荧光PCR探针熔解曲线法检测结核分枝杆菌复合群对利福平和异烟肼耐药性的价值

目的 评价荧光PCR探针熔解曲线法(简称“探针熔解曲线法”)检测结核分枝杆菌复合群对利福平(RFP)和异烟肼(INH)耐药性的价值。方法 从2015年1月至2018年7月山东省菏泽市传染病医院收治的883例肺结核和耐多药结核病(MDR-TB)患者中,选择萋-尼染色结果为阳性的结核病患者的痰标本共215份(例)进行分离培养,对鉴定为结核分枝杆菌复合群(MTBC)的200株(例)菌株同时使用比例法药物敏感性试验(DST)和探针熔解曲线法检测对RFP和INH的耐药性。以DST检测结果为金标准,分析探针熔解曲线法检测RFP和INH的敏感度、特异度、符合率和一致性(Kappa检验)。结果 200株(例)MTBC分离株中,以DST检测结果为标准,探针熔解曲线法检测RFP耐药性的敏感度、特异度和符合率分别为96.4%(106/110;95%CI:90.7%~98.9%)、80.0%(72/90;95%CI:70.5%~87.1%)和89.0%(178/200);对INH耐药性检测的敏感度、特异度和符合率分别为85.4%(123/144;95%CI:78.6%~90.7%)、96.4%(54/56;95%CI:87.7%~99.6%)和88.5%(177/200)。探针熔解曲线法与DST检测MTBC对RFP耐药性的Kappa值为0.78,对INH耐药性的Kappa值为0.74。结论 探针熔解曲线法检测MTBC对RFP和INH的耐药性均有较高的敏感度和特异度,且探针熔解曲线法与DST检测MTBC对RFP和INH耐药性的一致性较高,有助于对耐药结核病患者的及早发现和治疗。     

荧光熔解曲线法和GeneXpert MTB/RIF技术对结核分枝杆菌复合群和利福平耐药检测结果的比较

目的:比较荧光熔解曲线法和GeneXpert MTB/RIF技术对不同类型样本结核分枝杆菌复合群和利福平耐药性的检测结果,旨在为临床不同类型样本如何选择试验方法提供参考,以提高检出率.方法:收集2019年8月-2020年7月收治的疑似和确诊结核病患者的临床资料和实验室数据,回顾性分析荧光熔解曲线法和GeneXpert ...     

高分辨率熔解曲线技术用于结核分枝杆菌临床分离株异烟肼耐药性的快速检测

目的评价高分辨率熔解曲线分析技术(high-resolution melting curve,HRM)检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的应用价值。方法 1)通过传统比例法药敏实验对本实验室保存的49株结核分枝杆菌进行异烟肼耐药性分析。2)进一步对该结核分枝杆菌进行异烟肼耐药相关基因KatG基因和inhA基因进行异烟肼耐药决定区测序分析,筛查突变位点。3)根据筛查到的突变位点设计高分辨率熔解曲线分析所用的特异性引物,对异烟肼耐药基因耐药决定区进行高分辨率熔解曲线分析检测DNA突变,评估用高分辨率熔解曲线分析技术对结核分枝杆菌异烟肼耐药性检测的效率。结果 1)比例法药敏结果显示,49株实验菌株中20株为异烟肼耐药株,29株为异烟肼敏感株。2)测序分析结果显示:(1)KatG基因出现了4种突变形式,分别是234单位点突变;234、315双位点突变;234、463双位点突变;234、315、463三位点联合突变。(2)inhA基因检测到3种突变,即-8位、-15位、-152位。3)(1)对耐药株的基因突变进行分析发现:20株异烟肼耐药株中11株存在KatG基因第315位密码子的突变、占异烟肼耐药株的55%;6株存在inhA基因-15(4株)位碱基、-8(1株)位碱基、-152(1株)位碱基的突变,共占异烟肼耐药株的30%;2株同时存在基因KatG315密码子和inhA-15位碱基的突变,占异烟肼耐药株的10%;1株均未检测到KatG基因和inhA基因的突变,占异烟肼耐药株的5%。通过基因突变检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性的敏感性为95%、特异性为100%。(2)用高分辨率溶解曲线检测实验菌株耐药基因突变的结果显示,18株存在基因突变,24株不存在基因突变,检测的灵敏度为94.7%、特异性为80%。(3)以高分辨率熔解曲线检测到突变为耐药的判断标准,检出19株为耐药株,24株为敏感株。以比例法药敏结果为参照,检测的灵敏度为95%、特异性为82.76%。结论高分辨率溶解曲线用于结核分枝杆菌对异烟肼耐药性的检测具有较好的灵敏度,耗时短,在异烟肼耐药结核病的快速诊断方面具有一定的应用价值。     

基因芯片技术检测结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药性临床应用评价

目的评价基因芯片技术检测结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药性的临床应用效果。方法利用基因芯片技术对涂阳肺结核患者的痰标本和临床分离株进行利福平和异烟肼耐药基因位点检测,比较痰标本与菌株检测结果的差异;并以BACTEC MGIT 960药敏试验结果为对照评价基因芯片的检测性能。另外,通过对999株鉴定为结核分枝杆菌的临床分离菌株进行rpoB、katG和inhA基因耐药相关区域扩增产物测序,以验证基因芯片对核酸序列检测的准确性。结果在涂阳的1 108例标本中有100例经基因芯片菌种鉴定为非结核分枝杆菌。其余的1 008例痰标本基因芯片结果与BACTEC MGIT960培养阳性的菌株基因芯片结果比较仅有9例结果不一致,符合率为99.1%。以BACTEC MGIT960培养法药敏结果为对照,999株菌株基因芯片法检测利福平耐药性的符合率为98.1%,异烟肼的耐药性的符合率为94.5%。与DNA测序法相比,基因芯片法检测利福平和异烟肼耐药性的准确率分别为99.6%和99.8%。结论基因芯片技术能够快速、准确地进行结核分枝杆菌利福平和异烟肼的耐药性检测,并能直接用于痰标本检测。     

应用基因芯片方法检测结核分枝杆菌利福平和异烟肼的耐药性

目的 应用基因芯片方法检测结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)对利福平和异烟肼的耐受性,评价其临床应用价值。方法 应用聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增-基因芯片杂交的方法检测经常规药敏实验证实的30株Mtb利福平和异烟肼敏感株和50株耐利福平和异烟肼分离株的rpoB基因及katG和inhA基因突变,同时以PCR-直接测序法为对照。结果 应用PCR-基因芯片与基因测序方法检测30株Mtb利福平敏感株rpoB基因和异烟肼敏感株katG基因和inhA基因均为野生型。50株Mtb利福平耐药株中,PCR-基因芯片与基因测序分析3株rpoB基因均为野生型,41株均为突变型;6株PCR-基因芯片与基因测序结果不一致。50株Mtb异烟肼耐药株中,PCR-基因芯片与基因测序分析16株katG基因和30株inhA基因均为野生型,31株katG基因均为315位密码子突变,7株inhA基因均为15位突变型,其中2株为katG和inhA双重突变;3株katG和13株inhA PCR-基因芯片与基因测序结果不一致。结论 应用PCR-基因芯片方法可快速、有效地检出大多数Mtb耐多药分离株,指导临床用药。     

两种分子检测技术对结核分枝杆菌临床分离株耐药性诊断价值的评价

目的 评价荧光PCR探针熔解曲线方法和线性探针技术检测结核分枝杆菌临床分离株利福平和异烟肼耐药性突变的应用价值.方法 回顾性分析2013年12月-2014年3月广州市胸科医院荧光PCR探针熔解曲线及线性探针检测142例结核分枝杆菌临床分离株利福平和异烟肼耐药突变情况,以表型药敏试验结果为标准,评价上述两种分子检测技术的...     

探针熔解曲线法快速检测结核分枝杆菌注射类二线药耐药突变

目的 评价结核分枝杆菌注射类二线药耐药突变检测试剂盒MeltPro TB/SL的分析性能以及临床性能。方法 首先使用企业参考品对试剂盒的突变检出能力进行考察,之后将野生型基因组DNA以10倍梯度稀释后考察试剂盒的最低检测限,使用野生型质粒以及含常见耐药突变的质粒以不同突变比例混合考察试剂盒检测不均一耐药样本的能力,并使用23株非结核分枝杆菌标准株考察试剂盒的分析特异性,最后使用241份临床分离株对试剂盒进行临床评价。结果 该试剂盒可以将9种耐药相关突变与1种野生型多态性与野生型进行区分。可以检测到低至5个拷贝的野生型基因组DNA。当突变比例为30%或更高时,试剂盒可以将其与野生型进行区分。23种非结核分枝杆菌的结果显示该试剂盒有良好的特异性。和比例法药敏试验进行对比,该试剂盒的临床灵敏度为卡那霉素90.0%(9/10),阿米卡星80.0%(8/10),卷曲霉素85.7%(6/7);特异性为卡那霉素98.8%(85/86),阿米卡星98.8%(85/86),卷曲霉素96.6%(86/89)。试剂盒检测结果与测序结果一致。结论 该试剂盒灵敏度高、特异性好,可以快速、准确地检测结核分枝杆菌注射类二线药常见的耐药突变,有望应用于临床。     

新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型研究北大核心CSCD

目的分析新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型,为控制耐药性发展与耐药株传播奠定基础。方法收集患者痰液样本370例,鉴定结核分枝杆菌。对菌株进行耐药性分析及rpoB基因扩增及测序,分析耐药株基因型。结果370例新乡地区患者中分离174株结核分枝杆菌,分离率为47.03%。其中,2016-2018年各分离结核分枝杆菌29、63和82株,分离率为36.25%、45.32%和54.30%。2016年29株结核分枝杆菌对利福平、异烟肼、链霉素、氧氟沙星的耐药率分别为48.28%、44.83%、34.48%和27.59%;2017年63株结核分枝杆菌耐药率分别为61.90%、47.62%、38.10%、26.98%;2018年82株结核分枝杆菌耐药率分别为70.73%、57.32%、39.02%和35.37%。111株利福平耐药的结核分枝杆菌中,87株发生rpoB基因变异,基因突变率为78.38%。其中Ser→Leu在521位点突变58株(52.25%)和His→Leu在526位点突变22株(19.82%)是主要基因突变类型。此外,有24株(21.62%)未发生变异。结论2016-2018年新乡地区患者结核分枝杆菌分离率逐年增高。结核分枝杆菌对利福平耐药率最高,且逐年增高。利福平耐药株的耐药性产生的主要机制是rpoB基因发生位点突变。     

显微镜观察药敏法检测结核分枝杆菌耐药性

目的评价显微镜观察药敏法(microscopic observation drug susceptibility,MODS)检测结核分枝杆菌临床分离株异烟肼(INH)和利福平(RFP)耐药性的可行性。方法使用MODS技术对本医院的共201株结核菌临床分离株分别进行INH、RFP的耐药性检测,并与罗氏比例法作比较。结果 MODS法检测平均时间为8d,以罗氏比例法为金标准,INH的灵敏度和特异性分别为98.5%和100.0%,RFP的灵敏度和特异性分别为99.3%和100%。结论 MODS法检测结核分枝杆菌对异烟肼和利福平的耐药性具有成本低、快捷、操作简便、准确等优点,为结核耐药检测提供了一种较好的方法 。     

荧光PCR探针熔解曲线技术检测痰标本结核分枝杆菌利福平耐药性的研究

目的:评价荧光PCR探针熔解曲线(fluorescent polymerase chain reaction probe melting curve, MeltPro)技术检测肺结核患者痰标本中结核分枝杆菌耐药性的临床应用价值。方法:收集2021年5月至2022年5月北京市疾病预防控制中心结核病门诊收治的GeneXpert MTB/RIF检测阳性的初治肺结核患者的痰标本,对每份标本同时进行涂片镜检、分枝杆菌分离培养、MeltPro技术利福平耐药性检测。分析痰标本荷菌量对MeltPro技术耐药性检测结果的影响;培养阳性菌株行利福平比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”),比较比例法药敏试验、GeneXpert MTB/RIF和MeltPro技术检测利福平耐药率的差异;并以培养阳性菌株利福平比例法药敏试验结果为参考标准,评价MeltPro技术耐药性检测的效能。结果:研究共收集结核分枝杆菌阳性合格痰标本158份(例),经分枝杆菌分离培养获得阳性菌株130株。MeltPro技术检测痰标本结核分枝杆菌利福平耐药的成功率为79.1%(125/158),且随着痰涂片结果等级的升高,检测成功率由“阴性...     

Diagnostic performance of DNA microarray for detecting rifampicin and isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis

BackgroundWhile rifampicin (RFP) and isoniazid (INH) are the most commonly used first-line antituberculosis drugs, multidrug resistance in Mycobacterium tuberculosis poses a threat to the success of tuberculosis (TB) control programs. Clinical practice guidelines and expert consensuses recommend drug susceptibility testing (DST) before the initiation of antituberculosis treatment. However, traditional DST is time-consuming and has high requirements for laboratory conditions. The recently developed molecular diagnostic techniques, such as DNA microarray, offer new options. We thus investigated the diagnostic value of DNA microarray in detecting RFP + INH-resistant TB, with an attempt to identify simple, efficient, and accurate drug-resistant TB testing methods.MethodsThe clinical features and DST results of patients diagnosed with pulmonary tuberculosis by Bactec MGIT 960 liquid culture system (Becton, Dickinson and Company, Franklin Lakes, NJ, USA) who received DNA microarray analysis in our center from July 2019 to July 2020 were retrospectively analyzed. Level of agreement between liquid culture and DNA microarray technology was assessed by using the Cohen kappa coefficient. With the results of liquid culture as the gold standard, the sensitivity and specificity of the DNA microarray were calculated, and the receiver operating characteristic (ROC) curves were used to assess the diagnostic values of the DNA microarray in detecting RFP + INH-resistant TB.ResultsA total of 825 patients were enrolled. The sensitivity and specificity of DNA microarray were 0.84 and 0.94, respectively, in the detection of RFP resistance, with an area under the curve (AUC) of 0.89 [95% confidence interval (CI): 0.87–0.91)] and a Cohen kappa coefficient of 0.78 (95% CI: 0.72–0.83). For INH resistance, the sensitivity and specificity of the DNA microarray were 0.73 and 0.97, respectively, with an AUC of 0.85 (95% CI: 0.82–0.87) and a Cohen kappa coefficient of 0.75 (95% CI: 0.70–0.80).ConclusionsThe DNA microarray had high specificity and sensitivity in detecting RFP + INH-resistant TB. As a rapid, accurate, and practical technique, it can be routinely performed in clinical laboratories.     

结核分枝杆菌异烟肼和丙硫异烟胺耐药及其交叉耐药相关机制研究进展

结核病是一种严重危害人类健康的呼吸道传染病。据世界卫生组织估算,2018年全球耐多药结核病患者数为48.4万。异烟肼是重要的一线抗结核药物,但其目前耐药情况比较严重。丙硫异烟胺,作为异烟肼耐药患者的替代治疗药物,与异烟肼存在部分的交叉耐药性。本文综述了异烟肼和丙硫异烟胺交叉耐药的相关机制,为异烟肼耐药及耐多药结核病患者的治疗提供科学依据。     

RPA-LFD技术快速检测结核分枝杆菌利福平耐药性的应用

目的 基于重组酶聚合酶扩增(RPA)技术结合侧向流动试纸条(LFD),建立可快速检测结核分枝杆菌(MTB)利福平耐药的方法,并初步评价其临床应用价值.方法 采用比例法对182株结核分枝杆菌临床分离株进行利福平耐药性检测.建立RPA-LFD技术,检测182株菌株中利福平耐药决定区(RRDR)常见突变位点rpoB 531、...     

31株结核分枝杆菌异烟肼耐药相关基因检测及序列分析

目的了解贵阳地区分离的结核分枝杆菌katG基因、inhA启动子和oxyR-aphc间隔区基因突变特征。方法对31株结核分枝杆菌临床分离株（异烟肼耐药株17株,异烟肼敏感株14株）的katG基因、inhA启动子和oxyRaphc间隔区进行DNA片段的PCR扩增,并进行测序分析。结果 17株异烟肼耐药菌株中有16株检出katG基因突变,其中70.5%（12/17）为315位密码子变异,且变异类型均为AGC→ACC,敏感株未发现315位点突变。11株敏感菌和4株耐药菌在463位密码子发生变异,变异类型均为CGG→TGG,变异率分别为78.6%（11/14）和23.5%（4/17）,差异无统计学意义。有12株耐药株的变异类型为katG基因双重位点突变,其中10株为katG315（AGC→ACC）和463（CGG→TGG）位变异,463（CGG→TGG）和299（GGC→AGC）变异及463（CGG→TGG）和419（GAC→CAC）位变异各1株。2株异烟肼耐药菌检出oxyR-aphC启动区G32A突变,其中1株为联合katG463和299位突变。结论贵阳株结核杆菌菌株异烟肼耐药基因突变具有多态性,主要的变异类型为katG315位点突变。     

实时荧光定量PCR法分析结核分枝杆菌对异烟肼耐药的分析

目的利用实时荧光定量PCR技术快速检测异烟肼耐药结核分枝杆菌。方法收集到医院就诊的结核病疑似患者痰液样本,提取痰液样本的总DNA,利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术对结核分枝杆菌感染进行快速筛查,并与传统药敏试验进行比较,对两者的灵敏度、特异性、一致性进行比较分析。结果检测346例结核病人临床分离培养样本,药敏试验检出257例异烟肼敏感标本,101例异烟肼耐药标本;实时荧光定量PCR法共检测出异烟肼敏感和耐药标本225例98例,灵敏度为86.64%,特异性为93.92%,一致率为93.12%。结论跟传统药物敏感性实验相比,实时荧光定量PCR法检测速度快速、特异性强、灵敏度较高,可用于结核分枝杆菌耐异烟肼突变的快速检测,适于耐多药结核病的快速筛查。     

基因芯片快速检测结核分枝杆菌katG基因突变及其与异烟肼耐药相关性

目的了解结核分枝杆菌katG基因S315突变与异烟肼（isoniazid,INH）耐药相关性,建立快速简便的katG基因S315突变基因芯片检测方法。方法采用二倍稀释法检测123株结核分枝杆菌临床分离菌株对INH的耐药性。PCR及测序确定上述结核分枝杆菌katG基因S315位点突变率及突变类型。根据PCR及测序结果,设计Cy3荧光标记探针并制备katG基因S315位点突变检测基因芯片。基因芯片检测结果与PCR及测序结果进行对比分析。结果 123株结核分枝杆菌临床菌株中,39.0%（48/123）菌株对INH敏感,61.0%（75/123）菌株对INH耐药。结核分枝杆菌H37Rv株及所有临床菌株均能扩增出katG基因片段。75株INH耐药菌株中,69.3%（52/75）菌株katG基因出现S315位突变,其中25株突变类型为S315N（AGC→AAC）、12株为S315T（AGC→ACC）、7株为S315I（AGC→ATC）、各有3株分别为S315T（AGC→CGC）和S315R（AGC→AGA）、2株为S315G（AGC→GGC）。所制备的基因芯片对123株结核分枝杆菌katG基因S315野生型或突变型检测结果与PCR及测序结果完全一致。结论结核分枝杆菌katG基因S315突变与INH耐药密切相关。本研究中制备的基因芯片可快速、简便、准确、敏感和特异地检测结核分枝杆菌katG基因S315突变及其类型。