河北省肾综合征出血热疫区鼠携带汉坦病毒基因特征分析

目的了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫区鼠携带汉坦病毒(HV)的基因特征。方法收集2019年河北省各地市捕获的鼠类标本,无菌下解剖取肺组织,应用Real-time PCR对阳性鼠标本进行HV G2片段扩增并测序,运用DNASTAR 7.1软件包对核苷酸序列进行同源性比较,采用MEGA 5.22软件构建系统发生树分析。结果共收集951份鼠肺标本,经Real-time PCR检测HV阳性标本共24份,均为汉城型(SEO)。对12份标本进行序列测定,鼠肺标本病毒间变异不大,同源性达97.3%～100.0%。新测序株与以往测序株比较同源性为97.3%～99.7%。系统发生树分析显示12份标本均为S3亚型HV。结论河北省HFRS疫区HV基因型以SEO型为主,亚型为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,无明显变异,遗传物质具有区域稳定性特征。     

河北省肾综合征出血热疫区鼠携带汉坦病毒基因特征分析北大核心CSCD

目的了解河北省肾综合征出血热(HFRS)疫区鼠携带汉坦病毒(HV)的基因特征。方法收集2019年河北省各地市捕获的鼠类标本,无菌下解剖取肺组织,应用Real-time PCR对阳性鼠标本进行HV G2片段扩增并测序,运用DNASTAR 7.1软件包对核苷酸序列进行同源性比较,采用MEGA 5.22软件构建系统发生树分析。结果共收集951份鼠肺标本,经Real-time PCR检测HV阳性标本共24份,均为汉城型(SEO)。对12份标本进行序列测定,鼠肺标本病毒间变异不大,同源性达97.3%~100.0%。新测序株与以往测序株比较同源性为97.3%~99.7%。系统发生树分析显示12份标本均为S3亚型HV。结论河北省HFRS疫区HV基因型以SEO型为主,亚型为S3亚型,同亚型病毒基因高度同源,无明显变异,遗传物质具有区域稳定性特征。     

宁夏地区病毒性脑炎中新发博尔纳病病毒感染的研究

目的 研究宁夏地区新发博尔纳病病毒(BDV)在病毒性脑炎患者中的感染状况,分析病毒株的核酸序列、编码的氨基酸序列和病毒株的系统发生.方法 套式反转录实时荧光定量PCR检测60例病毒性脑炎患者血液标本;并对前期课题组检测的59例病毒性脑炎患者中BDV p24阳性样本和本实验PCR检测阳性标本使用ELISA法检测其对应脑脊液中p40抗体,对阳性标本进行连接测序,应用MEGA和DnaSP4.0软件对测序结果与国外标准株He/80、H1766、strain V等的核酸和氨基酸序列对比分析,构建病毒基因的系统发生树.结果 PCR检测119份血标本,发现有12份标本BDV p24阳性,阳性检出率为10.08%,7份BDV p40检测阳性,阳性率为5.88%;ELISA检测脑脊液核蛋白抗体,有2份阳性,阳性检出率为1.68%.基因聚合分析显示,7份BDV阳性的核酸序列中有6份与德国马源性的He/80株同源性达100%,1份仅有1个碱基发生同义突变;转录后的氨基酸对比分析显示,7份与He/80株完全一致;重构的基因系统发生树中可见宁夏病毒性脑炎患者BDV核苷酸序列与国外标准株形成一个中国(宁夏)-德国-日本的混合支系.结论 宁夏地区病毒性脑炎患者中可能存在BDV感染,其发生可能与动物的密切接触相关,病毒在种系发生中与德国马源性He/80株有极高的同源性,推断病毒有可能从国外传入本土,不排除病毒株变异的可能.     

肾综合征出血热患者血清中汉坦病毒的检测及其序列分析

目的　为了进一步探讨RT -PCR用于HFRS临床标本中病毒基因检测的可行性及陕西西安地区近年主要流行汉坦病毒 (HV)毒株的分子流行病学特点。方法　本研究设计并合成了两套分别互补于HVM基因片段和S基因片段的引物 ,建立了检测HFRS患者临床血清标本中HV基因的RT -nestedPCR方法 ,并对扩增的部分HV靶基因进行了测序分析和比较。结果　 119份HFRS病人血清 (经临床和IFA确诊 )经用S基因片段引物的RT -nestedPCR检测 ,阳性率分别为 :6 0 .5 % (<1w) ,34.1% (1～ 2w) ,4% (2～ 3w) ,0 % (>3w) ,31份HFRS急性期病人血清用M基因片段引物的RT -nestedPCR检测 ,仅 12份阳性 ,阳性率 40 %。结论　表明S基因片段引物的扩增效果优于M基因片段引物。 6份S基因片段引物扩增产物的测序结果显示 ,陕西西安地区HFRS感染的主要毒株为汉滩型 ,将PCR扩增的 6个靶基因序列与 76 - 118株S基因片段相应的核苷酸序列进行分析比较 ,同源性为 87.2 %～ 96 .0 % ;其推导的氨基酸序列与 76 - 118株核衣壳蛋白相应的氨基酸序列比较 ,同源性为 89.0 %～ 96 .0 %。     

毛细管电泳片段分析法、荧光定量PCR法在ALRTI患儿咽拭子标本病原体诊断中的应用对比观察

目的 毛细管电泳片段分析法、荧光定量PCR法在急性下呼吸道感染患儿咽拭子标本病原体诊断中的应用。方法 急性呼吸道感染患儿65例（65份咽拭子标本）,分别采用毛细管电泳片段分析法、荧光定量PCR法检测患儿咽拭子病原体,比较两种方法病原体检出率,并分析两种检测方法与金标准（Sanger测序法）检测结果的一致性。结果 毛细管电泳片段分析法病原体检出率为52.3%（呼吸道合胞病毒21份、副流感病毒4份、衣原体病毒2份、腺病毒2份、鼻病毒2份、偏肺病毒3份、博卡病毒1份,其中1份为合胞病毒与鼻病毒混合感染）,荧光定量PCR法病原体检出率为45.0%（呼吸道合胞病毒20份、副流感病毒3份、衣原体病毒2份、腺病毒1份、鼻病毒1份）,两种方法病原体检出率比较,P>0.05。毛细管电泳片段分析法与Sanger测序法检测结果阳性一致率为100.0%,阴性一致率为100.0%,准确率为100.0%;荧光定量PCR法与Sanger测序法检测结果阳性一致率为86.2%,阴性一致率为93.5%,准确率为90.0%。结论 毛细管电泳片段分析法与荧光定量PCR方法病原体检出率无差异,但毛细管电泳片段分析法能检测...     

辽宁省普马拉病毒检测及基因特征分析

目的研究辽宁省境内棕背鼠平体内普马拉病毒(PUUV)的基因特征及分布情况。方法收集辽宁省抚顺和本溪地区棕背鼠平的肺组织标本,采用间接免疫荧光法(IFA)检测PUUV抗原,RT-PCR方法扩增标本中PUUV S基因片段,并测序,进行同源性比对和系统发生分析。结果共采集38份棕背鼠平肺组织标本,IFA检测PUUV抗原阳性2份,RT-PCR扩增PUUV S基因阳性4份,测序表明均为PUUV特异性序列。系统进化分析显示,本次检出的抚顺和本溪病毒株与吉林省的抚松株属于同一亚型,核苷酸同源性为95.2%～96.9%,在进化树上形成一个新的分支,在亲缘关系上与日本PUUV株较近。结论辽宁省可能存在PUUV的一个新亚型。     

甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因变异状况及序列分析

目的 了解2009年度甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的检测情况和血凝素(HA)基因变异情况.方法 选择国家级流感监测哨点医院以及暴发疫情的疫点,采集流感样病例的鼻咽拭子标本,通过实时(RT)-PCR进行病毒分型及甲型H1N1流感病毒检测,对阳性标本采用狗肾细胞(MDCK)进行病原分离,采用红细胞凝集试验测定病毒效价,用血凝抑制实验进行型别鉴定,通过RT-PCR扩增毒株HA1片段的基因并进行序列测定,利用生物信息学技术进行序列分析.结果 共检测咽拭子样本996份,其中核酸检测阳性病例包括甲型H1N1 337份,季节性H1N1亚型1份,季节性H3N2亚型67份,B型12份,流感核酸检测阳性率为41.87％,其中甲型流感核酸检测阳性率为33.84％.分离出甲型H1N1病毒36株,选择18株.测序成功的10株甲型H1N1流感病毒在多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)比较,有6个位点发生突变,其中1个位点位于抗原决定簇的B区.结论 2009年度分离到的流感病毒株中以甲型H1N1为绝对的优势毒株,毒株的血凝素基因与世界卫生组织(WHO)提供的疫苗株相比有变异,与疫苗株相比,抗原决定簇B区有改变,但关键位点第222位没有变化.     

烟台市2015-2018年人感染戊型肝炎病毒基因型分析北大核心CSCD

目的分析2015-2018年烟台市人感染戊型肝炎病毒(HEV)基因型别变化,探讨分子流行病特征。方法选取烟台市2015-2018年国家法定传染病报告系统上报的戊型肝炎病例为研究对象,采集血清标本检测HEV-IgM抗体,对血清HEV-IgM阳性病例的血清和粪便标本提取HEV核酸,采用逆转录PCR方法对HEV开放式阅读框架2区域内的核苷酸片段(644 bp)进行扩增,测序后进行系统进化分析。结果共采集360份血清样本,198份(55%)样本HEV-IgM阳性。HEV-IgM阳性的血清标本,HEV核酸检出率27.78%(55/198);粪便标本HEV核酸检测阳性率39.58%(19/48)。总阳性病例数72例,男性48例,女性24例。本次检测的72例HEV病毒株基因型全部是Ⅳ型,以4d亚型为主,占77.78%(56株);其次是4b亚型,占19.44%(14株);4a亚型占2.78%(2株)。72株HEV核苷酸序列的遗传距离为0.002~0.303。56株4d亚型HEV序列与山东地区猪源(KF176351)、羊源(KU904267)、牛源(KU904278)HEV序列的遗传距离为0.021~0.160、0.010~0.178、0.008~0.176。结论基因Ⅳ型HEV在2015-2018年烟台地区占主导趋势,4d亚型为主要流行株。本地人感染HEV可能与进食动物制品或密切接触动物相关。     

江西地区啮齿动物中温州病毒的检及病毒基因特征分析

目的 了解温州病毒在江西地区啮齿动物中感染的情况及病毒基因特征。方法 收集2021年江西省高安市、安义县两地啮齿动物鼠肺组织样本,提取样本核酸,采用温州病毒特异性引物进行巢式PCR扩增,PCR产物进行序列测定。采用Ion GeneStudio S5 二代测序平台(NGS)对1株核酸阳性样本进行病毒基因组测序,采用CLC软件对基因序列进行分析。结果 共收集高安市、安义县啮齿动物肺组织标本164份,通过巢式PCR检出温州病毒3份,均来自高安地区的黄毛鼠。3株病毒部分L基因序列同源性93.66%~98.50%,氨基酸序列同源性95.21%~100%。选取1株病毒(JXGAW45/2021)进行二代测序,获得全基因组序列,其中S、L基因分别含3 429、7 145个核苷酸。基因组比对分析发现JXGAW45/2021与其他温州病毒核苷酸序列同源性为82.58%~85.75%,氨基酸同源性为88.76%~96.83%,在S、L基因系统进化树中均独立分支,为温州病毒新的变异株。结论 首次在江西地区啮齿动物中发现温州病毒。     

一起聚集性发热伴血小板减少综合征病原S基因分子进化分析

目的 对2020年4月南京鼓楼医院送检的一起疑似聚集性发热伴血小板减少综合征(SFTS)开展病原检测,对其S基因进行测序,分析基因分型和系统发育特征。方法 采用荧光定量PCR法对6例疑似患者血清标本进行新型布尼亚病毒(SFTSV)核酸定性检测, RT-PCR扩增SFTSV S基因片段并测序。分析核苷酸同源性,构建系统进化树。结果 6例血清样本中,SFTSV核酸阳性5例。5例核苷酸高度同源,其中4例S片段基因核苷酸序列同源性100%,1例与其他4例间同源性为99.7%;最大相似株为江苏2014年分离株JS2014-06、2015年分离株JS2015-26,同源性100%。5例均聚集在C2亚型分支上。结论 聚集性疫情SFTSV基因型为C2型,与近年来国内分离株亲缘关系近。需加强监测和宣教,关注病毒的进化与变异。     

2014-2018年江苏省禽类外环境禽流感病毒监测结果分析

目的 对2014-2018年江苏省涉禽外环境标本禽流感病毒检测结果进行分析,了解禽流感病毒时空流行性特征,为江苏省禽流感防控工作提供依据.方法 选取2014-2018年江苏省13个市的5类场所,6类禽类市场外环境标本,采用荧光定量PCR方法对标本进行A型、H5亚型、H7亚型、H9亚型流感病毒检测,采用描述性流行病学方法...     

武汉市HIV-1相关基因序列分析及亚型分布

目的研究武汉市HIV感染人群中的HIV毒株的亚型分布特点和流行规律。方法采集武汉市60名已被确认为HIV-1感染者的抗凝全血样品,提取前病毒DNA,用巢式聚合酶链反应方法（nested-PCR）扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V5区及gag基因的部分区段,对PCR纯化产物直接测序,并应用GCG软件对序列进行分析。结果通过PCR扩增得到60份样品的结果,其中env基因序列45份、gag基因序列52份。依据env和gag区基因序列,与HIV-1各个亚型国际参考株比较,通过系统进化分析,最后确定武汉市样品分属5个亚型,分别为HIV-1B亚型中的泰国B（B’）亚型32份,流行重组型CRF07-BC12份,流行重组型CRF01-AE9份,A亚型1份和C亚型6份。结论武汉市存在多种HIV-1亚型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

桂北地区HIV-1感染者HIV-1病毒亚型分布观察

目的观察桂北地区HIV感染者HIV-1病毒亚型分布。方法采集桂北地区80例HIV-1感染者的静脉血,提取其中单个核细胞的DNA,用巢氏PCR扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V3区,对PCR纯化产物进行测序,并应用GCG软件等对序列进行分析。结果通过PCR扩增得到env基因序列55份,分属4个亚型,分别为B型1份,CRF07-BC型19份,CRF08-BC型23份,CRF01-AE型8份,C型4份。感染途径为静脉吸毒者16例,性34例,非法献血2例,不详3例。16例吸毒感染者中CRF08-BC型12例,CRF07-BC型4例。34例性行为感染者中CRF07-BC型19例,CRF08-BC型11例,CRF01-AE型4例。结论桂北地区HIV感染者存在HIV-1亚型多样。静脉吸毒感染者以CRF08-BC型为主。性行为感染者以CRF07-BC型和CRF08-BC型为主。     

A new subtype of 3′ region of cagA gene in Helicobacter pyloristrains isolated from Zhejiang Province in China

AIM: To isolate the subtypes of 3′ region of cagA gene in Helicobacter pylori (H pylon) strains from Zhejiang Province in China and to investigate their relations to H pylori-associated gastroduodenal diseases. METHODS: One hundred and thirty-seven H pylori clinical strains were isolated from the gastric mucosa specimens of 74 patients with chronic gastritis, 61 with peptic ulceration, and 2 with gastric cancer. Bacterial genomic DNA was extracted and 3′ region of cagA gene was amplified by polymerase chain reaction (PCR). Subtypes of 3′ region of cagA gene were determined by the size of PCR amplified segments. The sequences of the subtypes were analyzed by PCR-based sequencing. RESULTS: Of the 137 H pyloriisolates from Zhejiang Province, 132 (96.4%) yielded PCR products that could be classified into three groups of subtypes, named as subtypes Ⅰ, Ⅱ, and Ⅲ according to their sizes. The sizes of subtypes Ⅰ, Ⅱ, and Ⅲ were 648-650bp, 705-707bp, and 815bp, respectively. Among the 132 cagA-positive H pylori strains, 123(93.2%) belonged to the group of subtype Ⅰ, 6 (4.5%) presented subtype Ⅱ, 1(0.8%) was subtype Ⅲ, and 2(1.5%) presented subtypes Ⅰ and Ⅲ both. The primary structure of subtype Ⅰ was composed of 3 repeats of R1, 1 repeat of R2 and 1 repeat of R3. Subtype Ⅱ possessing 4 repeats of R1, 2 repeats of R2 and 1 repeat of R3 was a newly found type of 3′ region of cagA gene which had not been reported before. The primary structure of subtype Ⅲ consisted of 4 repeats of R1, Ⅰ repeat of R2 and 2 repeats of R3. Comparison of the sequences of subtype Ⅰ strains with the corresponding sequences deposited in GenBank, showed a similarity of 95.0% (94.0-96.1%) for nucleotide sequences and 95.9% (94.9-97.4%) for deduced amino acid sequences. Comparison of the sequences of subtype Ⅲ strains with the corresponding sequences deposited in GenBank, showed a similarity of 93.9% (90.8-96.9%) for nucleotide sequences and 93.2% (90.2-96.2%) for deduced amino acid sequences. Among subtype Ⅱ strains, the nucleotide and deduced amino acid sequences showed a similarity of 95.2% (94.1-96.5%) and 96.4% (93.8-97.9%),respectively. There were no statistical differences in the distribution of subtypes of 3′ region of cagA gene among different H pylori-associated gastroduodenal diseases (x^2=11.544, P&gt;0.05). CONCLUSION: There are three subtypes (Ⅰ,Ⅱ, and Ⅲ) of 3′ region of cagA gene in Hpylori strains isolated from Zhejiang Province, and subtype Ⅰ is predominant. Subtype Ⅱ is a newly found subtype of 3′ region of cagA gene. The result of this study does not support the view that the subtypes of 3′ region of cagA gene in H pylori isolated from Zhejiang Province are correlated with the clinical outcomes of H pylori infection.     

浙江省2003-2005年HIV-1感染者分子流行病学研究

目的掌握浙江省2003-2005年新发现感染者艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)毒株基因亚型分布和变异情况。方法对2003-2005年浙江省境内检测新发现的HIV-1感染者进行一般流行病学调查并采集血样,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应对gag基因区进行扩增并测定其序列。结果采集143份血样,112份扩增阳性,检出CRF01-AE亚型43例,CRF07-BC 37例,CRF08-BC 11例,B亚型20例,CRF02-AG 1例。CRF01-AE分布在11个市中的9个市,主要存在于异性性途径感染者中(53.5%),并已成为外省籍注射吸毒感染者的主要构成(44.8%)。CRF01-AE和CRF07-BC的亚型组内平均离散率在静脉吸毒感染者和性传播感染者中比较,差异有统计学意义。结论浙江省2003-2005年新检出感染者HIV-1毒株呈现多重组型别特征,CRF01-AE成为分布最广的类别,呈现扩大流行的趋势。HIV-1在性乱人群之间的传播要比在注射吸毒人群复杂,变异更大。     

河北省不同途径感染人群HIV-1基因亚型分析

目的了解河北省不同途径感染人群艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)亚型分布特点。方法从感染者的血浆样品中提取病毒RNA,反转录后采用套式聚合酶链反应(Nested PCR)扩增HIV-1 gag和env基因的部分片段,对PCR产物直接进行核苷酸序列测定,所获序列与各亚型国际参考株序列比对,进行系统进化树分析,确定基因型。结果对154份HIV-1感染者的样品进行扩增,得到了146份样品的HIV-1基因片段。发现6种HIV-1亚型和重组型,其中B’亚型61例(41.8%),CRF01_AE 59例(40.4%),CRF07_BC 16例(11.0%),CRF08_BC 6例(4.1%),C亚型和B01重组株各2例(1.4%)。血液途径传播为B’亚型,男男性行为传播以CRF01_AE和B’亚型为主。结论河北省不同途径感染人群HIV-1亚型分布具有明显的人群特征。血液途径传播者为单一B’亚型,性传播人群中亚型分布较广。     

Hepatitis C Virus Subtype and Evolution Characteristic Among Drug Users,Men Who Have Sex With Men,and the General Population in Beijing,China

The aim of this study was to characterize the current molecular epidemiology of hepatitis C virus (HCV) infection and evaluate the evolutionary patterns of HCV subtypes in Beijing, China, among different subpopulations.The whole blood samples and behavioral data were collected from a total of 10,354 subjects, including drug users (DUs), men who have sex with men (MSM), and the general population, in Beijing from 2010 to 2011. Samples were tested for HCV infection using both enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and real-time PCR. All viremic subjects were then sequenced by nested PCR over core/E1 and NS5B regions. Phylogenetic and phylogeographic analysis was performed by BEAST software.In total, 217 subjects (2.1%) were tested positive for HCV by antibody or vRNA-based testing. HCV prevalence rates for DUs, MSM, and the general population were 26.2%, 0.54%, and 0.37%, respectively. The 156 HCV RNA-positive samples were sequenced. Nine HCV genotypes, including 1a, 1b, 2a, 3a, 3b, 6a, 6n, 6u and 6v, were detected. The most prevalent subtypes were 3b (36.09%), 1b (32.54%), and 3a (16.57%). Bayesian evolutionary analysis estimated that the time of introduction of subtype 1b into Beijing was 2004 (95% CI: 1997.7, 2007.7), with subtypes 3a and 3b being introduced later in 2006. Evolutionary analyses further suggested that subtype 1b from Beijing and Shanghai were closely related, whereas subtype 3a sequences were more similar with sequences from Yunnan, Guangzhou, Hong Kong, and Jiangsu. Subtype 3b sequences were closely related to those from Yunnan, Guangdong, and Hong Kong.Thus, the current HCV epidemic in Beijing is complex, heavily affecting DUs, and involving multiple genotypes that likely spread from different regions in China with its large migrant population.     

广西西部地区吸毒人群HIV-1毒株基因序列测定和亚型分析

目的了解吸毒人群HIV-1流行毒株的亚型类型和变异特征，为艾滋病的疫苗预防、诊治提供依据。方法采集血清和外周血单个核细胞，用ELISA法检测HIV-1的抗体；PEIA检测HIV-1血清亚型；PCR扩增HIV-1膜蛋白基因片段，荧光标记未端终止物循环测序法进行测序反应，自动DNA序列分析仪测定产物序列。结果HIV-1毒株至少有C、E两个亚型。C为优势亚型，其株间基因离散率最大为2．93％，与A亚型等其他9个亚型参考株相比较，基因离散率为12．42～19．05％，gp120 V3环多肽序列相似。还可能存在其它亚型或混合感染。结论吸毒人群HIV-1流行毒株亚型呈现多样性，应加强对HIV-1亚型及其变异的监测和研究，指导疫苗预防、诊断和治疗。     

贵州地区慢性乙型肝炎病毒感染者病毒基因亚型研究

目的调查贵州省B、C基因型慢性HBV感染者的病毒基因亚型。方法PCR扩增HBV P区长309 bp的基因片段,扩增产物分别经限制性内切酶NciⅠ、VspⅠ、BstEⅡ酶切,琼脂糖凝胶电泳,根据酶切图谱多态性,用限制性片段长度多态性分析（PCR-RFLP）检测HBV C基因亚型。直接测序确定B基因亚型、对178例用S基因限制性片段长度多态性鉴定为B、C基因型的不同临床类型慢性HBV感染者进行亚型分析。结果84例C基因型HBV感染者中,27例（32.14%）为C1亚型、56例（66.67%）为C2亚型,1例为C1、C2亚型混合感染。94例B基因型HBV感染者中,93例（98.94%）为Ba、1例为Bj亚型感染。从无症状乙型肝炎表面抗原携带者、CHB到肝硬化/肝癌,C1亚型在各组中的比例逐渐降低,分别为60.00%、30.65%和16.67%;而C2亚型在各对应组中的分布逐渐增高,分别为40.00%、67.74%和83.33%。结论贵州地区B、C基因型慢性HBV感染者中,以Ba、C2亚型为主。C1、C2亚型在疾病中的分布有一定差异。PCR-RFLP分析HBV C1、C2亚型,方法简便、特异性强,适合较大样本分析,可用于流行病学调查。