7,8,9-三-O-乙酰-N-乙酰-2-脱氧-2,3-二脱氢-4β羟基-D-神经氨酸甲酯是合成抗流感药物扎那米韦的关键中间体,本文对其合成方法进行了研究和改进。以N-乙酰神经氨酸为起始原料,经酯化、氯化、脱氯化氢同时环合成e唑环及水解开环等六个反应、三步操作即可制目的物。该路线反应步骤少,操作简单,收率高,重复性较好。     

RNA二级结构预测的支持向量机模型研究

RNA二级结构预测问题是生物信息学的一个研究重点,本文主要利用支持向量机(SVM)模型来研究RNA 二级结构预测问题.通过改进NSSEL标签[4],形成了能表示平面伪结结构的E-NSSEL标签,该标签作为SVM模型输出端的类别标识,因此,测试序列经过SVM模型预测后得到相应的E-NSSEL序列,该序列可以恢复为二级结构.此算法能有效地解决传统算法中存在的时间复杂性的问题和长链分子的预测问题.     

重组HPV病毒样颗粒二级结构的圆二色谱法预测

目的 分析重组HPV病毒样颗粒（virus-like particle,VLP）的二级结构。方法 取重组HPV16、18、52、58型VLP各1批,均调整蛋白浓度至250〜500 μg/ml,采用圆二色谱远紫外扫描,预测重组HPV VLP的二级结构。结果 重组HPV16 VLP二级结构的预测结果为α螺旋11.7%,反平行β折叠37.1%,平行β折叠4.5%,β转角19.2%,不规则卷曲30.3%;重组HPV18 VLP二级结构的预测结果为α螺旋11.9%,反平行β折叠36.9%,平行β折叠4.6%,β转角19.0%,不规则卷曲30.7%;重组HPV52 VLP二级结构的预测结果为α螺旋12.3%,反平行β折叠37.1%,平行β折叠4.7%,β转角19.0%,不规则卷曲30.2%;重组HPV58 VLP二级结构的预测结果为α螺旋11.7%,反平行β折叠35.3%,平行β折叠4.4%,β转角20.4%,不规则卷曲31.3%。结论 圆二色谱法预测了重组HPV16/18/52/58型VLP的二级结构,该技术可用于重组HPV VLP的结构确证研究。     

Polyamide柱层析／RP—HPLC／LC—ESI—MS分离纯化鉴定牛蒡叶中的绿原酸

目的：建立分离纯化鉴定牛蒡（Arctium lappa L.)叶中绿原酸（chlorogenic acid)的PolyamideSC6柱层析／RP－HPLC／LC－ESI－MS方法，方法：牛蒡叶经80％甲醇抽提，减压浓缩后，用氯仿去色素，得粗提物。粗提物经PolyamideSC6柱层析，依次用水，30％甲醇、60％甲醇及甲醇洗脱，甲醇洗脱组分进行RP－HPLC和LC－ESI－MS分析。结果：牛蒡叶的80％甲醇粗提物经PolyamideSC6柱层析，甲醇洗脱组分经RP－HPLC分析为单一成分，tR=20.0min,λmax(nm)为216．6／240 sh/300sh/325.6，与对照品绿原酸共注射进行RP－HPLC实验，表明两者有叠加效应，tR与λmax均一致。LC－ESI－MS测定结果表明，该洗脱组分与对照品绿原酸的分子量相同，均为354。由此可鉴定该甲醇洗脱组分为绿原酸。结论：牛蒡叶的80％甲醇粗提物经PolyamideSC6柱层析，甲醇洗脱组分为单一成分－－绿原酸。     

螨虫过敏原Der f 22蛋白质结构与表位多肽的预测与分析

目的 分析螨虫过敏原Der f 22的氨基酸序列特性与二级结构，构建其三维结构模型并基于此对其B、T细胞表位进行预测与分析。方法 通过ProtParam对Der f 22的理化性质进行计算。根据其理化性质与氨基酸序列，使用AlphaFold2和GalaxyRefined2构建并优化Der f 22过敏原的三维结构，进一步利用DNAStar、Bepipred 2.0、ElliPro、DiscoTope 2.0和TepiTool预测Der f 22的B细胞表位和T细胞表位。结果 基于氨基酸序列，我们得到了Der f 22蛋白的二级结构特征与三维结构。利用多种生物信息学工具，我们预测并筛选出6个线性B细胞表位、19个参与形成构象B细胞表位的关键残基和4个T细胞表位。结论 本研究得到的蛋白质结构和抗原表位为进一步对Der f 22功能改造及低免疫原性疫苗的开发奠定基础。