VEGF-A及PI3K/AKT通路在结直肠癌中的表达及临床意义

目的 研究血管内皮生长因子（VEGF）-A及磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）/蛋白激酶B（AKT）通路在结直肠癌中的表达及临床意义。方法 选取我院2013年9月到2015年9月间收治的结直肠癌患者80例,作为观察组,同时切取患者癌旁正常肠黏膜组织作为对照组。分别采用免疫组化法检测癌组织和癌旁组织的VEGF-A及PI3K及 AKT表达水平,并分别统计其阳性表达率,比较两组间差异。同时单因素分析结直肠癌组织中VEGF-A、PI3K及AKT表达水平与患者临床病理资料相关性,同时Spearman相关性分析VEGF-A与PI3K及AKT表达相关性。术后随访5年,比较VEGF-A、PI3K及AKT阳性和阴性表达患者生存率。结果 观察组的VEGF-A及PI3K及AKT表达阳性率均明显高于对照组（P<0.05）。结直肠癌患者的VEGF-A及PI3K及AKT表达水平与性别、年龄、肿瘤直径、肿瘤部位等临床资料无明显相关性（P>0.05）,与TNM分期、分化程度、淋巴结转移及浸润深度明显相关（P<0.05）。结直肠癌组织中的VEGF-A表达与PI3K、AKT表达呈正相关（r=0.625, 0.517; 均P<0.05）。结直肠癌VEGF-A及PI3K及AKT阳性表达患者的5年生存率均低于阴性组（P<0.05）。结论 结直肠癌组织中的VEGF-A及PI3K及 AKT均存在高表达现象,且与肿瘤分期、淋巴结转移、分化及浸润深度呈现明显相关性,同时可减少患者生存期,可能参与结直肠癌病情发生发展,对临床诊断及治疗具有重要意义。     

FDX1在胶质瘤中的表达及其预后意义

目的 探讨铁氧还原蛋白1（FDX1）在胶质瘤中的表达水平和预后意义。方法 采用免疫组织化学法检测我院神经外科40例恶性胶质瘤样本和20例外伤性脑组织样本中FDX1的表达水平,分析其与患者临床病理因素和预后的关系。结果 FDX1在恶性胶质瘤组织中的蛋白表达水平显著高于外伤性脑组织（P<0.01）;FDX1的表达与恶性胶质瘤病理分级呈正相关（P<0.01）;Kaplan-Meier生存分析显示FDX1高表达组患者总生存率显著低于低表达组患者（P<0.01）。Cox多因素回归模型显示FDX1表达强度（相对危险度为2.003,P<0.01）和肿瘤分级（相对危险度为2.279,P<0.01）是恶性胶质瘤患者预后的独立危险因素。结论 FDX1高表达与恶性胶质瘤的发生发展有关,对患者总体生存时间有显著影响,可能是胶质瘤患者预后不良的重要指标。     

NDC1基因在结肠癌中诊断及预后价值的生物信息学分析：一项基于TCGA数据库的研究

目的 本研究旨在确定NDC1基因对结肠癌患者诊断和预后评估的作用。方法 NDC1基因的RNA-Seq数据以及对应的每一例患者的临床病理和预后参数从癌症基因图谱（TCGA）数据库下载,而后使用R软件绘制散点图并分析NDC1在结肠癌和癌旁正常组织中的差异化表达,绘制受试者曲（ROC）并分析NDC1基因表达对区分结肠癌患者和健康人的诊断效能。通过GEPIA数据库检索并绘制Kaplan-Meier曲线分析NDC1基因表达与结肠癌患者生存之间的关系,卡方检验分析NDC1基因表达和结肠癌患者临床病理特征的关系并采用单因素及多因素Cox回归模型分析影响结肠癌预后的因素。结果 NDC1表达量的中位数为3.797（3.411~4.118）,高于正常组织3.09（2.897~3.297）,差异有统计学意义（P<0.05）,并且在41对配对组织中的NDC1表达量同样高于对应的癌旁正常组织（P<0.05）,ROC曲线显示NDC1基因对结肠癌较高的诊断价值（AUC=0.8515,95%CI：0.8115~0.8915,P<0.001）。NDC1高表达的患者相比于低表达的患者有着更低的淋巴结转移数、更好的病理分期以及更少的肿瘤淋巴侵犯（P<0.05）。NDC1基因低表达的结肠癌患者有着更低的总体生存率（P<0.05）。单因素COX分析的结果显示患者的年龄、T分期、N分期、M分期、病理分期、淋巴侵犯以及NDC1基因的表达都是影响结肠癌患者的预后因素（P>0.05）。在多因素COX分析的结果显示年龄、M分期、病理分期是结肠癌患者预后的独立因素（P<0.05）。结论 NDC1基因有潜力成为一个用于结肠癌诊断及预后评估的新型生物学标志物。     

FOS样抗原1在头颈鳞癌中的表达及临床意义

目的 探讨FOS样抗原1（FOSL1）蛋白在头颈鳞癌中的表达及其与临床病理特点及患者预后的关系。方法 使用UALCAN数据库预测FOSL1在头颈鳞癌（HNSC）中的表达情况,收集98例头颈鳞癌患者,采用免疫组化法检测头颈鳞癌及其癌旁正常组织中FOSL1蛋白的表达,并分析其表达与临床特征的关系。结果 UALCAN数据库及免疫组化结果均显示FOSL1蛋白在头颈鳞癌中的相对表达量明显高于癌旁正常组织（P<0.05）;FOSL1的表达与头颈鳞癌的大小、淋巴结转移、病理分级及HPV状态密切相关（P<0.05）。Kaplan-Meier分析显示FOSL1高表达组HNSC患者总积生存率明显低于低表达组HNSC患者（P< 0.05）。结论 FOSL1蛋白参与头颈鳞癌的发生发展,FOSL1的表达水平有助于头颈鳞癌恶性程度的评价及预后的判断。     

SUB1在肝癌患者中的预后价值

目的 利用TCGA及Oncomine数据库,分析SUB1在肝癌组织中的表达水平;评价SUB1在肝癌患者中的预后价值;利用基因集富集分析（GSEA）及及基因集变异分析（GSVA）分析受SUB1影响的细胞通路。方法 下载TCGA的肝癌队列RNA-seq数据,通过质量控制及标准化后分析其在肝癌组织及癌旁的表达变化,进一步在Oncomine数据库中进行分析验证;根据SUB1中位数表达量将TCGA数据库肝癌队列患者分为高表达及低表达两组,进行总生存（OS）分析及无复发生存（RFS）分析;GSEA及GSVA方法用于分析受SUB1调控的细胞通路。结果 SUB1在肝癌组织中的表达高于癌旁组织,P<0.0001;高表达SUB1的肝癌患者OS及RFS均低于低表达SUB1的肝癌患者;高表达SUB1可激活细胞周期、DNA复制等细胞通路。结论 SUB1在肝癌组织中高表达, SUB1可以作为肝癌患者总体生存和无病生存的预后因素。SUB1高表达激活了DNA复制及细胞周期等细胞通路。     

基于SEER数据库的T1M1期结直肠癌临床病理特征及预后分析

目的 探讨T1M1期结直肠癌患者的临床病理特征及预后影响因素。方法 纳入2010年至2015年美国SEER数据库中的T1M1期结直肠癌数据,应用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,生存分析采用Log-Rank检验,采用Cox比例风险回归模型进行预后的多因素分析。结果 共纳入符合要求的T1M1期结直肠癌患者524例,中位随访14个月,结直肠癌特异性死亡443例,中位生存时间12个月。单因素分析结果显示,年龄、性别、肿瘤原发部位、组织分化程度、是否多发转移、手术、区域淋巴结清扫、化疗、CEA与T1M1期结直肠癌患者肿瘤特异性生存密切相关（P<0.05）,Cox多因素分析结果显示,年龄、肿瘤原发部位、组织分化程度、手术、化疗、多发转移是影响T1M1期结直肠癌患者预后的独立危险因素。结论 年龄≥65岁、右半结肠癌、组织分化程度差、多发转移、未接受手术及化疗的T1M1期结直肠癌患者生存期更短。     

胃癌组织中HIF-1α,CD68及CD206在胃癌及癌旁组织中的表达及临床意义

目的 分析低氧诱导分子-1α（HIF-1α）及肿瘤相关巨噬细胞（TAM）相关抗原CD68、CD206在胃癌及癌旁组织中的表达情况。方法 利用免疫组化技术检测43例胃癌和癌旁组织中HIF-1α、CD68、CD206的表达状态,计算三种蛋白表达的阳性率及阳性细胞数,揭示其与临床因素的相关性。结果 HIF-1α、CD68、CD206的阳性表达率分别为58.1%、69.8%、51.2%,均高于癌旁组织（P<0.05）。胃癌、癌旁组织中每个视野下CD68⁺细胞数分别为（39.7±7.6）、（8.5±2.8）个;CD206⁺阳性细胞数分别为（32.0±9.2）、（3.4±1.8）个;HIF-1α⁺细胞数（22.9±5.6）、（2.1±1.2）个;组间比较差异均有统计学意义（P<0.01）。胃癌组织中CD206⁺细胞数与HIF-1α⁺细胞数表达呈正相关（P<0.01,R²=0.641）。三种蛋白的表达与胃癌病理分期、淋巴结转移明显相关（P<0.05）。结论 胃癌组织中CD68、CD206、HIF-1α表达率及阳性细胞数明显增加,且CD206与HIF-1α表达呈正相关。胃癌缺氧区域对M2型巨噬细胞有趋化作用,促进胃癌发生发展。     

腹腔镜辅助经肛全直肠系膜切除术治疗下段直肠癌疗效分析

目的 探讨腹腔镜辅助经肛全直肠系膜切除术治疗下段直肠癌的经验。方法 回顾性分析2017年1月至2020年6月间收治的48例腹腔镜辅助经肛全直肠系膜切除术的患者临床资料（A组）,并与同期186例腹腔镜全直肠系膜切除术进行对比分析（B组）。结果 两组病人之间年龄、性别比例、肿瘤最大横径、术中出血量、收获淋巴结个数、术后并发症、术前Wexner评分、术前肛门最大收缩压、术后Wexner评分、术后肛门最大收缩压的差异无统计学意义（P>0.05）。两组病人之间肿瘤下缘至齿线距离、体质指数、手术时间的差异有统计学意义（P<0.05）。在A组内,男性患者和女性患者之间年龄、肿瘤最大横径、新辅助放化疗比例、术中出血量、收获淋巴结、术后并发症比例的差异无统计学意义（P>0.05）,但肿瘤下缘距齿线距离、BMI、手术时间的差异有统计学意义（P<0.05）。结论 腹腔镜辅助经肛全直肠系膜切除术治疗下段直肠癌是有效的,尤其适合于低位、骨盆狭窄的男性直肠癌患者,但要充分准备,有序开展。     

BRAF突变与甲状腺乳头状癌临床病理学特征关系研究

目的 探讨BRAF基因在甲状腺乳头状癌（PTC）中的突变率,及其与临床病理学特征的关系。方法 选取2018年1月至2019年12月经手术治疗的253例甲状腺乳头状癌患者作为研究对象,分析BRAF基因突变与甲状腺乳头状癌患者临床病理学特征的关系。结果 81%的PTC患者中发现有BRAF基因的突变。BRAF突变率随着年龄的增长而增加,BRAF 突变与PTC的淋巴转移以及临床分期间比较,差异有统计学意义（P<0.05）。多因素Logistic回归分析显示年龄≥45岁、高肿瘤分期、区域淋巴结转移是BRAF突变的独立影响因素（均P<0.05）。结论 BRAF基因突变与PTC淋巴结转移、临床分期相关,而且对于甲状腺肿瘤良恶性的诊断具有重要价值。     

PTTG和VEGF在原发性胆囊癌中的表达及意义

目的 探讨垂体肿瘤转化基因(pituitary tumor transforming gene,PTTG)和血管内皮生长因子(vascu-lar endothelial growth factor,VEGF)在原发性胆囊癌中的表达及相互关系,研究其表达与肿瘤临床病理指标及预后的联系.方法 应用免疫组织化学法,检测41例原发性胆囊癌及20例慢性结石性胆囊炎中PTTG和VEGF的表达水平.结果 在原发性胆囊癌中PITG和VEGF阳性表达率分别为85.4%和56.1%,其阳性率及表达等级均明显高于慢性胆囊炎中的表达情况,差异均有统计学意义(P<0.05).PTTG和VEGF表达等级均与胆囊癌的Nevin分期和淋巴结转移密切相关(P<0.05);PTFG表达与VEGF表达呈正相关(r=0.526,P<0.05).PTTGG或 VEGF阳性患者的累积生存期明显低于阴性者(P<0.05).结论 PTTG或VEGF与胆囊癌生物学行为及预后关系密切,PTTG表达与VEGF表达呈明显正相关.二者的联合检测,有助于原发性胆囊癌恶性程度和预后的判断,以进一步指导临床诊疗.     

ITGAV在结直肠癌中的表达及临床意义

目的 探讨整合素αv(ITGAV)在结直肠癌中的表达和临床意义.方法 采用免疫组织化学法检测91例结直肠癌组织及18例癌旁组织中ITGAV的表达,分析ITGAV的表达与临床病理因素的关系.利用GEO和TCGA数据库下载结直肠癌ITGAV的表达及临床随访数据进行生存分析.结果 ITGAV在结直肠癌组织中的表达显著高于癌旁...     

基于铁死亡相关基因构建肝细胞癌的预后模型

目的 肝细胞癌是最常见的恶性肿瘤之一,具有预后差、复发率高的特点.铁死亡是最近发现的一种铁依赖性的细胞程序性死亡的形式,不同于细胞坏死、细胞凋亡、细胞自噬,由脂质过氧化驱动.该研究探讨了铁死亡相关基因与肝细胞癌患者预后之间的关系.方法 从公共数据库中下载肝细胞癌患者的基因表达及相应的临床病理数据.使用单因素COX回归分...     

利用生物信息学综合分析lncRNA GAS5在三阴性乳腺癌中的功能作用

目的利用生物信息学管理对乳腺癌和癌旁组织进行长链非编码RNA-生长停滞特异基因5(lncRNA GAS5)差异表达分析,以探讨GAS5对三阴性乳腺癌发生发展的影响。方法用基因图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的乳腺癌数据分析各个乳腺癌亚型及病理分期中GAS5的表达情况。利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中三阴性乳腺癌数据GSE76124和GSE83937对GAS5进行相关性分析,选取相关性基因并取交集。利用所得到的正相关基因做GO功能和KEGG通路富集分析。用TCGA数据库和GEO76124数据进行GAS5的GSEA分析。选取GEO数据集GSE40525和GSE76250进行三阴性乳腺癌的差异miRNA和mRNA的筛选,通过预测,构建GAS5-miRNA-mRNA的ceRNA网络。结果GAS5在乳腺癌各亚型组织中表达均较癌旁组织低。GAS5主要参与多种代谢进程包括有机物代谢、大分子代谢、氮化合物代谢等,在通路方面主要影响真核生物中的核糖体生物发生,WNT信号通路等。通过构建GAS5在三阴性乳腺癌中ceRNA调控网络,发现GAS5最有可能通过吸附hsa-miR-650和has-miR-532-5p调控包括SLC7A2和LONRF2在内的25个基因的表达,发挥抑癌基因的作用。结论lncRNA GAS5可能在乳腺癌中起到抑癌基因的作用,可为乳腺癌的基因治疗提供新的治疗靶点。     

结直肠癌奥沙利铂耐药关键基因的生物信息学分析及意义

目的筛选与结直肠癌（CRC）中奥沙利铂（OXA）耐药性相关的基因和通路。 方法首先通过GEO数据库分析GSE76092的基因表达谱,筛选出CRC的OXA敏感和OXA耐药细胞系之间的差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库进行基因本体论（Go）分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。通过STRING工具构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。经MCODE插件选择关键基因,并利用GEPIA工具进行生存分析。最后使用miRWalk数据库预测相关的miRNA。 结果通过数据分析总共获得474个DEGs,并筛选了相关的信号通路和PPI网络。筛选出15个中心基因,其中7个显著参与NF-κB和趋化因子信号等通路。对7个关键基因的生存分析表明,CXCL8、IL-1β和PTGS2表达水平与CRC患者的总体生存相关。预测hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-7851-3p和hsa-miR-96-3p是OXA耐药相关核心miRNA。 结论基于生物信息学筛选出来的OXA耐药关键基因和信号通路,为CRC中OXA耐药的潜在机制提供更深入的了解。     

Re-Exploring Biomarkers and Therapeutic Targets in Primary Melanoma Patients: Insights from Network-Based Analysis of Microarray Data

ObjectiveTo identify novel biomarkers and therapeutic targets for primary melanoma using network-based microarray data analysis.MethodsEligible microarray datasets from the Gene Expression Omnibus (GEO) database were used to identify differentially expressed genes (DEGs). The protein-protein interaction (PPI) network, Gene Ontology (GO), and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analyses were performed to identify hub genes and pathways that might affect the survival of melanoma patients. Immunohistochemistry results obtained from the Human Protein Atlas (HPA) database confirmed the protein expression levels of hub genes. The Cancer Genome Atlas (TCGA) database was used to further verify the gene expression levels and conduct survival analysis.ResultsThree microarray datasets (GSE3189, GSE15605, and GSE46517) containing 122 melanoma and 30 normal skin tissue samples were included. A total of 262 common differentially expressed genes (cDEGs) were identified based on three statistical approaches (Fisher's method, the random effects model (REM), and vote counting) with strict criteria. Of these, two upregulated genes, centromere protein F (CENPF) and pituitary tumor-transforming gene 1 (PTTG1), were selected as hub genes. HPA and TCGA database analyses confirmed that CENPF and PTTG1 were overexpressed in melanoma. Survival analysis showed that high expression levels of CENPF were significantly correlated with decreased overall survival (OS) (P=0.028).ConclusionThe expression level of CENPF was significantly upregulated in melanoma and correlated with decreased OS. Thus, CENPF may represent a novel biomarker and therapeutic target for melanoma patients.     

胃癌枢纽基因的筛选和预后分析

目的:运用生物信息学方法探讨胃癌的预测指标和治疗靶点,并分析其与预后的关系。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载3个微阵列数据集(GSE13911、GSE33651、GSE79973),运用GEO2R筛选出胃癌样本与正常组织样本间的差异表达基因,通过基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异基因进行功能和通路注释,同时使用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络(PPI),筛选出枢纽基因,结合Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的枢纽基因进行预后分析。结果:共筛选出135个差异表达基因,其中68个上调,67个下调。GO分析结果表明差异表达基因主要参与信号转导、钙离子结合、细胞外外泌体等生物学过程。KEGG分析显示差异基因主要富集的通路包括PI3K/Akt信号通路、ECM受体相互作用、黏着斑。经PPI分析筛选得出COL1A1、COL1A2、COL4A1、FN1、THBS1、CD44、COL2A1、COL4A2、CXCL8、COL5A1为枢纽基因,生存分析显示除THBS1的上调,其余基因的差异表达均影响胃癌患者的总体生存率。结论:所筛选的枢纽基因的异常表达可能参与胃癌的发生发展过程,与胃癌患者的预后密切相关,可以作为潜在的预测指标和治疗靶点为胃癌的进一步研究提供依据。