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相似文献
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1.
目的:预测鸡血藤在治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点。在借助OMIM、Drugbank、TDD等数据库检索AS相关基因,并根据UniProt数据库分析靶点所对应的基因。应用Cytoscape 3.6.1构建化合物靶点关系网络,应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,最后在DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:化合物靶点关系网络包括23个化合物和对应的110个靶点,其中涉及关键靶点包括BCL2,BAX,CASP9,JUN,CASP3,CASP8,PRKCA,PON1,NOS2,ESR1,AR等。GO功能富集分析得到GO条目535个,其中涵盖生物过程(BP)条目415个,涵盖分子功能(CC)43个,涵盖细胞组成(MF)77个。在KEGG通路富集筛选得到117条信号通路,其中已证实与AS相关的28条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路等通路。结论:鸡血藤中活性成分主要通过PRKCA、IL6、AKT1等靶点调节炎症相关通路来治疗AS。  相似文献   

2.
目的 采用网络药理学研究赤芍治疗肺动脉高压的潜在作用靶点及信号通路。方法 检索TCMSP数据库得到赤芍的有效成分及作用靶点,肺动脉高压相关疾病靶点主要通过检索TTD、GeneCards和OMIM等数据库获得。通过绘制韦恩图获取赤芍和肺动脉高压的交集靶点,交集靶点蛋白相互作用网络(PPI)利用STRING数据库构建。利用DAVID数据库在线工具对赤芍和肺动脉高压的交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 获得赤芍有效活性成分共29个,包括鞣花酸、芍药苷、黄芩素和黄芩苷等,通过PPI图得到IL-6、AKT1、TNF、TP53、VEGFA等关键蛋白。富集分析显示,参与的通路主要集中在HIF-1信号通路、Toll-受体信号通路、NF-kB信号通路、和TNF信号通路等。结论 赤芍治疗肺动脉高压可能通过调节IL-6、AKT1、TNF、VEGFA和MMP9等关键蛋白,干预HIF-1信号通路、Toll-受体信号通路、NF-kB信号通路和TNF信号通路等来发挥作用,确切机制仍需要进一步的实验验证。  相似文献   

3.
[目的]运用网络药理学方法探讨小青龙汤治疗慢性肾小球肾炎的潜在作用机制。[方法]借助中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)收集小青龙汤的活性化合物及其作用靶点,借助在线人类孟德尔遗传(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库和基因组注释数据平台(genome annotation database platform,Gene Card)收集慢性肾小球肾炎的疾病靶点,通过韦恩图2.1确定交集基因;将交集基因导入String 11.0平台,构建蛋白质相互作用(protein protein interaction,PPI)网络;利用DAVID6.7数据库和Omicshare Tool软件进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。[结果]获得有效化合物149种,药物靶点2 447个,疾病靶点2 425个;得到潜在靶点154个,通过构建“化合物-靶点”网络图,确定小青龙汤治疗慢性肾小球肾炎的核心成分40个、核心靶点40个。核心成分为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、柚皮素、木犀草素、黄芩苷、卡维丁、隐品碱等;核心靶点为前列腺素G/H合酶2(prostaglandin G/H synthase 2,PTGS2)、半胱天冬酶-3(caspase-3,CASP3)、雌激素受体1(estrogen receptor1,ESR1)、一氧化氮合酶2(nitric oxide synthase 2,NOS2)、雄激素受体(androgen receptor,AR)、丝裂原活化蛋白激酶14(mitogen-activated protein kinase 14,MAPK14)等。GO富集分析显示小青龙汤通过血管生成、血管内皮细胞迁移的正调控、脂多糖介导的信号通路、类固醇激素受体活性、细胞外调节蛋白激酶的正调控等生物过程发挥治疗作用,KEGG富集分析显示了血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、缺氧诱导因子-1(hypoxia-inducible factor-1,HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路、磷脂酰肌醇激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositide 3-kinases-protein kinase B,PI3K-Akt)信号通路和Toll样受体信号通路共5条信号通路。[结论]网络药理学方法研究提示,小青龙汤可能通过调节VEGF信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路及PI3K/AKT信号通路等发挥抗炎作用,治疗慢性肾小球肾炎。  相似文献   

4.
目的:基于网络药理学及分子对接技术探究乐脉颗粒治疗冠心病心绞痛的物质基础及作用机制。方法:通过TCMSP、ETCM等数据库及文献检索收集乐脉颗粒的化学成分信息;利用SwissTargetPrediction数据库收集活性成分靶点;疾病靶点通过GeneCards、DisGeNET等数据库收集;使用Venny获得交集靶点并绘制韦恩图;运用DAVID数据库进行生物功能注释与富集分析;使用Cytoscape软件构建乐脉颗粒活性成分-冠心病心绞痛靶标网络并进行网络拓扑学分析;通过AutoDock进行分子对接验证。结果:乐脉颗粒7味中药共有176个化学成分及975个靶点,冠心病心绞痛共有234个靶点,疾病与成分共有靶点65个;网络药理学技术分析得到乐脉颗粒通过丹酚酸A、芍药内酯苷、丹参新醌D、亚油酸、拟丹参醛、槲皮素和芍药苷等主要活性成分,参与PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路和钙信号通路等多种信号通路,作用于IL-6、MMP-9、TNF、ICAM-1等关键靶点来影响炎症反应、缺氧反应和血栓形成等病理过程。分子对接结果显示主要成分与核心靶点之间结合情况好。结论:乐脉颗粒治...  相似文献   

5.
目的:基于网络药理学探讨黄芪-白术药对治疗骨质疏松性骨折(osteoporotic fracture, OPF)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪、白术的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选OPF的作用靶点,进而筛选黄芪、白术与OPF的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:基于TCMSP数据库筛选黄芪-白术治疗OPF的活性成分19个和交集靶点115个;GO功能富集分析得到条目568个,其中生物过程条目433个、细胞组成条目43个、分子功能条目92个;KEGG通路富集分析得出条目111个,主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17、TNF、前列腺癌、Toll样受体、HIF-1、NF-κB等信号通路。结论:黄芪-白术药对可能通过调控TNF、NF-κB、HIF-1等信号通路,发挥调控炎症反应以及破骨细胞和成骨细胞的内在平衡作用,从而对OPF产生治疗作用。  相似文献   

6.
目的 运用网络药理学及分子对接技术探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法 在TCMSP平台筛选出银杏叶的活性成分,在Swiss Target Prediction数据平台和GeneCards数据库收集活性成分对应的靶点,在GeneCards和DisGeNET数据库检索“动脉粥样硬化”的相关靶点,通过Venny平台获得两者间的共同靶点。将共同靶点导入STRING数据库,利用Cytoscape 3.8.0构建蛋白互作网络和核心靶点网络,并获取拓扑参数。利用DAVID进行GO和KEGG通路富集分析,并对结果运用微生信和OmicShare平台进行图像可视化处理。采用Cytoscape 3.8.0软件进行“活性成分-靶点-疾病”网络模型构建与分析,最后使用AutoDock、Pymol软件进行重要成分和核心靶点的分子对接并预测其结合能力。结果 从银杏叶中筛选出27个活性成分,动脉粥样硬化和活性成分的共同靶点有163个,其中核心靶点有7个,主要有关通路有PPAR信号通路、TNF信号通路以及Proteoglycans in cancer信号通路等。分子对接结果显示,所有核心靶点与活性成分的分...  相似文献   

7.
目的 运用网络药理学方法,探讨活血利水方治疗前部缺血性视神经病变(Anterior ischemic optic neuropathy, AION)急性期的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索活血利水方有效活性成分和作用靶点,根据文献报道补充未预测到的活性成分的已知靶点;采用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化;采用GeneCards数据库、OMIM数据库获取AION急性期靶点;通过STRING数据库构建活血利水方治疗AION急性期PPI网络,并借助Cytoscape软件筛选关键靶点;DAVID数据库进行功能富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2对关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出活血利水方活性成分159个,筛选的关键靶点主要涉及MAPK14、FOS、MYC、ESR1等。KEGG富集分析显示AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等信号通路可能是活血利水方治疗AION急性期的关键信号通路。分子对接结果显示活血利水方的关键活性成分可以对MA...  相似文献   

8.
目的基于网络药理学研究丹栀逍遥散治疗便秘的作用机制。 方法利用TCMSP、BATMAN-TCM、Uniprot、GeneCards等数据库检索筛选丹栀逍遥散关键成分及相关靶点、疾病靶点和相关通路。通过STRING数据库和Cytoscape软件绘制PPI网络图,寻找核心基因。利用Metascape和BioGPS数据库通过微生信平台进行基因富集分析。利用SwissDock平台进行分子对接分析。 结果丹栀逍遥散药物靶点746个,便秘靶点1 620个。关键靶点为VEGFA、CASP3、TNF、JUN,关键成分为槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、豆甾醇。关键靶点主要作用于淋巴细胞、平滑肌、结肠、结直肠腺癌、小肠,主要富集于炎性肠病、NF-κB信号通路等。分子对接结果显示活性成分与靶点蛋白结合稳定。 结论丹栀逍遥散治疗便秘的作用机制,可能是通过其4个关键成分作用于4个关键靶点,调节多通路,起到抑制炎症、保护肠黏膜屏障、调节肠道菌群等作用。  相似文献   

9.
目的运用网络药理学预测银翘散治疗上呼吸道感染(upper respiratory tract infection,URTI)的潜在靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选银翘散中的有效活性成分及相关靶点,采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索URTI疾病相关靶点,继而获取银翘散和URTI的交集靶点,结合STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,应用Cytoscape软件实现“成分-疾病-靶点”网络的可视化,并通过DAVID数据库进行基因本体论(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其可能的作用机制。结果 银翘散共有150个活性成分和117个“药物-疾病”共同靶点,主要活性成分包括了连翘脂、木犀草素、槲皮素、山柰酚、连翘醇、豆甾醇等,关键靶点主要涉及IL-6、TP53、MAPK1、APP、VEGFA、TNF等基因。靶点富集分析结果表明,GO功能相关条目479个,主要涉及炎症、应激反应、免疫应答、信号传导等方面;KEGG相关通路121条,主要涉及Toll样受体信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路和PI3K/Akt信号通路等。结论 银翘散主要作用于IL-6、TP53、MAPK1、TNF等核心靶点,通过抗炎、抗病毒和调节免疫等相关通路来发挥治疗上呼吸道感染的作用。  相似文献   

10.
目的 基于网络药理学分析左金丸治疗功能性消化不良(FD)的作用靶点和分子机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得左金丸的有效成分及作用靶点,检索GeneCards数据库获取FD的疾病靶点,并使用韦恩图获取药物与疾病的共同靶点。采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,使用Cytoscape 3.7.1进行PPI网络拓扑分析。使用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用Cytoscape 3.7.1构建“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络。结果 获得左金丸33个有效成分,作用靶点203个,其关键有效成分为槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、吴茱萸次碱、氢化小檗碱等,关键靶点为AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA。GO功能富集到1 989个条目,KEGG通路富集到202条通路,主要包括癌症通路、脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎等。结论 左金丸治疗FD具有多成分、多靶点、多通路的特点,通过调控AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA等核心靶点和PI3K-Akt信号通路等,发挥抗凋亡、抗炎、...  相似文献   

11.
目的:通过网络药理学方法,以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示,为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法:在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点,在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因;在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点;使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点;在String数据库中进行蛋白相互作用(PPI)数据分析,在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析;使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析,使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果:泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点,与胃溃疡有109个交集靶点,获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论:泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点,以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路,发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用,对胃溃疡起到治疗目的。  相似文献   

12.
目的:使用网络药理学和分子对接技术研究凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的关键成分与靶标,并探讨其可能的作用机制.方法:从中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)、中医药分子机制生物信息学数据库(bioinformatics anal...  相似文献   

13.
目的 结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分,并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点;将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后,通过String11.0数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制;通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型,通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。结果 共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个,CAG相关靶点484个,取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个,其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示,大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明,石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。结论...  相似文献   

14.
目的 利用网络药理学方法及分子对接技术,研究八珍益智方治疗阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)的潜在药效物质基础和作用机制,为其临床应用提供理论依据。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、TCMID、中国知网(CNKI)和Pubmed数据库检索八珍益智方8味组方药材化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库查询AD的相关靶点;利用R语言3.6.3得到药物和疾病的交集靶点;借助String数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络,筛选核心靶点;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接。结果 八珍益智方共收集到200个化学成分和226个靶点,Cytoscape 3.7.2软件筛选出包括AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3等37个核心靶点,槲皮素、山柰酚、柚皮苷、豆甾醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮等15个核心化合物。GO富集分析得到1 331个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到相关通路65条(P<0.05)。分子对接结果显示15个核心化合物和AKT1、MAPK3、IL-6、VEGFA、CASP3具有较好的亲和力。结论 八珍益智方治疗AD的通路主要涉及癌症的途径、MAPK信号通路、前列腺癌、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等,研究结果为八珍益智方治疗AD作用机制的进一步阐明提供了指引。   相似文献   

15.
运用网络药理学探索芍药甘草汤对多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用机理。方法 通过TCMSP数据库结合口服生物利用度(OB)、类药性(DL)、半衰期(HL)筛选芍药甘草汤的有效活性成分及作用靶点,运用Genecards、Drugbank、OMIM数据库获取多囊卵巢综合征高雄激素血症的治疗靶点。借助Cytoscape3.7.2 软件构建“中药-活性成分-靶点”可视化网络,利用VENNY图筛选出药物与疾病的共同靶点,运用STRING在线分析工具构建蛋白互作网络图(PPI),通过David数据库对关键靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果 从芍药甘草汤中筛选出槲皮素、山奈酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、 刺芒柄花素等83个有效成分,作用于MAPK3、MMP-9、STAT3、TNF、IL-6、VEGFA等41个关键靶点。KEGG通路富集分析发现这些靶点参与了TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路。结论 芍药甘草汤中的槲皮素、山奈酚等可能通过TNF、IL-6、STAT3、VEGFA等靶点作用于TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路来调节糖脂代谢、保护血管内皮、参与炎症反应,以减少雄激素的合成,发挥治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用。  相似文献   

16.
目的 运用网络药理学方法探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎的作用机制,使中药在防治类风湿关节炎中发挥更大的临床作用.方法 通过检索中药系统药理学数据库(TCMSP)获得独活寄生汤方药中各味药物的有效活性成分及相关靶点,类风湿关节炎的疾病数据通过OMIM和Genecards数据库获取,运用R×64 3.6.1软件绘制药物-疾...  相似文献   

17.
目的 从药物、疾病、靶点角度研究沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制,为进一步实验验证提供理论基础.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中医药综合数据库(TCMID)收集沙参麦冬汤药物有效成分,导入PubChem数据库获取有效成分结构,将结构导入Swiss TargetPrediction数据库进行靶点预测...  相似文献   

18.
目的 基于网络药理学及分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制。方法 利用 TCMSP、SEA、Swiss 和PharmMapper数据库预测四妙丸活性成分的作用靶点,运用GeneCards和TCD数据库检索与高尿酸血症相关的疾病靶点。使 用Cytoscape 3.6.1构建蛋白质相互作用网络图,通过STRING平台对四妙丸治疗高尿酸血症的靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用SwissDock平台进行分子对接,预测主要化合物与关键靶点的结合度。结果 本研究共筛选出四妙丸中的28种活性成分及429个潜在靶点,与高尿酸血症相关的疾病靶点有494个,得到四妙丸与高尿酸血症的共同靶点有118个,并筛选出其中几个关键靶点AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3进行分子对接,对接结果显示AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3与小檗红碱、表小檗碱、豆甾醇、谷甾醇等具有良好的结合活性。预测AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3可能是四妙丸治疗高尿酸血症的关键靶点。KEGG通路富集分析结果显示四妙丸可能通过TNF信号通路、IL-17信号通路、细胞凋亡信号通路等多条信号通路治疗高尿酸血症。结论 四妙丸是通过多组分、多靶点和多途径协同治疗高尿酸血症,为后续进一步研究四妙丸的活性成分及作用机制提供了依据。  相似文献   

19.
目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。  相似文献   

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