逆转录聚合酶链反应检测疟原虫混合感染的研究

〔目的〕建立在同一反应体系中能同时检测和鉴定恶性疟、间日疟的一步逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）检测方法,并用于国境口岸归国劳务人员的疟疾检测。〔方法〕以疟原虫小亚单位核糖体核糖核酸基因为靶片段,设计恶性疟原虫和间日疟原虫的上游通用引物和各自的下游特异性引物,在同一反应体系中同时扩增恶性疟原虫和间日疟原虫的特异片段,对疟疾患者的PCR产物进行序列测定和分析。〔结果〕用建立的RT-PCR检测方法对广东口岸回国劳务人员中发现的2名疟疾患者的不同采样时间的全血进行检测,2006年10月和2007年1月采集的样本被分别扩增出预期大小为360bp和450bp特异扩增带,推测2名患者为恶性疟原虫和间日疟原虫的混合感染,其在入境时处于恶性疟的发作期和间日疟的潜伏期,均属于典型的集体输入性疟疾案例。〔结论〕RT-PCR检测疟原虫方法具有敏感性高、特异性强的特点,对国境口岸疟疾诊断、镜检质量控制和流行病学研究具有较大的实用价值。     

多重聚合酶链反应技术诊断疟疾及混合感染的研究

目的建立一种特异、敏感、简便的疟疾聚合酶链反应（PCR）快速诊断方法。方法针对疟原虫SSU rRNA基因序列设计3条分别具有属、种特异性的引物,通过多重PCR反应扩增间日疟原虫和恶性疟原虫不同大小的DNA片段。结果 19份恶性疟原虫血样均扩增出长度为400 bp的特定基因片段,16份间日疟原虫扩增出长度为300 bp的特定基因片段,20份健康人群对照血样经PCR扩增均为阴性。结论该多重PCR检测系统具有高效、敏感、特异、稳定、简便等特点,适宜于大批量样品同时检测,对疟疾的快速诊断、鉴别混合感染有较高的应用价值。     

合肥市输入性恶性疟原虫Pfcrt基因K76T位点突变研究

目的探讨合肥市输入性恶性疟原虫Pfcrt基因K76T位点的突变情况。方法采集2010年从非洲疟疾高流行区,务工回国输入性恶性疟病人血样11份,采用恶性疟原虫Pfcrt基因序列特异引物,以滤纸血片中的恶性疟原虫DNA为模板,进行巢氏PCR扩增基因,扩增产物经限制性内切酶酶切后鉴定。结果收集到11例滤纸血样,成功扩增6例,其中2例被酶切,为Pfcrt等位基因野生型;4例未被酶切,为Pfcrt等位基因突变型。结论合肥市输入性恶性疟中Pfcrt等位基因发生突变,应该加强输入性恶性疟的药物抗性监测。     

海南省恶性疟原虫MSP1和MSP2等位基因分型研究

目的 对海南省恶性疟原虫分离株的裂殖子表面蛋白质1(MSPl)和裂殖子表面蛋白质2(NSP2)基因进行分型研究。方法 从海南省恶性疟流行区采集的恶性疟患者血样，用套式PCR方法分别扩增PfMSP1和PfMSP2基因中具有型特异性的片段，进行等位基因分型。结果(1)MSPl基因分型：94份恶性疟患者血样中有82份扩增出MAD20型基因片段(占87．2％)，27份扩增出K1型基因片段(占28.7％)，15份同时扩增出MAD20型和K1型基因片段(占16．0％)，未扩增出RO33型基因片段。(2)NSP2基因分型：94份血样中有75份扩增得到3D7型基因片段(79．8％)，28份扩增得到FC27型基因片段(29．8％)，10份同时扩增得到3D7型和FC27型基因片段(占10．6％)。结论 海南省恶性疟原虫的MSPl等位基因和MSP2等位基因分别以MAD20型和3D7型为优势基因型；不同等位基因型的混合感染率很低。     

江西口岸首例输入性卵形疟原虫wallikeri亚种感染的PCR鉴定及序列分析

目的对江西口岸1例输入性疟疾病例的血样本进行检测、确认。方法利用普通PCR检测全血样本中疟原虫18S r RNA基因,将得到的测序结果在NCBI数据库进行比对,并结合吉姆萨染色镜检、胶体金快速检测和荧光定量PCR加以验证。结果血涂片镜检并未发现疟原虫,但胶体金快速检测结果为阳性。普通PCR扩增到18S r RNA基因特异性片段,卵形疟原虫特异性引物扩增到阳性条带,而恶性疟、间日疟和三日疟原虫特异性引物没有扩增到目的条带。用卵形疟不同亚型引物特异性扩增发现卵形疟原虫wallikeri亚种阳性,序列与卵形疟原虫wallikeri亚种(Gen Bank号:KF219564.1和KF696359.1)18S r RNA同源性达99%。荧光定量PCR检测亦确认为卵形疟阳性。结论该病例确认为江西口岸首例输入性卵形疟wallikeri亚种感染。     

广州市白云区1例输血性恶性疟疾调查

目的对1例感染不明的恶性疟病例进行实验室检测分析并确诊。方法 2017年10月18日收集该病例临床资料,并开展流行病学溯源调查,采集患者和疑似传染源(供血者)的血样,采用血片镜检、快速疟疾诊断试剂条(RDT)和PCR三种方法进行疟疾病原检测。结果该患者无疟疾流行区外出史,因治疗白血病有大量输血史。输血后出现畏寒、发热症状和外周血涂片镜检诊断为恶性疟原虫感染,RDT检测恶性疟原虫阳性。经溯源调查,疑似传染源的供血者为非洲籍留学生,在献血前曾有疟疾病史,PCR检测供血者血站留存血样恶性疟原虫阳性。结论该病例为输血性恶性疟,因输入非洲籍留学生血液而感染恶性疟。     

1例输入性三日疟原虫病例实验室检测

目的:对1例输入性疑似疟疾患者的血样进行实验室检测。方法:首先制备血涂片,吉姆萨染色后镜检疟原虫;其次对血样进行RDT检测;最后利用疟原虫属特异性(通用型)和4种疟原虫种特异性的巢式PCR,对该血样进行分子生物学检测及分型。结果:镜检结果为三日疟原虫,RDT结果为非恶性疟感染。巢式PCR检测结果,仅扩增出预期大小约140 bp的三日疟条带。结论:综合巢式PCR、RDT和镜检等检测结果,确诊该患者为三日疟原虫感染。     

一例由输血引起恶性疟疾的调查

目的对无外出史的恶性疟疾患者进行确诊及发病原因分析。方法对患者及献血者血样采用金标试剂(RDT)、病原学、实时荧光PCR3种方法同时检测。结果从患者和1例赤道几内疟疾流行区回国献血者的血液中均检测到恶性疟抗原阳性、恶性疟原虫及恶性疟原虫核酸阳性。结论对来自高疟疾流行区献血者增加疟疾项目的筛查,预防输血性疟疾的发生。     

一种简易疟原虫PCR模板制备方法

目的:寻找一种高效、简便、快速疟原虫PCR模板制备方法。方法:收集2010年-2011年自非洲、东南亚等疟疾流行区回国人员中疟疾现症患者(显微镜检查阳性),采滤纸血,用蒸馏水直接溶血法和Chel-ex-100法分别制备疟原虫PCR模板,采用巢式PCR技术检测疟原虫ss RNA基因,并对两法结果进行比较。结果:分别用蒸馏水直接溶血法和Chelex-100法制备疟原虫PCR模板32个,其中恶性疟原虫26个,间日疟原虫6个,直接溶血法巢式PCR检测全部出现特异性扩增带,而Chelex-100法均未出现扩增带。结论:蒸馏水直接溶血法是一种较为理想制备疟原虫PCR模板的方法。     

经输血传播的1例恶性疟报告

目的调查丽水市本地1例无外出史恶性疟病例的传染源和感染途径。方法开展流行病学调查,采集血库留存血样、可疑献血者及其所有受血者的血液,采用金标试剂检测疟原虫抗原、涂片吉氏染色镜检疟原虫、实时荧光PCR检测疟原虫核酸3种方法检测4个型别疟原虫。结果该病例无外出史,2个月前曾住院并有输血史,涉及8位献血者,其中1人曾在非洲赤道几内亚居住生活,其捐献的血液红细胞成分输给了该病例,血浆成分输给了另外1人。该献血者的血液、血库留存的血样及病例的血液均检测到恶性疟原虫抗原,镜检恶性疟原虫及恶性疟原虫核酸检测均呈阳性,其余型别疟疾检测结果均为阴性,接受血浆者的检测结果均为阴性。结论该病例为输入境外返乡恶性疟感染者血液而继发感染,系恶性疟原虫携带者无偿献血时血液疟原虫漏检引起。     

一步法流行性乙型脑炎病毒TaqMan荧光定量反转录聚合酶链反应方法的建立及应用

目的 建立一种特异、灵敏、快速检测流行性乙型脑炎(乙脑)病毒的荧光定鼍RT-PCR方法.方法 根据GenBank登录的乙脑病毒毒株序列,应用生物软件在乙脑病毒基因的保守区设计与筛选引物和探针,对荧光定量RT-PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性、敏感性和重复性.并通过对蚊虫样本的检测,以评价该方法的实际应用价值.结果 优化结果表明荧光定量RT-PCR的最佳反应体系为0.1 μmol/L探针浓度,0.2μmol/L引物浓度,5 mmol/L Mg2+浓度.结果 表明该方法对乙脑病毒的检测有高度的特异性、通用性,对1～4型登革热病毒、狂犬病毒、汉坦病毒(SEO型与HTN型)均无交叉反应,检测的灵敏度达0.1 TCID50,重复性分析表明同一样品Gt值的重复检测4次,其标准差均在合理范围内,分别为0.033、0.079、0.149和0.411.对110批蚊虫标本进行荧光定量RT-PCR检测和病毒分离榆测,结果荧光定量RT-PCR检测出7份阳性,而病毒分离则只检测出3份阳性,表明建立的荧光定量RT-PCR方法更敏感,可直接从蚊虫样本中检测乙脑病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需3 h左右,且操作简便、敏感性高.结论 研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR的方法具有特异、敏感、快速的特点,适用于乙脑病原学的快速检测.     

套式逆转录PCR检测戊型肝炎病毒RNA的临床应用

目的 评价套式逆转录PCR检测血清戊肝病毒(HEV) RNA的临床意义.方法 对GenBank数据库中的戊型肝炎病毒全基因组序列进行分析比对,并针对国内流行的HEV株序列,选择位于ORF2的保守区域设计引物,建立套式逆转录聚合酶链式反应(nRT-PCR)方法,并检测126例急性戊型肝炎患者,并与检测抗-HEV IgM的方法进行比较.结果 126例急性戊型肝炎患者血清中有67例HEV-RNA阳性,对照组血清HEV-RNA检测均为阴性;与血清抗HEV IgM检测结果比较,HEV RNA检测的总符合率为80.91％,两种方法的检测结果具有良好的一致性;nRT-PCR方法检测HEV-RNA与血清抗-HEV IgM检测方法存在明显的差异,不能相互替代,而有一定的互补性;3例患者的首份血清检测为HEV-RNA阳性,但抗-HEV IgM为阴性,系列追踪检测,均相继出现抗HEV IgM,急性戊型肝炎患者血清HEV-RNA的检出多在发病的1～12 d.结论 应用nRT-PCR方法能对急性散发戊型肝炎患者血清中的HEV RNA进行定性检测,且有较高的特异性和敏感性,临床使用可以提高对HEV早期诊断的水平,具有一定的临床应用价值.     

一种无RNA纯化步骤TaqMan RT-PCR方法用于快速检测登革病毒

目的 建立一种简便、快速的登革病毒核酸检测方法.方法 设计合成LNA探针,替代MGB探针,建立一步法TaqMan RT-PCR方法,并用已知的登革病毒标准毒株进行方法的优化;用商品化的纯化试剂盒和简单的热释放法获取登革病毒细胞培养液和模拟含登革病毒血清中RNA,以优化的TaqMan RT-PCR方法进行检测,比较有或无RNA纯化步骤检测的敏感性和重复性.结果 LNA探针TaqMan RT-PCR有较好的PCR扩增效率(104%)、较广的线性范围(10 0～10-7样品稀释度)、较高的敏感性(0.003TCID50/反应)和较好的重复性(CV值小于4.53%),新方法检测经简单热释放RNA的细胞培养液和模拟含登革病毒血清中登革病毒也有较高的敏感性(0.03TCID50/反应)和较好的重复性(CV值小于6.36%).结论 新型LNA探针可替代MGB探针用于TaqMan RT-PCR反应,简便的热释放RNA方法结合高敏感性的TaqMan RT-PCR可满足登革病毒快速检测的需要.     

TaqMan-MGB荧光定量逆转录聚合酶链反应快速检测甲型流感病毒

目的:建立一种特异、灵敏、快速检测甲型流感病毒核酸的荧光定量RT-PCR方法。方法:根据GenBank登录的流感毒株序列,应用生物软件在甲型流感病毒膜蛋白(MP)基因的保守区设计与筛选引物和MGB探针,对荧光定量RT-PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性和敏感性。并通过对疑似流感临床样本的检测,以评价该方法的实际应用价值。结果:该方法对甲型流感病毒的检测有高度的特异性、通用性,对乙型流感、麻疹、风疹、腮腺炎、RSV和腺病毒等其他呼吸道病毒均无交叉反应,检测的灵敏度达0.1TC ID50,可从疑似流感患者含漱液中直接检测流感病毒核酸,从病毒核酸提取至完成检测仅需2.5 h左右,且操作简便,重复性好。结论:本研究建立的MGB荧光定量RT-PCR的方法具有特异、敏感、快速的特点,适用于甲型流感疫情的应急快速检测。     

黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法建立

目的建立用于检测黄病毒属的TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法。方法从GenBank中检索黄病毒属代表株的全基因序列,通过DNAstar进行序列比对和blast进行保守序列搜索和分析,用Beacon Designer 7.0软件进行引物和TaqMan探针设计,以乙脑毒株MB090509 RNA为模板,优化反应条件并应用于现场蚊虫标本检测。结果确定黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR反应条件为:45℃15 min,95℃10 min,95℃10 s→54℃45 s,40次循环,引物和探针终浓度为200 nmol/L。灵敏度为常规RT-PCR方法 100倍,检出限2.9×10-3噬斑形成单位(PFU)/mL,与甲病毒属、东南亚十二节段RNA病毒属、布尼亚病毒属均无交叉反应。从161份现场蚊虫标本中检测出11份阳性标本,经病毒分离、测序均被证实为乙脑病毒。结论本研究建立的黄病毒属TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法具有广泛应用价值。     

乙型流感病毒分子检测中质量控制的研究

目的 优化乙型流感暴发监测中分子鉴定的实验条件。方法 分别以病毒RNA提取试剂盒手工提取和全自动核酸提取工作站提取江苏省暴发标本RNA,采用实时荧光定量RT—PCR检测看家基因核糖核酸酶P（RNaseP）和乙型流感核蛋白（B—NP）基因;分别以本实验室建立的RT—PCR扩增体系和进口商品化RT—PCR扩增体系,对乙型流感基质蛋白（B—M）基因进行检测。结果 看家基因RNaseP能有效监测采样和RNA纯化的有效性;手工提取RNA的效率高于自动提取;进口商品化RT—PCR体系的扩增M基因效果较好。结论 以手工法提取RNA,以real—timeRT—PCR检测B—NP基因和以进口商品化RT—PCR扩增体系检测B—M基因,能相对客观地反映病毒流行现状。     

TaqMan荧光定量PCR检测1型登革热病毒及临床应用

目的建立登革热1型病毒（DV1）TaqMan荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床诊断。方法根据DV15′端非编码区基因保守序列,设计一套特异性引物和TaqMan探针。用4个血清型DV标准毒株为对照,收集40份DV1临床血清为检测标本。通过对DV1标准毒株RT-PCR后,采用体外转录方式获得RNA模板作为阳性对照,检测所建立TaqMan荧光定量PCR方法的特异性。取DV-IgM/IgG用ELISA检测患者血清,将TaqMan荧光定量PCR和DV-IgM/Ig GELISA进行敏感性比较。结果所建立方法的最低检测限约为每反应10个基因拷贝。发病后不同时间采集的登革热患者血清标本检测结果为：发病1～3d的患者RT-PCR阳性检出率最高（81.25%）;4～6dELISA-IgM检出率最高（85.00%）;7d后ELISA-IgG检出率最高（75.00%）。结论在登革热的早期诊断中建立的RT-PCR具有较高的敏感性、特异性和重复性,可作为DV1的快速诊断方法。     

发热患者SARS冠状病毒抗体分析

目的了解临床发热患者中是否存在严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒（SARS-CoV）隐性感染或亚临床感染。方法对2003年5月～7月，SARS流行期间湖北地区临床发热患者373例血清进行SARS冠状病毒（SARS-CoV）抗体（IgG、IgM、N蛋白抗体）酶联免疫吸附法（ELISA）检测和分子生物学（RT—PCR）检测。结果373例发热患者中，检出冠状病毒抗体阳性者24例，阳性率6．43％（24／373），其中SARSIgG抗体、IgM抗体、N蛋白抗体阳性率分别为0．54％，1．34％和5．09％，但SARS-CoVRT—PCR检测均为阴性。结论临床发热患者可能存在SARS-CoV隐性或亚临床感染，患者体内产生针对SARS-CoV的保护性抗体，应具有免疫力和抵抗力。     

HCV-cAg、HCV-RNA及HCV-Ab联合检测降低丙型肝炎的误诊率

目的:探讨丙型肝炎病毒总核心抗原、丙型肝炎RNA及抗丙型肝炎病毒抗体联合检测在丙型肝炎诊断中的应用价值。方法:对62例丙型肝炎患者阳性和64例HCV-RNA阴性的健康对照组血液标本同时采用RT-PCR定量检测HCV-RNA,时间分辨免疫荧光分析法检测HCV-Ab,和ELISA法检测HCV-cAg。结果:HCV-cAg检测方法敏感性为32.25%,特异性为100%,HCV-Ab检测方法的敏感性是92.0%,特异性是68.8%,联合检测的敏感性是96.8%,特异性是68.8%。结论:联合运用HCV-Ab和HCV-cAg或HCV-Ab和HCV-RNA,能有效降低单独使用HCV-Ab检测的误诊率。