柴胡疏肝散治疗代谢相关脂肪性肝病的网络机制研究＊

目的 分析疏肝理气代表方柴胡疏肝散治疗代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）的作用机制。方法 根据TCMSP数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库，预测和筛选柴胡疏肝散的活性成分和MAFLD的相关基因，得到柴胡疏肝散治疗MAFLD的潜在靶点，使用Cytoscape软件和STRING数据库，构建柴胡疏肝散活性成分与MAFLD相关靶点的成分-靶点网络，分析网络获得重要靶点，并利用DAVID数据库对其进行基因本体（GO）和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。同时作分子对接及历史文献研究对相关靶点进行验证。结果 从中药复方柴胡舒肝散中经ADME筛选后到了槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、柚皮苷、和异鼠李素、柠檬烯等140种化学成分，能够作用于65个MAFLD的疾病靶点，其中前十位的PTGS2、ESR1、AR、GSK3B、PTGS1、ESR2、ADRB2、AKT1、TP53、PGR和EGFR为最重要的核心靶点，可以调控的信号通路主要为HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、VEGF信号通路、TNF信号通路、p53信号通路、PPAR信号通路和Jak-STAT信号通路，参与MAFLD的RNA聚合酶II启动子转录、基因表达与DNA转录的正调控等过程。分子对接结果显示药物关键成分槲皮素与山柰酚与疾病核心靶点IL-6成功建立对接，且具良好的结合活性。结论 柴胡疏肝散在干预MAFLD的过程中，主要通过调节免疫和肿瘤抑制作用治疗脂肪性肝病，整个过程通过多靶点和多途径对机体起到积极治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的潜在分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库得到肝乐颗粒中各个药物的有效活性成分及对应的蛋白质靶点,GeneCards数据库获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,利用Venny软件取药物和疾病的交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件创建“药物-化合物-靶点”网络图,并联合String平台对药物-疾病交集靶点进行蛋白质网络互作分析,将筛选过的核心基因导入David数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock和Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:肝乐颗粒中的药物成分作用于非酒精性脂肪性肝病的靶点93个,拓扑分析出83个核心靶点信息,GO分析共包含288条生物过程、55条分子功能、33条细胞组成等376条富集结果,KEGG通路分析发现86个条目,其中主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的主要活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素、异鼠李素、芒柄花素等与A...     

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡-大黄药对防治胆石症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡-大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点.利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造...     

基于网络药理学和分子对接探讨肝脂平治疗非酒精性脂肪性肝病作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探究肝脂平治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。方法:利用TCMSP数据库收集肝脂平活性成分及靶点,通过Gene Cards、Drug Bank、TTD及OMIM数据库检索NAFLD相关靶点。利用Cytoscape 3.7.2构建蛋白质互作网络及“活性成分-靶点-通路”网络,使用DAVID平台进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后通过Auto Dock进行分子对接。结果:筛选得到肝脂平112种活性成分,256个对应靶点,其中有130个靶点作用于NAFLD。GO富集分析和KEGG通路分析共得到734个生物过程,89条信号通路。分子对接结果显示,核心成分与关键靶点有较好的结合性。结论:肝脂平通过AKT1、TNF、IL-6、IL-1β、TP53等关键靶点对NAFLD发挥治疗作用,作用机制和脂质与动脉粥样硬化、AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路有关。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨补气消脂方治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的利用网络药理学和分子对接技术预测补气消脂方治疗非酒精性脂肪性肝病（non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD）的主要活性成分和目标基因靶点,并探讨其潜在的作用机制。方法通过检索中药系统 药理技术平台（TCMSP）、OMIM、GeneCards 等数据库,查找补气消脂方活性成分、作用靶点以及NAFLD 相关 靶点,以OB≥30%和DL≥0.18 为标准筛选活性成分,并查阅文献补充文献报道中常见的中药活性成分,汇总 得到活性成分库,并利用STRING 数据库平台分析各靶点之间的相互作用,构建蛋白互作网络。利用 Cytoscape 3.7.2 软件进行“活性成分-疾病靶点”网络分析,在此基础上采用R 4.0.3（依托于“clusterProfiler” “org.Hs.eg.db”以及“pathview”程序包）进行GO 与KEGG 基因功能富集分析。筛选出补气消脂方关键活性成 分和靶基因后,利用Autodock-vina 软件进行分子对接,选择蛋白互作网络中度值排名前6 位的重要的靶点进 行分子对接,验证结合活性。结果通过筛选发现了补气消脂方中共有98 种活性成分和229 种相应靶点, NAFLD 靶点1 283 个。最终筛选获得103 个关键靶点和30 个重要的信号通路,如癌症通路、AGE-RAGE 信 号通路、TNF 信号通路、HIF-1 信号通路等。补气消脂方治疗NAFLD 的主要成分为槲皮素、木犀草素、丹 参酮ⅡA、山柰酚等,关键靶点为IL-6、FOS、CXCL8、RELA、STAT3、AKT1 等。通过分子对接得到结合 能≤-6 kcal·mol-1 的“靶点蛋白-活性分子”16 个,与排名前6 位的关键靶点均有较好的亲和力。结论补气 消脂方中的活性成分槲皮素、木犀草素、丹参酮ⅡA、山柰酚、柚皮素等可能通过作用于多个靶点和调控多条 通路治疗NAFLD。     

大柴胡汤治疗结石性胆囊炎的网络药理学研究及分子对接验证

目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨大柴胡汤治疗胆囊炎(Cholecystitis)的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索相关文献获得大柴胡汤所含中药的主要化学成分,收集其相对应的靶点;胆囊炎疾病靶点来源于GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、PharmGkb数据库.结...     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

陈文慧教授治疗代谢相关脂肪性肝病的经验

代谢相关脂肪性肝病是临床常见病及高发病。陈文慧教授根据多年临床经验,认为本病是一个“因实致虚、气郁积聚、伤及血络”的动态病变过程。临床辨证施治过程中注重体用同调、肝脾同治,扶正为本,兼以祛邪,并指导患者结合饮食、起居调护预防,形成具有特色的防治体系,临床疗效较好。文章将总结陈教授辨治代谢相关脂肪性肝病的经验,并列举医案参佐。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨川芎-当归-白芍治疗干燥综合征的作用机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探究当归、川芎与白芍治疗干燥综合征的药理作用机制。方法 从中药系统药理分析平台(TCMSP)数据库提取3味中药的主要活性成分及靶点;从OMIM和GeneCards数据库搜索疾病靶点,数据筛选整理后,利用Venny工具获得药物与疾病的共同靶点基因;利用STRING网站进行蛋白互作分析,通过Cytoscape3.7.2软件获取核心靶点;选取大于平均节点值的关键靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-疾病-靶点图,获取关键活性成分;利用BioGPS数据库获取交集靶点组织定位结果并通过Cytoscape3.7.2软件进行可视化处理;采用DAVID平台进行GO功能和KEGG通路富集分析;取前十名通路与药物-疾病-活性成分-靶点图建立网络与属性文件,构建药物-疾病-活性成分-靶点-通路图并可视化;在SailVina软件上对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果 共获得药物活性成分14个,关键成分为β-谷甾醇、山柰酚、芍药苷、杨梅酮和儿茶素,药物与疾病交集靶点41个;靶点组织器官定位在肝、脾、肾、肺、唾液腺等,且在T细胞、B细胞等中也有显示;核心靶点为...     

基于网络药理学探讨白芍治疗贫血的机制

目的 基于网络药理学探讨白芍治疗贫血的作用机制.方法 通过TCMSP数据库找出白芍主要化学成分,查阅文献进行补充,筛选出候选药效成分,采用Swiss TargetPrediction和Stitch预测与药效成分相关的生物大分子,收集DrugBank上已有的靶点,并利用GeneCards等数据库获取与贫血相关的靶标,筛选...     

基于网络药理学和分子对接探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选杜仲、牛膝含有的活性成分及作用靶点;利用GeneCards、DisGeNET和CTD数据库收集骨质疏松（OP）相关靶点基因;采用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建与分析;FunRich3.1.3软件DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG） 富集分析（P<0.05）;运用Maestro version 11.5对主要活性成分及靶点蛋白进行分子对接。结果:获得“杜仲-牛膝”药对治疗OP的活性成分共42个和133个有效靶点;获得251条GO生物过程和90条相关信号通路,涉及PI3K-AKT、TNF、Wnt、HIF-1、MAPK信号通路等。结论:“杜仲-牛膝”药对可能通过调控细胞增殖、分化与凋亡、骨代谢来治疗OP,具有多成分、多靶点、多系统的特点,为系统阐明“杜仲-牛膝”药对主要成分治疗OP的分子机制提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接技术的枳椇子防治酒精性肝病分子机制研究

目的利用网络药理学和分子对接技术探讨枳椇子防治酒精性肝病（Alcoholic liver diseases,ALD）的物 质基础和作用机制。方法借助TCMSP 数据库检索枳椇子中所含的主要化学成分及其作用靶点并进行筛选, 从而获得枳椇子防治酒精性肝病的活性成分和靶点;通过Cytoscape 软件构建“药物-有效成分-靶点-疾病” 网络;通过Metascape 在线网站对活性成分靶点进行基因本体GO 和KEGG 通路富集分析,最后用分子对接技 术对枳椇子中活性成分的作用靶点进行验证。结果筛选出枳椇子活性成分40 个,与酒精性肝病相关的 靶点228 个;GO 分析结果显示主要与细菌反应、无机物响应、脂多糖应答和有毒物质响应等生物学过程相 关;KEGG 富集分析表明主要通路为癌症与炎症相关通路;分子对接结果表明枳椇子中的13 个活性成分与 MAPK1、MAPK3 和AKT1 靶点蛋白具有较好的亲和作用。结论本研究较系统地探讨了枳椇子防治酒精性肝 病的物质基础与分子机制,研究结果为临床使用枳椇子防治酒精性肝病提供了科学依据,同时也为枳椇子的开 发利用提供了参考。     

王京奇辨治代谢相关脂肪性肝病经验

王京奇老师擅长中医药治疗代谢相关脂肪性肝病,提出脾虚气弱是发病的根本原因,尤重健脾益气,贯穿治疗始终.根据症状表现和病机演变规律,提出分期论治.初期肝脏炎症损伤尚不严重,多见脾虚气弱、痰浊瘀阻证,治以健脾益气、化痰祛瘀为法;中期随着肝脏炎症不断加重,以气阴两虚、湿热毒结证为主,治以益气养阴、清热解毒祛湿;后期病由脾及肾,正气大伤,邪势未衰,正虚邪恋,多见脾肾阳虚、痰湿停聚证,以温补脾肾、燥湿化痰为治则.     

代谢相关脂肪性肝病的维医研究进展

代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）已成为我国最常见的慢性肝病,现代医学治疗MAFLD并无特效药物,而临床疗效观察及实验药理研究均已证实,维医药防治MAFLD有一定优势。本文对MAFLD的维医病名、病因病机、临床治疗进行概述,同时对维成药临床研究及实验研究成果归纳和总结,以期深化维医对MAFLD的认识以及发挥维药治疗该病的优势。     

温胆汤对代谢相关脂肪性肝病小鼠脂质代谢的影响

[目的] 探讨温胆汤对代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）模型小鼠药物干预的作用及潜在的分子机制。[方法] 将44只C57BL/6J雄性无菌小鼠适应性饲养1周后随机分为6组,分别为空白组、模型组、温胆汤低剂量组（低剂量组）、温胆汤中剂量组（中剂量组）、温胆汤高剂量组（高剂量组）、吡咯列酮治疗组（吡咯列酮组）;实验小鼠给予高脂饲料进行MAFLD造模,每天分别灌胃给予低、中、高剂量组（1.3,2.6和5.2 g/kg）,吡格列酮组每天给予2.6 mg/kg。各干预治疗组小鼠均灌胃给药处理6周,每日1次。实验第14周末处死小鼠,比较6组小鼠肝指数、肝组织病理变化及脂肪含量,血清转氨酶、肝脏脂肪水平以及肝组织的氧化损伤指标丙二醛（MDA）,超氧化物歧化酶（SOD）水平和脂质代谢重要基因和蛋白,固醇调节元件结合蛋白-1c（SREBP-1c）、脂肪酸合成酶（FAS）、二酰基甘油酰基转移酶2（DGAT-2）、硬脂酰辅酶A去饱和酶1（SCD-1）、脂酰辅酶A氧化酶（ACO）的表达水平。[结果] 模型组与空白组比较,小鼠的整体状态差,肝脏组织大面积脂肪变性及脂质浸润,血清转氨酶、肝脏脂肪水平明显升高,证实了高脂饲料饮食喂养8周成功构建了小鼠MAFLD模型;各药物干预治疗组小鼠肝指数、肝脏病理变化和肝脏脂肪水平,血清转氨酶、脂质过氧化水平和脂质代谢重要基因和蛋白表达均较模型组显著降低,其中,高剂量组和吡咯列酮组下降最为明显,各组结果比较差异具有统计学意义（P<0.05）。[结论] 不同剂量温胆汤均能明显改善MAFLD小鼠肝脏脂质沉积、肝功能,降低肝指数,可能与调节脂质代谢,降低肝组织中脂质过氧化水平和脂质代谢重要基因的表达有关。     

基于网络药理学及分子对接预测白术-白芍药对治疗肠应激综合征的作用

目的 通过网络药理学及分子对接预测白术-白芍药对治疗肠应激综合征(IBS)的药效成分及作用机制.方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索白术、白芍的化学成分及潜在作用靶点,通过人类基因数据库GeneCards查询与IBS相关的靶点.通过R5.3.5软件的VennDiagram和ClusterProfiler包...     

基于网络药理学及分子对接方法分析川贝母治疗肺炎的分子机制

目的：运用网络药理学分析方法和分子对接分析方法,分析川贝母治疗肺炎的分子机制,为后续研究提供理论依据。方法：根据已发表的文献和数据库及ADEM参数筛选川贝母的有效成分,在Swiss Target Prediction,Similarity ensemble approach等数据库上查找川贝母所有有效成分的靶点,在DisgeNet、GeneCards等数据库中查找肺炎的治疗靶点,通过韦恩图求靶点的交集即为川贝母治疗肺炎的治疗靶点,通过String数据库构建治疗靶点PPI网络图,运用Cytoscape3.8.0自带应用程序CytoNCA筛选出综合集中性前五的靶点即为川贝母治疗肺炎的核心靶点,在Metascape网站上进行靶点基因GO富集和KEGG通路富集,应用Cytoscape3.8.0构建有效成分和治疗肺炎靶点网络图,应用Discovery studio 2019中的Cdocker对选定有效成分和核心靶点进行分子对接。结果：共筛选出59种有效成分,包括生物碱类物质22种,有机酸类物质20种,核苷类物质8种,其他类物质9种,韦恩图筛选出100个川贝母治疗肺炎的靶点,经过集中性筛选选出川贝...     

基于网络药理学及分子对接技术研究荷丹片治疗代谢综合征的机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探究荷丹片治疗代谢综合征的机制。方法：通过检索TCMSP、Chemistry Database和ETCM数据库,获取荷丹片所含中药的活性成分;通过PubChem、SwissTargetPrediction、SEA和Batman-TCM数据库,获取荷丹片相关作用靶点;通过GeneCards、CTD和DisGeNET疾病数据库获取代谢综合征的靶点。将两者靶点取交集,得到药物-疾病交集靶点,并导入STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析;通过Cytoscape软件构建网络模块及模块功能注释分析,导入Metascape平台进行基因本体论（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后采用AutoDockTools进行分子对接验证。结果：筛选出荷丹片治疗代谢综合征活性成分共129个,共同靶点80个;GO富集分析显示,荷丹片治疗代谢综合征与蛋白质二聚化活动、受体配体活动等分子功能有关,与质膜穴样内陷、分泌颗粒内腔等细胞组成有关,与活性氧代谢过程、有机氮化合物的细胞反应等生物过程相关。KEGG通路主要涉及非酒精性脂肪肝病、在糖尿病并发症...     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖-金钱草药对治疗肝癌作用机制

目的：通过网络药理学及分子对接方法探究虎杖-金钱草药对治疗肝癌的作用机制。方法：以TCMSP、TCMIP、BATMAN-TCM、HERB、GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库为来源,获取虎杖及金钱草的活性成分、作用靶点及肝癌疾病靶点。使用STRING数据库和Cytoscaape软件对共同靶点绘制蛋白质相互作用网络（PPI）获取核心靶点。应用DAVID数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。应用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点-疾病-信号通路”网络。最后运用AutoDock Tools、PyMOL进行分子对接验证。结果：经过筛选得到“虎杖-金钱草”治疗肝癌的潜在核心靶点17个。GO功能分析得到663条结果,KEGG通路富集分析主要涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等139条通路。分子对接结果显示,虎杖-金钱草主要活性成分与关键潜在作用靶点Akt1、Src、EGFR、HSP90AA1和ErbB2均能自发结合且具有较好的亲和力。结论：虎杖-金钱草可能结合多个成分和靶点,调控多条通路发挥靶向治疗肝癌的作用。