单管等位基因特异性扩增法同时测定多重单核苷酸多态性

目的:建立了一种单管等位基因特异性扩增法同时测定多重单核苷酸多态性(SNP).方法:以TYP基因外显子1上的3个SNP位点(71G>A、425A>T和758G>A)为例,首先采用PCR预扩增得一段含所有待测SNP位点的长片段;然后用限制性内切酶将其消化成短片段,在连接酶的作用下与设计的DNA适配器相连;以此连接产物为模板,在单个PCR管中加入一种适配器特异性通用引物和所有等位基因特异性引物进行PCR扩增;最后用琼脂糖凝胶电泳法分离检测PCR扩增产物,并根据扩增片段的大小判断SNP的类型.结果:采用该法成功测定了30名健康中国人的TYP基因中的3个SNP位点,与限制性片段长度多态性法(RFLP)测定结果完全一致.结论:该方法特异性高、结果准确、检测成本低,可用于同时测定多个SNP位点.     

利用常染色体STR多态性进行同胞鉴定5例

目前可应用于亲缘关系鉴定的检测技术手段有染色体短串联重复序列（STR）、单核苷酸多态性（SNP）分析及线粒体测序等。Y-STR呈父系连锁遗传,仅适用于男性间的鉴别;SNP检测技术方法复杂,费用昂贵;线粒体DNA存在高突变率和异质性[1],因此,实际应用受限。常染色体STR具有多态性高、分型简便、检出灵敏度高及特异性好等特点,且可进行多位点复合扩增,目前已成为国内外DNA亲子鉴定的主要检测手段。     

单核苷酸多态性分析在近交系大鼠遗传检测中的应用

目的 研究SNP在近交系大鼠遗传检测中的应用.方法 选取大鼠20号染色体MHC所在P12区上的9个SNP位点,应用新建立的高保真酶特异性检测SNP基因分型技术对五种常用近交系大鼠(BN、F344、WKY、LEW 、SHR)和两种新培育近交系大鼠(MIJ和HFJ)进行SNP多态性分析.结果 五种常用近交系的SNP检测结果与Rat Genome Database网站提供的基因型数据一致,并检测确立了新品系的SNP基因型.同时绘制出七种近交系大鼠在该9个SNP位点的遗传扩增图谱.结论 运用所筛选的9个SNP位点进行大鼠多态性分析,能够快速、可靠地对BN、F344、WKY、LEW、SHR及MIJ、HFJ进行遗传监测.     

一种增强MLPA检测SNP位点的特异性方法

目的:在传统多重连接探针扩增(MLPA)技术基础上建立一种更为特异的检测单核苷酸多态性(SNP)位点的方法。方法:设计针对Kras基因216 G-C SNP位点的MLPA探针,使用不同方法优化MLPA实验,观察其对SNP位点检测时的影响。结果:直接用锁核酸(LNA)修饰MLPA探针的SNP位点或添加阻滞探针均可显著提高SNP检测时的特异性,3个LNA修饰的阻滞探针能最好地保证检测的灵敏度和特异性。结论:成功地建立了一种增强MLPA检测SNP位点的特异性方法。     

Establishment of A Method for Enhancing the Specifility of MLPA Technique in Detecting SNP Site

目的:在传统多重连接探针扩增(MLPA)技术基础上建立一种更为特异的检测单核苷酸多态性(SNP)位点的方法.方法:设计针对Kras基因216 G-C SNP位点的MLPA探针,使用不同方法优化MLPA实验,观察其对SNP位点检测时的影响.结果:直接用锁核酸(LNA)修饰MLPA探针的SNP位点或添加阻滞探针均可显著提高SNP检测时的特异性,3个LNA修饰的阻滞探针能最好地保证检测的灵敏度和特异性.结论:成功地建立了一种增强MLPA检测SNP位点的特异性方法.     

巢式PCR-RFLP法检测Cystatin C基因多态性的实验研究

目的 建立检测高GC含量的CST3基因多态性的巢式PCR-RFLP方法.方法 以巢氏PCR方法扩增CST3基因5'端和外显子1的特异性片段,用RFLP方法分析该基因的多态性.结果 应用Enhancer System,以巢氏PCR方法能高效扩增出高GC含量的CST3基因5'端和外显子1区的特异性片段,用Sac Ⅱ限制性酶切对CST3基因多态性进行有效分析.结论 该方法能准确、高效的对CST3基因多态性进行分析,研究结果对高GC含量基因的研究有借鉴价值.     

高保真酶特异性检测大鼠SNP基因型新方法

目的应用高保真酶(Pfu)和3’末端修饰引物在单管双向等位基因特异性扩增(SB-ASA)中区分SNP基因型,建立高保真酶特异性检测SNP基因型的新方法。方法选取近交系大鼠SNP位点,以RS8149053为例,设计两个外部引物和两个等位基因特异性引物,四引物3’末端进行硫代磷酸化修饰,应用高保真聚合酶(Pfu)进行特异性扩增,扩增结果测序验证其可靠性。结果在RS8149053 SNP位点(C/T)上,等位基因型CC扩增出179 bp目的片段,基因型TT扩增出597 bp目的片段,基因型不同则扩增出分子量不同的片段,目的条带测序结果与Rat Genome Database数据库基因型结果一致,高保真酶扩增结果稳定且特异性强。结论高保真酶等位基因特异性扩增技术能有效降低假阳性率,是一种快速、特异的SNP基因分型新方法。     

ALM-ASA法鉴别人参和西洋参ITS及5.8s基因上单核苷酸多态性位点

目的：查找并发现参类药材的单核苷酸多态性（SNP）位点，利用SNP的准确测定来鉴别人参和西洋参。方法：根据ITS及5．8s基因上人参和西洋参的SNP位点设计特异性引物，利用适配器连接介导的等位基因特异性扩增法（ALM-ASA）进行检测。结果：PCR反应体系优化后，能在同一反应中同时鉴别人参、西洋参。根据凝胶电泳中扩增片段的大小判断SNP的类型，出现294bp条带的为人参，111bp条带的为西洋参。结论：ALM-ASA法极大提高了PCR反应的特异性，结果准确，可同时测定多个SNP位点。采用该方法测定ITS及5．8s基因上的SNP位点能有效地对参类品种进行鉴别和质量控制。     

变性高效液相色谱检测IRS-2基因3′-非翻译区单核苷酸多态性

目的 :探讨变性高效液相色谱 (DHPLC)在胰岛素受体底物 2 (IRS 2 )基因 3′ 非翻译区单核苷酸多态性 (SNP)检测中的应用。方法 :采用聚合酶链式反应 (PCR) ,DHPLC ,单链构象多态性 (SSCP)和DNA序列分析对 30例正常对照和 30例 2型糖尿病患者IRS 2基因 3′ 非翻译区进行SNP和突变检测。结果 :PCR DHPLC检测出 4例PCR SSCP分析未能发现的 2型糖尿病患者IRS 2基因 3′ 非翻译区的SNP ,并得到测序验证。结论 :DHPLC是一种快速、自动化程度高、操作简单、检测片段长、准确率高的SNP检测技术。它为进一步研究IRS 2基因 3′ 非翻译区的变异与 2型糖尿病的关系奠定了基础。     

自噬体基因ATG16L1多态性与炎症性肠病的相关性研究

目的 检测炎症性肠病(IBD)患者ATG16L1基因单核苷酸多态性(SNP)位点rs2241880的等位基因多态性与IBD易感性间的关系.方法 抽取80例IBD患者,其中40例克罗恩病(CD)患者、40例溃疡性结肠炎(UC)患者,50例健康者外周静脉血并提取DNA,根据目的 基因片断设计特异性引物,并应用PCR方法 扩增DNA样本中的目的 基因片断.并对扩增的目的 基因片断进行测序,其测序结果与正常序列进行比较并分析等位基因的多态性与疾病易感性之间的相关性.结果 CD和UC患者与正常对照组之间ATG16L1基因SNP位点rs2241880的等位基凼多态性之间无明显差异(X2=4.94,P=0.293).结论 国外文献报道的与CD相关的易感基因ATG16L1的多态性位点rs2241880,在本组CD患者中并未发现与CD易感性相关,国外发现的与CD易感性相关的ATG16L1基因的SNP位点可能不是中国CD患者的易感性基因位点.