单体型分析在肿瘤侯选基因研究中的应用

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)是第3代分子遗传标志,由其构成遗传组合称为单体型.它决定基因的功能单位和人群遗传变异的内在特征.单体型的存在可以极大地减少疾病关联研究的工作量,以单个SNP为中心进行复杂性状疾病的易感基因研究常欠说服力,而利用相邻的SNP信息关联构成的单体型分析就越来越受到欢迎.目前多应用统计学方法进行单体型构建,常用来推断单体型的软件较多,各有优缺点,研究者需结合课题选择最佳方法.单体型分析在肿瘤候选基因中的应用目前主要在肿瘤发病的相关性研究方面,随着研究的深入和技术的进步,单体型分析被越来越多地应用于肿瘤候选基因的筛选与鉴定.对侯选基因进行单体型分析可为疾病的诊断及个体化治疗提供新的手段,并可能发现新的预后预测指标.     

单体型在肿瘤研究中的应用与展望

在2003年提前完成和公布的人类基因组全序列中,数以百万计的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)非常引人注目。最近的研究表明,根据频率1％的界定,在人类基因组中可能每100～300bp就存在一个SNP。人类所有种族中可能共存在大约106个SNP。数量庞大的SNP是人类遗传变异的主要构成部分,是人类进化中为自然选择提供表型多样性的物质基础。它们不仅为研究人类的进化遗传学提供了有力的工具,也为研究常见疾病的遗传易感性和药物反应性等人群表型变异打开了一扇崭新的大门。     

155例汉族男性人群5-羟色胺受体1B基因单核苷酸多态性的特征分析

目的： 探讨中国汉族男性人群中5-羟色胺受体1B基因(HTR1B)单核苷酸多态性(SNP)的遗传特征。方法：通过基因再测序筛查155例汉族男性人群HTR1B基因多态性位点,采用HaploView软件分析筛查到的多态性位点的遗传学特征、连锁不平衡(LD)、标签SNP和单体型(域)分布。结果：155例汉族男性人群中,HTR1B基因SNP位点包含5′-侧翼区的rs17273700(-860A>G)、rs1228814(-700G>T)、rs11568817(-262 A>C)、rs130058(-161T>A),编码区的rs6298(+129A>G)、rs6296(+861G>C)和3′-侧翼区的rs6297(+1 180T>C);各多态性位点基因型频率均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);rs17273700与rs11568817位点之间(|D′|=1.0, r2=0.94)和rs6296与rs6298位点之间(|D′|=0.946,r2=0.849)呈强LD关联;该人群主要存在8种单体型,占94.2%,其中最主要为野生单体型H1(46.0%);筛选出-860A>G、-700G>T、-161T>A、+129A>G、+1 180T>C共5个标签SNP和两个单体型域,-860A>G和+129A>G分别为其代表性单体型标签SNP(htSNP)。结论：本研究首次筛查出HTR1B基因在中国汉族男性人群中的合适的标签SNP和htSNP,减少了后续研究的SNP位点数目,为探讨其与疾病的关系奠定了基础。     

单核苷酸多态性分析技术及其在肿瘤研究中的应用

单核苷酸多态性(SNP)是第3代遗传标记,由于其在基因组中分布的高密度性,被认为在多基因疾病的诊断及鞍治疗方面有着广阔的应用前景.现综述近年来SNP分析技术的进展及SNP在肿瘤研究中的应用.     

hCHK2基因tagSNPs位点及单体型与新疆哈、汉族食管癌关系的研究

目的：探讨新疆哈萨克族、汉族食管癌患者hCHK2基因rs2278022、rs2602431和rs29700773个tagSNPs位点及其单体型与食管癌易感性的关系。方法：以聚合酶链式反应-连接酶检测反应（PCR-LDR）技术,分析239例食管癌患者（其中哈族132例,汉族107例）和作为对照的513例非食管癌患者（其中哈族309例,汉族204例）hCHK2基因rs2278022、rs2602431和rs29700773个tagSNPs位点基因型的分布;利用SHEsis软件分析其构成的单体型在病例组和对照组中的分布频率,比较基因型和单体型在病例组和对照组间的分布差异。结果：在哈族和汉族人群中,hCHK2基因rs2278022、rs2602431和rs2970077位点基因型和等位基因的频率分布在病例组和对照组间的差异无统计学意义（P均〉0.05）,其3个tagSNPs位点及其单体型,在哈族和汉族的病例组与对照组中的频率分布的差异均无统计学意义（P均〉0.05）。结论：hCHK2基因rs2278022、rs2602431和rs2970077等3个tagSNPs位点及其单体型与哈萨克族和汉族食管癌易感性无关。     

ERCC1基因多态性与胃癌发生发展的关系

  目的  本研究拟探讨切除修复互补交叉基因1(ERCC1)3个单核苷多态性(SNPs)与胃癌发生发展的关系。  方法  选取2007年1月至2009年12月福建地区组织学确诊的452例胃癌患者和469例健康体检人群, 利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)方法进行rs11615 T > C、rs2298881 C > A和rs3212930 T > C、3个位点多态性检测, 以评估ERCC1不同基因型与胃癌发病风险和病理特征的关系。  结果  rs11615 T > C位点携带C等位基因的个体患胃癌的风险较野生纯合基因型降低一半(OR=0.49;95%CI: 0.52~0.47;P=0.01), 但是罹患弥漫型胃癌的风险上升1.68倍, 预后更差(OR=1.68;95%CI: 0.76~0.61;P=0.048)。单体型分析显示, 基于这3个位点的单体型C-C-C降低了体患胃癌的风险(OR=0.729;95%CI: 0.531~1.001;P=0.0499), 而单体型T-C-T则增加了胃癌患病的风险(OR=1.321;95%CI: 1.063~1.641;P=0.0118)。  结论  ERCC1基因rs11615 T > C位点多态性与胃癌发生发展密切相关, 携带该基因2种不同单体型的个体在胃癌患病风险上存在差异。      

CHEK2基因SNP位点在三阴性乳腺癌中的突变分析研究

目的 观察三阴性乳腺癌(TNBC)CHEK2基因功能区单核苷酸多态性(SNP)位点的突变情况.方法 选取40例2017年12月至2020年1月在贵航贵阳医院和贵州中医药大学第一附属医院门诊及住院的TNBC患者的病理组织蜡片,选取对TNBC相关性较大的CHEK2基因上的24个SNP位点进行检测,运用石蜡DNA抽提试剂盒提...     

ERCC 1基因多态性在胃癌中的研究

作为核酸损伤修复过程的重要成员,切除修复交叉互补基因1（ERCC1）的表达情况与胃癌的发生发展密切相关。研究发现,ERCC1基因的多态性会改变该基因自身的表达,并对铂类化疗药物的敏感性和疗效产生影响,通过对基因多态性的检测可以指导胃癌患者的个体化化疗。     

节律基因NPAS2在肿瘤中的研究进展

神经元PAS结构域蛋白2(neuronal PAS domain protein 2,NPAS2)是目前发现最大的核心生物节律基因,通过与BMAL1形成异源二聚体作为转录因子参与生物钟的调控,在细胞功能和肿瘤发生中发挥重要作用。近年来越来越多的证据显示,节律基因的紊乱与肿瘤的发生、发展密切相关,NPAS2基因突变和多态性也与肿瘤的发生有一定关系,其表达可影响多种肿瘤的发生和预后。NPAS2可以通过调控细胞周期、增殖和代谢参与肿瘤的发生和进程,并已在肝癌、乳腺癌和子宫内膜癌等肿瘤中得到证实,有望成为肿瘤新的治疗靶点和预后标志物。本文就NPAS2在肿瘤中作用的研究进展进行综述。     

核苷酸切除修复系统基因多态性与淋巴造血系统肿瘤药物治疗反应的研究进展

核苷酸切除修复途径是细胞内最主要、最灵活的DNA修复方式.单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是人类第三代分子遗传标志物,反映了个体表型、疾病易感性以及对药物、环境等影响因素反应的差异.淋巴造血系统肿瘤是一种多基因遗传疾病,涉及到多个遗传易感基因的相互作用.全文就NER基因多态性与淋巴造血系统肿瘤药物反应性密切关联的相关基因进展作一综述.     

肿瘤易感候选基因2在肿瘤中的作用及机制研究

摘 要：长链非编码RNA是非编码RNA家族的重要组成成员,随着对其研究的不断深入,发现在恶性肿瘤中呈异常表达的长链非编码RNA对肿瘤的发生发展起到了重要的调控作用。肿瘤易感候选基因2（CASC2）是一种新被发现的长链非编码RNA,其在诸多机体恶性肿瘤中呈下调表达并能够抑制肿瘤的多种恶性生物学行为,并有可能成为肿瘤诊治的生物学标志物;对CASC2调控作用机制的研究将为肿瘤诊断、预后评估及靶向治疗提供新的理论依据和干预靶点。本文就现有肿瘤内CASC2的调控作用及机制研究作一简要综述。     

CTLA-4基因多态性与肾癌易感性的相关性研究

目的 探讨CTLA-4基因rs5742909、rs231775位点单核苷酸多态性与中国汉族人群肾癌易感性的关系.方法 收集96例肾癌患者和96名健康对照人群的基线资料,采集研究对象5 ml外周血用于提取全血DNA,应用im-LDR技术对rs5742909、rs231775位点进行基因分型,观察其基因型在病例组和对照组之...     

PALB2基因遗传多态性在早发性乳腺癌中的作用

背景与目的:PALB2基因是新近发现的乳腺痛易感基因,其多个遗传单核苷酸多态性(SNP)可能与乳腺癌发病风险有关,本研究探讨PALB2基因rs249954、rs447529及rs16940342多态性在福建早发性乳腺癌人群中的分布及其与乳腺癌发病风险的相关性.方法:对124例早发性乳腺癌患者(年龄≤35岁)和101例健康女性进行PALB2基因rs249954、rs447529及rs16940342 PCR扩增,并采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析(MALDI-TOF-MS)法鉴定其基因型,比较各基因型分布和发病风险的关系;应用非条件Logistic回归分析计算危险度(OR)及95%CI.结果:PALB2基因rs249954、rs447529及rs16940342多态性基因型在病例组中的分布频率与对照组的分布频率均未见明显差异(P＞0.05).Logistic回归分析表明,在早发性乳腺癌人群中,以rs249954的CC基因型、rs447529 CC基因型及rs16940342 AA基因型为参照,各基因多态性位点的其他基因型,均未能显著改变乳腺癌的发病危险(P＞0.05).各基因型风险比分别为1.061(rs249954 TT vs CC),0.793(rs447529 GG vs CC)以及0.921(rs16940342 GG vs AA).结论:PALB2基因rs249954、rs447529及rs16940342多态性可能与福建地区汉族人群早发性乳腺癌的遗传易感性无关,作为低外显率的乳腺癌易感基因位点和未来临床基因筛查的候选指标尚需谨慎.     

应用MALDI-TOF MS 检测5种白血病细胞株DCK和CDA基因部分单核苷酸多态性

目的： 检测5种白血病细胞株中脱氧胞苷激酶(deoxycytidine kinase,DCK)和胞苷脱氨酶(cytidine deaminase, CDA)基因的单核苷酸多态性。方法：培养人红白血病细胞株K562,人慢性粒细胞白血病细胞株Ka,人急性髓系白血病细胞株HL-60、U937,人Burkkit淋巴瘤细胞株Raji。采用QIAamp DNA Blood Mini Kit提取基因组DNA,设计引物,PCR扩增相应目的片段,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术 (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)检测DCK基因A674G(rs111454937)、C1644T(rs72552079),CDA基因A79C(rs2072671)、G208A(rs60369023)的单核苷酸多态性。 结果：5种细胞株DCK基因A674G(rs111454937)均为A/A纯合子型,C1644T(rs72552079)均为C/C纯合子型。HL-60、U937、Raji细胞株CDA基因A79C(rs2072671)为A/A纯合子,K562、Ka细胞株为C/A杂合子;5种细胞株CDA基因G208A (rs60369023) 均为G/G纯合子型。 结论：CDA基因的A79C(rs2072671)SNPs位点基因型在5株血液系统肿瘤细胞株中不尽相同,余所测3个SNPs位点基因型在各细胞株中均相同。     

DNA修复基因单核苷酸多态性在肿瘤化疗敏感性预测的应用进展

恶性肿瘤严重威胁着人类的健康,化学药物治疗在肿瘤的三大治疗方法中占有重要的地位。同一药物在不同个体产生的效果不完全相同,这种不同是由人类基因组中的遗传多态性即遗传差异决定的。人类基因组中一类普遍的遗传多态性是基因组中散在的单个碱基的不同,即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphims,SNPs）,是继第一代限制性片断长度多态性（restriction fragment length polymorphisms,RFLP）和第二代微卫星多态性（micwsmellite polymorphisms）之后的新一代遗传标记。     

肿瘤患者二氢嘧啶脱氢酶基因单核苷酸多态性分析

[目的]检测中国大陆肿瘤患者二氢嘧啶脱氢酶（DPD）基因Exon2、Exon13、Exon14和Exon18的单核苷酸多态性（SNP）类型及其发生频率，观察此SNP是否存在种族差异。[方法]2004年10月～2005年8月随机收集142例患者血标本，其中鼻咽癌患者60例，结直肠癌患者82例。采用PCR技术扩增DPYD基因的Exon2、Exon13、Exon14和Exon18外显子，从正反两个方向对扩增片段进行DNA测序和分析。[结果]在DPYD基因Exon2、Exon13、Exon14、Exon18中发现4种SNP,即T85C（7．04％）、A1627G（20．77％）、T1896C（11．62％）和G2194A（0．70％）。C61T、G62A、A74G、G1601A、T1679G、C1714G和GIVS14＋1ASNP在本研究中未发现。[结论]中国大陆肿瘤患者DPD基因Exon2、Exon13、Exon14、Exon18中存在4种SNP，分别为T185C、A1627G、T1896C和G2194A。     

单核苷酸多态性分析技术及其在肿瘤研究中的应用

单核苷酸多态性(SNP)是第3代遗传标记，由于其在基因组中分布的高密度性，被认为在多基因疾病的诊断及治疗方面有着广阔的应用前景。现综述近年来SNP分析技术的进展及SNP在肿瘤研究中的应用。     

基因印迹在肿瘤研究中的应用

印迹基因是指那些表达受亲本来源影响的基因。按照孟德尔遗传规律,控制豌豆种子圆滑的基因 R无论来自父本或母本均能在子代表达种子圆滑的性状。对于哺乳动物中大多数基因而言,的确如此。但近年来遗传学家们发现约 100～ 200个 [1]基因不遵循此规律,这些基因在配子形成过程中根据其来自于父亲或母亲被打上了“标记”,这种标记能在体细胞分化中保持,当遗传给不同性别的下一代时能被消除。被打上标记的那一等位基因不能表达,从而使该基因只能表达另一等位基因,这种由亲代来源决定的单等位基因表达的现象即是基因印迹,被标记的基因称为印迹基因。印迹的机理很复杂,目前比较公认的是, DNA富含 CpG区的由亲代来源决定的胞嘧啶甲基化作用是印迹的关键。现已证实的印迹基因至少有 25个 [1],其总数虽少,作用却不可忽视,它们在胚胎发生、生长发育、罕见的遗传病及代谢性疾病中起着决定性的作用,解释了许多孟德尔遗传无法企及的现象。最近在基因印迹研究中又一个令人振奋的发现是：基因印迹与肿瘤发生有着密切的关系 [2,3],本文将就此方面的内容作一综述。 1 基因印迹与肿瘤易感性 众所周知,肿瘤易感性由原癌基因和抑癌基因决定。 Knudson提出的抑癌基因二次突变模型（ two-hit model）指出,抑癌基因需经过两次突变使两个有功能的等位基因失活才会发生肿瘤,如视网膜母细胞瘤,只有两条同源染色体上的 Rb等位基因都失活,即经过两次突变后,才发生肿瘤。许多孟德尔遗传基因的突变导致个体肿瘤发生,已是不争的事实。 近年来越来越多的证据表明,有一类非孟德尔遗传的印迹基因以原癌基因或抑癌基因的身份在许多肿瘤的发病中起着重要的作用。印迹的肿瘤基因为单等位基因表达,相当于功能上的单倍体,仅需一次突变就使该基因失活,因而更易发生肿瘤,增加了肿瘤易感性。     

中国汉族人群前列腺癌易感性与TLR4基因单核苷酸多态性的研究

目的 探讨Asp299Gly(rs4986790)、Thr399Ile(rs4986791)、rs11536889单核苷酸多态性(SNP)与前列腺癌(PCa)易感性和严重程度的关系.方法 采用病例对照研究方法,选取组织学证据确诊的PCa患者96例为PCa组,良性前列腺增生(BPH)患者87例为BPH组,健康者92例为健康对照组.记录研究对象的临床资料并计算Gleason评分,PCR-RFLP法分析各组的基因型.结果 PCa组、BPH组及健康对照组的年龄、前列腺癌家族史所占比例、前列腺特异抗原(PSA)水平比较,差异均有统计学意义(P=0.000);PCa组、BPH组及健康对照组的Asp299Gly和Thr399Ile基因型频率分布比较,差异无统计学意义(P﹥0.05),但3组间rs11536889基因型频率分布比较,差异有统计学意义[PCa组/(BPH组+健康对照组),CC/GC vs GG,OR=2.152,95%CI:1.280~3.618,P﹤0.05];Gleason评分≥7分组GC+CC分布比例高于Gleason评分﹤7分组(OR=2.378,95%CI:1.042~4.427,P﹤0.05).结论 TLR4基因rs11536889 SNP可能与PCa发病和病情严重程度相关.     

XRCC1基因在肿瘤研究中的应用

肿瘤是一种基因病，基因组的稳定与否和肿瘤的发生密切相关。XRCC1基因是一种DNA损伤修复基因，在基因组损伤后的修复过程中发挥作用，对维持基因组的稳定，预防肿瘤的发生有着重要的意义。本文就XRCC1基因的生物学特点，该基因单核苷酸多态性与肿瘤易感性，以及该基因的研究方法等方面进行了文献回顾，为该基因用于肿瘤的预防、诊治提供理论借鉴。